
Хаитов, Р. М. Биомедицинская безопасность : иммуногенетика и коронавирусная инфекция / Р. М. Хаитов, В. И. Скворцова, М. Р. Хаитов. - Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2022. - 352 с. - ISBN 978-5-9704-7382-5. |
Аннотация
В книге представлены данные о становлении и развитии иммуногенетики, современном состоянии и достижениях исследований структуры и биологической роли генов иммунного ответа (Ir-генов), в первую очередь - генов главного комплекса тканевой совместимости человека (МНС) и их протеомных продуктов. Подробно рассмотрена роль иммуногенетики в обеспечении биобезопасности. Приведены данные о роли генов HLA в устойчивости и восприимчивости человека к инфекционным и неинфекционым заболеваниям. Рассмотрено применение достижений иммуногенетики в трансплантологии, репродуктологии, оценке воздействия радиации. Отражена роль полиморфизма генов HLA в поддержании гомеостаза организма и обеспечении выживания человека как вида. Специальное внимание уделено иммунной защите против новой коронавирусной инфекции. Проанализирован патогенез SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19, рассмотрена роль генов HLA в устойчивости и восприимчивости к этому заболеванию, приведены данные о разработке диагностических систем, вакцин и специфических инновационных препаратов для лечения COVID-19. Приведенные материалы основаны на анализе мировой и отечественной научной литературы и собственных данных. Книга предназначена для научных сотрудников, врачей, аспирантов, ординаторов, студентов медицинских и биологических вузов и специалистов, получающих постдипломное образование.
Об авторах
Рахим Мусаевич Хаитов — академик РАН, доктор медицинских наук, профессор, заслуженный деятель науки Российской Федерации, научный руководитель ФГБУ «ГНЦ Институт иммунологии» ФМБА России, главный аллерголог-иммунолог Минздрава России, член бюро Отделения физиологии и фундаментальной медицины РАН, заведующий кафедрой клинической аллергологии и иммунологии МГМСУ им. А.И. Евдокимова Минздрава России. Автор более 1000 научных работ, в том числе более 70 монографий, руководств и учебников по иммунологии, более 50 авторских свидетельств и российских и международных патентов. Президент Российской ассоциации аллергологов и клинических иммунологов (РААКИ), член Европейской академии аллергологии и клинической иммунологии (EAACI) и Всемирной аллергологической организации (WAO), главный редактор (1988–2021 гг.) и президент (2021–2022 гг.) журнала «Иммунология», главный редактор журнала «Физиология и патология иммунной системы. Иммунофармакогеномика», председатель редсовета «Российского аллергологического журнала», член редколлегий ряда отечественных и международных журналов (в том числе «Вестник Академии медицинских наук», «Медицина экстремальных ситуаций», «БИОпрепараты», «AIDS», «Cellular & Molecular Immunology», «Self/Nonself»); лауреат Государственных премий Российской Федерации и премий Правительства Российской Федерации, лауреат премии Ленинского комсомола, премий им. И.И. Мечникова РАН и им. А.А. Богомольца РАМН. Награжден орденом Трудового Красного Знамени, орденом Почета, орденом «За заслуги перед Отечеством» III и IV степени, а также рядом отраслевых и зарубежных наград.

Вероника Игоревна Скворцова — член-корреспондент РАН, доктор медицинских наук, профессор, заслуженный деятель науки Российской Федерации, действительный государственный советник Российской Федерации II класса, руководитель Федерального медико-биологического агентства (ФМБА России). Автор около 600 научных работ. Занимала должности заместителя Министра здравоохранения и социального развития Российской Федерации (2008–2012 гг.), Министра здравоохранения Российской Федерации (2012–2020 гг.). Была председателем Правительственной комиссии по вопросам биологической и химической безопасности Российской Федерации (2012–2018 гг.), председателем 70-й сессии Всемирной ассамблеи здравоохранения (2017 г.), председателем российских частей межправительственных комиссий по экономическому сотрудничеству. Сопредседатель Независимой комиссии высокого уровня Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) по неинфекционным заболеваниям (с февраля 2018 г.), член Совета по мониторингу глобальной готовности к чрезвычайным ситуациям (с сентября 2018 г.). Главный редактор журнала «Медицина экстремальных ситуаций», заместитель главного редактора (по разделу неврологии) научного журнала «Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова». Награждена Орденом Почета, Орденом Александра Невского, Орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, Орденом Пирогова, медалью П.А. Столыпина I степени, Орденом Гвинейской Республики «За Заслуги», а также другими ведомственными, общественными и зарубежными наградами.

Хаитов Муса Рахимович — член-корреспондент РАН, доктор медицинских наук, профессор, директор ФГБУ «ГНЦ Институт иммунологии» ФМБА России, заведующий кафедрой иммунологии медико-биологического факультета РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России, главный аллерголог-иммунолог Федерального медико-биологического агентства. Специалист в области молекулярной иммунологии, автор более 400 научных статей в ведущих российских и международных научных журналах, 3 монографий, более 20 патентов. Президент Российской ассоциации аллергологов и клинических иммунологов (РААКИ) (с 2022 г.). Главный редактор журнала «Иммунология» (с 2022 г.), заместитель главного редактора журнала «Биопрепараты», член редколлегии журналов «Allergy», «Российский аллергологический журнал», «Аллергология и иммунология», «Медицина экстремальных ситуаций», «Иммунопатология. Аллергология. Инфектология». Лауреат премии Правительства РФ, премии им. И.И. Мечникова РАН, премии Алферовского фонда. Отмечен благодарностью Президента Российской Федерации, «Почетный химик» Министерства промышленности и торговли Российской Федерации, награжден Золотым крестом ФМБА России, награжден золотой медалью и дипломом Российского научного общества иммунологов. Член Президиума ВАК, эксперт РАН, РНФ, РФФИ, фонда «Сколково».

Авторы завершили работу над книгой 1 марта 2022 г. 11 марта 2022 г. не стало академика РАН Рахима Мусаевича Хаитова.
Светлая память о Р.М. Хаитове сохранится в сердцах его коллег, учеников, родных и близких.
Введение
В современном мире человек подвергается множественным опасным воздействиям, которые обусловлены растущим развитием промышленности и выбросами в атмосферу многообразных химических загрязнителей, химизацией сельского хозяйства и быта, существенным увеличением уровней производства и потребления синтетических материалов и средств, кризисами, техногенными катастрофами и терроризмом, возникающими противоречиями между социальными сообществами, растущими физическими и психоэмоциональными нагрузками, адаптацией микромира, проявляющего высокую агрессивность, к изменяющимся условиям существования, увеличением масштабов неконтролируемого применения разнообразных лекарственных средств и др. Значительное увеличение разнообразия и количества неблагоприятных факторов химической, биологической или физической природы, действующих на человека, сопровождается существенным ростом заболеваемости, отмечаемым в различных регионах мира, в том числе и в России. В большой степени рост заболеваемости обусловлен депрессивным или аллергизирующим действием неблагоприятных факторов на систему иммунитета — уникальную защитную систему, функции которой обеспечивают поддержание генетического гомеостаза.
Система иммунитета является исключительно сложной системой, характеризуемой множеством органов, первичных и вторичных (костный мозг, тимус, лимфатические узлы, селезенка, печень, пейеровы бляшки кишечника и др.), представленных множеством специализированных клеточных форм, обеспечивающих эффекторные функции иммунной системы и их регуляцию (индукцию реакций, их усиление или торможение), опосредованные через множество секретируемых иммуноцитами растворимых белков с различными функциями (интерлейкины, факторы роста, интерфероны, хемокины, перфорины, гранзимы и др.). Несмотря на наличие множества органов и клеточных систем, иммунная система функционирует как единое целое благодаря непрерывно происходящим процессам обновления клеток и межклеточных взаимодействий, благодаря способности клеток системы иммунитета перемещаться из органа в орган, циркулировать в лимфе и крови, размножаться и созревать из молодых, покоящихся — в зрелые, активно функционирующие формы, заселяющие специализированные регионы органов иммунной системы.
Все эти процессы чрезвычайно чувствительны к воздействию неблагоприятных факторов физической, химической и биологической природы. Нарушение этих процессов во многих случаях несовместимо с жизнью. Именно поэтому значительное ухудшение экологической ситуации, вызванное продуктами антропогенной деятельности, природные катастрофы и техногенные аварии, террористическая деятельность, появление новых, неизвестных ранее микроорганизмов или формирование инфекций с повышенной устойчивостью к антибиотикам и/или другим лекарственным средствам, также как и действие других факторов, угнетающих систему иммунитета или усиливающих аллергизацию населения, представляют собой факторы биомедицинской опасности, их действие характеризуется повышенным риском заболеваемости — формированием иммунодефицитов, аллергиями, острыми или длительно и вялотекущими инфекционными болезнями, раком, аутоиммунными заболеваниями, болезнями иммунных комплексов и др.
Исходя из изложенного, следует сделать заключение о тесной взаимосвязи биомедицинской безопасности и нормальным функционированием иммунной системы. Контроль и регуляцию ее действия осуществляет сложный комплекс генов иммунного ответа. Эти гены и их продукты напрямую связаны с поддержанием биологической индивидуальности организма за счет распознавания чужеродных субстанций и клеток, в том числе и собственных измененных клеток, с противодействием инфекционным агентам, они вовлечены в процесс репродукции, связаны с чувствительностью или устойчивостью к различным заболеваниям, причем как инфекционным, так и неинфекционным. Важнейшая роль в реализации физиологической функции иммунной системы принадлежит генам главного комплекса тканевой совместимости (MHC ,HLA ). Типирование генов HLA является ключевым элементом подбора совместимых доноров, что определяет успех трансплантации органов и тканей. Эти гены определяют возможность организма отвечать на вакцины, иммунотропные средства, многие лекарственные препараты. Комплекс HLA характеризуется чрезвычайно высоким полиморфизмом (разнообразием) — к настоящему времени выявлено более 31 600 аллельных вариантов этих генов. Полиморфизм генов HLA позволяет организму человека адекватно отвечать на воздействие различных неблагоприятных внешних и внутренних факторов и по сути является основой выживания человека как биологического вида.
Интенсивное исследование генов иммунного ответа, в особенности системы HLA , существенный вклад в которое внесли исследователи Института иммунологии ФМБА России, дало возможность вплотную приблизиться к пониманию функционирования иммунной системы на молекулярно-генетическом уровне. Иммунная система является пока единственной системой организма, функции которой охарактеризованы от генов и эффекторных молекул до физиологических реакций. Накопленные знания легли в основу важнейшей научной области — иммуногенетики, которая представляет собой одно из магистральных направлений как современной иммунологии, так и биологии в целом. Развитие иммуногенетики сопровождалось как фундаментальными достижениями, так и разработкой и внедрением в практику целого ряда технологических новшеств, в частности — созданием систем для генотипирования, которые в настоящее время широко применяются как в научных целях, так и в медицинской практике. Иммуногенетические исследования позволили определить молекулярно-генетические механизмы формирования многих иммунозависимых патологий, выявить генетические варианты, ассоциированные с предрасположенностью либо устойчивостью к ряду заболеваний, изучить распределение этих вариантов в различных популяциях. Понимание генетических основ функционирования иммунной системы позволило отечественным иммунологам разработать стратегию фенотипической коррекции иммунного ответа и таким образом найти способ преодоления неотвечаемости организма человека на вакцины. Результатом стало развитие оригинального принципа конструирования высокоэффективных вакцинных препаратов и формирование нового направления современной вакцинологии. Изучение иммуногенетических особенностей различных патологий повышает качество диагностики и способствует развитию персонализированных подходов к лечению пациентов. Информация о распределении иммуногенетических маркеров социально значимых заболеваний в различных популяциях и группах позволит повысить эффективность профилактических мероприятий. Все вышеперечисленное вносит значимый вклад в поддержание биомедицинской безопасности.
В настоящей монографии рассмотрены основы иммуногенетики, приведена характеристика генов HLA и их роли в регуляции иммунного ответа, описано создание высокоэффективной методологии генотипирования и обследование населения, этнических групп и подгрупп, проживающих на территории России, для выявления генов, определяющих повышенную устойчивость или чувствительность к заболеваниям инфекционного и неинфекционного генеза. Также подробно проанализирована значимость HLA -генотипирования для трансплантации органов и тканей человека, отмечена важная роль генов HLA в репродукции, приведены оригинальные результаты иммуногенетического исследования отдаленных последствий радиационного воздействия.
Существенное внимание уделено новому вызову современности — пандемии COVID-19, заболевания, вызываемого коронавирусом SARS-CoV-2. SARS-CoV-2-инфекция выявлена практически во всех странах мира, общее количество заражений превышает 292 млн человек, число смертельных случаев — более 5,4 млн. В нашей стране число инфицированных превысило 10 млн человек, зарегистрировано более 310 тыс. смертельных случаев. В монографии рассматриваются общая характеристика коронавирусов, патогенных для человека, иммунный ответ против SARS-CoV-2, разработка и применение вакцин против COVID-19, а также создание инновационных специфических противовирусных лекарственных средств.
Книга предназначена для врачей, биологов различной специализации, аспирантов, ординаторов и студентов медицинских и биологических ВУЗов, для лиц различных специальностей, разрабатывающих проблемы биомедицинской безопасности, аллергий и иммунитета.
Глава 1. Основы иммуногенетики
1.1. Роль иммуногенетики в обеспечении биомедицинской безопасности государства
В отличие от ряда других областей фундаментальной медицины, в иммунологии наиболее хорошо изученной областью является генетика иммунного ответа человека, то есть иммуногенетика человека. Появление иммуногенетики как одной из ведущих отраслей иммунологии датируется серединой XX в. и было обусловлено необходимостью развития фундаментальной проблемы медицины — клинической трансплантологии. Открытие в 1956 г. французским иммуногематологом Ж. Доссе главного комплекса генов тканевой совместимости — системы HLA (Human Leukocyte Antigens) стало отправной точкой как развития клинической трансплантологии, так и становления иммуногенетики. Это открытие впоследствии было оценено как достижение большой общебиологической значимости, а Ж. Доссе был удостоен Нобелевской премии. За последующий 30-летний период благодаря международным исследованиям была детально изучена структура и функции продуктов генов комплекса HLA — антигенов HLA. Однако основные успехи иммуногенетики человека связаны с концом XX века, когда это направление биомедицинской науки, развитие которого напрямую связано с обеспечением биомедицинской безопасности значительных популяций и контингентов населения страны, первым из всех направлений фундаментальной и практической медицины перешло на молекулярно-генетический уровень исследований, в том числе проводимых исключительно в прикладных аспектах.
Процесс развития молекулярно-генетического направления иммуногенетики и иммунологии продолжается и в настоящее время, в том числе в рамках международных программ, в которых активное участие принимают исследователи и клиницисты, работающие в учреждениях ФМБА России. Следует особо отметить, что данное направление является приоритетным среди актуальных задач молекулярно-генетической биомедицинской безопасности государства.
Нет сомнения, что одним из направлений медико-биологической науки, непосредственно связанной с биомедицинской безопасностью, является клиническая трансплантация органов и тканей. И именно это направление, благодаря которому получила развитие иммуногенетика человека, достигло к настоящему времени беспрецедентных успехов. Благодаря достижениям иммуногенетики трансплантология превратилась в одну из передовых и быстро развивающихся отраслей медицинской науки.
В частности, нашел принципиальное решение вопрос о возможности широкого использования трансплантаций неродственного костного мозга или, по современной терминологии, кроветворных стволовых клеток (КСК), — единственного метода радикального лечения онкогематологических заболеваний человека и единственного средства борьбы с неблагоприятными (вплоть до летальных) последствиями радиоактивного и химического воздействия, в том числе в результате техногенных или иных катастроф. Более того, относительно недавно метод трансплантации КСК, совместимых с пациентом по антигенам HLA, стал использоваться при лечении тяжелых аутоиммунных заболеваний и различных висцеральных онкопатологий. Имеются определенные перспективы использования трансплантации КСК и при лечении манифестированных форм ВИЧ-инфекции/СПИДа.
В настоящее время в экономически развитых странах мира (в том числе в США и странах ЕС) службы трансплантации КСК являются необходимыми звеньями обеспечения биобезопасности государства. Именно поэтому одной из приоритетных задач систем здравоохранения в этих государствах является всемерная поддержка добровольного безвозмездного донорства КСК.
Также следует отметить, что, исходя из актуальных концепций биомедицинской безопасности государства, современный уровень развития иммуногенетики человека позволяет решать целый ряд задач, стоящих перед репродуктивной медициной. Это объясняется тем, что, благодаря использованию молекулярно-генетических подходов, за последние годы удалось установить механизмы участия генов иммунного ответа человека в реализации целого ряда патологических процессов, ведущих к бесплодию. В настоящее время эти данные используются в клинической практике как для диагностики, так и для назначения терапии. Развитие данного направления представляет особое значение для государств, включая Россию, имеющих серьезные проблемы демографического характера.
Другим важнейшим направлением развития иммуногенетики человека является установление факторов генетической предрасположенности или, напротив, устойчивости к социально значимым заболеваниям различного генеза. Следует подчеркнуть, что и в этом направлении наибольшие успехи достигнуты благодаря применению молекулярно-генетических методов, используемых как при изучении данных заболеваний, так и при обследовании больных. Это направление позволяет сегодня устанавливать как группы повышенного риска развития конкретных заболеваний, так и семейный и индивидуальный риск развития социально значимых заболеваний аутоиммунного, инфекционного, неинфекционного, в том числе онкологического, генеза.
Внедрение молекулярно-генетических методов иммуногенотипирования позволяет обследовать значительные контингенты населения, включая работников, занятых на объектах ФМБА, в том числе в целях установления профпригодности, а также и жителей прилегающих районов.
В течение длительного времени, начиная с открытия генов главного комплекса тканевой совместимости (комплекса HLA ), исследования в области иммуногенетики были сконцентрированы именно на данной генетической системе. Начиная с 2008 г. получило развитие новое направление в изучении генов иммунного ответа человека — исследование роли генов, не относящихся к системе HLA , в контроле иммунного ответа человека. Основная часть этих генов обеспечивает генетический контроль взаимодействия иммунокомпетентных клеток в развитии иммунного ответа, в том числе — с помощью цитокинов. Появление и развитие данного направления также целиком связано с совершенствованием молекулярно-генетических подходов для изучения структуры и функции этих генов, которые в 2010 г. получили официальное обозначение «не-HLA -гены иммунного ответа». Развитие этого направления открыло принципиально новую возможность в оценке иммунного статуса человека — получении экспресс-информации (в течение нескольких часов, а не суток) объективизированными и автоматизированными молекулярно-генетическими методами. Последнее позволяет осуществлять эффективную оценку иммунного статуса в экстремальных ситуациях вне специально подготовленных лабораторных помещений, что создает принципиально новые возможности для обследования пострадавших, в том числе в результате природных и техногенных катастроф, больных, а также для мониторинга состояния иммунной системы при различных нагрузках.
В настоящее время имеются как сертифицированные генотипирующие наборы для проведения таких исследований, так и современное оборудование отечественного производства, предназначенное не только для проведения молекулярно-генетического типирования, но и для генодиагностики социально значимых и особо опасных инфекций (ВИЧ-инфекции/СПИДа, гепатита, туберкулеза, SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 и др.)
Молекулярно-генетические подходы позволяют найти новые решения для обеспечения биомедицинской безопасности населения России, включающего в себя представителей различных этнических групп, которые, как было установлено в результате многолетних иммуногенетических исследований, различаются по частоте встречаемости различных вариантов определенных генов иммунного ответа. Последнее в значительной степени влияет на предрасположенность или устойчивость коренного населения тех или иных регионов России к социально значимым заболеваниям. Эти данные представляют несомненное значение для осуществления целевых профилактических мероприятий и тем самым способствуют повышению биомедицинской безопасности государства.
1.2. Общие представления об иммуногенетике человека
На протяжении многих веков основным бичом человечества были эпидемии инфекционных заболеваний. Отношение к ним ярко демонстрируют их бытовые названия в русском языке, например «мор», то есть «смерть». Именно эпидемии, а не кровопролитные войны, были основным фактором, определяющим среднюю продолжительность жизни человека тридцатью годами. Причем это происходило не только в античный период, но и в период Средневековья, и в эпоху Возрождения, и в последующие времена. Примечательно, что основные средства противостояния (в первую очередь санитарно-гигиенического характера) были более эффективны именно в античный и средневековый периоды, когда вследствие относительно низкой плотности населения отдельные его группы и в первую очередь города имели возможность на время эпидемий полностью прерывать сообщение с внешним миром. Увеличение плотности населения, в частности в Европе, а также великие географические открытия, следствием которых стал межконтинентальный «обмен» инфекциями, привели к развитию эпидемий, вызванных «новыми» для тех или иных этносов заболеваниями, к которым, как мы теперь знаем, у населения не было выработано специфического (приобретенного) иммунитета.
Путь к спасению человечества от опустошавших Европу эпидемий открыл в 1796 г. английский врач Эдвард Дженнер, благодаря своей наблюдательности и способности к логическому мышлению. Во время эпидемии оспы Дженнер обратил внимание на то, что ей не была подвержена одна группа населения — доярки, перенесшие так называемую коровью оспу. Это заболевание протекало легко и быстро, без случаев летального исхода. Дженнер сопоставил эти факты с данными о том, что немногочисленная часть населения, выжившая после заболевания натуральной (или черной) оспой, больше не заболевала ею в период последующих эпидемий. Эдвард Дженнер пришел к заключению о том, что перенесенная коровья оспа делает человека невосприимчивым (иммунным) к черной оспе, так же как и ранее перенесенная черная оспа.
Это предположение было подтверждено на практике. В 1796 г. Дженнер привил коровью оспу восьмилетнему мальчику Джеймсу Фиппсу, а через полтора месяца — человеческую оспу, и ребенок не заболел. Этот факт был неоднократно проверен Дженнером, и в 1798 г. он опубликовал свой труд «Исследование причин и действие коровьей оспы», в котором обосновал и доказал высокую эффективность вакцинации против оспы. Уже в 1803 г. в Лондоне были основаны Королевское Дженнеровское общество и Институт оспопрививания (Дженнеровский институт), а Эдвард Дженнер стал его первым руководителем. С 1808 г. оспопрививание было введено в Англии как государственное мероприятие. Метод оспопрививания снискал широкую поддержку и стал применяться практически во всех странах Европы, включая Россию.
Метод Э. Дженнера открыл путь к созданию средств, обеспечивающих противостояние человечества эпидемиям особо опасных инфекций, уносивших жизни людей на протяжении столетий и опустошавших не только города, но и целые страны. В течение XIX и начала XX вв. были созданы вакцины против основных особо опасных и социально значимых заболеваний, включая холеру, столбняк, туберкулез, полиомиелит и т.д. Ведутся работы по созданию вакцин против нового вызова XX–XXI вв. — СПИДа. Разработаны и внедрены вакцины против COVID-19, вызываемого коронавирусом SARS-CoV-2. Это заболевание, идентифицированное в 2019 г., в короткий срок распространилось практически по всему миру и приобрело характер пандемии. Однако само значение открытия Э. Дженнера не ограничивается тем, что именно благодаря ему было создано новое направление клинической медицины — вакцинология.
Именно благодаря появлению и развитию вакцинологии возникла новая для XIX в. наука — иммунология, ставшая впоследствии одной из базовых медико-биологических наук. Первоначальным посылом для ее появления стало естественное стремление понять, каким образом формируется невосприимчивость, то есть иммунитет к тому или иному возбудителю.
Этот процесс шел одновременно с созданием новых вакцин, благодаря чему уже в конце XIX в. сформировалось общее представление об иммунном ответе организма на чужеродные агенты, в первую очередь инфекционного происхождения. Первоначальное внимание иммунологов было сосредоточено на изучении роли гуморального иммунного ответа, но в конце XIX в. был открыт клеточный иммунитет, и в течение определенного отрезка времени имела место конфронтация при рассмотрении роли клеточного и гуморального иммунитетов в развитии иммунного ответа.
В 1903 г. признанием роли как клеточного, так и гуморального иммунитета в развитии иммунного ответа стало присвоение Нобелевских премий Паулю Эрлиху за развитие учения о роли гуморального иммунитета и Илье Ильичу Мечникову за формирование теории клеточного иммунитета. Это событие ознаменовало новый этап в развитии фундаментальной и клеточной иммунологии и определило ход дальнейших исследований в этой области науки.
Следующим важнейшим этапом в развитии иммунологии стали открытие генов иммунного ответа (I r -генов) и формирование нового направления иммунологии — иммуногенетики. В частности, были разработаны и широко внедрены методы иммунодиагностики, иммунотерапии и мониторинга иммунного статуса социально значимых заболеваний не только инфекционного, но и аутоиммунного генеза.
Биобезопасность любого современного государства в значительной степени определяется уровнем развития фундаментальных и прикладных исследований в области иммунологии, в том числе иммунологии человека. Примером этого является возможность противостояния национальных систем здравоохранения пандемии ВИЧ-инфекции/СПИДа. Однако эффективной вакцины против этого заболевания до сих пор не создано. Новый яркий пример — быстрое создание эффективных вакцин против COVID-19. Первой в мире зарегистрированной вакциной против этого заболевания стал отечественный препарат «Спутник V», который в настоящее время уже поставляется в 71 страну с общим населением более 3 млрд человек.
Естественно, это полностью относится и к другим иммунозависимым заболеваниям, в том числе неинфекционного происхождения, например, аутоиммунным и онкологическим заболеваниям, представляющим все большую угрозу для человечества.
Для решения этих проблем наиболее важными являются достижения в области иммуногенетики — одного из основных разделов фундаментальной и прикладной иммунологии. Первоначально магистральным направлением исследований в иммуногенетике было решение задач генетического контроля иммунного ответа. В настоящее время представления о целях иммуногенетики значительно расширились и стало ясно, что иммуногенетика выполняет гораздо более широкие функции — вплоть до обеспечения выживания человека как вида.
Научные достижения в области иммуногенетики, одного из наиболее перспективных направлений биомедицинской науки, в настоящее время позволили реализоваться новому важнейшему клиническому направлению — трансплантации органов и тканей. Благодаря достижениям иммуногенетиков, в том числе отечественных, появились принципиально новые возможности в области вакцинопрофилактики и эпидемиологии инфекционных заболеваний; были решены актуальные медицинские проблемы в области репродукции и установления иммуногенетической предрасположенности и устойчивости к целому ряду социально значимых заболеваний [3, 6].
Основной предпосылкой для появления иммуногенетики явилась необходимость решения проблемы клинической трансплантации органов и тканей. Дело в том, что уровень развития медицины уже во второй половине XIX — начале XX вв. технически позволял осуществлять пересадку органов и тканей. Однако за исключением ряда случаев, когда донором являлся близкий родственник и трансплантат приживался, во всех других случаях он отторгался.
В этот же период, в первую очередь благодаря работам Грегора Менделя, были установлены принципы наследования генов (1866 г.), хотя само название «гены» ввел датский ботаник Вильгельм Иогансен (1909 г.). Объектами их исследований были растения. Тем не менее они стали основой для развития генетики в целом, и сформулированные Г. Менделем принципы генетического наследования в дальнейшем легли в основу работ, выполненных на представителях животного мира, в первую очередь на мышах. Проведение генетических исследований на мышах стало возможным благодаря созданию с помощью внутрисемейного скрещивания линий, внутри которых все животные являлись генетически идентичными. Мыши каждой линии генетически отличаются не только от мышей «дикого типа», но и от мышей других линий. Один из критериев внутрилинейной генетической идентичности — толерантность к трансплантату (кожному лоскуту) от донора, принадлежащего к этой же линии [11, 12]. Используя этот факт, американский исследователь Джордж Снелл сформулировал основополагающие законы трансплантационного иммунитета и ввел понятие «главный комплекс тканевой совместимости» (МНС — Major Histocompatibility Complex) [12]. В серии работ, выполненных совместно с Питером Горером, была установлена экспрессия на клетках мыши антигенов, ответственных за тканевую совместимость, которые с тех пор обозначаются как Н-2 [12, 30]. В 1940-х годах Дж. Снелл подробно изучил данную систему антигенов.
Однако до использования этих знаний в клинической трансплантологии оставался еще значительный период времени. Дело в том, что методические приемы, использованные для изучения системы Н-2 мышей [24, 26], были неприемлемыми (с этической и правовой точек зрения) для изучения МНС человека. Решению этой проблемы современная иммуногенетика и клиническая трансплантология обязаны французскому иммуногематологу Жану Доссе, который нашел путь к получению реагентов для выявления и идентификации антигенов МНС человека [14, 21]. Основой его подхода послужила следующая гипотеза: поскольку родители каждого ребенка, как правило, не являются идентичными по антигенам МНС, то, согласно сформулированным Дж. Снеллом законам наследования антигенов МНС, ребенок получает строго по половине генотипа каждого родителя, и на поверхности его клеток должны экспрессироваться антигены обоих родителей. В результате в крови матери должны образоваться антитела против антигенов, входящих в МНС-генотип отца ребенка. Ж. Доссе считал, что эти антитела могут быть использованы для выявления МНС-антигенов человека и в дальнейшем — для определения набора МНС -генов конкретного человека [22]. Ж. Доссе использовал следующую модель исследования: он собрал значительное количество образцов сывороток от многорожавших женщин и перекрестно протестировал их с лейкоцитарной взвесью, полученной также от значительного количества мужчин. Ж. Доссе оказался прав: положительная реакция лейкоагглютинации с одним и тем же образцом лейкоцитарной взвеси была зарегистрирована при использовании нескольких образцов сывороток. Таким образом был открыт первый МНС-антиген человека, названный «MAC». Опубликованная Ж. Доссе работа, содержащая описание этого открытия, вызвала живейший интерес исследователей, работающих в области гематологии, иммунологии и хирургии [23]. Однако стало ясно, что для практического использования в клинической медицине требуется продолжение исследований в целях получения спектра антител ко всем или к большинству антигенов МНС человека [20], что позволило бы осуществлять МНС-типирование. Такая работа стала возможной благодаря созданию международного неправительственного сообщества исследователей, которые использовали схему, предложенную Ж. Доссе, и обменивались образцами клеток и сывороток. На первом совместном совещании был избран организационный комитет и принято решение координировать исследования путем создания 4-годичных программ, завершающихся Международными рабочими совещаниями и конференциями, подводящими итоги совместных исследований с постановкой задач для последующей программы. Следует отметить, что принятый на первом совещании алгоритм проведения исследований используется и в настоящее время. Однако если в работе первых программ принимали участие десятки исследователей, то в настоящее время в рамках 4-годичных программ работают тысячи научных коллективов, объединяющих десятки тысяч исследователей. Исследование системы МНС, начатое в 1960-х годах, с самого начала носило и носит по настоящее время характер «открытого» международного сотрудничества. Наиболее ярким примером этого является тот факт, что Ж. Доссе при вручении Нобелевской премии ему, Дж. Снеллу и Б. Бенасеррафу заявил, что международные исследования в области генетики гистосовместимости являются беспрецедентным примером гуманитарного сотрудничества, исключающего патентование результатов [22].
На первом совещании было решено персонифицировать наименование «МНС человека» и обозначить его как «система HLA» (Human Leukocyte Antigens) [17]. Уже в 1970-х годах участниками международных исследований по HLA рассматривался вопрос о целесообразности изменения названия данной генетической системы с HLA на «систему генов иммунного ответа». Однако было решено оставить старое историческое название, подразумевая при этом, что в действительности речь идет именно о генах иммунного ответа и их продуктах — HLA-антигенах.
Международное научное сообщество, изучающее гены иммунного ответа, объединяет исследователей практически из всех государств. В Европе функционирует Европейская федерация по иммуногенетике (EFI — European Federation for Immunogenetics, http://www.efiweb.eu), в США — Американское общество по изучению тканевой совместимости и иммуногенетики (ASHI — American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, http://www.ashi-hla.org), в Австралии, Океании и Юго-Восточной Азии — Австралазийская и Юго-Восточноазиатская ассоциация по тканевому типированию (ASEATTA — Australasian and South East Asian Tissue Typing Association, http:// www.aseatta.org.au).
Использование в 1970–1980-х гг. в рамках международных исследований типирования HLA-специфичностей, основанного на выявлении белковых молекул с помощью серологических и клеточно-опосредованных методов, позволило развиться новой клинической дисциплине — трансплантологии органов — и внести значительный вклад в целый ряд уже существовавших отраслей медицины. Одновременно с этим именно в данный период удалось сформулировать основные представления о роли белковых молекул HLA в развитии целого ряда физиологических и патологических процессов в организме человека. В основе широкого спектра биологических функций HLA-антигенов лежит в первую очередь их участие в таких процессах, как межклеточное взаимодействие не только клеток иммунной системы, но и всех других ядросодержащих клеток человека; распознавание генетически чужеродных, в том числе собственных перерожденных, агентов и их уничтожение; формирование и поддержание толерантности к клеткам собственного организма [18, 19].
Таким образом, уже в указанный период времени, когда не имелось технической возможности проводить исследования непосредственно генома человека, были достаточно полно изучены протеомика генов иммунного ответа человека и ее роль в физиологических и патологических процессах, протекающих в организме человека [13, 29, 32].
Иммуногенетика человека, по-видимому, является единственной отраслью биомедицины, где протеомика была изучена и нашла широкое применение в догеномный период. Подтверждением этому, в частности, является следующий факт. В строении молекул HLA были обнаружены аминокислотные замены, приводящие к изменению их структуры, что, в свою очередь, ведет к изменению свойств данных молекул. И только через 10 лет в результате реализации программы «Геном человека» стало ясно, что основой этих изменений являются единичные нуклеотидные замены (SNP — Single Nucleotide Polymorphism), ведущие к появлению аллельных вариантов HLA -генов, продукты которых, то есть HLA-антигены, были известны десятью годами ранее.
Первоначальной целью сообщества иммуногенетиков было решение проблемы селекции тканесовместимых пар донор–реципиент для нужд трансплантации органов и тканей. Однако достаточно скоро стало ясно, что биологическая роль генов HLA и их продуктов — антигенов HLA — значительно шире и они выполняют в организме целый ряд физиологических функций, в том числе не связанных напрямую с иммунным ответом. В частности, они обеспечивают физиологическое взаимодействие всех ядросодержащих клеток организма человека, то есть обеспечивают само его существование. В основе этого взаимодействия лежит идентичность HLA-антигенов, экспрессированных на взаимодействующих клетках одного организма [1, 9].
Одновременно с этим HLA-антигены обеспечивают распознавание и уничтожение всех агентов, несущих чужеродную генетическую информацию в виде чужеродных белковых продуктов, чужеродных HLA-антигенов, включая собственные перерожденные, в том числе раковые, клетки.
Именно в «догеномный» период изучения HLA (1960–1985 гг.) были выполнены фундаментальные исследования, посвященные биологической роли HLA-антигенов. Благодаря работам нобелевских лауреатов Р. Цинкернагеля и П. Доэрти [33], был установлен феномен «двойного распознавания» чужеродных иммуногенных пептидов — основного этапа развития адаптивного иммунного ответа. Суть феномена заключается в том, что чужеродный иммуногенный пептид — инициатор иммунного ответа — распознается Т-клеточным рецептором, «запускающим» каскад иммунного ответа на данный пептид только в том случае, если он «представлен» Т-клеточному рецептору собственной молекулой HLA. На рис. 1-1 представлен этап распознавания пептида молекулами HLA класса II, а также эффекторный этап, обеспечиваемый молекулой HLA класса I. Как следует из рисунка, ответ на иммунодоминантный пептид развивается только в том случае, если он представлен собственной молекулой HLA организма.

Исключением является ситуация, когда пептид представляется чужеродными молекулами HLA, полностью идентичными собственным. Следует также отметить, что в том случае, если любой чужеродный иммуногенный пептид представляется Т-клеточному рецептору чужеродной для данного организма молекулой HLA, иммунный ответ будет развиваться не против этого пептида, а против чужеродной молекулы HLA как наиболее сильного из известных на сегодняшний день иммуногенов.
С помощью кристаллографии были установлены тонкие механизмы взаимодействия иммунодоминантного пептида и представляющей его молекулы HLA [15, 16]. Эти работы позволили установить принципы осуществления генетического контроля иммунного ответа, которые не подвергнуты пересмотру по настоящее время. Принципиально они состоят в следующем: для развития иммунного ответа на тот или иной иммунодоминантный пептид в антиген-связывающей области (бороздке) молекулы должны быть специфичные для данного пептида участки связывания (рис. 1-2).

Естественно, что биологически целесообразно наличие наибольшего количества пептид-связывающих участков (сайтов), взаимодействующих с различными иммунодоминантными пептидами. Последнее определяет уровень полиморфизма иммунного ответа. В случае отсутствия в HLA -генотипе сайтов для взаимодействия с иммунодоминантным пептидом конкретного возбудителя иммунный ответ не развивается. Это относится как к развитию иммунного ответа на болезнетворный инфекционный агент, так и на вакцину, созданную для профилактики данного заболевания. Вероятность такой ситуации снижается за счет того, что развитие иммунного ответа зависит от наличия конкретных сайтов связывания иммунодоминантных пептидов в HLA -генотипе, который, в свою очередь, состоит из двух HLA -гаплотипов. Один из них наследуется от отца, второй — от матери. В том случае, если эти гаплотипы полностью различаются между собой, уровень разнообразия является максимальным, то есть обеспечивается возможность ответа на значительное количество патогенов или вакцин. В том случае, если наследуемые гаплотипы частично, а тем более полностью совпадают (что вероятно при родственных браках), уменьшается количество распознаваемых патогенов или вакцин за счет того, что идентичные в двух гаплотипах сайты распознают одни и те же чужеродные агенты.
Проблема иммуногенетической неотвечаемости на конкретные возбудители инфекций или на вакцинацию является чрезвычайно актуальной для практического здравоохранения. Решение этой важнейшей для клинической медицины проблемы было найдено отечественными иммунологами Р.В. Петровым и P.M. Хаитовым, предложившими принципиально новый поход к преодолению такого рода иммуногенетической неотвечаемости. Разработанный ими метод «фенотипической коррекции иммунного ответа» стал основой для появления нового перспективного направления в вакцинологии [4, 5]. Авторы добились превращения фенотипически низкореагирующих на данный антиген (инфекцию) особей в высокореагирующие, модифицируя молекулу антигена иммуномодуляторами. Основу данного превращения составляет «дополнительное вовлечение» в иммунный ответ новых сайтов генов, участвующих в развитии иммунного ответа на данный антиген. Таким образом, этот подход открыл совершенно новые возможности создания вакцин нового поколения и в настоящее время позволил использовать достижения нанотехнологий в области направленной генетической «реконструкции» иммунного ответа. Примечательно, что именно этот подход является одним из наиболее перспективных для мирового здравоохранения на пути создания эффективной вакцины против ВИЧ-инфекции/СПИДа.
В природе существует ситуация, когда иммуногенетическое распознавание, не служа основой для уничтожения в организме чужеродных болезнетворных агентов, является тем не менее необходимым физиологическим звеном обеспечения существования любого биологического вида [23]. Причем этот процесс не направлен на уничтожение иммуногена. Речь идет о процессе репродукции. Дело в том, что для развития нормально протекающей беременности и появления здорового потомства с полноценной иммунной системой необходимым условием является иммуногенетическая несовместимость родителей. Именно эта ситуация обеспечивает поддержание иммуногенетического разнообразия человека, поскольку наследование генов HLA осуществляется по кодоминантному типу, когда ребенок наследует строго по половине от каждого родителя. В случае наличия у родителей общих HLA-антигенов (например, при родственных браках) может происходить снижение уровня полиморфизма (появление так называемых HLA -гомозиготных генотипов), что ведет к повышению вероятности возникновения неотвечаемости на конкретные болезнетворные агенты. Было выяснено, что HLA-совместимость супругов значительно повышает вероятность развития целого ряда нарушений в области репродукции, таких как идиопатическое бесплодие, привычное невынашивание беременности, тяжелые токсикозы беременности и др. Принципиальная возможность профилактики этих осложнений беременности была разработана уже в 1980-е годы. Однако результатом такого рода вмешательства является высокая (практически до 100%) вероятность появления HLA -гомозиготного потомства, среди которого, как указывалось, повышена вероятность отсутствия иммунного ответа на целый ряд инфекционных агентов. Помимо этого, среди HLA -гомозигот также повышена частота встречаемости онкологических и аутоиммунных заболеваний, что связано с нарушением иммунного распознавания. В случае онкологических заболеваний речь идет о нарушении распознавания собственных измененных клеток [23]. В случае аутоиммунных заболеваний нарушается распознавание собственных неизмененных клеток за счет наличия в протеоме больных антигенов, общих с антигенами возбудителей ранее перенесенных заболеваний. Таким образом, для родителей с указанными репродуктивными проблемами, в протеоме которых имеются общие HLA-антигены, существует выбор: отказ от общего ребенка или использование иммунотерапии, которая, возможно, позволит иметь ребенка с заведомо сниженной иммунной защитой.
В 1970-х гг. получило свое развитие еще одно направление иммуногенетики — «HLA и болезни». Было установлено, что с конкретными HLA-антигенами ассоциирована предрасположенность или, напротив, устойчивость к конкретным заболеваниям. Наиболее выраженной оказалась ассоциация с аутоиммунными заболеваниями, в том числе социально значимыми, такими как сахарный диабет 1-го типа, системная красная волчанка, анкилозирующий спондилит. Также было установлено, что такого рода ассоциации обнаруживаются между HLA и определенными формами инфекционных и онкологических заболеваний [6, 8]. Одновременно с этим проведение масштабных международных исследований в области «HLA и болезни» стало основой для развития нового направления, получившего название «HLA и антропология». Его развитие связано со следующим: было установлено, что степень выраженности ассоциаций конкретных HLA-антигенов с заболеваниями весьма варьирует в зависимости от расовой и/или этнической принадлежности обследуемой группы и что иммуногенетический профиль групп здорового населения, используемых в качестве групп сравнения, в значительной степени различается.
Эти данные послужили основанием для того, чтобы развернуть широкие международные сравнительные исследования по изучению особенностей HLA-полиморфизма в отдельных этнических группах, проживающих в различных регионах мира. Первые результаты этих обследований были обобщены на XI Международном рабочем совещании и конференции по изучению HLA (г. Иокогама, Япония, 1991 г.). В работе данного форума принимали участие более 3000 ученых, представляющих свыше 2000 научных коллективов. Коллективу исследователей из ФГБУ «ГНЦ Институт иммунологии» ФМБА России, г. Москва была вручена медаль за наибольший вклад в развитие направления «HLA и антропология». Это направление стало приоритетным в программе форума. Дальнейшее развитие данного направления позволило наиболее полно установить генетическую взаимосвязь между отдельными популяциями и этническими группами, населяющими различные регионы мира. Использование для этих целей именно HLA -полиморфизма определяется в первую очередь тем, что данная генетическая система является наиболее разнообразной (полиморфной) из числа генетических систем человека, что делает ее наиболее информативной при сопоставительном анализе различных рас и этнических групп населения [9]. Одновременно с этим открываются принципиально новые возможности международного обмена тканесовместимыми трансплантатами органов и тканей (в первую очередь кроветворными стволовыми клетками — КСК) [10]. На рис. 1-3 представлена дендрограмма, отражающая сходство и различие в распределении генов иммунного ответа в различных этнических группах населения, проживающих в различных регионах мира, включая Россию и ближнее зарубежье (последнее исследование выполнено сотрудниками Института иммунологии). На этой дендрограмме представлены данные исследований по распределению генов HLA-DRB1, несущих основную ответственность за распознавание чужеродных, в том числе болезнетворных, агентов и собственных перерожденных клеток.
Примечательно, что XI Международное рабочее совещание стало первым всемирным научным форумом, на котором были представлены данные, полученные при проведении международных исследований не только с использованием протеомного, но и геномного анализа. В этой части научной программы также принимал активное участие коллектив исследователей Института иммунологии. Проведение анализа системы HLA на геномном уровне стало возможным благодаря тому, что в 1985 г.

Керри Мюллисом была открыта полимеразная цепная реакция (ПЦР), позволившая проводить широкомасштабные молекулярно-генетические исследования. Переход с протеомных на молекулярно-генетические методы изучения системы HLA привел к прорыву практически во всех направлениях исследований иммуногенетики человека. Так, количество типируемых HLA -специфичностей возросло к настоящему времени от 138 (белковых антигенов) до почти 33 000 аллелей, выявленных методом молекулярно-генетического анализа (по состоянию на начало 2022 г.) [25]. Указанные гены представлены на рис. 1-4. Они организованы в 3 основных класса. Класс I включает гены А, В, С, Е, F и G , обеспечивающие развитие эффекторного звена иммунитета и участвующие в репродуктивной функции. В области генов класса II локализованы гены DR, DQ и DP, продукты которых обеспечивают иммунологическое распознавание чужеродных агентов (основная функция генов иммунного ответа). Помимо них, в области генов HLA класса II картированы так называемые «неклассические» гены LMP ,TAP , DM , CLIP и др., ответственные за процессинг и презентацию иммунодоминантных пептидов, то есть за выделение из антигена иммунодоминантного пептида и его «доставку» к соответствующим пептид-связывающим участкам молекулы HLA. В области генов HLA класса III локализованы гены СЗ , ответственные за функцию комплемента, а также гены TNF , кодирующие белки фактора некроза опухолей, HSP , кодирующие белки теплового шока, и др. Эти гены объединены сходной функцией — обеспечением «неспецифической» защиты организма от чужеродных агентов без стадии распознавания генетически чужеродных агентов [6, 7].

Вполне естественно, что молекулярно-генетическое типирование нашло практическое применение в клинической трансплантологии. Дело в том, что еще до его создания (в 1970-1980-е гг.) подбор тканесовместимых пар донор-реципиент, основанный исключительно на HLA-протеомном анализе, мог быть относительно эффективен только при пересадках органов [7, 28, 31], но не КСК. Однако в настоящее время использование молекулярно-генетических методов HLA -типирования не только сделало более эффективными органные трансплантации, но и позволило проводить эффективные пересадки КСК за счет того, что в 80% случаев удается подобрать тканесовместимые КСК, необходимые для пересадки больным онкогематологическими заболеваниями [2].
Подбор тканесовместимых пар для трансплантаций КСК требует значительно более высокого уровня тканевой совместимости по сравнению с органными пересадками. Это определяется в первую очередь тем, что сами трансплантируемые КСК являются, в отличие от органных трансплантатов, иммунокомпетентными клетками, которые в случае HLA-несовместимости развивают «иммунную атаку» на клетки организма больного. Под высоким уровнем подбора тканесовместимых КСК следует понимать HLA -генотипирование на уровне установления аллельных вариантов генов HLA. Под аллельными вариантами подразумеваются гены HLA, имеющие незначительное отличие от исходного (дикого) варианта. Эти отличия могут касаться единичных нуклеотидных замен в геноме (SNP), ведущих к незначительным отличиям в аминокислотной последовательности, меняющим протеомную структуру HLA-антигенов. Последнее, в свою очередь, может придавать такой молекуле HLA новые биологические свойства, в том числе сделать эту молекулу тканенесовместимой с молекулой, кодируемой исходным геном. В основе формирования полиморфизма на уровне аллельных вариантов лежит мутационный процесс, но, в отличие от «обычных» мутаций, в ряде случаев SNP-мутации закрепляются и приобретают распространенность в конкретной популяции в виде аллельного варианта того или иного гена. Аллельным вариантом гена (в отличие от обычной мутации) называются варианты того или иного гена, встречаемого в популяции с частотой выше 1%. Как правило, появление новых аллельных вариантов гена связано с их биологической целесообразностью в эволюционном процессе, в том числе с преимуществами выживания носителей этих вариантов гена. Именно этот механизм лежит в основе формирования чрезвычайно высокого уровня полиморфизма генов HLA.
Полиморфизм HLA является основой иммуногенетической защиты человека от чужеродных агентов. По существу, именно он в первую очередь определяет и поддерживает биологическую индивидуальность человека. Поэтому для решения проблемы подбора тканесовместимого донора КСК необходим подбор, приближающийся к полностью совместимым (на уровне аллельных вариантов) парам донор–реципиент. Следует учитывать, что вероятность нахождения такого уровня совместимости среди неродственных пар колеблется от 1 на 1 000 000 до 1 на 3 000 000 для представителей различных этнических групп.
Система HLA является наиболее полиморфной среди генетических систем всех биологических видов, населяющих Землю, включая человека. Существует достаточно обоснованное мнение, что именно это обстоятельство обеспечило наибольшую выживаемость человека как вида, и наиболее ярко это демонстрирует многовековая история борьбы человека с инфекциями. Дело в том, что именно иммунная система должна распознавать любые, в том числе новые, болезнетворные агенты и обеспечивать формирование адекватного ответа на них. Это было установлено благодаря протеомным и молекулярно-генетическим исследованиям последних десятилетий, когда стало ясно, что иммунная функция HLA -генов и их продуктов отнюдь не ограничивается обеспечением представления иммунодоминантных пептидов Т-клеточным рецепторам и запуском иммунного ответа на эти пептиды. В действительности именно так называемые «неклассические» молекулы HLA обеспечивают все этапы «выделения» иммунодоминантных пептидов из чужеродных молекул и клеток (включая бактериальные) и их доставку антиген-представляющим структурам молекул HLA, которые лишь после связывания пептидов с соответствующими сайтами могут экспрессироваться на поверхности клеток и полноценно участвовать в иммунном ответе (рис. 1-5). Как следует из рисунка, к этим генам, контролирующим функции, называемые процессингом и презентацией иммунодоминантных пептидов, относятся HLA-TAP и HLA-LMP, ответственные за функцию молекул HLA класса I, и HLA-CLIP и HLA-DM, ответственные за функцию молекул HLA класса II. Также следует отметить, что нарушение функции этих генов и их продуктов ведет к развитию тяжелых форм иммунной недостаточности, включая инфекционные, онкологические и аутоиммунные заболевания.

Таким образом, система HLA обеспечивает и контролирует почти все этапы развития иммунного ответа человека. «Недостающим» звеном в этой ее функции является передача сигналов запуска иммунного ответа от этапа его инициации, осуществляемой с помощью молекул HLA класса II к эффекторному этапу, осуществляемому Т-хелперами и Т-клетками-эффекторами. Что касается этого «недостающего» звена, то его иммуногенетический контроль осуществляет группа генов, контролирующих цитокины, которые по современной номенклатуре относят к «не-HLA -генам иммунного ответа».
Естественно, что отдельно взятый организм не в состоянии обладать столь высоким уровнем генетического разнообразия, который мог бы обеспечить присутствие в антиген-распознающей бороздке сайтов для любого вновь появившегося болезнетворного агента. Однако такая задача решаема на популяционном уровне, где структура распознающих сайтов отличается крайне выраженным разнообразием. Более того, одним из важнейших достижений биомедицинской науки, явившимся результатом реализации программы «Геном человека», стало формирование представлений о роли генетического полиморфизма на уровне одиночных SNP. Наиболее яркий пример SNP — именно система HLA , которая, как указывалось, является наиболее полиморфной системой человека, включающей более 31 600 аллельных вариантов генов, «закрепившихся» в геноме в силу той или иной биологической целесообразности. Очень важно, что значительная часть вариантов SNP одного и того же гена выполняет отличные или даже противоположные от основного (дикого) гена функции. По существу, процесс формирования полиморфизма на уровне одиночных нуклеотидных замен в системе HLA служит наиболее ярким проявлением позитивной биологической роли мутационного процесса, в результате которого возникают и закрепляются новые аллельные варианты генов иммунного ответа. Именно это обеспечивает выживание человека как вида в условиях агрессивной окружающей среды, что подтверждают данные о формировании современных HLA -профилей населения различных регионов мира [19]. Так, наиболее часто встречаемым среди коренного населения Европы является гаплотип HLA-A1-B8-DR3. Частота встречаемости этого гаплотипа значительно превышает таковую не только у представителей других рас, но и статистически ожидаемую, поэтому этот гаплотип считается классическим иммуногенетическим маркером европеоидов. Уже в 1970-х гг. выдающийся иммуногенетик Вальтер Бодмер выдвинул гипотезу, согласно которой это превышение связано с тем, что у носителей данного гаплотипа имелось селективное преимущество в выживании в условиях античных и средневековых пандемий [19]. Эта точка зрения была поддержана основателем иммуногенетики — Жаном Доссе. В 1980-х гг. сотрудниками Института иммунологии была проведена серия работ, в которых было установлено, что наличие данного гаплотипа и входящих в него антигенов ассоциировано с основными эффекторными функциями врожденного иммунитета (активность естественных клеток-киллеров, фагоцитоз и др.) [6].
Примечательно, что врожденный иммунитет обеспечивает защиту организма от болезнетворных вирусов, бактерий и злокачественно перерожденных клеток. Встреча коренного населения Америки с европейцами во время освоения континента закончилась для аборигенов трагически, поскольку встречаемость указанных HLA-гаплотипов и, соответственно, уровень врожденного иммунитета у них были и остаются чрезвычайно низкими и не обеспечивали эффективной защиты против привезенных инфекционных агентов.
Относящееся к европеоидной расе население Земли «расплачивается» по настоящее время за высокий уровень частоты встречаемости гаплотипа HLA-A1-B8-DR3, который ассоциирован с предрасположенностью к заболеваниям аутоиммунного генеза, включая сахарный диабет 1-го типа и ряд других эндокринологических патологий, а также системную красную волчанку, анкилозирующий спондилит, миастению Гравис и др.
Примечательно, что в большинстве стран мира с населением, принадлежащим монголоидной расе (ориенты), аутоиммунные патологии составляют малый процент в структуре заболеваемости. Практически единственным исключением является популяция узбеков, занимающая первое место в мире по числу случаев сахарного диабета 1-го типа среди представителей ориентов. Только в данной этнической группе ориентов частота встречаемости гаплотипа HLA-A1-B8-DR3 приближается к таковой у европеоидов.
Приведенные примеры основаны на историческом опыте человечества, однако подобные механизмы могут играть роль и в настоящее время. Это относится, в частности, к «чуме» XX и XXI вв. — СПИДу. Вирус СПИДа поражает клетки иммунной системы, несущие рецептор CD4 (характерный для субпопуляции иммунокомпетентных клеток — Т-хелперов, принимающих непосредственное участие в инициации и контроле иммунного ответа). Рецепторы CD4 являются основными «воротами», через которые ВИЧ попадает в иммунную систему человека. Однако обязательным участником этого процесса является еще один рецептор — CCR5, не относящийся к системе HLA , но играющий важную роль в формировании иммунного ответа. Среди возникших в результате мутационного процесса аллельных вариантов гена, кодирующего этот рецептор, имеется вариант CCR5Δ32 , содержащий небольшую делецию. Кодируемый им рецептор не связывается с ВИЧ и тем самым блокирует его проникновение в клетку, предохраняя организм от развития заболевания. Этот процесс имеет место только в случае, если делеция CCR5Δ32 есть на обеих гомологичных хромосомах. В случае гетерозиготного генотипа, то есть когда делеция представлена только на одной хромосоме, заболевание может развиваться, хотя и протекает в менее агрессивной форме. Сотрудниками Института иммунологии было проведено изучение частоты встречаемости мутации CCR5Δ32 на массиве около 1000 «здоровых» людей, относящихся к 10 этническим группам, принадлежащим двум расам: европеоиды и ориенты, проживающие на территории России и бывших республик СССР. Наиболее высокая частота встречаемости гомозигот CCR5Δ32 выявлена на Северо-Западе европейской части России и снижается по направлению к Киргизии и Туве (подробнее см. главу 4).
Таким образом, подтверждаются представления о возможной роли агрессивных факторов окружающей среды в формировании межпопуляционных различий в иммуногеноме человека. Эти представления подтверждаются не только на уровне воздействия инфекционных агентов, но и таких неблагоприятных для человека факторов, как радиация [1, 9].
В заключение отметим, что система генов иммунного ответа стоит на страже своего разнообразия, препятствуя появлению гомозигот по принадлежащим к ней генам. Этим обеспечивается биологическое преимущество гетерозигот, имеющих, в частности, значительно меньший шанс по сравнению с гомозиготами в развитии практически всех социально значимых заболеваний человека. В настоящее время активно развивается иммуногеномика — направление молекулярной генетики, посвященное изучению механизмов реализации иммунного ответа на генном уровне. Особенностью данного научно-практического направления является то, что представления о строении самой полиморфной генетической системы организма изначально базировались на исследованиях белковых молекул, кодируемых комплексом генов HLA .
Список литературы
-
Пальцев М.А., Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Иммуногенетика человека и биобезопасность. Москва : Медицина, 2007. 143 с.
-
Пальцев М.А., Хаитов P.M., Алексеев Л.П. и др. Главный комплекс тканевой совместимости человека (HLA) и клиническая трансплантология. Молекулярная медицина. 2009. № 2. С. 3–13.
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Петров Р.В., Хаитов P.M., Атауллаханов P.M. Иммуногенетика и искусственные антигены. Москва : Медицина, 1983.
-
Петров Р.В., Хаитов Р.М., Норимов А.Ш. и др. Фенотипическая коррекция Ir-генного контроля иммунного ответа при иммунизации конъюгатами (Т, Г)-А-Л с синтетическими полиэлектролитами. Иммунология. 1985. № 2. С. 21–24.
-
Хаитов P.M. Физиология иммунной системы. Москва : ВИНИТИ РАН, 2005. 375 с.
-
Хаитов Р.М. Иммунология : учебник для вузов. 4-е изд., доп. и перераб. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2021. 520 с. ISBN: 978-5-9704-6398-72021.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Физиология генов иммунного ответа. Российский физиологический журнал им. И.М. Сеченова. 2003. Т. 89, № 3. С. 313–328.
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю. Иммуногеномика и генодиагностика человека : национальное руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2017. 256 с. ISBN 978-5-9704-4139-8.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П., Хаманева Н.Ю. и др. Проблема трансплантации неродственных кроветворных стволовых клеток человека и биобезопасность. Молекулярная медицина. 2010. № 5. С. 3–9.
-
Amos D.B. The agglutination of mouse leukocytes by isoimmune sera. Br. J. Exp. Pathol. 1953. Vol. 3. P. 464–470.
-
Amos D.B., Gorer P.A., Mikulska B.M. An analysis of an antigenic system in the mouse (the H-2 system). Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 1955. Vol. 144. P. 369–380.
-
Bach F., Amos D.B. Phenotyphic expressions of the major histocompatibility locus in man (HLA): leukocyte antigens and mixed leukocyte culture reactivity. J. Exp. Med. 1968. Vol. 128. P. 623–639.
-
Bach R, Hirschhorn K. Lymphocyte interaction: a parennial histocompatibility test in vitro. Science. 1964. Vol. 143. P. 813–814.
-
Bjorkman P.J., Saper M.A., Samraoui B. et al. Structure of the human class I histocompatibility antigen, HLA-A2. Nature. 1987. Vol. 329. P. 506–512.
-
Bjorkman P.J., Saper M.A., Samraoui B. et al. The foreign antigen binding site and T cell recognition regions of class I histocompatibilty antigens. Nature. 1987. Vol. 359. P. 512–518.
-
Bodmer W.F. Evolutionary significance of the HLA system. Nature. 1972. Vol. 237. P. 139–145.
-
Bodmer W. HLA polymorphism: origin and maintenance. HLA 1997 / eds P. Terasaki, D. Gjertson. Los Angeles, 1998. P. 1–7.
-
Bodmer W., Bodmer J.G. Evolution and function of the HLA system. Br. Med. Bull. 1978. Vol. 3. P. 309–316.
-
Brodsky F.M., Parham P., Barnstable C.J. et al. Monoclonal antibodies for analysis of the HLA system. Immunol. Rev. 1979. Vol. 47. P. 3–61.
-
Dausset J. Iso-leuco-anticorps. Acta Haematol. 1959. Vol. 20. P. 156–166.
-
Dausset J. The major histocompatibility complex in man: past, present, and future concepts. Nobel Lecture. Science. 1981. Vol. 213. P. 1469–1474.
-
Dausset J., Contu L. Is the MHC a general self-recognition system playing a major unifying role in an organism? Hum. Immunol. 1980. Vol. 1. P. 5–17.
-
Gorer P.A., Lyman S., Snell G.D. Studies on the genetic and antigenic basis of transplantation. Linkage between a histocompatibility gene and «fused» in mice. Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 1948. Vol. 135. P. 499–505.
-
HLA Nomenclature. URL: http://hla.alleles.org/nomenclature/stats.html
-
Klein J. The major histocompatibility complex of the mouse. Science. 1979. Vol. 203. P. 516–521.
-
Li Y., Depontieu F.R., Sidney J., Salay T.M., Engelhard V.H., Hunt D.F. et al. Structural basis for the presentation of tumor-associated MHC class II-restricted phosphopeptides to CD4+ T cells. J. Mol. Biol. 2010.Vol. 399, N 4. P. 596–603. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2010.04.037
-
Patel R., Mickey M.R., Terasaki P.I. Serotyping for homotransplantation of kidneys from unrelated donors. N. Eng. J. Med. 1968. Vol. 279. P. 501–506.
-
Robinson M.A., Noreen H.J., Amos D.B., Yunis E.J. Target antigens of cell-mediated lympholysis discrimination of HLA subtypes by cytotoxic lymphocytes. J. Immunol. 1978. Vol. 121. P. 1486.
-
Snell G.D. Histocompatibility genes of the mouse. I. Demonstration of weak histocompatibility differences by immunization and controlled tumor dosage. J. Natl Cancer Inst. 1958. Vol. 20. P. 787–824.
-
Stickel D.L., Amos D.B., Robinson R.R., Glenn J.F., Zmijewski С.М., Metzgar R.S. et al. Renal transplantation with donor recipient tissue-matching: preliminary report of first case in North Carolina. N. C. Med. J. 1965. Vol. 26. P. 379–383.
-
Van Rood J.J., Eernisse J.O., Van Leeuwen A. Leucocyte antibodies in sera from pregnant women. Nature. 1958. Vol. 181. P. 1735–1736.
-
Zinkernagel R.M., Doherty P.C. Restriction of in vitro T cell-mediated cytotoxicity in lymphocytic choriomeningitis within a syngeneic or semiallogeneic system. Nature. 1974. Vol. 248. P. 701–702.
Глава 2. Геномика и протеомика генов иммунного ответа
Иммуногенетика — это направление иммунологии, задачей которого является изучение генетического контроля, то есть регуляции иммунного ответа человека. Естественно, что эта функция — одна из основных функций организма. Как было сказано выше, основной генетической структурой, выполняющей данную функцию, является так называемый главный комплекс генов тканевой совместимости.
Система HLA , обеспечивая регуляцию иммунного ответа, осуществляет такие важнейшие функции, как взаимодействие всех иммунокомпетентных клеток организма, распознавание своих и чужеродных, в том числе измененных собственных, клеток, запуск и реализацию иммунного ответа, обеспечение временной толерантности организма матери к тканенесовместимому плоду в период его вынашивания и в целом обеспечивает выживание человека как вида в условиях экзогенной и эндогенной агрессии [16]. Все многообразие указанных функций обеспечивается полиморфизмом данной генетической системы и ее продуктов — антигенов HLA.
Система HLA — одна из самых сложных, наиболее хорошо изученных и вместе с тем загадочных генетических структур в геноме человека. Так, если еще в 1987 г. расстояние между его условными границами оценивалось в 2000 kb, то в настоящее время оно расширено более чем в 2 раза, причем протяженность отдельных его элементов — генных кластеров — колеблется в широких пределах в зависимости от гаплотипа HLA [83]. Карта генов главного комплекса тканевой совместимости человека представлена на рис. 1-4.
По выполняемой функции гены HLA делятся на три группы: охарактеризованные гены, псевдогены и гены с неустановленной функцией. На основании исследования главных комплексов гистосовместимости различных видов высших организмов был сделан вывод о том, что этот генный комплекс расширялся за счет дупликации, что, в свою очередь, давало определенные преимущества организмам с более полиморфной системой HLA в процессе эволюции. Однако вопрос о том, какие причины привели к подавлению экспрессии ранее функционировавших генов HLA, остается открытым [15, 55].
Представления о строении системы HLA постоянно развиваются. Ранее, со времени открытия Ж. Доссе, основным объектом исследования могли служить только белки — антигены HLA, выявляемые с помощью антител или в клеточно-опосредованных реакциях, поэтому представления о комплексе генов HLA могли формироваться в основном на анализе косвенных данных. Эти данные основывались на изучении антигенов HLA в популяциях и при семейном анализе. Благодаря развитию молекулярной генетики и молекулярной иммунологии появилась возможность выявления и изучения самих генов HLA.
Особенный прогресс в этом направлении произошел после открытия и внедрения в исследования в области изучения системы HLA метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) и прямого секвенирования генов (ПСГ) системы HLA , позволяющих анализировать необходимые для исследований участки ДНК, что, в свою очередь, открыло широкие возможности для быстрого и точного анализа молекулярного полиморфизма HLA, включая выявление новых генов, в том числе на уровне аллельных вариантов, количество которых уже приближается к 33 000 [63] (рис. 2-1).

Это увеличение произошло как за счет открытия новых генов HLA, так и вследствие установления многочисленных аллельных вариантов уже известных генов. Было также установлено, что многие молекулы HLA, которые ранее рассматривались как «конечное» функциональное звено системы HLA , например HLA-DR4 , в действительности подразделяются на целый ряд субспецифичностей в зависимости от того, каким аллельным вариантом гена DRB1*04 они кодируются. Несмотря на минимальный уровень различий этих молекул (3–4 аминокислотных замены), они выполняют совершенно различные, а иногда — противоположные функции. Так, в частности, среди аллельных вариантов гена DRB1*04 имеются как положительно ассоциированные с предрасположенностью к развитию инсулин-зависимого сахарного диабета — сахарного диабета 1-го типа (СД1), то есть генетические маркеры предрасположенности к диабету, так и отрицательно ассоциированные, то есть обеспечивающие «устойчивость» к развитию данного заболевания. При этом следует отметить, что при наличии в генотипе HLA двух аллельных вариантов различной направленности доминирующим оказывается протективный вариант [1, 2].
2.1. Молекулярно-генетическая структура системы HLA
Расшифровка генома человека стала одним из достижений человечества в XX в. Однако эту работу никак нельзя считать законченной. Более того, основная часть практических результатов будет, по-видимому, получена в течение не одного десятка лет. Это связано с тем, что сама по себе расшифровка отдельных участков генома далеко не всегда дает возможность применить эти знания на практике. Необходимы установление и изучение функции белковых продуктов тех или иных генов, поскольку именно они принимают непосредственное участие в осуществлении различных функций организма. Этот этап изучения геномики человека называется протеомикой. Разумеется, достижения и прорывы в различных областях протеомики неоднозначны. Однако есть много оснований для того, чтобы считать, что наибольшие знания не только геномики, но и протеомики имеются сегодня в области исследований главного комплекса тканевой совместимости человека — системы HLA . Последнее объясняется тем, что уже с конца 1950-х гг. интенсивно исследовались именно белковые продукты системы HLA и на основании их анализа судили о генах HLA . Таким образом, к началу периода изучения именно геномики HLA протеомика данной генетической системы была изучена достаточно полно. При этом следует напомнить, что и начало исследований геномики HLA (1980-е гг.) значительно опередило начало интенсивных исследований в области геномики человека в целом. Результатом этого стал факт наиболее полного и широкого понимания не только структур, но и функции (то есть протеомики) системы HLA .
Тем не менее при изложении современного состояния знаний в области геномики и протеомики системы HLA мы сочли целесообразным представление данных не в порядке их получения, то есть начиная с протеомики, а с геномики. Это связано с тем, что именно такая последовательность является, на наш взгляд, более логичной для освещения современных знаний о функции системы HLA.
Традиционно гены HLA и их продукты разделяют на 3 класса — I, II, III. Причем в клеточном взаимодействии и регуляции иммунного ответа участвуют в основном антигены HLA классов I и II — продукты соответствующих генов (класс I и II).
Гены HLA класса I, которые иногда также по традиции называют генами, кодирующими трансплантационные антигены, первоначально были подразделены на 3 локуса, называемые А, В и С. Однако сегодня, кроме генов этих локусов, в класс I системы HLA включаются еще 18 генов HLA класса I, 11 из которых являются псевдогенами, а 7 — ассоциированы с продуктами транскрипции [65, 83].
Расположение генов А , В и С на хромосоме следующее: крайний к центромере локус HLA-B на 0,2 сМ (1 сМ соответствует 1×106 пар нуклеотидов ДНК); в сторону теломеры расположен локус HLA-C и на 0,8 сМ в сторону теломеры расположен локус HLA-A [55].
«Соседом» кластера генов HLA класса I является ген, относящийся к классу III, — С2, расстояние до которого от HLA-B составляет 0,65×106 пар нуклеотидов Всего же размер кластера генов HLA класса I составляет 1,4×106 пар нуклеотидов.
Организация генов HLA класса I имеет высокую степень гомологии. В них содержится 8 экзонов (рис. 2-2). 1-й экзон кодирует сигнальную последовательность; 2-й, 3-й и 4-й — домены α1, α2 и α3 соответственно, молекулы HLA. 5-й экзон кодирует трансмембранный участок цепи, цитоплазматический участок кодируют экзоны 6 и 7. 3’-нетранслируемый участок кодирует экзон 8 (3’-UTR).
Межэкзонные различия между генами локусов А , В и С состоят в том, что гены HLA-A и HLA-В содержат втрое больше нуклеотидов (1080) в 5-м экзоне по сравнению с генами локуса HLA-C.
В дополнение к «классическим» локусам HLA-A, -В и -С к классу I относятся также гены HLA-E, -F, -G (рис. 1-4). Гены Е локализованы между HLA-B и -С , а кодируемые ими антигены экспрессируются на покоящихся (зрелых) периферических Т-лимфоцитах и клетках карциномы человека. Гены HLA-F и -G картированы в сторону от теломеры на расстояние 80 сМ [55] (рис. 1-4). Благодаря использованию метода ДНК-генотипирования с применением сиквенс-специфических олигонуклеотидов при секвенировании HLA-E установлено 295 аллельных вариантов, кодирующих 118 вариантов белков [14]. В гене HLA-F выявлено 48 аллелей, кодирующих 7 белковых вариантов [63].

Экспрессия антигенов, кодируемых локусом HLA-G, впервые была установлена на клетках хориокарциномной клеточной линии, а также на мембране клеток при хроническом цитотрофобластозе [32]. Их физиологическая функция связана в первую очередь с репродукцией (подробнее см. гл. 4). Методом Polymerase chain reaction-Restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) был установлен аллельный полиморфизм HLA-G в экзонах 2 и 3 [67]. Всего к настоящему времени установлено 94 аллельных вариантов HLA-G. Следует отметить, что вопрос о степени полиморфизма у описанных выше «неклассических» генов остается открытым, как остается открытым и вопрос о биологической функции их самих и их продуктов.
Несколько новых генов с необычной периодической структурой идентифицированы на расстоянии 250 kb от гена HLA-A в центромерном направлении. Анализ нуклеотидных последовательностей этих генов показал, что они относятся к псевдогенам. В этом же субрегионе комплекса HLA идентифицирован экспрессирующий ген, обозначенный как CD12 и расположенный на расстоянии 50 kb от гена HLA-A. Кодируемый им белок по своей структуре отличается от классических антигенов HLA класса I [30].
Также к генам HLA класса I относятся гены локуса MIC (MICA и MICB). Аббревиатура MIC расшифровывается как МНС class I Chain-related genes. Эти гены локализуются на 6-й хромосоме в непосредственной близости от HLA-B [49]. Молекула MIC-A состоит из 383 аминокислотных остатков и имеет молекулярную массу 43 кД. Антигены MIC обладают способностью связывать пептиды и другие короткие лиганды. В настоящее время не ясно, являются ли MIC-антигены более древними либо, напротив, происходящими от классических антигенов класса I [10]. При нуклеотидном секвенировании установлено 17 аллельных вариантов генов MICA и MICB, в геноме MICA обнаружено 5 различных аллельных вариантов, полиморфных по микросателлитным участкам [65]. Установлена взаимосвязь между микросателлитным полиморфизмом MICA и болезнью Бехчета. Данная ассоциация оказалась более выраженной, чем известные ранее ассоциации болезни Бехчета с классическими антигенами HLA.
В последнее время обнаружено, что антигены MICA участвуют в активации взаимодействия Т-клеточного рецептора (TCR) с молекулой МНС и принимают участие в развитии Т-клеточно-опосредованной цитотоксичности и активности НК-клеток; тем самым, в частности, играя роль в обеспечении противоракового иммунитета [11]. Таким образом, по-видимому, антигены MIC по своей физиологической значимости приближаются к таковой, установленной для классических антигенов HLA.
Молекулярно-генетический анализ позволяет разделить регион HLA класса II на отдельные локусы (рис. 1-4). Внутри локуса HLA-DR кодируются относительно неполиморфный ген α-цепи — DRA (2 аллельных варианта) и несколько генов β-цепи — DRB1–DRB9. Из данных генов β-цепи экспрессируются DRB1, DRB3, DRB4 и DRB5. Интересно, что количество DRB- генов на данной хромосоме зависит от DR-специфичности гаплотипа. Внутри HLA-DQ и -DP -региона кодируются 2 гена α- и 2 гена β-цепи. Однако экспрессированы только DQA1, DQB1 и DPA1, DPB1.
Каждая молекула HLA несет только одну антиген-связывающую бороздку, которая тем не менее должна обеспечить представление всего разнообразия пептидов. Это обеспечивается за счет экстремально высокого уровня HLA-аллельного полиморфизма. Помимо этого, двум из генов HLA класса II — HLA-DQ и HLA-DP присуща еще одна особенность: продукты этих генов имеют различные функционально активные молекулы, в зависимости от cis - и trans -положения при ассоциации α- и β-цепей. Для идентификации аллельных вариантов генов HLA Номенклатурный комитет ВОЗ ввел новую официальную номенклатуру, отличную от ранее существовавшей для обозначения антигенов HLA [14]. Естественно, что количество аллельных вариантов HLA значительно превосходит количество ранее известных соответствующих антигенов HLA. Более того, в отношении ряда локусов HLA имеются уже не количественные, а качественные отличия, поскольку серологическими или клеточно-опосредованными методами продукты ряда генов не выявляются.
Для сопоставления возможностей выявления специфичностей HLA на уровне антигенов с таковыми на молекулярно-генетическом уровне приведена табл. 2-1.
Гены HLA |
Генетический локус |
Методы установления и количество специфичностей HLA |
|
---|---|---|---|
Иммунологические методы (1956–1985) |
Молекулярно-генетические методы (1985–2022) |
||
Класс I |
HLA-A |
28 |
7254 |
HLA-B |
61 |
8756 |
|
HLA-C |
10 |
7307 |
|
HLA-E |
- |
298 |
|
HLA-F |
- |
7 |
|
HLA-G |
- |
50 |
|
Класс II |
HLA-DRA |
- |
32 |
HLA-DRB1 |
24 |
3094 |
|
HLA-DRB2-9 |
- |
808 |
|
HLA-DQA1 |
9 |
383 |
|
HLA-DQB1 |
? |
2191 |
|
HLA-DPA1 |
6 |
373 |
|
HLA-DPB1 |
- |
1909 |
|
DOA |
- |
12 |
|
DOB |
- |
13 |
|
DMA |
- |
7 |
|
DMB |
- |
13 |
|
ТАР1,2 |
- |
24 |
|
MICA, -B |
- |
625 |
|
Общее количество специфичностей |
138 |
32773 |
Действительно, из табл. 2-1 следует, что молекулярно-генетическое генотипирование HLA не только позволяет идентифицировать почти на порядок большее количество специфичностей HLA , чем серологические и клеточно-опосредованные методы, но и идентифицировать новые гены как в классе I, так и в классе II. Помимо этого, в классе II в локусах HLA-DQ и -DP идентифицируются аллельные варианты, определяемые полиморфизмом отдельных цепей, например DQA1 и DQB1.
На наш взгляд, для понимания реализации роли системы HLA было бы целесообразным более подробно осветить вопрос о роли полиморфизма отдельных генов HLA в осуществлении иммунных функций.
Так, гены DR -локуса включают 1 низкополиморфный регион, кодирующий α-цепь. До настоящего времени полиморфизм HLA-DRA установлен относительно наличия серина или валина в положении 217 [33]. Таким образом, имеются 2 аллельных варианта гена DRA.
Напротив, в высокополиморфном HLA-B -регионе полиморфизм проявляется как на уровне экспрессирующих генов, так и псевдогенов. Наиболее полиморфным из генов HLA-DRB является HLA-DRB1, насчитывающий к настоящему времени более 3090 аллельных вариантов.
Локус DQ содержит по 2 пары генов А и В (рис. 1.4). Полиморфизм этого локуса в значительной степени связан с геном DQB-1 (2193 аллеля).
Третьим из хорошо изученных локусов HLA класса II является DP -регион, в котором экспрессирующим являются также 2 гена — DPA1 и DPB1, в то время как DPA2 и DPB2 являются псевдогенами [81].
Исследования последовательности DPA1 -генов позволило установить к концу 2021 г. наличие 373 аллелей, в DPB1 -регионе было установлено 1909 аллелей [63, 73]. Следует отметить, что для антигенов локуса HLA-DP установлен значительно более низкий уровень полиморфизма (на уровне аминокислотных последовательностей) по сравнению с генами локусов HLA-DR и -DQ.
Помимо хорошо изученных генов HLA класса II, в регионе HLA-D установлены новые гены HLA (рис. 1-4), среди них в первую очередь стоит остановиться на генах HLA-DOB; HLA-DNA и особенно HLA-DM (DMA и DMB), LMP и ТАР . 3 последних локуса обеспечивают такую важнейшую функцию, как процессинг и экспрессия антигенов HLA на поверхности клеток [23].
Гены HLA-DOB выявлены в ДНК-библиотеке, полученной из В-лимфобластоидных линий, и при этом была установлена 70% нуклеотидная гомология с генами DRB, DQB и DPB. Гены HLA-DOB картированы между DQ и DP, их экспрессия установлена на уровне мРНК в В-клеточных линиях и в Т-клеточных линиях, стимулированных γ-интерфероном [83].
Гены HLA-DNA были получены из геномной ДНК, гибридизированной с HLA-DRA, и они открываются на уровне рибонуклеиновой кислоты (РНК), выделенной из В-клеточных линий [83]. Гены локализированы в непосредственной близости от HLA-DQB в сторону центромеры (рис. 1-4). Гены HLA класса III расположены на хромосоме между генами HLA класса I и II и выполняют целый ряд важнейших биологических функций. До последнего времени этот регион был сравнительно малоизучен по сравнению с генами класса I и II.
Генам HLA класса III принадлежит значимая физиологическая роль. Так, одним из генов HLA класса III, привлекающих наибольшее внимание исследователей, работающих как в области изучения структуры системы HLA, так и по проблеме «HLA и болезни», является ген CYP21. Продукт этого гена — антиген HLA-B42. Его основная функция — контроль активности цитохрома Р450. Дефицит этого фермента приводит к развитию синдрома конгенной гиперплазии надпочечников, частота которой составляет в популяции европеоидов 1/10 000. В норме функцию ферментов кодирует ген CYP21; в то время как CYP21A является псевдогеном.
Дефицит 21-гидроксилазы (21-ОН) в 25% обусловлен делецией не только CYP21B, но и гена С4В в результате генной конверсии [43]. Гены С4 (С4А и С4В) кодируют 4-й компонент комплемента. Этот сывороточный белок с молекулярной массой 200 кД синтезируется как молекула-предшественник, которая при созревании образует белок, состоящий из 3 цепей — α, β и γ (с молекулярной массой 75, 95 и 30 кД) соответственно. Компоненты С4А и С4В различаются как по физическим свойствам, так и по биологической эффективности. Так, С4А в 100 раз эффективнее, чем С4В, связывает аминогруппы. Секвенирование С4А и С4В позволило установить различия в последовательности 6 аминокислотных остатков в α-цепи.
Исследование полиморфизма С4 в различных популяциях представляет значительный интерес для изучения проблемы «HLA и болезни». Так, в популяциях европеоидов наличие «нулевого аллеля» С4А в большинстве случаев ассоциировано с делецией сегмента региона HLA класса III, включающего гены С4А и CYP21A. Помимо этого, наличие «нулевого аллеля» в гаплотипе ассоциировано с предрасположенностью к системной красной волчанке (СКВ) и другим аутоиммунным патологиям. Следует отметить, что только полное отсутствие С4 (результат гомозиготности в обоих локусах) также имеет выраженную ассоциацию с СКВ. Что касается ассоциации СКВ и гаплотипом HLA в целом, то наиболее сильная связь с предрасположенностью к СКВ установлена для гаплотипа HLA-A1-B8-DR3-C4.
Непосредственно к С4А со стороны теломеры примыкает ген G11 [79] (рис. 2-2). Ген G11 экспрессирован в моноцитах, макрофагах, Т- и В-лимфоцитах и клетках печени. Он кодирует серин/треонин-киназу, локализованную в ядре [41].
Ген В (Bf) функционирует в значительной степени совместно с геном С2 , принимая участие в «запуске» каскада комплемента, включая активацию С3- и С5-компонентов комплемента, кодирующихся генами, которые находятся вне системы HLA . Дефицит В-фактора описан только в гетерозиготе [85]. В гомозиготе дефицит В-фактора не описан и, по-видимому, является летальным.
Как С2-, так и Вf- гены полиморфны. Среди аллелей гена С2 наиболее часто встречается вариант С2С. При этом наиболее частыми в Вf- генах являются аллели F и S.
Дефицит С2 — наиболее частая форма недостаточности системы комплемента у человека (частота отсутствия С2 в гомозиготе 1:10 000). У 40% больных СКВ обнаружен дефицит С2 [78]. Отсутствие С2 связано не с делецией участка ДНК, а с нарушением транскрипции мРНК [77].
На расстоянии 92 тысяч пар нуклеотидов от С2 в сторону от центромеры, в пределах локуса МНС класса III, находится кластер генов теплового шока 70 (HSP70 — 70 kilodalton Heat Shock Proteins), включающий 3 гена — HSP70-1 (HSPA1A в соответствии с номенклатурой HGNC), HSP70-2 (HSPA1B) и HSP70-HOM (HSPA1L). Первые 2 гена имеют сходную последовательность и кодируют практически идентичные белковые продукты [64]. Третий ген теплового шока из расположенных на 6-й хромосоме локализован в 4 тысячах пар нуклеотидов дальше в сторону теломеры и также характеризуется высокой степенью гомологии с другими генами кластера. Белки, кодируемые данными генами, включают 641 аминокислотный остаток. Усиление экспрессии генов кластера HSP70 происходит в ответ на повышение температуры до 42°С.
Продукты HSPO -локуса играют определенную роль в интрацеллюлярном транспорте пептидов и вызывают развертывание белка перед преципитацией антигена. Установлен полиморфизм гена HSPO70-1 на уровне промоторного региона и HSP70-HOM на уровне кодирующего участка [64].
Крайним в сторону теломеры среди генов HLA класса III является локус TNF, отстоящий на 600 кД от локуса HLA-B [84]. В локус входят 2 гена А , кодирующие белок из 156 аминокислот, и TNF-B, кодирующий белок, включающий 171 аминокислоту.
Секвенирование генов TNF свидетельствует о 35% гомологии фактора некроза опухоли (ФНО)α и ФНОβ. Оба белка секретируются активированными макрофагами и Т-лимфоцитами и оказывают плейотропное действие на различные типы клеток, включая различные субпопуляции лимфоцитов, нейтрофилы и эпителий сосудов [51].
Указанные механизмы действия белков ФНО, а также их влияние на воспалительный процесс, опосредованный ими цитолитический и цитотоксический эффект против раковых клеток обеспечивают важнейшую биологическую функцию ФНО [69]. Помимо этого, белки ФНО участвуют в регуляции экспрессии антигенов HLA класса I на эндотелии сосудов [59], что свидетельствует об участии ФНО в развитии аутоиммунных патологий и при развитии отторжения трансплантата.
Представления о функции ФНО в последние годы значительно расширились за счет появления работ, посвященных биологической роли отдельных полиморфизмов генов TNF. Так, в частности, было установлено [3], что наличие аллеля (-308)А в промоторе гена TNF связано с увеличенной продукцией белка ФНОα клетками иммунной системы. Поэтому носители генотипа АА могут характеризоваться неадекватно увеличенной продукцией этого цитокина и, как следствие, более сильными воспалительными реакциями. Для этого же аллеля установлена ассоциация с повышенным риском развития аномалий центральной нервной системы. Установлено также, что женщины с бактериальным вагинозом — носители генотипа АА гена TNF (rs1800629) — имели высокий риск преждевременных родов [45, 61]. Найдены ассоциации аллеля (-308) F гена TNF c развитием эндотелиальной дисфункции у женщин при гестозе [4], а также с системным проявлением гестационной гипертензии во время беременности [25].
Недавно установленный ген G1, кодирующий полипептид, состоящий из 93 аминокислот, имеющий 35% идентичность с внутриклеточным Са2+ -связывающим белком кальмодулином и, по-видимому, выполняющий аналогичную кальмодулину функцию. Гены HLA класса III, относящиеся к группе G , распределены в регионе HLA класса III дискретно (рис. 1-4). Часть их (ВАT -гены) в настоящее время рассматриваются как отдельный локус.
Ген G13 кодирует белок 77 кД [53], принимающий участие в транскрипции HLA . Ген картирован на ближайшем к DRA конце региона HLA класса III (рис. 1-4).
В регионе генов HLA класса III большое количество новых генов, причем экспрессирующих, выявлено при изучении структурной организации комплекса МНС человека в рамках программы международных рабочих совещаний по изучению HLA . К ним следует отнести гены ВАТ1-9 (В-ассоциированные транскрипторы). Авторы, открывшие эти гены, ссылаясь на литературные данные и свои собственные результаты, не исключают возможности идентификации в этом регионе более чем 19 генов. К настоящему времени установлены белковые продукты 2 генов, входящих в локус ВАТ, — ВАТ2 и ВАТЗ. Это богатые пролином белки с молекулярной массой 228 и 110 кД соответственно [53]. Белок BAT2 взаимодействует с различными другими белками, участвует в процессе дифференцировки клеток. Белок BAT3, кодируемый этим геном, представляет собой ядерный белок. Он вовлечен в контроль апоптоза и регуляцию активности белков теплового шока [82].
Безусловно, обнаружение новых генов как в составе МНС, так и во фланкирующих его участках ДНК имеет большую значимость. До сих пор не исключается возможность развития заболеваний человека, обусловленных нарушениями в структуре генов, локализованных рядом с генами главного комплекса тканевой совместимости I и II классов, или функциональной активностью кодируемых ими белковых продуктов. Кандидатами на эту роль могут быть в первую очередь гены серии ВАТ. Вполне возможно, что их белковые продукты участвуют во внутриклеточном процессинге антигенов, их транспорте и других событиях, в которых также участвуют молекулы МНС I, II и III классов. Но в то же время это нисколько не противоречит данным, убедительно свидетельствующим о том, что аминокислотные замены в полиморфных эпитопах молекул тканевой совместимости II класса играют ключевую роль в нарушении физиологического иммунного гомеостаза и в запуске таких аутоиммунных заболеваний, как инсулин-зависимый сахарный диабет, псориаз и целиакия.
2.2. Протеомика главного комплекса тканевой совместимости человека
Для того чтобы лучше представить соотношение белковых молекул системы HLA и кодирующих их генов, нам представлялось целесообразным привести схему, предложенную R. Wassmuth, удачно сочетающую взаимоотношения указанных параметров [90]. Как следует из этой схемы (рис. 2-3), молекулы HLA класса I состоят из полиморфной α-цепи с молекулярной массой приблизительно 45 кД, и неполиморфной, которая представляет собой β2-микроглобулин с молекулярной массой 11,5 кД, кодируемый геном, локализованным на 15-й хромосоме. Гликозилированная α-цепь состоит из 3 экстрацеллюлярных доменов (α1, α2 и α3), трансмембранного домена и интрацеллюлярного якоря (рис. 2-3). Экзон-интронная структура генов класса I в общем отражает деление на функциональные домены (рис. 2-3 б) Как правило, гены HLA класса I состоят из 8 экзонов, общей протяженностью 3500 пар нуклеотидов. Основной полиморфизм локализован в доменах α1 и α2 , кодируемых экзонами 2 и 3. Пространственная структура антигенов HLA класса I была определена на примере антигена HLA-A2 исследователями из группы П. Бьеркман [12, 13], использовавшими для анализа растворимый антиген HLA-A2, полученный отщеплением надмембранного участка молекулы с помощью папаина. Проведенный рентгеноструктурный анализ позволил построить пространственную модель HLA-A2 с точностью до 2,6 ангстрема. Антиген HLA-A2 состоит из 2 наборов структурно гомологичных доменов: один набор образуется за счет α3- и β2-m-доменов, расположенных по соседству с мембраной; другой набор формируется α1- и α2-доменами, расположенными в отдалении от поверхности клетки.

Как видно на рис. 2-3, α3- и β2-m-домены имеют структуру β-складчатого листа и, таким образом, напоминают константный участок иммуноглобулина. Молекула образуется за счет 2 антипараллельных β-складок, соединенных внутренним дисульфидным мостиком. Одна складка состоит из 4, а вторая — из 3 β-последовательностей. Общая укладка αl- и α2-доменов не имеет ничего общего с константными и вариабельными участками иммуноглобулинов, хотя α2-домен и содержит дисульфидную связь, напоминающую связь подобного рода в иммуноглобулиновых доменах. Между доменом β2-m и доменами αl и α2 наблюдают более плотный контакт, чем между αl- и α2- и наиболее близким к поверхности клетки α3-доменом, а β2-микроглобулин поддерживает пространственно ориентированные αl- и α2-домены. Кроме того, β2-m-домен является стержневым для укладки α3-домена. Наибольший интерес представляет, безусловно, организация αl- и α2-доменов, так как именно эта часть молекулы ответственна за рестриктированное распознавание антигенов Т-клеточными рецепторами [38, 62]. Несмотря на то, что гомология между такими доменами менее выражена, они имеют общую структурную организацию и происхождение, так как они появились вследствие дупликации генов.
Каждый из доменов состоит из антипараллельных β-тяжей, сформированных 4 фрагментами молекулы, дающими в итоге N-концевую часть. Далее у каждого из доменов имеется С-концевой α-спиральный район. При объединении доменов формируется «платформа» из β-тяжей 2 доменов. α-спирали располагаются по бокам этой сформированной «платформы» под углом 40° к ее оси, то есть αl-и α2-домены образуют желоб или «корзину», дно которой образовано β-структурой, а боковые части — α-спиралями. Размер данного региона приблизительно составляет 25×10×11A. Он может связывать иммунодоминантные пептиды длиной 8-11 аминокислот.
Спиральные участки α1- и α2-доменов состоят из 2 α-спиралей. Первая спираль α1-домена более короткая (1,5 оборота, аминокислотных остатков 50–55), за ней следует более длинная вторая α-спираль (7,5–8 оборотов, аминокислотных остатков 57-85); угол между ними 110°. Спиральный район α2-домена также начинается с короткой α-спиральной последовательности (около 3 оборотов, аминокислотных остатков 138-148), затем следует длинная спираль (аминокислотных остатков 150-175); угол между ними 130°. Глубокий «желоб» между α-спиралями αl- и α2-доменов является антиген-связывающим участком. На дне его имеются углубления — «карманы», принимающие непосредственное участие в связывании пептидов, обеспечивая надежность связи между пептидом и участвующим во взаимодействии с ним участком молекулы HLA. Размер всей молекулы составляет 70 Å в длину, а ее экстрацеллюлярная часть — от 50 до 40 Å в поперечнике [83].
Вслед за кристаллографическим анализом молекулы НLА-А2-антигена «в целом» был выполнен анализ молекул HLA класса I, кодируемых аллельными вариантами HLA-A*68:01, HLA-A*02:01 и HLA-5*27:05 [38, 62]. Хотя сравнительный анализ пространственной структуры этих антигенов выявил их принципиальную близость, оказалось, что аминокислотные остатки αl- и α2-доменов варьируют между изученными аллельными вариантами молекул HLA класса I. Так, при сравнении 3 молекул HLA-A*02:01, HLA-A*68:01 и HLA-B*27:05 было установлено, что различие между ними касается 11 аминокислот, находящихся в антиген-связывающей бороздке. Эти различия при кристаллографическом анализе, в свою очередь, меняют очертания карманов антиген-связывающего сайта [38, 62], что, естественно, отражается на характере связи.
Размер желоба таков, что в нем может разместиться пептид, состоящий из 9–11 аминокислотных остатков. При этом концы желоба у антигенов гистосовместимости класса I закрыты в результате взаимодействия боковых цепей аминокислотных остатков, α-спиральных участков и крайних β-тяжей.
Исследование структуры пептидов, способных взаимодействовать с продуктами определенных аллельных вариантов антигенов тканевой совместимости, позволило установить, что они имеют общие структурные черты, а именно наличие 2–3 консервативных участков последовательностей аминокислотных остатков. Боковые цепи этих аминокислот располагаются в карманах дна корзины, обеспечивая достаточно прочное связывание пептида. Как правило, пара карманов находится на участках, где располагаются N- и С-концевые фрагменты пептида, в то время как его центральная часть располагается свободно, что позволяет размещаться в бороздке пептидам разного размера и различной структуры. Профиль и характер (ионный, гидрофильный, гидрофобный) карманов варьируют от аллеля к аллелю, что также обеспечивает разнообразие взаимодействий в зависимости от аллельных специфичностей антигенов тканевой совместимости [83].
По данным рентгеноструктурного анализа [19], пространственная структура пептид-связывающего участка антигена HLA класса II (HLA-DR1) имеет те же основные черты, что и у антигенов HLA класса I (рис. 2-3 а, б). Молекулы HLA класса II (рис. 2-3) состоят из тяжелой α- и легкой β-цепи с приблизительной молекулярной массой 33–35 Кд и 29 кД соответственно. Обе цепи имеют 2 экстрацеллюлярных домена (α1 , α2 и β1 , β2 ), трансмембранный регион и интрацеллюлярный домен (рис. 2-3 б). N-концевые α1 - и β1 -домены вместе образуют антиген-связывающую бороздку молекул класса II. Трехмерная структура молекул HLA класса II имеет выраженное сходство со структурой молекул класса I [12, 86]. Это относится, в частности, и к антиген-связывающей бороздке, которая также состоит из 8-полосного β-складчатого листа и 2 α-спиралей.
В отличие от молекул HLA класса I, антиген-связывающая бороздка молекул HLA класса II «открыта» с обеих сторон, поэтому она может связывать более длинные фрагменты белков (15–30 аминокислот). При этом они могут выступать за пределы антиген-связывающей бороздки. Ген α-цепи класса II состоит из 5 экзонов. Ген β-цепи несет добавочный экзон, кодирующий последовательности цитоплазматического домена. Наибольшим полиморфизмом отличаются N-концевые α1 - и β1 -домены, кодируемые экзоном 2. При этом связывающие сайты αβ-димеров имеют противоположную направленность. Пептид располагается в желобе в вытянутом положении [83].
Модель комплекса, образуемого пептидами с антигенами HLA, основана на представлении о том, что вариабельные аминокислотные остатки антигена, расположенные внутри желоба, ответственны за связывание с пептидами, а аминокислотные остатки, локализованные на находящихся внутри желоба участках α-спиралей или на их наружной поверхности, взаимодействуют с Т-клеточным рецептором. Именно это и является субстратом двойного распознавания, при котором Т-клеточный рецептор распознает чужеродный иммунодоминантный пептид только в контексте молекулы HLA.
Структурные исследования комплексов пептид-молекул HLA свидетельствуют о том, что один и тот же аллельный вариант антигена HLA может связывать целый ряд пептидов, обладающих общими структурными чертами (якорными аминокислотными остатками, обеспечивающими надежную связь с молекулой HLA). Благодаря этому антигены, кодируемые различными аллелями HLA класса I и II, могут связывать тысячи различных пептидов [46]. При этом еще раз следует напомнить, что антигены HLA, серологически выявляемые как один антиген, но включающие в свой состав различные аллельные варианты, имеют различающийся профиль связи с этими пептидами. Понимание этого принципиально важно, поскольку, хотя речь идет о белковых молекулах HLA, осуществляющих презентацию тех или иных пептидов, прогнозировать, как они будут представлены или будут ли они представлены вообще, можно уже на основании HLA-генотипирования, то есть геномного анализа [68]. Таким образом, следует понимать, что различия, выявляемые на аллельном уровне, реализуются в возможности связывания конкретных пептидов внутри пептид-связывающей бороздки [76].
Следует также отметить, что имеется достаточно выраженный межаллельный полиморфизм в отношении связывания и презентации не только чужеродных, но и собственных пептидов, происходящих из молекул HLA.
Последняя функция, роль которой, по-видимому, состоит в распознавании «свое–чужое», может также реализоваться и в патологическом процессе в случае нарушения количественного уровня представляемых аутопептидов, что бывает, например, при развитии аутоиммунных заболеваний [34, 46, 58]. Говоря о разнообразии в связывании и представлении пептидов, которое обеспечивает аллельный полиморфизм системы HLA, следует также отметить, что не все из молекул HLA, различающихся по кодирующему их аллельному варианту, имеют равные возможности в количестве связываемых ими тех или иных пептидов. Так, например, одна лишь специфичность — молекула HLA-A-2, кодируемая аллельным вариантом HLA-A*02:01, имеет более 450 уже охарактеризованных лигандов, в то время как для большинства молекул HLA-A различных специфичностей (учитывая все их аллельные варианты) эта цифра не превышает 10 [80]. При этом часть этих молекул может связывать только один конкретный пептид.
Такого рода различия не могут не сказаться на определенных преимуществах или, напротив, «изъянах» как в плане обеспечения развития специфического противовирусного иммунитета, так и в отношении выявления злокачественно трансформированных клеток и, соответственно, предотвращения развития онкологических заболеваний [40]. Таким образом, наличие в генотипе HLA человека определенных аллельных вариантов тех или иных молекул HLA значительным образом влияет на реализацию иммунного ответа против факторов, существенно определяющих выживание данного индивида. В частности, неслучаен поэтому тот факт, что HLA-A*02:01 является одним из высокочастотных аллельных вариантов, во всяком случае — в большинстве европеоидных популяций. Этот факт — еще одно подтверждение важнейшей роли системы HLA в обеспечении выживаемости человека как биологического вида.
В большинстве случаев отдельно взятая молекула антигена тканевой совместимости способна связывать ограниченный круг пептидов. Поэтому для того, чтобы отдельные чужеродные белки не могли избежать иммунного распознавания, необходимо присутствие на клеточной мембране целого набора антигенов тканевой совместимости, включающих в гетерозиготном состоянии по 2 антигена каждого из локусов системы HLA . Отсюда же ясно, что гомозиготность организма по антигенам HLA является чрезвычайно невыгодным для него с физиологической точки зрения.
Помимо того, что в генотипе конкретных лиц могут отсутствовать специфичности HLA, способные связывать и представлять конкретные пептиды, специфический Т-клеточный рецептор не способен распознать пептид, представляемый конкретными антигенами класса II [74]. Результатом является ассоциированная с конкретным аллелем HLA «неотвечаемость» организма на какой-то конкретный агент. Следует также отметить, что подобная ситуация известна для антигенов HLA класса I, когда среди аллелей HLA класса I (локусы А и В), представляющих пептиды вируса гриппа, были выявлены аллельные варианты, при которых не происходило Т-клеточного распознавания в HLA -рестриктированном ответе [31].
В настоящее время анализ генотипов HLA на уровне аллельного полиморфизма в сопоставлении с данными об иммуногенных эпитопах конкретных возбудителей заболеваний позволяет объяснять факты резистентности отдельных индивидов к тем или иным инфекциям [22, 44] и предсказывать, каким образом та или иная вакцина (и в первую очередь построенная на пептидной основе) будет «работать» среди представителей конкретной этнической группы в зависимости от профиля HLA последней [8, 71].
Естественно, что обязательным компонентом для реализации указанного достижения молекулярной генетики является необходимость знания профиля HLA этнических групп, населяющих ту или иную страну или регион. Это особенно важно для такой многонациональной страны, как Россия, в которой профиль HLA населяющих ее этнических групп весьма различен [2].
Что же касается вопроса о возможности оценки способности развивать иммунный ответ на конкретный иммунодоминантный пептид, в том числе определяющий защиту того или иного организма от патогенов, включая особо опасные инфекции, то такая возможность в последние годы появилась также благодаря дальнейшему развитию исследований, проводимых в области изучения молекулярных основ участия антигенов HLA в развитии иммунного ответа.
Был разработан принципиально новый метод, основанный на использовании мультимерных комплексов молекул HLA с представляемыми ими пептидами. Этот метод, используемый сегодня в тетрамерных и пентамерных вариантах, позволяет на молекулярном уровне оценивать как саму способность, так и эффективность Т-клеточного иммунного ответа человека с тем или иным генотипом на конкретный иммунодоминантный пептид. Более того, появилась принципиально новая возможность прогнозировать эффективность (по доле населения, способного эффективно отвечать на иммунизацию) вновь создаваемых вакцин в определенной популяции людей в зависимости от генетического профиля HLA . Одновременно с этим появляется возможность осуществлять на основании проведения мультимерного анализа образцов крови HLA -генотипированных лиц ретроспективную оценку состояния иммунной защиты у лиц, вакцинированных в предыдущее время.
Естественно, что все сказанное выше относится только к группам населения, для которых заранее установлен характерный для них генетический профиль HLA . Несмотря на то, что подобные исследования на территории России ведутся более 20 лет, в том числе в рамках международной программы «HLA и антропология», в силу чрезвычайно выраженного этнического разнообразия населения страны до настоящего времени на ее территории имеется еще целый ряд необследованных регионов.
Таким образом, следует еще раз подчеркнуть, что выполнению всего многообразия функций системы HLA способствует ее крайне выраженный полиморфизм, который определяется как наличием различных классов антигенов HLA, так и достаточно сложной их организацией. Этому же способствует кодоминантный тип наследования антигенов HLA.
2.3. Генетический полиморфизм HLA и осуществление процессинга и презентации пептидов
Как показано на рис. 1-5, одной из важнейших функций системы HLA, реализуемой на ранних этапах развития иммунного ответа и лежащей в основе его регуляции, являются процессинг и презентация иммунодоминантных пептидов — продуктов внутриклеточного протеолиза чужеродных антигенов, против которых и будет индуцирован, а затем и разовьется иммунный ответ [19, 42, 46]. Этой функции антигенов системы HLA способствует само строение ее молекул, которое, несмотря на выраженное различие в структуре молекулы антигенов HLA класса I и II, позволяет образовать на внешнем ее конце так называемую пептид-связывающую бороздку, в которой и удерживается представляемый для распознавания пептид.
Принципиальная схема представления пептидов антигенами HLA класса I и класса II приведена ранее. Общим для антигенов класса I и II является следующее. Антиген-представляющая клетка осуществляет свое специфическое взаимодействие, представляя пептид в контексте собственной молекулы HLA, идентичной таковой на клетке, воспринимающей информацию. Именно за установление этого феномена, названного феноменом двойного распознавания, P.M. Цинкернагель и П.С. Догерти получили Нобелевскую премию. Действительно, установление этого феномена стало ключевым моментом в понимании основ регуляции иммунного ответа. В то же время существенные различия между взаимодействием, обеспечиваемым в процессе иммунного ответа антигенами HLA класса I и II. Во-первых, антигены HLA класса II обеспечивают взаимодействие антиген-презентирующей клетки с Т-хелпером, а антигены HLA класса I — с Т-эффектором-киллером. Во-вторых, помогают им в этом различные молекулы-корецепторы — CD4 для Т-хелперов и CD8 для Т-киллеров. Естественно, что различным будет и эффект этого взаимодействия. Так, распознавание пептида в контексте молекулы HLA класса II ведет к формированию популяций Th1- и Th2-Т-клеток, одни из которых индуцируют развитие гуморального иммунного ответа, а другие являются необходимым компонентом в индукции Т-киллеров. Что же касается антигенов гистосовместимости класса I, то Т-киллер, индуцированный против иммунодоминантного пептида, экспрессированного на поверхности клеток-мишеней в контексте антигенов HLA класса I, идентичного таковым, экспрессированным на Т-киллере, уничтожит их. Следует еще раз подчеркнуть, что оба эти важнейших звена «нормального», то есть физиологического, иммунного ответа строго ограничены набором антигенов HLA, кодируемых конкретным аллельным вариантом, характерным для конкретного человека. В том случае, если пептид был бы представлен для распознавания клеткой, отличающейся по антигенам HLA от распознающих клеток, то иммунный ответ развивался бы против этих представляющих клеток, то есть в этом случае речь будет уже идти о развитии трансплантационного иммунитета.
Как указывалось выше, большое значение для формирования современных представлений о физиологической роли антигенов HLA имело установление роли новых генов HLA : DM, LMP и ТАР. Это, в свою очередь, позволило конкретизировать представление о реализации функции антигенов HLA. Их функция хорошо видна на рис. 1-5.
Так, из числа антигенов, кодируемых системой HLA , первыми в систему процессинга антигенов, имеющих эндогенное происхождение (вирусы, собственные измененные и даже неизмененные антигены), включаются продукты локуса LMP (гены LMP2 и LMP7), активируемые γ-интерфероном и затем инкорпорируемые в протеасомы [18, 88]. Ген LMP2 так же известен, как RING12, a LMP7 — как RING10. Аббревиатура LMP расшифровывается как Large Multifunctional Protease, а аббревиатура RING — как Really Interesting New Genes. Ген LMP2 находится в неравновесном сцеплении с геном ТАР1. Впервые данные гены были описаны и картированы в регионе 6-й хромосомы, находящемся между генами ТАР [52]. 4 входящих в систему HLA гена — LMP2, LMP7 и RING4, RING11 — составляют кластер генов, ответственный за индукцию интерферонов [30, 31], и именно с этим связан механизм действия генов LMP2 и LMP7 в плане активации протеасом. Возможным механизмом действия продуктов генов LMP2 и LМР7 является замена ими, под влиянием индукции интерферонового статуса (ИФН)-γ, двух протеасомных субъединиц Y и X [7, 35].
Молекулы МНС класса I синтезируются в цитозоле, где до появления соответствующего пептида находятся в связи с тирозин-калретикулиновым комплексом. После связывания с пептидом происходит высвобождение молекул HLA и транспорт на поверхность клеток «пептидных насосов» ТАР (от транспортеров, ассоциированных с антигенным процессингом), также кодируемых МНС [17, 87]. Данные гены известны также как RING4 , RING12 , а также PSF1 и PSF2 соответственно (PSF — Peptide Supply Factor). Последнее название отражает функцию данных молекул, которая в целом состоит в том, что они регулируют размер и специфичность пептидов, приводя их в «соответствие» со связывающими сайтами молекул МНС класса I [46]. Эти гены аналогичны Ham1 и Нат2, открытым ранее у мышей.
В 1993 г. было установлено, что гетеродимеры ТАР-1 и ТАР-2 участвуют в окончательной сборке молекул антигенов класса I и презентации ими эндогенных пептидов [70]. Молекулы, кодируемые геном ТАР2, находятся в неравновесном сцеплении с антигенами HLA-DR, и между генами ТАР1 и ТАР2 имеется высокая частота рекомбинаций [26, 50]. Установлено, что некоторые мутации в районе генов HLA-TAP ведут к потере презентирующей функции антигенов тканевой совместимости класса I [5]. Вполне возможно, что с нарушением антиген-презентирующей функции ТАР-антигенов может быть связан высокий уровень ассоциации между аллелями гена ТАР1 и предрасположенностью к развитию такого аутоиммунного заболевания, как инсулин-зависимый сахарный диабет [47]. В то же время имеется исследование о том, что один из аллелей TAP1 -локуса, а именно R659Q, для которого характерен дефект транскрипции РНК, выявляется на клетках мелкоклеточного рака легких [6, 24]. Наконец, имеются данные [29] о том, что при синдроме Луи-Бар, характеризуемом наличием «голых Т-лимфоцитов», нарушение экспрессии антигенов HLA класса I связано именно с гомозиготным состоянием аллелей гена ТАР2.
Несмотря на то, что данная работа посвящена изложению представлений о физиологической функции системы HLA, мы сочли целесообразным обсудить как вышеизложенные, так и некоторые последующие данные в связи с тем, что они иллюстрируют, к чему приводят нарушения или полная утрата функции молекул HLA.
В отличие от молекулы класса I, обе цепи молекулы МНС класса II синтезируются в эндоплазматическом ретикулуме, откуда после временного соединения с третьей инвариантной цепью они транспортируются в эндоцитарный компартмент, где они или встречаются и затем связываются с пептидом, имеющим экзогенное происхождение, или же (если этого не произошло) деградируют в лизосомах. После связи с пептидом, заменяющим инвариантную цепь, молекулы МНС класса II переходят на клеточную мембрану [18]. Вытеснение пептидом инвариантной цепи молекул HLA класса II обеспечивают белки, также кодируемые системой HLA и названные HLA-DM . Эти белки катализируют замену «временного» пептида инвариантной цепи на специфический пептид [18, 57].
В систему DM входят 2 гена — DMA и DMB. Анализ последовательностей аллелей, входящих в гены DMA и DMB , привел к заключению [52, 70, 72, 87], что они являются более древними, чем классические молекулы генов HLA класса II. T.R. Mosmann и соавт. [66] на основании мутационного анализа картировали гены DMA и DMB между локусами DP и DQ (рис. 1-4).
Роль антигенов HLA-DM является решающей в презентации экзогенных пептидов молекулами класса II [66]. Механизм их действия состоит в удалении временно связывающей пептид молекулы CLIP (см. рис. 1-5) и освобождении связывающего сайта молекулы HLA класса II для его замещения пептидом, происходящим из экзогенного агента. Дефект функции HLA-DM ведет к нарушению замены молекулы CLIP на пептид и отмене антиген-презентирующей функции молекул класса II [91].
В целом следует отметить, что, хотя данные о новых системах HLA-LMP , -ТАР и -DM являются еще далеко не окончательными, уже сейчас ясно, что они выполняют в иммунном ответе важнейшую роль, обеспечивая физиологическую презентацию процессированных пептидов для дальнейшего развития иммунного ответа. По-видимому, с нарушениями их функций связаны некоторые формы иммунодефицитных состояний человека, в основе которых лежит потеря возможности экспрессии молекул HLA на иммунокомпетентных клетках [60].
Потеря способности к экспрессии молекул HLA на мембранах клеток является также одним из основных патогенетических звеньев развития онкологических заболеваний. Во всяком случае, в пользу этого свидетельствуют данные, приведенные в табл. 2-2.
Тип опухоли | Доля опухолей с потерей экспрессии антигенов HLA,% | Ссылка |
---|---|---|
Цервикальная карцинома |
90 |
[56] |
Опухоли молочной железы |
88 |
[21] |
Колоректальная локализация рака |
73 |
[20] |
Меланома |
51 |
[36] |
Рак гортани |
66 |
[21] |
Как указывалось выше, в целом связь между молекулами HLA и пептидами имеет много общего для антигенов HLA класса I и II. Однако и здесь имеются серьезные отличия. Так, пептид удерживается в связывающей складке молекулы HLA класса I за счет связи его N- и С-концов с определенным мотивом «аллель-специфического» участка МНС, а также за счет связи боковых цепей пептида с боковыми карманами молекулы МНС. Размер пептидов, связывающихся с молекулой HLA класса I, составляет 8–10 аминокислот [17].
Пептиды, связывающиеся с молекулой HLA класса II, более гетерогенны — 9-25 аминокислот. Связывающая бороздка молекул HLA класса II, в отличие от класса I, «открыта» для связывания с двух сторон, что создает возможность большего полиморфизма в связях HLA-пептид. Более того, в молекуле класса II зоны связывания могут выходить даже за связывающую складку. Все это дает возможность «аккомодации» более широкого спектра пептидов к молекулам HLA класса II по сравнению с классом I [18].
Переход исследований на молекулярно-генетический уровень позволил по-новому взглянуть на физиологическую функцию системы HLA . Так, молекулы МНС приобретают стабильную форму и соответствующую трехмерную конфигурацию только после того, как в связывающий сайт ее складки встраивается пептид. Только после этого молекула МНС способна мигрировать на поверхность клетки, где она готова выполнить свои функции. Удаление пептида из пептид-связывающей структуры МНС, экспрессированной на клеточной мембране, нарушает ее трехмерную конфигурацию, лишая ее возможности функционировать, и ведет к деградации молекулы [49, 75]. Комплекс МНС-пептид является чрезвычайно стабильным, очищается и кристаллизуется в единой структуре. Этот комплекс остается на поверхности клетки в течение нескольких недель, что позволяет многим «проходящим» Т-клеткам сканировать пептид, представляемый собственной молекулой МНС. Наконец, каждый пептид связывается (и удерживается в складке) с инвариантным участком, характерным для каждого из аллелей молекулы МНС и имеющим определенный мотив аминокислотных остатков, участвующий в таком связывании. Таким образом, в связь с конкретным пептидом вовлекаются конкретные же участки антигенов — аллельные варианты молекул МНС, что, по сути, и является основой генетического контроля иммунного ответа. Это положение хорошо иллюстрируют данные о том, что пептид вируса герпеса связывается с гаплотипом HLA-DQA1*05:01-DQB1*20:01, но не HLA-DQA1*02:01-DQB1*201. Различие между ними в цепи DQA1 составляет 15 аминокислотных остатков [55].
Установление этого факта и имеющаяся в настоящее время возможность анализировать аминокислотные последовательности всех аллельных вариантов антигенов HLA, включая участки, определяющие их специфичность, а также структуру пептидов, определяющих специфичность различных чужеродных агентов, включая болезнетворные, позволяют заранее предсказать соответствие тех или иных иммунодоминантных пептидов тем или иным участкам молекулы МНС. Таким образом, можно заранее предсказать генетическую отвечаемость или неотвечаемость на тот или иной агент.
В свою очередь, это дает возможность заранее решить вопрос, ответит ли данный индивидуум на вакцинацию против того или иного болезнетворного агента, а также — насколько этот ответ будет физиологичен. Это, в свою очередь, позволит прогнозировать возможность развития ряда заболеваний аутоиммунного генеза (например, ревматоидный артрит и инсулин-зависимый сахарный диабет), в генезе которых, возможно, лежит идентичность иммунодоминантных пептидов, имеющихся в структуре конкретных инфекционных агентов и конкретных эпитопов молекул HLA, кодируемых теми или иными аллельными вариантами генов HLA [9, 39].
Из описанного выше механизма распознавания пептидов в контексте антигенов тканевой совместимости есть отдельные исключения, по крайней мере в двух случаях: при пересадке органов и тканей, а также при беременности.
Одной из основных функций молекул HLA класса II является презентация иммунодоминантных пептидов для их распознавания Т-клеточным рецептором (TCR). Именно благодаря этому распознаванию TCR контролируют весь спектр различных комплексов HLA-пептид, которые постоянно презентируются на клеточной поверхности [37]. Имеется два различных семейства генов, кодируемых либо αβ-, либо γδ-Т-клеточными рецепторами. αβ-Т-клеточные рецепторы экспрессируются на 95% всех Т-клеток и проявляют большую вариабельность по сравнению с γδ-Т-клеточными рецепторами. Поэтому далее вопрос о взаимодействии Т-клеточных рецепторов будет сфокусирован на αβ-рецепторах. Вариабельность αβ-Т-клеточных рецепторов определяется случайной генной реорганизацией, комбинаторикой, удалениями (делециями) или добавлениями N-региона, возникающими в различных сегментах генов Т-клеточных рецепторов, которые реорганизуются во время развития в тимусе [28]. Гены β-цепи TCR составляют кластер множественных V-регионов, разнообразных сегментов (D) и примыкающих областей (J), которые беспорядочно создают различные VDJ-комбинации. Гены α-цепи TCR также составляют кластер множественных V-регионов и примыкающих областей (J), которые создают различные VJ-комбинации. Предположительный потенциальный репертуар уникальных Т-клеточных рецепторов (1015 ) намного превосходит реальное количество человеческих Т-клеток (1011 -1012 ) [28].
Способность распознавать антиген является важнейшим свойством лимфоцитов и обеспечивается присутствием на их поверхности специализированных антиген-распознающих рецепторов (исключение составляют естественные клетки-киллеры (ЕКК), не имеющие такого рецептора) [48].
Именно молекулы HLA ответственны за осуществление отрицательной селекции клонов, которая состоит в «выбраковке» клонов, специфичных к комплексам аутологичных пептидов с аутологичными молекулами HLA (то есть потенциально аутоагрессивных клонов), которые подвергаются «программированной гибели», или апоптозу [89].
Выжившие в результате селекции клоны Т-лимфоцитов несут рецепторы, способные распознавать чужеродные пептиды в комплексе с аутологичными молекулами HLA [54]. Специфичность этих клонов определяет «вторичный антиген-распознающий репертуар» лимфоцитов, то есть специфику реакций зрелых лимфоцитов на антигены [27].
Таким образом, система HLA закладывает и осуществляет контроль и регуляцию иммунного ответа человека, с одной стороны препятствуя аутоагрессии, а с другой — осуществляя надзор за появлением в организме чужеродных клеток (включая собственные перерожденные).
Наиболее хорошо изученным аспектом регуляторной роли HLA в иммунном ответе является его адаптивный компонент, что объясняется тем, что само развитие проблемы биологической роли HLA началось с клинической трансплантологии, где, естественно, превалирует адаптивный иммунитет, а также тем, что всю вторую половину XX в. внимание исследователей было сосредоточено на адаптивном иммунитете. Тем не менее уже в 1980-х годах в рамках исследования регуляторной роли HLA большое внимание уделялось направлению «HLA и качество иммунного ответа». С современных позиций это направление следует рассматривать как «HLA и врожденный иммунитет», поскольку основными объектами изучения иммунного ответа были классические факторы врожденного иммунитета, как то: фагоцитоз, активность ЕКК-ответа на поликлональные митогены и уровень иммуноглобулинов в сыворотке крови.
К настоящему времени удалось не только установить выраженную взаимосвязь между конкретными генотипами HLA и активностью указанных показателей врожденного иммунитета, но и получить данные о том, что этот вид HLA -ассоциированной регуляции врожденного иммунитета имеет выраженное различие на межэтническом уровне.
Список литературы
-
Алексеев Л.П., Дедов И.И., Болдырева М.Л. и др. HLA-гены — маркеры инсулин-зависимого сахарного диабета, этнические аспекты. Иммунология. 2003. Т. 24, № 5. С. 308–311.
-
Болдырева М.Н., Хаитов P.M., Дедов И.И. и др. Новый взгляд на механизм HLA-ассоциированной предрасположенности к сахарному диабету 1 типа. Теоретические и прикладные аспекты. Иммунология. 2005. Т. 26, № 6. С. 324–329.
-
Выдловская А.В., Симбирцев А.С. Функциональный полиморфизм гена TNFa и патология. Цитокины и воспаление. 2005. № 3. С. 4–10.
-
Радьков О.В., Калинкин М.Н., Заварин В.В. Влияние полиморфизма генов цитокинов на формирование дисфункции эндотелия при гестозе. Цитокины и воспаление. 2010. № 3. С. 15–18.
-
Хаитов P.M. В-клеточная регуляция иммунной системы. Иммунология. 1987. № 3. С. 10–13.
-
Хаитов P.M. Физиология иммунной системы. Российский физиологический журнал им. И.М. Сеченова. 2000. Т. 86, № 3. С. 252–267.
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю. Иммуногеномика и генодиагностика человека : национальное руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2017. 256 с. ISBN 978-5-9704-4139-8.
-
Altman J.D., Moss P.A., Goulder P.J. et al. Phenotypic analysis of antigen-specific T lymphocytes. Science. 1996. Vol. 274. P. 94–96.
-
Auger I., Lepecuchel L., Mugnier В., Roudier J. HLA-DRB1 motifs and heat shock proteins. 14th European Histocompatibility Conference, 4–7 April 2000. Montpellier, France, 2000. P. 35.
-
Bahram S., Bresnahan M., Geraghty D.E. et al. A second lineage of mammalian major histocompatibility complex class I genes. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1994. Vol. 91. P. 6259–6263.
-
Bauer S., Groh V., Wu J. et al. Activation of NK cells ad T cells by NKG2D, a receptor for stress-inducible MICA. Science. 1999. Vol. 285. P. 727–729.
-
Bjorkman P.J., Saper M.A., Samraoui B. et al Structure of the human class I histocompatibility antigen, HLA-A2. Nature. 1987. Vol. 329. P. 506–512.
-
Bjorkman P.J., Saper M.A., Samraoui B. et al. The foreign antigen binding site and T cell recognition regions of class I histocompatibilty antigens. Nature. 1987. Vol. 359. P. 512–518.
-
Bodmer J.G., Marsh S.G., Albert E.D. et al. Nomenclature for factors of the HLA system. Tissue Antigens. 1996. Vol. 49. P. 297–321.
-
Bodmer W. HLA: what’s in a name? A commentary on HLA nomenclature development over years. Tissue Antigens. 1997. Vol. 46. P. 293–296.
-
Bodmer W. HLA Polymorphism: origin and maintenance. HLA 1997 / eds P. Terasaki, D. Gjertson. Los Angeles, 1998. P. 1–7.
-
Bresnahan P.A., Barber L.D., Brodsky F.M. Localization of class I histocompatibility molecule assembly by subfraction of the early secretory pathway. Hum. Immunol. 1997. Vol. 53, N 2. P. 129–139.
-
Brodsky F.M., Lem L., Bresnahan P.A. Antigen processing and presentation. Tissue Antigens. 1996. Vol. 47, N 6. P. 464–471.
-
Brown J.H., Jaredtzky F., Gorga J.C. et al. Three dimensional structure of the human class II histocompatibility antigen HLA-DR1. Nature. 1993. Vol. 364. P. 33–39.
-
Cabrera T., Collado A., Fernandez M.A., Ferron A., Sancho J., Ruiz-Cabello F. et al. High frequency of altered HLA class I phenotypes in invasive colorectal carcinomas. Tissue Antigens. 1998. Vol. 52, N 2. P. 114–123. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1399-0039.1998.tb02274.x
-
Cabrera Т., Salinero J., Fernandez M.A. et al. High frequency of altered HLA class I phenotypes in laryngeal carcinomas. Hum. Immunol. 2000. Vol. 61. P. 499–506.
-
Carrington M., Nelson G.W., Martin M.P. et al. HLA HIV-1: heterozygote advantage B35-Cw04 disadvantage. Science. 1999. Vol. 283. P. 1748–1752.
-
Cerundelo V., Alexander J., Anderson K. et al. Presentation of viral antigen controlled by a gene in the major histocompatibility complex. Nature. 1990. Vol. 345. P. 449–452.
-
Chen H.L., Gabrilovich D., Tampe R. et al. A functionally defective allele of TAP1 results in loss of MHC class I antigen presentation in a human lung cancer. Nat. Genet. 1996. Vol. 13. P. 210–213.
-
Chen Y.-R., Pfab Т., Slowinski T. et al. Impact of genetic variation of tumor necrosis factor-a on gestational hypertension. Chin. Med. J. 2006. Vol. 119. P. 719–724.
-
Cullen M., Erlich H., Klitz W. et al. Molecular mapping of a recombination hotspot located in the second intron of the human TAP2 locus. Am. J. Hum. Genet. 1995. Vol. 56. P. 1350–1358.
-
Cumano P., Kee B.L., Ramsden D.E. et al. Development of B-lymphocytes from lymphoid committed and uncommitted progenitore. Immunol. Rev. 1994. Vol. 137. P. 5–33.
-
Davis M.M., Bjorkman P.J. T-cell antigen receptor genes and T-cell recognition. Nature. 1988. Vol. 334, N 6181. P. 395–397.
-
de la Salle H., Hanau D., Fricker D. et al. Homozygous human TAP peptide transporter mutation in HLA class I deficiency. Science. 1994. Vol. 265. P. 237–241.
-
Deng G.Y., Muir A., Maclaren N.K. She J.-X. Association of LMP2 and LMP7 genes within the major histocompatibility complex with insulin-dependent diabetes mellitus: population and family studies. Am. J. Hum. Genet. 1995. Vol. 56. P. 528–553.
-
Driscoll J., Brown M.G., Finley D. et al. MHC-linked LMP gene products specially alter peptidase activities of the proteasome. Nature. 1993. Vol. 365. P. 262–264.
-
Ellis S.A., Palmer M.S., McMichael A.J. Human trophoblast and the choriocarcinoma cell line be Wo express a truncated HLA class I molecule. J. Immunol. 1990. Vol. 144. P. 731–735.
-
Erlich H., Stetler D., Sheng-Dong R. et al. Analysis by molecular cloning of human class II genes. Fed. Proc. 1984. Vol. 43. P. 3025–3030.
-
Falk K., Rotzschke O., Takiguchi M. et al. Peptide motifs of HLA-A1, -A11, -A31, and -A33 molecules. Immunogenetics. 1994. Vol. 40. P. 238–241.
-
Fehling H.J., Swat W., Laplace С. et al. MHC class I expression in mice lacking the proteasome subunit LMP-7. Science. 1994. Vol. 265. P. 1234–1237.
-
Ferrone S., Marincola F.M. Loss of HLA class I antigens by melanoma cells: molecular mechanisms, functional significance and clinical relevance. Immunol. Today. 1995. Vol. 16, N 10. P. 487–494. DOI: https://doi.org/10.1016/0167-5699(95)80033-6
-
Garcia K.C., Teyton L., Wilson L.A. Structural basis of T cell recognition. Ann. Rev. Immunol. 1999. Vol. 17. P. 369–371.
-
Garrett T.P.J., Saper M.A., Bjorkman P.J. et al. Specificity pockets for side chains of peptide antigens in HLA-Aw68. Nature. 1989. Vol. 342. P. 692–695.
-
Gergely P. New immunological aspects of reumatoid arthritis. Allergol. Clin. Immunol. Int. 2000. Vol. 12, N 2. P. 77–81.
-
Germain R.N. The ins and outs of antigen processing and presentation. Nature. 1986. Vol. 322. P. 687–689.
-
Gomez-Escobar N., Chou C.F., Lin W.W., Hsieh S.L., Campbell R.D. The G11 gene located in the major histocompatibility complex encodes a novel nuclear serine/threonine protein kinase. J. Biol. Chem. 1998. Vol. 273, N 47. P. 30 954–30 960. DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.273.47.30954
-
Guargliardi I.E., Koppebnan В., Blum J.S. et al. Co-localization of molecules involved in antigen processing in an early endocytic compartment. Nature. 1990. Vol. 343. P. 133–139.
-
Higashi Y., Tanae A., Inoue H.H. et al. Evidence for frequent gene conversion in the steroid 21-hydroxylase P-450 gene (C21) gene: implications for steroid 21 hydroxylase deficiency. Am. J. Hum. Genet. 1988. Vol. 42. P. 17–25.
-
Hill A.V.S., Allsopp C.E., Kwiatkowski D. et al. Common West African HLA antigens are associated with protection from severe malaria. Nature. 1991. Vol. 352. P. 595–600.
-
Rimes K.P., Simhan H.N. Genetic susceptibility to infection-mediated preterm birth. Infect. Dis. Clin. N. Am. 2008. Vol. 22. P. 741–753.
-
Huczko E.L., Bodnar W.M., Benjamin D. et al. Characteristics of endogenous peptides eluted from the class I MHC molecule HLA-B7 determined by mass spectrometry and computer modeling. J. Immunol. 1993. Vol. 151. P. 2572–2587.
-
Jackson D.G., Capra J.D. TAP1 alleles in insulin-dependent diabetes mellitus: a newly defined centromeric boundary of disease susceptibility. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1993. Vol. 90. P. 11 079–11 083.
-
Janeway C.A. The T cell receptor as a multicomponent signalling machine: CD4/CD8 coreceptors and CD45 in T cell activation. Ann. Rev. Immunol. 1992. Vol. 10. P. 645–674.
-
Janeway C.A. Functions of the MHC: presentation of antigens to T cells. Plenary report at ASHI 23rd Annual Meeting, October 14–19, 1997. Atlanta, Georgia, 1997. P. 27–42.
-
Jeffreys A.J., Ritchie A., Neumann R. High resolution analysis of haplotype diversity and meiotic crossover in the human TAP2 recombination hotspot. Hum. Mol. Genet. 2000. Vol. 9. P. 725–733.
-
Kehrl J.H., Alvarez-Mon M., Delsing G.A. et al. Lymphotoxin is an important T cell-derived growth Factor for human В cells. Science. 1987. Vol. 238. P. 1144–1146.
-
Kelly A., Powis S.H. Glynne R. et al. Second proteasome-related gene in the human MHC class II region. Nature. 1991. Vol. 353. P. 667–668.
-
Khanna A., Campbell R.D. Characterization of a novel gene G13 in the class III region of the human MHC. HLA 1991 / eds K. Tsuji, M. Aizawa, T. Sasazuki. Oxford : Oxford University Press, 1992. P. 198–202.
-
Kisielow P., Von Boehmer H. Development and selection of T cells: facts and puzzles. Adv. Immunol. 1995. Vol. 58. P. 87–209.
-
Roller B.H., Geraghty D.E., de Mars R. et al. Chromosomal organization of the human major histocompatibility complex class I gene family. J. Exp. Med. 1989. Vol. 169. P. 469–480.
-
Koopman L.A., Corver W.E., van der Slik A.R., Giphart M.J., Fleuren G.J. Multiple genetic alterations cause frequent and heterogeneous human histocompatibility leukocyte antigen class I loss in cervical cancer. J. Exp. Med. 2000. Vol. 191, N 6. P. 961–976. DOI: https://doi.org/10.1084/jem.191.6.961
-
Kropshofer H., Hammerling G.J., Vogt A.B. The impact of non-classical MHC proteins HLA-DMA and HLA-DO on loading of MHC class II molecules. Immunol. Rev. 1999. Vol. 172. P. 267–278.
-
Kubo R.T., Sette A., Grey H.M. et al. Definition of specific peptide motifs for four major HLA-A alleles. J. Immunol. 1994. Vol. 152. P. 3913–3924.
-
Lapierre L.A., Fiers W., Pober J.S. Three distinct classes of regulatory cytokins control endothelial cell MHC antigen expression. Interactions with immune gamma interferon differenciate the effects of human necrosis factor and lymphotoxin from those of leukcocyte alpha and fibroblast beta interferons. J. Exp. Med. 1988. Vol. 167. P. 794–804.
-
Mach В., Steimle V. Martinez-Soria E. et al. Regulation of MHC class II genes: lessons from a disease. Ann. Rev. Immunol. 1996. Vol. 14. P. 302–310.
-
Macones G.A., Parry S., Elcousy M. et al. A polymorphism in the promoter region of TNF and bacterial vaginosis: preliminary evidence of gene-environment interaction in the etiology of spontaneous preterm birth. Am. J. Obstet. Gynecol. 2004. Vol. 190. P. 1504–1508.
-
Madden D.R., Gorga J.C., Strominger J.I. et al. The structure of HLA-B27 reveals nonamer self-peptides bound in an extended confirmation. Nature. 1991. Vol. 353. P. 321–325.
-
Marsh S.G.E. Nomenclature for factors of the HLA System, update October, November and December 2021. Int. J. Immunogenet. 2022 Feb 4. DOI: https://doi.org/10.1111/iji.12568
-
Milner С.М., Campbell R.D. Polymorphic analysis of the three MHC-linked HSP70 genes. HLA 1991 / eds K. Tsuji, M. Aizawa, T. Sasazuki. Oxford : Oxford University Press, 1992. P. 157–161.
-
Mizuki N., Ota M., Kimura M. et al. Triplet repeat polymorphism in the transmembrane region of the MICA gene: strong association of six GCT repetitions with Behcet disease. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1997. Vol. 94. P. 1298–1303.
-
Mosmann T.R., Sad S. The expanding universe of T cell subsets: Тh1, Th2 and more. Immunol. Today. 1996. Vol. 17. P. 138–146.
-
Orr H.T. HLA class I gene family: characterization of genes encoding non-HLA-A, B, С proteins. Immunobiology of HLA. Vol. II / ed. B. Dupont. New York : Springer-Verlag, 1989. P. 33–39.
-
Parham P., Lomen C.E., Lawlor D.A. et al. The nature of polymorphism in HLA-A, -B, -C molecules. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1988. Vol. 85. P. 4005–4009.
-
Permuller D.H., Dinarello C.A., Punsal P.I. et al. Cachetin/tumor necrosis factor regulates hepatic acute-phase gene expression. J. Clin. Invest. 1986. Vol. 78. P. 1349–1354.
-
Powis S.H., Mockridge I., Kelly A. et al. Polymorphism in a second ABC transporter gene located within the class II region of the human major histocompatibility complex. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1992. Vol. 89. P. 1463–1467.
-
Prillman K.R., Jackson K.W., Lindsey M. et al. HLA-B15 peptide ligands are preferentially anchored at their С termini. J. Immunol. 1999. Vol. 162. P. 7277–7284.
-
Radley E., Alderton R.P., Kelly A. et al. Genomic organization of HLA-DMA and HLA-DMB: comparison of the gene organization of all 6 class II families in the human histocompatibility complex. J. Biol. Chem. 1994. Vol. 269. P. 18 834–18 838.
-
Robinson J., Barker D.J., Georgiou X., Cooper M.A., Flicek P., Marsh S.G.E. IPD-IMGT/HLA database. Nucleic Acids Res. 2020. Vol. 48, N D1. P. D948–D955. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkz950
-
Roche P., Cresswell P. High affinity binding of an influenza haemagglutinin derived peptide to purified HLA-DR. J. Immunol. 1990. Vol. 144. P. 1849–1856.
-
Roelen D., van Bree F., van Beelen E. et al. Regulatory functions of human CD4+ T-cells recognising HLA peptides presented by self-HLA-DR. Human Immunology. 14th European Histocompatibility Conference. Montpellier, France, 2000. Vol. 61. P. 1.
-
Rotzschke O., Falk K., Stevanovic S. et al. Peptide motifs of closely related HLA class I molecules encompass substantial differences. Eur. J. Immunol. 1992. Vol. 22. P. 2453–2456.
-
Ruddy S. Component deficiencies. 3. The second component. Prog. Allergy. 1986. Vol. 39. P. 50–266.
-
Rynes R.I. Inherited complement deficiency states and SLE. Clin. Rheum. Dis. 1982. Vol. 8. P. 29–47.
-
Sargent C.A., Dunham I., Trowsdale J. et al. Human major histocompatibility complex contains genes for the major heat shock protein HSP70. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1989. Vol. 86. P. 1968–1972.
-
Sathiamurthy M., Hickman H.D., Cavett J.W. et al. Population of the HLA ligand database. Tissue Antigens. 2003. Vol. 61. P. 12–19.
-
Servenious В., Gustafsson K., Widmark E. et al. Molecular map of the human HLA-SB (HLA-DP) region and sequence of an SB-alpha (DP-alpha) pseudogene. EMBO J. 1984. Vol. 3. P. 3209–3214.
-
Singal D.P., Li J., Zhu Y. HLA class III region and susceptibility to rheumatoid arthritis. Clin. Exp. Rheumatol. 2000. Vol. 18, N 4. P. 485–491. PMID: 10949724.
-
So R. Structure and assembly of class I and class II molecules. HLA and Disease. Academic Press, 1994. P. 35-45.
-
Spies Т., Morton C.C., Nedospasov S.A. et al. Genes for the tumor necrosis factors alpha and beta linked to the human major histocompatibility complex. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1986. Vol. 83. P. 8699–8702.
-
Tokunaga K., Omoto K., Yukiyama Y. et al. Further study or a Bf silent allele. Hum. Genet. 1984. Vol. 67. P. 449–451.
-
Trowsdale J. Genetics and polymorphism: class II antigens. Br. Med. Bull. 1987. Vol. 43. P. 15–36.
-
Trowsdale J., Hanson I., Mockridge I. et al. Sequences encoded in the class II region of the MHC related to the ABC superfamily of transporters. Nature. 1990. Vol. 348. P. 741–744.
-
Van Kaer L., Ashton-Rickardt P.G., Eichelberger M. et al. Altered peptidase and viral-specific T cell response in LMP2 mutant mice. Immunity. 1994. Vol. 1. P. 533–541.
-
Von Boehmer H. The developmental biology of T lymphocytes. Ann. Rev. Immunol. 1993. Vol. 6. P. 309–326.
-
Wassmuth R. Molecular analysis of HLA-polymorphism and relevance for transplantation. Biotest Bulletin. 1997. Vol. 5. P. 539–551.
-
Weber D.A., Evavold B.D., Jensen R.E. Enhanced dissociation of HLA-DR-bound peptides in the presence of HLA-DM. Science. 1996. Vol. 274. P. 618–620.
Глава 3. Полиморфизм генов иммунного ответа и противоинфекционная защита
3.1. Полиморфизм HLA как основа поддержания биомедицинской безопасности человека
Важнейшую биологическую роль так же, как и генетический полиморфизм HLA , выполняет популяционный полиморфизм этой генетической системы. Более того, именно он сыграл и продолжает играть первостепенную роль в сохранении человечества как вида в неблагоприятных условиях окружающей среды, оказывающих все более выраженное воздействие на человека в процессе развития цивилизации.
Суть популяционного, или, как его иногда называют, межэтнического, полиморфизма HLA состоит в том, что частота встречаемости тех или иных специфичностей HLA на расовом или этническом уровне имеет выраженные различия. Так, отдельные специфичности HLA , присутствие которых в большинстве этнических групп европеоидов превышает 10% и более, во многих этнических группах монголоидного происхождения не превышают процента или даже составляют его доли. Другим фактором, имевшим порой решающее значение для судеб отдельных этнических групп или даже целых народов, является уровень популяционного полиморфизма HLA , показателем которого является количество специфичностей HLA , встречаемых в той или иной популяции.
Так, если в большинстве популяционных групп, населяющих Западную и Центральную Европу, с той или иной частотой встречаются практически все установленные на сегодняшний день специфичности HLA , то на территории Южной Америки, Азии и Северо-Востока Европы по настоящее время проживают отдельные этнические группы, полиморфизм HLA которых ограничивается 5-10% от числа известных специфичностей HLA . Естественно, что в этих популяциях резко повышена частота HLA -гомозигот. Последнее, в свою очередь, снижает возможности противоинфекционной защиты у представителей данных популяций. Наиболее ярким проявлением последствий негативного влияния низкого уровня полиморфизма HLA на судьбу отдельных этнических групп населения стало, безусловно, их практическое исчезновение во времена завоевания Южной Америки. В настоящее время, в эпоху развитой медицины, расширение контактов представителей подобных этнических групп при промышленном освоении новых труднодоступных ранее территорий (в том числе в России) несет для них определенную инфекционную опасность. Для предотвращения такой опасности необходимо не только тщательное медицинское обследование подобных групп населения, но и исследование их генетического профиля HLA в целях установления вероятности такого рода опасности.
Таким образом, экстремальный аллельный полиморфизм системы HLA служит мощным механизмом вариабельности и естественного отбора человека как вида и позволяет ему противостоять множеству постоянно эволюционирующих патогенов.
На территории России, которая является многонациональным государством, проживает множество этнических групп, относящихся либо к европеоидной, либо к монголоидной расе, что определяет высокую полиморфность генофонда российских популяций и этносов. Свидетельством выраженного полиморфизма на уровне межэтнических различий являются данные о частоте встречаемости 3 выбранных нами специфичностей HLA-DRB1 (типированных на уровне низкого разрешения) в 10 этнических группах, относящихся по расовой принадлежности или к европеоидам, или к ориентам (рис. 3-1). Выбор в качестве примера для исследования именно гена HLA-DRB1 определен тем, что он сам и кодируемые им антигены играют особую роль, как было сказано выше, в осуществлении физиологической регуляции иммунного ответа. Естественно, нужно понимать, что представленная на данном рисунке информация является лишь малой частью информации об этническом полиморфизме HLA . Однако представление полной информации невозможно из-за ее объема. Так, если на представленном рисунке содержатся данные о 3 специфичностях HLA , можно легко представить, какое место заняла бы информация о 33 000 специфичностей HLA .

На рис. 3-1 представлены данные о распределении специфичностей HLA-DRB1*01; -DRB1*04 и -DRB1*09 в следующих этнических группах: 2 группы русских (одна — жители Москвы, вторая — поморы, коренные жители побережья Белого моря, Архангельской области); мари (Республика Марий Эл), татары (Республика Татарстан). Перечисленные выше группы относятся к европеоидной расе. Удмурты (жители Среднего Урала); ненцы (Ямало-Ненецкий автономный округ); тувинцы (Республика Тыва); буряты (Республика Бурятия); калмыки (Республика Калмыкия) — эти группы относятся к монголоидной расе. Что касается саамов (Карелия), то их расовая принадлежность является объектом дискуссий среди антропологов. Как следует из представленных данных, 3 этнические группы европеоидов (2 группы русских и татары) имеют сходное по своему характеру распределение исследованных специфичностей: наиболее высокий уровень HLA-DRB1*04, несколько ниже -DRB1*01 и наиболее низкий уровень -DRB1*09. В количественном отношении частоты всех указанных специфичностей наиболее высоки у поморов, вслед за ними идут москвичи, а затем татары. В целом и характер этого распределения, и абсолютные частотные значения укладываются в характерные для всех других популяций Центра и Севера Европы. У мари же имеются выраженные отличия, а именно: чрезвычайно высока частота специфичности DRB1*01, и, напротив, частота HLA-DRB1*04 является наиболее низкой по сравнению с другими европеоидными группами. Более выражены различия по изученным специфичностям внутри групп ориентов: частота HLA-DRB1*01 — наиболее высокая среди удмуртов и наиболее низкая среди тувинцев и бурят; частота HLA-DRB1*04 высока у всех изученных групп, за исключением удмуртов, у которых она является самой низкой среди всех изученных групп в целом. Что же касается HLA-DRB1*09, то частота данной специфичности практически одинакова, за исключением ненцев, у которых она более чем в 3 раза выше по сравнению с остальными группами. Наиболее вероятным объяснением этому является тот факт, что в отличие от других этнических групп ориентов, связанных между собой азиатским происхождением, группа ненцев связана с американскими ориентами (индейцами). Для последних также характерна высокая частота специфичности HLA-DRB1*09.
Что же касается саамов, как расовая принадлежность, так и происхождение которых спорно, то и по распределению HLA им присуща определенная особенность. Она характеризуется тем, что частота специфичности HLA-DRB1*04 у них чрезвычайно высока и не имеет аналога по сравнению с другими исследованными популяционными группами мира. Распределение же других специфичностей является промежуточным между ориентами и европеоидами и при этом обнаруживает большее сходство с последними. Возможно, саамы, которых чаще всего относят к реликтовым группам Северо-Западной Европы, могли оказать влияние на формирование профиля HLA европеоидных популяций.
Приведенные данные достаточно красноречиво свидетельствуют о наличии межрасового и межэтнического различия по специфичностям HLA , которое весьма четко проявляется среди этнических групп, населяющих в течение многих столетий Россию. Примечательно, что имеется принципиальное сходство профиля HLA у групп ориентов (тувинцы, буряты), проживающих в течение исторических эпох в окружении других групп ориентов, и ориентов (калмыки), проживающих в окружении европеоидных групп.
Следует отметить следующее. Сами по себе различия между профилем HLA представленных популяций русских (европеоидов) и 5 популяций ориентов закономерны. Однако результаты широкомасштабного исследования, выполненного сотрудниками Института иммунологии [7], выявили достаточно существенные различия в профиле HLA , имеющиеся у представителей групп русского населения, проживающих в различных регионах европейской части России. В данной работе были исследованы 7 групп русских, случайным образом отобранных здоровых лиц, из которых 5 групп — жители сельских районов (в третьем поколении живущие в одной местности) и 2 группы — горожане. Сельские жители были из Архангельской (n =82), Костромской (n =126), Вологодской (n =121) и Смоленской областей (n =156), а также из районов Удмуртии (n =159). Горожане были из Москвы (n =300) и Астрахани (n =82).
На основании вычисленных частот гена DRB1 и гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 были рассчитаны генетические расстояния и построены соответствующие матрицы генетических расстояний. Был проведен кластерный анализ, графически представленный на рис. 3-2 и 3-3 в виде дендрограмм и многомерного шкалирования, представленного в виде двумерных графиков на рис. 3-4 и 3-5.




Дендрограммы, построенные на основе кластерного анализа, демонстрируют, что при использовании для анализа частот гена DRB1 и частот гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 все исследованные группы делятся на два кластера, один из которых состоит из русских г. Москвы, г. Астрахани и Смоленской области, а второй включает все остальные исследованные группы. Структура кластеризации московско-смоленско-астраханской группы, построенная на основе частот гена DRB1, не отличалась от таковой, построенной на основании частот гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1. Другая картина наблюдается для кластера, в который входят все остальные исследованные группы. Если при расчетах генетических расстояний на основе частот гена DRB1 из общей группы выделяются русские из Удмуртии, то при расчетах генетических расстояний на основе частот гаплотипов из общей группы выделяются жители Архангельской области. Следует также отметить, что величина шкалы генетических расстояний при использовании гаплотипов HLA больше, чем при использовании частот конкретного гена. Это связано, скорее всего, с тем, что число возможных (и выявленных) вариантов трехлокусных гаплотипов значительно больше, чем число вариантов одного гена. Так, в данном исследовании были определены 40 вариантов гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 по сравнению со всеми возможными 13 вариантами одного гена DRB1 (типированного на уровне низкого разрешения). Поэтому, вероятно, использование гаплотипов, в которые входят несколько генов, позволяет выявлять более «тонкие» различия между популяционными группами.
Те же закономерности наблюдаются и на графиках многомерного шкалирования. Использование частот гаплотипов для расчета генетических расстояний дает более четкую картину кластеризации исследованных групп, хотя основные, «грубые» закономерности вполне отражают и графики, построенные на основе частот одного гена DRB1.
Наиболее полные данные по европейским русским были добыты в ходе «Русской антропологической экспедиции». Она была организована Институтом этнографии АН СССР и продолжалась 5 лет, с 1955 по 1959 г. В ходе этой экспедиции антропологи обследовали более 100 групп русских [9]. Антропологи используют для исследований такие методы, как оценка антропоскопических признаков, описывающих рост бороды, горизонтальный профиль лица, форму носа, губ и т.д., дерматоглифику, географию фамилий и т.д. В последние годы набирает силу такое направление исследований различных популяций, как геногеография, которая использует для анализа различные генетически наследуемые факторы, в частности систему AB0, некоторые биохимические маркеры. В настоящее время в банке данных «ГЕНОФОНД» Института общей генетики РАН содержатся сведения о частотах 100 аллелей 36 генных локусов из 170 опубликованных с 1885 по 1995 г. литературных источников, характеризующих генофонд населения Восточной Европы [18]. Трудно проводить сравнение результатов типирования генов HLA в качестве генетической основы с антропологическими данными, полученными в таких масштабных, многолетних исследованиях. Это связано прежде всего с огромной разницей в количестве обследованных групп из разных регионов России по сравнению с данными, полученными специалистами Института иммунологии. Однако следует все же отметить, что основные закономерности по географическому взаиморасположению исследованных групп можно проследить даже на таком небольшом их количестве.
Представители городского населения, особенно г. Москвы, вряд ли могут иметь значение для популяционных исследований, так как представляют собой сильно смешанную группу населения из разных регионов страны. Группа москвичей была привлечена для анализа в качестве смешанной группы русских, однако русские жители г. Москвы оказались в одном кластере с жителями Смоленской области и г. Астрахани, что, вероятно, свидетельствует о том, что исследованная группа москвичей в большей мере генетически связана с южными и западными областями России, чем с северными. Интересно также, что жители такого крупного города, как Санкт-Петербург [76], в большей мере оказались похожими на жителей северных областей России, так как на графике многомерного шкалирования (рис. 4-5) из всех исследованных групп ближе всего к ним оказались жители Костромской и Вологодской областей. Жители Архангельской области существенно удалены от основной группы популяций, что, вероятно, отражает их значительно более северное проживание и генетическую близость к таким североевропейским популяциям, как норвежцы и финны [63]. Группа русских из Удмуртии также удалена от основной группы популяций, что отражает ее более восточное географическое расположение и влияние на ее генофонд популяционных групп, принадлежащих к уральской расе, в непосредственном соседстве с которыми проживает эта группа русских.
Таким образом, полиморфизм системы HLA, характерный для каждой конкретной группы населения, оказывает существенное или даже определяющее влияние на биологическую стабильность данной этнической группы. В данной главе обсуждался вопрос о том, каким образом этот эффект реализовался (и продолжает реализовываться в настоящее время) в способности к противостоянию инфекционным заболеваниям различной этиологии на уровне тех или иных популяций. При этом особое внимание обращено на роль полиморфизма HLA и гетерозиготности в этом процессе, являющимся по сути одним из важнейших компонентов биобезопасности на уровне той или иной этнической группы, нации и страны в целом [31, 32].
Система HLA обладает еще одним уникальным свойством — обеспечение на физиологическом уровне высокого полиморфизма и гетерозиготности популяций и человечества как вида. Эта функция реализуется в активном участии системы HLA в репродуктивном процессе.
HLA -маркеры многих заболеваний, в первую очередь заболеваний, связанных с нарушением иммунитета, рассматриваются в качестве маркеров, имеющих патогенетическое значение [14, 30]. Применяется два метода или подхода для изучения связи HLA и заболеванием: популяционные исследования (эпидемиологический подход) и семейные исследования (генетический подход). Эпидемиологический подход устанавливает наличие ассоциаций между заболеваниями и генами HLA в результате сравнения частот генов HLA у больных и здоровых людей. Показателем различия этих частот служит величина относительного риска (ОР), отражающая выраженность ассоциаций. Величина ОР показывает, во сколько раз риск развития заболевания выше в случае присутствия в фенотипе определенной специфичности HLA , чем при ее отсутствии. ОР — статистическая величина, ее достоверность проверяется по критерию χ2 или точному тесту Фишера, с поправкой на количество сравниваемых антигенов.
Принята общая концепция, что предрасположенность к заболеванию обусловлена геном Ds (Disease susceptibility gene), который находится в неравновесном сцеплении с известным геном HLA . Такой ген Ds не обязательно является геном иммунного ответа. Для обозначения степени выраженности неравновесного сцепления между геном HLA и геном Ds введено понятие «сила ассоциации или атрибутивного риска». Величина атрибутивного риска (δ) может иметь значение от 0 до 1 и показывает, какая из ассоциированных с заболеванием специфичностей HLA имеет наиболее выраженную ассоциацию. Величина δ =1 означала бы, что данный ген HLA и является геном Ds .
При анализе связи антигенов HLA с заболеванием используются два дополнительных понятия: «этиологическая фракция» и «превентивная фракция». Этиологическая фракция (ЭФ) как показатель силы ассоциации по своему смыслу сходна с показателем атрибутивного риска и вычисляется при положительной ассоциации (ОР >1). Величина ЭФ отражает ту часть больных, у которых заболевание возникло именно благодаря наличию данного гена HLA или сегрегирующего с ним гена предрасположенности к заболеванию.
Если имеется отрицательная ассоциация (ОР <1), определяется величина превентивной фракции (PF — Preventive Fraction). Величина PF показывает ту часть случаев, когда заболевание не развилось благодаря наличию ассоциированного гена HLA (или сегрегирующего с ним гена резистентности к заболеванию) из всех гипотетических случаев заболевания, которые наблюдались бы среди лиц, имеющих ассоциированный с болезнью ген HLA , если бы не действовали HLA -сцепленные защитные факторы.
На основании популяционных исследований можно определить способ наследования HLA -ассоциированного гена Ds и частоту гена Ds в популяции, что имеет большое значение для популяционного прогноза [4].
При семейных исследованиях определяется не ассоциация, а сцепление заболеваний с гаплотипом HLA . В этом случае связь с HLA выражается в том, что определенный гаплотип HLA сегрегирует в семье вместе с заболеванием. Семейные исследования важны, например, в том случае, если ген Ds, хотя и находится рядом с определенным геном HLA , но не имеет или имеет с ним незначительное неравновесное сцепление и поэтому не выявляется при популяционном анализе. Для определения генетического сцепления были разработаны следующие методы: метод максимальной вероятности «Lod scores», метод пар сибсов, а также методы установления наследования HLA -сцепленного гена Ds .
Очень важен с практической точки зрения вопрос о диагностической ценности HLA -типирования. Возьмем пример с анкилозирующим спондилитом, имеющим очень сильную ассоциацию со специфичностью HLA-B27. Специфичность HLA-В27 встречается примерно у 90% больных анкилозирующим спондилитом в европеоидной расе. В группе сравнения (здоровые лица) — 8%, ОР будет равен 103,5. Абсолютный или индивидуальный риск развития заболевания среди здоровых лиц, имеющих данную специфичность HLA (при условии, что, например, частота болезни в данной популяции F равна 1/1000), будет равен 1%. Эта прогностическая величина может в значительной степени варьировать в зависимости от частоты болезни в популяции, пола, возраста и других факторов.
Ценность HLA -типирования в диагностике главным образом зависит от вероятности a priori, основанной на клинических, лабораторных и других находках, указывающих на то, что данный пациент болен. Если после обследования больного диагноз анкилозирующего спондилита (a priori вероятность 0,5%) может быть поставлен врачом с 50% вероятностью, то при выявлении в его фенотипе специфичности HLA-B27 вероятность такого диагноза увеличивается до 91,8%. В то же время при отрицательном результате теста (отсутствии в фенотипе антигена В27) вероятность наличия данного заболевания снижается до 9,8%.
Практически ни одна из выявленных ассоциаций не является абсолютной. Можно предположить несколько причин, объясняющих неполную ассоциацию. Исключением является ассоциация между HLA-DRB2 и нарколепсией в японской популяции, где зарегистрировано наивысшее значение ОР — около 300. При этом частота данной специфичности среди японцев является одной из самых низких среди обследованных на сегодняшний день популяций. И все установленные на сегодняшний день больные нарколепсией японцы несут в генотипе данную специфичность. Только в этом случае есть основания утверждать, что в японской популяции Ds -геном является HLA-DRB2 .
3.2. Популяционный полиморфизм HLA и его связь с устойчивостью и чувствительностью к инфекционным заболеваниям как фактор, определяющий биомедицинскую безопасность населения
Как указывалось выше, главный комплекс тканевой совместимости человека (HLA) играет чрезвычайно важную роль в регуляции иммунного ответа, а также обеспечивает целый ряд других важнейших физиологических функций организма (гены иммунного ответа являются составной частью HLA), обеспечивая поддержание постоянства генетического состава организма [30].
Благодаря своему чрезвычайно выраженному полиморфизму, HLA обеспечивает успешное выживание человека в условиях непрерывного воздействия факторов внешней среды, прежде всего инфекционного и паразитарного окружения. При этом следует напомнить, что полиморфизм HLA носит выраженный межрасовый и межэтнический характер [30].
Установлено, что скорость мутационного процесса, являющегося основой для возникновения новых вариантов генов, для генов МНС и генов других локусов, существенно не различается [76, 95]. Каким же образом происходит поддержание такого высокого уровня полиморфизма именно в системе генов главного комплекса тканевой совместимости и зачем это необходимо организму? Анализ накопленных к настоящему времени данных в различных областях биологии и медицины, где так или иначе исследовались функция и биологическая роль HLA, позволили хотя бы частично ответить на этот вопрос.
В процессе эволюции иммунная система позвоночных и, в частности, человека, развивалась и совершенствовалась под действием инфекционного окружения. Поэтому открытие P.M. Цинкернагелем и П. Догерти иммунного распознавания вирусных антигенов Т-лимфоцитами «в контексте» белков главного комплекса тканевой совместимости хозяина, за которое они были удостоены Нобелевской премии [105], позволило предположить, что генетические различия индивидуумов в локусе, кодирующем МНС-белки, могут влиять на интенсивность и эффективность ответа хозяина на инфекцию [78], определяя тем самым результат этого взаимодействия.
Изучение ассоциаций между HLA и факторами врожденного иммунитета (с учетом возможности межэтнических различий) тем более перспективно, поскольку уже сейчас накоплено достаточно данных о наличии ассоциаций между конкретными аллельными вариантами HLA и предрасположенностью или устойчивостью к тем или иным инфекционным заболеваниям человека.
Так, установлено, что специфичность HLA-DRB1*01 ассоциирована с устойчивостью к ВИЧ-1, a HLA-DRB1*04 и сцепленные с ней варианты генов DQA1 и DQB1, а также DRB1*01 и *03 [87] ассоциированы со спонтанным очищением организма от вируса гепатита С (HCV). По результатам анализа эпидемии малярии в Кении и Габоне показано, что с наличием в генотипе HLA DRB1*01 связана защита против развития тяжелых форм этого заболевания [72, 73].
Специфичности генов DR3 и DR4 связаны с сильным иммунным ответом, а специфичность гена DR2 — со слабым ответом против энтеровирусных антигенов (вирусы Коксаки) [105]. Специфичность гена DRB1*13 ассоциирована с чувствительностью к ВИЧ-1 [86], DR2 и DR11(5) — к гепатиту В [98, 100], DR2 — к лепре [23, 26], DRB*07 является генетическим маркером предрасположенности к развитию легочного туберкулеза [26], а частота аллеля DRB1*15(2) значительно увеличена среди больных вирусом папилломы (HPV16) [82]. Ассоциации аллелей HLA с чувствительностью или устойчивостью к различным инфекционным заболеваниям представлены в табл. 3-1.
Заболевание | Чувствительность | Самостоятельное очищение от патогена | Ссылка |
---|---|---|---|
Гепатит В |
DRB1*11(5) |
- |
[98] |
DR2, DR11(5) |
- |
[29, 34] |
|
Гепатит С |
- |
DRB1*11(5) |
[90] |
- |
DRB1*04 |
[52] |
|
DRB1*07 |
DRB1*11(5) |
[100] |
|
- |
DRB1*01 |
[40] |
|
DRB1*15(2) DRB1*07 |
- |
[102] |
|
DRB1*07 |
DRB1*01 |
[66] |
|
- |
DRB1*01, *03 |
[87] |
|
ВИЧ-инфекция |
- |
DRB1*01 |
[86] |
DRB1*04 |
- |
[29, 34] |
|
- |
DR5 |
[79] |
|
DRB1*13 |
DRB1*01 |
[93] |
|
Лепра |
DR2 |
- |
[25, 26, 57, 101] |
Туберкулез |
DRB1*16(2) |
DRB1*13(6) |
[61] |
DR6 |
- |
[97] |
|
DRB1*07, *15(2) |
- |
[94] |
|
DRB1*07 |
- |
[39] |
|
Хламидиоз |
DRB1*15(2) |
- |
[51] |
Гистоплазмоз |
DR15(2) |
- |
[61] |
Папилломатоз |
DRB1*16(2) |
- |
[47] |
DRB1*15(2) |
- |
[82] |
|
Вирус Коксаки |
DR2 |
DR3, DR4 |
[29, 34] |
Подобные данные имеются в литературе и в отношении ассоциаций вариантов гена DRB1 с эффективным или неэффективным ответом на вакцинацию [45].
Помимо того, что эффективность противоинфекционной защиты связана с конкретными HLA /MHC -специфичностями, находящимися в генотипе, эффективность иммунного ответа зависит также и от того, в каком состоянии, гетерозиготном или гомозиготном, эта специфичность HLA присутствует.
Дело в том, что, поскольку каждая специфичность, входящая в генотип HLA (или в генотип МНС в целом), обеспечивает возможность реагировать на определенный набор пептидов, гетерозиготность по МНС может обеспечивать эффективный иммунный ответ на более разнообразный спектр антигенов по сравнению с МНС -гомозиготами по соответствующему аллелю, где указанный спектр заведомо в 2 раза ниже [59]. Экспериментальные исследования на инбредных мышах обеспечили более четкие доказательства, что МНС -гетерозиготность усиливает иммунную резистентность к инфекциям [101].
Разумеется, эффект большего разнообразия в иммунном ответе на тот или иной патоген, обусловленный HLA -гетерозиготностью по сравнению с гомозиготностью по соответствующему аллелю, более трудно проверить у человека как вида, поскольку он имеет значительно более широкий спектр вариантов генов МНС по сравнению с инбредными линиями животных. Поэтому в работах, посвященных подобному анализу у человека, чаще используется метод сравнения по специфичностям генов HLA в различных популяционных группах при тех или иных инфекциях [83].
Результатом этих работ стали данные об ассоциациях между HLA -гетерозиготностью и резистентностью к ряду инфекционных заболеваний [84], а также установление факта более длительного выживания больных СПИДом, гетерозиготных по генам HLA , по сравнению с HLA -гомозиготными [46, 74].
Можно констатировать, что на сегодняшний день общепринята точка зрения о преимуществе HLA -гетерозигот в процессе борьбы за выживание организма в инфекционном окружении. В частности, существует точка зрения, что МНС -гетерозиготность, усиливая резистентность к инфекционным заболеваниям, обеспечивает исключение или, по крайней мере, снижение вероятности инбридинга [83, 101].
Однако такого рода отбор, осуществляемый под влиянием инфекционных агентов, не является единственным. Другой вариант направленного поддержания полиморфизма генов МНС обеспечивается системой репродукции и, в частности, неслучайным выбором партнера для воспроизведения потомства.
В настоящее время хорошо известно, что гены МНС , и в том числе HLA , играют главную роль в развитии адаптивного иммунного ответа на инфекционные патогены. Как обсуждалось выше, эти гены кодируют MHC-молекулы I и II классов, которые представляют пептиды чужеродных антигенов Т-клеткам, инициируя тем самым иммунное распознавание антигенов [65] и обеспечивая межклеточные взаимодействия в процессе иммунного ответа.
Естественно, что человек как биологический вид на протяжении всей своей истории, вплоть до того времени, когда были разработаны и внедрены подходы к борьбе с инфекционными болезнями (вакцинация, антибиотики, сульфаниламиды и т.д.), мог противостоять инфекциям только за счет активности своего иммунитета. При этом уровень этой активности у конкретных индивидуумов в значительной степени зависел от его иммуногенетического статуса, то есть от генотипа HLA. Отражением этого является сам иммуногенетический профиль не только отдельных групп, но и целых рас.
Еще в начале 1970-х годов, когда были накоплены первые данные об особенностях иммуногенетического профиля представителей различных рас и популяционных групп по антигенам HLA класса I, выдающиеся иммуногенетики Ж. Доссе и В. Бодмер обратили внимание на то, что уровень частоты ряда антигенов и гаплотипов HLA никоим образом не соответствует теоретически прогнозированному. Так, в частности, была установлена необычно высокая частота антигенов HLA-A1, -В8 и -DR3 (а также этого гаплотипа) среди представителей обследованных к этому времени европейских популяций. С этого времени указанные антигены принято называть генетическими HLA -маркерами европеоидов. Вальтер Бодмер выдвинул гипотезу, объясняющую этот факт. Он предположил, что во времена пандемий чумы, оспы и холеры шанс выжить был выше у предков современных жителей большинства европейских стран, имевших в своем генотипе именно эти аллели HLA . Позже это было подтверждено на примере вспышек брюшного типа в Суринаме, когда среди выживших европеоидов значительный процент составили лица с гаплотипами HLA-A1, -В8, -DR3.
Таким образом, система HLA явилась фактором, обусловливающим естественный отбор и формирование «нового» генетического профиля европеоидной расы в целом. Последующие исследования подтвердили это предположение. В частности, уже в 1980-е годы было установлено, что генетический профиль HLA некоторых этнических групп европеоидов, чьи предки не сталкивались с пандемиями, не несет столь высокой частоты указанных антигенов и гаплотипов HLA по сравнению с абсолютным большинством других европеоидных популяций. Так, в частности, к таким этническим группам относятся популяции высокогорной Грузии — менгрелы и сваны, которые до настоящего времени не только проживают в труднодоступных районах, но и сохранили свои древние дома-крепости, которые во времена эпидемий полностью прекращали общение с внешним миром [1, 2, 18].
Примечательно, что генетический профиль HLA представителей других этнических групп грузин практически не отличается от генетического профиля, характерного для большинства других европеоидов. Вслед за этим появились и новые доказательства, свидетельствующие о правомочности гипотезы, высказанной Ж. Доссе и В. Бодмером. Так, была установлена взаимосвязь между наличием в гаплотипе европеоидов генов HLA-A1 и -В8, а также -DR3 и особенностями иммунного статуса, позволяющими более эффективно реализовать противоинфекционную защиту вне зависимости от природы возбудителя [30.].
При сравнительном изучении полиморфизма HLA представителей коренного населения Европейского Севера России и особенностями иммунного статуса была установлена адаптивная значимость связей параметров иммунного статуса с генетическими HLA -маркерами [7, 12, 13, 63].
Учитывая тот факт, что с одними и теми же гаплотипами HLA связана устойчивость к самым различным инфекционным агентам, логично было предположить, что подобного рода ассоциации с HLA могут быть связаны не только с самой генетически обусловленной отвечаемостью к конкретному инфекционному агенту, но и с теми звеньями иммунного ответа, которые принимают участие в его реализации, то есть в его конечном эффекте; этот тезис получил первоначальное название «качество иммунного ответа». Направление было включено в качестве раздела в программу XII Международного рабочего совещания и конференции по изучению HLA [55]. Следует отметить, что в данном направлении исследований отечественные иммунологи имеют несомненный приоритет [37], хотя само это направление ранее входило в состав исследований ассоциации между HLA и иммунным статусом человека [36, 43].
К настоящему времени достаточно хорошо известно, что между отдельными специфичностями HLA и гаплотипами HLA существуют положительные и отрицательные ассоциации с теми или иными показателями иммунного статуса, а именно количественная и функциональная активность CD4+ -Т-клеток, CD8+ -Т-клеток, фагоцитарная функция нейтрофилов и ЕКК. Эти показатели в настоящее время относят к основным факторам врожденного иммунитета. Следует, однако, отметить, что абсолютное число работ в этом направлении выполнялось при обследовании представителей различных этнических групп, относящихся к европеоидной расе [38, 80, 84, 85, 91].
В работах, выполненных отечественными исследователями, было показано, что ассоциированные с HLA показатели иммунного статуса могут отличаться в различных этнических группах и расах [5]. Примером может служить исследование ассоциаций между отдельными параметрами иммунного статуса и специфичностями HLA в двух этнических группах: русские (европеоиды) и буряты (монголоиды) [5, 17]. Данные приведены в табл. 3-2.
Параметры | Буряты | Русские |
---|---|---|
IgM |
HLA-A1↑, В15↓, В40↓ |
HLA-B5↑ |
IgG |
HLA-A2↓, В7↓ |
– |
Фагоцитоз |
HLA-B12↓, В40↑ |
HLA-B27↓. |
РБТЛ-сп |
HLA-B16↓, В40↓ |
HLA-B7↓, DR2↓ |
РБТЛ-ФГА |
HLA-A10↓, DR2↓ |
HLA-B8↑, DQ2↑ |
Интерлейкин-2 |
HLA-B16↓, DR7↑ |
HLA-B7↑, DR4↓, DQ3↓ |
Условные обозначения:
↓ — сниженный уровень исследованного параметра, маркируемый данным антителом;
↑ — повышенный уровень исследованного параметра, маркируемый данным антителом;
прочерк — отсутствие связи параметра с антигенами системы HLA;
РБТЛ-сп — спонтанная реакция бласттрансформации лимфоцитов;
РБТЛ-ФГА — реакция бласттрансформации лимфоцитов, индуцированная фитогемагглютинином (ФГА).
Анализ полученных результатов свидетельствует о целесообразности дальнейшего межэтнического подхода к изучению качества иммунного ответа, ассоциированного с HLA .
Несмотря на то, что исследование этой функции системы HLA стало развиваться относительно недавно, данное направление является весьма перспективным как в фундаментальном аспекте — установление молекулярных механизмов указанных ассоциаций, так и в практическом, поскольку имеет значение для прогноза возможных неблагоприятных воздействий (включая техногенные) окружающей среды на представителей различных этнических групп.
Помимо данных, представленных в табл. 3-2, установлены ассоциации между специфичностями HLA и таким важнейшим элементом врожденного иммунитета, как естественные клетки-киллеры — ЕКК [10]. Данной популяции клеток, как известно, принадлежит весьма существенная роль в обеспечении противоинфекционной, в первую очередь противовирусной, защиты организма. Они также несут ответственность и за обеспечение элиминации из организма мутирующих, в том числе раковых, клеток, которые распознаются ЕКК по снижению или даже отсутствию экспрессии на их поверхности МНС-антигенов [62, 92].
При этом следует отметить, что роль в запуске активности ЕКК играет не только уровень экспрессии молекул HLA, но и их специфичность. Существуют данные о том, что в организме имеет место своего рода «приспособление» популяции ЕКК к генотипу HLA. Это приспособление происходит в процессе дифференцировки ЕКК, когда из их популяции элиминируются клетки, рецепторы которых не связываются с антигенами HLA, входящими в генотип организма [62, 92]. Таким образом, исключается возможность повреждения собственных «нормальных» клеток, несущих генотип хозяина, и активность ЕКК реализуется по отношению к клеткам с потерянной или ослабленной способностью экспрессии антигенов HLA.
Таким образом, можно заключить, что сам факт наличия ассоциаций между конкретными специфичностями, гаплотипами и генотипами HLA , с одной стороны, и определенными показателями иммунного статуса человека, с другой стороны, является непреложной истиной.
Многие иммунологические параметры, в отношении которых установлены эти ассоциации, относятся как к показателям адаптивного, так и врожденного иммунитета человека, изучению которого современная иммуногенетика уделяет пристальное внимание.
Врожденный иммунитет осуществляет первую и самую быструю реакцию на вторгающиеся микроорганизмы, такие как бактерии, вирусы и грибы. Эффекторные клетки, реализующие врожденный иммунный ответ, разнообразны, но имеют общую способность распознавать чужеродные агенты, осуществляющие агрессию, и тем самым инициировать эффективную защиту [68].
К факторам естественного иммунитета относятся фагоцитоз, активность ЕКК и ответ Т- и В-лимфоцитов на поликлональные митогены.
Что же касается возможных механизмов ассоциаций HLA и факторов врожденного иммунитета, то следует принять во внимание следующие соображения. Во-первых, существуют данные об определенной взаимосвязи между функцией семейства молекул CD1, относящихся к факторам естественного иммунитета, и антиген-презентирующей функцией [64]. Во-вторых, известно, что такой фактор врожденного иммунитета, как ИФН-γ, принимает активное участие в процессинге пептидов и их презентации молекулами HLA [30]. И наконец, в-третьих, гены такого важнейшего фактора врожденного иммунитета, как ФНО, относятся к генам системы HLA класса III [81].
Имеются данные о неслучайной сегрегации гаплотипов HLA от родителей с высоким или низким уровнем ЕКК к их детям, то есть о сцепленном с HLA генетическим контролем уровня ЕКК [11].
Эти представления подтверждают, в частности, данные, полученные при изучении взаимосвязи маркеров предрасположенности и устойчивости к «классическому» инфекционному заболеванию — лепре [3, 23].
Лепра является одним из инфекционных заболеваний, известных человечеству еще с библейских времен и носивших характер эпидемий в средние века. Несмотря на значительные успехи, достигнутые в XX в. при внедрении комбинированной антибактериальной терапии, проблема лепры остается до настоящего времени весьма актуальной в 55 странах мира. Ежегодно в мире регистрируется от 300 000 до 500 000 новых случаев заболевания лепрой [69].
Лепра — одна из первых инфекционных болезней, при которой была установлена роль наследственного фактора в развитии заболевания. Так, еще до открытия A. Hansen в 1874 г. возбудителя лепры D.C. Danielssen, W. Boeck [54] относили проказу к наследственным заболеваниям. Позднее исследования, выявившие конкордантность по типу заболевания у однояйцовых близнецов [48], роль эритроцитарных изоантигенов, проявившуюся в преимущественном поражении лепрой лиц с 0- и А-антигенами групп крови, а также изучение типов пальцевых узоров у больных лепрой [6], подтвердили эту точку зрения.
Представление о генетической предрасположенности к лепре нашли свое подтверждение и развитие при проведении исследований, посвященных ассоциации HLA с этим заболеванием. При этом были установлены ассоциации предрасположенности к развитию лепры с продуктами этих генов — антигенами HLA класса I, а именно: В7, В8, В40, All, A18 и др. [26, 50], а затем и с антигенами HLA класса II: DR3, DR2, DQ1 [26, 70, 99, 106]. С внедрением молекулярно-генетических методов генотипирования ассоциации с лепрой генов HLA и их аллельных вариантов были выявлены в различных этнических группах и популяциях [20, 21, 24, 102].
Благодаря санитарно-эпидемиологическим и лечебным мероприятиям, проведенным на территории СССР, распространенность лепры в значительной степени сократилась. В настоящее время на территории СНГ очаги лепры сохранились только в некоторых регионах, включая низовья реки Волги (Астраханская область), территорию Средней Азии (Республика Каракалпакстан) и Казахстана [14, 16].
Следует отметить, что лепра, которая еще 10–15 лет назад рассматривалась как «практически побежденное» заболевание (во всяком случае в абсолютном большинстве государств мира), в последние годы становится все более значимой для мирового здравоохранения. Это связано с несколькими причинами: в первую очередь с возрастанием политической, социальной и экономической нестабильности в ряде государств Африки и Азии, в том числе сопредельных с Россией. Помимо этого, за последние годы резко возрос уровень межнациональных и межэтнических контактов за счет миграции значительных групп населения и с территории сопредельных государств. Нельзя забывать и о все возрастающем объеме туристических поездок, особенно в «экзотические» страны. Несмотря на то, что лепра на территории России имеет ограниченный ареал встречаемости, нельзя исключить тот факт, что она может стать серьезной проблемой для отечественного здравоохранения.
Дело в том, что, учитывая географическое положение России и бывших стран СНГ, можно ожидать появления на их территориях носителей лепры, принадлежащих к различным этническим группам, которые с разной частотой несут в своем генотипе гаплотипы HLA , в том числе ассоциированные с чувствительностью к данному заболеванию.
Необходимо также отметить, что лепра, в отличие от большинства других инфекционных болезней, имеет чрезвычайно продолжительный инкубационный период, и пик развития клинически манифестированной лепры может проявиться через несколько лет после инфицирования.
Сотрудниками Института иммунологии (г. Москва) и ФГБУ «НИИ по изучению лепры» Минздрава России (г. Астрахань) проведено уникальное исследование, целью которого было решение вопроса о том, имеются ли выраженные различия в наличии генетических маркеров предрасположенности к лепре (включая ее различные формы) у представителей этнических групп, компактно проживающих в Каспийском регионе [19, 33].
В ходе работы обследовано 255 больных лепрой (139 мужчин и 116 женщин) в стадии клинического регресса, бактериоскопически негативных, находящихся на стационарном и амбулаторном лечении в ФГБУ «НИИЛ» Минздрава России (г. Астрахань) и Каракалпакском республиканском лепрозории (п. Крантау, г. Нукус) [19]. Среди больных лепрой: 149 русских, 66 казахов и 40 каракалпаков. Для сравнения использовались образцы крови, полученные от 254 здоровых доноров-добровольцев, не связанных кровным родством, различной этнической принадлежности: русские (n =108), казахи (n =70) — жители г. Астрахани и Астраханской области и каракалпаки (n =76) из Каракалпакстана.
Из обследованных больных лепрой 163 человека входили в группу многобактериальных (MB — MultiBacillary) больных (LLp , LLs BL, ВВ по классификации Ridley-Jopling [103]): русские (100), казахи (29), каракалпаки (34) — и 92 в группу малобактериальных (РВ — PauciBacillary) больных (ТТ, ВТ): русские (49), казахи (37), каракалпаки (6).
В исследовании был использован метод анализа трехлокусных гаплотипов HLA , позволяющий выявить глубокие закономерности ассоциаций генов HLA с предрасположенностью к лепре. Было проведено изучение распределения гаплотипов HLA-DRB1-DQA1-DQB1 по всем изучаемым этническим популяциям. При этом у больных лепрой казахов установлено достоверное увеличение частоты встречаемости гаплотипов DRB1*17-DQA1*05:01-DQB1*02:01 (ОР =2,90; р <0,05) и DRB1*01-DQA1*01:01-DQB1*05:01 (ОР =2,30; p <0,01). У больных лепрой русской и каракалпакской популяционных групп обнаружено достоверное увеличение частоты встречаемости гаплотипа DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 (в группе русских больных ОР =3,8; р < 0,001, у каракалпаков ОР =9,9; р < 0,05). У больных лепрой каракалпаков также определялось достоверное увеличение частоты встречаемости гаплотипа DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 (ОР =2,30; p<0,05). Отрицательная ассоциация (устойчивость) установлена у больных лепрой русской популяционной группы с гаплотипами DRB1*11-DQA1*0501-DQB1*0301 (ОР =0,62; p <0,05) и DRB1*07-DQA1*0201-DQB1*0201 (ОР =0,50; p <0,01), у казахов — с гаплотипом DRB1*13-DQA1*01:03-DQB1*06:02/08 (ОР =0,14; p <0,01), у каракалпаков — с гаплотипом DRB1*09-DQA1*03:01-DQB1*03:03 (ОР =0,29; p <0,05). Таким образом, сравнительный анализ обобщенных данных по всем обследованным этническим популяциям свидетельствует, что для русских и каракалпаков характерно увеличение частоты встречаемости одних и тех же аллелей и гаплотипа, а именно HLA-DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04, с которым ассоциирован и самый высокий относительный риск. Гаплотип DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 имеет низкую частоту встречаемости как в обследованных, так и в большинстве других популяционных групп здорового населения [7, 8], что подчеркивает значение увеличения его частоты у больных лепрой. Наличие такого гаплотипа может играть решающую роль в возникновении заболевания.
R.R. de Vries и соавт. [58] высказали предположение, что если существуют гены предрасположенности к лепре, сцепленные с HLA , то можно ожидать, что гаплотипы, чаще встречаемые у больных лепрой, будут редко выявляться у здоровых лиц. Низкая частота встречаемости данного гаплотипа у здоровых лиц, возможно, представляет результат влияния процесса, имевшего место еще в средние века, когда лепра носила характер эпидемий. В этом отношении имеет смысл провести параллель между предположением, сделанным В. Бодмером, о формировании профиля HLA европеоидной популяции под влиянием эпидемий, уносивших значительную часть населения в античную эпоху, эпохи Средневековья и Возрождения, и результатами данного исследования. Хотя в средние века лепра не была так распространена, как чума, оспа, холера, лепрозории существовали не только в каждом городе, но и в сельской местности около каждой кафедральной церкви [28].
В отличие от чумы, оспы и холеры, лепра имеет длительный инкубационный период и хроническое течение, то есть больные доживали до детородного возраста. Однако их изолировали от общества в лепрозориях, и им в большинстве случаев запрещалось иметь детей. Можно предположить, что лица с гаплотипом DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 имели более высокую вероятность заболевания лепрой и вследствие этого пониженную возможность оставления потомства. Такое предположение может быть одним из объяснений того обстоятельства, что лепра практически исчезла из Европы в конце XIX столетия. Таким образом, это привело к тому, что лепра, пусть не столь явно, как чума или оспа, оказала влияние на профиль HLA европеоидной популяции. Система HLA , являясь объектом естественного отбора, сформировала новый иммуногенетический профиль европеоидной расы, устойчивый не только к чуме, оспе и холере, но и к лепре, что проявилось в значительном уменьшении количества лиц, восприимчивых к ней.
Исходя из выдвинутых предположений об эволюционных процессах формирования генофонда популяций, следует признать вероятность того, что в настоящее время круг лиц, «восприимчивых» к лепре, невелик. В то же время лепра, являясь инфекционным заболеванием, продолжает распространяться в мире. У подавляющего большинства лиц, контактирующих с возбудителем лепры, развивается соответствующий эффективный клеточный иммунный ответ без клинических признаков болезни. В то же время полиморфизм генов иммунного ответа человека, определяющий уровень активности тех или иных факторов иммунитета, может оказаться решающим фактором для устойчивости или восприимчивости к лепре.
Чем определяется сдерживание болезни или ее развитие по лепроматозному (многобактериальному) или туберкулоидному (малобактериальному) типу, остается пока до конца неясным. Одно из объяснений данного феномена состоит в том, что развитие клинической симптоматики при лепре тесно связано со степенью напряженности клеточного компонента иммунитета, включая врожденный иммунитет [3, 25], что во многом определяется иммуногенетическими факторами.
В целях установления ассоциаций генов HLA с различными вариантами клинического течения лепрозного процесса проведены анализ и сравнение данных о распределении аллелей и гаплотипов HLA класса II у больных с много- и малобактериальными формами лепры. В результате проведенного исследования установлена положительная ассоциация многобактериальной лепры у больных русской популяционной группы с гаплотипом HLA-DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 (ОР =1,5; р < 0,05), а отрицательная — с HLA-DRB1*07-DQA1*02:01-DQB1*02:01 (ОР =0,56; p <0,01).
В то же время повышение частоты встречаемости гаплотипов DRB1*01-DQA1*01:01-DQB1*05:01 (ОР =2,01; р <0,05 ) и DRB1*04-DQA1*03:01-DQB1*03:02 (ОР =3,14; p <0,01 ) характерно для больных с малобактериальной формой лепры. С низкой частотой в этой группе больных встречался гаплотип DRB1*11-DQA1*05:01-DQB1*03:01 (ОР =0,50; р < 0,05). Для больных многобактериальной лепрой казахов, жителей Астраханской области также характерно повышение частоты встречаемости гаплотипа DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 (ОР =2,24; р < 0,05). Развитие малобактериальной формы заболевания ассоциируется с гаплотипом DRB1*01-DQA1*01:01-DQB1*05:01 (ОР =2,90; p <0,05). Кроме того, у больных лепрой каракалпаков достоверно повышена частота встречаемости гаплотипа DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08, а так как около 90% обследованных больных каракалпакской популяционной группы составляют больные многобактериальной лепрой, можно заключить, что повышение частоты данного гаплотипа характерно в первую очередь для многобактериальной лепры.
Таким образом, в результате проведенных иммуногенетических исследований выявлены HLA -маркеры предрасположенности к развитию различных клинических форм лепры. Эти маркеры характерны для каждой конкретной этнической популяции, хотя существуют и маркеры, определяющие клиническое течение лепры независимо от этнической принадлежности больного. В этом смысле гаплотип DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501 ассоциирован с малобактериальной формой, а гаплотип DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 — с развитием более тяжелой многобактериальной формы болезни.
При разделении больных по формам заболевания на многобактериальных и малобактериальных, в соответствии с рекомендациями ВОЗ при проведении химиотерапии, Н. Soebono и соавт. [121], изучая индонезийско-японскую этническую группу, обнаружили ассоциацию DRB1-02- специфичности с развитием многобактериальной формы лепры, для специфичности DRB1-12 была найдена отрицательная ассоциация с обеими формами. R. Rani и соавт. в Северной Индии [113], объединив больных по формам заболевания, нашли достоверное увеличение частоты встречаемости аллелей DRB1*15:01, DRB5*01:01 и снижение встречаемости аллеля DQB1*02:01 у больных многобактериальной лепрой по сравнению с малобактериальной. Следует отметить, что ассоциация между HLA и формами лепры установлена не во всех исследованиях. Так, у больных лепрой японцев хотя и отмечались достоверное увеличение частоты встречаемости аллелей HLA-DRB1*15:01, DQA1*01:02, DQB1*06:02/08 и снижение частоты аллелей DQA1*03 и DQB1*04:01 , однако при анализе больных по формам заболевания достоверных различий не выявлено [75].
Несмотря на все многообразие и противоречивость данных по выявлению иммуногенетических маркеров чувствительности к различным клиническим формам лепры, в большинстве популяций превалируют ассоциации со специфичностью HLA-DRB1*02 и ее аллельными вариантами [88, 102]. При этом следует учитывать, что в подавляющем большинстве работ акцент делался на поиске ассоциаций между отдельными аллелями локусов DR и DQ и восприимчивостью к различным формам лепры. Однако более выраженные (и, вероятно, точные) различия можно найти при использовании трехлокусных гаплотипов HLA-DRB1-DQA1-DQB1, так как число возможных (и выявленных) вариантов трехлокусных гаплотипов значительно больше, чем число вариантов одного гена. Так, специфичность DRB1*15 и гаплотип DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 встречаются практически во всех популяционных группах с умеренной или достаточно высокой частотой. Кроме того, эта специфичность и гаплотип ассоциированы не только с лепрой, но и с другими инфекционными заболеваниями [22, 61, 100]. Учитывая тот факт, что с одними и теми же гаплотипами HLA ассоциирована чувствительность к различным инфекционным агентам, логично предположить, что подобного рода ассоциации могут быть связаны не только с самой генетически обусловленной отвечаемостью на конкретный инфекционный агент [30], но и с теми звеньями (как адаптивного, так и врожденного иммунного ответа), которые принимают участие в его peaлизации. При этом наиболее выраженные ассоциации установлены для врожденного иммунитета [4, 37]. При исследовании взаимосвязи генов HLA класса II с иммунологическими показателями у больных лепрой были обнаружены ассоциации маркерных гаплотипов HLA с различными параметрами как врожденного, так и адаптивного иммунитета. Выявлено, что у больных лепрой с HLA -маркерами предрасположенности, а именно гаплотипами DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 и DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 , выявляется низкий уровень фагоцитоза, пролиферативной активности лимфоцитов и активности ЕКК [19, 27, 35].
Установленная повышенная восприимчивость к лепре у лиц, имеющих в генотипе гаплотипы HLA-DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 и HLA-DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 , позволяет пролить свет на неясные ранее вопросы о механизмах заражения, развития клинических форм болезни и путей эволюции заболеваемости. Базирующаяся на этих фактах концепция о решающей роли иммуногенетических факторов в патогенезе лепры позволяет выдвинуть предположение, что в наиболее древних очагах этой болезни в течение многих столетий в популяциях шла естественная селекция в сторону выживаемости лиц, резистентных к этому заболеванию. Очевидно, что преимущественное поражение инфекцией и более тяжелое течение лепры наблюдались у лиц с гаплотипом HLA-DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 , сцепленным с низким уровнем активности естественных клеток-киллеров [19, 27]. Кроме того, с позиций этой теории и с учетом роли всех остальных патогенетических факторов многобактериальная лепра чаще развивается у лиц с гаплотипом HLA-DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 , которому сопутствует повышение антителогенеза на фоне недостаточности функции фагоцитов и снижения пролиферативной активности Т-лимфоцитов [3, 19, 27]. Дальнейшее расширение знаний в области иммуногенетических основ патогенеза лепры будет способствовать более глубокому пониманию патогенеза и других инфекционных болезней.
Получены данные о наличии двух типов генетических HLA -маркеров: общих для обследованных групп и специфических для конкретной этнической группы. Последний вариант HLA -маркеров в ряде случаев был характерен для представителей этнических групп, проживающих в сопредельных государствах [19]. Установление этого факта свидетельствует о возрастании риска инфицирования лепрой среди представителей популяций российских граждан, имеющих общие генетические маркеры предрасположенности к заболеванию с жителями сопредельных государств, в том числе эндемичных по лепре. Помимо возможности непосредственного использования результатов проведенного исследования этих данных в целях обеспечения биобезопасности России, их необходимо учитывать при составлении долговременного эпидемиологического прогноза инфицирования лепрой в определенных регионах России.
Наличие генетических HLA -маркеров предрасположенности к целому ряду социально значимых заболеваний в ряде случаев имеет выраженные межэтнические различия (табл. 4-1). Ранее эпидемиологическая ситуация не рассматривалась с точки зрения общности и различий генетических HLA -маркеров того или иного инфекционного заболевания (в том числе особо опасного или социально значимого) в сопредельных государствах. Между тем направление исследований подобного рода является весьма перспективным, а возможно, и необходимым для эпидемиологического прогноза развития инфекционных болезней, а также послужить основой для формирования нового направления в эпидемиологии.
Использование эпидемиологического подхода может оказаться эффективным не только при сравнении распределения генетических HLA -маркеров предрасположенности к заболеванию за счет инфицирования населения больными мигрантами из сопредельных государств, но и внутри одного многонационального и этнически неоднородного государства, каким является Россия. На территории России проживает максимальное количество этнических групп, иммуногенетический профиль HLA которых к настоящему времени изучен далеко не полностью, хотя эти исследования проводит целый ряд учреждений России. Более того, в течение определенного времени советские исследователи занимали лидирующую позицию в этой области. Свидетельством этого является тот факт, что еще в 1991 г. на XI Международном рабочем совещании и конференции по изучению HLA (Иокогама, Япония) почетной медали за наибольший вклад в развитие направления «HLA и антропология» (межпопуляционный полиморфизм HLA ) были удостоены отечественные исследователи из Института иммунологии.
Следует отметить, что эпидемиологический подход может также оказаться целесообразным не только в отношении хорошо изученных инфекционных заболеваний, но и в отношении «новых» инфекций, в том числе носящих характер эпидемий и пандемий, таких как птичий и свиной грипп, а в настоящее время — SARS-CoV-2-инфекция/COVID-19. При изучении HLA -ассоциированной генетической предрасположенности к лепре в популяциях больных, относящихся к различным этническим группам, выявлены как общие, так и индивидуальные специфичности HLA и гаплотипы, ассоциированные с предрасположенностью и характером клинического течения болезни. Установлены ассоциации гаплотипа DRB1*16-DQA1*01:02-DQB1*05:02/04 с лепрой (вне зависимости от ее формы) в русской и каракалпакской популяционных группах. В казахской популяционной группе риск развития лепры ассоциирован с гаплотипами DRB1*17-DQA1*05:01-DQB1*02:01 и DRB1*01-DQA1*01:01-DQB1*05:01. Риск развития малобактериальной формы лепры ассоциирован с гаплотипом DRB1*01-DQA1*01:01-DQB1*05:01, а гаплотип DRB1*15-DQA1*01:02-DQB1*06:02/08 — с развитием более тяжелой многобактериальной формы болезни независимо от этнической принадлежности больного. Одним из механизмов реализации HLA -ассоциированной генетической предрасположенности к лепре является ассоциация между маркерными гаплотипами и показателями врожденного иммунитета [19, 33].
Вопрос о роли генов иммунного ответа в восприимчивости или устойчивости к инфекционным заболеваниям является краеугольным камнем в механизмах противостояния инфекциям различной этиологии на уровне тех или иных популяций. На формирование иммуногенетического полиморфизма популяций значительное влияние оказали различные эпидемии, имевшие место на протяжении всей истории человечества, что не могло не сказаться на формировании популяционных генотипов [44].
Полученные при исследовании лепры данные могут в определенной степени послужить еще одной моделью для изучения других, в том числе особо опасных и социально значимых, инфекционных заболеваний с учетом межэтнических особенностей распределения и различий в них иммуногенетических маркеров предрасположенности и устойчивости к той или иной инфекции. Кроме того, такого рода исследования могут быть использованы для прогнозирования эпидемиологической ситуации в различных регионах России в целях обеспечения биобезопасности государства.
Говоря о роли иммуногенетики в биобезопасности государства, необходимо упомянуть одну из наиболее очевидных угроз настоящего времени — ВИЧ-инфекцию/СПИД. Несмотря на значительные успехи в диагностике ВИЧ-инфекции, нерешенными остаются такие задачи здравоохранения, как иммунопрофилактика (разработка эффективных вакцин) и радикальное лечение заболевания [29]. Недостаточно изученной оставалась и проблема генетической предрасположенности и устойчивости к ВИЧ-инфекции.
Перспективным путем решения этой задачи представляется изучение генетического полиморфизма рецепторов, используемых ВИЧ для проникновения в клетку. Среди них особое место принадлежит так называемым корецепторам ВИЧ, установлением роли которых в заболевании посвящены многочисленные исследования [17].
Известно, что, помимо рецептора CD4, необходимого для проникновения ВИЧ в клетку, активность и специфичность вирус-индуцированного слияния определяется наличием корецепторов, относящихся к семейству 7ТМ-рецепторов хемокинов (G-белок-связывающие рецепторы) [17].
Первым из открытых хемокиновых корецепторов для ВИЧ был фузин (fusin)— рецептор класса СХС [67]. Фузин служит корецептором только для Т-тропных (но не для М-тропных) штаммов ВИЧ. Лигандом фузина является SDF-1 (Stromal Derived Factor-1) — СХС-хемокин, регулирующий функции В-лимфоцитов и гемопоэтических клеток-предшественников [96]. Согласно принятой номенклатуре, корецептор фузин был переименован в корецептор CXCR4 [43]. Исследование молекулярной структуры гена SDF1 показало, что мутация, приводящая к гиперэкспрессии хемокина, является важным фактором, влияющим на особенности течения ВИЧ-инфекции. Наличие замены A>G в позиции 801 в 3’-нетранслируемом регионе гена при гомозиготности по аллелю SDF1-3’A достоверно ассоциировано с отсрочкой развития клинически манифестированного СПИДа. По-видимому, SDF-1, связываясь с рецептором CXCR4, препятствует проникновению Т-тропных штаммов вируса, характерных для поздних стадий развития инфекции [29, 60]. Таким образом, данный полиморфизм может рассматриваться в качестве одного из основных факторов, препятствующих быстрой прогрессии ВИЧ-инфекции в СПИД.
Аллель SDF1-3’A распространен достаточно широко. Наибольшая частота его встречаемости наблюдается в странах Океании, где достигает 72%. Среди коренного населения Африки данный аллель практически не встречается. Частота встречаемости аллеля SDF1-3’A в прочих исследованных на настоящий момент группах весьма вариабельна и колеблется от 3 до 43% [29, 34].
Основным корецептором для М-тропных изолятов ВИЧ является CCR5 [69]. Этот рецептор экспрессируется на макрофагах, дендритных клетках [29, 71], на поверхности гемопоэтических CD34+ -клеток-предшественников [104] и активированных клетках памяти фенотипа CD26high CD45RAlow CD45R0 [49]. Рецептор CCR5 экспрессируется также на тимоцитах фенотипов CD4+ и CD8+ и на клетках Лангерганса [29]. Сообщалось и о наличии рецептора CCR5 на мембране нейронов, астроцитов, клеток капиллярного эндотелия, эпителиальных клеток и фибробластов, но функциональная роль рецептора CCR5 для этих клеток пока не выяснена.
Сейчас известно, что β-хемокиновый рецептор CCR5, в отличие от рецептора CXCR4, является единственным корецептором ВИЧ, исчезновение которого с поверхности клеток (блокирование или делеция) никак не влияет на иммунные процессы организма. В экспериментах на мышах было показано, что делеция рецептора CXCR4 приводит к смерти животного [29, 106]. Таким образом, инфицирование или другое повреждение CXCR4-noзитивныx клеток может оказаться более ощутимым воздействием на иммунную систему по сравнению с инфицированием клеток фенотипа CCR5.
Эпидемиологические исследования показали, что путь заражения не оказывает существенного влияния на степень прогрессии заболевания [90]. Конечно, это не относится к случаям, когда заражение происходит при попадании непосредственно в кровь большого количества вирусов фенотипа Х4. Такие ситуации наблюдаются при инфицировании лиц, употребляющих наркотики внутривенно (ПВН — потребители внутривенных наркотиков), и у больных гемофилией. В этих случаях происходит чрезвычайно быстрая прогрессия ВИЧ-инфекции в СПИД [29].
Как указывалось ранее, наличие или отсутствие полноразмерного и нормально функционирующего хемокинового рецептора CCR5 не влияет на осуществление важных процессов жизнедеятельности организма человека [29]. Таким образом, ингибиторы функциональной активности рецептора CCR5 могут быть использованы для подавления ВИЧ-инфекции in vivo без существенных побочных эффектов для организма человека.
Исследование нуклеотидной последовательности гена CCR5 привело к открытию дефектного аллеля CCR5Δ32, играющего значительную роль в патогенезе ВИЧ-инфекции [56]. Обнаружено, что гомозиготный по этой мутации генотип распространен среди некоторых групп так называемых HEPS (лиц, контактировавших с ВИЧ, но не заразившихся) и не был обнаружен среди нескольких тысяч исследованных ВИЧ-инфицированных пациентов. Мононуклеары периферической крови (МПК, соотв. англ. РВМС — Peripheral Blood Mononuclear Cell) от HEPS с гомозиготной мутацией были восприимчивы к инфицированию штаммами вируса фенотипа Х4 и абсолютно устойчивы к инфицированию вирусами фенотипа R5 [42]. В дальнейшем было показано, что люди с генотипом Δ32/Δ32 практически резистентны по отношению к вирусам фенотипа R5 и обладают частичной устойчивостью к инфицированию вирусами фенотипа R5X4 [29, 34]. Гетерозиготность по мутации CCR5Δ32 ассоциирована с медленной прогрессией заболевания. Все это может служить подтверждением того, что рецептор CCR5 связан с вирусной трансмиссией и репликацией ВИЧ-1 на ранних стадиях инфекции [89].
Наиболее часто эта мутация встречается у европеоидов, реже на Ближнем Востоке и в Индии и крайне редко среди коренного населения Азии, Африки, Дальнего Востока и среди американских индейцев. В Северной Европе частота мутаций по этому гену составляет 16% (Финляндия, Мордовия), в Южной Европе (на Сардинии) — 4%, то есть имеется градиент с севера на юг [29, 96].
При дальнейшем исследовании эпидемиологических когорт были обнаружены индивидуумы, гетерозиготные по мутации CCR5Δ32, но при этом демонстрирующие абсолютную устойчивость к R5-вирусам in vitro. Впоследствии было показано, что причиной этому явлению служит второй аллель, обозначенный как CCR5-m303 . Этот вариант гена содержит однонуклеотидную замену Т–А в концевой позиции открытой рамки считывания гена CCR5, связанную с синтезом нефункционального рецептора [97]. Эта мутация наследовалась как несцепленный признак у 3 гетерозиготных по этому гену индивидуумов из 209 здоровых доноров, участвовавших в исследовании [41].
Мутация в гене другого хемокинового рецептора — CCR2, по данным некоторых источников, также обладает защитным эффектом в отношении ВИЧ-инфекции/СПИДа. Она приводит к замене валина на изолейцин в первом трансмембранном домене (полиморфизм CCR2-64I ) и так же, как и в случае с гетерозиготами по аллелю CCR5Δ32, сопровождается продлением периода между сероконверсией и развитием симптомов СПИДа [34].
Данный рецептор также выполняет функцию корецептора проникновения ВИЧ-1. Защитный эффект варианта CCR2-64I проявляется как у гомозигот, так и у гетерозигот. Принцип, на котором основан эффект данной мутации, до сих пор недостаточно понятен, в частности из-за того, что мутация расположена в трансмембранном домене и не может влиять на эффективность проникновения ВИЧ в клетку. Предполагается, что протективный эффект CCR2-64I носит опосредованный характер, то есть в данном случае наблюдаемый признак не связан напрямую с изменениями свойств рецептора CCR2. Скорее всего, вариант CCR2-64I сцеплен с другим неизвестным в настоящее время генетическим фактором, ассоциированным с формированием устойчивого фенотипа. Таким образом, по существу данный мутантный вариант гена CCR2 может рассматриваться как генетический маркер определенной формы течения заболевания.
Аллель CCR2-64I является наиболее распространенным среди популяций, проживающих на территории континентальной Азии и Африки, где его частота превышает 35%. В странах Европы его частота несколько ниже, наиболее редко он встречается в странах Океании [96].
Для рассмотренных аллелей, действие которых в целом условно может быть обозначено как «протективное», характерен кумулятивный эффект, проявляющийся в повышенной устойчивости и/или торпидном течении заболевания, что, в свою очередь, позволяет использовать эти данные на уровне индивидуального прогноза и выборе адекватных методов терапии [96]. Помимо этого, данные о распространенности указанных полиморфизмов в той или иной расовой или популяционной группе могут быть использованы при разработке стратегии борьбы со СПИДом в рамках обеспечения биобезопасности на национальном и международном уровнях.
В рамках нескольких крупных исследований эпидемиологических когорт, состоящих из представителей различных рас [56, 96], было оценено влияние рассматриваемых «протективных» аллельных вариантов на динамику развития симптомов СПИДа и смертность в группах серопозитивных пациентов. На основании полученных данных были рассчитаны коэффициенты относительного риска, характеризующие относительный риск развития заболевания по тому или иному сценарию в зависимости от генотипа [29].
Современная Россия является одним из наиболее многонациональных государств мира, где проживают представители двух рас — европеоиды и ориенты, включающие большое количество этнических и субэтнических групп. Проведенные в течение последних 20 лет исследования в области межпопуляционного полиморфизма генов HLA — наиболее полиморфной генетической системы человека — свидетельствуют о том, что имеет место выраженный полиморфизм в распределении аллельных вариантов генов, контролирующих иммунный ответ человека не только на межрасовом и межпопуляционном, но и на внутрипопуляционном уровнях [17]. Имелись все основания предположить существование отличий и в отношении распределения аллельных вариантов CCR2-64I, SDFl-3’A и CCR5Δ32.
В связи с этим сотрудниками Института иммунологии была выполнена работа по выяснению особенностей распределения протективных аллелей на территории бывшего СССР [34].
В ходе исследования был проведен анализ образцов ДНК, полученных от 960 здоровых (не имеющих известной истории ВИЧ-инфекции/СПИДа), взрослых представителей 10 этнических групп, не связанных кровным родством: коренного населения Архангельской области (поморы), коренного населения Вологодской области, гагаузов, украинцев, татар, удмуртов, чеченцев, казахов, киргизов и тувинцев (по 96 человек для каждой группы). Для каждого из образцов определяли аллельный статус по 3 полиморфным локусам, ассоциированным с формированием устойчивости к ВИЧ-инфекции/СПИДу.
Аллель CCR5Δ32 наиболее представлен в выборке поморов (рис. 3-6). Здесь высока доля гомозиготных генотипов, связанных с пониженным риском инфицирования ВИЧ, а также гетерозиготных генотипов, ассоциированных с положительной динамикой течения заболевания.

В изученных восточноевропейских популяциях частота аллеля CCR5Δ32 совпадает со средними значениями, характерными для центральной Европы. Аллель одинаково представлен в выборках украинцев, русских из Вологодской области и гагаузов.
Наименьшая частота «защитного» аллеля CCR5Δ32 была отмечена в популяциях тувинцев, казахов, киргизов и чеченцев (центральноазиатская и северокавказская группы). Казахи и киргизы принадлежат южносибирской этнической группе, сформированной с участием европеоидной и монголоидной рас, а тувинцы являются представителями монголоидной расы. В этих случаях представленные данные соотносятся с результатами проводимых ранее исследований, демонстрирующих низкую распространенность варианта CCR5Δ32 в популяциях азиатского региона [29]. В выборках чеченцев, татар и удмуртов отмечены пониженные частоты аллеля CCR5Δ32 по сравнению с восточноевропейскими, что укладывается в общую картину распределения аллеля в популяциях Евроазиатского региона.
Таким образом, распределение аллеля CCR5Δ32 в изученных регионах, так же как и в изученных ранее популяциях Европы и Азии, характеризуется отрицательным градиентом в направлении с севера на юго-восток (рис. 3-7).

Гетерогенность в распределении протективного аллеля CCR5Δ32 на территории изученных регионов связана в первую очередь с участием европеоидного и монголоидного компонентов в этногенезе народов, проживающих на территории России. Полученные нами результаты подтверждают и дополняют существующие данные молекулярно-генетического анализа пространственной структуры генофонда восточноевропейских и центральноазиатских народов.
В отношении аллеля CCR2-64I наиболее значимые отличия были обнаружены для казахов и киргизов (центральноазиатская группа) относительно других рассмотренных групп (рис. 3-8). В популяции чеченцев частота аллеля ниже, чем в центральноазиатской группе, однако выше относительно других рассмотренных выборок.

В пределах восточноевропейской и волгоуральской этнографических групп обнаружены достоверные отличия для гагаузов относительно других популяций. Эти данные коррелируют с данными о миграционных потоках со стороны южных (Греция, Болгария) регионов Европы, где частота аллеля CCR2-64I демонстрирует повышенные значения. Значимых отличий встречаемости аллеля CCR2-64I в других этнических группах Восточно-Европейского региона не обнаружено.
Отдельного упоминания стоит рассмотренная выборка из популяции тувинцев. Здесь частота аллеля CCR2-64I зафиксирована на самом низком уровне. Причиной этому могла послужить как географическая изолированность республики, так и этническая близость к монголам (старое название региона — Бурято-Монголия). Полученные нами данные позволяют предположить, что формирование генофонда тувинской популяции находилось под влиянием миграционных потоков, проникавших на территорию Восточной Сибири из южных областей азиатского региона, где частота полиморфизма CCR2-64I ниже относительно Центральной Азии.
Аллель SDF1-3’A для всех исследованных популяций распространен равномерно (рис. 3-9). Обнаруженные отличия недостоверны и не позволяют выявить тенденций в его распространении. Единственное значимое отличие отмечено нами для популяции гагаузов, где частота аллеля несколько выше, чем у представителей других изученных популяций. К сожалению, в доступной литературе отсутствуют сведения о представленности варианта SDF1-3’A на территории Европы и Ближневосточного региона, и мы не можем делать предположений о путях его распространения.

Однако если сопоставить данные по частоте аллелей CCR2-64I и SDF1-3’A с основными путями миграции в Азиатском регионе, видно, что изменение частот аллелей совпадает с существующими представлениями о направлении миграционных потоков на территории Азиатского региона. По одной из существующих на сегодняшний день гипотез, предки проживающих в этом регионе людей попали на территорию Центральной Азии примерно 50 000-70 000 лет назад с юга, вероятно, из Юго-Восточной Азии (где частота аллеля SDF1-3’A высокая), и в дальнейшем распространились на север Азии. Вместе с тем следующие 7000 лет миграции на территории Китая были направлены с севера на юг — из области с высокой частотой CCR2-64I. Противоположная направленность в распределении частот протективных аллелей CCR2-64I и SDF1-З’А на территории Азиатского региона отчасти подтверждает эту гипотезу [96].
На основе частот трехлокусных генотипов в изученных популяциях и значений коэффициентов относительных рисков нами были рассчитаны значения относительной опасности развития СПИДа (OOP) и относительной опасности смерти от СПИДа (ООС) у ВИЧ-инфицированных. Данные представлены на рис. 3-10 и 3-11.
В рассмотренных нами выборках значения OOP и ООС попадают в интервал 0,79–0,94 и 0,76–0,93 соответственно. В целом они соответствуют данным, полученным для других европейских и азиатских популяций. Широкое распространение аллеля CCR2-64I в центральноазиатской группе, а также высокая частота аллеля CCR5Δ32 в выборке русских из Архангельской области определили пониженные значения OOP и ООС в этих группах. Напротив, в выборке тувинцев и популяциях волго-уральской группы относительная опасность демонстрирует повышенные значения, что связано с низкой частотой протективных аллелей CCR5Δ32 и CCR2-64I. У восточноевропейских народов и в выборке чеченцев выявлен средний уровень OOP и ООС. Можно предположить, что в первом случае оказывает влияние распространенность варианта CCR5D32, а во втором — CCR2-64I.


Частота встречаемости алеллей, ассоциированных с устойчивостью к ВИЧ-инфекции/СПИДу, в значительной степени варьирует в различных расах и популяциях, влияя тем самым на особенности эпидемического процесса в различных регионах мира. Гетерогенность в распределении «защитных» вариантов генов на территории России и сопредельных государств также может оказывать влияние на динамику развития эпидемии в различных популяционных группах. В связи с этим представляется важным дальнейшее изучение существующих и поиск новых генетических факторов устойчивости к ВИЧ-инфекции/СПИДу, а также расширение географии исследования. Целесообразность проведения таких исследований, помимо фундаментального значения, имеет и выраженный прикладной аспект, поскольку, как указывалось выше, их результаты открывают новые возможности в профилактике, повышении эффективности лечения и эпидемиологии ВИЧ-инфекции/СПИДа, что в конечном итоге в значительной степени определяет биомедицинскую безопасность государства.
Список литературы
-
Алексеев Л.П., Ведерников А., Яздовский В. и др. Антигены HLA у имеретинской популяции. Актуальные вопросы геронтологии и гериатрии : материалы 2-й республиканской конференции. Тбилиси, 1982.
-
Алексеев Л.П., Махатадзе Н., Яздовский В.В. и др. Популяционные исследования частот HLA-генов и гаплотипов у лиц грузинской национальности. Иммунология. 1986. № 6. С. 15–17.
-
Алексеев Л.П., Сароянц Л.В., Ющенко А.А. Иммунологические показатели при различном течении лепроматозной лепры. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1990. № 9. С. 70–72.
-
Алексеев Л.П., Хаитова Н.М., Яздовский В.В. и др. HLA и сниженные показатели иммунного статуса у европеоидов и ориентов. Иммунодефициты и аллергия : тезисы докладов Всесоюзного симпозиума с международным участием. Москва, 1986. С. 7.
-
Алексеев Л.П., Яздовский В.В., Хаитов P.M. Межэтнические различия в генетическом контроле иммунного статуса человека. Российский физиологический журнал им. И.М. Сеченова. 2000. Т. 86, № 3. С. 280–284.
-
Баранов Ю.Н., Подоплелов И.И. Распределение групп крови и пальцевых узоров в семьях больных лепрой. Актуальные вопросы лепрологии. Астрахань, 1984. С. 94–98.
-
Болдырева М.Н., Гуськова И.А., Богатова О.В. и др. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. II. Народы европейской части. Иммунология. 2006. Т. 27, № 4. С. 98–102.
-
Голованова О.В., Шевченко А.В., Прокофьев В.Ф. и др. Молекулярный полиморфизм HLA-генов DRB1 и DPB1 в популяции европеоидного происхождения, проживающей в Западно-Сибирском регионе. Иммунология. 2002. № 1. С. 29–31.
-
Дерябин В.Е. Современные восточнославянские народы. Восточные славяне: антропология и этническая история. Москва : Научный мир, 2002. С. 109–134.
-
Дмитриева Н.Г., Хаитова Н.М., Алексеев Л.П. и др. HLA и некоторые показатели иммунореактивности у здоровых лиц узбекской популяции. Иммунология. 1988. № 2. С. 63–67.
-
Дмитриева Н.Г., Хаитова Н.М., Болдырева МЛ. и др. Семейное иммунологическое обследование. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 1987. № 7. С. 125.
-
Евсеева И.В., Алексеев Л.П. Генетическая детерминированность особенностей иммунного статуса на Севере. Аллергия, астма и клиническая иммунология. 2001. № 8. С. 18–21.
-
Евсеева И.В., Уэлс С., Тонкс С. и др. Генетический полиморфизм генов иммунного ответа I класса в коренных популяциях Европейского Севера России. Иммунология. 2001. № 5. С. 27–30.
-
Ещанов Т.Б., Абдиров Ч.А., Ющенко А.А. и др. Организационные и научные основы ликвидации лепры в Каракалпакской эндемической зоне. Каракалпакстан : Нукус, 2003. 168 с.
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Мырзахметов Е.И., Молотов Д.Л. Современные аспекты диагностики лепры в Казахстане. Международная научно-практическая конференция «Современное состояние и перспективы борьбы с лепрой. Вопросы медико-социальной реабилитации больных». Кызылорда, 2009. С. 20–23.
-
Пальцев М.А., Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Иммуногенетика человека и биобезопасность. Москва : Медицина, 2007. 144 с.
-
Полянская К.С., Яздовский В.В. Гуния М.Г. и др. HLA-DR-антигены в грузинской популяции. Известия АН ГССР. Серия биологическая. 1989. Т. 15, № 5. С. 340–344.
-
Сароянц Л.В., Алексеев Л.П. HLA и лепра — межпопуляционные аспекты. Физиология и патология иммунной системы. Иммунофармакогеномика. 2012. Т. 16, № 1. С. 3–9.
-
Сароянц Л.В., Болдырева М.Н., Гуськова И.А. и др. Иммуногенетические маркеры предрасположенности к лепре у русских жителей Астраханского региона. Иммунология. 2005. № 5. С. 263–267.
-
Сароянц Л.В., Болдырева МЛ., Гуськова И.А. и др. Иммуногенетический профиль больных туберкулезом и лепрой в казахской популяции. Иммунология. 2006. Т. 27, № 5. С. 285–288.
-
Сароянц Л.В., Болдырева М.Н., Гуськова И.А. и др. Исследование ассоциаций аллелей HLA II класса с микобактериозами в русской популяции. Иммунология. 2007. № 1. С. 13–16.
-
Сароянц Л.В., Болдырева М.Н., Гуськова И.А. и др. Иммуногенетические маркеры предрасположенности к лепре. Российский журнал кожных и венерических болезней. 2008. № 1. С. 47–49.
-
Сароянц Л.В., Гуськова И.А., Дуйко В.В. и др. Иммунологический профиль больных каракалпакской национальности, страдающих лепрой. Российский журнал кожных и венерических болезней. 2009. № 1. С. 16–19.
-
Сароянц Л.В., Дмитриева Н.Г., Ющенко А.А. и др. Активность естественных клеток-киллеров при лепроматозной лепре. Иммунология. 1994. № 5. С. 54–57.
-
Сароянц Л.В., Полянская КС, Алексеев Л.П. и др. HLA-антигены при лепроматозной лепре. Вестник дерматологии и венерологии. 1992. № 4. С. 18–19.
-
Сароянц Л.В., Ульянова Л.И., Алексеев Л.П. и др. Ассоциированные с HLA особенности иммунного статуса у больных лепрой. Иммунология. 2008. № 6. С. 365–370.
-
Торсуев Н.А., Остапенко Е.Ф., Романовская Н.А. и др. К вопросу об источниках заражения лепрой. Сборник научных работ по лепрологии и дерматологии. Ростов-на-Дону, 1954. № 6. С. 61–114.
-
Хаитов Р.М. СПИД. 2-е изд., перераб. и доп. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2018. 496 с. ISBN 978-5-9704-4482-5.
-
Хаитов P.M. Физиология иммунной системы. Москва : ВИНИТИ РАН, 2005. 375 с.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Геномика HLA: новые возможности молекулярной генетики человека в диагностике и терапии. Молекулярная медицина. 2003. № 1. С. 17–31.
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю. Иммуногеномика и генодиагностика человека : национальное руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2017. 256 с. ISBN 978-5-9704-4139-8.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П., Болдырева М.Н. и др. Эпидемиологические аспекты противоинфекционной защиты и полиморфизм генов иммунного ответа человека. Физиология и патология иммунной системы. 2012. Т. 16, № 7. С. 3–23.
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Кофиади И.А., Гудима Г.О. Генетические факторы, влияющие на проникновение ВИЧ в клетку-мишень. Бюллетень сибирской медицины. 2019. Т. 18, № 1. С. 131–141.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П., Болдырева М.Н. и др. Полиморфизм генов иммунного ответа и его роль в противоинфекционной защите. Иммунология. 2013. № 3 (34). С. 132–144.
-
Яздовский В.В., Алексеев Л.П., Земское В.М. и др. Связь параметров иммунного статуса с HLA-фенотипом у здоровых лиц русской национальности. Иммунология. 1998. № 3. С. 20–24.
-
Яздовский В.В., Дмитриева Н.Г., Алексеев Л.П. Динамика пролиферативного ответа лимфоцитов на митогенные лектины и анти-CDЗ-антитела в культурах цельной крови и выделенных клеток у здоровых людей. Иммунология. 1994. № 5. С. 21–24.
-
Amer A., Singh G., Darke С, Dolby A.E. Impaired lymphocyte responsiveness to phytohaemagglutinin associated with the possession of HLA-B8/Dr3. Tissue Antigens. 1986. Vol. 28. P. 193–198.
-
Amirzargar A.A., Yalda A., Hajabolbaghi M. et al. The association of HLA-DRB, DQA1, DQB1 alleles and haplotype frequency in Iranian patients with pulmonary tuberculosis. Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2004. Vol. 8. P. 1017–1021.
-
Barrett S., Goh J., Coughlan B. et al. The natural course of hepatitis С virus infection after 22 years in a unique homogenous cohort: spontaneous viral clearance and chronic HCV infection. Gut. 2001. Vol. 49, N 3. P. 423–430.
-
Berger E.A., Murphy P.M., Farber J.M. Chemokine receptors as HIV-1 coreceptors: roles in viral entry, tropism, and disease. Annu. Rev. Immunol. 1999. Vol. 17. P. 657–700.
-
Bjorndal A. Biological determinants of HIV infection: studies of viral evolution during disease progression in children and adults. Thesis. Stockholm : Karolinska institutet, 2000.
-
Bleul C.C., Farzan M., Choe H. et al. The lymphocyte chemoattractant SDF-1 is a ligand for LESTR/fusin and blocks HIV-1 entry. Nature. 1996. Vol. 382, N 6594. P. 829–833.
-
Bodmer W.F., Bodmer J.G. Evolution and function of the HLA system. Br. Med. Bull. 1978. Vol. 34. P. 309–316.
-
Caillat-Zucman S., Gimenez J.J., Wambergue F. et al. Distinct HLA class II alleles determine antibody response to vaccination with hepatitis В surface antigen. Kidney Int. 1998. Vol. 53, N 6. P. 1626–1630.
-
Carrington M., Nelson G.W., Martin M.P. et al. HLA HIV-1: heterozygote advantage B35-Cw04 disadvantage. Science. 1999. Vol. 283. P. 1748–1752.
-
Cervantes J., Lema C., Valentina Hurtado L. et al. HLA-DRBP1602 allele is positively associated with HPV cervical infection in Bolivian Andean women. Hum. Immunol. 2003. Vol. 64, N 9. P. 890–895.
-
Chakravarti M.R., Vogel F. A twin study on leprosy. Topics in Human Genetics / ed. P.E. Becker. Stuttgart : Georg Thieme, 1973. P. 1–123.
-
Chan S.Y., Speck R.F., Power С. et al. V3 recombinants indicate a central role for CCR5 as a coreceptor in tissue infection by human immunodeficiency virus type 1. J. Virol. 1999. Vol. 73, N 3. P. 2350–2358.
-
Chiewslip P., Athkambhira S., Chirachariyave T. et al. The HLA-antigens and leprosy in Thailand. Tissue Antigens. 1979. Vol. 13, N 3. P. 186–188.
-
Cohen C.R., Gichui J., Rukaria R. et al. Immunogenetic correlates for Chlamydia trachomatis-associated tubal infertility. Obstet. Gynecol. 2003. Vol. 101, N 3. P. 438–444.
-
Cramp M.E., Carried P., UnderhillJ. et al. Association between HLA class II genotype and spontaneous clearance of hepatitis С viremia. J. Hepatol. 1998. Vol. 29, N 2. P. 207–213.
-
Dabil H., Kaplan H.J., Duffy B.F. et al. Association of the HLA-DR15/HLA-DQ6 haplotype with development of choroidal neovascular lesions in presumed ocular histoplasmosis syndrome. Hum. Immunol. 2003. Vol. 64, N 10. P. 960–964.
-
Danielssen D.C., Boeck W. Traite de la Spedalskhed on Elephantiasis des Grecs. Paris, 1848.
-
Dausset J. Twelfth International Histocompativbility Workshop HLA-Saint-Malo. 12th International Histocompativbility Workshop Study / ed. D. Charron. Paris : EDK, 1997. P. 23–24.
-
Dean M., Carrington M., Winkler С et al. Genetic restriction of HIV-1 infection and progression to AIDS by a deletion allele of the CKR5 structural gene. Hemophilia growth and development study, multicenter AIDS cohort study, multicenter hemophilia cohort study, San Francisco city cohort, alive study. Science. 1996. Vol. 273, N 5283. P. 1856–1862.
-
Dessoukey M.W., el-Shiemy S., Sallam T. HLA and leprosy: segregation and linkage study. Int. J. Dermatol. 1996. Vol. 35, N 4. P. 257–264.
-
de Vries R.R.P., Ottenhoff T.H.M., van Schooten W.C.A. Human leukocyte antigens (HLA) and mycobacterial disease. Springers Semin. Immunopathol. 1988. Vol. 10. P. 305–318.
-
Dogerty P.C., Zinkernagel R.M. A biological role for the major histocompatibility antigens. Lancet. 1975. Vol. 1, N 7922. P. 1406–1409.
-
Doms R.W., Peiper S.С. Unwelcomed guests with master keys: how HIV uses chemokine receptors for cellular entry. Virology. 1997. Vol. 235, N 2. P. 179–190.
-
Dubaniewicz A., Lewko В., Moszkowska G. et al. Molecular subtypes of the HLA-DR antigens in pulmonary tuberculosis. Int. J. infect. Dis. 2000. Vol. 4. P. 129–133.
-
Dupont В., Kettering S. Natural killer cell receptors with ligand specificity for HLA class I molecules. Human Immunology. 14th European Histocompatibility Conference, 4–7 April 2000. Montpellier, France, 2000. P. 33.
-
Evseeva I., Spurkland A., Thorsby E. et al. HLA profile of three ethnic groups living in the North-Western region of Russia. Tissue Antigens. 2002. Vol. 59, N 1. P. 38–43.
-
Ezekowitz R.A.В., Hoffmann J.A. (eds). CD1-restricted T-cells. Innate Immunity / D.B. Moody. Totowa, NJ : Humana Press, 2003. P. 387–402.
-
Falk K., Rotzschke O., Stevanovic S. et al. Allele-specific motifs revealed by sequencing of self-peptides eluted from MHC molecules. Nature. 1991. Vol. 351, N 6324. P. 290–296.
-
Fanning L.J., Levis J., Kenny-Walsh E. et al. Viral clearance in hepatitis С (1b) infection: relationship with human leukocyte antigen class II in homogenous population. Hepatology. 2000. Vol. 31, N 6. P. 1334–1337.
-
Feng Y., Broder C.C., Kennedy P.E. et al. HIV-1 entry cofactor: functional cDNA cloning of a seven-transmembrane, G protein-coupled receptor. Science. 1996. Vol. 272. P. 872–877.
-
Fukuishi N., Metcalfe D., Kulka M. Sounding the alarm in infection. Mast cells counter-attack. J. World Allergy Organ. 2004. Vol. 16, N 2. P. 70–74.
-
Global leprosy situation, 2010. Wkly Epidemiol. Rec. 2010. Vol. 85, N 35. P. 337–348.
-
Gorodezky C., Flores J., Arevalo N. et al. Tuberculoid leprosy in Mexicans is associated with HLA-DR3. Lepr. Rev. 1987. Vol. 58. P. 401–406.
-
Granelli-Piperno A., Zhong L. et al. Dendritic cells, infected with vesicular stomatitis virus-pseudotyped HIV-1, present viral antigens to CD4+ and CD8+ T cells from HIV-1-infected individuals. J. Immunol. 2000. Vol. 165, N 11. P. 6620–6626.
-
Hill A.V. Genetic susceptibility to malaria and other infectious diseases: from the MHC to the whole genome. Parasitology. 1996. Vol. 112, suppl. P. S75–S84.
-
Hill A.V.S., Allsopp C.E., Kwiatkowski D. et al. Common West African HLA antigens are associated with protection from severe malaria. Nature. 1991. Vol. 352. P. 595–600.
-
Jeffery K.J., Siddique A.A., Bunce M. et al. The influence of HLA class I alleles and heterozygosity on the outcome of human T cell lymphotropic virus type I infection. J. Immunol. 2000. Vol. 165, N 12. P. 7278–7284.
-
Joko S., NumagaJ., Kawashira H. et al. Human leukocyte antigens in forms of leprosy among Japanese patients. Inter. J. Lepr. Other Mycobact. Dis. 2000. Vol. 68. P. 49–56.
-
Kapustin S., Blinov M., Lyshchov A., Alexandrova J., Imyanitov E. HLA class II molecular polymorphisms in healthy Slavic individuals from North-Western Russia. Tissue Antigens. 1999. Vol. 54, N 5. P. 517–520.
-
Klein J., Figueroa F. Evolution of the major histocompatibility complex. Crit. Rev. Immunol. 1986. Vol. 6. P. 295–386.
-
Lipsitch M., Bergstrom С.Т., Antia R. Effect of human leukocyte antigen heterozygosity on infectious disease autcome: The need for allele-specific measures. BMC Med. Genet. 2003. Vol. 4. P. 2.
-
Lockett S.F., Robertson J.R., Brettle R.P. et al. Mismatched human leukocyte antigen alleles protect against heterosexual HIV transmission. J. Acquir. Immune Deflc. Syndr. 2001. Vol. 27, N 3. P. 277–280.
-
Makhatadze N., Sanchez-Llamozas P., Frajo M.T. et al. Strong association between major histocompatibility complex class I antigens and immune aberrations among healthy Venezuelans. Hum. Immunol. 1995. Vol. 42. P. 189–194.
-
Marsh S., Bodmer J., Albert E. et al. Nomenclature for factors of the HLA system, 2000. Hum. Immunol. 2001. Vol. 62, N 4. P. 419–468.
-
Matsumoto K., Yasugi Т., Nakagawa S. et al. Human papillomavirus type 16 E6 variants and HLA class II alleles among Japanese women with cervical cancer. Int. J. Cancer. 2003. Vol. 106, N 6. P. 919–922.
-
McClelland E.E., Perm D.J., Potts W.K. Major histocompatibility complex heterozygote superiority during coinfection. Infect. Immun. 2003. Vol. 71, N 4. P. 2079–2086.
-
McCombs C.C., Michalski J.P. Lymphocyte abnormality associated with HLA-B8 in healthy youth and adults. J. Exp. Med. 1982. Vol. 156. P. 936–941.
-
McCombs C.C., Michalski J.P., De-Shazo R. et al. Immune abnormalities associated with HLA-B8: lymphocyte subsets and functional correlation. Clin. Immunol. Immunopathol. 1986. Vol. 39. P. 112–120.
-
McDonald K.S., Fowke K.R., Kimani J. et al. Influence of HLA supertypes on susceptibility and resistance to human immunodeficiency virus type 1 infection. J. Infect. Dis. 2000. Vol. 181, N 5. P. 1581–1589.
-
McKiernan S.M., Hagan R., Curry M. et al. Distinct MHC class I and II alleles are associated with hepatitis С viral clearance? Originating from a single source. Hepatology. 2004. Vol. 40, N 1. P. 108–114.
-
Mehra N.K., Rajalingam R., Mitra D.K. et al. Variants of HLA-DR2/DR51 group hap-lotypes and susceptibility to tuberculoid leprosy and pulmonary tuberculosis in Asian Indians. Int. J. Lepr. Other Mycobact. Dis. 1995. Vol. 63. P. 241–248.
-
Meyer L., Carre N. Cofactors in the course of HIV infection. Presse Med. 1996. Vol. 25, N 8. P. 379–380, 382–384.
-
Minton E.J., Smillie D., Neal K.R. et al. Association between MHC class II alleles and clearance of circulating hepatitis С virus. Members of the Trent Hepatitis С Virus Study Group. J. Infect. Dis. 1998. Vol. 178, N 1. P. 1309–1310.
-
Modica M.A., Cammarata G., Caruso С. HLA-B8, DR3 phenotype and lymphocyte responses to phytohaemagglutinin. J. Immunogenet. 1990. Vol. 17. P. 101–107.
-
Moretta A., Bottino C, Biassoni R. The natural cytotoxicity receptors that trigger human NK cell-mediated functions. Human Immunology. 14th European Histocompatibility Conference, 4–7 April 2000. Montpellier, France, 2000. P. 34.
-
Motta P., Marinic K., Sorrentino A. et al. Association of HLA-DQ and HLA-DR alleles with susceptibility or resistance to HIV-1 infection among the population of Chaco Province, Argentina. Medicina (B. Aires). 2002. Vol. 62, N 3. P. 245–248.
-
Naik E., LeBlanc S., Tang J. et al. The complexity of HLA class II (DRB1, DQJB1, DM) associations with disseminated Mycobacterium avium complex infection among HIV-1-seropositive whites. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2003. Vol. 33, N 2. P. 140–145.
-
Su В., Jin L., Ни F. et al. Distribution of two HIV-1-resistant polymorphisms (SDF1-3’A and CCR2-64I) in East Asian and world populations and its implication in AIDS epidemiology. Am. J. Hum. Genet. 1999. Vol. 65, N 4. P. 1047–1053.
-
Su В., Sun G., Lu D. et al. Distribution of three HIV-1 resistance-conferring polymorphisms (SDFl-3’A, CCR2-641, and CCR5-delta32) in global populations. Eur. J. Hum. Genet. 2000. Vol. 8, N 12. P. 975–979.
-
Takahashi M., Ishizaka A., Nakamura H. et al. Specific HLA in pulmonary MAC infection in a Japanese population. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2000. Vol. 162, N 1. P. 316–318.
-
Thio C.L., Carrington M., Marti D., O’Brien S.J. et al. Class II HLA alleles and hepatitis В virus persistence in African Americans. J. Infect. Dis. 1999. Vol. 179, N 4. P. 1004–1006.
-
Thursz M.R., Thomas H.C., Greenwood B.M. et al. Heterozygote advantage for HLA class-II type in hepatitis В virus infection. Nat. Genet. 1997. Vol. 17, N 1. P. 11–12.
-
Thursz M., Yallop R., Goldin R. et al. Influence of MHC class II genotype on outcome of infection with hepatitis С virus. The HENCORE Group. Hepatitis С European Network for Cooperative Research. Lancet. 1999. Vol. 354, N 9196. P. 2094–2095.
-
Van Eden W., de Vries R.R., Mehra N.K. et al. HLA segregation of tuberculoid leprosy: confirmation of the DR2 marker. J. Infect. Dis. 1980. Vol. 141, N 6. P. 693–701.
-
Wang Z., Sun Y., Fu X. et al. A large-scale genome-wide association and meta-analysis identified four novel susceptibility loci for leprosy. Nat. Commun. 2016. Vol. 7. Article ID 13760. DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms13760
-
Winkler C., Modi W., Smith M.W. et al. Genetic restriction of AIDS pathogenesis by an SDF-1 chemokine gene variant. Alive Study, Hemophilia Growth and Development Study (HGDS), Multicenter AIDS Cohort Study (MACS), Multicenter Hemophilia Cohort Study (MHCS), San Francisco City Cohort (SFCC). Science. 1998. Vol. 279. P. 389–393.
-
Zaitseva M., Blauvelt A., Lee S. et al. Expression and function of CCR5 and CXCR4 on human Langerhans cells and macrophages: implications for HIV primary infection. Nat. Med. 1997. Vol. 3, N 12. P. 1369–1375.
-
Zinkernagel R.M., Doherty P.C. Immunological surveillance against altered self components by sensitized T lymphocytes in lymphocytic choriomeningitis. Nature. 1974. Vol. 251, N 5475. P. 547–548.
-
Zou Y.R., Kottmann A.H., Kuroda M. et al. Function of the chemokine receptor CXCR4 in haematopoiesis and in cerebellar development. Nature. 1998. Vol. 393, N 6685. P. 595–599.
Глава 4. Гены иммунного ответа и неинфекционные заболевания человека
4.1. Иммуногенетика сахарного диабета 1-го типа
Сахарный диабет 1-го типа (СД1) — одно из наиболее широко распространенных и наиболее изученных аутоиммунных мультифакторных заболеваний человека. СД1 имеет выраженную генетическую основу [9]. В настоящее время известно более 60 генов-кандидатов предрасположенности к СД1 [49]. Наибольшее значение из известных генетических маркеров СД1 имеют гены HLA , расположенные на хромосоме 6р21.3 (локус I DDM1) [49, 52]. Гены HLA до 70% определяют генетическую основу СД1 [49]. Уже более 30 лет именно СД1 занимает основное место в разделе «HLA и болезни». Продукты генов HLA не только являются генетическими маркерами предрасположенности к СД1, но и выполняют функцию запуска аутоиммунного процесса, лежащего в основе заболевания [2, 5, 22].
В основе участия специфичностей HLA в развитии аутоиммунного процесса лежит феномен антигенной мимикрии — сходство или идентичность отдельных участков структуры возбудителей инфекционных заболеваний со структурами конкретных специфичностей HLA , присутствующих в геноме лиц, имеющих предрасположенность к СД1. Эта гипотеза нашла полное подтверждение, когда стало ясно, что именно гены HLA являются наиболее информативными маркерами предрасположенности к развитию аутоиммунных заболеваний.
Дальнейший прогресс в данной области стал возможен в связи с разработкой и внедрением молекулярно-генетических методов генотипирования, которые позволили перейти на уровень непосредственного исследования генома HLA. Был выявлен ряд неизвестныхгенов HLA, в том числе осуществляющих такой важнейший этап развития иммунного ответа, как процессинг и презентация иммунодоминантных пептидов, входящих в те или иные антигены. Это относится к пептидам, представляемым HLA-молекулами как класса I, так и класса II. Нарушение функции указанных молекул лежит в основе целого ряда заболеваний, в том числе и СД1, где имеются нарушения процессинга иммунодоминантных пептидов, а также экспрессия некоторых специфичностей HLA , участвующих в процессинге и презентации. Эти молекулы (в частности, HLA- DO и CLIP) экспрессируют ауто-HLA-пептиды на клеточных мембранах, что является одной из причин развития аутоиммунного процесса [77].
Эти данные позволяют по-новому пересмотреть результаты значительного количества работ, выполненных в 1980–1990-х гг. и посвященных роли аберрантной экспрессии антигенов тканевой совместимости в развитии аутоиммунных заболеваний, в частности СД1. В целом результаты этих работ, выполненных на экспериментальном и клиническом материале, свидетельствовали о возможности участия молекул МНС в патогенезе СД1. В первую очередь это относилось к молекулам HLA класса II, аберрантная экспрессия которых наблюдалась на клетках органов-мишеней аутоиммунного процесса, включая клетки поджелудочной железы животных и человека. Однако полученные результаты были неоднозначны. Наряду с данными о возможном участии аберрантно экспрессированных молекул МНС в развитии аутоиммунного процесса [41, 90, 121], были получены данные о том, что аберрантная экспрессия молекул тканевой совместимости может быть индуктором иммунной толерантности [35, 62, 69, 81, 86]. Современные возможности молекулярной иммуногенетики позволяют оценивать непосредственную роль молекул HLA и кодирующих их генов (в том числе HLA- DO, CLIP и др.) и устанавливать нарушения их функции, результатом чего может стать та или иная форма аберрантной экспрессии молекул HLA [77].
Если вопрос о роли аберрантной экспрессии молекул HLA в развитии СД1 и других аутоиммунных заболеваний до настоящего времени относится в основном к области гипотетических факторов развития аутоиммунного процесса и нуждается в проведении масштабных исследований на молекулярно-иммуногенетическом уровне, то роль антигенной мимикрии в развитии аутоиммунного процесса не вызывает сомнений. Большинство исследователей иммунопатогенеза аутоиммунных заболеваний, считают, что феномен антигенной мимикрии лежит в основе большинства, если не всех, аутоиммунных заболеваний. Примерами патологического эффекта антигенной мимикрии являются болезнь Чагаса и ревматическая лихорадка, вызываемые соответственно взаимодействием антигенов Trypanosoma cruzi и стрептококка с белками миокарда [132].
Основа этого феномена антигенной мимикрии непосредственно связана со структурой молекул главного комплекса тканевой совместимости. Многие возбудители инфекционных заболеваний человека имеют общие антигенные детерминанты с определенными участками конкретных специфичностей HLA . В результате развития нормального иммунного противоинфекционного ответа при повторном инфицировании происходит атака не только на болезнетворный агент, но и на собственные клетки организма. Подобный процесс может заканчиваться развитием генерализованного заболевания. Таким образом, индукторами заболевания являются антигены HLA, имеющие в своем составе иммунодоминантные пептиды, вызывающие перекрестную реакцию против мимикрирующих антигенов-возбудителей. Такие антигены HLA (и кодирующие их гены HLA ) являются, как правило, маркером предрасположенности к развитию аутоиммунных заболеваний. Около 70% маркеров предрасположенности к СД1 составляют антигены HLA. Все сказанное о роли генов HLA в предрасположенности и развитии СД1 можно в значительной степени отнести и к другим аутоиммунным заболеваниям человека.
Важная роль в генетической предрасположенности и устойчивости к СД1 принадлежит белкам, кодируемым HLA- DR4 . HLA-DR4 является группоспецифическим белком. Он представлен несколькими десятками вариантов молекул, кодируемых соответствующими аллельными вариантами. Несмотря на минимальные межаллельные различия, определяющие третичную структуру молекул HLA, часть из них может выполнять функцию маркера предрасположенности к СД1, а часть, напротив, является маркером устойчивости к этому заболеванию. Этот факт открывает принципиально новые возможности как в прогнозе и диагностике развития заболевания, так и в его лечении [123].
Один из перспективнейших методов терапии СД1 — восстановление иммунной толерантности, утраченной вследствие развития аутоиммунного заболевания [107]. Данный подход предполагает использование так называемых «измененных» пептидов, позволяющих блокировать пептидный мотив, против которого в результате антигенной мимикрии был индуцирован аутоиммунный ответ. При клинической апробации данного метода, проведенной с участием пациентов, в генотипе которых присутствовал аллельный вариант DRB1*04:01 в гомозиготном состоянии, то есть генотип DRB1*04:01/*04:01 , удалось не только блокировать выработку антител, направленных против островковых клеток поджелудочной железы, но и подавить Т-клеточный ответ против них [107]. Для эффективного использования в практике необходимо создание библиотеки пептидов, специфичности которых позволят блокировать основные аллели HLA , участвующие в индукции СД1.
Следует иметь в виду наличие межэтнических и межпопуляционных различий в распределении СД1-ассоциированных аллельных вариантов специфичностей HLA , в том числе маркеров СД1. В табл. 4-1 приведены данные о внутриэтническом полиморфизме гена HLA- DRB1*04 в русской популяции и предрасположенности к СД1 (аллельные варианты DRB1*04:01, *04:04 и *04:05 ).
Аллели гена DRB1 |
Русские поморы |
Русские москвичи |
||||
---|---|---|---|---|---|---|
СД1 (n=48) |
Контроль (n=81) |
ОР (относительный риск) |
СД1 (n=79) |
Контроль (n=300) |
ОР (относительный риск) |
|
*04:01 |
20,8 |
6,8 |
3,3 |
24,7 |
3,3 |
9,5 |
*04:04 |
37,5 |
7,4 |
8,2 |
11,8 |
3,2 |
4,2 |
*04:05 |
0 |
0 |
– |
5,9 |
0 |
90,1 |
Частота аллельного варианта DRB1*04:01 оказалась сопоставимой в сравниваемых группах (москвичи и поморы), но аллельный вариант DRB1*04:04 встречался более чем в 2 раза чаще среди поморов. Что касается аллеля DRB1*04:05 , то он был выявлен только среди москвичей (уровень ассоциации — 90%).
Такого рода исследования открывают один из принципиально новых подходов к пептидной блокировке диабетогенных сайтов молекул HLA [107]. Эта задача является принципиально решаемой, о чем, в частности, свидетельствует опыт международных программ HLA -генотипирования на аллельном уровне доноров-добровольцев костного мозга, которых к настоящему времени в мире насчитывается более 19 млн человек. Пересадка полностью тканесовместимого (на уровне аллельных вариантов) костного мозга рассматривается в настоящее время не только как радикальный способ лечения онкогематологических и ряда иных онкологических заболеваний, но и как метод лечения тяжелых аутоиммунных заболеваний, в первую очередь СД1 [22.]. Пересадка тканесовместимого костного мозга (или кроветворных стволовых клеток — по современной номенклатуре) дает возможность переноса новой иммунной системы, которая совместима с организмом больного, но не содержит иммунокомпетентных клеток, направленных против клеток больного, в отличие от собственной иммунной системы. Этот подход особенно перспективен при трансплантации КСК, выделенных из пуповинной крови, детям, больным СД1 [83]. В результате этого восстанавливается толерантность организма к трансплантату или, если пересадка костного мозга не сопровождается трансплантацией островковых клеток, восстанавливается толерантность к клеткам собственной поджелудочной железы или других тканей, против которых была направлена аутоиммунная атака.
Данный подход реализуется лишь в странах, которые участвуют в организации и развитии международных регистров доноров-добровольцев костного мозга. Россия до настоящего времени не относится к таким странам, хотя эта проблема может быть решена в довольно короткие сроки в связи с развитием высоких медицинских технологий в России.
Что же касается возможностей практической медицины в отношении повышения эффективности прогноза развития СД1 на популяционном, семейном и, наконец, индивидуальном уровне, то они имеются [4, 10, 16, 17].
Интенсивные исследования участия различных аллелей генов HLA класса II ( DRB1, DQA1, DQB1) и их сочетаний в развитии СД1 привели к представлениям, что основную роль в предрасположенности и устойчивости к СД1 играют аллели локуса HLA- DQ . Предполагалось, что аллели локуса HLA- DR реализуют свою активность за счет неравновесного сцепления с локусом DQ [125]. В 2000 г. были опубликованы результаты широкомасштабных международных исследований, свидетельствующие о том, что ассоциации с аллелями, входящими в локус DQ , и ассоциации с аллелями, входящими в локус DR, независимы друг от друга в реализации эффекта по отношению к СД1 [89], несмотря на то что между аллелями генов HLA- DRB1 и HLA- DQB1 существует неравновесное сцепление. Эта точка зрения была пересмотрена после установления более выраженного полиморфизма гена HLA- DRB1 по сравнению с HLA- DQB1. Ген HLA- DRB1 имеет на сегодняшний день 3045 выявленных аллельных вариантов, ген HLA- DQB1 — 2136. Установлено, что внутри маркерных для СД1 HLA- DQB1- специфичностей имеется несравненно более выраженный аллельный полиморфизм, нежели внутри HLA- DQB1. Аллельные варианты одной и той же специфичности гена HLA- DRB1 могут иметь как положительные, так и отрицательные ассоциации с СД1. Наиболее выраженными они являются для HLA- DRB1*04 — классического маркера СД1. Данная специфичность включает около 20 аллельных вариантов, среди которых имеются группы, ассоциированные с предрасположенностью, и группы, ассоциированные с устойчивостью к СД1 [4]. Вопрос о роли неравновесного сцепления генов HLA- DRB1 и HLA- DQB1 на уровне аллельных вариантов до настоящего времени остается неизученным. Наиболее вероятной является точка зрения о том, что основная роль в генетической предрасположенности к СД1 среди генов HLA класса II принадлежит генам DRB1 [79].
Наличие неравновесного сцепления не вызывает сомнений, и сочетанный анализ гаплотипов и генотипов HLA- DRB1, - DQA1 и - DQB1 для установления роли молекул HLA класса II в развитии СД1 и других аутоиммунных заболеваний является перспективным направлением изучения как иммуногенетики человека в целом, так и патогенеза аутоиммунных патологий, включая СД1. Для установления риска развития СД1 и прогноза его течения генотипирование полных гаплотипов и генотипов HLA- DRB1, - DQA1 и - DQB1 представляется избыточным. В случае использования HLA -генотипирования на уровне низкого разрешения при установлении генотипа HLA- DRB1 с достаточно высокой вероятностью за счет наличия неравновесного сцепления можно предсказать (не типируя), какие именно специфичности HLA- DQA1 и HLA- DQB1 будут входить в генотип HLA- DRB1- DQA1- DQB1. Преимущество генотипирования на уровне высокого разрешения реализуется в первую очередь за счет возможности анализировать полиморфизм аллельных вариантов тех или иных генов. Ген HLA- DRB1, в отличие от генов HLA- DQA1 и HLA- DQB1 , является одним из наиболее полиморфных генов в системе HLA. Именно в HLA- DRB1 входят полиморфные генетические маркеры СД1, включающие аллельные варианты, как положительно, так и отрицательно ассоциированные с СД1. Это позволяет осуществлять значительно более точный индивидуальный прогноз риска развития и течения заболевания. Аналогичный анализ HLA- DQA1 и - DQB1 не позволяет в настоящее время получать подобную информацию и не предоставляет дополнительной информации при полном генотипировании генотипа HLA- DRB1- DQA1- DQB1.
В связи с сильным неравновесным сцеплением, которое характеризует регион HLA, необходимо с осторожностью подходить к интерпретации корреляции между повышенной частотой аллельных маркеров HLA и заболеваний. Внутри региона HLA присутствуют дополнительные гены, кодирующие белки, имеющие явное отношение к иммунной системе. Внутри региона класса II были идентифицированы гены, кодирующие пептиды-транспортеры и элементы протеасом. В регионе III класса находятся гены, кодирующие компоненты комплемента С2, С4 и фактор В, гены фактора некроза опухолей (TNFA и TNFB ) и гены белков теплового шока (HSP ). Cуществует возможность того, что ген истинной восприимчивости, лежащий в основе некоторых HLA -ассоциированных заболеваний, может быть как раз одним из этих не-HLA -генов. Очевидная ассоциация с HLA может отражать тот факт, что между аллельными вариантами не-HLA -генов и генов HLA существует тесное неравновесное сцепление.
Это отмечено при обследовании представителей различных рас и этнических групп. В противоположность европеоидной расе, монголоиды имеют более низкую заболеваемость СД1 (0,4–1,1 случая в год/100 000 населения). Идентичные гаплотипы DRB1-DQB1 у ориентов и европеоидов имеют сходные ассоциации с диабетом [12, 100]. Установлено наличие наиболее выраженной положительной ассоциации развития СД1 с вариантами генов DRB1*03 и *04 , а также сцепленных с ними вариантов генов DQA1*03:01 , *05:01 и DQB1*02:01 , *03:02 в разных популяционных группах, принадлежащих как к европеоидам, так и к ориентам [12, 60, 67, 126].
Помимо ассоциаций с той или иной специфичностью HLA-DR (то есть с гаплотипом HLA-DR ), имеется выраженная ассоциация с генотипом HLA-DR3/DR4 . Этот факт неудивителен, так как указанные специфичности сами по себе являлись наиболее высокоассоциированными с СД1. При обследовании целого ряда европейских популяций (немцев, англичан, датчан, евреев, турок и русских), а также китайской популяции, установлено, что уровень ассоциации с СД1 при генотипе HLA-DR3/DR4 превышал таковой как при генотипах HLA-DR3/DR3 , так и при HLA-DR4/DR4. Установлены отрицательно ассоциированные или нейтральные по отношению к СД1 специфичности DRB1 : DR7 , DR11 , DR13 , DR14 , DR15 [113]. К отрицательно ассоциированным относятся генотипы DR2/DR2 , DR5/DR5 и генотип, не включающий ни DR3 -, ни DR4 -специфичности.
Основными HLA -маркерами предрасположенности к СД1 в большинстве обследованных популяционных групп, проживающих на территории России и ближнего зарубежья, как и ожидалось, оказались специфичности DRB1*03 и *04 . При этом из всех обследованных групп у русских и мари только эти DRB1- специфичности были маркерами СД1.
У русских из Удмуртии и Вологды, а также у татар значения относительного риска для DRB1*03 и *04 были приблизительно равны. Среди мари и узбеков большее значение относительного риска было отмечено для DRB1*03. У представителей монголоидных популяций — тувинцев, калмыков и бурят — было выявлено только по одной значимой маркерной DRB1 -специфичности: у тувинцев — DRB1*03 , у калмыков — DRB1*09 , у бурят — DRB1*04 [17]. Специфичность DRB1*01 у татар и удмуртов была ассоциирована с СД1 с низким уровнем достоверности, а у узбеков имела противоположное, то есть протективное, значение. Таким образом, наиболее частыми маркерами СД1 среди различных популяций, населяющих Россию и ближнее зарубежье, оказались специфичности DRB1*03 и *04, но встречались также и другие варианты DRB1- маркеров, например DRB1*08 и *09 . Генотип, содержащий сочетание HLA -маркеров DRB1*03 и DRB1*04, ассоциирован с высокой вероятностью развития СД1.
Среди обследованных популяционных групп были выявлены также DRB1 -специфичности, ассоциированные с устойчивостью к развитию СД1. В качестве «протективных» были установлены пять вариантов гена DRB1: *07, *11, *13, *15 и *16. DRB1*07 был «протективным» для русских из Москвы, из Архангельской и Вологодской областей, а также для татар и удмуртов, DRB1*11 — для русских из Москвы, Вологодской области и Удмуртии, а также для удмуртов и узбеков. DRB1*13 — для всех обследованных групп русских, а также для татар, мари и узбеков; DRB1*15 — для всех исследованных популяционных групп, кроме калмыков, тувинцев и бурят, для которых не было обнаружено ни одного «протективного» варианта — вероятно, в связи с малочисленностью обследованной группы больных, связанной с низкой заболеваемостью СД1 в указанных регионах. «Протективная» специфичность DRB1*16 была обнаружена только у русских в московской популяции.
Следует отметить, что для разных популяционных групп генотипические сочетания указанных маркеров имеют разное значение. Так, если для русских из Архангельской области и Удмуртии большее значение имеет генотип DRB1*04/*04, для большинства других популяционных групп — DRB1*03/*04, и только для узбеков — DRB1*03/*03. В то же время наличие в генотипе только одного из указанных маркеров значительно уменьшает вероятность заболевания, а у узбеков при наличии в генотипе DRB1*04 -специфичности относительный риск развития СД1 становится <1, что свидетельствует о его протективном значении.
Исследование возможной роли, которую играют прочие HLA- DRB1 -специфичности, имеющие менее выраженный уровень положительных и отрицательных ассоциаций с СД1 (DRB1*01, *03, *04, *08, *09, *10 — маркеры развития СД1; DRB1*07, *11, *12, *13, *14, *15, *16 — отрицательная ассоциация с развитием СД1), показало, что предрасположенность к развитию СД1 определяется наличием в генотипе не менее двух HLA- DRB1 -маркеров (рис. 4-1). Отсутствие в генотипе хотя бы одного DRB1 -маркера (и особенно полное их отсутствие) делает развитие СД1 чрезвычайно маловероятным событием. Эта закономерность прослеживается у большинства представленных популяционных групп, относящихся к европеоидам (русские, татары, мари, удмурты), монголоидам (буряты) и смешанной группе (узбеки). Исключение составляют калмыки и тувинцы (монголоиды), для которых она оказалась недостоверной, что, скорее всего, определяется малочисленностью групп больных СД1 тувинцев и калмыков, связанной с чрезвычайно низкой заболеваемостью СД1 у представителей этих популяций.
Таким образом, открывается возможность исключения из числа лиц, которые ранее рассматривались как имеющие генетическую предрасположенность к СД1 (за счет наличия у них маркерных специфичностей HLA ), тех, кто имеет вторую «нейтральную» или отрицательно ассоциированную специфичность HLA- DRB1 . Тем самым, естественно, повышается уровень установления генетической предрасположенности и появляется возможность установления индивидуального риска развития СД1 при популяционном анализе.

Суммарные данные по относительному риску развития СД1 при 3 различных вариантах DRB1 -генотипа, полученные в результате обследования 1004 больных СД1 и 1547 здоровых добровольцев, представлены в табл. 4-2.
№ | Комбинация гаплотипов HLA-DRB1 | Количество обследованных | Относительный риск | р (вероятность) |
---|---|---|---|---|
1 |
2 гаплотипа, положительно ассоциированных с СД1 |
614 |
7,8 |
2,8×10-18 |
2 |
1 гаплотип, положительно ассоциированный с СД1 |
327 |
0,59 |
8,8×10-11 |
3 |
Отсутствие гаплотипов, ассоциированных с СД1 |
63 |
0,11 |
2,7×10-83 |
Эффективность разработанного подхода была также исследована при анализе 89 ядерных семей, включающих детей, больных СД1. Результаты представлены в табл. 4-3. Результаты семейного обследования принципиально не отличаются от данных, полученных при популяционном анализе. Принципиален тот факт, что предрасположенность к СД1 реализовалась лишь у детей, несущих в генотипе два ассоциированных с СД1 гаплотипа (ОР =17). Присутствие одного гаплотипа не было ассоциировано с риском развития заболевания (ОР =0,49).
№ | Комбинация гаплотипов HLA-DRB1 | Количество обследованных | Относительный риск (ОР) | р (вероятность) |
---|---|---|---|---|
1 |
2 гаплотипа, положительно ассоциированных с СД1 |
84 |
17,0 |
7,0×10-31 |
2 |
1 гаплотип, положительно ассоциированный с СД1 |
28 |
0,49 |
0,001 |
3 |
Отсутствие гаплотипов, ассоциированных с СД1 |
5 |
0,005 |
2,7×10-20 |
В целях изучения вопроса о том, какое влияние оказывало на результаты анализа в группе № 2 (один гаплотип положительно ассоциирован с СД1) (см. табл. 4-2 и 4-3) присутствие «классических» HLA -маркеров СД1 ( HLA- DRB1*03, HLA- DRB1*04), мы оценили, насколько данные специфичности HLA представлены среди анализируемых гаплотипов. Установлено, что в анализируемой группе данные гаплотипы среди больных СД1 представлены в 24,6% случаев по сравнению с 21,2% в контрольной группе (см. табл. 4-2). Относительный риск развития СД1 при этом составлял 1,21 (р =0,01). В анализируемой группе дети, больные СД1, составили 21,2%, при этом относительный риск развития СД1 составил 1,1 (р =0,01) (см. табл. 4-2).
Примечательно также следующее. При популяционных исследованиях в группе № 1 (см. табл. 4-2) суммарный процент генотипов, состоящих из высокоассоциированных с СД1 гаплотипов — HLA- DRB1*03/*03, HLA- DRB1*04/*04 и HLA- DRB1*03/*04 , среди больных СД1 составил 37% по сравнению со здоровым контролем 4,5%. В этой же таблице в группе № 2 суммарный процент гаплотипов HLA- DRB1*03 и *04 (второй гаплотип был иным, нежели *03 или *04 ) среди больных СД1 составил 25%.
Из представленного семейного анализа следует, что в группе № 1 (см. табл. 4-2) с наиболее высоким относительным риском развития СД1 (при популяционном анализе) только в 37% случаев предрасположенность к СД1 была связана с генотипами, включающими HLA- DRB1*03/*04 (в различных вариантах). В то же время большая часть анализированных больных СД1 (63%) несли генотип, включающий иные гаплотипы, нежели HLA- DRB1*03/*04. В то же время в группе № 2, где в генотипе присутствовал лишь один из гаплотипов HLA- DRB1*03/*04, среднее значение относительного риска определялось на уровне, недостаточном для осуществления клинического прогнозирования, а именно: ОР ~1.
Таким образом, наличие в генотипе лишь одного маркерного гаплотипа из числа HLA- DRB1*03/*04 существенным образом не оказывает влияния на уровень относительного риска развития СД1. В то же время наличие в генотипе HLA- DRB1- гаплотипов, положительно ассоциированных с СД1, но не относящихся к HLA- DRB1*03/*04 , играет существенную роль в предрасположенности к СД1. Относительный риск в группах с положительно ассоциированными генотипами составил 7,8 при популяционном анализе и 17,0 — при семейном.
Общим заключением по данным исследования является следующее.
Использование оценки HLA- DRB1 -генотипа более эффективно по сравнению с оценкой HLA- DRB1 -гаплотипов как при популяционном, так и семейном анализе. Преимуществом генотипирования считается возможность установления индивидуального риска развития заболевания. Выявление только в одном из анализируемых гаплотипов HLA- DRB1*03 или HLA- DRB1*04 может свидетельствовать лишь о наличии генетической предрасположенности со слабой вероятностью реализации. Перспективным представляется дальнейшее развитие этого направления, включая проведение аналогичного иммуногенетического анализа на уровне аллель-специфических вариантов генов HLA — маркеров СД1.
Вклад «классических» иммуногенетических маркеров в предрасположенность к СД1 оценивается приблизительно в 60–80% от общих факторов генетической предрасположенности к данному аутоиммунному заболеванию. Поэтому установленное в настоящем исследовании принципиальное преимущество использования оценки предрасположенности к СД1 на основе анализа генотипа HLA- DRB1, а не гаплотипов, как это имело место до последнего времени, имеет непосредственное значение для повышения эффективности профилактических мероприятий и установления популяционного, группового, семейного и индивидуального риска развития СД1. Вместе с тем достижения молекулярной иммуногенетики открывают принципиально новые возможности для более эффективного использования иммуногенетического мониторинга в клинической практике. В частности, это относится к использованию HLA- DRB1 -генотипирования на уровне аллельных вариантов. Последнее открывает возможность оценивать индивидуальный вклад в предрасположенность и/или устойчивость к СД1 конкретных аллельных вариантов генов, положительно ассоциированных с предрасположенностью к СД1.
Помимо этого, несомненно, важным и перспективным направлением является оценка клинической значимости использования в указанных выше направлениях аллельных вариантов генов иммунного ответа, не относящихся к системе HLA .
Начиная с 2008 г. развивается новое перспективное направление иммуногенетики, обозначенное в 2010 г. на конгрессе Европейской федерации иммуногенетики (EFI) во Флоренции как «не-HLA -иммуногенетика» . Это направление включает исследования роли полиморфизма генов, контролирующих те этапы развития иммунного ответа в норме и при патологических состояниях, которые не относятся к распознаванию чужеродного агента, инициации иммунного ответа и развитию его эффекторной фазы. Так, перспективными для изучения генами, ассоциированными с патогенезом СД1 или претендующими на роль кандидатных генетических маркеров СД1 и не входящими в систему HLA, являются: CTLA4, PTPN22, I FNG, TNF, SH2 B3, ERBB3, CLEC16 A, PTPN2, I L2 RA, I L27, I L2, I L19, I L20, ORMDL3, GLIS3, CD69, I L10, UBASH3 A, I FIH1, COBL, BACH2, CTSH, PRKCQ, C1 QTNF6, RASGRP1, RAB5 B, SUOX, I KZF4, ERBB3, CDK2, TRAFD1, PTPN1, PHTF1, CD226, AFF3, CAPSL, I L7 R.
Безусловно, данное направление имеет значительные перспективы как в фундаментальном, так и прикладном аспекте. В то же время столь широкий спектр кандидатных генов не может в настоящее время быть рекомендован для рутинного использования в клинической практике, как это имеет место в отношении генов HLA — маркеров СД1.
Для получения ответа на данный вопрос нами было проведено специальное исследование [1]. На примере анализа ассоциации СД1 с 4 наиболее изученными генами, участвующими в контроле иммунного ответа, но не входящими в систему HLA , был получен ответ на вопрос, дает ли анализ этих генов дополнительную информацию о генетической предрасположенности к СД1 по сравнению с генами HLA. С этой целью на материале семейного анализа сопоставили процент больных СД1, несущих кандидатные варианты не-HLA -генов, с одновременным присутствием у них маркерных генотипов HLA . Как следует из этих данных, варианты 3 изученных генов, а именно: PTPN22, I FNG и TNF — выявлялись только в том случае, если у обследуемых больных СД1 присутствовали одновременно маркерные генотипы HLA . Таким образом, можно предположить, что указанные кандидатные маркеры СД1, не относящиеся к HLA , не влияют на эффективность прогнозирования развития СД по сравнению с установлением только HLA -маркеров. Таким образом, в случае практического установления генетической предрасположенности к СД1 их оценка не может повысить уровень точности прогноза по сравнению с HLA. Естественно, это не исключает целесообразность изучения их роли в патогенезе СД1.
Напротив, прогностический эффект исследованного варианта гена CTLA4 не «перекрывается» полностью генами HLA, и в 14% случаев он является самостоятельным иммуногенетическим маркером предрасположенности к СД1. Вместе с тем можно отметить, что в 6% случаев у больных, входящих в обследованную группу, отсутствовали как HLA- маркеры, так и CTLA4 . Вполне возможно, что в списке иммуногенетических не-HLA -маркеров, представленном ниже, имеются гены, которые так же, как и CTLA4 , могут вносить самостоятельный вклад в установление иммуногенетической предрасположенности к СД1. Следует отметить, что практически все указанные генетические маркеры являются генами или их аллельными вариантами, относящимися к Ir -генам человека.
Применение предлагаемого генетического метода, основанного на установлении DRB1 -генотипа для оценки предрасположенности к СД1, дает возможность выполнения дифференциальной диагностики и прогнозирования заболевания на индивидуальном и семейном уровне. Последнее позволяет более эффективно диагностировать заболевание на ранних его этапах, а также формировать группы высокого и низкого риска развития СД1 в семьях больных СД1 для последующего мониторинга лиц с высоким генетическим риском развития СД1 (в случаях установления ассоциированного с СД1 генотипа) и исключения необходимости мониторинга лиц с низким риском развития СД1 (в случаях наличия в HLA- DRB1- генотипе лишь одного гаплотипа HLA- DRB1 , положительно ассоциированного с СД1). Основанное на результатах данного исследования заключение об отсутствии положительной ассоциации с СД1 генотипов HLA- DRB1, включающих отрицательно ассоциированный гаплотип, касается и тех случаев, когда вторым гаплотипом HLA- DRB1 был HLA- DRB1*03 или DRB1*04.
Таким образом, предложен новый инновационный эффективный способ оценки индивидуальной и семейной генетической предрасположенности к развитию СД1, который позволяет оценивать генетический риск развития СД1 вне зависимости от этнической принадлежности обследуемого на основе молекулярно-генетического метода HLA- DRB1 -генотипирования с использованием отечественной высокоэффективной приборно-реагентной базы. Такой подход позволяет в короткие сроки объективно оценить индивидуальный и семейный риск развития СД1, связанный с генами HLA вне зависимости от этнической принадлежности обследуемого.
В целом представленные в настоящей главе данные, на наш взгляд, свидетельствуют в пользу сочетанного участия различных специфичностей HLA , входящих в генотип и положительно ассоциированных с СД1, в реализации генетической предрасположенности к заболеванию и самого аутоиммунного процесса, лежащего в основе СД1. Иначе говоря, проявляется «эффект необходимости» участия в этом процессе второй специфичности, входящей в генотип HLA- DRB1 , для запуска и развития СД1. Вместе с тем возникает вопрос о возможных механизмах взаимодействия специфичностей HLA- DRB1 , расположенных на различных, но гомологичных хромосомах, в реализации предрасположенности к СД1. Наиболее вероятной представляется гипотеза Н. Erlich и соавт. [89] о «формировании трансдимеров» между аллелями HLA , расположенными на гомологичных хромосомах. Эта гипотеза сформулирована на основе анализа взаимодействия HLA- DQA1 и HLA- DQB1, расположенных на гомологичных хромосомах, в эффекте предрасположенности к СД1. Есть основания предполагать, что такой механизм может быть реализован при взаимодействии аллелей HLA- DRB1 , также расположенных на гомологичных хромосомах. При этом, как и в случаях с аллелями HLA- DQ , это взаимодействие может быть реализовано в усилении предрасположенности к СД1. Следует отметить, что гипотеза базировалась на результатах исследований, выполненных в период, когда молекулы HLA-DQ рассматривались в качестве основного участника реализации иммуногенетической предрасположенности к СД1 [89]. В настоящее время более вероятными кандидатами являются гены HLA- DRB1, обладающие значительно более выраженным аллельным полиморфизмом по сравнению с DQ и, соответственно, более выраженной ассоциацией на уровне аллельных вариантов. При этом роль HLA- DQ рассматривается как вторичная за счет неравновесного сцепления с HLA- DRB1. Таким образом, можно предположить, что более вероятной основой совместного эффекта являются специфичности HLA- DRB1 (и, скорее всего, определенные их аллельные варианты), участвующие в трансдимерном взаимодействии. Разумеется, целесообразно провести подобный анализ и на уровне отдельных аллелей DRB1, для части которых (в первую очередь входящих в специфичность DRB1*04 ) уже хорошо установлено наличие как положительных, так и отрицательных ассоциаций с СД1.
Представленные исследования были проведены на основании HLA -генотипирования на уровне низкого разрешения. Для того чтобы показать возможности HLA -генотипирования на уровне высокого разрешения, то есть на уровне выявления аллельных вариантов генов HLA, целесообразно представить данные о межэтническом разнообразии HLA на уровне аллельного полиморфизма одной лишь специфичности — HLA- DRB1*04. Выбор именно данной специфичности неслучаен, поскольку она является «классическим» маркером предрасположенности к СД1, а также потому, что при проведении данного исследования впервые были установлены выраженные различия в полиморфизме HLA на уровне отдельных аллельных вариантов одного гена не только на межэтническом, но и на внутриэтническом уровне [23, 24].
В табл. 4-4 представлены данные по исследованию частоты встречаемости аллельных вариантов гена HLA- DRB1*04 в 7 популяционных группах России. С аллелями HLA- DRB1*04:01, HLA- DRB1*04:04 и HLA- DRB1*04:05 ассоциирована предрасположенность к СД1. С аллелем HLA- DRB1*04:03 ассоциирована устойчивость к развитию данного заболевания.
Ген/аллель | Русские-москвичи | Русские-поморы | Саамы | Татары | Мари | Тувинцы | Ненцы |
---|---|---|---|---|---|---|---|
04 |
11,64 |
35,37 |
33,52 |
17,78 |
16,34 |
28,74 |
17,39 |
04:01* |
3,80 |
16,21 |
9,14 |
5,61 |
12,65 |
12,13 |
0,73 |
04:02 |
1,66 |
0 |
0,76 |
0,93 |
0 |
0 |
0 |
04:03** |
0, |
1,47 |
8,38 |
1,87 |
1,05 |
5,75 |
7,16 |
04:04* |
3,09 |
17,69 |
5,33 |
7,9 |
0,53 |
1,28 |
10,14 |
04:05* |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
5,75 |
0 |
04:07 |
1,66 |
0 |
0 |
0 |
0,53 |
0 |
0 |
04:08 |
1,19 |
0 |
16,00 |
1,87 |
1,58 |
2,93 |
0 |
04:10 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
1,28 |
0 |
Примечание: *Ассоциация с предрасположенностью к инсулин-зависимому сахарному диабету (ИЗСД) (СД1).
**Ассоциация с устойчивостью к ИЗСД (СД1).
Прослеживается следующая закономерность. Более высокая заболеваемость СД1 отмечается в группах, для которых характерна высокая частота встречаемости положительно ассоциированных с СД1 аллельных вариантов гена HLA- DRB1*04 при низком уровне встречаемости аллельных вариантов, ассоциированных с устойчивостью. В то же время в случаях одновременного выявления в популяции аллельных вариантов, ассоциированных как с предрасположенностью, так и с устойчивостью с приблизительно равной частотой, что характерно для монголоидных популяций, заболеваемость СД1 была низкой. Следует отметить следующее. В данном исследовании были изучены только 8 из числа более 30 известных аллельных вариантов гена HLA- DRB1*04. Эти аллельные варианты, по данным литературы, являются наиболее распространенными на территории Евразии. Полученные данные представляют собой наглядный пример межэтнического полиморфизма в распределении аллельных вариантов гена HLA- DRB1*04 — одного из наиболее клинически значимых генов при выявлении генетической предрасположенности к аутоиммунным заболеваниям. Вместе с тем эта таблица служит наглядным доказательством внутриэтнических различий по распределению аллелей HLA . Так, внутри русской популяции между москвичами и жителями Архангельской области имеются выраженные различия по аллелям HLA- DRB1*04:01 и *04:04. Причем оба аллеля имеют выраженную ассоциацию с предрасположенностью к СД1, его частота достаточно высока в обеих указанных группах.
По-видимому, в дальнейшем также целесообразным станет проведение аналогичного исследования по изучению роли полиморфизма HLA на уровне аллельных вариантов в отношении аллелей генов HLA- DQA1 и - DQB1, которые, несмотря на выраженную генетическую связь с генами HLA- DRB1 , также могут вносить самостоятельный вклад в реализацию генетической предрасположенности к СД1. Об этом, в частности, может свидетельствовать тот факт, что молекулы HLA, кодируемые генами DQA1 и DQB1, обладают индивидуальными пептид-связывающими сайтами, отличающимися от пептид-связывающих сайтов молекул HLA-DRB1.
С точки зрения клинической диабетологии и клиники аутоиммунных заболеваний в целом, на наш взгляд, несомненный интерес представляет возможность установления индивидуального риска развития заболевания, открывающаяся на основании анализа полного генотипа HLA- DRB1 . Сопоставляя присутствие в нем «диабетогенных», нейтральных и протективных специфичностей HLA- DRB1 , можно прийти к заключению о наличии или отсутствии у данного лица, в том числе из числа членов семьи со случаями диабета, повышенной предрасположенности к развитию заболевания. Таким образом, подобный подход открывает принципиальную возможность установления индивидуального риска развития СД1. Разумеется, дальнейшие исследования в области иммуногенетики СД1 могут резко повысить эффективность этого подхода. Тот уровень (HLA- DRB1 -генотипирование), на котором удалось установить такую возможность, уже сейчас позволяет проводить подобного рода оценку не только в специализированных научных центрах, но и в любом практическом учреждении, имеющем обычную ПЦР-лабораторию и осуществляющем HLA -генотипирование на уровне низкого и среднего разрешения. Последнее в значительной мере облегчает методику HLA -генотипирования.
Все больные, генотип HLA- DRB1 которых был гомозиготен и содержал две идентичные специфичности из числа положительно ассоциированных с СД1, учитывались в группе, где относительный риск имел положительное значение. Таким образом, наличие HLA- DRB1 -гомозиготных по этим специфичностям индивидуумов существенно повышает вероятность развития у них СД1. Это относится и к другим заболеваниям аутоиммунного генеза, например к хроническому гломерулонефриту, который также в значительном проценте случаев поражает людей молодого возраста. При этом известно, что среди больных хроническим гломерулонефритом жителей Москвы процент HLA- DRB1 -гомозигот вдвое превышает средний показатель по Москве [27].
Естественно, что представленные выше данные не только могут найти широкое применение в практике борьбы с СД1 (а также, возможно, и с другими аутоиммунными заболеваниями), но и открывают перспективы для фундаментальных исследований, целью которых будет установление молекулярных механизмов взаимодействия продуктов двух гаплотипов HLA , в состав которых входят синергически действующие специфичности HLA . Результатом такого синергического взаимодействия и является генетически обусловленная предрасположенность к развитию СД1. В пользу роли такого синергизма свидетельствует факт отсутствия реализации генетической предрасположенности в случае наличия специфичности HLA лишь в одном из гаплотипов.
Следует заметить, что варианты *01, *03 и *04, наиболее часто обнаруживаемые у больных с аутоиммунной патологией, являются чрезвычайно распространенными среди населения планеты вариантами гена DRB1. В самых разных популяциях различной расовой принадлежности эти 3 варианта встречаются с частотой до 18–25% [72]. Вероятно, такая распространенность аутоиммунных маркеров не случайна. Установлено, что DRB1 -специфичности, входящие в группу аутоиммунных маркеров, часто являются одновременно «маркерами», обеспечивающими эффективный иммунный ответ на вирусы гепатита С [50, 88], ВИЧ-1 [92], тяжелой малярии [65]. И наоборот, DRB1 -специфичности, которые являются «протективными» в отношении аутоиммунитета — *07, *11, *12, *13, *14, *15 и *16 — ассоциированы с чувствительностью к ВИЧ-1 [92], к гепатиту В [101], лепре [130], легочному туберкулезу [28].
Таким образом, маркеры предрасположенности к развитию аутоиммунитета ассоциированы в то же время с устойчивостью к развитию инфекций, и, наоборот, маркеры устойчивости к аутоиммунитету ассоциированы с неблагоприятным исходом тяжелых инфекций. При этом и те, и другие варианты генов DRB1 , достаточно широко распространены в самых разных популяционных группах.
Иммунная система, одно из назначений которой — обеспечение успешной борьбы организма с различными инфекциями, является инструментом направленного отбора. При нем взаимодействие микроорганизма с макроорганизмом завершается отбором макроорганизма, справившегося с инфекционным агентом, и «выбраковкой» организма, который не справился с инфекцией. В случае с генами HLA — выбраковкой генов, ассоциированных с чувствительностью к инфекции, то есть 07, *11, *12, *13, *14, *15, *16 , и накоплением вариантов, ассоциированных с устойчивостью к инфекции, то есть *01, *03, *04, *08, *09, *10 . Возможно, наиболее неблагоприятными вариантами для исхода взаимодействия макроорганизма и инфекционного агента будет наличие в геноме двух вариантов генов, ассоциированных с устойчивостью к инфекции. Если эта гипотеза окажется верной, появится возможность значительно более точного установления предрасположенности либо устойчивости к развитию того или иного инфекционного заболевания у конкретного человека. Кроме того, будет использоваться новый подход к эпидемиологическому прогнозу уровня заболеваемости среди населения конкретного региона с заранее установленными особенностями его генетического профиля HLA .
Накопление в популяции вариантов генов HLA, ассоциированных с устойчивостью к инфекции, ограничивается развитием аутоиммунных реакций, которые, как установлено, приводят к снижению фертильности.
Таким образом, инфекционные заболевания, с одной стороны, и аутоиммунитет, с другой, направляют естественный отбор в области генов иммунного ответа в сторону преимущества для лиц, гетерозиготных по так называемым «чувствительным» и «устойчивым» к развитию инфекции генам, сохраняя при этом все разнообразие генов МНС. Эта балансирующая система отбора, вероятно, должна хорошо реагировать на изменение факторов внешней среды в дикой природе. Воздействие человека на направление отбора также вероятно. Например, борьба с инфекциями с помощью антибиотиков может приводить к накоплению генов, «чувствительных» к развитию инфекции.
Если наше предположение до некоторой степени верно (что требует тщательной проверки), то HLA -генотипирование открывает новые возможности использования самых разнообразных лекарственных средств, начиная с лечения инфекционных заболеваний и вакцинации и кончая использованием различных иммуномодуляторов.
Какие механизмы могут лежать в основе осуществления функций таких «чувствительных» и «устойчивых» к инфекции вариантов генов HLA? Можно предположить, например, что они ассоциированы с разным уровнем экспрессии распознающих белков системы МНС, чему есть некоторые свидетельства [112, 124], с факторами естественного иммунитета, обеспечивающими первые реакции на инфицирующие агенты, тем самым направляя и регулируя адаптивный иммунитет [37, 66, 103, 105, 133]. Наконец, можно предположить, что в пределах системы МНС существуют 2 вида отбора. Первый поддерживает полиморфизм на уровне антиген-распознающих структур, то есть имеет отношение к адаптивному иммунитету. Второй, более древний и более общий (осуществляющийся на более «грубом» уровне), контролирует баланс чувствительности/устойчивости иммунного ответа (в том числе на уровне популяций через процессы репродукции) в зависимости от изменяющихся условий внешней среды и направлен на сохранение любого полиморфизма. Если это так, то уровень связывания с пептидами антиген-распознающих структур in vitro и эффективность суммарного ответа in vivo не всегда должны совпадать. Оба эти процесса могут происходить параллельно.
Что касается преимуществ определения генотипа HLA (вместо гаплотипа HLA , как это имело место до настоящего времени) в установлении генетической предрасположенности к СД1, у нового подхода, на наш взгляд, имеются значительные дополнительные преимущества и перспективы.
Дело в том, что СД1 в ходе всего процесса развития человечества относился к заболеваниям, поражавшим в основном нерепродуктивные контингенты. С учетом генетического характера наследования заболеваемость СД1 поддерживалась на определенном относительно невысоком уровне. Разработка и применение поддерживающей инсулинотерапии в XX в. в корне изменили сложившуюся ситуацию, что в значительной степени позволяет говорить об ограничении влияния СД1 на репродуктивный процесс, что должно отразиться на уровне заболеваемости СД1. Вместе с тем необходимо учитывать, что потенциальные родители в семьях, включающих членов с установленным диагнозом СД1, как правило, информированы о вероятности развития заболевания у потомства.
Представленные в настоящей главе данные впервые позволяют устанавливать отсутствие превышенной по сравнению с популяционным уровнем ассоциированной с HLA предрасположенности к СД1 у детей в семьях, где HLA -маркеры имеет один из родителей.
Таким образом, даже превентивное генотипирование в значительном проценте случаев демонстрирует риск развития СД1. Следует отметить, что такой подход дает принципиальную возможность снижения частоты встречаемости ассоциированных с СД1 аллелей в популяции. В том случае, если специфичности HLA , ассоциированные с предрасположенностью к СД1, имеются у обоих супругов, существует возможность оценить вероятность развития СД1 у детей.
Разумеется, данный подход требует проведения новых исследований на значительном клиническом материале и его результаты целесообразно рассматривать исходя из клинических, эпидемиологических и этических аспектов.
Помимо «классического» направления иммуногенетики СД1 и других аутоиммунных заболеваний, получило развитие новое направление — исследование роли генов иммунного ответа человека, не входящих в систему HLA , в развитии аутоиммунных заболеваний.
В последнее время классическая иммуногенетика человека была дополнена новыми данными и представлениями. Помимо сведений о неклассических генах HLA , были получены данные о роли генов, контролирующих звенья иммунного ответа, не находящиеся под прямым контролем генов HLA , и их вариантах. Наличие таких вариантов (генный полиморфизм) обусловлено, как правило, присутствием в геноме одиночных нуклеотидных замен — SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Их биологическим эффектом может быть изменение экспрессии гена (если полиморфизм затрагивает регуляторные участки гена) или изменение аминокислотного состава продукта.
При обследовании больных СД1 были установлены следующие SNP: -238 G/ A и -308 G/ A в гене TNF2 (Tumor Necrosis Factor, member 2) и +874 Т/А в гене IFNG (Interferon-γ), ассоциированные с развитием СД1 [34, 120]. Белковые продукты этих генов обладают широким спектром иммуномодулирующих, противовирусных и противоопухолевых эффектов, что позволило выдвинуть предположение о том, что изменение уровня их экспрессии, в том числе обусловленное SNP, может повлиять на развитие иммунного ответа по отношению к вирусным инфекциям, а также привести к повреждению β-клеток поджелудочной железы [30, 86].
Следует отметить, что при проведении аналогичных исследований в русской популяции жителей Москвы ассоциация между наличием вышеуказанных SNP и предрасположенностью к СД1 не выявлена. Можно предположить, что данные ассоциации могут быть характерны только для определенных этнических групп [1, 2].
В пользу этого, в частности, может свидетельствовать следующее. Ассоциации СД1 с аллельными вариантами генов HLA, характерные для одних этнических групп, отсутствуют в других. Между тем чрезвычайно выраженный на уровне аллельных вариантов полиморфизм системы HLA является по существу следствием возникших на разных этапах развития человека одиночных нуклеотидных замен, закрепившихся вследствие своей биологической целесообразности, например, благодаря повышению устойчивости носителей данного SNP к инфекционным заболеваниям. Именно тот факт, что прародители тех или иных этнических групп сталкивались с различными вызовами для их иммунной системы, нашел отражение в современном различии между вариантами генов, регулирующих иммунный ответ.
Иная картина имела место при изучении SNP, ассоциация которого с развитием СД1 показана при изучении различных популяционных групп. Речь идет об однонуклеотидной замене +49A/G (rs231775) в гене CTLA4 (Cytotoxic T-Lymphocyte associated Antigen-4, поверхностный антиген цитотоксических Т-лимфоцитов) [1, 2, 46, 71, 77]. Данная замена нуклеотида, в свою очередь, приводит к замене аминокислоты в 17-й позиции белкового продукта гена CTLA4, участвующего в регуляции активации Т-лимфоцитов, и, соответственно, к изменению его физиологического действия. Изменение свойств белкового продукта гена CTLA4 может привести к нарушению регуляции деятельности Т-лимфоцитов и к развитию аутоиммунного процесса. Установлена ассоциация с предрасположенностью к СД1 у 70% больных, несущих генотип 49 GG, при отсутствии у них HLA -маркеров СД1, в то время как в группе сравнения частота этого генотипа не превышала 10%. Эти данные позволили сделать вывод, что генотип CTLA4 49 GG может маркировать предрасположенность к СД1, независимую от HLA . Таким образом, установление SNP генотипа CTLA4 49 GG позволяет повысить эффективность прогноза развития СД1 при совместном генотипировании как по генам HLA, так и по данному SNP. Такой подход позволил установить генетические маркеры предрасположенности к СД1 у 94% из обследованной группы больных [1].
Предлагаемый подход позволяет выделить из числа генов, ассоциированных с СД1, клинически значимые гены, исследование которых повышает уровень достоверности прогноза развития заболевания. Можно согласиться с мнением авторов данной работы о необходимости проведения масштабного исследования, предполагающего изучение большего количества генетических полиморфизмов у представителей различных этнических групп. Также значительный интерес может представлять использование подхода, при котором установление индивидуального риска развития СД1 рассматривается в зависимости от наличия «функционального» генотипа HLA- DRB1 [12].
Говоря о роли тех или иных генов, контролирующих иммунный ответ, в предрасположенности и устойчивости к СД1, следует отметить следующее. Общепризнанным является тот факт, что наибольшую и определяющую роль среди них, равно как и среди других генов предрасположенности к СД1, не участвующих в контроле иммунного ответа (например, ген I NS или I DDM2, контролирующий продукцию инсулина), играют гены HLA ( IDDM1). Высокий уровень ассоциации генов HLA с предрасположенностью к заболеванию СД1, как указывалось ранее, объясняется тем, что продукты этих генов не только являются генетическими маркерами предрасположенности к СД1, но и, представляя диабетогенные пептиды, выполняют функцию запуска аутоиммунного процесса, лежащего в основе заболевания [2].
Расчетный уровень вклада HLA в генетически обусловленную предрасположенность к СД1 составляет, по разным оценкам, от 40 до 70%. Вклад CTLA4 , так же как и I NS, оценивается примерно в 10%. Естественно, что эти цифры достаточно приблизительны, то есть при суммировании процентных содержаний всех известных на сегодняшний день генетических маркеров СД1 получается цифра, значительно превышающая 100% (вплоть до 200%). Последнее в значительной степени снижает общую достоверность и клиническую значимость прогнозирования развития СД1. Можно предположить, что причиной неточности является одновременное присутствие в одном геноме нескольких генетических маркеров предрасположенности к СД1. Поэтому целесообразно было бы использовать вышеописанный подход для установления других маркеров, определяющих предрасположенность к СД1 независимо друг от друга.
4.2. Полиморфизм HLA и репродукция
Одной из важнейших функций системы HLA , которая тесно связана и с ее основной (или, возможно, более известной) функцией — контролем иммунного ответа, является ее участие в репродукции человека.
Исследования в области физиологической роли HLA начались уже в 1960–1970-х годах практически одновременно с работами по изучению возможностей использования доступных в то время методов HLA-типирования при селекции пар донор–реципиент в клинической трансплантологии. Одной из основных предпосылок начала этих исследований стали идеи относительно того, что поскольку плод можно рассматривать как «природный аллотрансплантат», то такого рода работы могут, с одной стороны, быть полезными в плане изучения возможности индукции толерантности — цели клинических трансплантологов, — а с другой стороны, могут дать ответ на вопросы, связанные с такими видами патологии, как привычное невынашивание беременности и бесплодие неясной этиологии. При этом была популярна точка зрения, согласно которой указанные осложнения беременности могли быть связаны с высоким уровнем тканевой несовместимости матери и плода, то есть предполагалась возможность прямой аналогии с трансплантационным иммунитетом.
За прошедшие годы эта точка зрения изменилась на прямо противоположную, а по-иному и не могло быть, поскольку беременность является физиологической функцией организма, в основе которой лежит временная иммунная толерантность матери к плоду. Напротив, сама по себе трансплантация отнюдь не является физиологической процедурой. В действительности же физиологическим проявлением функции иммунитета является отторжение трансплантата.
В настоящее время известно, что репродуктивный этап жизнедеятельности млекопитающих, в том числе человека, является одним из наиболее ярких примеров того, как гены иммунного ответа (в первую очередь гены главного комплекса тканевой совместимости) обеспечивают генетическое разнообразие животного мира. Установлено, что мыши, крысы и ряд других животных распознают своих половых партнеров из числа сородичей и осуществляют дифференциацию между ними именно с помощью молекул МНС. Причем мыши и крысы не только дифференцируют различие на уровне молекул МНС класса I других особей, но и «улавливают» даже точечные мутации в этих молекулах, то есть различия на уровне SNP. Не совсем ясно, различаются ли сами полиморфные фрагменты молекул МНС I или одоранты, избирательно переносимые антигенами МНС класса I в мочу животных. Данная функция системы МНС у животных служит снижению инбридинга в популяции животных, так как наличие аналогичных собственным антигенам МНС класса I служит табу для полового контакта между животными. Так, в работе P.W. Hedrick было установлено, что самки мышей предпочитают самцов, отличающихся от них по МНС, что фактически приводит к уменьшению пропорции гомозигот, усиливая генетический полиморфизм в популяции мышей [63]. Таким образом, у животных молекулы МНС служат переносчиками пахучих веществ — феромонов, которые влияют на индивидуальное распознавание, выбор партнера, гнездовое поведение и селективный блок беременности. При этом роль различных молекул МНС не ограничивается функцией пассивного переноса, а влияет на экспрессию запаха [68].
Подобные феномены трудно изучать у людей, так как HLA , являясь наиболее полиморфной системой в геноме человека, обладает потенциалом образовывать миллионы вариантов генотипов. Кроме того, высокая вариабельность фоновых запахов, кодируемых остальным геномом, а также культурная практика препятствуют исследованиям роли HLA в процессах воспроизведения. Тем не менее существует ряд доказательств того, что эта функция МНС не утрачена у человека.
В работе S. Jacob и соавт. [68] было показано, что женщины могут определять различия запахов мужчин, отличающихся друг от друга по одному аллелю HLA . Механизм, лежащий в основе способности женщин различать и выбирать предпочтительные запахи, по мнению S. Jacob, связан с аллелями HLA , полученными женщиной от отца, но не от матери. По данным С. Wedekind и S. Furi [131], от HLA зависел запах тела, эмоциональное восприятие которого определялось главным образом (если не исключительно) степенью «похожести» или «непохожести» по генотипу HLA . Наблюдаемое предпочтение «непохожести», по мнению автора, должно приводить к увеличению гетерозиготности у потомства, но не накоплению определенных комбинаций МНС. J.D. Реnn и соавт. [104] также считают, что зависимый от МНС выбор партнера увеличивает МНС -гетерозиготность потомства. Увеличение количества растворимых белков HLA в моче женщин перед овуляцией и снижение его до нормальных значений после овуляции [131], возможно, также участвует в данном процессе.
Направленный отбор МНС-гетерозиготности проявляется также в преимуществе, которым обладают МНС-гетерозиготные самцы по сравнению с гомозиготными. Так, например, в большой популяции свободно живущих макаков резус самцы, гетерозиготные по гену DQB1 МНС класса II, имели значительно более многочисленное потомство, чем гомозиготные. Подобные наблюдения были сделаны и у людей. Так, у мужчин из супружеских пар, имеющих детей, HLA- DRB1 -гомозиготность была в 3 раза ниже, чем у мужчин из пар с проблемами вынашивания беременности и из группы сравнения [11].
Подтверждением неслучайного выбора партнеров у людей служит серия работ, выполненных на племенах южноамериканских индейцев, живущих в дельтах рек Амазонки и Ориноко, а также в религиозной секте хатеритов (европеоиды) [96]. Оказалось, что количество индивидуумов, гомозиготных по генам HLA , было ниже математически прогнозированного в соответствии с Менделевским распределением [38, 108]. В то же время количество гомозиготных по трем другим не-HLA -локусам микросателлитов, расположенных на 13-й хромосоме, в отличие от локусов HLA , расположенных на 6-й хромосоме, соответствовало расчетному.
Таким образом, выбор половых партнеров в природе направлен на поддержание гетерозиготности по генам МНС и на снижение возможности инбридинга, но, возможно, не на отбор конкретных вариантов генов МНС.
Возникает вопрос: какие из генов МНС ( HLA) являются точкой приложения для осуществления направленного отбора? Разумеется, наиболее вероятно предположение, что это гены МНС с наибольшим уровнем полиморфизма и гетерозиготности. Известно, что среди генов HLA класса I это HLA- B, а среди генов HLA класса II — это ген HLA- DRB1. Одним из подтверждений этому предположению служит работа A.M. Valdes и соавт. [127], где приведены данные исследований, проведенных в 22 популяционных группах. Было установлено, что из четырех генов HLA класса II — DRB1, DQA1, DQB1 и DPB1 — наибольшей гетерозиготностью и наибольшим количеством вариантов обладал ген DRB1. В отношении гена DRB1 отмечен также высокий уровень гетерозиготности в позициях, критических для антигенного распознавания на уровне аминокислотных остатков, что подтверждает позитивную селекцию в сторону увеличения разнообразия репертуара иммунного ответа [111]. Интерес представляют результаты работы М.Т. Dorak и соавт. [53], в которой установлено, что доля лиц, несущих две DRB1 -специфичности, относящиеся к разным «древним» генам ( DRB3, DRB4, DRB5), была значительно более выражена у мужчин (53,7% против 39,3 у женщин, p =0,003). Генотипы, состоящие из наиболее филогенетически отстоящих вариантов (DRB3 и DRB4 ) демонстрировали наиболее выраженные различия между полами (р =0,007). Гетерозиготность наиболее отстоящих гаплотипических семейств обеспечивает наивысший уровень гетерозиготности в главном локусе HLA класса II — DRB1, увеличивая гетерозиготность и в других локусах МНС.
Кроме того, было установлено, что беременность у женщин из закрытой от общества секты хатеритов, совпадавших с партнером по гену DRB1, наступала через более длительные интервалы времени по сравнению с парами, не совпадавшими по гену DRB1, и в таких семьях было, соответственно, меньшее количество детей [96].
Таким образом, основной точкой приложения отбора в процессе репродукции среди генов HLA класса II являются, вероятно, гены DRB1.
Следующий возможный механизм направленного отбора, базирующийся на функции иммунной системы, имеющий непосредственную зависимость от генов МНС и косвенно связанный с репродукцией, — аутоиммунитет. К настоящему моменту накопилось довольно много фактов о роли аутоиммунных процессов в нарушении репродуктивной функции, прежде всего у женщин.
Так, в работе S. Cowchock и соавт. [48] у 29% женщин с необъяснимыми повторными выкидышами обнаружены антиядерные антитела, антитела к ДНК или экстракту ядерного антигена. По данным A.J. Shelton и соавт. [118], аутоиммунные заболевания чаще встречались в семьях женщин, у которых наблюдали повторные выкидыши. Т. Makino [84] проанализировал результаты обследования 1500 пар с повторными выкидышами, сделав заключение о возможной роли антител против фосфатидилэтаноламина и аннексина. В то же время имеются данные о более общем влиянии аутоиммунитета на репродуктивную функцию, в частности аутоиммунитет рассматривается как причина недостаточности яичника [70, 78], а также таких заболеваний, как идиопатическое бесплодие, синдром поликистозного яичника, эндометриоз. Отмечается, что мишенями аутоантител могут быть стероидные гормоны, гонадотропины и их рецепторы, желтое тело, zona pellucida и ооцит [57].
Что касается непосредственно роли HLA , то у женщин с проблемами репродукции увеличена встречаемость специфичностей HLA , которые относят к маркерам аутоиммунных заболеваний. Например, увеличение частоты DRB1*04 у женщин с привычным невынашиванием беременности было отмечено в нескольких работах [11, 51], где было также обнаружено увеличение частоты генов DRB1*01 и DRB1*03 у датчанок с этой патологией [51].
Работ относительно бесплодия у мужчин, связанного с аутоиммунитетом, очень мало. Однако в работе К. van der Ven [128] упоминаются HLA -маркеры, ассоциированные с нарушением сперматогенеза у мужчин. У таких мужчин повышена частота DRB1*01, одного из маркеров аутоиммунного процесса, и снижена частота DRB1*15, «протективного» в отношении аутоиммунитета.
Таким образом, в обеспечении полиморфизма системы генов MHC принимает участие как непрерывный мутационный процесс, скорость которого, однако, не отличается от обычного, так и направленный отбор.
Приведенные выше факты свидетельствуют о том, что взаимодействие с инфекционным окружением направляет отбор на накопление конкретных вариантов генов, обеспечивающих максимально эффективное взаимодействие с конкретными патогенами. Помимо этого, преимущество имеют гетерозиготные по аллелям генов МНС организмы, так как они обладают более разнообразным репертуаром иммунного ответа. Поддержание гетерозиготности и снижение вероятности инбридинга обеспечиваются самим участием МНС в репродуктивных процессах.
Следует отметить, что и ранее было известно следующее: повышение количества HLA -гомозигот в результате инбридинга, являющегося следствием близкородственных браков, — это крайне неблагоприятный момент для здоровья потомства такого рода. Так, инбридинг резко возрастает в «замкнутых» популяциях, какими до последнего времени являлись малые этнические группы населения, проживающие в труднодоступных районах. Естественно, что аналогичная ситуация имеет место и в этнических кастовых или сословных группах (например, в королевских семьях, где браки по родству превалировали в течение нескольких поколений). Хорошо известно, что уже благодаря накоплению генов (и появлению их в гомозиготном состоянии), связанных с различными нарушениями развития среди представителей разных королевских домов, зачастую отмечалось увеличение числа наследственных заболеваний и уродств.
Несмотря на то, что в последнее время точка зрения о низком значении обоняния для выбора HLA -несовместимого партнера по браку была пересмотрена, в определенных случаях браки заключаются между мужчиной и женщиной частично (а иногда и полностью) HLA -идентичными. Последнее может быть связано с тем, что при заключении брака человеком принимаются во внимание многие социальные, материальные и психологические условия, комплекс которых может иметь решающее значение.
Что же касается полной HLA -совместимости супругов, то, на первый взгляд, теоретическая вероятность ее более чем ничтожна, поскольку, ввиду крайне высокой степени полиморфизма системы HLA, средняя вероятность полной HLA -идентичности двух произвольно взятых людей приближается к 1 на 1 000 000. Однако на практике вероятность негативного проявления HLA -совместимости значительно выше. Во-первых, имеет значение не только полная совместимость, но и частичная, и, по-видимому, наибольшую отрицательную роль может играть совместимость по специфичностям гена HLA- DRB1, в который, как указано выше, входят гены иммунного ответа человека, а совместимость по нему вносит наибольший вклад при подборе тканесовместимых пар при трансплантации органов. При этом следует отметить, что в большинстве популяций мира совместимость по специфичностям гена DRB1 встречается приблизительно на 2 порядка чаще, чем полная HLA -совместимость [22].
Во-вторых, даже в больших популяционных группах имеется значительное количество людей, в генотипе которых отдельные или группы генов HLA находятся в гомозиготном состоянии (так, например, в популяции русских, проживающих в Москве, количество гомозигот по специфичностям HLA- DRB1 — класс II — уже составляет более 15%). В данной ситуации достаточно, чтобы в генотипе HLA гетерозиготного партнера присутствовал один из антигенов HLA, находящихся в гомозиготном состоянии у другого. Исходя из законов наследования антигенов HLA (кодоминантный принцип), у ребенка экспрессируются оба набора HLA, полученных от родителей. Результатом с высокой вероятностью может стать идентичность матери и плода по антигенам, которые присутствовали у одного из родителей в гомозиготном состоянии. Следующим фактором, повышающим вероятность первого, является то, что частота антигенов HLA в популяциях весьма варьирует — от тысячных долей процента до десятков процентов. И, естественно, люди, имеющие в генотипе HLA «высокочастотные» антигены HLA, имеют более высокую вероятность встречи с супругом, имеющим этот же антиген в HLA -гетерозиготном состоянии. Наконец, еще одним фактором, относящимся далеко не ко всем популяционным и этническим группам, является то, что на Земле, кроме больших этнических групп или групп, проживающих в условиях постоянного контакта этноса в течение исторически значимого периода, имеются малые этнические изолированно проживающие группы. Эти группы, в отличие от первых, которые «пользуются» практически всем разнообразием HLA , то есть в них с той или иной частотой встречаются практически все специфичности HLA , «используют» весьма ограниченный набор специфичностей HLA . Естественно, что в последних группах весьма высок уровень частотных антигенов HLA и HLA -гомозигот. На территории России, особенно на севере, проживает значительное количество таких групп. Более того, существуют искусственно сформировавшиеся, например, некоторые религиозные секты, которые принадлежат к большим этносам, но в течение длительного времени проживают малыми группами в условиях изоляции.
Так или иначе, ясно, что для человека, в отличие от животных, вероятность идентичности супругов, хотя бы по части антигенов HLA, достаточно высока, что и предоставило возможность природе наглядно продемонстрировать все возможные последствия.
Следует отметить, что с проблемой «HLA и репродукция» в определенной степени связаны само становление и развитие изучения системы HLA. После первых успехов в области получения HLA-типирующих сывороток от многорожавших женщин (начало 1960-х годов), вполне естественным было возникновение идеи о том, что с иммунологической точки зрения плод следует рассматривать как природный трансплантат. А отсюда также закономерно проведение ряда более широких аналогий между плодом и трансплантатом. И поскольку уже было накоплено достаточно данных по механизмам трансплантационного иммунитета, который также является одной из физиологических функций иммунной системы, многие представления о нем были перенесены на проблему «Иммунология репродукции». Исходя из этого можно было предположить, что, как и в трансплантационном иммунитете, обнаружение в крови цитотоксических анти-HLA-антител, которые, будучи проявлением иммунного ответа на плод, одновременно играют неблагоприятную роль в развитии последнего, а возможно, и участвуют в реализации механизмов акушерских патологий. Следующим, вытекающим из предыдущего, стало заключение о том, что неблагоприятным является и HLA-несовместимость между матерью и плодом, как, собственно, это имеет место и при трансплантации органов. Таким образом, можно сказать, что сформировалось представление, согласно которому система МНС играла в репродукции человека прямо противоположную роль той, которую, как мы знаем теперь, она играет у животных.
Однако это представление претерпело более чем серьезные изменения, и сегодня ясно, что и у человека система HLA создает условия, препятствующие появлению HLA -гомозиготного потомства, и, хотя медицинские мероприятия в ряде случаев могут «преодолеть противодействие», в ряде случаев HLA -гомозиготные индивидуумы имеют повышенный риск развития целого ряда патологий.
Что же касается конкретной роли HLA в репродукции, то следует отметить, что неблагоприятные последствия даже неполной HLA -совместимости прослеживаются на различных этапах беременности. Так, одной из акушерских патологий, где проявляется неблагоприятная роль HLA -совместимости матери и плода, является такая патология беременности, как привычное или идиопатическое невынашивание беременности [7, 8]. Эта патология характеризуется многократными выкидышами у женщин, всестороннее обследование которых не позволяет выявить каких-либо видимых оснований для выкидыша. Примечательно также, что многие из этих женщин в новых браках имеют нормальную беременность.
Механизмы действия антигенов HLA были изучены уже в 1980-х годах [6, 7, 8]. Была использована модель смешанной культуры лимфоцитов (СКЛ), позволяющая оценить уровень иммунного ответа HLA- DRB1 -генотипированных лимфоцитов на аллогенные специфичности HLA- DRB1 [33]. При совместном культивировании клеток от двух лиц, различающихся по специфичностям HLA- DRB1, наблюдается развитие пролиферативной реакции лимфоцитов. Пик реакции наблюдается через 120 ч. Как правило, уровни ответа регистрируются на основе включения в пролиферирующие клетки радиоактивных или флуорохромных препаратов. Для выделения ответа тестируемого лица (отвечающая популяция) клетки стимулирующей популяции предварительно обрабатываются препаратами, подавляющими их пролиферацию (митомицин С). Таким образом, можно оценивать индивидуальный ответ тестируемого лица. Этот метод используется по настоящее время в клинической практике трансплантации кроветворных стволовых клеток для окончательного подтверждения тканевой совместимости донора и реципиента.
Примечательно, что в том случае, если донор стимулирующих клеток был предварительно сенсибилизирован к отвечающим клеткам, то пик ответа наблюдался по вторичному типу через 72 ч. Подобная ситуация наблюдается в случае сенсибилизации (примирования) отвечающих клеток в системе in vitro [3, 6, 7, 8, 33].
Используя смешанную культуру лимфоцитов (СКЛ), можно оценить не только пролиферативный ответ на чужеродные молекулы HLA-DRB1, но и клеточно-опосредованный цитотоксический эффект, регистрируемый в реакции клеточно-опосредованного лимфолиза (CML — Cell-Mediated Lympholysis). С этой целью в качестве цитотоксических эффекторов используют примированные в течение 120 ч лимфоциты, а в качестве мишеней — популяцию клеток, стимулирующих СКЛ, меченных радиоактивной или флюорохромной меткой. Оценка реакции проводится на основе выхода метки из разрушенных клеток-мишеней.
В серии исследований, выполненных в 1980-х годах [6-8], с использованием вышеописанных методов для установления роли совместимости по HLA- DRB1 в таких патологиях репродукции, как привычное невынашивание беременности и переношенная беременность, были получены следующие основные данные.
При постановке СКЛ в образцах, полученных от HLA- DRB1 -совместимых пар, наблюдалось отсутствие пролиферативного ответа как в период до развития беременности, так и в период беременности (вплоть до развития спонтанного выкидыша). Пролиферативный ответ в СКЛ на стимулирующие клетки, отличающиеся по HLA- DRB1 (клетки третьих партнеров), сохранялся.При постановке СКЛ в образцах, полученных от группы HLA- DRB1 -несовместимых пар (группа сравнения), в период развития беременности наблюдали подавление СКЛ в комбинации, где стимуляция клеток матери осуществлялась отцовскими клетками на протяжении всей беременности. При этом ответ на HLA- DRB1 -несовместимые клетки третьих партнеров оставался положительным. Что касается цитотоксического ответа, регистрируемого в клеточно-опосредованном лимфолизе (CML), то в течение всей беременности в группе HLA- DRB1 -тканенесовместимых супругов он был полностью подавлен. Его восстановление наблюдали лишь в период родоразрешения.
При обследовании пар с частичной HLA- DRB1 -совместимостью установлено [7, 8], что, помимо наличия осложнений в виде угрозы выкидыша и токсикоза беременности, в ряде случаев, где также наблюдалась переношенная беременность, требующая оперативного разрешения, было установлено полное отсутствие CML при стимуляции клеток матери клетками отца.
Таким образом, HLA- DRB1 -несовместимость супружеских пар является необходимым условием для инициации физиологически протекающей беременности. Частичная, а тем более полная HLA- DRB1 -совместимость супругов является одной из причин таких осложнений беременности, как привычное невынашивание беременности, токсикозы беременности и нарушение физиологического процесса родоразрешения.
Среди причин привычного невынашивания беременности значимость HLA- DRB1 -совместимости определяется тем, что среди пар с указанной патологией беременности идентичность по специфичностям HLA- DRB1 превышает 50%. Правомочно предположить, что такого рода специфическая активация аллореактивных клеток в процессе родоразрешения может служить одним из полноценных (а возможно, и основным) участником процесса родоразрешения. Это подтверждается тем, что, как известно, аллоиммунный ответ, то есть ответ на антигены МНС, является наиболее сильным из известных ответов на чужеродные антигены [110, 119]. Естественно, что появление многочисленного МНС -гомозиготного потомства ведет в конечном счете к снижению выживаемости любого вида животных. Разумеется, на выживаемость человечества влияют многие факторы, накладываемые самой цивилизацией. Тем не менее сама по себе тенденция к увеличению количества гомозигот HLA- DRB1 (тем более из числа наиболее часто встречаемых специфичностей HLA- DRB1), безусловно, является основой для снижения возможностей противостояния многим вызовам окружающей среды. Тем не менее в любом обществе следует учитывать имеющие место и подчас преобладающие конкретные интересы его членов. Например, проблемы бездетных пар, не имеющих потомства вследствие привычного невынашивания беременности. Поэтому еще в 1993 г. после проведения описанных выше исследований было найдено принципиальное решение проблемы преодоления бесплодия, вызванного привычным невынашиванием беременности, развившимся в результате HLA- DRB1 -совместимости супругов. Было установлено, что успешное решение этой проблемы лежит в использовании аллоиммунизации будущей матери пулом клеток, различающихся по генотипу HLA- DRB1 (патент № 145084 от 04.03.93). Этот метод по настоящее время достаточно широко используется в клинической практике. Расширению использования данного подхода способствовал тот факт, что за прошедшие годы в иммуногенетике произошла технологическая революция, и основными методами анализа в настоящее время стали методы иммуногенотипирования, основанного на достижениях молекулярной генетики. Последнее дает возможность значительно более надежно и в короткие сроки оценивать тканевую HLA-совместимость супругов.
Необходимым условием использования данного метода является информирование будущих родителей о повышенной вероятности развития у ребенка иммунозависимых заболеваний в результате его HLA- DRB1- гомозиготности.
Таким образом, система HLA у человека, по-видимому частично утеряв функцию выбора полового партнера, тем не менее пытается защитить его от появления HLA -гомозигот, поскольку, как это обсуждалось ранее, именно высокий полиморфизм HLA является необходимым условием для осуществления полноценной иммунорегуляторной функции системы HLA . Этот вывод, который сделан в монографии «Физиология иммунной системы» (2005 г.) [22], практически полностью подтвержден результатами, полученными A. Ziegler и соавт. [137]. Ими было сделано заключение о том, что именно участие системы HLA в контроле репродуктивного процесса уже на самом начальном уровне (взаимодействие сперматозоид–яйцеклетка) позволяет избежать дорогостоящих вложений в эмбрион с потенциально неоптимальными генетическими и иммунологическими свойствами.
К указанному заключению A. Ziegler и соавт. привели данные, полученные им и сотрудниками его лаборатории при исследовании влияния на репродуктивную функцию и участие в инициации репродуктивного процесса HLA -ассоциированных генов, кодирующих обонятельный рецептор. При проведении данной работы было обнаружено, что выявляемые в сперматоцитах в первой стадии и сперматозоидах антигены HLA класса I не имеют в своей структуре β2-микроглобулина и, являясь по существу неполной молекулой HLA, не могут участвовать в иммунных процессах. Функция этих иммунологически неполноценных молекул связана с функцией обонятельных рецепторов и ограничивается лишь участием в репродуктивном процессе, обеспечивая процесс селекции на сперматозоидах только тех обонятельных рецепторов, которые не способны распознавать собственные молекулы. Поэтому экспрессированные на сперматозоидах обонятельные рецепторы внутри женского репродуктивного пути способны распознавать только лиганды, отличающиеся от тех, с которыми обонятельные рецепторы взаимодействовали при тестикулярной селекции. Именно таким образом, по-видимому, может осуществляться участие системы HLA , реализуемой через партнера [137].
Все вышеприведенные данные относятся к изучению роли HLA -совместимости партнеров в репродукции без попытки анализа того, могут ли отдельные конкретные специфичности HLA в генотипе партнера или партнерши влиять на выбор партнера, возникновение и течение беременности. Разумеется, такого рода исследования проводились и ранее, и наибольшее их количество приходится на конец 1960-х — начало 1970-х гг. Можно сказать, что только в одном из них [51], выполненном на значительном материале (было проанализировано несколько десятков супружеских пар с привычным невынашиванием беременности), были получены достоверные результаты. Авторам удалось показать, что при данной патологии у женщин повышена частота специфичности HLA- DR1*04.
В Институте иммунологии было выполнено исследование, в котором предприняли попытку изучения особенностей генотипа HLA- DRB1 у обоих партнеров в парах с привычным невынашиванием беременности (табл. 4-5). При этом не только было подтверждено повышение частоты специфичности DRB1*04 у женщин из исследуемой группы, но и установлены специфичности, наличие которых отрицательно ассоциировано с данной патологией. Ими оказались DRB1*07 у женщин и DRB1*01 , *06 у мужчин [11, 42, 43]. Эти данные, помимо возможности их использования в клинической практике акушерства и гинекологии, могут быть рассмотрены и с фундаментальной точки зрения. Выявлены отрицательные и положительные ассоциации между конкретными специфичностями HLA и патологиями беременности, препятствующими или, наоборот, способствующими репродуктивному процессу у лиц, несущих данные специфичности в генотипе. В свою очередь, это не может не повлиять на частоту встречаемости этих специфичностей в популяции. Таким образом, при рассмотрении формирования генетического профиля популяции в значительных временных этапах данный феномен может оказать эффект на полиморфизм HLA , сопоставимый с эффектом средневековых эпидемий и пандемий, результатом которых, как считается, является профиль HLA основных европейских популяций [39, 40, 58].
Роль специфичностей HLA | Результат беременности | Совместимость по классам I и II | ||
---|---|---|---|---|
Совпадение супругов по группоспецифичностям HLA классов I и II |
Нормальное родоразрешение |
Полная |
5% |
|
Частичная |
30% |
|||
Невынашивание |
Полная |
25% |
||
Частичная |
60% |
|||
Невынашивание |
HLA-DRB1 -гомозиготность |
Мужчины |
У женщин |
|
Относительный риск > 3,0 |
- |
|||
Значение конкретных специфичностей |
Мужчины |
У женщин |
||
HLA-DRB1*01 ↓ |
HLA-DRB1*01 ↑ |
Все вышесказанное касалось так называемых «классических» антигенов HLA, описанных и хорошо изученных в 1960–1980-х годах. В начале настоящего раздела были приведены также данные о так называемых новых антигенах, генах и локусах, открытых в последние годы. Среди них шла речь о молекулах HLA класса I локусов HLA- G и HLA- E, функция которых еще недавно была неясна. Первоначально антигены, кодируемые локусом HLA- G, были выявлены на клетках хориокарциномной клеточной линии, а также на мембране клеток больных хроническим цитотрофобластозом [56]. Уже на основании последней из работ было высказано предположение о том, что их физиологическая функция может быть связана с репродукцией.
Методом ПЦР-ПДРФ (ПЦР с анализом полиморфизма длины рестрикционных фрагментов) был установлен аллельный полиморфизм HLA- G в экзонах 2 и 3 [94, 98]. Всего к настоящему времени установлено 92 аллельных варианта HLA- G . Следует отметить, что вопрос о степени полиморфизма у вышеописанных «неклассических» генов остается открытым. Значительно более исследованным к настоящему времени оказался вопрос о биологической функции аллелей HLA- G и их продуктов. Так, оказалось, что в отличие от молекул HLA класса II и I (за исключением антигенов локуса HLA- C), которые не экспрессированы на трофобласте [76], молекулы HLA-G экспрессируются на данном виде тканей [114] так же, как и молекулы HLA-E [74]. Эта экспрессия, в свою очередь, отражает, как это было установлено позже, и биологическую роль молекул HLA-G — их участие в процессе репродукции [129]. В период с 1990 по 2000 г. появились работы, связывающие функцию антигенов HLA-G с участием в репродуктивном процессе естественных клеток-киллеров (ЕКК). Так, в работе Т. Yamamoto и соавт. [134] была установлена взаимосвязь между уровнем активности ЕКК и экспрессией HLA-G, с одной стороны, и характером течения беременности. Низкая экспрессия HLA-G была ассоциирована с развитием повторных спонтанных выкидышей. Полученные при исследовании динамики экспрессии HLA-G данные позволили P. Le Bouteiller и соавт. [80] и L. Pazmany и соавт. [102] сделать заключение о том, что физиологическая функция указанных молекул может лежать в основе развития толерантности организма матери по отношению к плоду и что реализация этого механизма осуществляется через блокировку активности ЕКК. Результаты последующих исследований в области изучения механизмов функции антигенов HLA-G и HLA-E были подведены на состоявшемся в июне 2003 г. 4-м Международном конгрессе Европейского общества иммунологии репродукции и развития (о. Родос, Греция, 2003), где значительное число сообщений так или иначе было посвящено новейшим данным о роли антигенов HLA-G при физиологической беременности и при ее патологиях. Следует также отметить, что развитие данного направления позволило получить целый ряд принципиально новых данных об иммунологии репродукции, и в первую очередь это можно сказать о расширении представления о роли ЕКК при физиологической беременности и при ее патологиях. Последнее связано с тем, что именно продукты HLA- G , а также HLA- E участвуют в регуляции активности ЕКК, которые, в свою очередь, являются, как это стало известно, одним из важнейших участников перестройки иммунной системы, сопровождающей беременность и определяющей ее течение — физиологическое или патологическое [80, 95, 106]. Так, Е. Ntrivalas и соавт. [95] показали, что в лютеальной фазе менструального цикла имеет место возрастание количества ЕКК, и в 1-й триместр беременности их количество еще более повышается. Этот процесс отражает физиологическую роль ЕКК-контроля чрезмерной инвазии трофобластов и предотвращении местной инфекции. Однако при избыточной функции ЕКК могут возникать такие осложнения, как преэклампсия и повторное невынашивание. В этом процессе участвуют ЕКК, несущие маркер CD69. И именно антигены HLA-G являются фактором, регулирующим активность CD69+ -ЕКК. При нормально протекающей беременности на клетках трофобласта экспрессируются антигены HLA-G (отсутствующие в организме вне беременности), подавляющие активность ЕКК [80, 95, 106].
Именно недостаточность экспрессии HLA-G на трофобласте является пусковым механизмом для развития вышеуказанных патологических состояний. Достигнут благоприятный эффект от использования в качестве средства терапии повторного невынашивания беременности иммунизации лимфоцитарной взвесью, что приводит к повышению экспрессии на трофобласте антигенов HLA-G [106]. Помимо экспрессии на трофобласте, антигены HLA-G в мембраносвязанной и/или в растворимой формах принимают непосредственное участие в регуляции иммунной системы и другими способами. Так, они обнаружены на эндоваскулярном эпителии сосудов матки. Показано, что CD8+ - Т-лимфоциты, специфичные к иммунодоминантным пептидам цитомегаловируса (CMV), проявляют HLA -G -рестриктированную активность. Одновременно с этим молекулы HLA-G, помимо регуляции активности ЕКК, по данным P. Le Bouteiller и соавт., оказывают прямое супрессивное воздействие на активность CD4+ - Т-клеток и CD8+ - цитотоксических Т-клеток. Помимо этого, HLA-G в растворимой форме осуществляют контроль васкуляризации плаценты [80, 106].
Следует отметить, что одним из вопросов, на который еще предстоит дать ответ, является следующий: имеет ли значение для осуществления полноценной функции генов HLA- G их полиморфизм? Во всяком случае на сегодняшний день ответ на этот вопрос неоднозначен. Так, по данным К. van der Ven и соавт. [129], взаимосвязи между конкретными аллельными вариантами HLA- G и их физиологической активностью не установлено. В то же время М. Grzywacz и соавт. [59] представили данные о наличии ассоциации между аллельным вариантом HLA- G*01018 и осложнениями беременности, связанными с нарушением экспрессии антигенов HLA-G в тканях, обеспечивающих физиологическую беременность.
Помимо HLA-G, из числа «неклассических» антигенов HLA в регуляции иммунитета при репродукции принимают участие HLA -E -специфичности [122]. Однако, в отличие от функции HLA-G, активность этих антигенов направлена на регуляцию цитотоксичности не ЕКК, а Т-лимфоцитов, причем их субпопуляции Vdelta2. Эти авторы показали, что при физиологической беременности антигены HLA-E, экспрессированные на трофобласте, распознаются указанным субтипом Т-лимфоцитов через рецепторы CD94/NKG2. Результатом этого взаимодействия является запуск апоптоза субпопуляции Vdelta2. Нарушение этого эффекта и возрастание уровня последней субпопуляции цитотоксических Т-клеток на фоне снижения уровня Vdelta1-субпопуляции играют важную роль в развитии патологии беременности.
Как часто это имеет место в биологии и медицине, та или иная физиологическая функция при изменении своих качественных и количественных параметров может перейти в свою противоположность, то есть принять участие в развитии патологического процесса. Это относится и к описанным выше молекулам неклассических антигенов HLA. Так, в работах В. Marin и соавт. [85], исследовавших экспрессию HLA-E на 40 линиях опухолевого происхождения, были определены молекулы HLA-E, экспрессированные на их поверхности. Более того, G. Pangault и соавт. [99] установили наличие экспрессии HLA-G-антигенов на опухолевых клетках больных раком легких.
Несмотря на то, что такого рода работы относятся к пилотным исследованиям, можно предположить, что дальнейшие исследования в данном направлении могут оказаться перспективными как в плане понимания патогенеза онкологических заболеваний, так и в разработке новых подходов в диагностике и прогнозе указанных заболеваний.
4.3. Трансплантация органов и тканей человека, полиморфизм HLA и биобезопасность
История развития клинической трансплантации служит, по-видимому, наиболее очевидным и ярким примером того, как решение фундаментальных проблем иммунологии открыло путь к появлению и развитию клинической трансплантологии как новому клиническому направлению, над созданием которого практическая медицина безуспешно работала в течение многих веков.
История клинической трансплантологии ведет свое начало еще от античных времен, когда зародилась сама идея «замены» органов и тканей человека с помощью их пересадки. Вполне естественно, что первоначальной «трансплантологической» идеей была замена конечностей (руки, ноги), утерянных в сражениях. О попытках такого рода пересадок можно судить по древним рисункам, а также по египетским, греческим, римским и индийским литературным источникам. Есть основание считать, что первая попытка трансплантации была предпринята именно в Индии.
Теперь мы знаем, что в то время все такого рода попытки были обречены на неудачу хотя бы потому, что врачи, даже такие великие, как Гиппократ и Авиценна, не имели представления о системе кровообращения органов, без восстановления которой невозможно и восстановление функций пересаженного чужеродного или даже приживление собственного «потерянного» или отчужденного органа.
Понимание того, каким образом осуществляется кровоснабжение, пришло к врачам через сотни лет, когда английский хирург Уильям Гарвей открыл систему кровообращения человека. Следствием этого гениального открытия стало появление хирургии как науки, позволяющей спасать жизнь и здоровье людей, в том числе перенесших различного рода травмы в результате боевых действий. Вновь были предприняты попытки пересадить воинам, утратившим свои конечности, чужеродные руки или ноги либо же их собственные, но и эти попытки оказались безуспешными. Важным моментом, зафиксированным в истории развития трансплантации органов, стал 1778 г., когда Джон Хантер, проводивший эксперименты по пересадке органов животным, впервые ввел понятие «трансплантат».
Следует отметить, что великий русский хирург Н.И. Пирогов, которому принадлежит разработка техники хирургических операций, применяющихся до настоящего времени, то есть более 150 лет, первым осуществил успешные восстановительные операции носа и ушей на основе пересадок собственных хрящей и кожи [19, 20].
Вслед за Н.И. Пироговым вклад в решение хирургических проблем пересадки органов и тканей внес выдающийся французский хирург Алексис Каррель, удостоенный за эти работы в 1912 г. Нобелевской премии. Благодаря его работам удавалось успешно вернуть на место собственную руку, ногу или их часть. Но в то же время никогда не наблюдалось приживления, если речь шла о пересадках от другого человека; более того, в этих случаях пациент, как правило, погибал.
Принципиальную возможность подбора совместимого донора (но не органов, а одной из важнейших для жизнедеятельности человека тканей — крови) блестяще доказал лауреат Нобелевской премии 1930 г. австрийский врач и химик Карл Ландштейнер, открывший наличие у людей различных групп крови. Он доказал также, что кровь от донора для нуждающегося в переливании крови больного (реципиента) может быть перелита только при условии их совместимости по эритроцитарным антигенам, определяющим ту или иную группу крови. Благодаря этому великому открытию были спасены миллионы человеческих жизней. Переливание крови стало широкодоступной процедурой, благодаря ограниченному количеству групп крови — их всего 4 основных и 2 дополнительные, так называемые резус-фактор-положительная и резус-фактор-отрицательная, открытые позже. Сегодня не только гематологические центры, но и все больницы должны иметь запасы крови всех этих групп, чтобы при необходимости обеспечить ею любого пациента.
Однако и это открытие не смогло решить проблему трансплантации органов, поскольку совместимость по группам крови не обеспечивала приживление пересаженных чужеродных органов. Так, неудачей закончилась предпринятая в 1933 г. попытка пересадить почку от совместимого по группе крови погибшего человека. В этом случае сочли, что неудача, возможно, связана с тем, что в качестве трансплантата был использован орган, изъятый у трупа. Однако точно так же окончилась в 1952 г. попытка французских хирургов пересадить почку и от живого, генетически неродственного донора.
Следует отметить, что принципиальная возможность иммуногенетического подбора донора для трансплантации была установлена еще раньше. Так, в 1930–1940-х годах были созданы инбредные линии мышей, что позволило Дж. Снеллу, используя межлинейные комбинации при пересадках кожных трансплантатов, не только конкретизировать роль иммунной реакции в отторжении трансплантата, но и открыть систему генов иммунного ответа мышей — Н-2, ответственную за отторжение трансплантата. В это время и появилось само понятие «иммуногенетика».
Что касается клинической трансплантации, то первой удачной пересадкой органа человека стала пересадка почки реципиенту от однояйцового близнеца, выполненная Бостонским хирургом Джоном Мюрреем [93]. Именно это событие принято считать началом эпохи клинической трансплантации органов, поскольку до этого момента речь могла идти только об экспериментальной трансплантологии.
Таким образом, опыт, в основном негативный, хирургов, пытавшихся осуществлять пересадки органов и тканей, позволил сделать следующие заключения:
-
Трансплантаты — как органные, так и тканевые чужеродного происхождения — неизменно отторгаются, что, как правило, приводит к гибели больного.
-
Совершенствование хирургической техники пересадки не решает данную проблему.
-
Успешно пересаженной может быть ткань или орган, «изъятый» у самого пациента или же у его гомозиготного близнеца.
Однако само понятие «клиническая трансплантология», которое можно сформулировать как отрасль клинической медицины, в которой лечение больных осуществляется с помощью замены их жизненно важного органа или тканей, утративших свои функции, на аналогичные «функционирующие» чужеродные орган или ткань, обрело свое содержание несколько позже. Это произошло в начале 1960-х годов, когда была найдена возможность проведения клинических трансплантаций не только от одного генетически идентичного близнеца к другому, что определяло эксклюзивный характер данного вида лечения, но и от неродственных тканесовместимых доноров.
Собственно, сам факт того, что успешную пересадку органа Джону Мюррею удалось осуществить, используя иммуногенетически идентичный трансплантат, убедил хирургов в том, что для успешной трансплантации нужна тканевая совместимость донора и реципиента на принципиально ином уровне, нежели при переливании крови.
Таким образом, трансплантология как полноправная клиническая дисциплина смогла полностью сформироваться только после того, как в отношении других тканей человека, помимо крови, была решена проблема их биологического подбора, а именно решена проблема создания методов установления тканевой совместимости донора и реципиента на основе их иммуногенетического типирования.
В 1956 г. французским иммуногематологом Жаном Доссе был открыт первый антиген тканевой совместимости, позже получивший обозначение — HLA-A2. Поскольку он был обнаружен на лейкоцитах, то и назвали его лейкоцитарным антигеном. Сама система была названа системой HLA.
Это открытие послужило толчком к планомерному и интенсивному изучению генов, ответственных за развитие реакции отторжения человека, причем эти работы проводились не отдельными исследовательскими группами, а на основании международного сотрудничества под эгидой международных программ по изучению HLA . Благодаря усилиям научных коллективов из различных стран, практически все антигены HLA — белковые молекулы, экспрессированные на всех ядросодержащих клетках организма человека, известные на сегодняшний день, — были установлены уже в конце 1970-х годов, и к этому же времени были установлены многие основные биологические функции комплекса генов HLA , кодирующих выявленные антигены.
За открытие антигенов тканевой совместимости человека (HLA), разработку подходов к их типированию и вклад в изучение их биологической роли в 1980 г. Жан Доссе был удостоен Нобелевской премии. Вместе с ним этой премии были удостоены Дж. Снелл и Б. Бенацерраф, установившие и исследовавшие системы тканевой совместимости у животных. Дальнейшие исследования в этой области приобрели еще более интенсивный международный характер, и совместными усилиями многих научных коллективов идентифицировано более 31 600 аллельных вариантов генов иммунного ответа, по которым сегодня осуществляют подбор совместимых пар донор–реципиент. Это сделало возможным подбор не только из числа родственных индивидуумов, но и среди тканесовместимых неродственников (подробнее см. ниже).
4.3.1. Клиническая трансплантация органов и тканей
Становлению клинической трансплантации органов как полноправной отрасли современного здравоохранения способствовал принципиально новый подход, разработанный в конце 1960-х годов [136] и используемый по настоящее время. Суть этого подхода состоит в том, что все больные, нуждающиеся в пересадке органов, то есть потенциальные реципиенты, проживающие на территории того или иного крупного города, региона, отдельно взятой страны или объединения нескольких государств, проходят процедуру установления набора генов HLA (генотипов HLA ), определяющих их тканевую совместимость. Эти данные включаются в единый лист ожидания трансплантата потенциальных реципиентов, нуждающихся в трансплантации органов от тканесовместимых посмертных доноров органов. Таким образом, единый лист ожидания содержит данные, включающие индивидуальный набор тканесовместимых генов по всем потенциальным реципиентам, ожидающим трансплантацию органов в конкретном городе, регионе, стране или объединении государств. При этом следует отметить, что чем большее количество больных входит в лист ожидания, тем больше вероятность нахождения полностью тканесовместимой пары донор–реципиент. Минимальное количество пациентов в листе ожидания, при котором имеется вероятность для нахождения тканесовместимого донора органного трансплантата пациенту в листе ожидания, измеряется тысячами человек.
Каждого потенциального посмертного донора, органы которого пригодны для трансплантации, а их изъятие может быть проведено лишь в соответствии с действующим национальным законодательством, также обследуют на предмет установления генотипа HLA .
Вслед за этим данный генотип HLA сопоставляют/скринируют через лист ожидания на предмет установления наиболее тканесовместимого с ним больного, входящего в лист ожидания [13]. Использование этого принципа обеспечивает как эффективность самой трансплантации, так и возможность контроля легитимности клинической трансплантации, поскольку в случае необходимости, например при подозрении на нарушение принципов безвозмездности и равнодоступности клинической трансплантации, в любое время может быть проведена повторная оценка тканевой совместимости (генотипирование) донора и реципиента. Такая возможность существует благодаря сохранению образцов донорской ДНК в течение длительного времени.
В целом следует сказать, что открытие генов тканевой совместимости и широкое использование тканесовместимых пар в клинической трансплантологии стали и являются в большинстве стран мира по настоящее время краеугольным камнем развития трансплантологии как клинической дисциплины. Так, поскольку к моменту открытия генов тканевой совместимости человека уже практически не существовало хирургических проблем в пересадке органов и тканей, очень быстро, в течение 5–10 лет в 1960–1970-е гг., из фундаментального направления медицины, когда каждая пересадка органов являлась не столько клиническим, сколько научным событием, трансплантология превратилась в полноценную и одну из наиболее передовых отраслей клинической медицины.
На этом пути одним из наиболее знаковых событий стала первая успешная клиническая пересадка сердца, выполненная южноафриканским хирургом Кристианом Барнардом в 1967 г. [36]. Это событие породило первую в истории клинической трансплантологии правовую и этическую дискуссию по вопросам, которые до настоящего времени остаются в центре внимания как специалистов-правоведов и врачей-трансплантологов, так и широких кругов общественности. И по сей день среди этих вопросов есть, в частности, вопросы о правах донора (в том числе посмертного), об ответственности врачей-трансплантологов, необходимости создания соответствующей правовой базы и, наконец, о проблеме торговли органами.
Принципиально важной вехой в истории трансплантологии, позволившей сделать прорыв в преодолении отторжения пересаженного органа у больного и продлении срока жизни пересаженного органа, стало открытие швейцарским ученым Д. Борелом в 1972 г. и введение в клиническую практику в 1979 г. Р. Калнэ [44, 45] лечебного препарата циклоспорина (Сандиммуна® ), подавляющего развитие реакции отторжения за счет неспецифического угнетения иммунной системы реципиента. Применение данного лекарства в сочетании со стероидными гормонами в послеоперационном периоде дало возможность перейти от единичных, сенсационных по своей удаче трансплантаций почки, к серийным пересадкам органов, благодаря чему удается спасать жизни огромному числу людей, страдающих тяжелыми формами заболеваний различного генеза, обреченных до этого на неминуемую смерть. В последнее время главенствующее значение в мировой клинической трансплантологии, включая Россию, приобрела пересадка почек [27]. Сегодня в мире насчитывается более 700 000 человек, которые живут уже более 10 лет с пересаженными почками.
В последние годы в мире возрастает количество и других видов трансплантаций — сердце, печень, легкие, эндокринные органы, но особое место приобретает пересадка костного мозга, точнее КСК. Данный вид трансплантаций занимает второе место в мировой практике после пересадки почки, но имеет все шансы выйти на первое место в будущем [47].
Клиническая трансплантация в своем развитии использует новейшие достижения молекулярной генетики, биотехнологии, фармакологии, биохимии и биоинформатики, а также других новых отраслей биологии и медицины. Таким образом, в результате развития клинической трансплантологии были созданы десятки и сотни новых препаратов, направленных на предотвращение и подавление реакции отторжения трансплантата. Многие из этих препаратов уже вторично нашли свое место в других областях медицины, в частности при лечении аутоиммунных заболеваний и аллергий.
Большое значение в развитии клинической трансплантации органов имели международные программы по обмену тканесовместимыми трансплантатами, в первую очередь почек, часть из которых существует и в настоящее время. Задачей данных программ было и есть безвозмездное сотрудничество по обмену органными трансплантатами для обеспечения пересадок органов тканесовместимым реципиентам вне зависимости от места нахождения реципиента. Для обеспечения эффективного сотрудничества были созданы международные листы ожиданий, включающие реципиентов, ожидающих появления тканесовместимых с ними донорских органов. Под понятием «тканесовместимые донор и реципиент» как в прошлый период, так и в настоящее время следует понимать в первую очередь совместимость по специфичностям HLA. Эти специфичности первоначально выявлялись так называемыми методами протеомного типирования, основанного на установлении специфичности молекул антигенов HLA. В настоящее время основной метод — HLA -генотипирование [97].
Что касается пересадки КСК, то в период 1960–1970-х годов относительно эффективными оказались пересадки лишь от родственных доноров, и в первую очередь от братьев и сестер. Полное понимание причины указанной проблемы и далее ее решение начинаются в конце 1980-х годов и связаны с переходом от «классических» — протеомных методов HLA-типирования (серологических, клеточно-опосредованных), позволяющих идентифицировать не сами гены HLA, а их продукты — антигены HLA, — на молекулярно-генетические методы, позволяющие «прямо» идентифицировать аллели HLA. Эти два уровня HLA -генотипирования в клинической трансплантологии принято обозначать как уровни низкого и высокого разрешения. В настоящее время генотипирование осуществляется и для выявления тех специфичностей, которые ранее выявлялись в протеомных тестах (то есть типирование на низком уровне разрешения).
При трансплантации органов и тканей отторжение является физиологическим процессом, а преодоление реакции отторжения трансплантата — напротив, отнюдь не физиологический процесс. Следует отметить, что изучение роли вновь открытых генов HLA в развитии реакции отторжения трансплантата активно продолжается и в настоящее время. Практическим результатом этого является тот факт, что постоянно совершенствуется представление о том, какие из генов HLA необходимо учитывать при селекции совместимых пар донор–реципиент. Особенно актуально это направление исследований для повышения эффективности пересадки КСК [30].
Переход на уровень селекции пар донор–реципиент при подборе органных трансплантатов иммунокомпрометированным реципиентам органных трансплантатов и реципиентам КСК, полученных от неродственных доноров-добровольцев, сделал эффективным и этот вид клинической трансплантации (подробнее см. ниже). Естественно, что установленный на сегодняшний день уровень генетического полиморфизма (разнообразия) системы HLA потребовал огромного количества доноров-добровольцев КСК, объединенных в регистры безвозмездных неродственных доноров. Данная проблема решена на уровне международного сотрудничества. Общее количество таких доноров в мире превышает 19 млн, что обеспечивает возможность подбора полностью совместимых КСК для 80% больных, нуждающихся в их трансплантации.
Существенно более сложной является ситуация с подбором полностью совместимых пар донор–реципиент при органных трансплантациях. Дело в том, что главная проблема трансплантации органов — нехватка аллогенных неродственных трансплантатов, основным источником которых служат посмертные доноры [13]. Решение этой проблемы состоит в создании многотысячных (в основном международных) листов ожидания трансплантатов.
Учитывая это обстоятельство, в странах, не участвующих в программах обмена органными тканесовместимыми трансплантатами, в ряде случаев трансплантологи вынуждены снижать требования к уровню тканевой совместимости органного донора и реципиента и пытаться «компенсировать» тканевую несовместимость контролируемой иммунодепрессивной терапией.
Открытие препаратов, подавляющих иммунный ответ реципиента на чужеродные антигены HLA, стало вторым (после открытия системы HLA) важнейшим достижением биомедицинской науки.
Развитие данного направления иммунотерапии привело к усовершенствованию препаратов, относящихся к группе иммунодепрессантов, и снизило вероятность развития побочных эффектов и осложнений, возникающих даже при проведении поддерживающей терапии. Вместе с тем необходимо отметить, что использование высоких доз даже современных иммунодепрессантов — необходимое и основное средство купирования кризов отторжения пересаженных органов — зачастую ведет к глубокому угнетению противоинфекционного иммунитета и к развитию инфекционных осложнений, в том числе вызванных условно-патогенной микрофлорой организма. Последнее в ряде случаев заканчивается гибелью реципиента даже при функционирующем трансплантате [15].
Другой причиной гибели реципиента при функционирующем трансплантате является смерть от сердечно-сосудистых осложнений, также вызванных использованием высоких доз иммунодепрессантов, назначаемых в целях подавления кризов отторжения трансплантата [29]. Основной причиной кризов отторжения является HLA -несовместимость донора и реципиента, и чем ниже уровень HLA -совместимости, тем выше вероятность возникновения криза.
Следует отметить, что реципиентов органных трансплантатов необходимо подразделить на 2 основные группы по степени HLA -совместимости с донором, которая может обеспечить снижение вероятности развития кризов отторжения (в том числе некупируемых — ведущих к потере функции трансплантата).
Первая группа (серонегативная) — соответственно около 90% реципиентов листа ожидания для России и около 30% для стран, входящих в международные объединения трансплантологов, — не несут такие антитела или имеют их в незначительных количествах. Подбор тканесовместимого донора в этой группе может быть ограничен подбором лишь по специфичностям HLA класса II ( HLA- DRB1) на уровне низкого разрешения — всего 18 специфичностей, благодаря чему для эффективного подбора достаточно листа ожидания, включающего 500–1000 реципиентов. Возможность такого рода эффективного подбора впервые была установлена отечественными исследователями [115], а затем подтверждена работами ряда зарубежных исследователей.
Вторая группа объединяет так называемых серопозитивных или иммунокомпрометированных реципиентов, в крови которых выявляются высокие титры предсуществующих антител, образовавшихся вследствие гемотрансфузий, гемодиализов или предшествующих трансплантаций. Число таких реципиентов составляет около 5–10% листа ожидания Московского региона. В этом случае из-за резко возрастающей угрозы потери трансплантата необходим тщательный подбор пар донор–реципиент, соответствующий таковому при трансплантации кроветворных стволовых клеток или костного мозга (КСК/КМ). Вероятность нахождения HLA -совместимой пары донор–реципиент составляет 1 на 1 000 000, то есть она приближается к требованиям, предъявляемым к подбору пар донор–реципиент при пересадке КСК.
Естественно, что при органных пересадках, в отличие от пересадок КСК/КМ, где подбор может проводиться из контингента живых доноров-добровольцев (более 18 000 000 добровольцев, входящих во Всемирный регистр), такая ситуация при трансплантации органов трупного происхождения нереальна. Это объясняется тем, что для нахождения HLA -совместимой пары донор–реципиент HLA -генотип каждого донора сопоставляется (скринируется) с генотипами HLA потенциального реципиента из листа ожидания. Для Москвы лист ожидания не превышает 1000 человек, а международные регистры насчитывают не более 50 000 человек.
Для стран, участвующих в таких объединениях, имеющих программы международного сотрудничества со значительными объемами международных листов ожидания, подбор тканесовместимых пар донор–реципиент, основанный на использовании HLA -генотипирования низкого уровня разрешения, вполне реален. Например, программа «Евротрансплант» объединяет все страны ЕС. Естественно, что на территории крупных стран, например США, обмен осуществляется на уровне взаимодействия отдельных штатов. Благодаря этому обмену реальный лист ожидания исчисляется тысячами и десятками тысяч реципиентов, что позволяет эффективно осуществлять подбор тканесовместимых трансплантатов не только по DRB1, но и по специфичностям класса I ( HLA- A и -В). Схожая ситуация была и в СССР, когда обмен трансплантатами осуществлялся не только на уровне региональных трансплантационных центров, но и на уровне стран, входящих в Совет экономической взаимопомощи (СЭВ), в рамках существовавшей программы. Для стран, которые, как и Россия, не объединены в международные регистры, может быть предложен другой подход.
В настоящее время, в первую очередь вследствие экономической ситуации, на территории РФ практически отсутствует возможность обмена трансплантатами и максимальные объемы листов ожидания не превышают 400–500 потенциальных реципиентов, что исключает возможность эффективного подбора тканесовместимых трансплантатов органов по HLA -специфичностям I и II классов ( HLA- DRB1 и HLA- A, -В).
Предлагающийся для трансплантологических центров с ограниченными листами ожидания переход селекции пар донор–реципиент на основе лишь совместимости по HLA- DRB1 имеет и теоретическое обоснование. Если реципиент не сенсибилизирован антигенами HLA, представленными в генотипе HLA донора, что устанавливается на основании отсутствия соответствующих антител, то иммунный ответ против чужеродных специфичностей HLA донора (отсутствующих в генотипе HLA реципиента) развивается по первичному типу против непроцессированной молекулы HLA-DRB1 [119].
В том случае, если донор и реципиент идентичны по генотипу HLA- DRB1, не развиваются ни клеточный, ни гуморальный ответы против специфичностей HLA как II, так и I классов. Именно поэтому снижается актуальность селекции по классу I. Это служит объяснением того, что, как было показано [115], в подобных ситуациях несовместимость донора и реципиента по специфичностям HLA класса I при наличии полной совместимости по HLA- DRB1 не оказывает негативного влияния на результат трансплантации. Еще раз следует повторить, что это относится к случаям, когда в организме реципиента отсутствуют предсуществующие антитела к антигенам HLA класса I и II, имеющимся в генотипе донора [119].
На рис. 4-2 представлены данные о взаимосвязи между HLA- DRB1 -совместимостью донора и реципиента, частотой развития некупированных кризов отторжения и 5-летней выживаемости трансплантата. Материалом являются результаты трансплантаций почек в Московском регионе. HLA-селекция осуществлялась в Московском координационном центре органного донорства Московского департамента здравоохранения. Как следует из представленных данных, в группе, где донор и реципиент полностью совместимы по специфичностям HLA- DRB1, 5-летняя выживаемость на 25% превышает таковую в группе, несовместимой по специфичностям HLA- DRB1. Так, в отношении ранних кризов их частота в группах сравнения различается на 23%. Что же касается некупированных кризов, то они вообще не были зарегистрированы в группе совместимых по HLA- DRB1 пар, но были зарегистрированы у 22,6% реципиентов, несовместимых с донором. При этом следует отметить, что интенсивность иммунодепрессивной терапии в последней группе значительно превосходит таковую в первой группе. Последнее обусловлено тем, что количество кризов отторжения значительно выше в несовместимой группе реципиентов по сравнению с совместимой.

Таким образом, использование HLA- DRB1 -генотипирования на уровне низкого разрешения позволяет добиться эффективности трансплантаций, соответствующей таковой в передовых трансплантологических центрах мира, где уровень пятилетней выживаемости аллогенных трансплантатов почки составляет 75–85%.
С другой стороны, использование такого подхода позволяет осуществлять подбор HLA -тканесовместимых доноров на уровне ограниченного листа ожидания, имеющегося в настоящее время в московском регионе (400–600 пациентов в листе ожидания). Следует еще раз подчеркнуть, что речь идет о первичных, несенсибилизированных реципиентах, в крови которых предсуществующие антитела либо отсутствуют, либо имеют низкие титры.
Необходимо отметить, что используемые в настоящее время методы молекулярно-генетического типирования, сменившие метод серологического типирования, применявшийся до 1990-х годов для селекции пар донор–реципиент, открыли принципиально новые возможности поиска тканесовместимого органного донора. Одной из них, в частности, стала возможность учитывать при селекции приоритетность использования HLA- DRB1 -гомозиготных доноров.
Переход на использование молекулярно-генетического метода HLA- DRB1 -селекции совместимых пар донор–реципиент позволил создать в посттрансплантационный период оптимальные условия для обеспечения эффективного функционирования тканесовместимого трансплантата, когда достаточной является доза иммунодепрессантов, не вызывающих существенного угнетения противоинфекционного иммунитета, но при которой развитие кризов отторжения маловероятно.
Разумеется, сегодняшняя ситуация с донорством в мире и особенно в России накладывает определенные ограничения на количество проводимых трансплантаций. Решение данной проблемы, как и в случае с трансплантациями КСК/КМ, связано с расширением листов ожидания реципиентами тканесовместимых трансплантатов, в первую очередь за счет объединения региональных и национальных регистров в международные организации, наиболее известной из которых является Евротрансплант, включающий в себя страны ЕС. В СССР в 1970-1980-е годы обмен трансплантатами проводился на территориях Советского Союза и стран СЭВ [27]. Таким образом, актуальным является создание системы с максимальными возможностями подбора тканесовместимых пар донор–реципиент в условиях ограниченных листов ожидания. При этом необходимо исходить из того, что реально такая возможность имеется лишь для реципиентов с отсутствием или низким уровнем предсуществующих антител, составляющих, по данным Московского координационного центра органного донорства, около 10% листа ожидания [13].
Как указывалось ранее, в этой ситуации (то есть для 90% реципиентов) достаточным может быть подбор лишь по специфичностям HLA- DRB1, выявляемым на группоспецифическом уровне (то есть на уровне низкого разрешения). При таком подходе для эффективной селекции тканесовместимых пар донор–реципиент в листе ожидания достаточно около 500 потенциальных реципиентов. Тем не менее необходимо использовать хотя бы реально имеющиеся в настоящее время возможности, позволяющие осуществлять селекцию HLA -совместимых пар донор–реципиент в целях повышения эффективности органных трансплантаций.
Хотя механизм распознавания иммунодоминантных пептидов в контексте антигенов тканевой совместимости является в целом универсальным, из него, по-видимому, есть отдельные исключения, и в первую очередь это может относиться к распознаванию чужеродных (аллогенных) антигенов тканевой совместимости. Такая ситуация бывает, по крайней мере, в двух случаях: во-первых, при пересадке органов и тканей; а во-вторых, при беременности.
Что касается первой из указанных возможностей, то по первоначально сформировавшемуся представлению, наиболее полно изложенному в начале 1970-х годов [33], Т-клетки реципиента распознавали непосредственно целую молекулу чужеродного антигена (донорского происхождения) тканевой совместимости. Причем Т-хелперы распознавали чужеродные молекулы класса II, а Т-киллеры — чужеродные молекулы класса I. Такого рода распознавание целой непроцессированной молекулы чужеродных антигенов тканевой совместимости принято называть прямым [33].
В последующие годы, в связи с формированием представлений о роли иммунодоминантных пептидов, происходящих из целых антигенных молекул, естественно, возник вопрос о том, не имеет ли место и в случае трансплантационнного иммунитета описанный выше общий механизм антигенного процессинга и экспрессии. При этом были получены данные о реальной возможности распознавания процессированных пептидов чужеродных антигенов тканевой совместимости. Одной из наиболее значимых работ в данной области стала работа S. Khoury et al. [73], выполненная в лаборатории профессора Ch. Carpenter.
Суть данной работы состоит в том, что авторы показали в изящной экспериментальной системе, основанной на индукции иммунного ответа к пептидам класса II, возможность непрямой индукции иммунного ответа отдельными пептидами «донорских» антигенов тканевой совместимости класса II, индуцирующими ответ CD4+ -клонов. Более того, авторам удалось показать, что эти клоны, способные продуцировать γ-интерферон, относятся к Th1-клонам, и высказали обоснованное предположение о возможной роли непрямого распознавания антигенов тканевой совместимости (то есть прошедших стадию процессинга) как в реакции отторжения, так и в индукции толерантности.
При этом следует принять во внимание, что эти данные целесообразно рассматривать, учитывая и то, что непрямой путь распознавания может касаться не только чужеродных, то есть отличающихся от собственных (хотя бы на уровне отдельных пептидов) [31, 64, 87, 135], но и полностью идентичных антигенов HLA. В пользу последнего свидетельствуют данные о возможности представления молекулами HLA «собственных» пептидов [24].
Точка зрения о том, что молекулы HLA класса II «представляются» антиген-презентирующими клетками «хозяина» без предварительного процессинга, не является достоянием истории 1970–1980-х гг. L.A. Sherman и S. Cattopadhyan [119] подтвердили наличие этого механизма уже в 1993 г. Причем эти авторы показали, что непроцессированные молекулы HLA распознаются в период развития кризов отторжения в реакции СКЛ. И наконец, уже в последующие годы появился целый ряд сообщений, авторы которых, используя современные методы исследования, также пришли к выводу о наличии прямого распознавания целой непроцессированной молекулы HLA [38, 110]. Таким образом, дискуссия о том, какой путь распознавания — прямой или непрямой — обусловливает развитие реакции отторжения трансплантата, является незаконченной, и есть основания считать, что истина находится посередине.
Не подвергая сомнению принципиальную возможность участия в развитии реакции отторжения обоих путей распознавания продуктов генов HLA класса II, следует принять во внимание данные исследования Z. Lui et al. [82], которые показали, что бластогенный ответ в культуре лимфоцитов реципиентов с кризом отторжения могут индуцировать не только «целые» молекулы HLA, но и пептиды HLA донорского генотипа. Вслед за этим A. Segers et al. [117] на международном конгрессе по трансплантации в Монреале в 1998 г. впервые предоставили данные о том, что только часть «чужеродных» эпитопов HLA, представляемых собственными молекулами HLA класса II, вызывает развитие иммунного ответа. Авторы отстаивают точку зрения о том, что только эта часть эпитопов HLA, относящихся как к классу I, так и к классу II аллелей HLA, вызывает развитие реакции отторжения трансплантата. Естественно, только в том случае, если данный эпитоп отсутствует у реципиента.
Казалось бы, противоположные точки зрения на роль в распознавании и индукции трансплантационного иммунного ответа целых молекул HLA и пептидов HLA нашли общее решение. Так, исследователями, работающими в коллективе, возглавляемом профессором Дж. Ванн Руудом, были получены прямые доказательства того, что оба типа распознавания — прямое и непрямое — могут реализовываться одновременно [109]. Во всяком случае было установлено, что индукция цитотоксических Т-киллеров, активность которых направлена против антигенов класса I HLA-A и HLA-B, осуществляется в прямом распознавании, в то время как специфические Т-киллеры, реагирующие в цитотоксическом тесте, индуцируются только при распознавании иммуногенных сайтов пептидов антигенов HLA-C. Так, в реакции отторжения органного трансплантата антигены HLA-C практически не принимают участия. Именно это объясняет известный трансплантологам факт, что селекция по антигенам HLA-C в клинической практике трансплантации органов не используется уже более 20 лет.
В целом можно констатировать, что на сегодняшний день точка зрения об одновременном участии в развитии реакции отторжения механизма прямого распознавания и ответа на процессированные пептиды HLA донорского происхождения, представляемые молекулами HLA реципиента, является наиболее распространенной [110].
Следует также напомнить, что все вышесказанное относится к органной трансплантации. При пересадке костного мозга селекция по всему набору HLA , включая аллели HLA- C , является абсолютно необходимой, и, более того, она имеет большее удельное значение по сравнению с аллелями HLA- A и -В. При этом полная селекция (на уровне аллельных вариантов) по HLA при трансплантации кроветворных стволовых клеток необходима уже при первичных трансплантациях.
Возвращаясь к вопросу об органной трансплантации реципиентам с отсутствием или низким уровнем предсуществующих антител, следует отметить следующее. Ведущую и определяющую роль в селекции пар донор–реципиент играют специфичности HLA класса II, а не класса I [116]. Было убедительно показано, что совместимость донора и реципиента по специфичностям HLA класса I в группе, где у реципиентов не имелось пресенсибилизации, практически не влияла на выживаемость трансплантатов в течение пятилетнего периода при условии идентичности донора и реципиента по специфичностям HLA класса II. При этом речь идет о специфичностях DRB1, выявляемых при генотипировании методом низкого разрешения (общее количество таких специфичностей — не более 18). Следует также отметить, что такой подход к селекции тканесовместимых пар донор–реципиент позволяет решить проблему «короткого листа ожидания», которая является характерной для ситуации, имеющейся на сегодняшний день в России. Так, наиболее обширный для России лист ожидания, имеющийся в Московском регионе, не превышает 2–3 тыс. больных. Однако даже эта цифра достаточна для эффективного подбора полностью DRB1 -совместимых пар донор–реципиент [21].
Данные об эффективности селекции аллогенного почечного трансплантата в зависимости от степени совместимости донора и реципиента по специфичностям HLA- DRB1 представлены на рис. 4-3. Как следует из представленных данных, в группе полностью совместимых по HLA- DRB1 -специфичностям пар донор–реципиент 5-летняя выживаемость на 25% выше по сравнению с группой, несовместимой по специфичностям HLA- DRB1 . При этом следует отметить, что интенсивность иммунодепрессивной терапии в последней группе значительно превосходит таковую в первой группе. Последнее обусловлено тем, что количество некупированных кризов отторжения значительно выше в несовместимой группе реципиентов по сравнению с совместимой. Естественно, что данное обстоятельство существенным образом влияет на дальнейший прогноз выживаемости.
Таким образом, использование HLA- DRB1 -генотипирования на уровне низкого/среднего разрешения, позволяет добиться эффективности трансплантаций, соответствующей передовым трансплантологическим центрам мира, где уровень 5-летней выживаемости аллогенных трансплантатов почки равен 75-85%. Также показано, что при наличии HLA- DRB1 -совместимости пар донор–реципиент [21, 116] HLA -совместимость по локусам I класса (HLA-А, -В) влияет на эффективность трансплантации почки, то есть не имеется выраженных различий в группах, где при наличии HLA- DRB1 -совместимости имелась или не имелась совместимость по HLA-А , -В . Таким образом, эффективность определяется в первую очередь именно HLA- DRB1 -совместимостью.
Причем существует реальная возможность повышения процента подбора совместимых по 2 специфичностям HLA- DRB1 пар донор–реципиент. Эта возможность основана на перспективном использовании высокого процента HLA- DRB1- гомозигот среди реципиентов, ожидающих трансплантацию почки в клиниках Московского региона (табл. 4-6).
Группы сравнения | Реципиенты почки | Доноры почки | Здоровые жители г. Москвы |
---|---|---|---|
Количество обследованных |
272 |
488 |
130 |
Процент HLA -гомозигот |
32,3 |
16,7 |
16,3 |
Как следует из табл. 4-6, доля HLA- DRB1 -гомозигот среди реципиентов в листе ожидания достигает 32,3%, что практически в 2 раза превышает этот уровень среди здоровых жителей г. Москвы и потенциальных доноров органных трансплантатов.
Наиболее вероятным объяснением этого феномена является тот факт, что среди реципиентов Московского региона более 80% больны хроническим гломерулонефритом — тяжелым аутоиммунным заболеванием, ведущим к потере функции почки [116]. Существенное место принадлежит также реципиентам, для которых причиной потери функции стал диабет, в том числе СД1, тоже являющийся аутоиммунным заболеванием. Как известно, HLA- DRB1- гомозиготность является фактором, обусловливающим высокий уровень предрасположенности к развитию аутоиммунных заболеваний [18].
В целях увеличения вероятности подбора пар донор–реципиент, совместимых по специфичностям HLA- DRB1 , отечественные исследователи еще в 1997 г. предложили модифицировать компьютерную программу подбора тканесовместимых пар донор–реципиент на основе выделения из общего листа ожидания реципиентов, гомозиготных по специфичностям HLA- DRB1 . Обоснованием этому послужил установленный отечественными исследователями факт двукратного превышения в группе потенциальных реципиентов количества HLA- DRB1 -гомозиготных больных (32,5% по сравнению с 16,2% по московской популяции) [116]. Программа подбора основана на том, что любой донор, гомозиготный по специфичности HLA- DRB1 , первоначально сопоставляется со списком HLA- DRB1- гомозиготных реципиентов, и в случае наличия HLA- DRB1 -совместимой пары ей отдается предпочтение по сравнению с HLA- DRB1 -гетерозиготами, входящими в основной список листа ожидания.
Использование данной программы позволяет решить следующую проблему, а именно: для HLA- DRB1 -гомозиготных реципиентов (составляющих 1/3 листа ожидания) любой из HLA- DRB1 -гетерозиготных доноров является несовместимым как минимум по одному гаплотипу HLA- DRB1 и только HLA- DRB1 -гомозиготный донор может оказаться полностью тканесовместимым данному реципиенту. Таким образом, полная HLA- DRB1 -совместимость может возрасти на 1/3 из числа выполняемых трансплантаций. Возможность использования такого подхода была подтверждена на основе анализа клинического материала трансплантаций аллогенных почек от 130 HLA- DRB1 -гомозиготных доноров в г. Москве, выполненного Московским координационным центром органного донорства [14].
Данные представлены в табл. Реальное использование HLA-DRB1- гомозиготных доноров, содержащей как сведения об эффективности почечных трансплантатов от HLA- DRB1 -гомозиготных доноров, так и о реальной ситуации их использования. По результатам 130 трансплантаций аллогенных почек, полученных от HLA- DRB1 -гомозиготных доноров, можно сделать следующее заключение. К сожалению, группа, в которой HLA- DRB1 -гомозиготным реципиентам были трансплантированы тканесовместимые почки от HLA- DRB1- гомозиготных доноров, оказалась чрезвычайно незначительной — только 11 случаев. При этом выживаемость в данной группе превышала 90%. Близкие показатели — 82% выживаемости — были зарегистрированы в группе HLA- DRB1 -гетерозиготных реципиентов (n =36), которым были трансплантированы почки от тканесовместимых HLA- DRB1 -гомозиготных доноров, имеющих 1 общую с реципиентами специфичность HLA- DRB1 (гаплоидентичность).
Номер группы | Донор | Реципиент | Совместимость | Количество случаев | Процент выживаемости |
---|---|---|---|---|---|
1 |
HLA-DRB1- гомозигота |
HLA-DRB1- гомозигота |
Полная |
11 |
>90% |
2 |
HLA-DRB1- гомозигота |
HLA-DRB1- гетерозигота, только 1 общая с донором HLA-DRB1- специфичность |
Половинная для донора/полная для реципиента |
36 |
82% |
3 |
HLA-DRB1- гомозигота |
HLA-DRB1- гетерозигота, отсутствие общих с донором HLA-DRB1- специфичностей |
Полная несовместимость |
66 |
52% |
4 |
HLA-DRB1- гомозигота |
HLA-DRB1- гомозигота, отсутствие общих с донором HLA-DRB1- специфичностей |
Полная несовместимость |
17 |
>50% |
К сожалению, общий объем 2 вышеописанных групп — 47 человек — составляет всего лишь 36,2%. И большая часть трансплантатов, полученных от HLA- DRB1 -гомозиготных доноров, была трансплантирована HLA- DRB1- несовместимым реципиентам (то есть без учета HLA- DRB1 -совместимости). При этом 66 трансплантатов были пересажены HLA- DRB1- гетерозиготным реципиентам, в их генотипе отсутствовала HLA- DRB1 -специфичность, идентичная донорской. Более того, в 17 случаях трансплантаты от HLA- DRB1- гомозиготных доноров были пересажены также HLA- DRB1 -гомозиготным, но несовместимым реципиентам. Выживаемость в указанных группах была практически идентична (около 50%).
Таким образом, различие по 5-летней выживаемости между группами реципиентов, получивших трансплантаты от HLA- DRB1 -гомозиготных доноров, с учетом и без учета HLA- DRB1 -совместимости, превысило 30%. К сожалению, группа реципиентов с более низкой выживаемостью была значительно более многочисленной по сравнению с группой, где отмечалось эффективное использование трансплантатов от HLA- DRB1 -гомозиготных доноров. Учитывая то, что данная группа оказалась весьма малочисленной (11 случаев), целесообразно было обследовать более многочисленную группу реципиентов.
К сожалению, в контингенте, обследованном в 2010 г., количество несовместимых пар донор–реципиент составило 148 случаев (около 50% от всех случаев), что значительно превысило группу, включающую HLA- DRB1 -совместимые пары.
Таким образом, остается значительный «резерв» в увеличении количества HLA -совместимых пар донор–реципиент, в том числе за счет еще более рационального использования HLA- DRB1 -гомозиготных доноров.
Анализируя в целом ситуацию с селекцией аллогенной почки, можно сделать вывод, что для достижения ее эффективности (тем более в формате короткого листа ожидания) достаточно использовать данный вид селекции доноров при пересадках реципиентам, в крови которых «предсуществующие» антитела отсутствуют или определяются в низком титре, что свидетельствует об отсутствии их сенсибилизации. Именно такого рода подход позволяет надеяться на возможность быстрого и эффективного решения проблемы имеющегося в настоящее время отставания трансплантаций органов в России и выхода страны на лидирующие позиции в этой области клинической медицины.
Клиническая трансплантология, начавшая свое развитие в 1960–1970-х гг., на протяжении последних десятилетий играет роль одной из наиболее высокотехнологичной, востребованной и радикальной в плане эффективности лечения в мировом здравоохранении [61]. Об этом, в частности, свидетельствует тот факт, что от момента, когда в мире были осуществлены первые десятки и сотни пересадок органов, до настоящего времени, когда только число пациентов с пересаженными почками превысило 700 000, прошло всего лишь 30 лет. Таким образом, трансплантология, являясь одной из самых молодых отраслей клинической медицины, помогает спасти сотни тысяч жизней [25, 26].
4.3.2. Полиморфизм HLA, трансплантация костного мозга/кроветворных стволовых клеток человека и биомедицинская безопасность
Трансплантация КСК/КМ в настоящее время — одно из наиболее быстроразвивающихся направлений современной клинической медицины, которое вобрало в себя последние достижения гематологии, биотехнологии, иммунологии и фармакологии. Пересадка костного мозга (помимо того, что она является радикальным методом лечения ряда онкогематологических заболеваний и иммунодефицитных состояний) в последние годы начинает применяться при лечении онкологических заболеваний различной локализации и тяжелых аутоиммунных заболеваний.
По количеству трансплантаций, выполненных в мире, пересадка кроветворных стволовых клеток, (КСК) или, как было принято ранее называть данный вид трансплантации, пересадка костного мозга (КМ), вышла на второе место вслед за пересадкой почки, о чем, в частности, свидетельствуют данные анализа работы более 500 трансплантологических центров Европы [55].
Трансплантация КСК, проведенная в целях восстановления функций иммунной и гемопоэтической систем — лечения неопластических заболеваний, является одним из основных достижений клинической медицины за последние 30 лет.
Уже в первых экспериментальных исследованиях было установлено, что пересадкой костного мозга может обеспечиваться противорадиационная защита, и далее было установлено, что протективный эффект опосредован пересадкой живых клеток и индукцией толерантности организма к ним. Следующий этап датируется с 1968 г., когда начались клинические трансплантации костного мозга. Первоначально трансплантация КМ была проведена в целях коррекции тяжелого комбинированного иммунодефицитного состояния (SCID — Severe Combined ImmunoDeficiency) и синдрома Вискотта–Олдрича [32]. Результаты исследований свидетельствовали о возможности восстановления иммунной системы посредством трансплантации клеток аллогенного гистосовместимого костного мозга у больных тяжелыми (смертельными) формами иммунодефицитов.
Первые обобщенные материалы в этом направлении были представлены Международным регистром трансплантатов костного мозга медицинского колледжа Висконсина, где с 1972 по 1995 г. были собраны данные из более 300 трансплантационных центров мира. Указанная база данных содержит информацию приблизительно о 40% трансплантаций аллогенного КМ (от неродственных доноров), проведенных в мире за период с 1970 по 1995 г. В соответствии с этими данными, в 1985 г. процент трансплантаций от неродственных доноров от общего числа трансплантаций КМ составил только 1–2%, тогда как в 1995 г. данный показатель возрос уже до 25%. Широкомасштабное использование этого подхода стало возможным в начале 1990-х годов после перехода метода селекции пар донор–реципиент при пересадках КСК на молекулярно-генетический уровень.
В последующие годы процент трансплантаций КСК от неродственных доноров неуклонно возрастал, и в настоящее время общее количество трансплантаций КСК/КМ от неродственных доноров в большинстве стран мира превышает таковой от родственных доноров, что обусловлено следующим.
В отличие от ситуации с органными трансплантатами, где в значительном проценте случаев достаточна селекция по специфичностям HLA- DRB1 на уровне низкого или среднего разрешения, при подборе доноров КСК/КM неродственного происхождения абсолютно необходим подбор донора на уровне отдельных аллельных вариантов генов HLA , общее количество которых приближается к 33 000 (рис. 2-1), родственные трансплантации в большинстве случаев не могут обеспечить полной совместимости донора и реципиента. В то же время неродственные доноры, объединенные в многомиллионные регистры, позволяют по крайней мере в 80% случаев подобрать полностью HLA -совместимую пару донор–реципиент.
Это достижение обусловлено тремя взаимосвязанными обстоятельствами. Во-первых, благодаря переходу на молекулярно-генетические методы подбора пар донор–реципиент по генам главного комплекса гистосовместимости резко возросла эффективность возможности подбора тканесовместимых пар. Во-вторых, были организованы региональные, национальные и международные регистры неродственных доноров-добровольцев КСК/КМ, что, в свою очередь, позволило реализовать саму возможность подбора тканесовместимых пар донор–реципиент. В-третьих, вышеуказанные обстоятельства позволили обеспечить более высокую эффективность трансплантаций (выживаемость больных) по сравнению с пересадками от родственных частично совместимых доноров КСК/КМ.
Вышеперечисленные достижения в области пересадки КСК/КМ от неродственных доноров, объединенных в многомиллионные национальные и международные регистры (общее количество неродственных доноров-добровольцев в них превышает 18 млн человек), позволяют сегодня государствам, являющимся членами международных регистров, не только решать такую животрепещущую проблему здравоохранения, как лечение онкогематологических заболеваний и тяжелых иммунодефицитных состояний, но и быть готовыми к проведению эффективных лечебных мероприятий в случае техногенных катастроф, террористических актов или военных действий, сопряженных с химическим и радиационным поражением кроветворной и иммунной систем организма среди значительных контингентов мирного населения или военнослужащих. При этом следует иметь в виду, что пересадка КСК/КМ может оказаться единственным способом спасения пострадавших как сразу после поражения, так и в отдаленные сроки, поскольку воздействие радиации или химических веществ в сублетальных дозах тем не менее может вести к развитию в отдаленные сроки сердечно-сосудистых, а также онкогематологических заболеваний, в первую очередь лейкозов, единственным эффективным способом лечения которых также является пересадка тканесовместимого КСК/КМ. В связи с этим существенным стимулом для развития клинической трансплантации КСК стали соображения государственной биобезопасности. Не случайно в США, где финансирование данных исследований осуществляется за счет военно-промышленных ведомств, имеется самый многочисленный в мире национальный регистр доноров-добровольцев КСК — более 8 млн человек, что позволяет осуществлять эффективный подбор тканесовместимых пар донор–реципиент не только на международном, но и на национальном уровне независимо от всемирного регистра КСК.
Естественно, что до конца 1980-х гг., то есть до перехода на молекулярно-генетический уровень генотипирования, возможности HLA -селекции в принципе не позволяли осуществить подбор действительно HLA -совместимых неродственных доноров, и пересадка неродственных КСК для восстановления собственной системы кроветворения была малооправданным мероприятием.
В настоящее время в распоряжении клиницистов, работающих в гематологических центрах развитых стран, имеется возможность использования совместимого КСК/КМ из международных и национальных регистров КСК/КМ. Естественно, что это в значительной степени повышает надежность и расширяет возможности использования КСК/КМ для 80% пациентов [54]. К сожалению, отечественные специалисты имеют ограниченный опыт трансплантации КСК/КМ от неродственных HLA -совместимых доноров. В большинстве случаев речь идет о пересадках КСК/КМ или от родственных доноров, или от частично совместимых неродственных доноров.
По международным данным, в мире 90% родственных трансплантаций КСК/КМ проводятся при полной HLA -совместимости между донором и реципиентом.
Под полной HLA -совместимостью в настоящее время понимается минимально необходимый уровень совместимости по генам HLA класса I (локусы А , В, С); HLA класса II, генов DR1, DQB1. Желательна совместимость по генам HLA- DPB1 (класс II) и HLA- MICA (класс I). Вероятнее всего, совместимость по 2 последним генам в ближайшее время будет также признана необходимой.
На первый взгляд цифра 90% идентичности между сиблингами (братья, сестры) маловероятна, но дело в том, что в действительности речь идет о том, что в ряде развитых стран Европы значительный процент населения составляют иммигранты, имеющие большие семьи, что и позволяет повысить вероятность нахождения полностью идентичных пар донор–реципиент. Эта ситуация не типична для большинства регионов России. Для нее, как и для коренного населения большинства европейских стран, наиболее приемлемым путем решения проблемы трансплантации КСК/КМ является использование трансплантатов неродственного происхождения.
На рис. 4-3 представлены сравнительные данные об эффективности, оцениваемой по годовой и 5-летней выживаемости при родственных и неродственных трансплантациях, при различном уровне HLA -совместимости донора и реципиента (международные данные).

Как следует из представленных данных, эффективность пересадки в комбинации HLA -идентичных гомозиготных близнецов практически соответствует таковой при пересадке от HLA -идентичного КСК/КМ. В то же время пересадка КСК/КМ в неродственной комбинации с наличием 1–2 несовпадений при 18–19 совпадениях значительно превосходит эффективность при совместимости по специфичностям HLA , расположенным на одной хромосоме (пересадка от родителей). Что касается представленных на рис. 4-3 данных о родственных и неродственных трансплантациях при 1–2 несовпадениях из 20, то в данном случае результаты практически аналогичны.
Таким образом, с учетом полиморфизма системы HLA вероятность совместимости двух неродственных индивидуумов по такому количеству генов варьирует от 1 на 3 000 000 до 1 на 7 000 000 в зависимости от этнической принадлежности донора и реципиента. Оптимальным является поиск внутри одной этнической группы. Решение проблемы поиска совместимого донора состоит в организации больших национальных и международных регистров.
Современную структуру источников КСК наглядно демонстрируют обобщенные данные, представленные 605 трансплантационными центрами Европы (табл. 4-8).
Количество больных, перенесших первую трансплантацию в 2006 г. |
||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Аллогенная трансплантация |
||||||||||
HLA -идентичные сиблинги |
Неидентичные сиблинги |
Близнецы |
Неродственные |
|||||||
Костный мозг |
Периферическая кровь |
Пуповинная кровь |
Костный мозг |
Периферическая кровь |
Пуповинная кровь |
Костный мозг |
Периферическая кровь |
Костный мозг |
Периферическая кровь |
Пуповинная кровь |
1310 |
3483 |
45 |
99 |
436 |
4 |
11 |
32 |
932 |
2851 |
458 |
Во всех анализируемых комбинациях процент трансплантатов костного мозга не превышал 30% от количества трансплантатов КСК, выделенных из периферической крови. Процент пересадок КСК, выделенных из пуповинной крови, в обеих группах родственных трансплантаций не превышал 1. Что касается неродственных трансплантаций, то в этом случае процент пересадок КСК из пуповинной крови не превышал 10. Несмотря на то, что КСК, выделенные из пуповинной крови, являются в настоящее время наименее востребованными в клинической практике, исследования в этом направлении имеют значительные перспективы. Ограниченность использования данного подхода в клинической практике обусловлена следующим. На первый взгляд пуповинные КСК имеют определенные преимущества, и в первую очередь — это простота получения кроветворных стволовых клеток как в техническом, так и в правовом отношении, поскольку процедура не требует рекрутирования добровольных безвозмездных доноров (во всяком случае на уровне существующих правовых норм). Однако следует иметь в виду, что количество КСК, выделяемых из пуповинной крови, относительно ограничено. Для «полного замещения» собственных КСК реципиента и восстановления функций кроветворной и иммунной систем организма, количества КСК, выделенных из одной пуповины, достаточно лишь для детей в пределах 12-14 лет. Естественно, что при лечении детского контингента больных онкогематологическими заболеваниями и тяжелыми формами иммунодефицитных состояний, этот подход весьма перспективен. Однако он, по-видимому, не сможет в ближайшее время решить проблему трансплантации КСК для взрослых больных. Следует также отметить, что в настоящее время сам вопрос о сравнительной эффективности КСК, выделенных из периферической крови и костного мозга, с одной стороны, и пуповины, с другой, является предметом интенсивных исследований и научных дискуссий, проводимых в том числе на всех международных научных форумах, посвященных различным аспектам трансплантации КСК. Тем не менее целесообразность создания банков КСК, выделенных из пуповинной крови, представляется несомненной по двум причинам. О первой было сказано выше, второй является стремительный прогресс клеточных технологий в области изучения возможностей использования стволовых клеток, в том числе КСК, в различных областях клинической медицины.
Следует также отметить, что необходимым этапом в работе банков КСК является генотипирование хранящихся клеток, что позволит избежать случайных ошибок. Только контроль по генам главного комплекса тканевой совместимости реципиента и вводимых КСК может предотвратить данные ошибки, которые могут привести к летальному исходу и создать серьезные проблемы для администрации указанного банка.
Что же касается современных данных об интенсивности трансплантаций КСК, выделенных из пуповинной крови, в группах трансплантаций от родственников их доля не превышала 1%. Среди неродственных трансплантаций их доля составила 10,8%. Таким образом, средний показатель количества проведенных трансплантаций КСК составил 5,27%. Это не позволяет говорить о существенном росте клинической активности в данном секторе трансплантаций КСК.
Пересадка КСК/КМ — единственное лечебное мероприятие, позволяющее восстанавливать деятельность кроветворной и иммунной систем, утративших свою «нормальную» функцию в результате медикаментозного (при лечении онкогематологических заболеваний) или же техногенного (при химическом или радиационном поражении) воздействий [91].
Клиническая трансплантология во всем мире является одним из наиболее быстро развивающихся направлений клинической медицины. Данное направление вобрало в себя последние достижения молекулярной, клеточной медицины и иммуногенетики человека, благодаря которым более 700 000 человек живут с пересаженными органами и около 100 000 — с полностью тканесовместимыми, но чужеродными кроветворными стволовыми клетками. Основой тканевой совместимости является подбор донора по генам главного комплекса тканевой совместимости человека (HLA ). HLA является наиболее генетически полиморфной системой человека, поэтому вероятность случайной полной совместимости равна 1 на 3 000 000.
Список литературы
-
Абрамов Д.Д., Дедов И.М., Трофимов Д.Ю. и др. Полиморфизм гена РТР № 22 (1858С/Т) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1-го типа и у здоровых доноров. Сахарный диабет. 2007. № 3. С. 2–3.
-
Абрамов Д.Д., Дедов И.И., Хаитов P.M. и др. Сравнение вклада системы HLA и других генов иммунного ответа в формирование генетической предрасположенности к развитию сахарного диабета 1 типа. Иммунология. 2012. Т. 33, № 1. С. 4–6.
-
Алексеев Л.П., Алексеева Л.В., Полунин А.И. и др. Изучение in vitro сенсорной и эффекторной функции лимфоцитов человека. Проблемы гематологии и переливания крови. 1975. № 12. С. 14–19.
-
Алексеев Л.П., Дедов И.И., Болдырева М.Н. и др. HLA-гены — маркеры инсулин-зависимого сахарного диабета, этнические аспекты. Иммунология. 2003. Т. 24, № 5. С. 308–311.
-
Алексеев Л.П., Дедов И.И., Болдырева М.Н. и др. Иммуногенетика сахарного диабета 1 типа — от фундаментальных исследований к клинике. Вестник РАМН. 2012. № 1. С. 75–80.
-
Алексеев Л.П., Федорова О. Иммунологические основы патологии беременности. Иммунология. 1981. № 4. С. 13.
-
Алексеев Л.П., Федорова О., Зарецкая Ю.М. и др. Изучение роли HLA-D и CD антигенов при беременности в норме и патологии. Терапевтический архив. 1980. Т. 6. С. 8–15.
-
Алексеев Л.П., Федорова О., Сластен О.П. и др. Активация Т-клеток эффекторов в период родоразрешения. Иммунология. 1984. № 2. С. 69–72.
-
Балаболкин М.И., Дедов И.М. Генетические аспекты сахарного диабета. Сахарный диабет. 2000. Т. 1, № 6. С. 2–10.
-
Болдырева М.Н., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. и др. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. I. Русские. Иммунология. 2005. Т. 26, № 5. С. 260–263.
-
Болдырева М.Н., Хаитов P.M., Барцева О.Б. и др. Исследование роли HLA-DRBl-генов при невынашивании беременности неясного генеза. Иммунология. 2004. Т. 25, № 1. С. 4–8.
-
Болдырева М.Н., Хаитов P.M., Дедов ИМ. и др. Новый взгляд на механизм HLA-ассоциированной предрасположенности к сахарному диабету 1 типа. Теоретические и прикладные аспекты. Иммунология. 2005. Т. 26, № 6. С. 324–329.
-
Долбин А.Г. Критерии селекции пар донор-реципиент и принципы первоочередного выбора реципиента. Трансплантология / под ред. В.И. Шумакова. Москва : Медицина, 1995. 391 с.
-
Долбин А.Г., Минина М.Г., Сергеев И.В. и др. Новые возможности поиска HLA-совместимых доноров для реципиентов листа ожидания почечного трансплантата. Физиология и патология иммунной системы. 2009. № 5. С. 13–16.
-
Кофиади И.А., Гонгарова Е.В., Каабак М.М. и др. Разработка нового подхода к мониторингу вирусной инфекции у взрослых реципиентов почечного трансплантата. Физиология и патология иммунной системы. 2009. № 9. С. 3–8.
-
Никонова Т.В., Дедов И.И., Алексеев Л.П. и др. Прогнозирование СД1 типа в группах высокого риска. Сахарный диабет. 2000. № 2. С. 2–6.
-
Осокина И.В., Болдырева М.Л., Ширшина Р.К. и др. HLA-маркеры сахарного диабета 1 типа в тувинской популяции. Сахарный диабет. 2001. № 4. С. 8–10.
-
Пальцев М.А., Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Иммуногенетика и биобезопасность. 2-е изд., перераб. и доп. Москва : Медицина, 2009. 255 с.
-
Пирогов Н.И. О пластических операциях вообще, о ринопластике в особенности. Собрание сочинений. Москва, 1957. Т. 1. С. 100–101.
-
Сечкин А.В., Алексеев Л.П., Ланг Х.Р. и др. Двухлетний опыт селекции с использованием HLA-DRB1-генотипирования при трансплантации почки в Московском регионе. Материалы I Всероссийского съезда по трансплантологии и искусственным органам. Москва, 1998. С. 14.
-
Хаитов P.M. Физиология иммунной системы. Москва : ВИНИТИ РАН, 2005. 375 с.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Физиология генов иммунного ответа. Российский физиологический журнад им. И.М. Сеченова. 2003. Т. 89, № 3. С. 313–328.
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю. Иммуногеномика и генодиагностика человека: национальное руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2017. 256 с.
-
Шумаков В.И. Трансплантация. Руководство / под ред. В.И. Шумакова Москва : Медицина, 1998. 391 с.
-
Шумаков В.И., Тоневицкий А.Г. Иммунологические и физиологические проблемы ксенотрансплантации. Москва : Наука, 2000. 144 с.
-
Alexeev L.P., Dolbin A.G., Sechkin A.V. Renal transplants in Russia. Clinical Transplants 2000 / eds J.M. Cecka, P. Terasaki. Los Angeles, 2001. P. 392–393.
-
Amirzargar A.A., Yalda A., Hajabolbaghi M. et al. The association of HLA-DRB, DQA1, DQB1 alleles and haplotype frequency in Iranian patients with pulmonary tuberculosis. Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2004. Vol. 8. P. 1017–1021.
-
Andrews P.A. Renal transplantation. Br. Med. J. 2002. Vol. 324. P. 530–534.
-
Atkinson M.A., Maclaren N.K. The pathogenesis of insulin-dependent diabetes mellitus. N. Engl. J. Med. 1994. Vol. 331. P. 1428–1436.
-
Auchincloss H., Lee R., Shea S. et al. The role of «indirect» recognition in initiating ejection of skin grafts from major histocompatibility complex class II-deficient mice. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1993. Vol. 90. P. 3373–3377.
-
Bach F. et al. in Bone marrow transplantation a patient with the Wiskott-Aldrich syndrome. Lancet. 1968. Vol. 2. P. 1364–1366.
-
Bach F., Kuperman O., Sollinger О. et al. Cellular immunogenetics and LD-CD5 collaboration. Transplant. Proc. 1977. Vol. 9. P. 859–863.
-
Badenhoop K., Schwarz G., Bingley P. et al. TNF-alpha gene polymorphisms: association with type I (insulin-dependent) diabetes mellitus. J. Immunogenet. 1989. Vol. 16, N 6. P. 455–460.
-
Bal V., Mclndoe A., Denton G. et al. Antigen presentation by keratinocytes induces tolerance in human T cells. Eur. J. Immunol. 1984. Vol. 20. P. 1893–1897.
-
Barnard C.N. The operation. A human cardiac transplant: an interim report of a successful operation performed at Groote Schuur Hospital. Cape Town. S. Afr. Med. J. 1967. Vol. 41. P. 1271–1274.
-
Bauer M.P., Danilovs J.A. Population analysis of HLA-A, В, С, DR and other genetic markers. Histocompatibility Testing 1980 / ed. P.I. Terasaki. Los Angeles : UCLA Tissue Typing Laboratoty, 1980. P. 955–993.
-
Benichou G. Direct and indirect antigen recognition: the pathways to allograft immune rejection. Front. Biosci. 1999. Vol. 4. P. 476–480.
-
Bodmer W. HLA Polymorphism: origin and maintenance. HLA 1997 / eds P. Terasaki, D. Gjertson. Los Angeles, 1998. P. 1–7.
-
Bodmer W., Bodmer J.G. Evaluation and function of the HLA system. Br. Med. Bull. 1978. Vol. 3. P. 309–316.
-
Bohme G., Haskins K., Stecha P. et al. Transgenic mice with I-A on islet cells are normoclycemic but immunologically intolerant. Science. 1989. Vol. 244. P. 1179–1183.
-
Boldyreva M.N., Chromova N.A., Yankevich Т.Е. et al. HLA-DRB1 homozygosis in spontaneous abortions of uncertain genesis. 17th European Histocompatibility Conference. 11 Annual Meeting. German Society of Immunogenetics. Baden-Baden, Germany, May 6–9, 2003. P. S70.
-
Boldyreva M.N., Gouzov 1.1., Bartseva O.B. et al. HLA-DRB1 genes possibly involved in spontaneous abortions of uncertain genesis. J. Reprod. Immunol. 2003. Vol. 58, N 2. P. 102.
-
Borel J.F., Fewer C., Gubler H.U., Stahelin H. Biological effects of cyclosporin A: a new antilymphocytic agent. Agents Actions. 1976. Vol. 6. P. 468–475.
-
Calne R.Y., White D.J.G., Thiru S. et al. Cyclosporin A in patients receiving renal allografts from cadaver donors. Lancet. 1978. Vol. 2. P. 1323–1327.
-
Chistiakov D.A., Savosfanov K.V., Nosikov V.V. CTLA4 gene polymorphisms are associated with, and linked to, insulin-dependent diabetes mellitus in a Russian population. BMC Genet. 2001. Vol. 2. P. 6.
-
Clinical transplants / eds J.M. Cecka, P.I. Terasaki. Los Angeles, California : UCLA Immunogenetics Center, 2000. P. 1–707.
-
Cowchock S., Dehoratius R.D., Wapner R.J. et al. Subclinical autoimmune disease and unexplained abortion. Am. J. Obstet. Gynecol. 1984. Vol. 150, N 4. P. 367–371.
-
Cox N.J., Wapelhorst В., Morrison V.A. et al. Seven regions of the genome show evidence of linkage to type 1 diabetes in a consensus analysis of 767 multiplex families. Am. J. Hum. Genet. 2001. Vol. 69, N 4. P. 820–830.
-
Cramp M.E., Carucci P., Underbill J. et al. Association between HLA class II genotype and spontaneous clearance of hepatitis С viremia. J. Hepatol. 1998. Vol. 29, N 2. P. 207–213.
-
Cristiansen O.B. The possible role of classical human leukocyte antigens in recurrent miscarriage. Am. J. Reprod. Immunol. 1999. Vol. 42, N 2. P. 110–115.
-
Davies J.L, Kawaguchi Y., Bennett S.T. et al. A genome-wide search for human type 1 diabetes susceptibility genes. Nature. 1994. Vol. 371, N 6493. P. 130–136.
-
Dorak M.T., Lawson Т., Machulla H.K. et al. Increased heterozygosity for MHC class II lineages in newborn males. Genes Immun. 2002. Vol. 3, N 5. P. 263–269.
-
East-West. Transfer of Knowledge. International Conference. Proceedings. Prague, March, 2006.
-
Ellis S.A., Palmer M.S., McMichael A.J. Human trophoblast and the choriocarcinoma cell line BeWo express a truncated HLA class I molecule. J. Immunol. 1990. Vol. 144. P. 731–735.
-
Forges Т., Monnier-Barbarino P., Faure G.C. et al. Autoimmunity and antigenic targets in ovarian pathology. Hum. Reprod. Update. 2004. Vol. 10, N 2. P. 163–175.
-
Gruen J.R., Weissman S.M. Evolving views of the major histocompatibility complex. Blood. 1997. Vol. 90. P. 4252–4265.
-
Grzywacz M., Gorski B., Jakubowska A. et al. Association between HLA-G.01018 allele pregnancy complications. J. Reprod. Immunol. 2003. Vol. 58, N 2. P. 162.
-
Hamaguchi K., Kimura A., Seki N. et al. Analysis of tumor necrosis factor-alpha promoter polymorphism in type 1 diabetes: HLA-B and -DRB1 alleles are primarily associated with the disease in Japanese. Tissue Antigens. 2000. Vol. 55, N 1. P. 10–16.
-
Handbook of Kidney Transplantation / ed. G.M. Danovitch. Philadelphia, PA : Lippincott Williams and Wilkins, 2001.
-
Harding R., McArthur J., Gross G. et al. CD28-mediated signaling co-stimulates murine T-cells and prevents induction of anergy in T-cell clones. Nature. 1992. Vol. 356. P. 607–609.
-
Hedrick P.W. Female choice and variation in the major histocompatibility complex. Genetics. 1992. Vol. 132, N 2. P. 575–581.
-
Heutinck K.M., van den Heuvel H., Yong S.L. et al. Functional analysis of virus specific T cells with cross-reactivity to allo-antigens. Tissue Antigens, 2013. The 27th EFI European Immunogenetics and Histocompatibility Conference. Maastricht, the Netherlands, May 11–14, 2013. John Wiley and sons, 2013. P. 272.
-
Hill A.V.S., Allsopp C.E., Kwiatkowski D. et al. Common West African HLA antigens are associated with protection from severe malaria. Nature. 1991. Vol. 352. P. 595–600.
-
Huczko E.L., Bodnar W.M., Benjamin D. et al. Characteristics of endogenous peptides eluted from the class I MHC molecule HLA-B7 determined by mass spectrometry and computer modeling. J. Immunol. 1993. Vol. 151. P. 2572–2587.
-
Hussain M.J., Maher J., Warnock T. et al. Cytokine overproduction in healthy first degree relatives of patients with IDDM. Diabetologia. 1998. Vol. 41. P. 343–349.
-
Jacob S., McClintock M.K., Zelano B. et al. Paternally inherited HLA alleles are associated with women’s choice of male odor. Nat. Genet. 2002. Vol. 30, N 2. P. 175–179.
-
Jenkins M.K., Schwartz R.H. Antigen presentation by chemically modified splenocytes induces antigen-specific T cell unresponsiveness in vitro and in vivo. J. Exp. Med. 1987. Vol. 165. P. 3704–3713.
-
Kauffman R.P., Castracane V.D. Premature ovarian failure associated with autoimmune polyglandular syndrome: pathophysiological mechanisms and future fertility. J. Womens Health. 2003. Vol. 12, N 5. P. 513–520.
-
Kawoura F.K., Ioannidis J.P. CTLA-4 gene polymorphisms and susceptibility to type 1 diabetes mellitus: a HuGE Review and meta-analysis. Am. J. Epidemiol. 2005. Vol. 162, N 1. P. 3–16.
-
Khaitov R., Boldyreva M., Trofimov D. et al. Russian, Tuvin, Buriat, and Armenian Normal. HLA 1997 / eds. P.I. Terasaki, D.W. Gjertson. Los Angeles : UCLA Tissue Typing Laboratory, 1998. P. 241–243.
-
Khoury S., Waaga A., Chen W. Class II MHC allopeptide-specific Th1 cell clone recognizes single epitopic difference and transfers delayed type hypersensitivity responses in vivo I. XVI International Congress of the Transplantation Society. Barcelona, 1996. P. 33.
-
King A., Allan D.S., Bowen M. et al. HLA-E expressed on trophoblast and interacts with CD94/NKG2 receptors on decidual NK cells. Eur. J. Immunol. 2000. Vol. 30. P. 1623–1631.
-
Kostyu D.D., Dawson D.V., Elias S. et al. Deficit of HLA homozygotes in Caucasian isolate. Hum. Immunol. 1993. Vol. 37, N 3. P. 135–142.
-
Kovats S., Main E., Librach С. HLA-G expressed in human trophoblast. Science. 1990. Vol. 248. P. 220–223.
-
Kropshofer H., Hammerling G.J., Vogt A.B. The impact of non-classical MHC proteins HLA-DMA and HLA-DO on loading of MHC class II molecules. Immunol. Rev. 1999. Vol. 172. P. 267–278.
-
Kuttech W.H. Autoimmune factors in assisted reproduction. Minerva Ginecol. 2002. Vol. 54, N 3. P. 217–224.
-
Kwon O.J., Brautbar C, Weintrob N., Sprecher E., Saphirman C., Bloch K. et al. Immunogenetics of HLA class II in Israeli Ashkenazi Jewish, non-Ashkenazi Jewish, and Israeli Arab IDDM patients. Hum. Immunol. 2001. Vol. 62, N 1. P. 85–91.
-
Le Bouteiller P., Piazzato N., Solier C. et al. HLA-G: control of placental local immunity and angiogenesis. J. Reprod. Immunol. 2003. Vol. 58, N 2. P. 115.
-
Lo D., Burkley L.C., Widera G. et al. Diabetes and tolerance in transgenic mice expressing class II molecules in pancreatic beta cells. Cell. 1988. Vol. 53. P. 159–168.
-
Lui Z. et al. Indirect recognition of donor MHC-class II antigens in human transplantation. Clin. Immunol. Immunopathol. 1996. Vol. 78. P. 228–235.
-
Madrigal A. Immunological properties of cord blood. Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. 2011. Т. IV, № 1. С. 19–21.
-
Makino T. Recurrent reproductive wastage and immunologic factors. Am. J. Reprod Immunol. 2002. Vol. 48, N 4. P. 266–268.
-
Marin R., Mendez R., Pedrinaci S. et al. HLA-E expression in tumor cell lines. Eur. J. Immunogenet. 2002. Vol. 29, N 2. P. 145.
-
Markman J., Lo D., Naji A. et al. Antigen-presenting function of class II MHC-expressing pancreatic beta-cells. Nature. 1988. Vol. 336. P. 476–479.
-
Mason P.D., Robinson С.М., Lechler R.I. Detection of donor-specific hyporesponsiveness following late failure of human renal allografts. Kidney Int. 1996. Vol. 50. P. 1019–1025.
-
Me Kiernan S.M., Hagan R., Curry M. et al. Distinct MHC class I and II alleles are associated with hepatitis С viral clearance? Originating from a single source. Hepatology. 2004. Vol. 40, N 1. P. 108–114.
-
Mich H., Valdes A.M., Noble J. et al. HLA DR-DQ haplotypes and genotypes and type 1 diabetes risk: analysis of the type 1 diabetes genetics consortium families. Diabetes. 2008. Vol. 57, N 4. P. 1084–1092.
-
Miller J., Daitch L., Rath S. et al. Tissue specific expression of allogeneic class II MHC molecules induces neither tissue rejection nor clonal inactivation of alloreactive T cells. J. Immunol. 1990. Vol. 144. P. 334–341.
-
Molina A., Popplewell L., Kashyap A. et al. Hematopoetic stem cell transplantation in the new millennium. Clinical Transplants / eds J.M. Cecka, P.I. Terasaki. Los Angeles, California : UCLA Immunogenetics Center, 2000. P. 317–342.
-
Motta P., Marinic K., Sorrentino A., Lopez R. et al. Association of HLA-DQ and HLA-DR alleles with susceptibility or resistance to HIV-1 infection among the population of Chaco Province, Argentina. Medicina (B. Aires). 2002. Vol. 62, N 3. P. 245–248.
-
Murray J.E., Merrill J.P., Harrison J.H. Renal homotransplantation in identical twins. Surg. Forum. 1955. Vol. 6. P. 432–436.
-
Nei M., Hughes A.L. Polymorphism and evolution of the major histocompatibility complex loci in mammals. Evolution at the Molecular Level / eds R. Selander, A. Clark, T. Whittam. Sunderland, Mass : Sinauer Associates, 1991. P. 222–247.
-
Ntrivalas E., Gilman-Sachs A., Kwak-Kim J. et al. NK cell activity. J. Reprod. Immunol. 2003. Vol. 58, N 2. P. 105.
-
Ober C., Elias S., O’Brien E. et al. HLA sharing and fertility in Hutterite couples: evidence for prenatal selection against compatible fetuses. Am. J. Reprod. Immunol. Microbiol. 1988. Vol. 18, N 4. P. 111–115.
-
Opelz G. Factor influencing long-term graft loss. The Collaborative Transplant Study. Transplant. Proc. 2000. Vol. 32, N 3. P. 647–649.
-
Orr H.T. HLA class I gene family: characterization of genes encoding non-HLA-A, В, С proteins. Immunobiology of HLA. Vol. II / ed. B. Dupont. New York : Springer-Verlag, 1989. P. 33–39.
-
Pangault C., Leke Friec S., Caulet-Maugendre S. et al. Expression of HLA-G molecules in pulmonary diseases. Eur. J. Immunogenet. 2002. Vol. 29, N 2. P. 144.
-
Park M.H., Song E.Y., Ahn С. et al. Two subtypes of hepatitits В virus-associated glomerulonephritis are associated with different HLA-DR2 alleles in Koreans. Tissue Antigens. 2003. Vol. 62, N 6. P. 505–511.
-
Park Y., Eisenbarth G.S. Genetic susceptibility factors of Type 1 diabetes in Asians. Diabetes Metab. Res. Rev. 2001. Vol. 17, N 1. P. 2–11.
-
Pazmany L., Mandelboim O., Vales-Gomes M. et al. Human leukocyte antigen-G and its recognition by natural killer cells. J. Reprod. Immunol. 1999. Vol. 43. P. 127–137.
-
Peng R., Li Y., Brezner K. et al. Abnormal peripheral blood dendritic cell populations in type 1 diabetes. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2003. Vol. 1005. P. 222–225.
-
Penn D.J., Damjanovich K., Potts W.K. MHC Heterozygosity confers a selective advantage against multiple-strain infections. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2002. Vol. 99, N 17. P. 11 260–11 264.
-
Plesner A., Greenbaum C.J., Gaur L.K. et al. Macrophages from high-risk HLA-DQB1.0201/80302 type 1 diabetes mellitus patients are hypersensitive to lipopolysaccharide stimulation. Scand. J. Immunol. 2002. Vol. 56, N 5. P. 522–529.
-
Pohlmann Т., Schaumann A., Fitzgerald J.S. et al. Influence of soluble HLA-G1 on natural killer cells isolated from the human decidua. J. Reprod. Immunol. 2003. Vol. 58, N 2. P. 146.
-
Rani R., Sood A., Goswami R. Attenuation of autoreactive Th1 cells in vitro using altered peptide ligands in diabetes of the young. Tissue Antigens. XIII International Congress on Histocompatibility and Immunogenetics. Seattle, 18–22 May, 2002. P. 20.
-
Robertson A., Charlesworth D., Ober C. Effect of inbreeding avoidance on Hardy-Weinberg expectations: examples of neutral and selected loci. Genet. Epidemiol. 1999. Vol. 17, N 3. P. 165–173.
-
Roelen D., van Bree F., van Beelen E. et al. Regulatory functions of human CD4+ T-cells recognising HLA peptides presented by self-HLA-DR. Human Immunology. 14th European Histocompatibility Conference. Montpellier, France, 2000. Vol. 61, suppl. 1. P. 1.
-
Rogers N., Lechler R.I. Allorecognition. Am. J. Transplant. 2001. Vol. 1. P. 97–102.
-
Salomon R., Klitz W., Easteal S. et al. Evolution of HLA class II molecules: allelic and amino acid site variability across populations. Genetics. 1999. Vol. 152, N 1. P. 393–400.
-
Sauermann U., Nurnberg P., Bercovitch F.B. et al. Increased reproductive success of MHC class II heterozygous males among free-ranging rhesus macaques. Hum. Genet. 2001. Vol. 108, N 3. P. 249–254.
-
Schipper R.F., Koeleman B.P., Bruining G.J., Schreuder G.M., Verduijn W., Vries R.R. et al. HLA class II associations with Type 1 diabetes mellitus: a multivariate approach. Tissue Antigens. 2001. Vol. 57, N 2. P. 144–150.
-
Schmidt С., Orr H. Maternal fetal interactions: the role of the MHC class I molecule HLA-G. Crit. Rev. Immunol. 1994. Vol. 13. P. 207–224.
-
Sechkin A., Boldyreva M., Dolbin A. et al. Three year experience in HLA DRB1 donor selection at Moscow center for organ donation. Human Immunology. 14th European Histocompatibility Conference, Abstracts. Montpellier, France, 2000. Vol. 61, suppl. 1. P. 53–54.
-
Sechkin A.V., Dolbin A.G., Filiptsev P.Ya et al. HLA-DRBl-genotyping in perspective selection of kidney donor. Transplant. Proc. 1997. Vol. 29. P. 3643–3644.
-
Segers A., Tezcan C, DeSmet W. et al. Only a limited set of HLA epitopes is associated with organ graft loss. Book of Abstracts Transplant 98. The Transplantation Society, XVII World Congress. Montreal, 1998. P. 73.
-
Shelton A.J., Harger J.H., Dorman J.S. et al. Association between familial autoimmune diseases and recurrent spontaneous abortions. Am. J. Reprod. Immunol. 1994. Vol. 32, N 2. P. 82–87.
-
Sherman L.A., Cattopadhyan S. The molecular basis of allorecognition. Annu. Rev Immunol. 1992. Vol. 11. P. 385–402.
-
Siekiera U., Jarosz-Chobot P., JanuszJ., Koehler B. Polymorphism of TNF-alpha (308 A/G), IL-10 (1082 A/G, 819 С/T, 592 A/C), IL-6 (174 G/C), and IFN-gamma (874 A/T); genetically conditioned cytokine synthesis level in children with diabetes type 1. Endokrynol. Diabetil. Chor. Przemiany Materii Wieku R. 2002. Vol. 8. P. 29–34.
-
Starvetnick N., Liggitt D., Pitts S.L. Insulin-dependent diabetes mellitus induced in transgenic mice by ectopic expression of class II MHC and interferon-gamma. Cell. 1988. Vol. 52. P. 773–781.
-
Szereday L, Barakonyi A., Miko E. et al. Gamma/delta T cell subsets, NKG2A expression and apoptosis of Vdelta2+ T cells in pregnant women with or without risk for premature pregnancy termination. J. Reprod. Immunol. 2003. Vol. 58, N 2. P. 171.
-
Tait B.D., Drummond B.P., Varney M.D., Harrison L.C. HLA-DRBl.0401 is associated with susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus independently of the DQB1 locus. Eur. J. Immunogenet. 1995. Vol. 22. P. 289–297.
-
Thursz M.R., Thomas H.C, Greenwood B.M. et al. Heterozygote advantage for HLA class-II type in hepatitis В virus infection. Nat. Genet. 1997. Vol. 17, N 1. P. 11–12.
-
Todd J.A., Bell J.L., McDevitt H.О. HLA-DQ beta gene contributes to susceptibility and resistance to insulin-dependent diabetes mellitus. Nature. 1987. Vol. 329, N 6140. P. 599–604.
-
Valdes A.M., McWeeney S., Thomson G. HLA class II DR-DQ amino acids and insulin-dependent diabetes mellitus: application of the haplotype method. Am. J. Hum. Genet. 1997. Vol. 60, N 3. P. 717–728.
-
Valdes A.M., McWeeney S.K., Meyer D. et al. Locus and population specific evolution in HLA class II genes. Ann. Hum. Genet. 1999. Vol. 63, N 1. P. 27–43.
-
Van der Ven K., Fimmers R., Engels G. et al. Evidence for major histocompatibility complex-mediated effects on spermatogenesis in humans. Hum. Reprod. 2000. Vol. 15, N 1. P. 189–196.
-
Van der Ven K., Pfeiffer K., Skrablin S. HLA-G polymorphisms and molecule function-questions and more questions — a review. Placenta. 2000. Vol. 21, suppl. P. S86–S92.
-
Van Eden W., de Vries R.R., Mehra N.K. et al. HLA segregation of tuberculoid leprosy: confirmation of the DR2 marker. J. Infect. Dis. 1980. Vol. 141, N 6. P. 693–701.
-
Wedekind C., Furi S. Body odor preferences in men and women: do they aim for specific MHC combinations or simply heterozygosity? Proc. Biol. Sci. 1997. Vol. 264, N 1387. P. 1471–1479.
-
Williams R. Rheumatic fever and the streptococcus. Am. J. Med. 1983. Vol. 75. P. 727–730.
-
Wilson A.G., Clay F.E., Crane A.M. et al. Comparative genetic association of human leukocyte antigen class II and tumor necrosis factor-alpha with dermatitis herpetiformis. J. Invest. Dermatol. 1995. Vol. 104, N 5. P. 856–858. ти молекулы (в частности, H
-
Yamamoto Т., Takakashi Y., Kase N. et al. Proportion of CD56+CD16. T cells in decidual and peripheral lymphocytes of normal pregnancy and spontaneous abortion with and without history of recurrent abortion. Am. J. Reprod. Immunol. 1999. Vol. 42. P. 355–360.
-
Zavazava N., Fandrich F., Zhu X. et al. Oral feeding of an immunodominant MHC donor-recipient donor-derived synthetic class I peptide prolongs graft survival of heterotopic cardiac allografts in a high responder rat strain combination. J. Leukoc. Biol. 2000. Vol. 67. P. 793–800.
-
Zenker R. Etchische und rechtliche Probleme der Organstransplantation. Munchen, 1979.
-
Ziegler A., Dohr G., Kentenich H. et al. MHC, olfactory receptor genes and mate selection. Immunol. Lett. 2003. Vol. 87, N 1–3. Special Issue: Abstracts of the 15th European Immunology Congress (EFIS 2003) June 8–12, 2003. P. 12.
Глава 5. Роль генетической составляющей в развитии отдаленных эффектов радиационного воздействия
В основе развития большинства социально значимых заболеваний человека лежит нарушение функционирования иммунной системы, вызванное неблагоприятными эндогенными и экзогенными воздействиями. Одним из перспективных, но в то же время невероятно сложных и мало изученных вопросов в этой области остается изучение действия радиации на организм человека. С одной стороны, известно, что клетки иммунной системы являются одними из наиболее радиочувствительных клеток организма, что определяет выраженный иммуносупрессирующий эффект радиации, а с другой — очевидно, что именно иммунная система играет ключевую роль в восстановлении и адаптации организма после облучения и в условиях хронического радиационного воздействия.
Актуальность этой проблемы обусловлена непрерывным развитием атомных технологий, вызванным растущими потребностями человечества в доступных источниках энергии. Однако освоение энергии атома всегда будет связано с рисками для здоровья человека. История знает несколько примеров ядерных инцидентов, повлекших за собой аварийное облучение населения и участников ликвидации последствий аварий. По сей день система здравоохранения сталкивается с наследием крупнейших военных и техногенных катастроф, начиная с бомбардировки Хиросимы и Нагасаки и вплоть до аварии на фукусимской атомной электростанции, масштаб последствий которой до сих пор не оценен в полной мере.
В связи с этим уже в конце 1940-х — начале 1950-х годов перед мировым здравоохранением и человечеством в целом возникла новая задача — обеспечение ядерной и радиационной безопасности населения и в первую очередь контингентов, работающих в условиях повышенного риска воздействия радиации. В эти контингенты входит персонал предприятий атомной промышленности, добывающей отрасли, а также военных объектов. Кроме того, в связи с развитием космической отрасли в последние годы на повестке дня остро стоит вопрос обеспечения радиационной безопасности экипажей космических кораблей.
В 1950–1960-х годах во всех странах были начаты интенсивные исследования, целью которых стало создание препаратов, снижающих радиочувствительность. К сожалению, это развиваемое и в наши дни направление далеко не полностью оправдало первоначальные надежды.
В настоящее время в связи с реализацией и завершением Международной программы «Геном человека» и появлением новых данных о структуре и функциях генома человека более перспективным представляется принципиально иной подход. Этот подход основан на установлении генетических маркеров, обусловливающих индивидуальную чувствительность организма к радиации. Расшифровка генома человека позволила значительно расширить представления об уровне разнообразия (полиморфизма) генов.
Одновременно с этим изменились представления о роли мутационного процесса в биомедицине и формировании человека как вида. Сегодня ясно, что в рамках мутационных процессов происходят не только отрицательные явления, но также и процесс обеспечения человечества устойчивостью к воздействию неблагоприятных факторов окружающей среды, включая инфекционные и техногенные факторы.
При определении направления дальнейших исследований необходимо установить эффекты облучения, которые, с одной стороны, имели бы четкое клиническое проявление, а с другой — характеризовались значимостью иммунной системы и генетического аппарата в этиологии и манифестации заболевания. Среди таких эффектов наибольший интерес с практической и медицинской точки зрения представляет механизм развития злокачественных новообразований. Установлено, что хроническое низко- и среднедозовое облучение, особенно ставшее результатом инкорпорации радионуклидов, обладает канцерогенным эффектом [23]. Кроме того, на повышенный канцерогенный риск облучения указывают отчеты Международной комиссии по изучению биологических эффектов ионизирующего излучения BEIR (Biologic Effects of Ionizing Radiation VII report) [13] и результаты проводимых в России исследований отдаленных эффектов радиации у участников ликвидации последствий радиационных аварий и лиц, проживающих на радиоактивно загрязненных территориях [2].
Установление ключевых маркеров, отражающих генетическую предрасоложенность к развитию негативных эффектов радиационного воздействия и в том числе онкопатологий, позволит исключить или снизить до минимума вероятность негативного влияния радиации на организм человека. Достижение этой цели позволит не только снизить радиационные риски для работников атомной, добывающей и аэрокосмической отрасли, но и откроет новые возможности повышения эффективности и безопасности методов ядерной медицины.
Проблема снижения медицинских рисков может быть решена путем комплексного изучения негативных эффектов радиации на здоровье человека и мониторинга основных показателей здоровья облученных лиц. Эта область исследований является одним из традиционных направлений радиационной медицины. Перечень практических и фундаментальных вопросов, которые рассматривает данная наука, чрезвычайно широк, и в ней, как и в любой дисциплине, ориентированной на быстрый перенос научных разработок в область практического здравоохранения, остро стоит вопрос выбора оптимальных инструментов исследования. Поэтому одной из приоритетных задач, решение которой обеспечивает проведение исследований на передовом мировом уровне, является обеспечение выполнения фундаментальных и прикладных исследований отечественными реагентами, а также высокотехнологичным оборудованием, соответствующим лучшим мировым стандартам.
5.1. Поиск генов иммунного ответа, вовлеченных в ответ организма на радиационное воздействие
В условиях сдвига физиологического баланса, обусловленного действием радиации, особенную значимость приобретает иммунная система человека, в том числе процессы регуляции восстановления пула иммунокомпетентных клеток и поддержания разнообразия антиген-распознающих рецепторов, а следовательно, и защиты человека от внешних и измененных собственных антигенов. Длительные наблюдения за людьми, подвергшимися облучению, указывают на то, что иммунная система является одной из наиболее уязвимых к действию радиации. В целом при радиоактивном облучении организма человека наблюдается сдвиг баланса в относительной представленности популяций Т-клеток на фоне общей лимфопении [9].
Так, проспективное исследование лиц, выживших после атомной бомбардировки городов Хиросима и Нагасаки (Япония), показало значительнoe уменьшение числа Т-клеток, в том числе наивных CD4+ CD45RA+ -клеток, на фоне увеличения активности НК-клеток [17].
Еще одной особенностью, характеризующей функциональное состояние иммунной системы наряду с лимфопенией и сдвигом иммунологического баланса, является повышение активности фагоцитов. На самом деле эти показатели взаимосвязаны. В результате разрушения лимфоцитов высвобождается значительное количество биологических молекул (РНК, ДНК, пептидов), за утилизацию которых отвечают фагоциты [3, 12, 26]. Врожденные нарушения в генах системы репарации ДНК на фоне разрушительной для нуклеиновых кислот ионизации приводит к накоплению мутаций, нарушениям процессов трансляции и посттрансляционного процессинга белков. Это, в свою очередь, приводит к образованию большого числа «новых» для распознающих молекул антигенов.
Изучению роли приобретенных и врожденных мутаций в развитии негативных эффектов облучения следует уделить особое внимание. Радиационно-индуцированное накопление мутаций в генах, продукты которых ответственны за презентацию антигенов и регуляцию развития иммунного ответа, может сыграть решающую роль в специфичности их связывания с антигеном [21, 29]. В неменьшей степени это относится к врожденным (наследуемым) мутациям. Замена всего одной аминокислоты может приводить к изменению конформации пептида, изменению стерических условий взаимодействия и аффинности связи. Это, в свою очередь, может запускать каскад дальнейших реакций и приводить к индивидуальным отклонениям в иммунологическом гомеостазе [16, 30].
Так, при рассмотрении базовых механизмов формирования иммунных реакций в ответ на радиационное воздействие отдельного внимания заслуживает процесс восстановления пула лимфоцитов после облучения. В ряде исследований показано, что у взрослых людей в условиях пониженной активности тимуса процесс репопуляции лимфоцитов осуществляется за счет периферических органов иммунной системы (гомеостатическая пролиферация). Увеличение пула олигоклональных клеток памяти, населяющих лимфатические узлы, приводит к снижению репертуара Т-клеточных рецепторов (TCR). Это, в свою очередь, может препятствовать взаимодействию Т-клеток с опухолевыми антигенами и повышать риск развития онкопатологий. Ключевыми цитокинами, регулирующими процесс репопуляции, являются интерлейкины (ИЛ) ИЛ-15 и ИЛ-7 [24, 31].
Таким образом, нарушение функций генов иммунного ответа и их продуктов ведет к развитию тяжелых форм иммунологической недостаточности и иммунозависимым заболеваниям. В связи с этим анализ генов иммунного ответа может иметь прогностическое значение в оценке риска развития осложнений радиационного воздействия. Именно поэтому, рассматривая особенности реакции организма человека на радиационное воздействие, особенное внимание мы уделяем именно регулирующей роли пептидов системы HLA и особенностям восстановления иммунной системы после стрессорного воздействия.
В рамках разработки аппаратно-диагностического комплекса созданы тест-системы и проведена работа по изучению частот 11 SNP-маркеров и 34 аллелей HLA класса II у лиц без известной истории облучения (как здоровых, так и с патологией), а также у лиц, проживающих на радиоактивно загрязненных территориях (табл. 5-1).
Маркер | Ген | Функция или установленная ассоциация |
---|---|---|
rs1801516 |
ATM |
Репарация ДНК, клеточный цикл |
rs664677 |
ATM |
Репарация ДНК, клеточный цикл |
rs1800469 |
TGFB1 |
Репарация ДНК, апоптоз |
rs1799782 |
XRCC1 |
Репарация ДНК |
rs1052133 |
OGG1 |
Репарация ДНК |
rs2717536 |
IL7 |
Иммунный ответ |
rs2296135 |
IL15RA |
Иммунный ответ |
rs9642880 |
8q24 |
Ассоциация с онкозаболеваниями |
rs6983267 |
8q24 |
Ассоциация с онкозаболеваниями |
rs1447295 |
8q24 |
Ассоциация с онкозаболеваниями |
rs13281615 |
8q24 |
Ассоциация с онкозаболеваниями |
В исследование по установлению генетических основ развития отсроченных эффектов хронического радиационного воздействия были включены кандидатные маркеры, расположенные в 4 генах систем контроля клеточного цикла и репарации ДНК: ATM (2 маркера), TGFB1, XRCC1 и OGG1 [7, 8].
Сериновая протеинкиназа ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated) принимает участие в фосфорилировании белков репарации ДНК, регуляции механизма апоптоза в ответ на формирование двухцепочечных разрывов ДНК, а также в стабилизации супрессорного опухолевого белка р53. Трансформирующий фактор роста β1, кодируемый геном TGFB1 , вовлечен в ответ клетки на стрессорное воздействие (цитотоксические препараты, ионизирующее излучение, температурный шок, окислительный стресс), а также является медиатором системы передачи сигнала между компонентами врожденного и приобретенного иммунитета. Оба гена являются важными компонентами систем репарации ДНК и регуляции клеточного цикла, нарушения в которых связаны с процессом канцерогенеза. Гены XRCC1 и OGG1 кодируют тесно связанные продукты, регулирующие процесс гомологичной рекомбинации и репарации одноцепочечных разрывов ДНК.
Для установления ассоциации вариантов генов иммунного ответа с формированием фенотипа, характеризуемого повышенной устойчивостью к радиационному воздействию, сотрудниками Института иммунологии были определены частоты аллелей генов I L7 (rs2717536), I L15 RA (rs2296135), а также 34 аллелей HLA- DRB1, DQA1 и DQB1. Кроме того, в панель было включено несколько маркеров, связанных с повышенным риском развития злокачественных новообразований по результатам широкогеномных ассоциативных исследований (GWAS) [4, 5, 32]. Этот подход основан на статистической оценке ассоциации генотипа с фенотипическим признаком без учета экспериментальных данных. Для 4 исследованных маркеров из региона 8 q24 на 8-й хромосоме ранее была установлена ассоциация с раком простаты, прямой кишки и молочной железы [10, 18, 27, 33].
5.2. Идентификация генетических маркеров, перспективных для оценки индивидуальной радиочувствительности
Совместно с ФГБУН «Уральский научно-практический центр радиационной медицины» ФМБА России (УНПЦ РМ ФМБА России) (г. Челябинск) было обследовано взрослое население из когорты реки Теча, здоровье которых на момент исследования можно охарактеризовать как соответствующее возрастной норме. Когорта сформирована специалистами УНПЦ РМ ФМБА России на основании проспективного медицинского и радиобиологического обследования лиц, проживающих на радиоактивно загрязненных территориях [2]. В отношении когорты реки Теча можно говорить о тенденции к повышению встречаемости онкологических заболеваний по сравнению с популяционными данными и повышенной долей онкологических заболеваний в структуре смертности [19, 20]. Таким образом, большая часть людей, предрасположенных к развитию патологии, к настоящему моменту ушли из жизни, и среди условно здоровых лиц в пределах обследуемой когорты частота маркеров предрасположенности к радиационно-индуцированным нарушениям (в том числе и к онкопатологии) уменьшилась. Собрав контрольные группы, сотрудники Института иммунологии провели классическое клинико-статистическое исследование, целью которого было установление отличий в распределении выбранных маркеров.
В качестве биологического материала использовали коллекцию из 220 образцов периферической крови, предоставленную Институтом иммунологии и УНПЦ РМ ФМБА России. Первую группу (группа 1) составили 70 образцов геномной ДНК из коллекции УНПЦ РМ ФМБА России (г. Челябинск), полученных от неродственных пациентов — жителей прибрежных сел р. Теча, подвергшихся длительному комбинированному облучению: внешнему γ-облучению и внутреннему, обусловленному инкорпорацией 90 Sr в костную ткань. Радиационное облучение стало результатом регламентных и аварийных сбросов жидких радиоактивных отходов радиохимического производства в реку Теча. В исследование были включены образцы, полученные от индивидуумов, рожденных до 1951 г., когда произошел один из наиболее крупных сбросов радиоактивных отходов, определивший чрезвычайно высокие мощности дозы облучения [2].
В исследованной группе показатель медианы накопленной дозы на красный костный мозг составил 1,23 Зв. Выборка включала представителей русской популяции, а также объединенной группы татарской и башкирской популяций тюркской ветви алтайской языковой семьи (19 и 51 человек соответственно) 1933–1949 годов рождения. Обследованные лица не имели серьезной соматической патологии.
Вторую группу (группа 2) составили пациенты с клиническими признаками соматической патологии (50 человек), возраста 58-64 года, в том числе подвергшиеся профессионально-ассоциированному облучению. Образцы были предоставлены Институтом иммунологии и Российским онкологическим научным центром (РОНЦ) им. Н.Н. Блохина Минздрава России [6–8].
В третью группу (группа 3) вошли образцы ДНК, полученные от 100 здоровых представителей русской популяции — доноров крови из коллекции Института иммунологии, собранной на базе ФГБУ Российского научного центра хирургии им. акад. Б.В. Петровского Минздрава России. В состав группы вошли индивидуумы возраста 55–63 лет, проживающие на территории Центрального, Волжского, Уральского и Северо-Западного федеральных округов РФ.
В основу исследования легли подтвержденные независимыми исследованиями данные о влиянии наследуемых факторов на риск развития онкопатологий в условиях хронического радиационного воздействия [11, 14, 22, 25]. Новизна предлагаемого подхода заключается в первую очередь в том, что до сих пор модели оценки риска радиационно-индуцированных осложнений учитывали лишь изменения в организме, произошедшие после облучения. Реализованный подход, помимо возможности прогнозирования негативных эффектов еще до облучения, создает принципиально новую возможность учета фактора индивидуальной изменчивости при оценке риска [7, 8]. Применение этих данных поможет оценить безопасность и целесообразность контактов с источниками радиации лиц, генетически предрасположенных к развитию радиационно-индуцированных осложнений, а также снизить заболеваемость в профессиональных областях, требующих длительного присутствия человека в условиях повышенной радиации.
Из 45 исследованных генетических маркеров для 5 (rsl801516, rs664677, rs1052133, rs1799782 и HLA- DRB1*11) в сравниваемых группах установлены различия в распределении (рис. 5-1) [5].
Минорный аллель Т варианта Asp1853Asn гена ATM (rs1801516) встречается в группе 1 реже, чем в группе популяционного контроля (группа 3). В то же время частота минорного аллеля Т варианта I VS22-77 (rs664677) того же гена в группе 1 выше, чем в группе популяционного контроля.

Еще одно отличие было обнаружено для минорного аллеля G варианта Ser326Cys, расположенного в 326 кодоне гена OGG1 (rs1052133). Наличие протективного эффекта для этого маркера описывалось ранее [1].
В группе 2 установлено единственное отличие в распределении аллеля А гена XRCC1 (rs1799782). Частота аллеля А в данной группе достоверно ниже, чем в двух других исследованных группах. Этот результат подтверждает установленную ранее ассоциацию маркера rs1799782 с онкозаболеваниями [15, 28]. Интересно то, что связь с онкозаболеваниями для большинства генетических маркеров, включенных в анализ, на данном этапе исследования не нашла подтверждения. В частности, в их число попали все SNP, ассоциация которых с различными типами злокачественных новообразований была установлена в нескольких независимых геномных ассоциативных исследованиях.
По всей видимости, это косвенно подтверждает гипотезу об эффекте «дозы гена» в развитии онкоассоциированных патологий. Иными словами, большая часть популяции является носителями мутаций, определяющих незначительное повышение риска развития онкопатологий, при этом сама патология развивается только в том случае, если число определенных мутаций превышает некое пороговое значение [4, 5].
Из 34 аллелей HLA класса II единственная достоверная ассоциация с признаком устойчивости к радиационному воздействию установлена для группы аллелей HLA- DRB1*11 (рис. 5-1). Помимо этого, установлены группы аллелей в генах HLA- DRB1 и HLA- DQB1, перспективные для дальнейшего исследования в более широких группах. Данные по распределению аллелей HLA класса II в группах индивидуумов с повышенной/пониженной устойчивостью к радиации получены впервые. Результаты настоящей работы открывают новые представления о роли молекул главного комплекса гистосовместимости в радиационной генетике.
Результаты анализа позволяют говорить о влиянии генетического фактора на формирование индивидуальной радиочувствительности. Отличия в распределении маркеров, расположенных в генах репарации ДНК, подтверждают принципиальную роль компонентов этой системы в ответе тканей на радиационное воздействие. Наличие достоверных отличий даже на уровне десятков образцов определяет целесообразность дальнейших исследований.
Таким образом, полученные результаты имеют большое значение для развития фундаментальных и прикладных аспектов иммунологии, медицины и молекулярной биологии. Их значимость обусловлена созданием новых возможностей в объективизации процедуры медицинского обследования облученных лиц и подбора персонала объектов атомно-промышленного комплекса, а также важностью оценки радиационных рисков и создания научной базы для радиационного нормирования в диапазоне малых доз и малых мощностей доз. Данные могут быть использованы при создании новых средств и подходов к защите человека от вредных воздействий, разработке комплекса мер по снижению заболеваемости радиационно-ассоциированными заболеваниями и повышению биобезопасности.
Разработанный аппаратно-диагностический комплекс составил методологическую основу для изучения иммунного статуса и предрасположенности к развитию социально значимых заболеваний у контингентов, задействованных в ликвидации последствий радиационных аварий, и населения радиоактивно загрязненных территорий. Универсальность комплекса определяется возможностью проведения широкого спектра биомедицинских исследований, в том числе:
-
генотипирования для подбора пар донор–реципиент при пересадке органов;
-
выявления генетически обусловленной устойчивости или/и предрасположенности к различным заболеваниям;
-
определения возбудителей наиболее значимых инфекционных заболеваний;
-
исследования функциональной активности синтеза наиболее значимых регуляторных белков иммунной системы.
Комплекс этих методов позволяет получать всестороннюю информацию о генетических особенностях исследуемого объекта, активности генов иммунной системы и функциональном состоянии противоинфекционного иммунитета. Данный подход представляется перспективным как с точки зрения реализации фундаментальных научных исследований, так и для практического здравоохранения. Особое значение имеет его ориентация на отечественную технологическую и приборную базу, что позволяет эффективно решать вопрос импортозамещения в области высокотехнологичной продукции научного и медицинского назначения.
Новые технологии и методы, основанные на отечественном детектирующем оборудовании с повышенными пропускными характеристиками, позволяют эффективно решить проблему доукомплектования профильных медицинских учреждений и внедрения молекулярно-генетических методов в медицинскую практику, не прибегая к закупкам дорогостоящего импортного оборудования. Разработанные методы могут быть использованы в широкой медицинской практике при иммунологическом и генетическом консультировании пациентов, а также в профильных медицинских учреждениях для оценки риска развития осложнений терапевтического радиационного воздействия. Созданные сертифицированные реагенты и приборы позволили усовершенствовать технологии ПЦР-РВ, повысить эффективность данного метода и нашли широкое применение как в прикладных, так и в фундаментальных исследованиях, выполняемых в научно-исследовательских и клинических учреждениях как в России, так и за рубежом.
Список литературы
-
Агеева A.M., Гонгарик О.О., Межерицкий С.А., Литвяков Н.В. Полиморфизм генов репарации в развитии злокачественных новообразований на фоне низкоинтенсивного облучения. Сибирский онкологический журнал. 2010. № 1. Прил. С. 11–13.
-
Аклеев А.В. Хронический лучевой синдром у жителей прибрежных сел реки Теча. Челябинск : Книга, 2012. 464 с.
-
Пелевина И.И., Николаев В.А., Готлиб В.И., Афанасьев Г.Г., Козлова Л.Е., Серебряный A.M. и др. Адаптивная реакция лимфоцитов крови людей, подвергшихся хроническому воздействию радиации в малых дозах. Радиационная биология. Радиоэкология. 1994. Т. 34, № 6. Р. 805–817.
-
Уткин К.В. и др. Установление генетических маркеров устойчивости и чувствительности человека к радиационному воздействию. Иммунология. 2013. Т. 34, № 2. С. 149–151.
-
Уткин К.В. и др. Иммуногенетика: новые возможности в решении задач профилактики и прогнозирования эффектов радиации малых и средних доз на индивидуальном уровне. Иммунология. 2015. Т. 36, № 6. С. 332–336.
-
Уткин К.В., Батенева Е.И., Абрамов Д.Д., Аклеев А.В., Кофиади И.А., Трофимов Д.Ю. и др. Возможности применения молекулярно-генетических технологий для решения задач радиационной иммуногенетики. Физиология и патология иммунной системы. Иммунофармогеномика. 2013. Т. 17, № 3. С. 3–13.
-
Хаитов P.M., Алексеев Л.П., Аклеев А.В., Трофимов Д.Ю., Кофиади И.А. Поиск иммуногенетических полиморфизмов, ассоциированных с чувствительностью к радиационному воздействию — путь к повышению биобезопасности государства. Физиология и патология иммунной системы. Иммунофармакогеномика. 2012. Т. 16, № 10. С. 3–15.
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю. Иммуногеномика и генодиагностика человека : национальное руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2017. 256 с.
-
Элленхорн М.Дж. Медицинская токсикология: диагностика и лечение отравлений у человека : в 2 т. Т. 1. Москва : Медицина, 2003. 1048 с.
-
Ghoussaini M., Song H., Koessler Т., Al Olama A.A., Kote-Jarai Z., Driver K.E. et al. Multiple loci with different cancer specificities within the 8q24 gene desert. J. Natl Cancer Inst. 2008. Vol. 100, N 13. P. 962–966.
-
Gonzalez-Vasconcettos I., Domke Т., Kuosaite V., Esposito I., Sanli-Bonazzi В., Nathrath M. et al. Differential effects of genes of the Rbl signalling pathway on osteosarcoma incidence and latency in alpha-particle irradiated mice. Radiat. Environ. Biophys. 2011. Vol. 50, N 1. P. 135–141.
-
Hanayama R., Tanaka M., Miwa K., Shinohara A., Iwamatsu A., Nagata S. Identification of a factor that links apoptotic cells to phagocytes. Nature. 2002. Vol. 417, N 6885. P. 182–187.
-
Health Risks from Exposure to Low Levels of Ionizing Radiation: BEIR VII Phase 2. Washington, DC : The National Academies Press, 2006.
-
Hosking F.J., Feldman D., Bruchim R., Olver В., Lloyd A., Vijayakrishnan J. et al. Search for inherited susceptibility to radiation-associated meningioma by genomewide SNP linkage disequilibrium mapping. Br. J. Cancer. 2011. Vol. 104, N 6. P. 1049–1054.
-
Ни Z. Ma H., Lu D., Zhou]., Chen Y., Xu L. et al. A promoter polymorphism (-77T>C) of DNA repair gene XRCC1 is associated with risk of lung cancer in relation to tobacco smoking. Pharmacogen. Genomics. 2005. Vol. 15, N 7. P. 457–463.
-
Hulsmeyer M., Hillig R.C., Volz A., Ruhl M., Schroder W., Saenger W. et al. HLA-B27 subtypes differentially associated with disease exhibit subtle structural alterations. J. Biol. Chem. 2002. Vol. 277, N 49. P. 7844–7853.
-
Ichimaru M., Ishimaru T. Review of thirty years study of Hiroshima and Nagasaki atomic bomb survivors. II. Biological effects. D. Leukemia and related disorders. J. Radiat. Res. 1975. Vol. 16, suppl. P. 89–96.
-
Kiemeney L.A., Thorlacius S., Sulem P., Getter R, Aben K.K., Stacey S.N. et al. Sequence variant on 8q24 confers susceptibility to urinary bladder cancer. Nat. Genet. 2008. Vol. 40, N 11. P. 1307–1312.
-
Krestinina L.Y., Preston D.L., Ostroumova E.V., Degteva M.O., Ron E., Vyushkova O.V. et al. Protracted radiation exposure and cancer mortality in the Techa River Cohort. Radiat. Res. 2005. Vol. 164, N 5. P. 602–611.
-
Krestinina L.Y., Davis F., Ostroumova E., Epifanova S., Degteva M., Preston D. et al. Solid cancer incidence and low-dose-rate radiation exposures in the Techa River cohort: 1956–2002. Int. J. Epidemiol. 2007. Vol. 36, N 5. P. 1038–1046.
-
Kyoizumi S., Umeki S., Akiyama M., Hirai Y., Kusunoki Y., Nakamura N. et al. Frequency of mutant T lymphocytes defective in the expression of the T-cell antigen receptor gene among radiation-exposed people. Mutat. Res. 1992. Vol. 265, N 2. P. 173–180.
-
Lichtenstein P., Holm N.V., Verkasalo P.K., lliadou A., Kaprio J., Koskenvuo M. et al. Environmental and heritable factors in the causation of cancer — analyses of cohorts of twins from Sweden, Denmark, and Finland. N. Engl. J. Med. 2000. Vol. 343, N 2. P. 78–85.
-
Little M.P., Wakeford R., Tawn E.J., Bouffler S.D., Berrington de Gonzalez A. Risks associated with low doses and low dose rates of ionizing radiation: why linearity may be (almost) the best we can do. Radiology. 2009. Vol. 251, N 1. P. 6–12.
-
Lodolce J.P, Boone D.L., Chai S., Swain R.E., Dassopoulos Т., Trettin S. et al. IL-15 receptor maintains lymphoid homeostasis by supporting lymphocyte homing and proliferation. Immunity. 1998. Vol. 9, N 5. P. 669–676.
-
Newhauser W.D., Durante M. Assessing the risk of second malignancies after modern radiotherapy. Nat. Rev. Cancer. 2011. Vol. 11, N 6. P. 438–448.
-
Odaka С, Mizuochi T. Macrophages are involved in DNA degradation of apoptotic cells in murine thymus after administration of hydrocortisone. Cell Death Differ. 2002. Vol. 9, N 2. P. 104–112.
-
Pomerantz M.M., Ahmadiyeh N., Jia L., Herman P., Verzi M.P., Doddapaneni H. et al. The 8q24 cancer risk variant rs6983267 shows long-range interaction with MYC in colorectal cancer. Nat. Genet. 2009. Vol. 41, N 8. P. 882–884.
-
Pratesi N., Mangoni M., Mancini I., Paiar F., Simi I., Livi L. et al. Association between single nucleotide polymorphisms in the XRCC1 and RAD51 genes and clinical radiosensitivity in head and neck cancer. Radiother. Oncol. 2011. Vol. 99, N 3. P. 356–361.
-
Sankaranarayanan K. Ionizing radiation and genetic risks. III. Nature of spontaneous and radiation-induced mutations in mammalian in vitro systems and mechanisms of induction of mutations by radiation. Mutat. Res. 1991. Vol. 258, N 1. P. 75–97.
-
Stewart-Jones G.B., Simpson P., van der Merwe P.A., Easterbrook P., McMichael A.J., Rowland-Jones S.L et al. Structural features underlying T-cell receptor sensitivity to concealed MHC class I micropolymorphisms. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2012. Vol. 109, N 50. P. E3483–E3492.
-
Tan J.T., Ernst В., Kieper W.C., LeRoy E., Sprent J., Surh C.D. Interleukin (IL)-15 and IL-7 jointly regulate homeostatic proliferation of memory phenotype CD8+ cells but are not required for memory phenotype CD4+ cells. J. Exp. Med. 2002. Vol. 195, N 12. P. 1523–1532.
-
Yeager M., Orr N., Hayes R.B., Jacobs K.B., Kraft P., Wacholder S. et al. Genome-wide association study of prostate cancer identifies a second risk locus at 8q24. Nat. Genet. 2007. Vol. 39, N 5. P. 645–649.
Глава 6. Общая характеристика коронавирусов
Коронавирусы (CoVs) представляют собой наиболее крупную группу известных РНК-вирусов (геном представлен смысловой одноцепочечной РНК [29]. Они способны вызывать респираторные и кишечные инфекции у животных и людей. Природными хозяевами коронавирусов являются птицы, летучие мыши, верблюды и некоторые другие животные [10, 29, 54]. Коронавирусы вызывают у человека заболевания различной степени тяжести — от легкой простуды до тяжелого заболевания дыхательных путей [4, 67]. В последние десятилетия описан ряд инфекционных заболеваний, вызываемых коронавирусами, которые представляют собой глобальную угрозу для здоровья населения, в том числе — тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС, SARS, возбудитель — SARS-CoV) и ближневосточный респираторный синдром (БВРС, MERS, возбудитель — MERS-CoV). Коронавирус SARS-CoV-2, обнаруженный в 2019 г., является возбудителем заболевания, названного COVID-19. Его глобальное распространение стало серьезным вызовом общественному здравоохранению и мировой экономике. К настоящему времени в мире зарегистрировано более 417 млн случаев заболевания COVID-2019 и более 5,8 млн случаев смерти от этого заболевания [71]. SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2 являются объектом пристального внимания структур здравоохранения во всем мире из-за их высокой инфекционности и патогенности.
Ниже будет представлена информация о заболеваниях, вызываемых коронавирусами, а также о роли врожденного и адаптивного иммунитета в защите хозяина от CoV-индуцированного воспаления легочной ткани, в патогенезе коронавирусной инфекции и в лечении пациентов.
6.1. Представители семейства коронавирусов
Коронавирусы широко распространены в природе. Название вирусов этой группы дано из-за их внешнего сходства с короной (рис. 6-1 А). Эти вирусы принадлежат к отряду Nidovirales , семейству Coronaviridae, подсемейству Coronavirinae . Подсемейство коронавирусов генотипически и серологичеcки подразделяется на 4 рода: Alphacoronavirus , Betacoronavirus , Gammacoronavirus и Deltacoronavirus . β-Коронавирусы подразделяются на 4 линии — A–D. Описано около 30 коронавирусов, которые инфицируют человека, других млекопитающих, домашнюю птицу, ряд других животных. Коронавирусы, принадлежащие к родам Alphacoronavirus и Betacoronavirus , способны инфицировать млекопитающих, в том числе человека, коронавирусы родов Gammacoronavirus и Deltacoronavirus в основном инфицируют птиц [69]. MERS-CoV принадлежит к роду Betacoronavirus , подроду Merbecovirus . SARS-CoV и SARS-CoV-2 принадлежат к роду Betacoronavirus (betaCoVs), подроду Sarbecovirus. Известно 7 коронавирусов, способных инфицировать человека: 229E, OC43, NL63, HKU1, SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2. Коронавирусы 229E, OC43, NL63, HKU1 вызывают незначительные легкие респираторные заболевания. MERS-CoV, SARS-CoV и SARS-CoV-2 являются возбудителями зоонозов и приводят к развитию тяжелых респираторных заболеваний [2–4, 22, 23, 43].
Коронавирусы являются широко распространенными патогенами человека. В частности, в Китае антитела к коронавирусам выявлены у 30–60% обследованного населения. Вирусные инфекции главным образом поражают верхние дыхательные пути. Развитие инфекции сопровождается повышением температуры, головной болью, кашлем, у некоторых пациентов инфекция может захватывать нижние дыхательные пути. Напротив, SARS‐CoV- и MERS‐CoV-инфекции могут оставаться бессимптомными на ранней стадии заболевания до развития тяжелой пневмонии, одышки, почечной недостаточности и даже летального исхода. Как показали гистопатологические исследования ткани легких, при SARS наблюдаются отеки, воспалительная клеточная инфильтрация, выраженное слущивание альвеолярного эпителия, расширение и повреждение альвеолярных перегородок, инфильтрация альвеолярного пространства. Таким образом SARS-CoV-инфекция может вызывать патологические изменения легочной ткани, ее дегенерацию, инфильтрацию и гиперплазию. Повреждение интерстициальных стенок легочных артерий свидетельствует, что воспалительный ответ играет важную роль в патогенезе заболевания, вызываемого коронавирусом.
6.2. Структура и жизненный цикл коронавирусов
Коронавирусы являются оболочечными вирусами. Их геном представлен одноцепочечной смысловой РНК размером 26–32 тысяч пар нуклеотидов [39]. Это наиболее крупный геном среди РНК-вирусов. Геномная (+)РНК SARS-CoV-2 включает около 30 000 нуклеотидов и кодирует 9860 аминокислот. Геном SARS-CoV-2 на 80% совпадает с геномом SARS-CoV [18, 20]. Это позволяет сделать предположение, что происхождение и эволюция вируса связана с летучими мышами.
Геном SARS-CoV-2 кодирует 4 основных структурных белка и 16 неструктурных белков (NSP). К структурным белкам относятся белок шипа (S), белок оболочки (E, envelope), мембранный белок (М, membrane), нуклеокапсидный белок (N, nucleocapsid) (рис. 6-1) [18]. Диаметр вириона SARS-CoV-2 составляет 60 140 нм. Вирион имеет фосфолипидную бислойную оболочку, в состав которой входит ряд белков. У всех коронавирусов имеется гликопротеин шипа (S, spike). Между S-белками располагаются белки E и трансмембранные М-белки [2, 40]. У некоторых коронавирусов присутствует гемагглютинин-эстераза (HE).

S-белок образует шипы на поверхности коронавируса и обеспечивает связывание SARS-CoV-2 с рецептором АСЕ2 клетки хозяина, что приводит к слиянию вируса и клетки и началу патогенетического процесса. S-белок состоит из двух субъединиц — S1 и S2. S1-субъединица содержит рецептор-связывающий домен (RBD), который непосредственно взаимодействует с рецептором АСЕ2. S2-субъединица опосредует слияние мембран вируса и клетки хозяина [18]. В составе S-белка SARS-CoV-2 обнаружен фурин-чувствительный сайт в районе соединения S1- и S2-субъединиц. Этот сайт отличает S-белок SARS-CoV-2 от соответствующего белка SARS-CoV. [64]. Предполагается, что фурин-расщепляемый мотив вносит вклад в высокоаффинное связывание SARS-CoV-2 с рецептором АСЕ-2, расширенный тропизм и трансмиссию вируса. S-белок является основным компонентом вируса, определяющим его вирулентность [2, 8].
N-белок формирует нуклеокапсид, который располагается внутри вириона и защищает вирусную РНК. После попадания в клетку хозяина N-белок участвует в транскрипции мРНК и репликации РНК-генома. Также он участвует в передаче сигнала, приводящего к отпочковыванию вирусной частицы [46].
Белки M и E являются важными компонентами вирусной оболочки и играют существенную роль в жизненном цикле вируса. Белки M и Е участвуют в сборке вируса и его отпочковывании [29, 56]. Белок E, наряду с S-белком, относится к основным факторам вирулентности и участвует в секреции воспалительных факторов [49, 50].
SARS-CoV-2, как и SARS-CoV, передается воздушно-капельным путем [60]. После попадания вируса в дыхательные пути S-белок связывается с рецептором ACE2, который широко экспрессируются на различных клетках, включая респираторный эпителий, альвеолярные моноциты и макрофаги, а также ткани миокарда, почек, печени и желудочно-кишечного тракта. В качестве альтернативных рецепторов SARS-CoV-2, как и SARS-CoV, может также использовать CD209L и CD147, хотя связывание происходит с гораздо более низкой аффинностью [4, 37, 65]. Использование альтернативных рецепторов может частично объяснить высокий уровень передачи SARS-CoV-2, поскольку они обеспечивают значительную инфекционность даже при взаимодействии вируса с клетками, который имеют низкую экспрессию ACE2. Опосредованный альтернативными рецепторами вход вируса в клетку-мишень зависит от клеточных протеаз, в том числе трипсиноподобной протеазы дыхательных путей человека (HAT) [12], трансмембранной сериновой протеазы 2 (TMPRSS2) [32] и катепсинов. Эти протеазы осуществляют расщепление S-белка, что необходимо для последующего проникновения.
Связывание вируса с рецептором происходит через RBD-домен S1-субъединицы S-белка, а слияние оболочки вируса с плазматической мембраной клетки-мишени опосредуется S2-субъединицей [79]. После связывания с рецептором сериновая протеаза 2, катепсин и другие протеазы вызывают расщепление S-белка с отделением S1-субъединицы и открытием Н1- и Н2-участков S2-субъединицы. Эти участки взаимодействуют с клеточной мембраной и формируют структуру слияния, которая состоит из 6 спиральных антипараллельных пептидов. После слияния вирусной оболочки с мембраной клетки хозяина вирусная РНК высвобождается в цитоплазму [9, 11]. Происходит трансляция ORF1a и ORF1b с образованием перекрывающихся полипротеинов pp1a и pp1b. Эти полипротеины разрезаются вирусной папаин-подобной протеазой и химотрипсин-подобной протеазой (кодируются ORF1a) с образованием 16 неструктурных белков, которые формируют РНК-репликационно-транскрипционный комплекс (RTC). При синтезе вирусной РНК образуются как геномная РНК, так и мРНК структурных белков [13, 56]. Синтез этих РНК происходит при участии РНК-зависимой РНК полимеразы (RdRp) с образованием промежуточной антисмысловой РНК (-РНК) [29]. Затем происходит трансляция структурных S-, M-, E- и N-белков. В результате сборки N-белка формируется нуклеокапсид, в котором инкапсулирована геномная РНК вируса. S-, E- и M-белки встраиваются в мембрану эндоплазматического ретикулума и инициируют сборку зрелых вирионов. Сформированный вирион отпочковывается от эндоплазматического ретикулума-промежуточного отдела комплекса Гольджи (ERGIC), после чего высвобождается из инфицированной клетки путем экзоцитоза [14, 77].
Эпидемиологические и биологические характеристики SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2 обобщены в табл. 6-1 [5, 6, 35, 43, 53, 57, 64, 70, 82].
Характеристика | SARS-CoV | MERS-CoV | SARS-CoV-2 | |
---|---|---|---|---|
Клиническая эпидемиология |
Общее количество случаев заболевания |
8096 |
2494 |
>417 млн |
Количество смертельных случаев |
774 |
858 |
>5,8 млн |
|
Смертность |
9.6% |
34.4% |
6.8% |
|
Количество стран, затронутых инфекцией |
29 |
27 |
216 |
|
Уровень распространения |
Глобальный |
Региональный |
Глобальный |
|
Преимущественный рецептор |
Ангиотензин-превращающий фермент 2 человека (ACE2) |
Дипептидил-пептидаза 4 человека (DPP4/CD26) |
Ангиотензин-превращающий фермент 2 человека (ACE2) |
|
Рецептор-связывающая аффинность |
Высокая |
Высокая |
Выше, чем у SARS-CoV |
|
Механизм патогенеза |
Первичная инфекция ресничных клеток эпителия бронхов и пневмоцитов II типа, что приводит к массивной репликации вируса и повреждению клеток |
Первичная инфекция нересничных клеток эпителия бронхов и пневмоцитов II типа, что приводит к массивной репликации вируса и повреждению клеток |
Первичная инфекция ресничных клеток эпителия бронхов и пневмоцитов II типа, что приводит к массивной репликации вируса и повреждению клеток |
6.3. Эпидемически значимые штаммы и вызываемые ими заболевания (MERS, SARS, COVID-19)
В конце 2019 — начале 2020 года в г. Ухань, Китай, были описаны множественные случаи неизвестной ранее вирусной инфекции, вызывающей пневмонию. Возбудитель этой инфекции был идентифицирован как новый штамм коронавируса, инфекционный для человека [83], и получил официальное наименование 2019-CoV [73]. В феврале 2020 г. Международный комитет по систематике вирусов присвоил этому вирусу наименование «коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2» («Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2») (SARS-CoV-2). [24]. Инфекция достаточно быстро распространилась по миру. Если в 20-х числах января 2020 г. было отмечено немногим более 300 подтвержденных случаев инфекции новым вирусом, в том числе 6 смертельных случаев [75], то, как указывалось выше, к настоящему времени число инфицированных превысило 417 млн человек, более 5,8 млн из них скончалось [71]. Вслед за Китаем новая SARS-CoV-2-инфекция была выявлена в Таиланде, Японии, Южной Корее и к настоящему времени обнаружена практически во всех странах мира. SARS-CoV-2 вызывает потенциально смертельное заболевание, которое в феврале 2020 г. получило название COVID-19 (CoronaVirus Disease-19). [76]. 11 марта 2020 года ВОЗ объявила пандемию этого заболевания.
В последние десятилетия новые коронавирусные инфекции периодически появлялись в различных регионах мира. COVID-19 является третьим известным зоонозным коронавирусным заболеванием [5] после атипичной пневмонии (тяжелого острого респираторного синдрома) (ТОРС, SARS) и средне-восточного респираторного синдрома (БВРС, MERS). Атипичная пневмония — это зооноз, вызываемый вирусом SARS-CoV (Severe acute respiratory syndrome coronavirus), который передается человеку от циветт [35]. Заболевание отмечено в 29 странах. Вирусом SARS-CoV, обнаруженным в 2002 г. [52], было инфицировано 8422 человека, во время эпидемии скончались 916 человек (уровень смертности — около 11%) [72]. Cредневосточный респираторный синдром, вызываемый высокопатогенным коронавирусом MERS-CoV (Middle East respiratory syndrome coronavirus) [80], который передается человеку от верблюдов-дромадеров [6], в 2012 г. был выявлен в 27 странах. Зарегистрировано более 2400 случаев вирусной инфекции и 858 связанных с ней случаев смерти (уровень смертности 34,4–35%) [74].
Описанные эпидемии и нынешняя пандемия показывают, что коронавирусы представляют собой постоянную угрозу для человечества и экономики, так как вызывают неожиданные вспышки инфекции, легко распространяются и приводят к катастрофическим последствиям [1].
6.3.1. Передача вируса
Началом пандемии SARS-COV-2-инфекции считается вспышка заболевания среди посетителей продуктового рынка в Ухане (Китай) в 2019 г. [58, 83]. Считается, что вирус SARS-COV-2 имеет животное происхождение [58, 82, 83]. При анализе генома SARS-CoV-2 обнаружена 90% гомология с геномом вирусов летучих мышей SL-CoVZXC21 и SL-CoVZC45 [44]. Это позволило предположить, что летучие мыши стали источником передачи SARS-COV-2 человеку. Основным механизмом вирусной трансмиссии является передача вируса от человека к человеку, что привело к широкому распространению SARS-CoV-2-инфекции. Распространителями вируса могут быть инфицированные индивидуумы, в том числе в период, предшествующий проявлению симптомов заболевания, или при бессимптомном течении инфекции [16].
Вирус передается от человека к человеку при прямом контакте, либо воздушно-капельным путем при чихании или кашле [47]. Исследование стабильности SARS-CoV-2 в аэрозолях и на различных поверхностях при различных условиях окружающей среды показало, что в аэрозолях SARS-CoV-2 оставался жизнеспособным в течение 3 ч. Вирус оставался жизнеспособным в течение 24 ч на поверхности картона, 72 ч на поверхности из нержавеющей стали и пластика, 4 ч — на медной поверхности [60]. Тяжесть течения SARS-CoV-2-инфекции ниже, чем атипичной пневмонии или MERS, однако уровень инфекционности SARS-CoV-2 намного выше, чем у других коронавирусов. Инфекционность SARS-CoV-2 достигает своего наивысшего уровня незадолго до появления симптомов. Выделение вируса начинается за 2-3 дня до появления первых симптомов. Через 8 дней после появления симптомов вирусная нагрузка может значительно снижаться [36].
Поскольку передачу вируса могут осуществлять бессимптомные носители, это способствует широкому распространению заболевания, что в течение нескольких недель приводит к развитию эпидемии (а впоследствии — и пандемии), поэтому трудно достичь эффекта таких профилактических мер, как карантин и изоляция. Таким образом, разработка эффективной вакцины для предотвращения дальнейшего распространения коронавирусной инфекции имеет чрезвычайную важность.
Ввиду высокой инфекционности, патогенности и глобальной распространенности SARS-CoV-2, вызываемое им заболевание представляет существенную значимость для практического здравоохранения. Наиболее эффективной технологией противодействия инфекционным заболеваниям является вакцинация. Разработка эффективной вакцины против COVID-19 представляет собой одно из важнейших направлений современной биомедицины. Не менее важна разработка специфических противовирусных препаратов для лечения заболевших людей. В настоящее время к медицинскому применению разрешено несколько вакцин и лекарственных препаратов. Интенсивные исследования в этом направлении продолжаются.
В последующих разделах будут рассмотрены основные вакцинные антигены SARS-CoV-2, стратегии конструирования вакцин против COVID-19, проанализированы способы повышения эффективности вакцин с помощью адъювантов. Отдельное внимание будет уделено современным лекарственным препаратам против новой коронавирусной инфекции.
6.3.2. Современная эпидемиологическая ситуация
Со времени объявления ВОЗ пандемии SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 (11 марта 2020 г.) волны этого заболевания продолжают распространяться. По состоянию на середину февраля 2022 г. общее количество случаев SARS-CoV-2-инфекции в мире превысило 417 млн, количество смертельных случаев превысило 5,8 млн. Наибольшее число случаев инфекции (66 421 749) и смертельных случаев (851 730) зарегистрировано в США. В России общее число случаев SARS-CoV-2-инфекции превысило 14,8 млн, количество смертельных случаев превысило 343 тыс.
Адаптивные мутации в вирусном геноме способны изменять его патогенный потенциал. Даже одна аминокислотная замена может кардинально повлиять на способность вируса уклоняться от действия иммунной системы и затруднить разработку вакцины против COVID-19 [2, 3, 30]. SARS-CoV-2, как и другие РНК-вирусы, подвержен генетической эволюции при адаптации к новому хозяину — человеку. Появление мутаций с течением времени приводит к появлению множества вариантов, которые могут отличаться по ряду характеристик от предковых штаммов. Периодическое геномное секвенирование вирусных образцов помогает выявлять новые циркулирующие генетические варианты SARS-CoV-2. На ранней стадии пандемии генетическая эволюция SARS-CoV-2 была минимальной с появлением глобально доминирующего штамма D614G, который отличался от предкового штамма более высоким уровнем передачи, но без увеличения тяжести заболевания [38]. В Дании был выявлен еще один вариант, передающийся человеку от норок, которых разводили в зверохозяйствах, однако этот вариант не обладал повышенной передачей [51]. С тех пор описано множество вариантов SARS-CoV-2, некоторые из которых были связаны с повышенной способностью к передаче или вирулентностью, снижением нейтрализации антителами, полученными в результате естественной инфекции или вакцинации, снижением эффективности терапии или вакцинации. По данным ВОЗ, со времени начала пандемии было выявлено 5 эпидемически значимых штаммов (вариантов) SARS-CoV-2:
-
альфа (B.1.1.7), впервые описан в Великобритании в конце декабря 2020 г.;
-
бета (B.1.351), впервые выявлен в Южной Африке в декабре 2020 г.;
-
гамма (P.1), впервые выявлен в Бразилии в начале января 2021 г.;
-
дельта (B.1.617.2), впервые выявлен в Индии в декабре 2020 г.;
-
омикрон (B.1.1.529): впервые выявлен в Южной Африке в ноябре 2021.
Все эти варианты имеют мутации в участках RBD и NTD (N-концевый домен). Мутация N501Y в участке RBD связана с десятикратным увеличением аффинности связывания S-белка с рецептором ACE 2 по сравнению с исходным вариантом (N501-RBD), что приводит к значительному усилению прикрепления вируса и его последующего проникновения в клетки хозяина. Эта мутация является общей для всех вариантов, кроме варианта дельта. NTD и RBD служат основными мишенями для нейтрализующих антител [2, 21]. У штаммов бета (B.1.351) и гамма (P.1), в RBD которых имеются мутации N417/K848/Y501, аффинность связывания S-белков с рецептором ACE2 была намного ниже, чем у варианта N501Y-RBD [41, 42]. Штамм омикрон обладает наибольшим количеством мутаций и характеризуется наибольшей контагиозностью по сравнению с другими эпидемически значимыми штаммами. Несмотря на высокие темпы разработки вакцин против COVID-19 и расширение массовой вакцинации, включая бустерную вакцинацию, продолжающееся появление новых штаммов SARS-CoV-2 угрожает свести на нет результаты усилий по противодействию распространения SARS-CoV-2.
По предложению ВОЗ и Центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC) новые варианты SARS-CoV-2 классифицируют «варианты, вызывающие обеспокоенность» (variants of concern, VOCs) и «варианты, вызывающие интерес» (variants of interest, VOIs). Перечисленные выше штаммы относятся к «вариантам, вызывающим обеспокоенность», VOCs.
6.3.3. Эпидемически значимые штаммы SARS-CoV-2 («варианты, вызывающие обеспокоенность»)
Штамм альфа (B.1.1.7), также обозначаемый GRY(GR/501Y.V1), был выявлен в конце декабря 2020 г. в Великобритании при полногеномном анализе образцов, полученных от пациентов с подтвержденной SARS-CoV-2-инфекцией [30, 62]. Геном варианта B.1.1.7 включает 17 мутаций. 8 из них находятся в S-белке (делеции аминокислот Δ69-70, Δ144, замены аминокислот N501Y, A570D, P681H, T716I, S982A, D1118H). Наличие мутации связано с повышением аффинности связывания S-белка вируса с рецептором АСЕ2, что приводило к усилению прикрепления вируса к клетке и его последующего проникновения в клетку хозяина [24, 63, 78]. Вариант B.1.1.7 отличался от предшествующего варианта более высокой (на 42–83%) трансмиссивностью, что позволило ему стать доминирующим штаммом в Великобритании [24]. В ряде когортных исследований было показано повышение в 1,6 раза смертности среди пациентов, инфицированных штаммом альфа по сравнению с пациентами, инфицированными ранее циркулирующими штаммами SARS-CoV-2 [17, 26, 27, 33, 62]. На территории США штамм B.1.1.7 также был обнаружен в конце декабря 2020 г.
Штамм бета (B.1.351), также обозначаемый как Beta variant или GH501Y.V2, имеющий множественные мутации в S-белке, стал причиной 2-й волны COVID-19 в октябре 2020 г. в Южной Африке [59]. Для штамма бета характерно наличие 9 мутаций в S-белке (L18F, D80A, D215G, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G и A701V), 3 из которых (K417N, E484K и N501Y) локализованы в участке RBD и способствуют увеличению аффинности связывания с рецептором АСЕ2 [48, 68, 78]. Штамм бета имеет повышенную способность к передаче и менее чувствителен к нейтрализации при терапии моноклональными антителами, сыворотками выздоровевших пациентов или сыворотками, полученными от вакцинированных доноров [66]. На территории США штамм бета был обнаружен в конце января 2021 г.
Штамм гамма (P.1), также обозначаемый как Gamma variant, B.1.1.28 или GR/501Y.V3, был выявлен в декабре 2020 г. в Бразилии. В США этот вариант SARS-CoV-2 был зарегистрирован в январе 2021 г. [28]. Штамм гамма несет 10 мутаций в S-белке (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, H655Y, T1027I V1176, K417T, E484K и N501Y), 3 мутации (L18F, K417N, E484K) расположены в участке RBD, как и в штамме В.1.351[28]. В конце марта 2021 г. штамм гамма был выявлен в 45 странах. Штамм гамма имеет сниженную чувствительность к нейтрализации при терапии моноклональными антителами, конвалесцентными и поствакцинационными сыворотками [66].
Штамм дельта (B.1.617.2), также обозначаемый Delta variant, был идентифицирован в Индии в декабре 2020 г. Он стал причиной 2-й волны заболеваемости COVID-19, которая была отмечена в апреле 2021 г. и характеризовалась повышенной смертностью. Штамм дельта распространился по всему миру и в мае-июне 2021 г. стал доминирующим инфекционным штаммом SARS-CoV-2. Штамм дельта имеет 10 мутаций в S-белке (T19R, G142D, Δ156, Δ157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N). Штамм дельта имеет повышенную способность к передаче, вызываемое им заболевание имеет более тяжелое течение и повышенную смертность. В Великобритании описаны два новых варианта штамма дельта. В середине июня 2021 г. идентифицирован вариант AY.1 (дельта-плюс), который представляет собой штамм B.1.617.2 с дополнительной мутацией K417N в S-белке. В октябре 2021 г. обнаружен вариант AY.4.2, который несет две дополнительные мутации в S-белке — Y145H и A222V. Вариант AY.4.2 на 10–15% заразнее штамма дельта [55].
Штамм омикрон (B.1.1.529), также обозначаемый как Omicron variant, выявлен в конце ноября 2021 г. в Южной Африке после всплеска заболеваемости COVID-19 [61]. Штамм омикрон был причислен к категории «вызывающих обеспокоенность» из-за наличия более 30 мутаций в S-белке и быстрому росту заболеваемости в популяции [15]. Выявленные мутации S-белка локализованы в N-концевой части (ΔN211/L212I, ΔY145, ΔY144, ΔY143, G142D, T95I, ΔV70, ΔH69, A67V), в участке RBD (Y505H, N501Y, Q498R, G496S, Q493R, E484A, T478K, S477N, G446S, N440K, K417N, S375F, S373P, S371L, G339D), пептиде слияния (D796Y), гептадном повторе 1 (L981F, N969K, Q954H). Мутации выявлены в белке E (T91), нуклеокапсидном белке (P13L, ΔE31, ΔR32, ΔS33, R203K, G204R), белке матрикса (D3G, Q19E, A63T). Также обнаружены множественные мутации в неструктурных белках [34]. Мутации S-белка K417N (эта мутация присутствует в штамме бета) и E484A связывают с чрезвычайно разрушительным действием штамма омикрон и возможным уходом его от действия иммунного ответа, индуцируемого вакцинами [19]. Моделирование показывает, что контагиозность штамма омикрон в 13 раз выше, чем у исходного варианта SARS-CoV-2 и в 2–2,8 раза выше, чем у штамма дельта [19]. Штамм омикрон потенциально в 2 раза менее чувствителен к действию терапевтических моноклональных антител (например, производства Eli Lilly).
Коронавирус продолжает эволюционировать — во многих странах территорию быстро завоевывает новый подвид штамма омикрон, получивший обозначение BA.2. ВА.2 имеет те же мутации шиповидного белка, что и ВА.1, но также и новые мутации в других областях вирусного генома, значение которых пока неизвестно. В Дании доля BA.2 увеличилась за 2 нед с 20% до 45%. В Британии его распространенность тоже растет, но доминирующим пока остается изначальный вариант штамма омикрон BA.1. Сообщается, что BA.2 еще более заразен, но клиническое течение BA.2-инфекции не отличается от заболевания, вызванного вариантом BA.1. BA.2 не идентифицируется специальной разновидностью ПЦР-тестов, мимикрируя под штамм дельта. Достоверно диагностировать BA.2 можно пока только путем полного секвенирования генома [45].
6.3.4. Штаммы SARS-CoV-2, «вызывающие интерес»
Такие штаммы определяются как варианты со специфическими генетическими маркерами, связанными с изменениями, которые могут вызвать повышенную трансмиссивность или вирулентность, снижение нейтрализации антителами, полученными в результате естественной инфекции или вакцинации, затрудненную идентификацию, снижение эффективности терапии или вакцинации. От начала пандемии до настоящего времени в ВОЗ было зарегистрировано 8 «представляющих интерес» вариантов SARS-CoV-2 (VOIs): эпсилон (B.1.427 и B.1.429); зета (Р.2); эта (B.1.525); тета (Р.3); йота (B.1.526); каппа (B.1.617.1 и В.1.617.1.1); лямбда (C.37) и мю (B.1.621) [7].
Штамм эпсилон (варианты B.1.427 и B.1.429), также обозначаемый CAL.20C / L452R, обнаружен в США в июне 2020 г. С сентября 2020 года к концу 29 января 2021 года количество случаев инфицирования этим штаммом выросло от 0% до > 50%, что свидетельствует об увеличении трансмиссивности на 18–24% по сравнению с циркулирующими штаммами дикого типа. Варианты штамма эпсилон содержат специфические наборы мутаций: B.1.427–L452R, D614G; B.1.429–S13I, W152C, L452R, D614G. Повышенная трансмиссивность дала CDC основание отнести штамм эпсилон в США к категории «вызывающий обеспокоенность» [81.]
Штамм зета (Р.2) впервые был выявлен в Бразилии в апреле 2020 г. Этот штамм имеет следующие ключевые мутации S-белка: L18F, T20N, P26S, F157L, E484K, D614G, S929I, V1176F. Из-за потенциального снижения нейтрализации при лечении моноклональными антителами и поствакцинальными сыворотками этот вариант был переклассифицирован ВОЗ и CDC как «вызывающий обеспокоенность» (VOI).
Штаммы эта (B.1.525) и йота (B.1.526) были идентифицированы в Нью-Йорке в ноябре 2020 г. Ключевые мутации S-белка этих вариантов: B.1.525 — A67V, Δ69/70, Δ144, E484K, D614G, Q677H, F888L; B.1.526 — L5F, T95I, D253G, S477N, E484K, D614G, A701V. Штаммы эта и йота были классифицированы CDC и ВОЗ как «варианты, представляющие интерес» из-за потенциального снижения их чувствительности к нейтрализации при лечении антителами и поствакцинальными сыворотками.
Штамм тета (Р.3), также обозначаемый GR/1092K.V1, был впервые обнаружен на Филиппинах и в Японии в феврале 2021 г. S-белок это штамма несет ключевые мутации Δ141-143, E484K, N501Y, P681H. Благодаря наличию мутации N501Y этот вариант вируса потенциально имеет повышенную аффинность связывания с рецептором АСЕ2. Штамм тета классифицирован ВОЗ как «вариант, представляющий интерес» (VOI).
Штамм кaппa (B.1.617.1 и B.1.617.3) был впервые обнаружен в Индии в декабре 2021 г. S-белок этого штамма содержит ключевые мутации T95I, G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, P681R и Q1071H. Штамм кaппa классифицирован ВОЗ и CDC как «вариант, представляющий интерес» (VOI).
Штамм лямбда (C.37) был впервые выявлен в Перу. В связи с повышенной распространенностью этого варианта Южной Америке в июне 2021 г. он был обозначен ВОЗ как «вариант, вызывающий интерес» (VOI).
Штамм мю (B.1.621, В.1.621.1) был идентифицирован в Колумбии. В августе 2021 г. и был классифицирован ВОЗ как «вариант, вызывающий интерес» (VOI).
Мониторинг появления новых вариантов SARS-Cov-2, выявление их генетических особенностей, изучение распространенности и оценка эпидемической значимости имеют высокую важность для совершенствования диагностики заболевания, своевременной коррекции стратегий профилактики и терапии [3].
Список литературы
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Пащенков М.В., Хаитов М.Р. Иммунный ответ против эпидемических коронавирусов. Иммунология. 2020. Т. 41, № 1. С. 5–19.
-
Скворцова В.И. Изучение молекулярно-генетических механизмов влияния вируса SARS-CoV-2 на человека для разработки средств диагностики и защиты. Доклад на Общем собрании РАН, 14–15 декабря 2021 г., Москва. URL: https://fmba.gov.ru/upload/medialibrary/90f/2ylt93hxqqz2yn4ai0ud8fopk2owj24a/Prezentatsiya-V.I.-Skvortsovoy.pdf
-
Хаитов Р.М., Пинегин Б.В., Пащенков М.В. Эпителиальные клетки дыхательных путей как равноправные участники врожденного иммунитета и потенциальные мишени для иммунотропных средств. Иммунология. 2020. Т. 41, № 2. С. 7–13.
-
Ahmad T., Khan M., Haroon Musa T.H., Nasir S., Hui J. et al. COVID-19: zoonotic aspects. Travel. Med. Infect. Dis. 2020. Vol. 36. Article ID 101607.
-
Alagaili A.N., Briese T., Mishra N., Kapoor V., Sameroff S.C., Burbelo P.D. et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus infection in dromedary camels in Saudi Arabia. mBio. 2014. Vol. 5. Article ID e00884e14.
-
Aleem A., Akbar Samad A.B., Slenker A.K. Emerging Variants of SARS-CoV-2 and Novel Therapeutics Against Coronavirus (COVID-19). StatPearls [Internet]. Treasure Island, FL : StatPearls Publishing; 2022 Jan. PMID: 34033342.
-
Alturki S.O., Alturki S.O., Connors J., Cusimano G., Kutzler M.A., Izmirly A.M. et al. The 2020 pandemic: current SARS-CoV-2 vaccine development. Front. Immunol. 2020. Vol. 11. P. 1880. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.01880
-
Ashour H.M., Elkhatib W.F., Rahman M.M., Elshabrawy H.A. Insights into the recent 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2) in light of past human coronavirus outbreaks. Pathogens. 2020. Vol. 9. P. 186. DOI: https://doi.org/10.3390/pathogens9030186
-
Azhar E.I., El-Kafrawy S.A., Farraj S.A., Hassan A.M., Al-Saeed M.S., Hashem A.M. et al. Evidence for camel-to-human transmission ofMERS coronavirus. N. Engl. J. Med. 2014. Vol. 370. P. 2499–2505. doi: https://doi.org/10.1056/NEJMoa1401505
-
Badgujar K.C., Badgujar V.C., Badgujar S.B. Vaccine development against coronavirus (2003 to present): an overview, recent advances, current scenario, opportunities and challenges. Diabetes Metab. Syndr. 2020. Vol. 14. P. 1361–1376. DOI: https://doi.org/10.1016/j.dsx.2020.07.022
-
Bertram S., Glowacka I., Müller M.A., Lavender H., Gnirss K., Nehlmeier I. et al. Cleavage and activation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike protein by human airway trypsin-like protease. J. Virol. 2011. Vol. 85. P. 13 363–13 372. DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.05300-11
-
Borah P., Deb P.K., Chandrasekaran B., Goyal M., Bansal M., Hussain S. et al. Neurological consequences of SARS-CoV-2 infection and concurrence of treatment-induced neuropsychiatric adverse events in COVID-19 patients: navigating the uncharted. Front. Mol. Biosci. 2021. Vol. 8. P. 27. DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2021.627723
-
Borah P., Deb P.K., Deka S., Venugopala K.N., Singh V., Mailavaram R.P. et al. Current scenario and future prospect in the management of COVID-19. Curr. Med. Chem. 2020. Vol. 28, N 2. P. 284–307. DOI: https://doi.org/10.2174/0929867327666200908113642
-
Callaway E. Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert. Nature. 2021. Vol. 600, N 7887. P. 21. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w
-
Carlos W.G., Dela Cruz C.S., Cao B., Pasnick S., Jamil S. Novel Wuhan (2019-nCoV) coronavirus. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2020. Vol. 201. P. P7–P8. DOI: https://doi.org/10.1164/rccm.2014P7
-
Challen R., Brooks-Pollock E., Read J.M., Dyson L., Tsaneva-Atanasova K., Danon L. Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJ. 2021. Vol. 372. P. n579. DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.n579
-
Chan J.F.W., Kok K.H., Zhu Z., Chu H., To K.K.W., Yuan S. et al. Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan. Emerg. Microbes Infect. 2020. Vol. 9. P. 221–236. DOI: https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1719902
-
Chen J., Wang R., Gilby N.B., Wei G.W. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv [Preprint]. 2021. Dec 1. Article ID arXiv:2112.01318v1. PMID: 34873578.
-
Chen Yu., Liu O., Guo D. Emerging coronaviruses: genome structure, replication, and pathogenesis. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92, N 4. P. 418–423. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.25681
-
Chi X., Yan R., Zhang J., Zhang G., Zhang Y., Hao M. et al. A neutralizing human antibody binds to the N-terminal domain of the Spike protein of SARS-CoV-2. Science. 2020. Vol. 369, N 6504. P. 650–655. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abc6952
-
Corman V.M., Lienau J., Witzenrath M. Coronaviren als Ursache respiratorischer Infektionen [Coronaviruses as the cause of respiratory infections]. Internist (Berl.). 2019. Vol. 60. P. 1136–1145.
-
Corman V.M., Muth D., Niemeyer D., Drosten C. Hosts and sources of endemic human coronaviruses. Adv. Virus Res. 2018. Vol. 100. P. 163–188.
-
Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat. Microbiol. 2020. Vol. 5. P. 536–544. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z
-
Davies N.G., Abbott S., Barnard R.C., Jarvis C.I., Kucharski A.J., Munday J.D. et al.; CMMID COVID-19 Working Group; COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science. 2021. Vol. 372, N 6538. Article ID eabg3055. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abg3055
-
Davies N.G., Barnard R.C., Jarvis C.I., Russell T.W., Semple M.G., Jit M. et al.; Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases COVID-19 Working Group; ISARIC4C Investigators. Association of tiered restrictions and a second lockdown with COVID-19 deaths and hospital admissions in England: a modelling study. Lancet Infect. Dis. 2021. Vol. 21, N 4. P. 482–492. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30984-1
-
Davies N.G., Jarvis C.I., Edmunds W.J., Jewell N.P., Diaz-Ordaz K., Keogh R.H.; CMMID COVID-19 Working Group. Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7. Nature. 2021. Vol. 593, N 7858. P. 270–274. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03426-1
-
Faria N.R., Mellan T.A., Whittaker C., Claro I.M., Candido D.D.S., Mishra S. et al. Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil. Science. 2021. Vol. 372, N 6544. P. 815–821. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abh2644
-
Fehr A.R., Perlman S. Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis. Methods Mol. Biol. 2015. Vol. 1282. P. 1–23. DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2438-7_1
-
Galloway S.E., Paul P., MacCannell D.R., Johansson M.A., Brooks J.T., MacNeil A. et al. Emergence of SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage — United States, December 29, 2020–January 12, 2021. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2021. Vol. 70, N 3. P. 95–99. DOI: https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7003e2
-
Giovanetti M., Benedetti F., Campisi G., Ciccozzi A., Fabris S., Ceccarelli G. et al. Evolution patterns of SARS-CoV-2: Snapshot on its genome variants. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2021. Vol. 538. P. 88–91. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2020.10.102
-
Glowacka I., Bertram S., Müller M.A., Allen P., Soilleux E., Pfefferle S. et al. Evidence that TMPRSS2 activates the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike protein for membrane fusion and reduces viral control by the humoral immune response. J. Virol. 2011. Vol. 85. P. 4122–4134. DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.02232-10
-
Grint D.J., Wing K., Williamson E., McDonald H.I., Bhaskaran K., Evans D. et al. Case fatality risk of the SARS-CoV-2 variant of concern B.1.1.7 in England, 16 November to 5 February. Euro Surveill. 2021. Vol. 26, N 11. Article ID2100256. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.11.2100256
-
Gu H., Krishnan P., Ng D.Y.M., Chang L.D.J., Liu G.Y.Z., Cheng S.S.M. et al. Probable Transmission of SARS-CoV-2 Omicron Variant in Quarantine Hotel, Hong Kong, China, November 2021. Emerg. Infect. Dis. 2021. Vol. 28, N 2. DOI: https://doi.org/10.3201/eid2802.212422
-
Guan Y., Zheng B.J., He Y.Q., Liu X.L., Zhuang Z.X., Cheung C.L. et al. Isolation and characterization of viruses related to the SARS coronavirus from animals in Southern China. Science. 2003. Vol. 302. P. 276–278.
-
He X., Lau E.H., Wu P., Deng X., Wang J., Hao X. et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nat. Med. 2020. Vol. 26. P. 672–675. DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-020-0869-5
-
Jeffers S.A., Tusell S.M., Gillim-Ross L., Hemmila E.M., Achenbach J.E., Babcock G.J. et al. CD209L (L-SIGN) is a receptor for severe acute respiratory syndrome coronavirus. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004. Vol. 101. P. 15 748–15 753. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.0403812101
-
Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., Yoon H., Theiler J., Abfalterer W. et al.; Sheffield COVID-19 Genomics Group. Tracking changes in SARS-CoV-2 spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell. 2020. Vol. 182, N 4. P. 812–827.e19. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
-
Li F. Structure, function, and evolution of coronavirus spike proteins. Annu. Rev. Virol. 2016. Vol. 3. P. 237–261.
-
Li G., Fan Y., Lai Y., Han T., Li Z., Zhou P. et al. Coronavirus infections and immune responses. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 424–432. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.25685
-
Liu H., Wei P., Zhang Q., Chen Z., Aviszus K., Downing W. et al. 501Y.V2 and 501Y.V3 variants of SARS-CoV-2 lose binding to bamlanivimab in vitro. MAbs. 2021. Vol. 13, N 1. Article ID1919285. DOI: https://doi.org/10.1080/19420862.2021.1919285
-
Liu H., Zhang Q., Wei P., Chen Z., Aviszus K., Yang J. et al. The basis of a more contagious 501Y.V1 variant of SARS-COV-2. bioRxiv [Preprint]. 2021 Feb 2. Article ID 428884. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.02.02.428884
-
Liu J., Zheng X., Tong Q., Li W., Wang B., Sutter K. et al. Overlapping and discrete aspects of the pathology and pathogenesis of the emerging human pathogenic coronaviruses SARS-CoV, MERS-CoV, and 2019-nCoV. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 491–494.
-
Lu R., Zhao X., Li J., Niu P., Yang B., Wu H. et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020. Vol. 395. P. 565–574. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8
-
Lyngse F.P., Kirkeby C.T., Denwood M., Christiansen L.E., Molbak K., Moller C.H. et al. Transmission of SARS-CoV-2 Omicron VOC subvariants BA.1 and BA.2: Evidence from Danish Households. medRxiv. 2022. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.01.28.22270044
-
McBride R., Van Zyl M., Fielding B.C. The coronavirus nucleocapsid is a multifunctional protein. Viruses. 2014. Vol. 6. P. 2991–3018. DOI: https://doi.org/10.3390/v6082991
-
Morawska L., Cao J. Airborne transmission of SARS-CoV-2: the world should face the reality. Environ. Int. 2020. Vol. 139. Article ID 105730. DOI: https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.105730
-
Mwenda M., Saasa N., Sinyange N., Busby G., Chipimo P.J., Hendry J. et al. Detection of B.1.351 SARS-CoV-2 Variant Strain — Zambia, December 2020. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2021. Vol. 70, N 8. P. 280–282. DOI: https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7008e2
-
Neuman B.W., Kiss G., Kunding A.H., Bhella D., Baksh M.F., Connelly S. et al. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology. J. Struct. Biol. 2011. Vol. 174. P. 11–22. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jsb.2010.11.021
-
Nieto-Torres J.L., DeDiego M.L., Verdia-Baguena C., Jimenez-Guardeno J.M., Regla-Nava J.A., Fernandez-Delgado R. et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus envelope protein ion channel activity promotes virus fitness and pathogenesis. PLoS Pathogens. 2014. Vol. 10. Article ID e1004077. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1004077
-
Oreshkova N., Molenaar R.J., Vreman S., Harders F., Oude Munnink B.B., Hakze-van der Honing R.W. et al. SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020. Euro Surveill. 2020. Vol. 25, N 23. Article ID 2001005. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.23.2001005
-
Peiris J., Guan Y., Yuen K. Severe acute respiratory syndrome. Nat. Med. 2004. Vol. 10. P. S88–S97. DOI: https://doi.org/10.1038/nm1143
-
Raj V.S., Mou H., Smits S.L., Dekkers D.H., Muller M.A., Dijkman R. et al. Dipeptidyl peptidase 4 is a functional receptor for the emerging human coronavirus-EMC. Nature. 2013. Vol. 495. P. 251–254.
-
Ren W., Li W., Yu M., Hao P., Zhang Y., Zhou P. et al. Full-length genome sequences of two SARS-like coronaviruses in horseshoe bats and genetic variation analysis. J. Gen. Virol. 2006. Vol. 87. P. 3355–3359. DOI: https://doi.org/10.1099/vir.0.8.2220-0
-
SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 25 (15 October 2021). The UK Health Security Agency. URL: www.ukhsa.gov.uk
-
Siu Y.L., Teoh K.T., Lo J., Chan C.M., Kien F., Escriou N. et al. The M, E, and N structural proteins of the severe acute respiratory syndrome coronavirus are required for efficient assembly, trafficking, and release of virus-like particles. J. Virol. 2008. Vol. 82. P. 11 318–11 330. DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.01052-08
-
Sun P., Lu X., Xu C., Sun W., Pan B. Understanding of COVID-19 based on current evidence. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 548–551.
-
Tan W., Zhao X., Ma X., Wang W., Niu P., Xu W. et al. A novel coronavirus genome identified in a cluster of pneumonia cases — Wuhan, China 2019–2020. China CDC Wkly. 2020. Vol. 2. P. 61–62. DOI: https://doi.org/10.46234/ccdcw2020.017
-
Tegally H., Wilkinson E., Giovanetti M., Iranzadeh A., Fonseca V., Giandhari J. et al. Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa. Nature. 2021. Vol. 592, N 7854. P. 438–443. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03402-9
-
van Doremalen N., Bushmaker T., Morris D.H., Holbrook M.G., Gamble A., Williamson B.N. et al. Aerosol and surface stability of SARS-CoV-2 as compared with SARS-CoV-1. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382. P. 1564–1567. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMc2004973
-
Vaughan A. Omicron emerges. New Sci. 2021. Vol. 252, N 3363. P. 7. DOI: https://doi.org/10.1016/S0262-4079(21)02140-0
-
62. Volz E., Mishra S., Chand M., Barrett J.C., Johnson R., Geidelberg L. et al.; COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium. Assessing transmissibility of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Nature. 2021. Vol. 593, N 7858. P. 266–269. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03470-x
-
Walensky R.P., Walke H.T., Fauci A.S. SARS-CoV-2 variants of concern in the United States — challenges and opportunities. JAMA. 2021. Vol. 325, N 11. P. 1037–1038. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2021.2294
-
Walls A.C., Park Y.J., Tortorici M.A., Wall A., McGuire A.T., Veesler D. Structure, function, and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Cell. 2020. Vol. 181. P. 281–292.e6. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058
-
Wang K., Chen W., Zhang Z., Deng Y., Lian J.Q., Du P. et al. CD147-spike protein is a novel route for SARS-CoV-2 infection to host cells. Signal Transduct. Target Ther. 2020. Vol. 5, N 1. P. 283. DOI: https://doi.org/10.1038/s41392-020-00426-x
-
Wang P., Casner R.G., Nair M.S., Wang M., Yu J., Cerutti G. et al. Increased resistance of SARS-CoV-2 variant P.1 to antibody neutralization. Cell Host Microbe. 2021. Vol. 29, N 5. P. 747–751.e4. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.04.007
-
Wevers B.A., van der Hoek L. Recently discovered human coronaviruses. Clin. Lab. Med. 2009. Vol. 29. P. 715–724. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cll.2009.07.007
-
Wibmer C.K., Ayres F., Hermanus T., Madzivhandila M., Kgagudi P., Oosthuysen B. et al. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. Nat. Med. 2021. Vol. 27, N 4. P. 622–625. DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-021-01285-x
-
Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lau C.C., Tsang A.K., Lau J.H. et al. Discovery of seven novel mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus. J. Virol. 2012. Vol. 86. P. 3995–4008.
-
World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-2019) situation reports. 2020. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
-
World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-2019) situation reports. 2022. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
-
World Health Organization. Cumulative number of reported probable cases of severe acute respiratory syndrome (SARS). 2020. URL: http://www.who.int/csr/sars/country/en/
-
World Health Organization. Laboratory testing of human suspected cases of novel coronavirus (nCoV) infection. URL: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330374/WHO‐2019‐nCoV‐laboratory‐2020.1‐eng.pdf
-
World Health Organization. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). 2021. URL: https://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/
-
World Health Organization. Novel Coronavirus (2019‐nCoV) situation report‐2. URL: https://www.who.int/docs/default‐source/coronaviruse/situationreports/20200122‐sitrep‐2‐2019‐ncov.pdf
-
World Health Organization. WHO Director-General’s Remarks at the Media Briefing on 2019-nCoV on 11 February 2020. 2020. URL: https://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-s-remarksat-the-media-briefing-on-2019-ncov-on-11-february-2020.
-
Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W. Song Z.G. et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020. Vol. 579. P. 265–269. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3
-
Wu K., Werner A.P., Moliva J.I., Koch M., Choi A., Stewart-Jones G.B.E. et al. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. bioRxiv [Preprint]. 2021 Jan 25. Article ID 427948. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.01.25.427948
-
Yu F., Du L., Ojcius D. M., Pan C., Jiang S. Measures for diagnosing and treating infections by a novel coronavirus responsible for a pneumonia outbreak originating in Wuhan, China. Microbes Infect. 2020. Vol. 22. P. 74–79. DOI: https://doi.org/10.1016/j.micinf.2020.01.003
-
Zaki A.M., Van Boheemen S., Bestebroer T.M., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. N. Engl. J. Med. 2012. Vol. 367. P. 1814–1820. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa1211721
-
Zhang W., Davis B.D., Chen S.S., Sincuir Martinez J.M., Plummer J.T., Vail E. Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California. JAMA. 2021. Vol. 325, N 13. P. 1324–1326. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2021.1612
-
Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020. Vol. 579. P. 270–273.
-
Zhu N., Zhang D., Wang W., Li X., Yang B., Song J. et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382. P. 727–733. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
Глава 7. Иммунопатогенез SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 и генетические факторы восприимчивости/устойчивости к этому заболеванию
7.1. Симптомы и клиническая картина COVID-19
SARS-COV-2-инфекция сопровождается рядом симптомов, проявление которых отличается от пациента к пациенту. Клиническая картина варьирует от относительно легкого течения до тяжелого заболевания и (в некоторых случаях) смертельного исхода [1]. Проявление симптомов может происходить от 2 дней до 2 недель после заражения [36]. Наиболее распространенными симптомами являются повышение температуры, кашель, одышка, повышенная утомляемость [139, 172]. К числу симптомов также относятся ринорея, головная боль, боль в горле, желудочно-кишечные симптомы, включая диарею и рвоту. Также возможны снижение или полная потеря обоняния и вкуса [113]. В случае среднетяжелого и тяжелого течения заболевания может потребоваться госпитализация пациента и даже госпитализация в отделение интенсивной терапии, в связи с возможностью развития серьезных осложнений, таких как острый респираторный дистресс-синдром (ОРДС), септический шок, полиорганная недостаточность и вторичная инфекция, которые в итоге за короткий промежуток времени могут привести к смертельному исходу [1, 172]. К факторам риска, способствующим более тяжелому течению заболевания и развитию критических состояний, относятся: пожилой возраст (более 65 лет), мужской пол пациента, наличие сопутствующих заболеваний (гипертония, сердечно-сосудистые заболевания, сахарный диабет и др.), ослабленная иммунная система [1, 172]. Во многих случаях заболевание может протекать бессимптомно [1, 38, 182].
7.2. Иммунная система и патогенез COVID-19
Хотя патогенез коронавирусной инфекции выяснен не до конца, ясно, что ключевую роль в SARS-CoV-, SARS-CoV-2- и MERS-CoV-инфекциях играют сложные взаимотношения между вирусом и организмом хозяина. В процессе вирусной инфекции организм хозяина запускает противовирусный иммунный ответ. Важно отметить, что иммунопатогенез связан с неконтролируемым иммунным ответом, который может привести к повреждению ткани легких, нарушению их функционального состояния, снижению жизненной емкости легких. Хемотаксические факторы необходимы для развития иммунного ответа против вирусных инфекций, так как регулируют проницаемость сосудов и обеспечивают миграцию лейкоцитов в ткань легких. Однако изменения спектра хемотаксических факторов приводит к серьезной дисрегуляции иммунного ответа. Недостаточный или ошибочно направленный иммунный ответ может привести к усилению вирусной инфекции и вызвать повреждение тканей. С другой стороны, сверхактивный иммунный ответ может привести к развитию иммунопатологического состояния [105]. Значимая роль в противодействии коронавирусной инфекции принадлежит цитокинам. Однако они способны внести потенциальный вклад в повреждение дыхательных путей и других тканей, вызываемое SARS-CoV-2, в случае своей гиперсекреции по механизму положительной биологической связи.
COVID-19 может быть связан с рядом аутоиммунных нарушений с экспрессией патогенных аутоантител и возникновением новых аутоиммунных патологий [109]. Аутоантитела к различным белкам организма-хозяина выявляются примерно у 50% пациентов и вносят дополнительный вклад в патогенный эффект заболевания. Аутоантитела в основном связаны с развитием миозита, системного склероза, перекрывающими синдромами [40]. При развитии специфического иммунного ответа против белков SARS-CoV-2 возможно образование аутоантител против PF4 за счет эффекта молекулярной мимикрии [97]. Аутоантитела против PF4 взаимодействуют с рецептором FcRγIIA тромбоцитов и способствуют их агрегации, что может приводить к тромбозу.
В результате эволюции штаммы SARS-CoV-2 альфа, дельта и омикрон приобрели способность снижать врожденный иммунитет инфицированного человека [163]. Обнаружено, что белки N, Orf6, Orf8 и Orf9b подавляют образование ИФН. В частности, Orf9b способны взаимодействовать с белками STING и Tom70, которые активируют выработку ИФН в ответ на проникновение патогена [69]. В результате развитие противовирусного иммунного ответа тормозится [21]. Способность SARS-CoV-2 уходить от действия иммунного ответа, по крайней мере, частично связана с нарушением регуляции сигнальных путей противовирусного ответа или с ее неэффективностью. Обнаружено, что производное амидобензимидазола diABZI, агонист белка STING, усиливает выработку ИФН, что приводит к подавлению SARS-CoV-2-инфекции клеток эпителия дыхательных путей человека в первичной культуре in vitro . Этот эффект опосредован TBK1-IRF-зависимым сигнальным путем [194]. Эти данные были подтверждены в модели in vivo . Показано, что SARS-CoV-2-инфекция трансгенных мышей, несущих АСЕ2 человека, может быть предотвращена путем интраназального введения diABZI (как до, так и после заражения) [79, 107]. Агонист STING был эффективен против нескольких штаммов SARS-CoV-2 [107]. Возможность использования препаратов ИФН для лечения пациентов с SARS-CoV-2-инфекцией изучается в клинических исследованиях [131, 154]. В контексте этих исследований рассматривается возможность разработки на основе diABZI лекарственного средства для лечения SARS-CoV2-инфекции/COVID-19 [107].
7.3. Генетические факторы чувствительности и устойчивости к SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19
7.3.1. Гены HLA и протективный иммунитет против COVID-19
Как известно, гены HLA , которые расположены внутри главного комплекса гистосовместимости (МНС ) в локусе 6p21.3, чрезвычайно полиморфны и содержат тысячи аллелей в одном локусе [4, 82, 95, 142]. Генотип HLA прямо влияет на спектр антигенов, презентируемых Т-клеткам индивидуума, и взаимодействие молекул HLA с рецепторами НК-клеток [4].
Аллели HLA- A*02:01 , HLA- A*11:01 , HLA- A*24:02 связывают с распознаванием эпитопов S- и N-белков SARS-CoV [141, 165]. Эти белки обладают высокой иммуногенностью и индуцируют наиболее длительно существующие нейтрализующие антитела по сравнению с другими белками коронавируса. Однако только 23% известных Т-клеточных эпитопов SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2 совпадают [7, 41]. В настоящее время исследования иммунного ответа против SARS-CoV-2 сосредоточены как на антигенах этих структурных белков [94, 100, 144], так и на неструктурных белках вируса [114].
При обследовании пациентов с тяжелым течением COVID-19 обнаружен чрезвычайно низкий уровень экспрессии HLA-DR и значительное снижение уровней CD4+ -лимфоцитов, CD19+ -лимфоцитов и НК-клеток, что может свидетельствовать об участии генов HLA в регуляции иммунного ответа при COVID-19 [43].
Аллели HLA- A*68:01 , B*15:03 и HLA- DRB1*07:01 ассоциированы с сильным связыванием пептидов SARS-CoV-2 [19, 83, 86, 100]. Аллель HLA- B*15:03 ассоциирован с протективным CD8- -Т-клеточным иммунным ответом, так как имеет высокий потенциал презентации пептидов SARS-CoV-2 CD8+ -Т-клеткам [122]. Анализ генетической вариабельности аффинности связывания молекул MHC класса I с пептидами SARS-CoV-2, представляющими 145 генотипов HLA- A , HLA- B и HLA- C , показал: аллель HLA- B*46:01 может быть ассоциирован с повышенной восприимчивостью к COVID-19, так как содержит очень мало сайтов, способных связывать и презентировать пептиды SARS-CoV-2 [108]. Аллели HLA- B*14:02 , B*35:03 и B*46:01 имеют низкую прогнозируемую связь с пептидами SARS-CoV-2 [123]. Предполагается, что индивидуумы, несущие эти аллели, могут быть восприимчивыми к SARS-CoV-2-инфекции /COVID-19.
Частота встречаемости указанных аллелей отличается в различных популяциях. Показано, что аллели HLA- A*02 (A*02:01, *02:03, *02:05, *02:06, *02:07, *02:11 ) с высокой частотой встречаются среди населения Северной и Центральной Индии, причем аллель A*02:11 встречается наиболее часто и имеет наиболее широкий репертуар представляемых пептидов. У кавказоидов и ориентов этот аллель не выявлен [147]. Аллель HLA-B*15:03 , ассоциированный с сильным связыванием пептидов SARS-CoV-2, имеет высокую распространенность в Африке, особенно в Гвинее-Бисау и Уганде, и очень редко встречается в Европе и Азии. Аллель HLA-B*14:02 , ассоциированный со слабым связыванием пептидов SARS-CoV-2, часто встречается в Европе, Африке и Америке, особенно в Бразилии.
Аллели HLA, слабо связывающие пептиды SARS-CoV-2, ассоциированные с повышенной восприимчивостью к COVID-19, часто встречаются в Индии и Пакистане (HLA-B*35:03 ), а также в Юго-Восточной Азии (HLA-B*46:01 ) [5]. Аллель HLA- B*46:01 полностью отсутствует в индийских и африканских популяциях и редко встречается в европейских популяциях [32]. Это указывает на различия генетической основы реагирования на SARS-CoV-2-инфекцию/COVID-19 в различных группах населения. На уровне гаплотипов HLA- A*02:02 , HLA- B*15:03 и HLA- C*12:03 содержат набольшее, а аллели HLA- A*25:01 , HLA- B*46:01 и HLA- C*01:02 — наименьшее количество прогнозируемых сайтов связывания/презентации эпитопов SARS-CoV-2 CD8+ -Т-клеткам [91, 175]. Таким образом, популяция, где имеется набор аллелей HLA- A*25:01 , HLA- B*46:01 и HLA- C*01:02 , является более восприимчивой к SARS-CoV-2-инфекции [31].
Аллели HLA класса II, связанные с высоким и низким риском COVID-19, по-разному представлены в различных популяциях. В европейской популяции и в популяциях европейского происхождения в других странах (например, в Бразилии) с высоким риском SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 ассоциированы аллели HLA- DRB1*01:02 и *04:04 . При этом в той же Бразилии у представителей коренного населения с высоким риском COVID-19 ассоциирован только аллель HLA- DRB1*04:04 , а аллель HLA- DRB1*01:02 в этой популяции не представлен [134].
Различное географическое распределение SARS-CoV-2-инфекции, тяжести течения COVID-19 и смертности, обусловленной этим заболеванием, указывают на то, что специфический набор аллелей HLA может быть наиболее значимым фактором, определяющим развитие протективного иммунитета против SARS-CoV-2, и связан с устойчивостью или восприимчивостью к COVID-19 как отдельных индивидуумов, так и популяции в целом [120]. Таким образом, очевидна необходимость популяционных исследований, направленных на выявление HLA -ассоциированных генетических факторов риска COVID-19 и оценку их влияния на развитие заболевания. Для координации работы в этом направлении сформирован «COVID-19 HLA & Immunogenetics Consortium» (CHIC) [49].
Для успешной вакцинации крайне важно идентифицировать эпитопы, которые могут быть распознаны не одним, а несколькими аллотипами HLA и, следовательно, вакцины, основанные на таких эпитопах, охватывали бы широкий спектр популяций [7, 19]. В этой связи особое внимание обращается на выявление супертипов HLA, которые распознают возможно большее число пептидов вируса. Как и ожидалось, аллотипы, принадлежащие к одному и тому же супертипу, обладали сродством к аналогичным вирусным пептидам. Напротив, аллотипы, которые принадлежали к разным супертипам, имели небольшое совпадение репертуара связываемых вирусных пептидов [158]. Супертип A3 (HLA- A*03:01 и HLA- A*11:01 ) обладает сродством к наиболее широкому спектру эпитопов SARS-CoV [158].
По данным когортных исследований и биоинформационного анализа, наибольшее количество пептидов SARS-CoV-2 с высоким и низким сродством связывания распознают супертипы HLA- A2 и - C1 . Далее следуют супертипы HLA- A1 , - A3 и -В [83].
Некоторые супертипы HLA широко распространены географически. Например, супертип A3 (аллели из групп A*03 , A*11 , A*30 , A*31 , A*33 , A*66 , A*68 и A*74 ) присутствует по меньшей мере у 44% населения мира [150]. Более того, распределение супертипов в мире относительно консервативно [56], что также следует учитывать при разработке вакцин. В исследованиях по разработке вакцин против SARS-CoV-2 предпринимаются активные усилия по выявлению кандидатных эпитопов, к которым широкораспространенные супертипы HLA- A3 и -B7 обладают сильным сродством [88], хотя масштаб таких исследований пока невелик.
Основная задача вакцинации состоит в том, чтобы индуцировать образование специфических широкореактивных антител, а также CD4+ -Т-хелперов и цитолитических CD8+ -Т-лимфоцитов (CTL) [6] и в этом процессе комплекс HLA+пептид играет решающую роль. Разработка вакцины требует детального изучения взаимодействия антигенов SARS-CoV-2 с иммунной системой.
Обратная вакцинология оценивает геном патогена с использованием методов биоинформатики для прогнозирования перспективных целевых эпитопов. Сочетание этого с прогнозированием связывания эпитопных пептидов молекулами HLA может быть интересным путем для создания эффективных вакцин [60, 126, 159]. Однако при этом выбирается ограниченный набор антигенов, которые лучше соответствуют требованиям, предъявляемым к вакцинам: активация иммунного ответа и эффективность для большинства населения в популяции. Эта стратегия не исключает валидации всех этапов разработки вакцины, а также ее испытаний, которые требуются регулирующими органами для подтверждения безопасности и эффективности вакцин. Однако следует отметить, что большинство существующих биоинформатических методик основаны на данных in vitro в отношении оценки эффективности презентации определенных линейных антигенов, в связи с чем остается не до конца понятной роль конкретных аллелей HLA в контексте системного иммунного ответа организма, в особенности с учетом гетерозиготности и возможной синергии комбинации различных аллей различных генов HLA класса I (A, B, C ) и II (DRB1, DQA1, DQB1 ).
Об экспрессии HLA при COVID-19 пока недостаточно информации. Исследования SARS-CoV- и MERS-CoV-инфекции показали, что коронавирусы вызывают изменения транскрипции генов в инфицированных тканях, включая экспрессию генов HLA [87, 117]. Несколько проведенных к настоящему времени исследований экспрессии HLA при SARS-CoV-2-инфекции свидетельствуют о понижении экспрессии HLA на уровне мРНК [169, 179] и белка [190]. Таким образом, изучение экспрессии на уровне мРНК и белка может способствовать пониманию регуляторной роли генов HLA при COVID-19.
Также важно исследовать факторы, расположенные в других частях генома. Например, уровень экспрессии поверхностных молекул HLA-C зависит от экспрессии мкРНК, 3’-UTR-участок которой связывается с молекулой HLA-С [90]. Важную роль в регуляции экспрессии HLA класса II играет трансактиватор CIITA, который действует независимо от аллеля HLA [34.]. CIITA также участвует в противовирусных реакциях, которые не опосредованы HLA [28, 67]. При инфекции MERS-CoV происходит как снижение уровня CIITA, так и снижение экспрессии HLA [87, 117], что позволяет предположить взаимодействие CIITA и HLA при коронавирусных заболеваниях.
7.3.2. Полиморфизм иммуноглобулиноподобного рецептора клеток-киллеров и COVID-19
Среди рецепторов НК-клеток семейство иммуноглобулиноподобных рецепторов клеток-киллеров (KIR) является наиболее полиморфным. Эти рецепторы наиболее изучены в контексте противодействия инфекциям. KIR связывают молекулы HLA и необходимы для нормального функционирования врожденного иммунитета. Молекулы KIR контролируют активирующие и ингибирующие сигналы при взаимодействии НК-клеток с клетками-мишенями и регулируются взаимодействием с молекулами HLA класса I. Инфекции или неопластическая трансформация часто приводят к аномальной экспрессии молекул HLA класса I на клеточной поверхности. Аномальная экспрессия HLA влияет на баланс активирующих и ингибирующих сигналов, передаваемых рецепторами НК-клеток, запускающими цитотоксический ответ [110, 184].
Комплекс генов KIR расположен в области хромосомы 19q13.42 [178, 181]. Он состоит из 13 генов и двух псевдогенов. Комплекс KIR отличается необычной структурной вариабельностью, связанной с наличием и отсутствием генов у отдельных индивидуумов, а также имеет высокий аллельный полиморфизм. Появляется все больше свидетельств того, что KIR и HLA коэволюционируют как уникальная и сложная система, важная для выживания человека [16].
KIR взаимодействует в основном с молекулами HLA-C, которые регулируют ответ НК-клеток. Молекулы HLA-A и HLA-B в основном выступают в роли лигандов Т-клеток [125]. Различные сочетания KIR -HLA были связаны с восприимчивостью к заболеваниям, в том числе инфекционным [10, 14, 15, 25, 99, 115, 135, 180], онкологическим [8, 93, 119] и аутоиммунным [11, 17, 76, 157]. Вариабельность генов, кодирующих рецепторы НК-клеток, заслуживает рассмотрения как фактор, влияющий на восприимчивость к различным вирусным инфекциям, включая SARS-CoV-2.
При атипичной пневмонии низкие уровни CD3+ -, CD4+ -, CD8+ - и НК-клеток могут быть прогностическими признаками развития тяжелой формы заболевания и поступления пациентов в отделение интенсивной терапии (ОИТ) [39]. В процессе восстановления после перенесенной атипичной пневмонии количество НК-клеток увеличивалось, но не достигало нормального уровня даже на 5-й неделе после начала заболевания [54]. При этом снижена была доля НК-клеток, экспрессирующих рецептор KIR2DL2/3 (CD158b) [121]. Количество НК-клеток, в том числе KIR2DL2/3+ -НК-клеток, коррелировало с тяжестью заболевания и уровнем SARS-CoV-специфических антител. Снижение количества НК-клеток наблюдалось при тяжелом течении COVID-19, особенно у пациентов, поступивших в отделение интенсивной терапии [23, 85, 136, 156, 173].
Широкая вариабельность генов KIR и их ассоциация с другими вирусными заболеваниями дают основания предполагать значимое влияние этих рецепторов и НК-клеток на развитие COVID-19. Результаты исследований дают противоречивые результаты. Метаанализ не выявил ассоциации между наличием или отсутствием определенных аллелей генов KIR и смертностью от COVID-19 [102]. С другой стороны, получены данные, свидетельствующие о связи гаплотипов, генотипов и аллелей KIR , а также комплексных генотипов KIR/ HLA с риском SARS-CoV-2-инфекции и исходом COVID-19 [5].
В ответе на SARS-CoV-2 участвуют также рецепторы НК-клеток NKG2A. Лигандом этого рецептора являются молекулы HLA-E, подавляющие секрецию цитокинов и цитотоксичность НК-клеток [24, 26, 101]. Экспрессия NKG2A связана с функциональным истощением НК-клеток и CD8+ -Т-клеток при вирусных инфекциях [13, 103]. У пациентов с COVID-19 обнаружена повышенная экспрессия NKG2A. Одновременно выявлено существенное ослабление функциональной активности цитотоксических лимфоцитов [192]. KIR и NKG2A критически важны для формирования цитотоксической функции НК-клеток на ранних стадиях развития [25, 66, 188]. Варианты KIR, NKG2A и их HLA-лигандов могут быть связаны с индивидуальными различиями иммунного ответа против SARS-CoV-2.
7.3.3. Полиморфизмы генов ACE2 и TMPRSS2 и COVID-19
Белок АСЕ2 является основным рецептором SARS-CoV-2, который за счет взаимодействия с S-белком вируса обеспечивает прикрепление вириона к клетке хозяина и последующее его проникновение в клетку. Полноразмерный рецептор ACE2 имеет N-концевой пептидазный домен (PD, 597 аминокислот, остатки 19–615) и C-концевой коллектрин-подобный домен (CLD, 153 аминокислоты, остатки 616–768). CLD имеет небольшой внеклеточный домен, длинный линкер и заканчивается одиночной трансмембранной спиралью длиной 40 аминокислот [55, 186]. CLD способствует димеризация ACE2, во время которой аминокислотные остатки Arg652, Glu653, Ser 709, Ser710 и Asp713 ACE2-A взаимодействуют с Tyr641, Tyr633, Asn638, Glu639, Asn636 и Arg716 ACE2-B. PD содержит участок взаимодействия АСЕ2 и RBD, который расположен в дистальной части S1-субъединицы вирусного S-белка [74, 111]. Гомология последовательностей RBD между SARS-CoV и SARS-CoV-2 составляет 74%. Последовательность RBD между Asn437 и Tyr508 содержит участки CR1, CR2 и CR3, которые физически взаимодействуют с рецептором ACE2. Большинство отличий между RBD SARS-CoV и SARS-CoV-2 относятся к участкам CR1 (Thr470-Phr486) и CR3 (Gln498-Val503) [174]. 6 аминокислотных остатков ACE2 человека (Lys31, Glu 35, Asp38, Tyr41, Met 82, Lys352) и 5 аминокислотных остатков RBD SARS-CoV (Tyr442, Leu472, Asn479, Asp480, Thr487) являются ключевыми взаимодействующими аминокислотами, которые определяют специфичность коронавирусов к хозяину [104].
Последовательность RDB SARS-CoV-2 имеет ряд аминокислотных замен по сравнению с RDB SARS-CoV: Val 404> Lys417, Tyr442> Leu455, Leu443> Phe456, Phe460> Tyr473, Leu472> Phe486, Asn479> Gln493, Tyr484> Gln498, Thr487> Asn501, которые потенциально изменяют аффинность связывания с ACE2. Замена Arg426> Asn439 ослабляет взаимодействие с рецептором, разрушая важный солевой мостик с Asp 329 на ACE2 [183]. Замены Val404>Lys417 совместно с Arg403 и Arg408 создают положительно заряженный участок в RBD-CR1, который облегчает взаимодействие с Asp30 ACE2. Замены Val 458>Glu471, Lys465>Thr478, Pro470>Glu 484 в последовательности RBD-CR1 повышают отрицательный заряд на RBD, что способствует усилению связывания с рецептором ACE2 [174].
Белок TMPRSS2 (сериновая протеаза) колокализован с ACE2 на поверхности пневмоцитов II типа [152]. Этот белок взаимодействует как с ACE2 человека, так и с S-белком вируса. Каталитически активная форма TMPRSS2 взаимодействует с рецептором ACE2 и расщепляет его с образованием секретируемой формы [73, 96, 137, 196]. Другие сериновые протеазы (TMPRSS11D, HPN/TMPRSS1, ADAM17) также способны расщеплять рецепторы ACE2 [35, 65, 174, 176]. TMPRSS2 расщепляет трансмембранный С-концевой домен АСЕ2 (участок 697–716), что приводит к конформационным изменениям комплекса S1-ACE2, облегчающим вход вируса в клетку хозяина [152]. TMPRSS2 расщепляет S-белок в богатых аргинином сайтах (Arg667 и Arg797), которые находятся в участке соединения S1- и S2-субъединиц S-белка (пептид слияния). Этот процесс критически важен для проникновения SARS-CoV-2 в клетку человека [73, 84, 116, 138]. Расщепление пептида слияния носит название S-протеолитического праймирования. В результате его образуется зрелый S2’-пептид, участвующий в слиянии мембран вируса и клетки, а S1-субъединица высвобождается во внеклеточную среду [72, 73, 183]. Слияние мембран является рН-зависимым, при низком рН происходит ингибирование слияния [153].
Роль вариантов структурных и регуляторных участков генов ACE2 и TMPRSS2 в восприимчивости к SARS-CoV-2/COVID-19 является важным объектом исследования. Первоначальные исследования показали, что в африканских популяциях, имеющих генетическую предрасположенность к пониженной экспрессии белков ACE2 и TMPRSS2, что может быть связано с более низкой заболеваемостью COVID-19. Повышенная частота встречаемости аллелей, способствующих более высоким уровням экспрессии ACE2 и TMPRSS2, обнаруживаются в Южной, Юго-Восточной и Восточной Азии, что соответствует более высоким уровням инфицирования SARS-CoV-2 в этих регионах [33, 127]. Идентифицирован вариант ACE2 p.Ser19Pro/c.55T>C (rs73635825), приводящий к ослаблению взаимодействия ACE2 и S-белка вируса. Этот протективный вариант широко распространен среди африканского населения, где наблюдается низкая заболеваемость. Вариант p.Lys26Arg/c.77А > G (rs4646116), распространенный среди европейского населения, обусловливает увеличение аффинности связывания АСЕ2 с S-белком, тем самым способствует развитию коронавирусной инфекции [30]. Другой вариант ACE2, p.Ile468Val/c.1402A > G (rs191860450), снижающий аффинность связывания с S-белком, чаще встречается в азиатской популяции [106]. Варианты ACE2 p.Ser19Pro/c.55T > C (rs73635828) и p.Glu329Gly/c.986A > G (rs143936283) также ослабляют связывание с S-белком. Низкая, пониженная или стабильная аффинность связывания S-белка, определяемая ключевыми аминокислотными остатками рецептора ACE2 при образовании комплекса SARS-CoV-2 с клеткой хозяина, может свидетельствовать об уровне резистентности к инфекции [9, 33, 81]. Изучение структуры АСЕ2 показало, что аминокислотные остатки, расположенные в участке 697–716, важны для гомодимеризации АСЕ2 в тетрамерный комплекс, устойчивый к TMPRSS2-зависимому протеолизу. При взаимодействии тетрамерного комплекса с RBD S-белка SARS-CoV-2 наблюдалось снижение аффинности связывания по сравнению с мономерным АСЕ2. Предполагается, что варианты rs1978124 (g.7130A > T) и rs2106809 (g.7132T > C), локализованные в интроне гена АСЕ2 недалеко от энхансерного участка, ассоциированы с усилением синтеза АСЕ2 и формированием тетрамеров этого белка с ослабленным связыванием SARS-CoV-2, что снижает восприимчивость к инфекции [151]. Выявлено более 60 вариантов гена АСЕ2 . 17 вариантов ассоциированы с повышением аффинности связывания АСЕ2 и S-белка коронавируса, 20 вариантов — с ослаблением связывания, функциональное проявление 8 не определено [149]. 17 регуляторных вариантов приводят к усилению связывания АСЕ2 с S-белком [33].
7.3.4. Гены, связанные с развитием цитокинового шторма, и COVID-19
Полиморфизм генов цитокинов связан с продукцией избыточного количества этих регуляторных молекул, что негативно влияет на естественную восприимчивость к возбудителям инфекционных заболеваний, эффективность иммунной защиты, способствует увеличению тяжести заболевания [52]. Цитокиновый шторм представляет собой сложный процесс, который связан с нарушением функционирования иммунной системы и выходящей из-под контроля воспалительной реакцией, которая связана с инфекционными и неинфекционными заболеваниями [164]. Цитокиновый шторм играет решающую роль в развитии тяжелого течения COVID-19. Инфекция SARS-CoV-2 вызывает активацию различных иммунных клеток (макрофагов, моноцитов, дендритных клеток), что приводит к секреции ряда цитокинов, включая провоспалительный цитокин ИЛ-6 [37]. Этот цитокин способствует пролиферации и дифференцировке Т- и В-клеток, обладает провоспалительным действием и играет центральную роль в развитии цитокинового шторма [185]. Высокие уровни ИЛ-6 могут активировать процесс свертывания крови, стимулировать клетки эндотелия сосудов, подавлять функцию миокарда [160]. У пациентов с тяжелой формой COVID-19 наблюдается повышение уровня ИЛ-6, что связывают с неблагоприятным прогнозом заболевания [42]. Описано несколько SNPs гена IL6 , связанных с дифференциальной экспрессией этого цитокина и ассоциированных с различными патологическими состояниями, в том числе цитокиновым штормом. Аллель rs1800795 (-174C), а также промоторный вариант rs1800796 (-572C) связаны с повышенной продукцией ИЛ-6 [29, 145], с риском инфекции верхних дыхательных путей [58, 132, 140] и тяжелым течением пневмонии при COVID-19 [166]. Оба эти варианта I L6 были связаны с развитием различных заболеваний — сепсиса [118], ишемической болезни сердца [80], диабета [62]. SNP rs1800797 (g.4456A>G), расположенный в области промотора гена I L6 , предположительно связан с развитием цитокинового шторма при COVID-19 [162]. Прогнозируется что 7 полиморфизмов гена I L6 (rs140764737, rs142164099, rs2069849, rs142759801, rs190436077, rs148171375, rs13306435) и 5 полиморфизмов гена I L6 R (rs2228144, rs2229237, rs2228145, rs28730735, rs143810642) связаны с изменением экспрессии ИЛ-6 и его взаимодействия с соответствующим рецептором, что может внести вклад в патогенез COVID-19 и его осложнений [155].
В регуляторных областях генов других цитокинов (TGFB , I FNA , TNFA , I L2 , I L10 ) описаны полиморфизмы, модифицирующие их транскрипционную активность [75, 146]. Некоторые из этих полиморфизмов связаны с восприимчивостью к инфекционным заболеваниям, развитием цитокинового шторма и венозного тромбоза. Обнаружена ассоциация полиморфизмов генов IL1B (rs1143633, g.8890G>A), IL1R1 (rs3917332, g.102180064A>T) и IL1RN (rs2232354, g.16866T>G) с риском венозного тромбоза. Повышенный риск развития тромбоза выявлен у гомозиготных носителей IL1RN гаплотипа 5 GTGTA (rs3181052/rs419598/rs2232354/rs315952/rs315949) [167].
В нескольких исследованиях показана возможность ассоциации полиморфизмов генов I FNG (аллель + 874А , низкая экспрессия ИФН-γ) [47.] и рецептора ИЛ-12 (IL12 RB1 ) [161] с восприимчивостью к SARS-CoV-инфекции. С восприимчивостью к инфекции SARS-CoV-2 ассоциированы полиморфизмы генов I L1 B (rs16944 g.4490T>C), I L17 A (rs2275913, g.4849G>C) [92], I L6 (rs1800795, g.4880C>G) (60–62, 71), TNF (rs1800629, g.4682G>A) [75, 112, 132].
Fcγ-рецепторы (FcγR) вовлечены в Fc-зависимую стимуляцию высвобождения цитокинов при активации лейкоцитов человека, что приводит к секреции различных провоспалительных цитокинов, в том числе ГМ-КСФ, ИЛ-6, ИЛ-8 [53]. SNP rs1801274 (g.9541A>G) гена Fcγ-рецептора IIA FCGR2 A ассоциирован с тяжелой пневмонией у пациентов с инфекцией вирусом гриппа A/H1N1. Этот SNP приводит к замене His на Arg в положении 131. Среди пациентов с тяжелой пневмонией чаще встречаются индивидуумы, гомозиготные по генотипу p.His131 (36,6%), по сравнению с индивидуумами, у которых респираторное заболевание не развилось (13,2%) [197]. В нескольких исследованиях с участием пациентов с повреждением легких из-за цитокинового шторма обнаружили сильное повышение экспрессии генов цитокинов IL1B, IL6 , I L8 (CXCL8 ), CCL2 , CCL5 , CXCL9 , CXCL10 , TNF и IFNB1, а также дифференциальная экспрессия генов инфламмасомы NLRP3 и генов рецепторов цитокинов TNFRSF1B и IL4R [75, 112].
Дальнейшие исследования взаимосвязи полиморфизмов генов провоспалительных цитокинов и развития цитокинового шторма при SARS-CoV-2-инфекции важны для понимания патогенеза COVID-19.
7.3.5. Кластер генов в локусе 3p21.31 и COVID-19
По данным широкогеномных исследований, локус 3p21.31 ассоциирован с восприимчивостью к инфекции SARS-CoV-2 [50] и двукратным увеличением риска дыхательной недостаточности при COVID-19 [57, 59]. Локус 3p21.31 содержит кластер из 6 генов (SLC6 A20, LZTFL1, CCR9, FYCO1, CXCR6, XCR1 ), которые связаны с восприимчивостью к SARS-CoV-2-инфекции и тяжестью течения COVID-19. Ген SLC6 A20 , кодирует белок SIT1 (переносчик Na-имино-пролина), который функционально связан с АСЕ2 — рецептором SARS-CoV-2 [98, 170]. Продукт гена LZTFL1 контролирует транспорт белков к апикальной мембране ресничного эпителия. В Т-лимфоцитах белок LZTFL1 участвует в иммунологическом синапсе с антиген-презентирующими клетками и является ингибитором эпителиально-мезенхимального перехода. Ген CXCR6 , кодирующий хемокиновый рецептор, участвует в регуляции миграции Т-клеток и обеспечивает локализацию CD8+ -T-клеток памяти в легочной ткани. Хемокиновые рецепторы, кодируемые генами CCR9 и CXCR6 , связаны с регуляцией активности резидентных CD8+ -T-клеток памяти, находящихся в ткани легких, во время иммунного ответа на респираторные патогены, в том числе — вирусы [177]. Ген XCR1 кодирует хемокиновый рецептор, взаимодействующий с лимфотактинами-1 и -2 (XCL1 и XCL2). Ген FYCO1 кодирует адапторный белок Rab7, который участвует во внутриклеточном транспорте. Продукты генов XCR1 и FYCO1 также участвуют в регуляции функций дендритных клеток и Т-клеток [89]. Обнаружено, что аллель риска rs11385942 в локусе 3p21.31 с более высокой частотой встречается у пациентов с тяжелым течением COVID-19, которым назначается искусственная вентиляция легких (ИВЛ). Даже пациенты молодого возраста, несущие аллель риска в гомозиготном состоянии, часто страдают тяжелой формой заболевания с назначением ИВЛ в процессе лечения, чем носители этого аллеля в гетерозиготном состоянии либо не имеющие его [59]. Аллель риска тяжелого развития COVID-19 rs11385942-GA ассоциирован с пониженной экспрессией CXCR6 и повышенной экспрессией SLC6A20 и LZTFL1 в ткани легких человека. Повышенный уровень белка LZTFL1 блокирует снижение экспрессии АСЕ2 и TMPRSS2, а также замедляет восстановление поврежденной ткани легких, опосредованное эпителиально-мезенхимальным переходом. Предполагается, что мутация в индуцибельном энхансере, приводящая к повышению экспрессии гена LZTFL1 , ассоциирована с неблагоприятным исходом заболевания. Таким образом, ген LZTFL1 может быть потенциальной терапевтической мишенью для лечения и превенции COVID-19 [57]. Ген LZTFL1 встречается у 60% людей южноазиатского происхождения и лишь у 15% европейцев. Это может объяснять более высокий уровень смертности в соответствующих популяциях.
7.3.6. Локус AB0 и COVID-19
Различные аллели гена AB0 , расположенного на хромосоме 9q34.2, являются основой системы групп крови человека. С помощью широкогеномного анализа установлена ассоциация между локусом AB0 и восприимчивостью к COVID-19 (как восприимчивость к SARS-CoV-инфекции [44, 191, 195].
Метаанализ подтвердил, что группа крови 0 ассоциирована со значимо низким риском COVID-19 по сравнению с другими группами крови. Группа крови А ассоциирована с наиболее высоким риском COVID-19 [59]. Не обнаружено различий распределения групп крови среди пациентов с COVID-19, получавших кислород или ИВЛ. Возможный биологический механизм участия аллеля группы 0 в противодействии инфекции связывают с взаимодействием антител против антигенов группы крови А и В с фукозилированными белками, окружающими RBD S-белка SARS-CoV-2, в результате чего блокируется прикрепление вируса к клетке хозяина и вход в нее [27]. Возможны и другие варианты противовирусного действия [171].
7.3.7. Гены TLR и инфекция SARS-CoV-2
Toll-подобные рецепторы (TLRs) — один из нескольких типов паттерн-распознающих рецепторов (PRRs), которые способны распознавать молекулы, экспрессирующиеся на патогенах (патоген-ассоциированные молекулярные паттерны, PAMPs), или поврежденные клетки (молекулярные паттерны, ассоциированные с повреждением, DAMPs) и индуцировать развитие врожденного иммунного ответа и/или воспаления вскоре после инфекции, в том числе SARS CoV-2 [68]. Сигналы, опосредуемые TLRs, имеют важное значение в регуляции экспрессии цитокинов во время развития защитного иммунного ответа хозяина [128, 129], а также могут сыграть решающую роль в индукции цитокинового шторма при SARS CoV-2-инфекции.
10 генов TLR локализованы в 5 различных хромосомах. Гены TLR1 , TLR6 и TLR10 локализованы в хромосоме 4, гены TLR7 и TLR8 локализованы в Х-хромосоме, ген TLR5 локализован в хромосоме 1, ген TLR9 локализован в хромосоме 3, гены TLR2 и TLR3 локализованы в хромосоме 4, ген TLR4 локализован в хромосоме 9 [70]. Поверхностные рецепторы TLR1, TLR2, TLR4, TLR5, TLR6, TLR10 распознают компоненты внеклеточных бактерий, грибов и вирусов, в том числе S-белок SARS-CoV-2 [48]. Внутриклеточные рецепторы TLR3, TLR7, TLR8, TLR9 главным образом распознают нуклеиновые кислоты вирусов и бактерий. TLRs способствуют повышению продукции противовирусных и провоспалительных медиаторов, таким образом способствуя либо снижению вирусной нагрузки, либо развитию синдрома высвобождения цитокинов («цитокинового шторма»).
Обнаружены мутации гена TLR7 , ассоциированные с нарушением ответа, опосредованного ИФН I и II типов. Рецессивные или неполнодоминантные мутации гена TLR7 и других генов, расположенных в Х-хромосоме, в том числе генов ACE2 (кодирует белок АСЕ2 — рецептор SARS-CoV-2) и NEMO (кодирует необходимый модулятор NF-κB, белок, участвующий в противовирусном ответе), ассоциированы с повышенным риском тяжелого течения COVID-19 и повышенным риском летального исхода у пациентов-мужчин по сравнению с пациентами-женщинами [61, 133]. Более того, менее распространенные и редкие варианты TLR и других PRR могут способствовать полигенному компоненту восприимчивости к COVID-19. Менее патогенные варианты TLR и других PRR могут вносить вклад в полигенную восприимчивость к COVID-19. 24 мутации, ассоциированные с тяжелым течением COVID-19, были обнаружены в 8 из 13 генов — TLR3 , UNC93 B1 (белок unc-93 гомолог B1, регулирующий нуклеотид-зависимую передачу сигналов TLR), TICAM1 (TIR-домен-адапторная молекула 1, цитоплазматический белок распознавания вирусов, участвующий в активации факторов транскрипции и индукции провоспалительных цитокинов), TBK1 (мультифункциональная серин/треонин-протеинкиназа, необходимая для TLR3- и ИФН-зависимого контроля вирусной инфекции), I RF3 и I RF7 (ИФН-зависимые регуляторные факторы 3 и 7, ключевые транскрипционные регуляторы ИФН-зависимого иммунного ответа против ДНК- и РНК-вирусов), I FNAR1 и I FNAR2 (рецепторы ИФН-α/β 1 и 2 типа, ассоциированные с изоформой рецептора ИФН I типа) [187].
Полиморфизмы генов I FNAR2 и TYK2 (участвуют в инициации сигнала ИФН I типа) были ассоциированы с критически тяжелой формой COVID-19 в Европейской популяции [130]. Получены доказательства связи между низкой экспрессией I FNAR2 и высокой экспрессией TYK2 с жизнеугрожающей формой COVID-19 [130]. Жизнеугрожающая форма COVID-19 может быть результатом аутоиммунного процесса, связанного с врожденными нарушениями ИФН-I-зависимого иммунитета. У пациентов с критически тяжелой формой COVID-19 обнаружены IgG-аутоантитела против ИФН I типа. Такие антитела не были выявлены у пациентов с бессимптомной SARS-CoV-2-инфекцией и с COVID-19 cредней тяжести [20]. У пациентов с жизнеугрожающей пневмонией, обусловленной COVID-19, выявлены врожденные ошибки в генах ИФН-регулирующего фактора 7 (IRF7 ), TLR3 (3,5%) и TLR7 (2,1%) [187]. Полиморфизмы были связаны со снижением экспрессии TLR3 и TLR7 [64].
Исследования, проведенные в нашей стране ЦСП ФМБА России, позволили выявить наборы сцепленных полиморфизмов генов TLR , ассоциированных с тяжелым течением COVID-19. Географическое распределение этих полиморфизмов на территории России совпадало с распределением тяжелых случаев COVID-19 [3].
7.3.8. Гены, участвующие в противодействии входу вируса в клетку и его репликации
Семейство 2’-5’-олигоаденилатсинтазы (OAS) включает белки OAS1, OAS2, OAS3 и OAS-подобный белок (OASL). Гены OAS1–3 расположены в локусе 12q24.13. ИФН I и II типов индуцируют синтез белков OAS, которые распознают экзогенные нуклеиновые кислоты и запускают противовирусные процессы [77]. OAS1 представляет собой тетрамерный ИФН-индуцируемый дцРНК-активируемый противовирусный фермент. Он вызывает димеризацию и активацию РНКазы L, что приводит к деградации клеточной и вирусной РНК, подавлению синтеза белка и репликации вируса. Продукты генов OAS1–3 сходным образом ингибируют раннюю вирусную репликацию. Продукт гена OASL обладает противовирусным и провирусным действием в зависимости от регуляторного механизма и фазы инфекции [46]. Установлена ассоциация SNP rs10735079 в кластере генов OAS1–3 с критически тяжелым течением COVID-19 в Европейской популяции [130]. Повышенный уровень белка OAS1 был связан со снижением восприимчивости к SARS-CoV-2-инфекции и тяжести течения COVID-19 [71]. Вариант rs10774671*G гена OAS1 , расположенный в сайте сплайсинга, ассоциирован с повышением экспрессии белка OAS1, повышением уровня изоформы р46 и сниженной восприимчивостью к COVID-19 и легкой или среднетяжелой формой заболевания [143, 193].
Семейство трансмембранных белков, индуцированных ИФН (IFITM), представляет собой противовирусные клеточные рестрикционные факторы, которые препятствуют проникновению вируса в клетки-хозяева путем ограничения слияния мембран. Белки IFITM активны против SARS-CoV, вируса гриппа А, вируса Эбола, вируса Денге, ВИЧ-1 и ряда других вирусов [18]. Гены I FITM1–3 расположены в локусе 11p15.5. Предварительные генетические исследования показали, что гомозиготность по С-аллелю rs12252 в гене I FITM3 была ассоциирована с тяжелым течением COVID-19 [189]. При инфекции SARS-CoV-2 обнаружены множественные SNP в участке, содержащем гены I FITM1–3 , ген NLRP6 , кодирующий сенсорный компонент инфламмасомы NLRP6 и участвующий во врожденном иммунном ответе и воспалительной реакции, а также ген I RF7 , который связан с тяжелым течением COVID-19 [187].
В локусе 21q22.3 расположены гены MX1 , MX2 и TMPRSS2 , кодирующие противовирусные белки. Белки MX1 и MX2 отвечают за защитный ответ против различных РНК-вирусов и некоторым ДНК-вирусов, белок TMPRSS2 (трансмембранная сериновая протеаза 2) критически важен для входа SARS-CoV-2 в клетку [74]. Минорные аллели 5 SNPs ассоциированы с высокой экспрессией MX1 и сниженным риском тяжелого течения COVID-19 в Европейской популяции [12]. Полиморфизмы в промоторе гена MX1 , ассоциированные с повышенной транскрипцией in vitro , связаны со сниженной восприимчивостью к SARS-CoV в китайской популяции [45].
7.3.9. Гены, связанные с мукозальным клиренсом, и COVID-19
Нарушение функции гена DNAH7 (кодирует тяжелую цепь 7 динеина) может привести к блокированию подвижности ресничек и снижению способности к мукоцилиарному клиренсу. Ген CLUAP1 кодирует кластерин-ассоциированный белок 1, необходимый для цилиогенеза. Полиморфизмы этого гена могут приводить к подавлению синтеза белка CLUAP1 и, соответственно, нарушению формирования ресничек. Для пациентов с COVID-19 важно сохранение нормального функционирования ресничного эпителия дыхательных путей. Обнаружено, что при SARS-CoV-2-инфекции экспрессия гена DNAH7 in vitro подавлялась наиболее сильно [124]. Белок, кодируемый геном WSB1 , вовлечен во регуляцию врожденного иммунного ответа, процессинг антигенов и их презентацию молекулами HLA класса I, а также способен ускорять созревание рецептора ИЛ-21, который участвует в функционировании НК- и Т-клеток.
Полиморфизмы гена MUC5 B значимо ассоциированы с уровнем экспрессии белка муцина 5В и восприимчивостью к ряду заболеваний. У пациентов с идиопатическим легочным фиброзом обнаруживается существенно повышенный уровень MUC5B по сравнению со здоровыми индивидуумами, а аллель rs35705950*T достоверно ассоциирован с риском заболевания, особенно в гомозиготном состоянии [148]. Этот SNP расположен выше сайта старта транскрипции гена MUC5 B и связан с аффинностью связывания ряда факторов транскрипции. Аллель rs35705950*T ассоциирован с защитой от развития тяжелой формы COVID-19 у пожилых пациентов [63]. Защитный эффект связывают с повышенной продукцией муцина в дыхательных путях [168].
Не вызывает сомнений важность исследований генетических факторов, определяющих восприимчивость или устойчивость к SARS-CoV-2 и характер течения COVID-19 в различных популяциях и географических регионах. Это необходимо для понимания биологии SARS-CoV-2, патогенеза COVID-19, совершенствования методов диагностики, лечения и профилактики этого заболевания. Как показали уже проведенные исследования, полиморфизмы, ассоциированные с характером течения COVID-19, расположены в генах, связанных с врожденным и адаптивным иммунитетом. Кроме HLA и их рецепторов, многочисленные молекулы (и, соответственно, кодирующие их гены) играют важную роль в иммунном ответе против SARS-CoV-2 и участвуют в патогенезе COVID-19. К ним относятся факторы элиминации вируса, Толл-подобные рецепторы, цитокины, хемокины и их рецепторы, компоненты системы комплемента, антигены групп крови и ряд других биомаркеров. Гены, кодирующие большинство этих молекул, имеют функционально значимые полиморфизмы, в том числе ассоциированные с ответом на инфекцию, вызываемую SARS-CoV-2. Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) и скрининг кандидатных участков генома помогут выявлению вариантов, которые модулируют противоинфекционный иммунный ответ хозяина, а также манифестацию и тяжесть течения COVID-19. C помощью GWAS уже идентифицированы локусы, связанные с фенотипами SARS-CoV-2-инфекции [59, 130]. При полногеномном анализе более 18 600 000 SNPs были выявлены 8 участков генома («суперварианты»), потенциально ассоциированные со смертельным исходом COVID-19. Также обнаружены локусы, которые содержат аллели, связанные с тромбоэмболией, митохондриальной дисфункцией, сердечно-сосудистыми заболеваниями, сопутствующими COVID-19 [78]. Чтобы максимально повысить эффективность выявления генетических вариантов, связанных с заболеванием, в том числе редких высокопенетрантных вариантов, необходимо исследовать образцы, охватывающие весь спектр исходов SARS-CoV-2-инфекции, от бессимптомных до критических форм COVID-19, а также характеризующие сопутствующие осложнения. Координации таких исследований и формированию репрезентативной картины генетической регуляции ответа организма человека на коронавирусную инфекцию способствуют программы международного научного сотрудничества, примером которых могут служить «COVID-19 HLA & Immunogenetics Consortium» и «COVID-19 Host Genetics Initiative» (https://www.covid19hg.org/) [51]. При этом следует отметить, что наличие генетической предрасположенности не означает возможность однозначного предсказания тяжести течения COVID-19 у конкретного индивида, и для разработки предиктивных тест-систем, определяющих течение заболевания, необходимо создание многопараметрических комплексных моделей, объединяющих в себе генетические, биохимические и клинико-анамнестические данные.
Список литературы
-
Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 14 (27.12.2021)» (утв. Минздравом России). Москва, 2021. 233 с.
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Скворцова В.И. Изучение молекулярно-генетических механизмов влияния вируса SARS-CoV-2 на человека для разработки средств диагностики и защиты. Доклад на Общем собрании РАН, 14–15 декабря 2021 г., Москва. URL: https://fmba.gov.ru/upload/medialibrary/90f/2ylt93hxqqz2yn4ai0ud8fopk2owj24a/Prezentatsiya-V.I.-Skvortsovoy.pdf
-
Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю. Иммуногеномика и генодиагностика человека : национальное руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2017. 256 с. ISBN 978-5-9704-4139-8.
-
Aguiar V.R.C., Augusto D.G., Castelli E.C., Hollenbach J.A., Meyer D., Nunes K. et al. An immunogenetic view of COVID-19. Genet. Mol. Biol. 2021. Vol. 44, N 1. Suppl. 1. Article ID e20210036. DOI: https://doi.org/10.1590/1678-4685-GMB-2021-0036
-
Ahlers J.D., Belyakov I.M. Memories that last forever: Strategies for optimizing vaccine T-cell memory. Blood. 2010. Vol. 115. P. 1678–1689.
-
Ahmed S.F., Quadeer A.A., McKay M.R. Preliminary identification of potential vaccine targets for the COVID-19 coronavirus (SARS-CoV-2) based on SARS-CoV immunological studies. Viruses. 2020. Vol. 12. P. 254.
-
Al Omar S., Middleton D., Marshall E., Porter D., Xinarianos G., Raji O. et al. Associations between genes for killer immunoglobulin-like receptors and their ligands in patients with solid tumors. Hum. Immunol. 2010. Vol. 71. P. 976–981.
-
Ali F., Elserafy M., Alkordi M., Amin M. 2020 ACE2 coding variants in different populations and their potential impact on SARS-CoV-2 binding affinity. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.05.08.084384
-
Alves H.V., de Moraes A.G., Pepineli A.C., Tiyo B.T., de Lima Neto Q.A., Santos T.S. et al. The impact of KIR/HLA genes on the risk of developing multibacillary leprosy. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019. Vol. 13. Article ID e0007696.
-
Anderson K.M., Augusto D.G., Dandekar R., Shams H., Zhao C., Yusufali T. et al. Killer cell immunoglobulin-like receptor variants are associated with protection from symptoms associated with more severe course in Parkinson disease. J. Immunol. 2020. Vol. 205. P. 1323–1330.
-
Andolfo I., Russo R., Lasorsa V.A., Cantalupo S., Rosato B.E., Bonfiglio F. et al. Common variants at 21q22.3 locus influence and gene expression and susceptibility to severe COVID-19. iScience. 2021. Vol. 24. Article ID 102322.
-
André P., Denis C., Soulas C., Bourbon-Caillet C., Lopez J., Arnoux T. et al. Anti-NKG2A mAb is a checkpoint inhibitor that promotes anti-tumor immunity by unleashing both T and NK cells. Cell. 2018. Vol. 175, N 7. P. 1731–1743.e13. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.10.014
-
Auer E.D., Van Tong H., Amorim L.M., Malheiros D., Hoan N.X., Issler H.C. et al. Natural killer cell receptor variants and chronic hepatitis B virus infection in the Vietnamese population. Int. J. Infect. Dis. 2020. Vol. 96. P. 541–547.
-
Augusto D.G. The impact of KIR polymorphism on the risk of developing cancer: not as strong as imagined. Front. Genet. 2016. Vol. 7. P. 121. DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2016.00121
-
Augusto D.G., Petzl-Erler M.L. KIR and HLA under pressure: Evidences of coevolution across worldwide populations. Hum. Genet. 2015. Vol. 134. P. 929–940.
-
Augusto D.G., Lobo-Alves S.C., Melo M.F., Pereira N.F., Petzl-Erler M.L. Activating KIR and HLA Bw4 ligands are associated to decreased susceptibility to pemphigus foliaceus, an autoimmune blistering skin disease. PLoS One. 2012. Vol. 7. Article ID e39991.
-
Bailey C.C., Zhong G., Huang I.-C., Farzan M. IFITM-Family proteins: The cell’s first line of antiviral defense. Annu. Rev. Virol. 2014. Vol. 1. P. 261–283.
-
Barquera R., Collen E., Di D., Buhler S., Teixeira J., Llamas B. et al. Binding affinities of 438 HLA proteins to complete proteomes of seven pandemic viruses and distributions of strongest and weakest HLA peptide binders in populations worldwide. HLA. 2020. Vol. 96. P. 277–298.
-
Bastard P., Rosen L.B., Zhang Q., Michailidis E., Hoffmann H.-H., Zhang Y. et al. Auto-antibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19. Science. 2020. Vol. 370. Article ID eabd4585.
-
Bernard N.J. A STING in the tail for SARS-CoV-2. Nat. Immunol. 2021. Vol. 22. P. 800. DOI: https://doi.org/10.1038/s41590-021-00971-9
-
Blicher T., Kastrup J.S., Buus S., Gajhede M. High-resolution structure of HLA-A.1101 in complex with SARS nucleocapsid peptide. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2005. Vol. 61. P. 1031–1040.
-
Bordoni V., Sacchi A., Cimini E., Notari S., Grassi G., Tartaglia E. et al. An inflammatory profile correlates with decreased frequency of cytotoxic cells in COVID-19. Clin. Infect. Dis. 2020. Vol. 71. P. 2272–2275.
-
Borrego F., Ulbrecht M., Weiss E.H., Coligan J.E., Brooks A.G. Recognition of human histocompatibility leukocyte antigen (HLA)-E complexed with HLA class I signal sequence-derived peptides by CD94/NKG2 confers protection from natural killer cell-mediated lysis. J. Exp. Med. 1998. Vol. 187. P. 813–818.
-
Boudreau J.E., Hsu K.C. Natural killer cell education in human health and disease. Curr. Opin. Immunol. 2018. Vol. 50. P. 102–111.
-
Braud V.M., Allan D.S., O’Callaghan C.A., Söderström K., D’Andrea A., Ogg G.S. et al. HLA-E binds to natural killer cell receptors CD94/ NKG2A, B and C. Nature. 1998. Vol. 391. P. 795–799.
-
Breiman A., Ruven-Clouet N., Le Pendu J. Harnessing the natural anti-glycan immune response to limit the transmis sion of enveloped viruses such as SARS-CoV-2. PLoS Pathog. 2020. Vol. 16, N 5. Article ID e1008556.
-
Bruchez A., Sha K., Johnson J., Chen L., Stefani C., McConnell H. et al. MHC class II transactivator CIITA induces cell resistance to Ebola virus and SARS-like coronaviruses. Science. 2020. Vol. 370, N 6513. P. 241–247. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abb3753
-
Brull D.J., Montgomery H.E., Sanders J., Dhamrait S., Luong L., Rumley A. et al. Interleukin-6 gene -174G > C and -572G > C promoter polymorphisms are strong predictors of plasma interleukin-6 levels after coronary artery bypass surgery. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 2001. Vol. 21. P. 1458–1463. DOI: https://doi.org/10.1161/hq0901.094280
-
Calcagnile M., Forgez P., Iannelli A., Bucci C., Alifano M., Alifano P. ACE2 polymorphisms and individual susceptibility to SARS-CoV-2 infection: insights from an in silico study. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.04.23.057042
-
Campbell K.M., Steiner G., Wells D.K., Ribas A., Kalbasi A. Prediction of SARS‐CoV‐2 epitopes across 9360 HLA class I alleles. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.30.016931
-
Cao K., Moormann A.M., Lyke K.E. et al. Differentiation between African populations is evidenced by the diversity of alleles and haplotypes of HLA class I loci. Tissue Antigens. 2004. Vol. 63. P. 293–325.
-
Cao Y., Li L., Feng Z., Wan S., Huang P., Sun X. et al. Comparative genetic analysis of the novel coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV-2 receptor ACE2 in different populations. Cell Discov. 2020. Vol. 6. P. 1–4.
-
Carey B.S., Poulton K.V., Poles A. Factors affecting HLA expression: a review. Int. J. Immunogenet. 2019. Vol. 46. P. 307–320.
-
Cava C., Bertoli G., Castiglioni I. In silico discovery of candidate drugs against COVID-19. Viruses. 2020. Vol. 12, N 4. P. 404. DOI: https://doi.org/10.3390/v12040404
-
Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). 2020. URL: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/symptoms-testing/symptoms.html (date of access June 23, 2020)
-
Chakraborty C., Sharma A.R., Bhattacharya M., Sharma G., Lee S., Agoramoorthy G. COVID-19: Consider IL-6 receptor antagonist for the therapy of cytokine storm syndrome in SARS-CoV-2 infected patients. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92, N 11. P. 2260–2262. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.26078/
-
Chan J.F.W., Yuan S., Kok K.H., To K.K.W., Chu H., Yang J. et al. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet. 2020. Vol. 395. P. 514–523. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9
-
Chan M.H.M., Wong V.W.S., Wong C.K., Chan P.K.S., Chu C.M., Hui D.S.C. et al. Serum LD1 isoenzyme and blood lymphocyte subsets as prognostic indicators for severe acute respiratory syndrome. J. Intern. Med. 2004. Vol. 255. P. 512–518.
-
Chang S.E., Feng A., Meng W., Apostolidis S.A., Mack E., Artandi M. et al. New-onset IgG autoantibodies in hospitalized patients with COVID-19. Nat. Commun. 2021. Vol. 12, N 1. P. 5417. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-25509-3
-
Channappanavar R., Fett C., Zhao J., Meyerholz D.K., Perlman S. Virus-specific memory CD8 T cells provide substantial protection from lethal severe acute respiratory syndrome coronavirus infection. J. Virol. 2014. Vol. 88. P. 11034–11044.
-
Chen X., Zhao B., Qu Y., Chen Y., Xiong J., Feng Y. et al. Detectable serum SARS-CoV-2 viral load (RNAaemia) is closely associated with drastically elevated interleukin 6 (IL-6) level in critically ill COVID-19 patients. medRxiv. 2020. Vol. 71. P. 1937–1942. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.02.29.20029520
-
Chen Y.M., Liang S.Y., Shih Y.P. et al. Epidemiological and genetic correlates of severe acute respiratory syndrome coronavirus infection in the hospital with the highest nosocomial infection rate in Taiwan in 2003. J. Clin. Microbiol. 2006. Vol. 44. P. 359–365.
-
Cheng Y., Cheng G., Chui C.H. et al. ABO blood group and susceptibility to severe acute respiratory syndrome. JAMA. 2005. Vol. 293. P. 1450–1451.
-
Ching J.C.-Y., Chan K.Y.K., Lee E.H.L., Xu M.-S., Ting C.K.P., So T.M.K. et al.(2010) Significance of the myxovirus resistance A (MxA) gene -123C>A single-nucleotide polymorphism in suppressed interferon beta induction of severe acute respiratory syndrome coronavirus infection. J. Infect. Dis. 2010. Vol. 201. P. 1899–1908.
-
Choi U.Y., Kang J.-S., Hwang Y.S., Kim Y.-J. Oligoadenylate synthase-like (OASL) proteins: Dual functions and associations with diseases. Exp. Mol. Med. 2015. Vol. 47. P. e144.
-
Chong W.P., Ip W.K., Tso G.H. et al. The interferon gamma gene polymorphism +874 A/T is associated with severe acute respiratory syndrome. BMC Infect. Dis. 2006. Vol. 6. P. 82.
-
Choudhury A., Mukherjee S. In silico studies on the comparative characterization of the interactions of SARS CoV-2 spike glycoprotein with ACE-2 receptor homologs and human TLRs. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 2105–2113.
-
COVID-19 HLA & Immunogenetics Consortium. URL: www.hlacovid19.org
-
COVID-19 Host Genetics Initiative. Mapping the human genetic architecture of COVID-19. Nature. 2021. Vol. 600, N 7889. P. 472–477. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03767-x
-
COVID-19 Host Genetics Initiative. The COVID-19 Host Genetics Initiative, a global initiative to elucidate the role of host genetic factors in susceptibility and severity of the SARS-CoV-2 virus pandemic. Eur. J. Hum. Genet. 2020. Vol. 28. P. 715–718.
-
Cox E.D., Hoffmann S.C., DiMercurio B.S. et al. Cytokine polymorphic analyses indicate ethnic differences in the allelic distribution of interleukin‐2 and interleukin‐6. Transplantation. 2001. Vol. 72. P. 720–726.
-
Dettke M., Loibner H. Different types of FC gamma-receptors are involved in anti-Lewis Y antibody induced effector functions in vitro. Br. J. Cancer. 2000. Vol. 82. P. 441–445. DOI: https://doi.org/10.1054/bjoc.1999.0940/
-
Dong Q.-M., He Z.-P., Zhuang H., Song S.-J., Dai W.-S., Zhang S.-P. et al. [Dynamics of peripheral blood B lymphocytes and natural killer cells in patients with severe acute respiratory syndrome]. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2004. Vol. 25. P. 695–697.
-
Donoghue M., Hsieh F., Baronas E., Godbout K., Gosselin M., Stagliano N. et al. A novel angiotensin-converting enzyme–related carboxypeptidase ACE2 converts angiotensin I to angiotensin 1–9. Circ. Res. 2000. Vol. 87. P. e1–e9.
-
Dos Santos Francisco R., Buhler S., Nunes J.M., Bitarello B.D., França G.S., Meyer D., Sanchez-Mazas A. HLA supertype variation across populations: new insights into the role of natural selection in the evolution of HLA-A and HLA-B polymorphisms. Immunogenetics. 2015. Vol. 67. P. 651–663.
-
Downes D.J., Cross A.R., Hua P., Roberts N., Schwessinger R., Cutler A.J. et al.; Severe COVID-19 GWAS Group, COvid-19 Multi-omics Blood ATlas (COMBAT) Consortium. Identification of LZTFL1 as a candidate effector gene at a COVID-19 risk locus. Nat. Genet. 2021. Vol. 53, N 11. P. 1606–1615. DOI: https://doi.org/10.1038/s41588-021-00955-3
-
Doyle W.J., Casselbrant M.L., Li-Korotky H.S., Cullen Doyle A.P., Lo C.Y., Turner R. et al. The interleukin 6-174 C/C genotype predicts greater rhinovirus illness. J. Infect. Dis. 2010. Vol. 201. P. 199–206. DOI: https://doi.org/10.1086/649559
-
Ellinghaus D., Degenhardt F., Bujanda L., Buti M., Albillos A., Invernizzi P. et al. Genomewide association study of severe COVID-19 with respiratory failure. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 383, N 16. P. 1522–1534. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2020283
-
Enayatkhani M., Hasaniazad M., Faezi S., Gouklani H., Davoodian P., Ahmadi N. et al. Reverse vaccinology approach to design a novel multi-epitope vaccine candidate against COVID-19: an in silico study. J. Biomol. Struct. Dyn. 2020. Vol. 39. P. 2857–2872.
-
Espinosa O.A., Zanetti A.D.S., Antunes E.F., Longhi F.G., Matos T.A. de, Battaglini P.F. Prevalence of comorbidities in patients and mortality cases affected by SARS-CoV2: a systematic review and meta-analysis. Rev. Inst. Med. Trop. Sao Paulo. 2020. Vol. 62. P. e43.
-
Eze I.C., Imboden M., Kumar A., Adam M., von Eckardstein A., Stolz D. et al. A common functional variant on the pro-inflammatory Interleukin-6 gene may modify the association between long-term PM10 exposure and diabetes. Environ. Health. 2016. Vol. 15. P. 39. DOI: https://doi.org/10.1186/s12940-016-0120-5
-
Fadista J., Kraven L.M., Karjalainen J., Andrews S.J., Geller F. et al.; COVID-19 Host Genetics Initiative. Shared genetic etiology between idiopathic pulmonary fibrosis and COVID-19 severity. EBioMedicine. 2021. Vol. 65. Article ID 103277.
-
Fallerini C., Daga S., Mantovani S., Benetti E., Picchiotti N., Francisci D. et al. Association of Toll-like receptor 7 variants with life-threatening COVID-19 disease in males: findings from a nested case-control study. Elife. 2021. Vol. 10. Article ID e67569. DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.67569
-
Fan Y., Zhao K., Shi Z.L., Zhou P. Bat coronaviruses in China. Viruses. 2019. Vol. 11, N 3. P. 210. DOI: https://doi.org/10.3390/v11030210
-
Fauriat C., Ivarsson M.A., Ljunggren H.-G., Malmberg K.-J., Michaëlsson J. Education of human natural killer cells by activating killer cell immunoglobulin-like receptors. Blood. 2010. Vol. 115. P. 1166–1174.
-
Forlani G., Turrini F., Ghezzi S., Tedeschi A., Poli G., Accolla R.S. et a. The MHC-II transactivator CIITA inhibits Tat function and HIV-1 replication in human myeloid cells. J. Transl. Med. 2016. Vol. 14. P. 94. DOI: https://doi.org/10.1186/s12967-016-0853-5
-
Frazao J.B., Errante P.R., Condino-Neto A. Toll-like receptors’ pathway disturbances are associated with increased susceptibility to infections in humans. Arch. Immunol. Ther. Exp. 2013. Vol. 61. P. 427–443.
-
Han L., Zhuang M.W., Deng J., Zheng Y., Zhang J., Nan M.L. et al. SARS-CoV-2 ORF9b antagonizes type I and III interferons by targeting multiple components of the RIG-I/MDA-5-MAVS, TLR3-TRIF, and cGAS-STING signaling pathways. J. Med. Virol. 2021. Vol. 93, N 9. P. 5376–5389. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.27050
-
Henmyr V., Carlberg D., Manderstedt E., Lind-Hallden C., Sall T. et al. Genetic variation of the toll-like receptors in a Swedish allergic rhinitis case population. BMC Med. Genet. 2017. Vol. 18, N 1. P. 18. DOI: https://doi.org/10.1186/s12881-017-0379-6
-
Hernandez-Cordero A.I., Li X., Milne S., Yang C.X., Bosse Y., Joubert P. et al. Multi-omics highlights ABO plasma protein as a causal risk factor for COVID-19. Hum. Genet. 2021. Vol. 140. P. 969–979.
-
Heurich A., Hofmann-Winkler H., Gierer S., Liepold T., Jahn O., Pohlmann S. TMPRSS2 and ADAM17 cleave ACE2 differentially and only proteolysis by TMPRSS2 augments entry driven by the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike protein. J. Virol. 2014. Vol. 88. P. 1293–1307.
-
Hoffmann M., Hofmann-Winkler H., Pohlmann S. Priming time: how cellular proteases arm coronavirus spike proteins. Activation of Viruses by Host Proteases / eds E. Bottcher-Friebertshauser, W. Garten, H. Klenk. Cham : Springer, 2018. P. 71–98.
-
Hoffmann M., Kleine-Weber H., Schroeder S., Krüger N., Herrler T., Erichsen S. et al. SARS-CoV-2 cell entry depends on ACE2 and TMPRSS2 and is blocked by a clinically proven protease inhibitor. Cell. 2020. Vol. 181, N 2. P. 271–280.e8. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052
-
Hoffmann S.C., Stanley E.M., Cox E.D., DiMercurio B.S., Koziol D.E., Harlan D.M. et al. Ethnicity greatly influences cytokine gene polymorphism distribution. Am. J. Transpl. 2002. Vol. 2. P. 560–567. DOI: https://doi.org/10.1034/j.1600-6143.2002.20611.x
-
Hollenbach J.A., Pando M.J., Caillier S.J., Gourraud P.A., Oksenberg J.R. The killer immunoglobulin-like receptor KIR3DL1 in combination with HLA-Bw4 is protective against multiple sclerosis in African Americans. Genes Immun. 2016. Vol. 17, N 3. P. 199–202. DOI: https://doi.org/10.1038/gene.2016.5
-
Hovanessian A.G., Justesen J. The human 2’-5’oligoadenylate synthetase family: Unique interferon-inducible enzymes catalyzing 2’-5’ instead of 3’-5’ phosphodiester bond formation. Biochimie. 2007. Vol. 89. P. 779–788.
-
Hu J., Li C., Wang S., Li T., Zhang H. Genetic variants are identified to increase risk of COVID-19 related mortality from UK Biobank data. Hum. Genomics. 2021. Vol. 15. P. 10.
-
Humphries F., Shmuel-Galia L., Jiang Z., Wilson R., Landis P., Ng S.L. et al. A diamidobenzimidazole STING agonist protects against SARS-CoV-2 infection. Sci. Immunol. 2021. Vol. 6, N 59. Article ID eabi9002. DOI: https://doi.org/10.1126/sciimmunol.abi9002 PMID: 34010139; PMCID: PMC8158975.
-
Humphries S.E., Luong L.A., Ogg M.S., Hawe E., Miller G.J. The interleukin-6 -174G/C promoter polymorphism is associated with risk of coronary heart disease and systolic blood pressure in healthy men. Eur. Heart J. 2001. Vol. 22. P. 2243–2252. DOI: https://doi.org/10.1053/euhj.2001.2678
-
Hussain M., Jabeen N., Raza F., Shabbir S., Baig A.A., Amanullah A. et al. Structural variations in human ACE2 may influence its binding with SARS-CoV-2 spike protein. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 1580–1586.
-
Iturrieta-Zuazo I., Rita C.G., García-Soidán A., de Malet Pintos-Fonseca A., Alonso-Alarcón N., Pariente-Rodríguez R. et al. Possible role of HLA class-I genotype in SARS-CoV-2 infection and progression: a pilot study in a cohort of Covid-19 Spanish patients. Clin. Immunol. 2020. Vol. 219. Article ID 108572. DOI: https://doi.org/10.1016/j.clim.2020.10857
-
Iwata-Yoshikawa N., Okamura T., Shimizu Y., Hasegawa H., Takeda M., Nagata N. TMPRSS2 contributes to virus spread and immunopathology in the airways of murine models after coronavirus infection. J. Virol. 2019. Vol. 93. P. e01815–e01818.
-
Jiang M., Guo Y., Luo Q., Huang Z., Zhao R., Liu S. et al. T-Cell subset counts in peripheral blood can be used as discriminatory biomarkers for diagnosis and severity prediction of Coronavirus disease 2019. J. Infect. Dis. 2020. Vol. 222. P. 198–202.
-
Joshi A., Joshi B.C., Mannan M.A.-U., Kaushik V. Epitope based vaccine prediction for SARS-COV-2 by deploying immuno-informatics approach. Inform. Med. Unlocked. 2020. Vol. 19. P. 100338.
-
Josset L., Menachery V.D., Gralinski L.E., Agnihothram S., Sova P., Carter V.S. et al. Cell host response to infection with novel human coronavirus EMC predicts potential antivirals and important differences with SARS coronavirus. MBio. 2013. Vol. 4. Article ID e00165-13.
-
Kalita P., Padhi A.K., Zhang K.Y.J., Tripathi T. Design of a peptide-based subunit vaccine against novel coronavirus SARS-CoV-2. Microb. Pathog. 2020. Vol. 145. Article ID 104236.
-
Kaser A. Genetic risk of severe COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 383, N 16. P. 1590–1591. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMe2025501
-
Kaur G., Gras S., Mobbs J.I., Vivian J.P., Cortes A., Barber T. et al. Structural and regulatory diversity shape HLA-C protein expression levels. Nat. Commun. 2017. Vol. 8. Article ID 15924.
-
Keicho N., Itoyama S., Kashiwase K. et al. Association of human leukocyte antigen class II alleles with severe acute respiratory syndrome in the Vietnamese population. Hum. Immunol. 2009. Vol. 70. P. 527–531.
-
Keshavarz M., Namdari H., Farahmand M., Mehrbod P., Mokhtari-Azad T., Rezaei F. Association of polymorphisms in inflammatory cytokines encoding genes with severe cases of influenza A/H1N1 and B in an Iranian population. Virol. J. 2019. Vo. 16. P. 79. DOI: https://doi.org/10.1186/s12985-019-1187-8
-
Kim H.-J., Choi H.-B., Jang J.-P., Baek I.-C., Choi E.-J., Park M. et al. HLA-Cw polypmorphism and killer cell immunoglobulin-like receptor (KIR) gene analysis in Korean colorectal cancer patients. Int. J. Surg. 2014. Vol. 12. P. 815–820.
-
Kiyotani K., Toyoshima Y., Nemoto K., Nakamura Y. Bioinformatic prediction of potential T cell epitopes for SARS-Cov-2. J. Hum. Genet. 2020. Vol. 65. P. 569–575.
-
Klein J., Sato A. The HLA system first of two parts. N. Engl. J. Med. 2000. Vol. 343. P. 702–709.
-
Ko C.J., Huang C.C., Lin H.Y., Juan C.P., Lan S.W., Shyu H.Y. et al. Androgen-induced TMPRSS2 activates matriptase and promotes extracellular matrix degradation prostate cancer cell invasion tumor growth and metastasis. Cancer Res. 2015. Vol. 75. P. 2949–2960.
-
Kowarz E., Krutzke L., Reis J. et al. «Vaccine-Induced COVID-19 Mimicry» Syndrome: Splice reactions within the SARS-CoV-2 Spike open reading frame result in Spike protein variants that may cause thromboembolic events in patients immunized with vector-based vaccines. Res. Square. 26 May 2021. Preprint (Version 1). DOI: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-558954/v1
-
Kuba K., Imai Y., Ohto-Nakanishi T., Penninger J.M. Trilogy of ACE2: a peptidase in the renin-angiotensin system, a SARS receptor, and a partner for amino acid transporters. Pharmacol. Ther. 2010. Vol. 128. P. 119–1128.
-
Kulkarni S., Martin M.P., Carrington M. The yin and yang of HLA and KIR in human disease. Semin. Immunol. 2008. Vol. 20. P. 343–352.
-
La Porta C.A.M., Zapperi S. Estimating the binding of Sars-CoV-2 peptides to HLA class I in human subpopulations using artificial neural networks. Cell Syst. 2020. Vol. 11. P. 412–417.e2.
-
Lee W., Plant K., Humburg P., Knight J.C. AltHapAlignR: improved accuracy of RNA-seq analyses through the use of alternative haplotypes. Bioinformatics. 2018. Vol. 34. P. 2401–2408.
-
Leite M. de M., Gonzalez-Galarza F.F., Silva B.C.C. da, Middleton D., Santos E.J.M.D. Predictive immunogenetic markers in COVID-19. Hum. Immunol. 2021. Vol. 82. P. 247–254.
-
Li F., Wei H., Wei H., Gao Y., Xu L., Yin W. et al. Blocking the natural killer cell inhibitory receptor NKG2A increases activity of human natural killer cells and clears hepatitis B virus infection in mice. Gastroenterology. 2013. Vol. 144. P. 392–401.
-
Li F. Receptor recognition and cross-species infections of SARS coronavirus. Antiviral Res. 2013. Vol. 100. P. 246–254.
-
Li G., Fan Y., Lai Y., Han T., Li Z., Zhou P. et al. Coronavirus infections and immune responses. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 424–432. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.25685
-
Li J.Y., You Z., Wang Q., Zhou Z.J., Qiu Y., Luo R. et al. The epidemic of 2019-novel-coronavirus 2019-nCoV pneumonia and insights for emerging infectious diseases in the future. Microbes Infect. 2020. Vol. 22. P. 80–85.
-
Li M., Ferretti M., Ying B., Descamps H., Lee E., Dittmar M. et al. Pharmacological activation of STING blocks SARS-CoV-2 infection. Sci. Immunol. 2021. Vol. 6, N 59. Article ID eabi9007. DOI: https://doi.org/10.1126/sciimmunol.abi9007
-
Lin M., Tseng H.K., Trejaut J.A. et al. Association of HLA class I with severe acute respiratory syndrome coronavirus infection. BMC Med. Genet. 2003. Vol. 4. P. 9.
-
Liu Y., Sawalha A.H., Lu Q. COVID-19 and autoimmune diseases. Curr. Opin. Rheumatol. 2021. Vol. 33. P. 155–162.
-
Ljunggren H.-G., Kärre K. In search of the «missing self»: MHC molecules and NK cell recognition. Immunol. Today. 1990. Vol. 11. P. 237–244.
-
Lung J., Lin Y.S., Yang Y.H., Chou Y.L., Shu L.H., Cheng Y.C. et al. The potential chemical structure of anti-SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92, N 6. P. 693–697.
-
Manchanda P.K., Kumar A., Bid H.K., Mittal R.D. Interleukin and receptor antagonist (IL-1Ra) gene polymorphisms and the prediction of the risk of end-stage renal disease. Biomarkers. 2006. Vol. 11. P. 164–173. DOI: https://doi.org/10.1080/13547500500525383
-
Mao L., Wang M., Chen S., He Q., Chang J., Hong C. et al. Neurological manifestations of hospitalized patients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective case series study. BMJ. 2020. Vol. 77. P. 683–690. DOI: https://doi.org/10.2139/ssrn.3544840
-
Marchan J. Conserved HLA binding peptides from five non-structural proteins of SARS-CoV-2 – an in silico glance. Hum. Immunol. 2020. Vol. 81. P. 588–595.
-
Martin M.P., Qi Y., Gao X., Yamada E., Martin J.N., Pereyra F. et al. Innate partnership of HLA-B and KIR3DL1 subtypes against HIV-1. Nat. Genet. 2007. Vol. 39. P. 733–740.
-
Matsuyama S., Ujike M., Morikawa S., Tashiro M., Taguchi F. Protease-mediated enhancement of severe acute respiratory syndrome coronavirus infection. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2005. Vol. 102. P. 12 543–12 547.
-
Menachery V.D., Schäfer A., Burnum-Johnson K.E., Mitchell H.D., Eisfeld A.J., Walters K.B. et al. MERS-CoV and H5N1 influenza virus antagonize antigen presentation by altering the epigenetic landscape. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2018. Vol. 115. P. E1012–E1021.
-
Michalek J., Svetlikova P., Fedora M., Klimovic M., Klapacova L., Bartosova D. et al. Interleukin-6 gene variants and the risk of sepsis development in children. Hum. Immunol. 2007. Vol. 68. P. 756–760. DOI: https://doi.org/10.1016/j. umimm.2007.06.003
-
Middleton D., Vilchez J.R., Cabrera T., Meenagh A., Williams F., Halfpenny I. et al. Analysis of KIR gene frequencies in HLA class I characterised bladder, colorectal and laryngeal tumours. Tissue Antigens. 2007. Vol. 69. P. 220–226.
-
Middleton D., Williams F., Meenagh A. et al. Analysis of the distribution of HLA‐A alleles in populations from five continents. Hum. Immunol. 2000. Vol. 61. P. 1048–1052.
-
Ng M.H., Lau K.M., Li L. et al. Association of human‐leukocyte‐antigen class I (B.0703) and class II (DRB1.0301) genotypes with susceptibility and resistance to the development of severe acute respiratory syndrome. J. Infect. Dis. 2004. Vol. 190. P. 515–518.
-
Nguyen A., David J.K., Maden S.K., Wood M.A., Weeder B.R., Nellore A et al. Human leukocyte antigen susceptibility map for severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2. J. Virol. 2020. Vol. 94. Article ID e00510-20.
-
Nunnari G., Sanfilippo C., Castrogiovanni P., Imbesi R., Li Volti G., Barbagallo I. et al. Network perturbation analysis in human bronchial epithelial cells following SARS-CoV2 infection. Exp. Cell Res. 2020. Vol. 395. Article ID 112204.
-
Older Aguilar A.M., Guethlein L.A., Adams E.J., Abi-Rached L., Moesta A.K., Parham P. Coevolution of killer cell Ig-like receptors with HLA-C to become the major variable regulators of human NK cells. J. Immunol. 2010. Vol. 185. P. 4238–4251.
-
Ong E., Wong M.U., Huffman A., He Y. COVID-19 coronavirus vaccine design using reverse vaccinology and machine learning. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.20.000141
-
Ortiz-Fernandez L., Sawalha A.H. Genetic variability in the expression of the SARS-CoV-2 host cell entry factors across populations. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.04.06.027698
-
Ozato K., Tsujimura H., Tamura T. Toll-like receptor signaling and regulation of cytokine gene expression in the immune system. BioTechniques. 2002. Vol. 33, suppl. P. 66–68, 70, 72.
-
Barreiro L.B., Ben-Ali M., Quach H. et al. Evolutionary dynamics of human Toll-like receptors and their different contributions to host defense. PLoS Genet. 2009. Vol. 5. Article ID e1000562.
-
Pairo-Castineira E., Clohisey S., Klaric L., Bretherick A.D., Rawlik K., Pasko D. et al. Genetic mechanisms of critical illness in COVID-19. Nature. 2020. Vol. 591. P. 92–98.
-
Park A., Iwasaki A. Type I and type III interferons — induction, signaling, evasion, and application to combat COVID-19. Cell Host Microbe. 2020. Vol. 27. P. 870–878.
-
Patel J.A., Nair S., Revai K., Grady J., Saeed K., Matalon R. et al. Association of proinflammatory cytokine gene polymorphisms with susceptibility to otitis media. Pediatrics. 2006. Vol. 118. P. 2273–2279. DOI: https://doi.org/10.1542/peds.2006-0764
-
Patil A., Tripathy J.P., Deshmukh V., Sontakke B., Tripathi S.C. SeXX and COVID-19: tussle between the two. Monaldi Arch. Chest Dis. 2020. Vol. 90.
-
Petzl-Erler M.L. Beyond the HLA polymorphism: a complex pattern of genetic susceptibility to pemphigus. Genet. Mol. Biol. 2020. Vol. 43. Article ID e20190369.
-
Podhorzer A., Dirchwolf M., Machicote A., Belen S., Montal S., Paz S. et al. The clinical features of patients with chronic hepatitis C virus infections are associated with killer cell immunoglobulin-like receptor genes and their expression on the surface of natural killer cells. Front. Immunol. 2017. Vol. 8. P. 1912.
-
Qin C., Zhou L., Hu Z., Zhang S., Yang S., Tao Y. et al. Dysregulation of immune response in patients with COVID-19 in Wuhan, China. Clin. Infect. Dis. 2020. Vol. 71. P. 762–768.
-
Qing E., Hantak M., Perlman S., Gallagher T. Distinct roles for sialoside and protein receptors in coronavirus infection. MBio. 2020. Vol. 11. Article ID e02764-19.
-
Reinke L.M., Spiegel M., Plegge T., Hartleib A., Nehlmeier I., Gierer S. et al. Different residues in the SARS-CoV spike protein determine cleavage and activation by the host cell protease TMPRSS2. PLoS One. 2017. Vol. 12. Article ID e0179177.
-
Ren L.L., Wang Y.M., Wu Z.Q., Xiang Z.C., Guo L., Xu T. et al. Identification of a novel coronavirus causing severe pneumonia in human: a descriptive study. Chin. Med. J. 2020. Vol. 133. P. 1015–1024. DOI: https://doi.org/10.1097/CM9.0000000000000722
-
Revai K., Patel J.A., Grady J.J., Nair S., Matalon R., Chonmaitree T. Association between cytokine gene polymorphisms and risk for upper respiratory tract infection and acute otitis media. Clin. Infect. Dis. 2009. Vol. 49. P. 257–261. DOI: https://doi.org/10.1086/599833
-
Rivino L., Tan A.T., Chia A., Kumaran E.A.P., Grotenbreg G.M., MacAry P.A. et al. Defining CD8+ T cell determinants during human viral infection in populations of Asian ethnicity. J. Immunol. 2013. Vol. 191. P. 4010–4019.
-
Robinson J., Barker D.J., Georgiou X., Cooper M.A., Flicek P., Marsh S.G.E. IPD-IMGT/HLA Database. Nucleic Acids Res. 2020. Vol. 48. P. D948–D955.
-
Sams A.J., Dumaine A., Nedelec Y., Yotova V., Alfieri C., Tanner J.E. et al. Adaptively introgressed neandertal haplotype at the OAS locus functionally impacts innate immune responses in humans. Genome Biol. 2016. Vol. 17. P. 246.
-
Sanami S., Zandi M., Pourhossein B., Mobini G.-R., Safaei M., Abed A. et al. Design of a multi-epitope vaccine against SARS-CoV-2 using immunoinformatics approach. Int. J. Biol. Macromol. 2020. Vol. 164. P. 871–883.
-
Sanderson S.C., Kumari M., Brunner E.J., Miller M.A., Rumley A., Lowe G.D. et al. Association between IL6 gene variants -174G>C and -572G>C and serum IL-6 levels: Interactions with social position in the Whitehall II cohort. Atherosclerosis. 2009. Vol. 204. P. 459–464. DOI: https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2008.09.019
-
Sankaran D., Asderakis A., Ashraf S., Roberts I.S.D., Short C.D., Dyer P.A. et al. Cytokine gene polymorphisms predict acute graft rejection following renal transplantation. Kidney Int. 1999. Vol. 56. P. 281–288. DOI: https://doi.org/10.1046/j.1523-1755.1999.00536.x
-
Saxena A., Sharma G., Tyagi S. et al. HLA‐A.02 repertoires in three defined population groups from North and Central India: Punjabi Khatries, Kashmiri Brahmins and Sahariya Tribe. HLA. 2019. Vol. 93. P. 16–23.
-
Seibold M.A., Wise A.L., Speer M.C., Steele M.P., Brown K.K., Loyd J.E. et al. A common MUC5B promoter polymorphism and pulmonary fibrosis. N. Engl. J. Med. 2011. Vol. 364. P. 1503–1512.
-
Senapati S., Banerjee P., Bhagavatula S., Kushwaha P.P., Kumar S. Contributions of human ACE2 and TMPRSS2 in determining host-pathogen interaction of COVID-19. J Genet. 2021. Vol. 100, N 1. P. 12. DOI: https://doi.org/10.1007/s12041-021-01262-w
-
Sette A., Sidney J. Nine major HLA class I supertypes account for the vast preponderance of HLA-A and -B polymorphism. Immunogenetics. 1999. Vol. 50. P. 201–212.
-
Sharma S., Singh I., Haider S., Malik M.Z., Ponnusamy K., Rai E. ACE2 homo-dimerization human genomic variants and interaction of host proteins explain high population specific differences in outcomes of COVID19. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.04.24.050534
-
Shulla A., Heald-Sargent T., Subramanya G., Zhao J., Perlman S., Gallagher T. A transmembrane serine protease is linked to the severe acute respiratory syndrome coronavirus receptor and activates virus entry. J. Virol. 2011. Vol. 85. P. 873–882.
-
Simmons G., Reeves J.D., Rennekamp A.J., Amberg S.M., Piefer A.J., Bates P. Characterization of severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus SARS-CoV spike glycoprotein-mediated viral entry. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004. Vol. 101. P. 4240–4245.
-
Sleijfer S., Bannink M., Van Gool A.R., Kruit W.H.J., Stoter G. Side effects of interferon-α therapy. Pharm. World Sci. 2005. Vol. 27. P. 423–431.
-
Strafella C., Caputo V., Termine A., Barati S., Caltagirone C., Giardina E. et al. Investigation of genetic variations of IL6 and IL6r as potential prognostic and pharmacogenetics biomarkers: implications for COVID-19 and neuroinflammatory disorders. Life (Basel). 2020. Vol. 10. P. 1–10. DOI: https://doi.org/10.3390/life10120351
-
Sun D.-W., Zhang D., Tian R.-H., Li Y., Wang Y.-S., Cao J. et al. The underlying changes and predicting role of peripheral blood inflammatory cells in severe COVID-19 patients: a sentinel. Clin. Chim. Acta. 2020. Vol. 508. P. 122–129.
-
Suzuki Y., Hamamoto Y., Ogasawara Y., Ishikawa K., Yoshikawa Y., Sasazuki T. et al. Genetic polymorphisms of killer cell immunoglobulin-like receptors are associated with susceptibility to psoriasis vulgaris. J. Invest. Dermatol. 2004. Vol. 122. P. 1133–1136.
-
Sylvester-Hvid C., Nielsen M., Lamberth K., Roder G., Justesen S., Lundegaard C. et al. SARS CTL vaccine candidates; HLA supertype-, genome-wide scanning and biochemical validation. Tissue Antigens. 2004. Vol. 63. P. 395–400.
-
Tahir Ul Qamar M., Shahid F., Aslam S., Ashfaq U.A., Fatima I., Fareed M.M. et al. Reverse vaccinology assisted designing of multiepitope-based subunit vaccine against SARS-CoV-2. Infect. Dis. Poverty. 2020. Vol. 9. P. 132.
-
Tanaka T., Narazaki M., Kishimoto T. Immunotherapeutic implications of IL-6 blockade for cytokine storm. Immunotherapy. 2016. Vol. 8. P. 959–970. DOI: https://doi.org/10.2217/imt-2016-0020
-
Tang F., Liu W., Zhang F. et al. IL‐12 RB1 genetic variants contribute to human susceptibility to severe acute respiratory syndrome infection among Chinese. PLoS One. 2008. Vol. 3. P. e2183.
-
Terry C.F., Loukaci V., Green F.R. Cooperative influence of genetic polymorphisms on interleukin 6 transcriptional regulation. J. Biol. Chem. 2000. Vol. 275. P. 18 138–18 144. DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M000379200
-
Thorne L.G., Bouhaddou M., Reuschl A.K., Zuliani-Alvarez L., Polacco B., Pelin A. et al. Evolution of enhanced innate immune evasion by SARS-CoV-2. Nature. 2021 Dec 23. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04352-y
-
Tisoncik J.R., Korth M.J., Simmons C.P., Farrar J., Martin T.R., Katze M.G. Into the eye of the cytokine storm. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2012. Vol. 76. P. 16–32. DOI: https://doi.org/10.1128/mmbr.05015-11/
-
Tsao Y.-P., Lin J.-Y., Jan J.-T., Leng C.-H., Chu C.-C., Yang Y.-C. et al. HLA-A.0201 T-cell epitopes in severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus nucleocapsid and spike proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. Vol. 344. P. 63–71.
-
Ulhaq Z.S., Soraya G. Anti-IL-6 receptor antibody treatment for severe COVID-19 and the potential implication of IL-6 gene polymorphisms in novel coronavirus pneumonia. SSRN Electronic Journal. 2020. DOI: https://doi.org/10.2139/ssrn.3592878
-
Van Minkelen R., De Visser M.C.H., Houwing-Duistermaat J.J., Vos H.L., Bertina R.M., Rosendaal F.R. Haplotypes of IL1B, IL1RN, IL1R1, and IL1R2 and the risk of venous thrombosis. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 2007. Vol. 27. P. 1486–1491. DOI: https://doi.org/10.1161/ATVBAHA.107.140384
-
van Moorsel C.H.M., van der Vis J.J., Benschop C., Ruven H.J.T., Quanjel M., Grutters J.C. The MUC5B promotor polymorphismassociates with severe COVID-19. medRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.05.12.20099333
-
Vastrad B., Vastrad C., Tengli A. Identification of potential mRNA panels for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (COVID-19) diagnosis and treatment using microarray dataset and bioinformatics methods. 3 Biotech. 2020. Vol. 10. P. 422.
-
Vuille-dit-Bille R.N., Camargo S.M., Emmenegger L. et al. Human intestine luminal ACE2 and amino acid transporter expression increased by ACE-inhibitors. Amino Acids. 2015. Vol. 47. P. 693–705.
-
Walls A.C., Xiong X., Park Y.-J., Tortorici M.A., Snijder J., Quispe J. et al. Unexpected receptor functional mimicry elucidates activation of coronavirus fusion. Cell. 2019. Vol. 176. P. 1026–1039.
-
Wang D., Hu B., Hu C., Zhu F., Liu X., Zhang J. et al. Clinical characteristics of 138 hospitalized patients with 2019 novel coronavirus-infected pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020. Vol. 323. P. 1061–1069. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.1585
-
Wang F., Nie J., Wang H., Zhao Q., Xiong Y., Deng L. et al. Characteristics of peripheral lymphocyte subset alteration in COVID-19 pneumonia. J. Infect. Dis. 2020. Vol. 221. P. 1762–1769.
-
Wang Q., Zhang Y., Wu L., Niu S., Song C., Zhang Z. et al. Structural and functional basis of SARS-CoV-2 entry by using human ACE2. Cell. 2020. Vol. 181, N 4. P. 894–904.
-
Wang S.F., Chen K.H., Chen M. et al. Human leukocyte antigen class I Cw 1502 ‐ and class II DR 0301 genotypes are associated with resistance to severe acute respiratory syndrome (SARS) infection. Viral Immunol. 2011. Vol. 24. P. 421–426.
-
Wang Y., Liu M., Gao J. Enhanced receptor binding of SARS-CoV-2 through networks of hydrogen-bonding and hydrophobic interactions. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2020. Vol. 117. P. 13 967–13 974.
-
Wein A.N., McMaster S.R., Takamura S. et al. CXCR6 regulates localization of tissue-resident memory CD8 T cells to the airways. J. Exp. Med. 2019. Vol. 216. P. 2748-2762.
-
Wende H., Colonna M., Ziegler A., Volz A. Organization of the leukocyte receptor cluster (LRC) on human chromosome 19q13.4. Mamm. Genome. 1999. Vol. 10. P. 154–160.
-
Wilk A.J., Rustagi A., Zhao N.Q., Roque J., Martínez-Colón G.J., McKechnie J.L. et al. A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19. Nat. Med. 2020. Vol. 26. P. 1070–1076.
-
Williams A.P., Bateman A.R., Khakoo S.I. Hanging in the balance KIR and their role in disease. Mol. Interv. 2005. Vol. 5. P. 226–240.
-
Wilson M.J., Torkar M., Trowsdale J. Genomic organization of a human killer cell inhibitory receptor gene. Tissue Antigens. 1997. Vol. 49. P. 574–579.
-
World Health Organization. Q&A: Similarities and Differences — COVID-19 and Influenza. 2020. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/question-and-answers-hub/q-a-detail/qa-similarities-and-differences-covid-19-and-influenza (date of access June 22, 2020)
-
Yan R., Zhang Y., Li Y., Xia L., Guo Y., Zhou Q. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full length human ACE2. Science. 2020. Vol. 367. P. 1444–1448.
-
Yawata M., Yawata N., Draghi M., Partheniou F., Little A.-M., Parham P. MHC class I-specific inhibitory receptors and their ligands structure diverse human NK-cell repertoires toward a balance of missing self-response. Blood. 2008. Vol. 112. P. 2369–2380.
-
Zhang C., Wu Z., Li J.-W., Zhao H., Wang G.-Q. Cytokine release syndrome in severe COVID-19: interleukin-6 receptor antagonist tocilizumab may be the key to reduce mortality. Int. J. Antimicrob. Agents. 2020. Vol. 55. Article ID 105954. DOI: https://doi.org/10.1016/J.IJANTIMICAG.2020.105954
-
Zhang H., Wada J., Hida K., Tsuchiyama Y., Hiragushi K., Shikata K. et al. Collectrin a collecting duct-specific transmembrane glycoprotein is a novel hololog of ACE2 and is developmentally regulated in embryonic kidneys. J. Biol. Chem. 2001. Vol. 276. P. 17 132–17 139.
-
Zhang Q., Liu Z., Moncada-Velez M., Chen J., Ogishi M., Bigio B. et al. Inborn errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19. Science. 2020. Vol. 370. Article ID eabd4570. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abd4570
-
Zhang X., Feng J., Chen S., Yang H., Dong Z. Synergized regulation of NK cell education by NKG2A and specific Ly49 family members. Nat. Commun. 2019. Vol. 10. P. 5010.
-
Zhang Y., Qin L., Zhao Y., Zhang P., Xu B., Li K. et al. Interferon-induced transmembrane protein 3 genetic variant rs12252-C associated with disease severity in Coronavirus disease 2019. J. Infect. Dis. 2020. Vol. 222. P. 34–37.
-
Zhang Y., Zhang J., Chen Y., Luo B., Yuan Y., Huang F. et al. The ORF8 protein of SARS-CoV-2 mediates immune evasion through potently down-regulating MHC-I. bioRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.05.24.111823
-
Zhao J., Yang Y., Huang H. et al. Relationship between the ABO blood group and the COVID-19 susceptibility. medRxiv. March 27, 2020. URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.11.20031096v2
-
Zheng M., Gao Y., Wang G., Song G., Liu S., Sun D. et al. Functional exhaustion of antiviral lymphocytes in COVID-19 patients. Cell. Mol. Immunol. 2020. Vol. 17. P. 533–535.
-
Zhou S., Butler-Laporte G., Nakanishi T., Morrison D.R., Afilalo J., Afilalo M. et al. A Neanderthal OAS1 isoform protects individuals of European ancestry against COVID-19 susceptibility and severity. Nat. Med. 2021. Vol. 27. P. 659–667.
-
Zhu Q., Zhang Y., Wang L., Yao X., Wu D., Cheng J. et al. Inhibition of coronavirus infection by a synthetic STING agonist in primary human airway system. Antiviral Res. 2021. Vol. 187. Article ID 105015. DOI: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105015
-
Zietz M., Tatonetti N.P. Testing the association between blood type and COVID-19 infection, intubation, and death. medRxiv. April 11, 2020. URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.20058073v1
-
Zmora P., Moldenhauer A.S., Hofmann-Winkler H., Pohlmann S. TMPRSS2 isoform 1 activates respiratory viruses and is expressed in viral target cells. PLoS One. 2015. Vol. 10. Article ID e0138380.
-
Zuniga J., Buendia-Roldan I., Zhao Y., Jimenez L., Torres D., Romo J. et al. Genetic variants associated with severe pneumonia in A/H1N1 influenza infection. Eur. Respir. J. 2012. Vol. 39. P. 604–610. DOI: https://doi.org/10.1183/09031936.00020611
Глава 8. Иммунный ответ при SARS-CoV-2-инфекции
8.1. Актуальные антигены SARS-CoV-2
Высокопатогенные коронавирусы SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2 имеют высокую контагиозность и способны эффективно передаваться от человека к человеку. Инфицирование клеток человека этими вирусами обеспечивается взаимодействием S-белка с поверхностными рецепторами клетки-хозяина. Вирусы SARS-CoV и SARS-CoV-2 используют в качестве рецептора ангиотензин-превращающий фермент 2 (ACE2) [105, 115], тогда как MERS-CoV в качестве рецептора использует дипептидилпептидазу 4 (DPP4; CD26) [95]. Как уже указывалось, дополнительными низкоаффинными рецепторами для вирусов SARS-CoV-2 и SARS-CoV могут служить CD209L, CD147 и рецептор тирозинкиназы AXL [59, 117]. Распределение соответствующих рецепторов и их аффинность к S-белкам определяют тканевый тропизм коронавируса и интенсивность его передачи от человека к человеку.
S-белок представляет собой трансмембранный гликопротеин, образующий на поверхности вирусной частицы тримерную структуру — шип. С помощью криоэлектронной микроскопии была исследована ультраструктура тримера эктодомена S-белка SARS-CoV-2, что дало новые возможности для рационального дизайна вакцин и препаратов-ингибиторов проникновения вируса в клетку-мишень [125]. В состав S-белка входят 2 функциональные субъединицы: N-концевая S1-субъединица содержит сигнальный пептид (SP) и рецептор-связывающий участок (RBD); C-концевая S2-субъединица включает в себя пептид слияния и 2 гептапептидных повтора (H1 и H2), которые способствуют слиянию вируса с клеткой хозяина. На границе между субъединицами S1/S2 вируса SARS-CoV-2 расположен участок, чувствительный к протеолитическому расщеплению фурином. Этот участок отсутствует в S-белке SARS-CoV и родственных ему коронавирусов [115].
RBD опосредует связывание вируса с клеточным рецептором, что приводит к конформационным изменениям S-белка, при этом на S2-субъединице открываются участки H1 и H2. Они формируют 6-спиральную структуру слияния, которая обеспечивает слияние мембран вируса и клетки-мишени c последующим попаданием РНК вируса в цитоплазму [13, 14, 118, 125].
Для результативного противодействия новой инфекции, вызываемой вирусом SARS-CoV-2, требуется разработка и широкое внедрение средств специфической иммунопрофилактики — эффективных вакцин. Потенциальные мишени противовирусного иммунного ответа можно выбирать, используя базу данных Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB), в которой содержится информация о других родственных коронавирусах. К ним относится вирус SARS-CoV, который имеет высокую степень сходства последовательности с вирусом SARS-CoV-2 и является наиболее хорошо охарактеризованным коронавирусом с точки зрения эпитопов, против которых направлен иммунный ответ. В последовательности SARS-CoV-2 выявлены многочисленные специфические участки, которые имеют высокую степень гомологии с SARS-CoV. Биоинформационный анализ позволяет идентифицировать потенциальные Т- и В-клеточные эпитопы SARS-CoV-2. Независимая идентификация одних и тех же районов с применением двух подходов отражает высокую вероятность, что эти участки окажутся высокоиммуногенными. Получаемые данные могут существенно облегчить конструирование эффективных вакцин для борьбы с распространением новой коронавирусной инфекции и смягчения негативных последствий COVID-19 [45].
Гликопротеины шипов коронавируса являются основной мишенью вирус-специфических антител. S-белок содержит В-клеточные эпитопы, против которых образуются нейтрализующие антитела, обеспечивающие защиту против коронавирусной инфекции [119]. Показано, что поликлональные антитела мыши против S-белка эффективно ингибируют проникновение SARS-CoV-2 в клетки-мишени [115].
Учитывая, что S-белок является основным участником вирусной инфекции и одновременно основным индуктором иммунного ответа хозяина и образования вирус-нейтрализующих антител, он рассматривается как ключевая мишень при конструировании вакцин. В качестве антигенов-мишеней рассматриваются полноразмерный S-белок, S1- и S2-субъединицы, RBD-домен. В гликопротеине шипа (S) выявлено 5 участков, потенциально перспективных в качестве мишеней иммунного ответа. Они соответствовали аминокислотным остаткам 274–306, 510–586, 587–628, 784–803, 870–893. Все эти участки ассоциированы с высоким уровнем иммунного ответа. 3 иммунодоминантных участка локализованы в С-концевых доменах CTD2 и CTD3 S1-субъединицы, 2 других — в HR1-домене S2-субъединицы. На основании сходства с SARS-CoV в последовательности SARS-CoV-2 выявлено 10 потенциальных участков, содержащих В-клеточные эпитопы. 6 из них имели ≥90% гомологии, 2 — 80–89% гомологии, 2 — 69–78% гомологии между двумя вирусами. Также потенциальные В-клеточные эпитопы выявлены в мембранном белке (М) и нуклеопротеине (N). Наиболее консервативные Т-клеточные эпитопы в основном выявлены в гликопротеине шипа и нуклеопротеине (8 из 10 и 2 из 3 соответственно имели 85% гомологии между двумя вирусами). Эпитопы гликопротеина шипа и белка Orf1ab были менее консервативны (10 из 23 и 3 из 7 соответственно имели 85% гомологии между двумя вирусами).
Последовательности S-белка, содержащие В-клеточные эпитопы, в значительной степени схожи у SARS-CoV и SARS-CoV-2. 5 участков содержат эпитопы, распознаваемые нейтрализующими антителами, которые выявлены в сыворотках пациентов, переболевших SARS [46, 101]. Среди них представляет интерес участок 587–628, содержащий пептид 604–625, который выявлен у SARS-переболевших пациентов и способен индуцировать образование антител, которые эффективно предотвращают инфекцию у обезьян [57, 119].
Относительно высокий уровень гомологии последовательностей SARS-CoV и SARS-CoV-2 позволяет обоснованно предполагать, что иммунодоминантные участки SARS-CoV также будут иммунодоминантными у SARS-CoV-2, даже при наличии некоторых различий. Эта гипотеза согласуется с данными криоэлектронномикроскопических исследований, где была показана сходная структура S-гликопротеина вирусов SARS-CoV и SARS-CoV-2 [125]. Однако в том же исследовании не было обнаружено перекрестной реактивности SARS-CoV-специфических моноклональных антител, распознающих рецептор-связывающий домен (RBD), в отношении S-белка SARS-CoV-2. При этом оба вируса обладали сходной способностью связывать рецептор ACE2. Таким образом, В-клеточные эпитопы RBD-домена SARS-CoV-2 требуют дополнительного изучения.
Векторные вакцины, кодирующие полноразмерный S-белок или S1-субъединицу, показали высокий уровень индукции нейтрализующих антител в различных моделях на животных [10, 49]. Однако некоторые ненейтрализующие эпитопы полноразмерного S-белка или S1-субъединицы способны конкурировать с нейтрализующими эпитопами, что может привести к воспалительным реакциям и другим неблагоприятным эффектам, таким как инфильтрация ткани легких эозинофилами, дегрануляция нейтрофилов или неспецифическая активация клеточного звена иммунитета через Fcγ-рецептор (антитело-зависимое усиление инфекции — АЗУИ — после повторного заражения вакцинированных вирусом) [88, 119, 120]. Одним из подходов к предупреждению развития АЗУИ является сужение спектра целевых антигенов только до критически важных эпитопов [88]. Вакцины на основе RBD вызывают протективный иммунный ответ и образование нейтрализующих антител. В то же время RBD не содержит ненейтрализующих эпитопов, которые могут вызвать неблагоприятный иммунный ответ, что является важным аспектом при разработке противокоронавирусных вакцин. Однако следует отметить, что RBD сам по себе обладает относительно низкой иммуногенностью, что требует повторной иммунизации или использования адъювантов [68, 87, 136]. Поскольку S2-субъединица обладает высокой степенью консервативности, ее стали рассматривать как перспективную мишень для разработки протективных вакцин. Однако данные о наличии вирус-нейтрализующих эпитопов в составе S2-субъединицы и защитной роли S2-специфических антител оказались противоречивыми. В некоторых исследованиях было показано, что S2-субъединица может индуцировать специфический клеточный иммунный ответ и выработку высокого уровня IgG-антител, при этом количество вирус-нейтрализующих антител было низким [47, 71]. Кроме того, есть работы, где показано, что S2-субъединица содержит нейтрализующие эпитопы и может индуцировать образование нейтрализующих антител [64, 135].
В мембранном белке (М) были выявлены 2 перспективных антигенных участка: 1–25 и 131–152. Эти участки содержат эпитопы, которые вызывают сильный IgM- и IgG-ответ и распознаются широким спектром антител, что указывает на возможность их использования для диагностических целей [30, 116].
Нуклеокапсидный белок N является многофункциональным и участвует в репликации вируса, транскрипции, сборке вирусного геномного комплекса. Он более консервативен, чем другие белки вируса — S и M. В связи с этим N-белок часто рассматривается как целевой антиген. N-белок обладает высокой иммуногенностью и способен индуцировать В- и Т-клеточный иммунный ответ [92]. В N-белке выявлены 3 антигенных участка: 43–65, 154–175, 356–404. Участок 156-175 содержит эпитопы, которые имеют сильную реактивность с сыворотками пациентов с SARS и, кроме человека, иммуногенны для многих животных (в том числе для мышей и обезьян) [31, 74]. Однако в ряде исследований обнаружено, что сыворотки против N-белка не содержат нейтрализующих антител, что может быть связано с отсутствием нуклеокапсидного белка на поверхности вириона SARS-CoV-2 [15, 133]. При этом вакцины на основе N-белка могут обеспечивать протективность за счет механизмов, не связанных с прямой вирус-нейтрализацией, например, путем антителозависимой цитотоксичности или другими антителоопосредованными реакциями.
Т-клеточные эпитопы были выявлены и в структурных, и в неструктурных белках вируса [109]. В случае эпитопов, распознаваемых в контексте молекул HLA класса II, эпитопы структурных белков представляют особый интерес, так как они участвуют в контактном взаимодействии с рецептором клетки хозяина [100]. При исследовании гомологичных участков SARS-CoV и SARS-CoV-2 было обнаружено, что потенциальные Т-клеточные эпитопы дают положительный ответ в ELISpot, при внутриклеточном окрашивании цитокинов (ICS), окрашивании мультимеров/тетрамеров [28, 65, 110, 127]. При анализе с помощью независимых алгоритмов был выявлено 45 потенциальных иммунодоминантных Т-клеточных эпитопов SARS-CoV-2, рестриктированных по HLA . 23 из них находились в белке S (участки 101–118, 166–178, 173–185, 236–258, 304–321, 371–387, 424–433, 440–457, 451–468, 462–474, 690–707, 691–699, 747–763, 785–802, 936–952, 958–966, 976–984, 996–1004, 1011–1028, 1101–1115, 1185–1193, 1192–1200, 1220–1228); 10 — в нуклеопротеине N (участки 138–146, 159–167, 215–224, 219–227, 222–230, 226–234, 265–274, 316–324, 322–331, 345–353); 3 — в мембранном белке M (участки 61–70, 89–97, 148–156); 7 — в белке Orf1ab (участки 2139–2147, 2292–2300, 2498–2506, 2840–2848, 2942–2950, 3639–3647, 3661–3669); 2 — в белке Orf3a (участки 6–20, 12–20). 14 Т-клеточных эпитопов вируса SARS-CoV-2 были полностью идентичны Т-клеточным эпитопам SARS-CoV (выделены), 3 — совпадали на 90–94% [45].
При помощи протеомного микроматричного анализа с использованием перекрывающихся пептидов вируса SARS-CoV-2 показано, что наиболее иммунногенные эпитопы ORF1ab находятся в составе белков nsp1, nsp2, nsp3, nsp12 и nsp13. Также высокоиммуногенные Т-клеточные эпитопы были выявлены в составе белка ORF3A (участки 176–180, 246–250 и 266–275), М-белка (участки 186–200 и 206–210), белка Е (участки 16–20 и 56–75), белка ORF7A (участки 46–50 и 86–100) и белка ORF8 (участки 66–70 и 106–110). Некоторые RBD-специфические антитела были способны распознавать эпитопы RBD-домена, претерпевшие посттрансляционную модификацию [73].
8.2. Врожденный противовирусный иммунный ответ
8.2.1. Патоген-распознающие рецепторы (PRRs)
Система врожденного иммунитета выявляет попавшие в организм вирусы с помощью рецепторов PRR, которые распознают патоген-ассоциированные молекулярные образы (паттерны) (PAMPs). К таким рецепторам относятся Толл-подобные рецепторы (TLRs), RIG-I-подобные рецепторы (RLRs), NOD-подобные рецепторы (NLRs), лектиноподобные рецепторы С-типа (CLmin), а также свободные цитоплазматические рецепторные молекулы (cGAS, IFI16, STING, DAI и др.) [2, 6, 70].
8.2.1.1. Толл-подобные рецепторы (TLRs)
К числу PAMP, которые распознают TLRs, относятся белки, липиды, липопротеины, нуклеиновые кислоты бактерий, вирусов, паразитов, грибов. Эти рецепторы обнаруживают как ДНК, так и РНК вторгающегося в организм патогена. Каждый TLR состоит из богатого лейциновыми повторами (LRR) эктодомена, трансмембранного домена и цитоплазматического домена, через который опосредуется нисходящая передача сигналов. Процесс распознавания происходит как на клеточной мембране, так и в цитоплазме [2, 5, 6, 9]. После взаимодействия с PAMP TLRs индуцируют различные варианты ответа за счет активации соответствующих адапторных белков — MyD88, TIRAP, TRIP, TRAM и др. [5, 6, 62]. Эти белки содержат домен TIR (Toll-interleukin-1 receptor). Белок MyD88 взаимодействует со всеми TLRs, кроме TLR3. Он активирует NF-κB- и MAPK-опосредованные сигнальные пути, которые, в свою очередь, индуцируют экспрессию провоспалительных факторов [6, 9]. TRIF, адапторный белок TLR3 и TLR4, активирует транскрипционные факторы IRF3 и NF-κB, что приводит к индукции экспрессии ИФН I типа и факторов иммунного воспаления. Белки TRAM и TIRAP рекрутируют молекулы TRIF к рецептору TLR4 и молекулы MyD88 к рецепторам TLR2 и TLR4. Таким образом, активируемые TLRs сигнальные пути подразделяются на MyD88-зависимые и TRIF-зависимые [9]. После активации TLR в результате взаимодействия с соответствующим PAMP белок MyD88 рекрутирует киназы семейства IRAK (Interleukin-1 Receptor-Associated Kinase) IRAK4, IRAK1, IRAK2 и IRAK‐M, тогда как активация TRIF приводит к секреции ИФН-β при участии сигнальных путей, ассоциированных с NF-κB, TRAF3 и IRF3 [6, 9, 38, 50, 51, 94].
8.2.1.2. RIG-I-подобные рецепторы
RIG-I-подобные рецепторы (RLR), к числу которых относятся белки RIG-I (DDX58), MDA5 (IFIH), LGP2, распознают вирусную РНК как чужеродную [5, 6, 63]. На С-концевом домене этих белков находится участок распознавания РНК, содержащий домены DExD/H и CTD (C-terminal termination structure). Белки RIG-I и MDA5 содержат в N-концевой части домен, рекрутирующий каспазу (CARD). Функциональность домена CARD обеспечивается в результате аденозинтрифосфат-зависимых конформационных изменений [70]. CARD взаимодействует с адаптором сигнального пути MAVS (mitochondrial antiviral signaling), что приводит к экспрессии цитокинов, в том числе ИФН I и III типов, которые препятствуют размножению вируса [132]. RIG-I активируется при различных вирусных инфекциях, включая инфицирование вирусом гриппа А, вирусом болезни Ньюкасла, вирусом Сендай, вирусом везикулярного стоматита, вирусом кори, вирусом гепатита С [108, 131]. Общими свойствами РНК этих вирусов является наличие коротких двуспиральных участков, комплементарных концов и/или поли-У/Ц-богатых участков. RIG-I способен распознавать двуцепочечную вирусную РНК, содержащую ди- или трифосфат на 5’-конце [42, 121].
После распознавания вирусной РНК CTD-доменом RIG-I происходят конформационные изменения белковой молекулы, которые приводят к формированию комплекса CTD c двуцепочечной РНК, при этом домен CARD меняет свою структуру и взаимодействует с MAVS [32]. MDA5 распознает РНК пикорнавирусов, в том числе полиовируса и вируса энцефаломиокардита. Для РНК пикорнавирусов характерно наличие длинного двуцепочечного участка (более 1 тыс. пар нуклеотидов). Кристаллографическое исследование показало, что хеликазный домен и CTD-домен MDA5 и RIG-I окружены двуспиральной вирусной РНК. Однако пространственная структура CTD-участка MDA5 и RIG-I отличается, что и обусловливает неспособность MDA5 распознавать РНК, несущую трифосфат на 5’-конце [107]. CTD-участок MDA5 непосредственно взаимодействует с двуцепочечной РНК, и наличие трифосфата на 5’-конце препятствует этому взаимодействию [126].
8.2.1.3. NOD-подобные рецепторы
NOD-подобные (Nucleotide-binding and oligomerization domain-like) рецепторы (NLRs) являются подклассом рецепторов PRRs, которые распознают компоненты патогенов и содержат консервативную NOD-структуру [6, 58]. В соответствии с функциями семейство NLRs подразделяется на 3 подкласса. 1-й подкласс NLRs образует комплексы с различными белками. Эти комплексы формируют инфламмасому, которая содержит как минимум 8 белков NLR, в том числе NLRP1, NLRP3, NLRP6, NLRC4, NLRC5W и AY2 [8, 35, 54]. 2-й подкласс необходим для размножения и регенерации эмбрионов [114]. 3-й подкласс составляют регуляторные NLR-белки, которые осуществляют положительное или отрицательное воздействие на воспалительные сигнальные каскадные пути [70].
8.2.1.4. Рецепторы, подобные лектину С-типа
Рецепторы, подобные лектину С-типа (C-type lectin-like receptors, CLRs), представляют собой большое семейство трансмембранных PRRs, которое насчитывает более 1000 представителей [36], и широко вовлечено в распознавание патогенов и инициацию иммунного ответа, а также поддержание иммунного гомеостаза [80].
CLRs вовлечены в различные клеточные процессы, включая клеточную адгезию, индукцию эндоцитоза, фагоцитоза, восстановление тканей, активацию тромбоцитов, врожденный иммунный ответ. CLRs активирует клетку двумя путями. Первый состоит в прямой активации, как это происходит в случае макрофаг-индуцируемых Mincle- и CLEC4E-рецепторов, а также Dectin-2-рецепторов (CLEC6A). Второй способ заключается в активации рецептора через активирующие HAM-подобные мотивы во внутриклеточном участке рецептора, как в случае Dectin-1 (CLEC7A) и DNGR-1 (CLEC9A) [41, 96]. Оба механизма включают рекрутирование кислых тирозинкиназ, которые, в свою очередь, способствуют образованию комплекса CARD9, Bcl10 и Maltl [52]. Вышеперечисленные сигнальные пути активируют нижележащие молекулы, в том числе NF-κB и MAPKs, и запускают различные клеточные реакции, включая фагоцитоз, созревание дендритных клеток, хемотаксис [52, 103].
8.2.1.5. Цитоплазматические ДНК-рецепторы
Экзогенные микробные ДНК распознаются ДНК-рецепторами хозяина. В дополнение к TLR9 цитоплазматический ДНК-рецептор (cytoplasmic DNA receptor, CDR) способен распознавать CpG-участки ДНК [3-6, 53]. Было идентифицировано более 10 CDRs, в том числе AIM2-подобные рецепторы (ALRs), ДНК-зависимый активатор ИФН-регуляторного фактора (DAI), воздействующий на стимулятор гена ИФН (STING), LRRFIP1 (белок, взаимодействующий с повтором, богатым лейцином, — leucine-rich repeat flightless-interacting protein 1), DDX (DExD/H-box RNA helicase), MRE11 (гомолог А мейотического рекомбинантного белка 11 — Meiotic recombinant protein 11 Homolog A), Pol III (РНК-полимераза III), DNA-PK (ДНК-зависимая протеинкиназа), Rad50 (DNA repair-related proteins), cGAS (цГМФ-АМФ-синтаза — cyclic GMP-AMP synthase), Sox2 (Sry-related HMG box 2) [29, 53, 124]. DAI распознает ДНК Z-типа и В-типа, распознавание зависит от длины цепи ДНК, но не зависит от последовательности [40, 104]. AIM2 главным образом участвует в распознавании двуцепочечной ДНК. IFI16 и cGAS опосредуют распознавание ДНК в цитозоле и индуцируют образование ИФН I типа [60].
8.2.2. Интерфероны I типа
Когда вирус проникает в организм хозяина, PRRs вначале распознают вирусную нуклеиновую кислоту, затем взаимодействуют со специфическим сигнальным адапторным белком, и за счет индукции синтеза ИФН I типа активируют IRF3 и IRF7 перед транслокацией в ядро. Секреция ИФН I типа приводит к активации сигнального пути JAK-STAT, что способствует экспрессии ИФН-стимулируемых генов (ISGs) [6, 77, 82]. ИФН являются противовирусными молекулами хозяина, они замедляют распространение вируса, играют иммуномодулирующую роль, способствуют фагоцитозу антигена макрофагами, а также взаимодействию Т-, В- и НК-клеток с инфицированными клетками-мишенями. Таким образом, блокирование продукции ИФН оказывает прямое влияние на выживание вируса в организме хозяина [18]. Среди PRR к продукции ИФН имеют отношение TLRs, RLRs, NLRs. Сигнальные пути, опосредуемые этими рецепторами, индуцируют продукцию ИФН [11]. После инфицирования плазмацитоидных дендритных клеток вирусные нуклеиновые кислоты распознаются TLR7 и TLR9, что приводит к NF-κB- и IRF7-опосредованной индукции синтеза провоспалительных цитокинов и ИФН I типа [93, 99]. Заражение вирусом везикулярного стоматита (VSV) индуцирует экспрессию миРНК miR-146a в макрофагах через RIG-I/NF-κB-зависимый путь [55], и нарушение JAK-STAT-сигнального пути прямо влияет на распространение вируса в организме [98]. Хотя SARS-CoV и другие коронавирусы чувствительны к ИФН-α и ИФН-β, они остаются высокопатогенными. N-белок SARS-CoV действует как антагонист ИФН-ответа хозяина [66, 76, 89, 91, 102]. Показано, что EV71-инфекция сопровождается снижением уровня JAK1, p-JAK1 и p-TYK2, ингибированием STAT1/2 и блокированием JAK-STAT-сигнального пути, опосредованного ИФН I типа, что приводит к подавлению функции ИФН и способствует репликации EV71 в клетках хозяина [75].
8.2.3. Дендритные клетки
Дендритные клетки (ДК) играют ключевую роль в развитии врожденного и адаптивного иммунного ответа. Как основные антиген-презентирующие клетки (АПК), они эффективно стимулируют активацию Т-лимфоцитов и В-лимфоцитов и таким образом обеспечивают взаимодействие врожденного и адаптивного иммунитета. Незрелые ДК способны к активной миграции, а зрелые ДК эффективно активируют Т-клетки, способствуют регуляции и поддержанию иммунного ответа. Таким образом, если блокируется процесс созревания ДК, это непосредственно оказывает влияние на последующий адаптивный иммунный ответ [6, 61, 86].
Вместе с тем важно отметить, что плазмацитоидные ДК являются важным источником ИФН I типа. После активации ДК играют важную роль на начальных этапах развития противовирусных реакций организма. ДК широко распространены в дыхательных путях, где они служат важным элементом системы защиты от патогена, вместе с тем они также являются мишенью для заражения патогенами. Лектин С-типа (DC-SIGN/ CD209), экспрессируемый на дендритных клетках и макрофагах, и связанный с ним белок L-SIGN (CD209L) усиливают заражение и распространение в организме хозяина некоторых вирусов, например, Марбурга (MARV), гепатита B и C (HBV и HCV, соответственно), вирусов Эбола (EBOV) и Денге (DENGV). В ряде исследований было продемонстрировано, что CD209L и CD209 могут служить рецепторами для SARS-CoV-2. При этом распознавание CD209L и CD209 RBD вируса SARS-CoV-2 опосредует проникновение вируса в клетки хозяина.
Клетки-предшественники ДК дифференцируются в зрелые ДК под действием ГМ-КСФ, ИЛ-4 и ФНОα [48]. Однако было показано, что трансфекция предшественников ДК белком Nef ВИЧ-1 блокировала их способность к дифференцировке в зрелые ДК даже в присутствии цитокинов-индукторов. Белок кора и NS3-белок вируса гепатита С ингибируют экспрессию молекул CD1a, CD1b и DC‐SIGN, которые играют важную роль в дифференцировке предшественников ДК периферической крови в зрелые ДК [111]. Кроме того, при ВИЧ-1-инфекции снижается экспрессия молекул МНС класса I на поверхности ДК, в результате чего снижается способность этих клеток к презентации вирусных антигенов. ВИЧ-1-инфекция сопровождается усилением экспрессии ДК-специфических молекул DC-SIGN, ингибирующих рецепторы СС-хемокинов CCR7 и МНС класса II, которые являются основными рецепторами хоминга ДК [19, 39]. Эти данные демонстрируют влияние вирусной инфекции на дифференцировку и функциональную активность ДК, тормозящее развитие последующего адаптивного иммунного ответа, что позволяет вирусу успешно ускользать от иммунного ответа хозяина.
8.2.4. Дефензины
Дефензины представляют собой семейство эндогенных пептидных молекул, важных для врожденной защиты организма хозяина против инфекционных патогенов. Дефензины обладают широким спектром противомикробной активности. Было показано, что in vitro дефензины способны вызывать гибель бактерий, грибов, микоплазм, хламидий, спирохет, опухолевых клеток и вирусов [6, 17, 123]. В нейтрофилах человека дефензины в основном содержатся в эозинофильных гранулах. Они представляют собой небольшие катионные полипептиды, состоящие из 29–34 аминокислот и имеющие молекулярную массу 3500–4000 Да и 3 внутримолекулярные дисульфидные связи [69, 138]. α-Дефензин человека HNP-1 способен инактивировать вирус простого герпеса I и II типов (HSV-1 и HSV-2), цитомегаловирус, VSV и вирус гриппа А (IAV) [6, 34, 72]. Очищенные дефензины морских свинок, кроликов и крыс имели слабую противовирусную активность в отношении ВИЧ-1 [134]. В ряде исследований было показано, что очищенные дефензины нейтрофилов человека (HNP1-3) и кролика (RNP1-5) не способны ни ингибировать, ни убивать SARS-CoV [129, 139].
8.3. Адаптивный противовирусный иммунный ответ
8.3.1. Гуморальный иммунный ответ против коронавирусной инфекции
При коронавирусных инфекциях накапливаются субпопуляции В-клеток памяти и антителопродуцирующих клеток с фенотипом наивных клеток с непереключенным изотипом [7]. MERS-CoV-инфекция вызывает сильный гуморальный и клеточный иммунный ответ. Антигенную стимуляцию при MERS-CoV-инфекции изучали с использованием 9-мерного пептида CYSSLILDY (437–445 аминокислотных остатков S-гликопротеина вируса) [7]. Этот пептид является эффективным В-клеточным эпитопом и способен активно взаимодействовать с молекулами МНС класса I [112]. Гуморальный иммунитет необходим для предотвращения персистирования коронавирусной инфекции. Описан и охарактеризован ряд противовирусных антител, выделенных от пациентов, переболевших MERS-CoV-инфекцией (MCA1, CDC-C2, CSC-C5, CDC-A2, CDC-A10, MERS-GD27, MERS-GD33) [26, 84,85].
В иммунном ответе при коронавирусной инфекции жизненно важную роль играет система комплемента. Она представляет собой часть системы врожденного иммунитета, которая позволяет быстро отвечать на чужеродные антигены [12]. Компоненты комплемента С3a и С5a обладают сильными провоспалительными свойствами и способны запускать рекрутирование клеток воспаления и активацию нейтрофилов. Блокирование С3a и С5a используется в терапии острых поражений легких. Показано, что антитела против С5а защищают мышей от инфекции MERS-CoV [106]. SARS-CoV-инфекция активирует комплемент и соответствующие сигнальные пути, что вносит вклад в патогенез заболевания [44].
Антительный ответ на коронавирусную инфекцию in vivo динамичен и выражается в образовании множества клонов антител, которые взаимодействуют с различными антигенными детерминантами гликопротеинов оболочки вируса и других вирусных белков. Ряд этих клонов может быть использован в качестве лекарственных средств — моноклональных антител. Моноклональное антитело человека m336, выделенное из библиотеки кДНК методом фагового дисплея, взаимодействует с рецептор-связывающим участком S-белка MERS-CoV и обладает сильной нейтрализующей активностью in vitro [130]. Было показано, что это антитело снижает титр вирусной РНК в легких в 40 000–90 000 раз [56]. После инфицирования MERS-CoV обезьянам вводили гипериммунную плазму или m336. В обоих случаях наблюдалось снижение клинических симптомов, но снижение вирусной нагрузки выявлено только у животных-реципиентов гипериммунной плазмы. Хотя применение и гипериммунной плазмы, и моноклонального антитела m336 приводило к ослаблению инфекции у обезьян-мармозет, тем не менее полной превенции заболевания добиться не удалось [112]. В эксперименте также показано, что МкАт m336 существенно снижало титры вирусной РНК и вирус-ассоциированные патологические изменения в легочной ткани кроликов [56]. У мышей, инокулированных наночастицами, содержащими S-белок, наблюдалось образование высоких титров нейтрализующих антител против гомологичных вирусов, и эти антитела не обладали перекрестной защитой против гетерологичных вирусов [33]. После стимуляции антигенами SARS-CoV у иммунизированных хорьков наблюдалось более быстрое и сильное образование нейтрализующих антител, чем у животных контрольной группы. Однако побочным эффектом данной стимуляции была выраженная воспалительная реакция в ткани печени [122].
В ряде работ исследована динамика виремии SARS-CoV и образование вирус-специфических антител [25]. У переболевших пациентов вирус в крови не обнаруживается. В период пика виремии в 75% образцов крови пациентов на 1–2 нед выявляется вирусная РНК. SARS-CoV-2-специфические антитела могут выявляться в течение 7 мес [22]. Продолжительная продукция IgG свидетельствует о значимости IgG в гуморальном иммунном ответе на острую SARS-CoV-2 инфекцию и в элиминации оставшегося вируса в процессе восстановления.
При исследовании образцов крови пациентов, переболевших COVID-19, удалось идентифицировать 255 SARS-CoV-2-специфических моноклональных антител, из них 28 обладали вирус-нейтрализующей активностью [67]. Отмечено, что обнаруженные нейтрализующие коронавирус антитела были сформированы иммунной системой достаточно быстро.
8.3.2. Т-клеточный иммунный ответ при коронавирусной инфекции
β-Коронавирусы MERS-CoV, SARS-CoV и SARS-CoV-2 могут вызывать тяжелую, вплоть до смертельного исхода, инфекцию нижних дыхательных путей и внелегочную манифестацию [21, 27, 97]. Т-клетки, в частности CD4+ -T-клетки и CD8+ -T-клетки, играют важную роль в противодействии вирусной инфекции [20]. CD4+ -Т-клетки способствуют продукции вирус-специфических антител путем активации Т-зависимых В-клеток, в то время как цитотоксические CD8+ -Т-клетки (ЦТЛ) убивают вирус-инфицированные клетки [78]. При сравнении мышей BALB/c, трансдуцированных ad5-hdp4, дефицитных по Т-клеткам, с интактными животными и животными, дефицитными по В-клеткам, обнаружено, что Т-клетки способны выживать в поврежденной ткани легких и разрушать инфицированные клетки [137]. Эти данные свидетельствуют о значимой роли Т-клеток в контроле развития коронавирусной инфекции. Перекрестно-реактивный Т-клеточный ответ приводил к снижению вирусной нагрузки MERS-CoV [90]. CD4+ -Т-клетки также играли значимую роль в противодействии коронавирусной инфекции. Вирус-специфические CD8+ -Т-клетки эффективно продуцировали эффекторные цитокины (ИФН-γ, ФНОα, ИЛ-2), цитолитические молекулы (гранзим B) и снижали вирусную нагрузку в ткани легких, что способствовало защите экспериментальных животных при заражении смертельной дозой SARS-CoV [23, 83]. Удаление CD8+ -Т-клеток связано со снижением рекрутирования лимфоцитов в ткань легких, продукции цитокинов и нейтрализующих антител, что приводит к развитию сильного иммуноопосредованного интерстициального пневмонита и замедлению удаления SARS-CoV из ткани легких [24]. Кроме того, Т-хелперы продуцируют провоспалительные цитокины через NF-κB-опосредованный сигнальный путь [79]. ИЛ-17 рекрутирует моноциты и нейтрофилы в очаг инфекции, где идет воспалительный процесс, и активирует выработку других цитокинов и хемокинов — ИЛ-1, ИЛ-6, ИЛ-8, ФНОβ, МСР-1 [16, 37]. MERS-CoV индуцирует апоптоз Т-клеток за счет активации соответствующих сигнальных путей. ВН3-подобный участок, расположенный в С-концевом цитозольном домене белка SARS-CoV, опосредует связывание с Bcl-xL и индуцирует апоптоз Т-клеток [128]. Во время поздней стадии коронавирусной инфекции снижение количества специфических Т-клеток может способствовать увеличению длительности инфекции и циркуляции вируса в организме [81]. Важной проблемой является повторное инфицирование SARS-CoV. Проведен скрининг SARS-CoV-специфических Т-клеток у пациентов, переболевших SARS. Все выявленные Т-клетки памяти были специфичны к структурным белкам SARS-CoV. CD8+ -Т-клеточный иммунный ответ против мембранного белка (М) и нуклеокапсидного белка (N) оценивали по наличию HLA-рестрикции и минимальным распознаваемым эпитопам. Эта реактивность сохранялась в течение 11 лет после инфекции. Показано отсутствие перекрестной реактивности этих CD8+ -Т-клеток с MERS-CoV [83]. Результаты недавних исследований показали, что Т-клеточный ответ на белок S и другие структурные белки (в том числе M и N) персистирует и сохраняется в течение долгого времени. Это свидетельствует в пользу обоснованности разработки вакцин против коронавирусной инфекции на основе структурных вирусных белков, которые способны индуцировать иммунодоминантный эффективный иммунный ответ и образование долгоживущих вирус-специфических клеток памяти [70].
Со времени появления SARS-CoV в 2002 г. и его распространения в 29 странах и регионах в 2012 г. мир встретился со вспышкой инфекции MERS-CoV и в 2019 г. — инфекции SARS-CoV-2. Так как коронавирусы, патогенные для человека, возникают периодически и непредсказуемо, быстро распространяются и вызывают серьезные заболевания, можно рассматривать их как постоянную угрозу для здоровья человечества в целом. Понимание этого приобретает особую важность, так как существуют природные резервуары коронавирусов, а до недавнего времени отсутствовали эффективные зарегистрированные вакцины и специфические лекарственные препараты для лечения коронавирусных инфекций [1–3]. В последние годы достигнуты значительные успехи в понимании механизмов, лежащих в основе врожденного иммунного ответа против вирусов [2–4, 6, 9, 72]. Этот иммунный ответ подавляет репликацию вируса, способствует элиминации вируса, индуцирует восстановление тканей и запускает продолжительный адаптивный противовирусный иммунный ответ. В большинстве случаев локальный (в ткани легких) и системный воспалительный ответ, связанный с коронавирусной инфекцией, запускается системой врожденного иммунитета. Хотя широкопротективная универсальная вакцина рассматривается как наилучшее средство защиты от распространения коронавируса, ее разработка, внедрение в широкую медицинскую практику и достижение коллективного иммунитета требует времени. Поэтому важно разработать эффективные методы лечения на основе знаний о врожденном иммунном ответе. Таргетная иммунотерапия является хорошей альтернативой некоторым антивирусным препаратам, которые имеют узкое терапевтическое окно и к которым быстро развивается устойчивость. В 2003 г. при лечении SARS широко использовались глюкокортикостероидные препараты для контроля инфекции путем регулирования воспалительного ответа. Кроме патогенного действия вируса, воспалительный ответ организма также играет важную роль в SARS-индуцированном повреждении легочной ткани. Таким образом, в случае SARS-CoV-2-индуцированной пневмонии важно контролировать продукцию цитокинов и воспалительный ответ, так как они ответственны за привлечение клеток в очаг воспаления и развитие отека. Это рискованная стратегия, так как еще не полностью идентифицированы процессы иммунного ответа, которые должны быть специфически ингибированы без нарушения безопасной защиты организма. Однако «сложно» — не значит «невозможно». Имеются значимые достижения в изучении патогенетических и защитных механизмов. Например, полное блокирование этапов врожденного иммунного ответа (например, активации PRRs, связанных с ИФН-ответом) представляется необоснованным с точки зрения его общей роли в регуляции защиты хозяина. Напротив, более ограниченные и специфические эффекторные пути, например, контролируемое образование кислородных радикалов, формирование нейтрофильных ловушек (NETs), продукция ИЛ-1, ИЛ-4, ИЛ-6, ИЛ-8, ИЛ-21, представляют собой более пригодные мишени. Наконец, требуются углубленные исследования временных особенностей коронавирус-индуцированного воспалительного ответа для определения времени терапевтического воздействия.
Список литературы
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Скворцова В.И. Изучение молекулярно-генетических механизмов влияния вируса SARS-CoV-2 на человека для разработки средств диагностики и защиты. Доклад на Общем собрании РАН, 14–15 декабря 2021 г., Москва. URL: https://fmba.gov.ru/upload/medialibrary/90f/2ylt93hxqqz2yn4ai0ud8fopk2owj24a/Prezentatsiya-V.I.-Skvortsovoy.pdf
-
Пащенков М.В., Хаитов М.Р. Иммунный ответ против эпидемических коронавирусов. Иммунология. 2020. Т. 41, № 1. С. 5–19.
-
Пинегин Б.В., Пащенков М.В., Пинегин В.Б., Хаитов Р.М. Эпителиальные клетки слизистых оболочек и новые подходы к иммунопрофилактике и иммунотерапии инфекционных заболеваний. Иммунология. 2020. Т. 41, № 6. С. 486–500.
-
Хаитов Р.М., Пинегин Б.В., Пащенков М.В. Эпителиальные клетки дыхательных путей как равноправные участники врожденного иммунитета и потенциальные мишени для иммунотропных средств. Иммунология. 2020. Т. 41, № 2. С. 7–13.
-
Хаитов Р.М. Иммунология : учебник для вузов. 4-е изд., доп. и перераб. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2021. 520 с. ISBN 978-5-9704-6398-72021.
-
Ababneh M., Alrwashdeh M., Khalifeh M. Recombinant adenoviral vaccine encoding the spike 1 subunit of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus elicits strong humoral and cellular immune responses in mice. Vet. World. 2019. Vol. 12, N 10. P. 1554–1562.
-
Agostini L., Martinon F., Burns K., McDermott M.F., Hawkins P.N., Tschopp J. NALP3 forms an IL-1beta-processing inflammasome with increased activity in Muckle-Wells autoinflammatory disorder. Immunity. 2004. Vol. 20, N 3. P. 319–325.
-
Akira S., Uematsu S., Takeuchi O. Pathogen recognition and innate immunity. Cell. 2006. Vol. 124, N 4. P. 783–801.
-
Alharbi N.K, Padron-Regalado E., Thompson C.P., Kupke A., Wells D., Sloan M.A. et al. ChAdOx1 and MVA based vaccine candidates against MERS-CoV elicit neutralising antibodies and cellular immune responses in mice. Vaccine. 2017. Vol. 35. P. 3780–3788.
-
Baccala R., Gonzalez-Quintial R., Lawson B.R. et al. Sensors of the innate immune system: their mode of action. Nat. Rev. Rheumatol. 2009. Vol. 5, N 8. P. 448–456.
-
Baker S., Kessler E., Darville-Bowleg L., Merchant M. Different mechanisms of serum complement activation in the plasma of common (Chelydra serpentina) and alligator (Macrochelys temminckii) snapping turtles. PLoS One. 2019. Vol. 14, N 6. Article ID e0217626
-
Belouzard S., Millet J.K., Licitra B.N., Whittaker G.R. Mechanisms of coronavirus cell entry mediated by the viral spike protein. Viruses. 2012. Vol. 4. P. 1011–1033.
-
Beniac D.R., deVarennes S.L., Andonov A., He R., Booth T.F. Conformational reorganization of the SARS coronavirus spike following receptor binding: implications for membrane fusion. PLoS One. 2007. Vol. 2. P. e1082.
-
Buchholz U.J., Bukreyev A., Yang L. et al. Contributions of the structural proteins of severe acute respiratory syndrome coronavirus to protective immunity. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004. Vol. 101. P. 9804–9809.
-
Bunte K., Beikler T. Th17 Cells and the IL-23/IL-17 axis in the pathogenesis of periodontitis and immune‐mediated inflammatory diseases. Int. J. Mol. Sci. 2019. Vol. 20, N 14. P. 3394.
-
Campbell O., Gagnon J., Rubin J.E. Antibacterial activity of chemotherapeutic drugs against Escherichia coli and Staphylococcus pseudintermedius. Lett. Appl. Microbiol. 2019. Vol. 69, N 5. P. 353–357.
-
Cao L., Ji Y., Zeng L. et al. P200 family protein IFI204 negatively regulates type I interferon responses by targeting IRF7 in nucleus. PLoS Pathog. 2019. Vol. 15, N 10. Article ID e1008079.
-
Cardone M., Ikeda K.N., Varano B., Gessani S., Conti L. HIV-1-induced impairment of dendritic cell cross talk with gammadelta T lymphocytes. J. Virol. 2015. Vol. 89, N 9. P. 4798–4808.
-
Cecere T.E., Todd S.M., Leroith T. Regulatory T cells in arterivirus and coronavirus infections: do they protect against disease or enhance it. Viruses. 2012. Vol. 4, N 5. P. 833–846.
-
Chan J.F., Lau S.K., To K.K., Cheng V.C., Woo P.C., Yuen K.Y. Middle East respiratory syndrome coronavirus: another zoonotic betacoronavirus causing SARS-like disease. Clin. Microbiol. Rev. 2015. Vol. 28, N 2. P. 465–522.
-
Chang S.E., Feng A., Meng W., Apostolidis S.A., Mack E., Artandi M. et al. New-onset IgG autoantibodies in hospitalized patients with COVID-19. Nat. Commun. 2021. Vol. 12, N 1. P. 5417. https://doi.org/10.1038/s41467-021-25509-3.
-
Channappanavar R., Fett C., Zhao J., Meyerholz D.K., Perlman S. Virus-specific memory CD8 T cells provide substantial protection from lethal severe acute respiratory syndrome coronavirus infection. J. Virol. 2014. Vol. 88, N 19. P. 11 034–11 044.
-
Chen J., Lau Y.F., Lamirande E.W. et al. Cellular immune responses to severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) infection in senescent BALB/c mice: CD4+ T cells are important in control of SARS-CoV infection. J. Virol. 2010. Vol. 84, N 3. P. 1289–1301.
-
Chen W. Antibody response and viraemia during the course of severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus infection. J. Med. Microbiol. 2004. Vol. 53, pt 5. P. 435–438.
-
Chen Z., Bao L., Chen C. et al. Human neutralizing monoclonal antibody inhibition of Middle East Respiratory Syndrome coronavirus replication in the common marmoset. J. Infect. Dis. 2017. Vol. 215, N 12. P. 1807–1815.
-
Cheng V.C., Lau S.K., Woo P.C., Yuen K.Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus as an agent of emerging and reemerging infection. Clin. Microbiol. Rev. 2007. Vol. 20, N 4. P. 660–694.
-
Cheung Y.K., Cheng S.C., Sin F.W., Chan K.T., Xie Y. Investigation of immunogenic T-cell epitopes in SARS virus nucleocapsid protein and their role in the prevention and treatment of SARS infection. Hong Kong Med. J. 2008. Vol. 14, suppl. 4. P. 27–30.
-
Chiu Y.H., Macmillan J.B., Chen Z.J. RNA polymerase III detects cytosolic DNA and induces type I interferons through the RIG-I pathway. Cell. 2009. Vol. 138, N 3. P. 576–591.
-
Chow S.C., Ho C.Y., Tam T.T., Wu C., Cheung T., Chan P.K. et al. Specific epitopes of the structural and hypothetical proteins elicit variable humoral responses in SARS patients. J. Clin. Pathol. 2006. Vol. 59. P. 468–476.
-
Chung J.Y., Thone M.N., Kwon Y.J. COVID-19 vaccines: The status and perspectives in delivery points of view. Adv. Drug Deliv. Rev. 2021. Vol. 170. P. 1–25. DOI: https://doi.org/10.1016/j.addr.2020.12.011
-
Civril F., Bennett M., Moldt M. et al. The RIG-I ATPase domain structure reveals insights into ATP-dependent antiviral signalling. EMBO Rep. 2011. Vol. 12, N 11. P. 1127–1134.
-
Coleman C.M., Liu Y.V., Mu H. et al. Purified coronavirus spike protein nanoparticles induce coronavirus neutralizing antibodies in mice. Vaccine. 2014. Vol. 32, N 26. P. 3169–3174.
-
Daher K.A., Selsted M.E, Lehrer R.I. Direct inactivation of viruses by human granulocyte defensins. J. Virol. 1986. Vol. 60, N 3. P. 1068–1074.
-
Davis B.K., Roberts R.A., Huang M.T. et al. Cutting edge: NLRC5-dependent activation of the inflammasome. J. Immunol. 2011. Vol. 186, N 3. P. 1333–1337.
-
Drouin M., Saenz J., Chiffoleau E. C-Type lectin-like receptors: head or tail in cell death immunity. Front. Immunol. 2020. Vol. 11. P. 251. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00251
-
Dutzan N., Abusleme L. T helper 17 cells as pathogenic drivers of periodontitis. Adv. Exp. Med. Biol. 2019. Vol. 1197. P. 107–117.
-
Ermolaeva M.A., Michallet M.C., Papadopoulou N. et al. Function of TRADD in tumor necrosis factor receptor 1 signaling and in TRIF‐dependent inflammatory responses. Nat. Immunol. 2008. Vol. 9, N 9. P. 1037–1046.
-
Fairman P., Angel J.B. The effect of human immunodeficiency virus‐1 on monocyte‐derived dendritic cell maturation and function. Clin. Exp. Immunol. 2012. Vol. 170, N 1. P. 101–113.
-
Gallego-Marin C., Schrum J.E., Andrade W.A. et al. Cyclic GMP‐AMP synthase is the cytosolic sensor of plasmodium falciparum genomic DNA and activates type I IFN in malaria. J. Immunol. 2018. Vol. 200, N 2. P. 768–774.
-
Geijtenbeek T.B., Gringhuis S.I. Signalling through C-type lectin receptors: shaping immune responses. Nat. Rev. Immunol. 2009. Vol. 9, N 7. P. 465–479.
-
Gordon S. Pattern recognition receptors: doubling up for the innate immune response. Cell. 2002. Vol. 111, N 7. P. 927–930.
-
Goubau D., Schlee M., Deddouche S. et al. Antiviral immunity via RIGI-mediated recognition of RNA bearing 5’-diphosphates. Nature. 2014. Vol. 514, N 7522. P. 372–375.
-
Gralinski L.E., Sheahan T.P., Morrison T.E. et al. Complement activation contributes to severe acute respiratory syndrome coronavirus pathogenesis. mBio. 2018. Vol. 9, N 5. Article ID e01753-18.
-
Grifoni A., Sidney J., Zhang Y., Scheuermann R.H., Peters B., Sette A. A sequence homology and bioinformatic approach can predict candidate targets for immune responses to SARS-CoV-2. Cell Host Microbe. 2020. Vol. 27, N 4. P. 671–680.e2. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.03.002
-
Guo J.P., Petric M., Campbell W., McGeer P.L. SARS corona virus peptides recognized by antibodies in the sera of convalescent cases. Virology. 2004. Vol. 324. P. 251–256.
-
Guo Y., Sun S., Wang K., Zhang S., Zhu W., Chen Z. Elicitation of immunity in mice after immunization with the S2 subunit of the severe acute respiratory syndrome coronavirus. DNA Cell Biol. 2005. Vol. 24. P. 510–515.
-
Guo Y., Xu W.W., Song J., Deng W., Liu D.Q., Zhang H.T. Intracellular overexpression of HIV-1 Nef impairs differentiation and maturation of monocytic precursors towards dendritic cells. PLoS One. 2012. Vol. 7, N 7. Article ID e40179.
-
Haagmans B.L., van den Brand J.M., Raj V.S., Volz A., Wohlsein P., Smits S.L. et al. An orthopoxvirus-based vaccine reduces virus excretion after MERS-CoV infection in dromedary camels. Science. 2016. Vol. 351. P. 77–81.
-
Hacker H., Karin M. Regulation and function of IKK and IKK‐related kinases. Sci STKE. 2006. Vol. 2006, N 357. P. re13.
-
Häcker H., Redecke V., Blagoev B. et al. Specificity in Toll‐like receptor signalling through distinct effector functions of TRAF3 and TRAF6. Nature. 2006. Vol. 439, N 7073. P. 204–207.
-
Hara H., Tsuchiya K., Kawamura I. et al. Phosphorylation of the adaptor ASC acts as a molecular switch that controls the formation of speck-like aggregates and inflammasome activity. Nat. Immunol. 2013. Vol. 14, N 12. P. 1247–1255.
-
Hemmi H., Takeuchi O., Kawai T. et al. A Toll‐like receptor recognizes bacterial DNA. Nature. 2000. Vol. 408, N 6813. P. 740–745.
-
Hornung V., Ablasser A., Charrel‐Dennis M. et al. AIM2 recognizes cytosolic dsDNA and forms a caspase-1-activating inflammasome with ASC. Nature. 2009. Vol. 458, N 7237. P. 514–518.
-
Hou J., Wang P., Lin L. et al. MicroRNA‐146a feedback inhibits RIGI-dependent Type I IFN production in macrophages by targeting TRAF6, IRAK1, and IRAK2. J. Immunol. 2009. Vol. 183, N 3. P. 2150–2158.
-
Houser K.V., Gretebeck L., Ying T. et al. Prophylaxis with a Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS‐CoV)-specific human monoclonal antibody protects rabbits from MERS‐CoV Infection. J. Infect. Dis. 2016. Vol. 213, N 10. P. 1557–1561.
-
Hu H., Li L., Kao R.Y., Kou B., Wang Z., Zhang L. et al. Screening and identification of linear B-cell epitopes and entry-blocking peptide of severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus using synthetic overlapping peptide library. J. Comb. Chem. 2005. Vol. 7. P. 648–656.
-
Inohara N., Chamaillard M., McDonald C., Nunez G. NOD‐LRR proteins: role in host‐microbial interactions and inflammatory disease. Annu. Rev. Biochem. 2005. Vol. 74. P. 355–383.
-
Jeffers S.A., Tusell S.M., Gillim-Ross L., Hemmila E.M., Achenbach J.E., Babcock G.J. et al. CD209L (L-SIGN) is a receptor for severe acute respiratory syndrome coronavirus. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004. Vol. 101. P. 15 748–15 083. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.0403812101
-
Jensen S., Thomsen A.R. Sensing of RNA viruses: a review of innate immune receptors involved in recognizing RNA virus invasion. J. Virol. 2012. Vol. 86, N 6. P. 2900–2910.
-
Kaewraemruaen C., Ritprajak P., Hirankarn N. Dendritic cells as key players in systemic lupus erythematosus. Asian Pac. J. Allergy Immunol. 2020. Vol. 38, N 4. P. 225–232. DOI: https://doi.org/10.12932/AP-070919-0639
-
Kawai T., Akira S. The role of pattern‐recognition receptors in innate immunity: update on Toll‐like receptors. Nat. Immunol. 2010. Vol. 11, N 5. P. 373–384.
-
Kell A.M., Gale M. Jr. RIG‐I in RNA virus recognition. Virology. 2015. Vol. 479–480. P. 110–121.
-
Keng C.T., Zhang A., Shen S., Lip K.M., Fielding B.C., Tan T.H. et al. Amino acids 1055 to 1192 in the S2 region of severe acute respiratory syndrome coronavirus S protein induce neutralizing antibodies: implications for the development of vaccines and antiviral agents. J. Virol. 2005. Vol. 79. P. 3289–3296.
-
Kohyama S., Ohno S., Suda T., Taneichi M., Yokoyama S., Mori M. et al. Efficient induction of cytotoxic T lymphocytes specific for severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus by immunization with surface-linked liposomal peptides derived from a non-structural polyprotein 1a. Antiviral Res. 2009. Vol. 84. P. 168–177.
-
Kopecky-Bromberg S.A., Martinez-Sobrido L., Frieman M., Baric R.A., Palese P. Severe acute respiratory syndrome coronavirus open reading frame (ORF) 3b, ORF 6, and nucleocapsid proteins function as interferon antagonists. J. Virol. 2007. Vol. 81, N 2. P. 548–557.
-
Kreer C., Zehner M., Weber T., Ercanoglu M.S., Gieselmann L., Rohde C. et al. Longitudinal isolation of potent near-germline SARS-CoV-2-neutralizing antibodies from COVID-19 patients. Cell. 2020. Vol. 182. P. 843–854. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.044
-
Lan J., Deng Y., Chen H., Lu G., Wang W., Guo X. et al. Tailoring subunit vaccine immunity with adjuvant combinations and delivery routes using the Middle East respiratory coronavirus (MERS-CoV) receptor-binding domain as an antigen. PLoS One. 2014. Vol. 9. Article ID e112602.
-
Lehrer R.I., Lichtenstein A.K., Ganz T. Defensins: antimicrobial and cytotoxic peptides of mammalian cells. Annu. Rev. Immunol. 1993. Vol. 11. P. 105–128.
-
Li G., Fan Y., Lai Y., Han T., Li Z., Zhou P. et al. Coronavirus infections and immune responses. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 424–432. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.25685
-
Li J., Ulitzky L., Silberstein E., Taylor D.R., Viscidi R. Immunogenicity and protection efficacy of monomeric and trimeric recombinant SARS coronavirus spike protein subunit vaccine candidates. Viral Immunol. 2013. Vol. 26. P. 126–132.
-
Li S.Z., Shu Q.P., Song Y. et al. Phosphorylation of MAVS/VISA by Nemolike kinase (NLK) for degradation regulates the antiviral innate immune response. Nat. Commun. 2019. Vol. 10, N 1. P. 3233.
-
Liang T., Cheng M., Teng F., Wang H., Deng Y., Zhang J. et al. Proteome-wide epitope mapping identifies a resource of antibodies for SARS-CoV-2 detection and neutralization. Signal Transduct. Target Ther. 2021. Vol. 6, N 1. P. 166. DOI: https://doi.org/10.1038/s41392-021-00573-9
-
Liu S.J., Leng C.H., Lien S.P., Chi H.Y., Huang C.Y., Lin C.L. et al. Immunological characterizations of the nucleocapsid protein based SARS vaccine candidates. Vaccine. 2006. Vol. 24. P. 3100–3108.
-
Liu Y., Zhang Z., Zhao X. et al. Enterovirus 71 inhibits cellular type I interferon signaling by downregulating JAK1 protein expression. Viral Immunol. 2014. Vol. 27, N 6. P. 267–276.
-
Lu X., Pan J., Tao J., Guo D. SARS-CoV nucleocapsid protein antagonizes IFN‐beta response by targeting initial step of IFN-beta induction pathway, and its C-terminal region is critical for the antagonism. Virus Genes. 2011. Vol. 42, N 1. P. 37–45.
-
Ma D.Y., Suthar M.S. Mechanisms of innate immune evasion in reemerging RNA viruses. Curr. Opin. Virol. 2015. Vol. 12. P. 26–37.
-
Maloir Q., Ghysen K., von Frenckell C., Louis R., Guiot J. Acute respiratory distress revealing antisynthetase syndrome. Rev. Med. Liege. 2018. Vol. 73, N 7–8. P. 370–375.
-
Manni M.L., Robinson K.M., Alcorn J.F. A tale of two cytokines: IL‐17 and IL‐22 in asthma and infection. Expert Rev. Respir. Med. 2014. Vol. 8, N 1. P. 25–42.
-
Mayer S., Raulf M.K., Lepenies B. C-type lectins: their network and roles in pathogen recognition and immunity. Histochem. Cell Biol. 2017. Vol. 147, N 2. P. 223–237. PMID: 27999992.
-
Mubarak A., Alturaiki W., Hemida M.G. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): infection, immunological response, and vaccine development. J. Immunol. Res. 2019. Vol. 2019. Article ID 6491738-11.
-
Nelemans T., Kikkert M. Viral innate immune evasion and the pathogenesis of emerging RNA virus infections. Viruses. 2019. Vol. 11, N 10. P. 961.
-
Ng O.W., Chia A., Tan A.T et al. Memory T cell responses targeting the SARS coronavirus persist up to 11 years post‐infection. Vaccine. 2016. Vol. 34, N 17. P. 2008–2014.
-
Niu P., Zhang S., Zhou P. et al. Ultrapotent human neutralizing antibody repertoires against Middle East Respiratory syndrome coronavirus from a recovered patient. J. Infect. Dis. 2018. Vol. 218, N 8. P. 1249–1260.
-
Niu P., Zhao G., Deng Y. et al. A novel human mAb (MERS‐GD27) provides prophylactic and postexposure efficacy in MERS-CoV susceptible mice. Sci. China Life Sci. 2018. Vol. 61, N 10. P. 1280–1282.
-
Nouri-Shirazi M., Guinet E. Exposure to nicotine adversely affects the dendritic cell system and compromises host response to vaccination. J. Immunol. 2012. Vol. 188, N 5. P. 2359–2370.
-
Nyon M.P., Du L., Tseng C.K., Seid C.A., Pollet J., Naceanceno K.S. et al. Engineering a stable CHO cell line for the expression of a MERS coronavirus vaccine antigen. Vaccine. 2018. Vol. 36. P. 1853–1862.
-
Okba N.M., Raj V.S., Haagmans B.L. Middle East respiratory syndrome coronavirus vaccines: current status and novel approaches. Curr. Opin. Virol. 2017. Vol. 23. P. 49–58.
-
Okumura A., Pitha P.M., Yoshimura A., Harty R.N. Interaction between Ebola virus glycoprotein and host toll‐like receptor 4 leads to induction of proinflammatory cytokines and SOCS1. J. Virol. 2010. Vol. 84, N 1. P. 27–33.
-
Pascal K.E., Coleman C.M., Mujica A.O. et al. Pre‐ and postexposure efficacy of fully human antibodies against Spike protein in a novel humanized mouse model of MERS-CoV infection. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2015. Vol. 112, N 28. P. 8738–8743.
-
Pauli E.K., Schmolke M., Wolff T. et al. Influenza A virus inhibits type I IFN signaling via NF-kappaB-dependent induction of SOCS-3 expression. PLoS Pathog. 2008. Vol. 4, N 11. Article ID e1000196.
-
Peng H., Yang L.T., Wang L.Y., Li J., Huang J., Lu Z.Q. et al. Long-lived memory T lymphocyte responses against SARS coronavirus nucleocapsid protein in SARS-recovered patients. Virology. 2006. Vol. 351. P. 466–475.
-
Phadwal K., Alegre-Abarrategui J., Watson A.S. et al. A novel method for autophagy detection in primary cells: impaired levels of macroautophagy in immunosenescent T cells. Autophagy. 2012. Vol. 8, N 4. P. 677–689.
-
Pobezinskaya Y.L., Kim Y.S., Choksi S. et al. The function of TRADD in signaling through tumor necrosis factor receptor 1 and TRIF dependent Toll-like receptors. Nat. Immunol. 2008. Vol. 9, N 9. P. 1047–1054.
-
Raj V.S., Mou H., Smits S.L., Dekkers D.H., Muller M.A., Dijkman R. et al. Dipeptidyl peptidase 4 is a functional receptor for the emerging human coronavirus-EMC. Nature. 2013. Vol. 495. P. 251–254.
-
Rogers N.C., Slack E.C., Edwards A.D. et al. Syk‐dependent cytokine induction by Dectin‐1 reveals a novel pattern recognition pathway for C type lectins. Immunity. 2005. Vol. 22, N 4. P. 507–517.
-
Sato K., Misawa N., Takeuchi J.S. et al. Experimental adaptive evolution of simian immunodeficiency virus SIVcpz to pandemic human immunodeficiency virus type 1 by using a humanized mouse model. J. Virol. 2018. Vol. 92, N 4. Article ID e01905‐17.
-
Schneider W.M., Chevillotte M.D., Rice C.M. Interferon‐stimulated genes: a complex web of host defenses. Annu. Rev. Immunol. 2014. Vol. 32. P. 513–545.
-
Seranova E., Ward C., Chipara M., Rosenstock T.R., Sarkar S. In vitro screening platforms for identifying autophagy modulators in mammalian cells. Methods Mol. Biol. 2019. Vol. 1880. P. 389–428.
-
Sette A., Moutaftsi M., Moyron-Quiroz J., McCausland M.M., Davies D.H., Johnston R.J. et al. Selective CD4+ T cell help for antibody responses to a large viral pathogen: deterministic linkage of specificities. Immunity. 2008. Vol. 28. P. 847–858.
-
Shichijo S., Keicho N., Long H.T., Quy T., Phi N.C., Ha L.D. et al. Assessment of synthetic peptides of severe acute respiratory syndrome coronavirus recognized by long-lasting immunity. Tissue Antigens. 2004. Vol. 64. P. 600–607.
-
Spiegel M., Pichlmair A., Martinez-Sobrido L. et al. Inhibition of beta interferon induction by severe acute respiratory syndrome coronavirus suggests a two-step model for activation of interferon regulatory factor 3. J. Virol. 2005. Vol. 79, N 4. P. 2079–2086.
-
Strasser D., Neumann K., Bergmann H. et al. Syk kinase-coupled C-type lectin receptors engage protein kinase C-sigma to elicit Card9 adaptor-mediated innate immunity. Immunity. 2012. Vol. 36, N 1. P. 32–42.
-
Sun L., Wu J., Du F., Chen X., Chen Z.J. Cyclic GMP-AMP synthase is a cytosolic DNA sensor that activates the type I interferon pathway. Science. 2013. Vol. 339, N 6121. P. 786–791.
-
Sun P., Lu X., Xu C., Sun W., Pan B. Understanding of COVID-19 based on current evidence. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92. P. 548–551.
-
Sun S., Zhao G., Liu C. et al. Inhibition of complement activation alleviates acute lung injury induced by highly pathogenic avian influenza H5N1 virus infection. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2013. Vol. 49, N 2. P. 221–230.
-
Takahasi K., Kumeta H., Tsuduki N. et al. Solution structures of cytosolic RNA sensor MDA5 and LGP2 C‐terminal domains: identification of the RNA recognition loop in RIG‐I‐like receptors. J. Biol. Chem. 2009. Vol. 284, N 26. P. 17 465–17 474.
-
Takeuchi O., Akira S. Pattern recognition receptors and inflammation. Cell. 2010. Vol. 140, N 6. P. 805–820.
-
Tian Y., Grifoni A., Sette A., Weiskopf D. Human T cell response to dengue virus infection. Front. Immunol. 2019. Vol. 10. P. 2125.
-
Tsao Y.P., Lin J.Y., Jan J.T., Leng C.H., Chu C.C., Yang Y.C. et al. HLA-A∗0201 T-cell epitopes in severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus nucleocapsid and spike proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. Vol. 344. P. 63–71.
-
Tu Z., Hamalainen-Laanaya H.K., Nishitani C., Kuroki Y., Crispe I.N., Orloff M.S. HCV core and NS3 proteins manipulate human blood-derived dendritic cell development and promote Th 17 differentiation. Int. Immunol. 2012. Vol. 24, N 2. P. 97–106.
-
Tuhin Ali M., Morshed M.M., Musa M.A. et al. Computer aided prediction and identification of potential epitopes in the receptor binding domain (RBD) of spike (S) glycoprotein of MERS-CoV. Bioinformation. 2014. Vol. 10, N 8. P. 533–538.
-
van Doremalen N., Falzarano D., Ying T. et al. Efficacy of antibody-based therapies against Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSCoV) in common marmosets. Antiviral Res. 2017. Vol. 143. P. 30–37.
-
Van Gorp H., Kuchmiy A., Van Hauwermeiren F., Lamkanfi M. NOD‐like receptors interfacing the immune and reproductive systems. FEBS J. 2014. Vol. 281, N 20. P. 4568–4582.
-
Walls A.C., Park Y.-J., Tortorici M.A., Wall A., McGuire A.T., Veesler D. Structure, function, and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Cell. 2020. Vol. 181, N 2. P. 281–292.e6. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058
-
Wang J., Wen J., Li J., Yin J., Zhu Q., Wang H. et al. Assessment of immunoreactive synthetic peptides from the structural proteins of severe acute respiratory syndrome coronavirus. Clin. Chem. 2003. Vol. 49. P. 1989–1996.
-
Wang K., Chen W., Zhang Z., Deng Y., Lian J.Q., Du P. et al. CD147-spike protein is a novel route for SARS-CoV-2 infection to host cells. Signal Transduct. Target Ther. 2020. Vol. 5, N 1. P. 283. DOI: https://doi.org/10.1038/s41392-020-00426-x
-
Wang Q., Wong G., Lu G., Yan J., Gao G.F. MERS-CoV spike protein: targets for vaccines and therapeutics. Antiviral Res. 2016. Vol. 133. P. 165–177.
-
Wang Q., Zhang L., Kuwahara K., Li L., Liu Z., Li T. et al. Immunodominant SARS coronavirus epitopes in humans elicited both enhancing and neutralizing effects on infection in non-human primates. ACS Infect. Dis. 2016. Vol. 2. P. 361–376.
-
Wang S.F., Tseng S.P., Yen C.H., Yang J.Y., Tsao C.H., Shen C.W. et al. Antibody-dependent SARS coronavirus infection is mediated by antibodies against spike proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014. Vol. 451. P. 208–214.
-
Weber M., Gawanbacht A., Habjan M. et al. Incoming RNA virus nucleocapsids containing a 5′‐triphosphorylated genome activate RIG‐I and antiviral signaling. Cell Host Microbe. 2013. Vol. 13, N 3. P. 336–346.
-
Weingartl H., Czub M., Czub S. et al. Immunization with modified vaccinia virus Ankara‐based recombinant vaccine against severe acute respiratory syndrome is associated with enhanced hepatitis in ferrets. J. Virol. 2004. Vol. 78, N 22. P. 12 672–12 676.
-
White M.R., Tecle T., Crouch E.C., Hartshorn K.L. Impact of neutrophils on antiviral activity of human bronchoalveolar lavage fluid. Am. J. Physiol. 2007. Vol. 293, N 5. P. L1293–L1299.
-
World Health Organization. WHO MERS global summary and assessment of risk. URL: https://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/risk-assessment-august-2018.pdf
-
Wrapp D., Wang N., Corbett K.S., Goldsmith J.A., Hsieh C.L., Abiona O. et al. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science. 2020. Vol. 367, N 6483. P. 1260–1263.
-
Wu B., Peisley A., Richards C. et al. Structural basis for dsRNA recognition, filament formation, and antiviral signal activation by MDA5. Cell. 2013. Vol. 152, N 1–2. P. 276–289.
-
Yang J., James E., Roti M., Huston L., Gebe J.A., Kwok W.W. Searching immunodominant epitopes prior to epidemic: HLA class II-restricted SARS-CoV spike protein epitopes in unexposed individuals. Int. Immunol. 2009. Vol. 21. P. 63–71.
-
Yang Y., Xiong Z., Zhang S. et al. Bcl-xL inhibits T-cell apoptosis induced by expression of SARS coronavirus E protein in the absence of growth factors. Biochem. J. 2005. Vo. 392, pt 1. P. 135–143.
-
Yasui F., Kai C., Kitabatake M. et al. Prior immunization with severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus (SARSCoV) nucleocapsid protein causes severe pneumonia in mice infected with SARS-CoV. J. Immunol. 2008. Vol. 181, N 9. P. 6337–6348.
-
Ying T., Du L., Ju T.W. et al. Exceptionally potent neutralization of Middle East respiratory syndrome coronavirus by human monoclonal antibodies. J. Virol. 2014. Vol. 88, N 14. P. 7796–7805.
-
Yoneyama M., Fujita T. Recognition of viral nucleic acids in innate immunity. Rev. Med. Virol. 2010. Vol. 20, N 1. P. 4–22.
-
Yoneyama M., Onomoto K., Jogi M., Akaboshi T., Fujita T. Viral RNA detection by RIG-I-like receptors. Curr. Opin. Immunol. 2015. Vol. 32. P. 48–53.
-
Yong C.Y., Ong H.K., Yeap S.K., Ho K.L., Tan W.S. Recent advances in the vaccine development against Middle East respiratory syndromecoronavirus. Front. Microbiol. 2019. Vol. 10. P. 1781.
-
Zapata W., Aguilar-Jiménez W., Feng Z. et al. Identification of innate immune antiretroviral factors during in vivo and in vitro exposure to HIV-1. Microb. Infect. 2016. Vol. 18, N 3. P. 211–219.
-
Zhang H., Wang G., Li J., Nie Y., Shi X., Lian G. et al. Identification of an antigenic determinant on the S2 domain of the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike glycoprotein capable of inducing neutralizing antibodies. J. Virol. 2004. Vol. 78. P. 6938–6945.
-
Zhang N., Channappanavar R., Ma C., Wang L., Tang J., Garron T. et al. Identification of an ideal adjuvant for receptor-binding domain-based subunit vaccines against Middle East respiratory syndrome coronavirus. Cell. Mol. Immunol. 2016. Vol. 13. P. 180–190.
-
Zhao J., Li K., Wohlford-Lenane C. et al. Rapid generation of a mouse model for Middle East respiratory syndrome. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2014. Vol. 111, N 13. P. 4970–4975.
-
Zharkova M.S., Orlov D.S., Golubeva O.Y. et al. Application of antimicrobial peptides of the innate immune system in combination with conventional antibiotics — a novel way to combat antibiotic resistance. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2019. Vol. 9. P. 128.
-
Zhu X., Wang Y., Zhang H. et al. Genetic variation of the human alpha-2-Heremans-Schmid glycoprotein (AHSG) gene associated with the risk of SARS-CoV infection. PLoS One. 2011. Vol. 6, N 8. Article ID e23730.
Глава 9. Современная диагностика и лечение COVID-19
9.1. Диагностические тесты и системы для выявления SARS-CoV-2-инфекции
По данным когортных исследований, проведенных в разных странах, главным образом в Китае, средний инкубационный период (время от момента инфицирования до появления симптомов заболевания) для COVID-19 составляет примерно 5 (2–7) дней в зависимости от генетического варианта вируса [6, 59, 80]. Примерно у 97,5% инфицированных людей, у которых развиваются симптомы заболевания, это происходит в течение 11,5 дней после заражения [80]. Период от появления симптомов до госпитализации в среднем составляет 7 (3–9) дней [13]. Средний возраст госпитализированных пациентов колеблется от 47 до 73 лет, причем в большинстве обследованных когорт преобладали мужчины — около 60% [37, 59, 92]. 74–86% пациентов, госпитализированных с диагнозом «COVID-19», составляют люди в возрасте старше 50 лет [37, 59]. COVID-19 имеет различные клинические проявления. При обследовании 44 672 пациентов с COVID-19 в Китае обнаружено, что 81% пациентов имели легкие проявления заболевания, 14% — тяжелые, 5% — критические проявления (дыхательная недостаточность, септический шок и/или полиорганная дисфункция) [110]. Из 20 133 человек, госпитализированных с COVID-19 в Великобритании, 17,1% были помещены в отделения интенсивной терапии [37]. Диагноз COVID-19 обычно ставится по результатам анализа мазка из носоглотки и/или ротоглотки с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Однако, учитывая возможность ложноотрицательных результатов ПЦР-тестирования SARS-CoV-2 в мазках носоглотки, при постановке диагноза также используются данные клинических, лабораторных и визуализационных исследований.
9.1.1. Полимеразная цепная реакция
В качестве основного диагностического теста используется выявление РНК SARS-CoV-2 в образцах из дыхательных путей (например, в мазках носоглотки) с помощью ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) [128]. Однако чувствительность тестирования варьирует в зависимости от времени тестирования по отношению ко времени контакта с вирусом. Так, в одном из исследований чувствительность тестирования составила 33% через 4 дня после инфекции, 62% — в день появления симптомов и 80% — через 3 дня после появления симптомов [79, 100, 113]. К факторам, связанным с ложноотрицательными результатами ПЦР-тестирования, относятся правильность взятия образцов, время после контакта с возбудителем и источник образца. При анализе образцов из нижних дыхательных путей (например, бронхоальвеолярный лаваж), чувствительность ПЦР-тестирования более высокая, чем при анализе образцов из верхних дыхательных путей. Из 1070 собранных в Китае образцов, полученных от 205 пациентов с COVID-19, самый высокий показатель положительных результатов ПЦР-тестирования SARS-CoV-2 получен при анализе образцов бронхоальвеолярного лаважа (93%), 72% — при анализе образцов мокроты, 63% — при анализе мазков из носа, 32% — при анализе мазков из глотки [113]. SARS-CoV-2 может обнаруживаться в кале, но не в моче [113]. Слюна может быть альтернативным источником образцов, который требует меньшей степени индивидуальной защиты, но такой анализ требует дальнейшей валидации [119].
Со времени начала распространения COVID-19 российскими учеными разрабатываются новые ПЦР-тест-системы для одновременного качественного и количественного определения SARS-CoV-2.
Серия тест-систем «АмплиТест» для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 и определения основных эпидемиологически значимых генетических вариантов COVID-19 была разработана в Центре стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью ФМБА России [129]. Тест-системы характеризуются высокой чувствительностью и специфичностью. Они зарегистрированы для широкого применения в клинической практике [10, 13].
Тест-системы совершенствовались и адаптировались для выявления новых эпидемически значимых штаммов SARS-CoV-2 (альфа, бета, гамма, дельта). В начале 2022 г. в России были зарегистрированы тест-системы для выявления штамма омикрон — «АмплиТест SARS-CoV-2 VOC v.3», серия CV017 [126] и «АмплиТест SARS-CoV-2 VOC v.4», серия CV019 [127]. Система «АмплиТест SARS-CoV-2 VOC v.3» позволяет с помощью ПЦР выявлять мутации гена S-белка SARS-CoV-2, характерные для штаммов омикрон и дельта и дает возможность дифференциального определения этих вариантов вируса. С помощью тест-системы «АмплиТест SARS-CoV-2 VOC v.4» можно дифференцировать штамм ВА.2 «стелс-омикрон» от первого штамма ВА.1, клиническая картина которых существенно отличается друг от друга, а также от варианта дельта. Дифференциация важна для отслеживания циркуляции нового эпидемически значимого штамма SARS-CoV-2 омикрон, который стремительно распространяется как в мире, так и на территории России и вытесняет штамм дельта.
Тест-системы «АмплиТест» демонстрируют высокие показатели аналитической чувствительности, которые позволяют выявить РНК коронавируса даже в инкубационном периоде и у бессимптомных носителей, время анализа составляет 1,5 ч [128, 129].
Одноэтапная тест-система COVID-19 Amp для выявления SARS-CoV-2 на основе количественной ПЦР с обратной транскрипцией разработана в НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера. За счет дополнительных контролей такой подход снижает вероятность ложноотрицательных результатов. Чувствительность тест-системы составила 103 копий РНК/мл, что соответствует международным стандартам. Новая тест-система оказалась чувствительнее той, что была одобрена ВОЗ еще в феврале 2020 г., и позволяет эффективно выявлять больных со слабовыраженными симптомами [54].
9.1.2. Серологические тесты
Для диагностики COVID-19 и оценки ответа на новые вакцины используются серологические тесты. К ним относятся экспресс-тесты и высокоэффективный иммуноферментный анализ (ИФА) либо иммунохемилюминесцентный (ИХЛА) анализ [60, 100, 124]. В настоящее время Минздравом России зарегистрировано 67 тест-систем ИФА, 135 систем ИХЛА, а также 69 экспресс-тестов отечественного и зарубежного производства для определения антител к SARS-CoV-2. Следует обратить внимание на то, что производительность, точность и валидность различных тест-систем могут отличаться [25].
Структурные белки SARS-CoV-2 (S-белок шипа, E-белок оболочки, M-белок мембраны, нуклеокапсидный N-белок) являются антигенами и индуцируют образование специфических антител. S-белок содержит RBD, который является перспективным антигеном вируса для разработки вакцин. N-белок как наиболее иммуногенный и консервативный антиген может быть использован как маркер вируса в серологических тестах, в том числе ИФА. Тест-системы предназначены для определения как отдельных классов иммуноглобулинов, так и их сочетаний — IgM + IgG, IgM + IgA, IgM + IgA + IgG. В качестве антигена в тест-системах используется как одиночный S-белок коронавируса (или его рецептор-связывающий домен), так и сочетание S- и N-белков в одном анализе.
SARS-CoV-2-специфические IgM-антитела выявляются в течение 5 дней после заражения, более высокие уровни IgM наблюдаются в течение 2–3 нед заболевания. Вирус-специфические IgG впервые обнаруживаются примерно через 14 дней после появления симптомов заболевания [60, 100]. Более высокие титры антител обнаруживаются при более тяжелом течении заболевании [124]. Однако наличие антител само по себе не является показателем степени иммунной защиты, поскольку не все антитела, вырабатываемые в ответ на инфекцию, нейтрализуют вирус. Пока неизвестно, как часто происходит повторная инфекция SARS-CoV-2. Достоверно не установлено, определяет ли наличие антител восприимчивость к последующей инфекции и как долго длится защита, обусловленная антителами.
Для оценки результатов качественного ИФА используют коэффициент позитивности (КП) — относительный показатель, отражающий содержание антител в пробе, который представляет собой частное от деления оптической плотности (ОП)450 в лунке с образцом на граничное значение (ГЗ). ГЗ рассчитывается прибавлением константной величины 0,2 к среднему значению отрицательного контроля (ОК)ср: ГЗ = ОКср +0,2.
Результаты количественного анализа в ИФА и ИХЛА изначально представлялись в условных единицах, разработанных производителем — ОД/мл, Ед/мл, ОЕ/мл, AU/ml и т.д. Летом 2021 года ВОЗ утвердила международный стандарт измерения — First WHO International Standard for anti-SARS-CoV-2 immunoglobulinum (human), с единицей измерения BAU — «binding anti units» («единицы связывающих антител») [75, 78, 117].
Росздравнадзором сформирована таблица пересчета условных единиц, установленных производителем (изготовителем) диагностических систем ИФА, в международные стандартные единицы — BAU/мл (приложение к письму Росздравнадзора № 02И-840/21 от 05.07.2021).
Интерпретация результата по новому стандарту оценки иммунного статуса выглядит следующим образом:
-
при 11-79 BAU/мл = вирус-нейтрализующий эффект низкий (принятие решения по вакцинации);
-
при 80-149,9 BAU/мл = вирус-нейтрализующий эффект действует только в 50% случаев (контроль в динамике);
-
при >150 BAU/мл = вирус-нейтрализующая активность ярко выражена в 100% случаев (достаточный уровень для защиты, вакцинация не требуется);
-
при 500 и выше = выработан максимальный уровень антител (вакцинация не требуется).
Однако количественное определение в BAU/мл в большинстве тест-систем возможно только для IgG антител к S-белку коронавируса. Антитела к S-белку появляются как после перенесенного заболевания, так и после вакцинации основными вакцинами. Наличие IgG к N-белку подтверждает факт контакта с вирусом, являясь маркером перенесенной инфекции.
Поэтому для оценки постинфекционного и поствакцинального иммунитета весьма перспективно использование наборов, где определение IgG антител к S- и N-белкам коронавируса выполняется раздельно. Примером могут служить набор, совместно разработанный ФГБУ «ГНЦ Институт иммунологии» ФМБА России и ООО «Эпидбиомед-диагностика» (ЭБМ-SARS-CoV-2-ИФА-IgG, РУ на медицинское изделие от 21 декабря 2021 г. № РЗН 2021/16132) [16], а также «SARS-CoV-2-AT спектр-ИФА-БЕСТ» (ЗАО «Вектор-Бест», № РЗН 2021/15252).
9.1.3. Лабораторные показатели
Систематический обзор 19 исследований с участием 2874 пациентов, в основном из Китая (средний возраст 52 года), из которых 88% были госпитализированы, позволил выявить типичные отклонения лабораторных показателей, наблюдаемых при COVID-19. В ним относятся повышенные уровни сывороточного С-реактивного белка (повышен у >60% пациентов), лактатдегидрогеназы (повышен примерно у 50–60% пациентов), аланинаминотрансферазы (повышен примерно у 25% пациентов) и аспартатаминотрансферазы (повышен примерно у 33% пациентов). Низкий уровень альбумина отмечался у примерно 75% пациентов [68, 94]. Из наиболее распространенных гематологических нарушений отмечена лимфопения (абсолютное количество лимфоцитов <1,0 ∙ 109 /л), которая наблюдалась у 83% госпитализированных пациентов с COVID-19 [59, 107]. Также наблюдались коагулопатии, умеренное увеличение протромбинового времени (>5% пациентов), умеренная тромбоцитопения (выявлена почти у 30% больных) и повышенные уровни D-димера (обнаружено у 43–60% пациентов) [30, 59, 81, 107, 109]. Большинство из этих лабораторных показателей неспецифичны и обычно наблюдаются при пневмонии. Более серьезные отклонения лабораторных показателей были связаны с более тяжелым течением инфекции [59, 68, 121]. Уровень D-димера и лимфопения, по-видимому, имеют наибольшее значение для прогноза развития заболевания [121].
9.1.4. Визуализация
Характерными аномалиями, выявляемыми с помощью компьютерной томографии (КТ) грудной клетки при COVID-19, являются диффузные периферические помутнения с плохо очерченными краями («матовое стекло»), воздушные бронхограммы, гладкие или нерегулярные междольковые или септальные утолщения, утолщение прилегающей плевры [102]. На ранних стадиях заболевания результаты КТ грудной клетки примерно у 15% пациентов и результаты рентгенографии грудной клетки примерно у 40% пациентов могут быть нормальными [24]. Быстрое развитие аномалий может произойти в первые 2 нед после появления симптомов, после чего их выраженность постепенно снижается [24, 102]. Результаты КТ грудной клетки при COVID-19 неспецифичны и во многом совпадают с картиной, наблюдаемой при других инфекциях, поэтому диагностическая ценность КТ грудной клетки в случае COVID-19 ограничена. У некоторых пациентов, поступивших в стационар с SARS-CoV-2-инфекцией, подтвержденной с помощью ПЦР-тестирования, при КТ наблюдалась нормальная картина. Также описаны случаи, когда нарушения грудной клетки обнаруживались при КТ за день до выявления у пациентов РНК SARS-CoV-2 [24, 102].
9.2. Этиотропная терапия COVID-19
9.2.1. Официальные рекомендации и препараты
В конце декабря 2021 г. Минздравом России утверждены обновленные Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)» (версия 14 от 27 декабря 2021 г.) [6]. Согласно этому документу, для этиотропной противовирусной терапии COVID-19 используется несколько препаратов: фавипиравир, молнупиравир, ремдесивир, умифеновир, интерферон альфа и ряд других. По сравнению с предыдущими версиями имеется ряд существенных дополнений. В частности, в список препаратов, рекомендованных для лечения пациентов, добавлен препарат МИР 19® на основе малой интерферирующей РНК (миРНК). Расширен список вакцин для профилактики СOVID-19 — в него включен препарат «Спутник М», предназначенный для вакцинации детей и подростков в возрасте 12–17 лет. Перечень противовирусных лекарств дополнен препаратом нирматрелвир + ритонавир.
В руководствах ВОЗ по лечению пациентов с COVID-19 рекомендуется изолировать пациентов для обеспечения поддерживающего лечения с включением иммуномодулирующей терапии, оксигенационной терапии, а также применением антибиотиков при необходимости [118]. Одобренные Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) противовирусные и иммуномодулирующие средства включены в руководства по ведению пациентов с SARS-CoV-2-инфекцией. К ним относятся противовирусные препараты ремдесивир, нирматрелвир + ритонавир, фавипиравир и т.п. Их эффективность постоянно отслеживается и оценивается [26, 34, 36]. Согласно рекомендациям Национального института здравоохранения (NIH) (версия от 24.02.2022, США), для терапии COVID-19 допускается применение таких препаратов, как ремдесивир, нирматрелвир + ритонавир (Паксловид, не зарегистрирован в РФ), в качестве альтернативы — моноклональные антитела [65].
9.2.2. Точки воздействия на жизненный цикл SARS-CoV-2
Противовирусная терапия основана на блокировании определенных стадий жизненного цикла SARS-CoV-2 с помощью лекарственных средств, направленных против различных компонентов вируса, или путем индукции противовирусного иммунного ответа. Рассмотрим жизненный цикл вируса и точки приложения противовирусных препаратов и иммунотропных средств.
Прикрепление вируса к клетке-мишени и слияние с ней. SARS-CoV-2 инфицирует клетки бронхиального эпителия, пневмоцисты и эпителиальные клетки верхнего респираторного тракта. Начальным этапом инфекции является прикрепление вириона к клетке-мишени и последующее слияние с ней. Главную роль в этих процессах играет белок S. Он представляет собой гомотример и выполняет функцию белка слияния. S-белок состоит из 2 функциональных субъединиц S1 и S2: S1 — содержит RBD, который непосредственно взаимодействует с ACE2-рецептором клетки-мишени. S2-субъединица содержит трансмембранный домен, который отвечает за процесс пространственного сближения мембраны вируса и клетки. В результате слияния мембран вируса и клетки происходит проникновение генетического материала вируса в цитоплазму (рис. 9.1) [111].
Первичная трансляция геномной РНК. SARS-CoV-2 обладает относительно крупным геномом (около 30 000 нуклеотидов). На 5’ и 3’-концах располагаются нетранслируемые регионы, которые содержат регуляторные элементы, необходимые для репликации геномной РНК. На 5’-конце содержится CAP (7-метилгуанозин), а на 3’-конце — так называемый поли(А)-хвост, которые необходимы для поддержания целостности геномной РНК в цитоплазме клеток, защищая их от действия внутриклеточных РНКаз. На 5’-конце генома располагаются 2 крупные открытые рамки считывания (ORF1a и ORF1b), которые занимают 70% генома. Они кодируют 16 неструктурных белков (nsp), которые необходимы для репликации генома вируса и транскрипции мРНК. Остальные 30% геномной РНК служат матрицей для транскрипции мРНК, кодирующих структурные белки (S, E, N, M), и так называемых субгеномных мРНК, которые кодируют вспомогательные белки [70, 111].
После проникновения вируса в цитоплазму клетки происходит трансляция геномной РНК, в результате чего на матрице 2 открытых рамок считывания ORF1a и ORF1b образуются 2 полипептида pp1a и pp1ab, которые затем процессируются до 16 индивидуальных неструктурных белков (nsp1-16). Процессинг осуществляется 2 протеазами, закодированными в геноме вируса (PLpro и Mpro), последняя из которых отвечает за процессинг большинства неструктурных белков. Эти белки в свою очередь формируют белковый репликационно-транскрипционный комплекс (RTC), необходимый для последующей репликации вируса и транскрипции мРНК (рис. 9-1 [70, 111].
Репликация геномной РНК и транскрипция мРНК. Репликацию геномной РНК вируса положительной полярности осуществляет RTC-комплекс, основную функциональную роль в котором играют белки: nsp12 — РНК-зависимая РНК-полимераза, nsp8 — праймаза и nsp14 — экзонуклеаза [Arya и др., 2021]. В результате репликации образуется полноразмерная геномная РНК отрицательной полярности, которая функционирует как матрица для синтеза исходной геномной РНК (позитивной полярности).

Синтезированные геномные РНК затем используются для трансляции неструктурных вирусных белков, а также участвуют в сборке зрелых вирионов (рис. 9-1) [70, 111]. Как упоминалось выше, ORF, кодирующие структурные белки S, E, M и N, располагаются на 3’-конце генома. Между этими рамками считывания «вкраплено» по меньшей мере 5 ORF, кодирующих так называемые вспомогательные белки. RCT-комплекс, помимо репликации генома вируса, осуществляет транскрипцию мРНК структурных белков S, E, M и N и так называемых субгеномных РНК (sgRNA), кодирующих вспомогательные белки. sgRNA образуются во время синтеза репликации геномной РНК вследствие того, что репликационно-транскрипционный комплекс (RTC) прерывает процесс синтеза РНК в области TRS-элементов [70, 111].
Трансляция. Неструктурные белки (sp1-16) транслируются на матрице геномной РНК в виде 2 полипептидов (pp1a и pp1ab) с последующим процессингом протеазами. Они необходимы для репликации геномной РНК и транскрипции мРНК. Структурные белки (S, E, M и N) и вспомогательные белки транслируются на матрице индивидуальных молекул мРНК; первые необходимы для сборки зрелых вирионов, в то время как точная роль последних не до конца установлена. Вспомогательные белки не участвуют в репликации вируса, однако согласно одному из предположений они модулируют антивирусный ответ клетки. Например, по меньшей мере 3 вспомогательных белка, кодируемых ORF3b, ORF6 и ORF9b, могут иметь функцию антагонистов ИФН, а вспомогательный белок, кодируемый ORF8, способен связываться с главным комплексом гистосовместимости и инициировать его градацию внутри клетки. Все это приводит к подавлению защитной реакции клетки на инфекцию (рис. 1) [70, 111].
Сборка и отпочковывание вирионов. Синтезированные de novo структурные белки (S, E, M и N) и геномная РНК транспортируются в промежуточные компартменты комплекса Гольджи, где происходит взаимодействие N-белка с синтезированной геномной РНК вируса и формируется нуклеокапсид. Белки S, E и M встраиваются в мембрану эндоплазматического ретикулума и инициируют сборку зрелых вирионов, которые отпочковываются во внеклеточное пространство путем экзоцитоза (рис. 9-1 [70, 111].
9.2.3. Современные лекарственные средства против SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19
Для лечения COVID-19 применяются или разрабатываются следующие классы препаратов: противовирусные препараты (например, ремдесивир, фавипиравир), антитела (например, реконвалесцентная плазма, гипериммунные иммуноглобулины), противовоспалительные средства (дексаметазон, статины), средства таргетной иммуномодулирующей терапии (например, препараты моноклональных антител — тоцилизумаб, сарилумаб, анакинра, руксолитиниб, сотровимаб /не зарегистрирован в РФ/), антитромботические и противофиброзные средства (например, ингибиторы тирозинкиназы). Очевидно, что различные методы лечения могут иметь различную эффективность на разных стадиях заболевания и при различных проявлениях болезни. Можно ожидать, что ингибирование репликации вируса будет наиболее эффективным на ранних стадиях инфекции, в то время как для предотвращения прогрессирования заболевания у госпитализированных пациентов могут быть полезны иммуномодуляторы, а для предотвращения тромбоэмболических осложнений — антикоагулянты.
На начальных этапах развития пандемии COVID-19 для лечения пациентов использовали хлорохин и гидроксихлорохин, которые ингибируют проникновение вирусов и эндоцитоз SARS-CoV-2 in vitro и могут оказывать благотворное иммуномодулирующее действие in vivo [97, 115]. Многочисленные (более 200) клинические исследования не подтвердили явной эффективности этих препаратов у пациентов с COVID-19 [85, 86, 108]. Клиническое исследование, проведенное в Китае с участием 150 пациентов, поступивших в стационар с легким и умеренным COVID-19, не выявило влияния гидроксихлорохина на отрицательную конверсию SARS-CoV-2 через 28 дней (основной показатель исхода) [95]. 2 ретроспективных исследования не выявили влияния гидроксихлорохина на риск интубации или смертность среди госпитализированных пациентов с COVID-19 [52, 85, 95]. В ретроспективном мультицентровом когортном исследовании, где сравнивали внутрибольничную смертность в группах пациентов, которые получали гидроксихлорохин и азитромицин (735 пациентов), только гидроксихлорохин (271 пациент), только азитромицин (211 пациентов) либо ни один из этих препаратов (221 пациент), никаких различий между группами не обнаружено [95]. Распространены побочные эффекты, особенно удлинение интервала QT с повышенным риском сердечных осложнений в уязвимой популяции [52, 85, 95]. Эти данные не подтверждают обоснованности off-label-применения хлорохина/гидроксихлорохина ни с одновременным назначением азитромицина, ни без него. Рандомизированные клинические испытания продолжаются.
Большинство противовирусных препаратов, которые проходили клинические испытания с участием пациентов с COVID-19, изначально были разработаны для применения против гриппа, ВИЧ, лихорадки Эбола или SARS/MERS [97, 98]. Применение сочетания ингибиторов протеаз ВИЧ лопинавира и ритонавира, которые нарушают репликацию вируса in vitro , не показало преимущества по сравнению со стандартным лечением в рандомизированном контролируемом открытом исследовании с участием 199 госпитализированных взрослых пациентов с тяжелыми COVID-19 [53]. Из ингибиторов РНК-зависимой РНК-полимеразы, которые останавливали репликацию SARS-CoV-2, были исследованы рибавирин, фавипиравир и ремдесивир [23, 97]. Последний представляется наиболее многообещающим. Первые предварительные результаты двойного слепого рандомизированного плацебо-контролируемого исследования с участием 1063 взрослых пациентов, госпитализированных с COVID-19 и признаками поражения нижних дыхательных путей, которым случайным образом назначали внутривенное введение ремдесивира или плацебо в течение 10 дней, показали, что реципиенты ремдесивира имели более короткое время выздоровления, чем реципиенты плацебо (11 против 15 дней) [23]. Отдельное рандомизированное открытое исследование с участием 397 госпитализированных пациентов с COVID-19, которым не требовалась искусственная вентиляция легких, показало, что результаты 5 дней лечения ремдесивиром не отличались от результатов его применения в течение 10 дней (по клиническому состоянию на 14-й день) [53]. ВОЗ не рекомендует использование этого препарата, указывая на наличие побочных эффектов и отсутствие доказанного влияния на течение болезни.
Препарат плитидепсин (Аплидин, не зарегистрирован в РФ), исследующийся в качестве противоракового препарата, оказался в 27,5 раза более эффективным средством против коронавируса SARS-CoV-2 in vitro , чем ремдесивир. Плитидепсин взаимодействует с фактором трансляции eEF1A и подавляет процесс репликации вируса [116]. В настоящее время опубликованы результаты I фазы клинического исследования, показавшие безопасность применения препарата у 46 добровольцев, II фаза исследования закончена в сентябре 2021 г. [33].
Одним из возможных методов лечения больных COVID-19 можно считать иммунотерапию с применением плазмы от уже перенесших заболевание лиц. Лечение плазмой, полученной от пациентов, выздоровевших от вирусных инфекций, впервые было описано во время пандемии гриппа 1918 г. В 1-м сообщении о 5 тяжелобольных пациентах с COVID-19, получавших лечение реконвалесцентной плазмой, содержащей нейтрализующие антитела, отмечено улучшение клинического состояния всех участников, определяемое по сочетанию изменений температуры тела, последовательной оценки органной недостаточности, парциального давления кислорода/фракции вдыхаемого кислорода, вирусной нагрузки, титра сывороточных антител, рутинных биохимических показателей крови, острого респираторного дистресс-синдрома (ОРДС), а также вентиляционной и экстракорпоральной мембранной оксигенации до и после переливания реконвалесцентной плазмы [101]. В последующем мультицентровом открытом рандомизированном клиническом исследовании с участием 103 пациентов с тяжелым COVID-19 в Китае не выявило статистически значимой разницы во времени до клинического улучшения в течение 28 дней у пациентов-реципиентов реконвалесцентной плазмы по сравнению со стандартным лечением (51, 9% против 43,1%) [82]. Однако исследование было рано остановлено из-за медленного набора пациентов, что ограничило возможность выявления клинически значимых различий. Изучаемые альтернативные подходы включают использование гипериммунного глобулина, полученного из реконвалесцентной плазмы, и моноклональных антител, специфичных к SARS-CoV-2 [27, 114]. В последующем мультицентровом открытом рандомизированном клиническом исследовании в Китае оценивали действие реконвалесцентной плазмы у пациентов-реципиентов с тяжелым COVID-19 по сравнению со стандартным лечением. Однако исследование было рано остановлено из-за медленного набора пациентов, что ограничило возможность выявления клинически значимых различий в течение 28 дней [64]. Изучаемые альтернативные подходы включают использование гипериммунного глобулина, полученного из реконвалесцентной плазмы, и моноклональных антител, специфичных к SARS-CoV-2 [27, 114]. В апреле 2021 г. Минздрав России зарегистрировал первое в мире лекарство от COVID-19 на основе плазмы крови переболевших — отечественный препарат иммуноглобулин человека против COVID-19 («КОВИД-глобулин® ») (разработчик — компания «Нацимбио»). «КОВИД-глобулин® » — высококонцентрированный препарат на основе плазмы переболевших доноров, в котором содержатся антитела против коронавируса, а также компоненты, облегчающие состояние пациентов [64]. После завершения II и III фаз клинических испытаний предполагается использовать его для лечения пациентов со средним и тяжелым течением COVID-19. Эффективность данной терапии подтверждается улучшением клинического состояния больных и положительной рентгенологической динамикой на фоне значимого повышения титра антител к вирусу SARS-CoV-2.
Альтернативные терапевтические стратегии предусматривают модуляцию воспалительной реакции у пациентов с COVID-19. Моноклональные антитела, направленные против ключевых медиаторов воспаления, таких как ИФН-γ, интерлейкин(ИЛ)-1, ИЛ-6 и С5а, предназначены для подавления воспалительной реакции после инфекции SARS-CoV-2 с целью предотвращения повреждения органов [20, 97, 98]. Лучше всего изучены ингибиторы ИЛ-6 тоцилизумаб и сарилумаб, проведено более десяти рандомизированных клинических исследований [14, 20]. Ингибиторы тирозинкиназы (например, иматиниб), изучаются на предмет их потенциала предотвращать кровотечение из сосудов легких у пациентов с COVID-19.
При исследовании применения кортикостероидов при вирусной пневмонии и ОРДС получены неоднозначные результаты [19, 121]. Однако рандомизированное исследование терапии COVID-19 (RECOVERY), в котором 2104 пациента с COVID-19 получали 6 мг дексаметазона в течение 10 дней и 4321 — получали обычную медицинскую помощь, обнаружено, что дексаметазон приводил к снижению 28-дневной общей смертности: 21,6% против 24,6%; скорректированное по возрасту соотношение — 0,83 (95%, CI 0,74–0,92; Р <0,001) [63]. Польза была наибольшей у пациентов с продолжительностью симптомов более 7 дней и у пациентов, которые нуждались в искусственной вентиляции легких. Напротив, не выявлено пользы (и вероятности вреда) среди пациентов с более короткой продолжительностью симптомов и без дополнительной потребности в кислороде. Ретроспективное когортное исследование в г. Ухань, Китай, с участием 201 пациента с подтвержденной пневмонией COVID-19 и ОРДС показало, что лечение метилпреднизолоном было связано со снижением риска смерти [отношение рисков 0,38 (95% CI 0,20-0,72)] [122].
В процессе клинических исследований находится ингаляционный препарат EXO-CD4 (не зарегистрирован в РФ) [49], который представляет собой экзосомы, несущие белок CD24, обладающий противовоспалительным действием. Препарат экзосом получают из генномодифицированных клеток линии T-REx™-293 с высоким уровнем экспрессии CD24. EXO-CD4 предназначен для ликвидации негативных последствий цитокинового шторма. По предварительным данным, препарат безопасен, а его применение в ограниченной группе пациентов с COVID-19 позволило добиться их быстрого выздоровления.
Профилактика тромбоэмболии с помощью подкожных низкомолекулярных гепаринов может быть рекомендована госпитализированным пациентам с COVID-19 [81, 109]. Продолжаются исследования по оценке полезного эффекта терапии с применением антикоагулянтов у пациентов с повышенным уровнем D-димера.
Рассмотрим отдельные средства для лечения пациентов с COVID-19 — как уже применяемые в клинической практике в России и за рубежом, так и находящиеся в процессе разработки и исследования (лекарственные препараты, препараты на основе моноклональных антител, биотехнологические препараты).
9.2.3.1. Противовоспалительные средства
В Научном центре биомедицинских технологий ФМБА России разработан препарат Лейтрагин — ингаляционное лекарство для лечения и профилактики вирусной пневмонии, осложняющей течение SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 [9, 71]. Как показали клинические исследования, лейтрагин (действующее вещество тирозил-D-аланил-глицил-фенилаланил-лейцил-аргинина диацетат) обладает эффективным профилактическим действием в отношении респираторных вирусных инфекций, в том числе вызванных SARS-CoV-2. Лейтрагин способствует предотвращению развития серьезного осложнения SARS-CoV-2-инфекции — цитокинового шторма. Цитокиновый шторм предшествует возникновению острого респираторного дистресс-синдрома, полиорганной недостаточности, а также нарушениям свертывающих свойств крови, которые являются основными причинами смертности при COVID-19. Поэтому противодействие развитию цитокинового шторма имеет особую важность для лечения пациентов с COVID-19. Применяющиеся антицитокиновые средства (моноклональные антитела), как правило, блокируют отдельные цитокины. Принципиальным отличием лейтрагина является безопасное подавление высвобождения множества цитокинов и других медиаторов воспаления за счет воздействия сразу на несколько основных сигнальных путей в иммунной системе [9, 13, 71].
Лейтрагин был разработан в кратчайшие сроки. Для скрининговых и доклинических исследований в Научном центре биомедицинских технологий ФМБА России была создана неинфекционная модель острого респираторного дистресс-синдрома у мышей. Этот синдром является одной из основных причин гибели при коронавирусной инфекции. С помощью модели был проведен отбор наиболее эффективных и безопасных кандидатных молекул. В апреле 2020 г. в нескольких научно-клинических центрах ФМБА России были начаты клинические исследования лейтрагина. Исследования подтвердили безопасность этого лекарственного препарата и высокую эффективность его применения у пациентов с пневмонией при COVID-19 по сравнению со стандартной терапией. В ходе клинических исследований было установлено, что в группе пациентов со среднетяжелым течением COVID-19, получавших лейтрагин, не было зарегистрировано случаев перехода заболевания в более тяжелую форму, а также смертельных исходов. Время выздоровления пациентов, получавших лейтрагин, сокращалось до 8 сут, по сравнению с 14 сут в группе сравнения, получавшей стандартную терапию. 25 мая 2021 г. препарат «Лейтрагин» был зарегистрирован Министерством здравоохранения Российской Федерации. Лейтрагин запатентован ФМБА России, имеет полный технологический цикл производства на территории Российской Федерации.
9.2.3.2. Противовирусные лекарственные препараты
Аналоги нуклеозидов
А. Фавипиравир
В качестве важной мишени при создании лекарств для лечения COVID-19 рассматривается РНК-зависимая РНК-полимераза SARS-CoV-2. Противовирусный препарат фавипиравир является селективным ингибитором РНК-зависимой РНК-полимеразы, необходимой для транскрипции и репликации генома вируса [50, 91]. Он представляет собой это модифицированный аналог пиразина, который первоначально был одобрен для терапевтического применения при гриппе и лихорадке Эбола [29, 106]. Противовирусная активность фавипиравира при ОРВИ была продемонстрирована ранее [56]. При широком распространении SARS-CoV-2 фавипиравир был изучен одним из первых для лечения COVID-19. Q. Cai с коллегами одними из первых сообщили об экспериментальном лечении COVID-19 с помощью фавипиравира [29]. Они установили, что противовирусная терапия фавипиравиром позволяет сократить время элиминации вируса. По данным ClinicalTrials.gov проведено более 8 клинических испытаний фавипиравира. Фавипиравир был одобрен в Японии, но с ограничениями применения по причине тератогенного действия [103]. В 2020 г. он зарегистрирован в России и включен в список жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов Минздрава России. В качестве перспективной терапии применяют модифицированные аналоги нуклеозидов, которые терминируют процесс наращивания цепи полимеразой вируса. Однако этот подход имеет свои ограничения, так как вирусная РНК-полимераза обладает экзонуклеазной активностью, позволяющей корректировать мутации.
Б. Авифавир
Первый российский препарат для лечения новой коронавирусной инфекции — Авифавир [7]. Он произведен совместным предприятием Российского фонда прямых инвестиций (РФПИ) и группы фармацевтических компаний. Авифавир — препарат на основе препарата фавипиравира, используемого в Японии уже с 2014 года при тяжелых формах гриппа. Принцип его действия — в нарушении репликации коронавируса за счет ингибирования РНК-зависимой РНК-полимеразы. Эффективность препарата в ходе промежуточных клинических испытаний составила 80%. Авифавир способен оказывать противокоронавирусное действие, а также облегчать симптомы и сокращать сроки течения заболевания в два раза в отличие от стандартной терапии. По сведениям разработчика (компании «Химрар») авифавир эффективен против штаммов дельта и омикрон [4, 7].
В. Ремдесивир
Ремдесивир представляет собой аналог аденозина, который встраивается в цепь геномной РНК вируса в процессе ее репликации, что в итоге приводит к так называемому «обрыву» синтезируемой цепи и, как следствие, к нарушению процесса репродукции вируса. Ремдесивир был разработан компанией Gilead Sciences для лечения инфекций, вызванных вирусами Эбола и Марбург. Позднее была продемонстрирована его способность подавлять репликацию клинического изолята SARS-CoV-2 в экспериментах in vitro в культуре клеток [115 ] и in vivo на модели инфекции макаков резус [120]. В начале пандемии нового штамма коронавируса в США один пациент получил ремдесивир на 11-й день болезни по причине неэффективности предшествующего лечения. На 12-й день инфекции клиническое состояние пациента улучшилось, при этом нежелательных явлений не было зафиксировано [62]. Далее были проведены масштабные многоцентровые клинические исследования ремдесивира с участием пациентов с COVID-19 [57]. Полученные результаты выявили улучшение клинического состояния у 36 из 53 пациентов (68%), получавших ремдесивир [57]. Также было показано, что позднее начало противовирусной терапии ремдесивиром является успешным при лечении пациентов с тяжелым течением COVID-19 [61]. Однако рандомизированное двойное слепое плацебо-контролируемое многоцентровое исследование, проведенное в 10 клиниках Китая, не показало статистически значимых преимуществ ремдесивира у взрослых пациентов с подтвержденной инфекцией SARS-CoV-2 [57]. Исследование препарата продолжается. По данным ClinicalTrials.gov, проводится более 10 клинических испытаний ремдесивира.
Г. Рибавирин
Рибавирин представляет собой синтетический нуклеозидный аналог рибофуранозы, обладающий активностью в отношении РНК-содержащих вирусов, прежде всего вируса гепатита С. Рибавирин встраивается в вирусную РНК, тем самым ингибируя ее синтез, вызывая мутации вирусного генома и подавляя «нормальную» репликацию вируса. На основании молекулярных исследований [44] было доказано, что рибавирин может связываться с ферментом репликации SARS-CoV-2 (RdRp), при этом энергия связывания сопоставима с таковой для нативных нуклеотидов, из которых осуществляется синтез генома вируса. Это означает, что рибавирин способен ингибировать процесс репликации SARS-CoV-2. К числу побочных эффектов рибавирина относится снижение концентрации гемоглобина, что неприемлемо для пациентов с респираторными заболеваниями [87]. Учитывая этот факт, а также ограниченную эффективность рибавирина, выявленную в 2003 г. во время вспышек атипичной пневмонии, в настоящее время этот препарат не используют для лечения COVID-19 [74].
Ингибиторы протеазы
А. Лопинавир + ритонавир
Лопинавир представляет собой ингибитор протеазы ВИЧ-1, используемый для лечения этой инфекции в сочетании с ритонавиром. Лопинавир ингибирует 3-химотрипсиноподобную протеазу (MPro), что приводит к образованию незрелых/неинфекционных вирусных частиц. Ритонавир ингибирует расщепление лопинавира в печени и тем самым увеличивает период полувыведения лопинавира. Протеаза является ключевым ферментом в процессинге полипротеинов коронавируса, поэтому комбинация лопинавир + ритонавир была предложена в качестве многообещающего препарата против COVID-19, особенно после подтверждения антикоронавирусной активности в экспериментах in vitro [32].
В клиническом исследовании с участием 47 пациентов с тяжелой формой COVID-19 в Китае [124] у пациентов был достигнут клинический эффект, заключавшийся в ускоренной элиминации вируса. Другое рандомизированное контролируемое открытое клиническое исследование с участием 199 взрослых пациентов с тяжелой формой COVID-19 не показало значимого эффекта при лечении комбинацией лопинавир + ритонавир [29]. В исследовании участвовали пациенты с легкой формой COVID-19. Длительность пребывания в госпитале была существенно меньше в группе пациентов, принимавших лопинавир + ритонавир в комбинации с ИФН-β и рибавирином, по сравнению с группой, получавшей только лопинавир + ритонавир [69]. По данным ClinicalTrials.gov, зарегистрировано значительное количество исследований эффективности комбинации лопинавир + ритонавир для терапии COVID-19. Однако в подавляющем большинстве этих исследований комбинация лопинавир + ритонавир применяется преимущественно в сочетании с другими препаратами.
Б. Паксловид
Паксловид — противовирусный препарат, предназначенный для терапии COVID-19 (разработчик — компания Pfizer). В его состав входят PF-07321332 — ингибитор протеазы SARS-CoV-2 (разработан компанией Pfizer), и антиретровирусный препарат ритонавир [72]. Ритонавир помогает замедлить метаболизм PF-07321332, что способствует поддержанию его высокой концентрации в организме для обеспечения эффективного противовирусного действия [89]. Эффективность Паксловида в предотвращении развития тяжелой формы заболевания и госпитализации составила 89% [45].
Препараты широкого спектра действия
А. Молнупиравир ( Molnupiravir)
Компаниями Merck (MSD) и Ridgeback Biotherapeutics разработан препарат Молнупиравир ( Molnupiravir) — противовирусное средство широкого спектра действия. Этот пероральный препарат в капсулах представляет собой пролекарство — нуклеозидный аналог β-D-N4 -гидроксицитидин (NHC). Молнупиравир способен вносить «ошибки» в геномную РНК коронавирусов за счет замены нуклеотидов G на A и C на U при репликации. Увеличение частоты мутаций связывают с противовирусным эффектом препарата. Исследование действия NHC-5’-трифосфата (NHC-TP) на активность РНК-зависимой РНК-полимеразы SARS-CoV-2 в целом подтвердили этот механизм [55]. Эффективность молнупиравира в клинических испытаниях составила 90% [41]. В конце декабря 2021 г. FDA выдало разрешение на экстренное применение молнупиравира для лечения COVID-19 легкой и средней тяжести у взрослых пациентов, которые подвержены высокому риску прогрессирования заболевания до тяжелой формы, включая госпитализацию или смерть, и для которых альтернативные разрешенные варианты лечения, недоступны или клинически не подходят [66]. Лечение молнупиравиром рекомендуется начинать как можно скорее после постановки диагноза COVID-19 и в течение 5 дней со времени появления симптомов. Эксперты FDA отмечают, что молнупиравир не является заменой вакцинации. В Российской Федерации молнупиравир зарегистрирован 03.02.2022 г. под наименованием «Эсперавир» [6, 7].
Б. Умифеновир
Умифеновир (торговая марка Арбидол) — противовирусный препарат для лечения гриппозной инфекции, одобренный в России и Китае. Химически он имеет индольное ядро, функционализированное во всех положениях, кроме одного, разными заместителями. Препарат ингибирует проникновение вируса в клетки-мишени и стимулирует иммунный ответ. В исследовании, проведенном в Китае [125], были проанализированы эффективность и безопасность монотерапии умифеновиром у пациентов с COVID-19. Показано, что на 14-й день после лечения вирусная нагрузка в группе, получавшей препарат, не определялась. Кроме того, не было обнаружено каких-либо побочных эффектов. По данным ClinicalTrials.gov, проводятся единичные клинические исследования умифеновира (Арбидола): NCT04260594, NCT04273763 и NCT04350684.
Разработки лекарственных химиопрепаратов против COVID-19 ведутся в НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России [5]. Результаты их испытаний ожидаются к концу 2022 г.
Плазма реконвалесцентов и препараты на основе моноклональных антител
А. Плазма реконвалесцентов
Один из первых препаратов, апробированных в начале пандемии нового штамма коронавируса — это плазма реконвалесцентов (индивидуумов, перенесших COVID-19). Антивирусный эффект этой плазмы реализуются за счет того, что в ней содержатся антитела против вируса, которые могут его нейтрализовать и предотвратить инфекцию. Проведено не менее 7 клинических исследований эффективности такой плазмы с участием более 12 000 пациентов. Систематический обзор этих исследований не выявил клинической эффективности применения плазмы [90], однако в подгруппе иммунокомпрометированных пациентов достигался все же положительный клинический эффект [18, 83]. Низкая эффективность плазмы, вероятно, связана с тем, что в ней содержатся антитела не только к RDB-домену S-белка, но и к другим менее значимым эпитопам вируса.
Б. КОВИД-глобулин
Препарат «КОВИД-глобулин» прошел клинические испытания и получил постоянное регистрационное удостоверение Министерства здравоохранения Российской Федерации. «КОВИД-глобулин» стал первым в мире зарегистрированным препаратом против COVID-19 такого типа. «КОВИД-глобулин» содержит антитела к COVID-19, которые были получены из плазмы крови переболевших людей. Антитела, входящие в состав препарата, могут нейтрализовать циркулирующие известные на настоящее время штаммы коронавируса. Клинические исследования показали, что у 70% пациентов, которые получали лечение «КОВИД-глобулином» в составе комплексной терапии, наблюдалось снижение риска перехода заболевания в более тяжелую форму. Наибольшая эффективность «КОВИД-глобулина» проявлялась при использовании на ранних стадиях заболевания. Препарат разработан и выпускается научно-производственным объединением «Микроген», которое является частью холдинга «Нацимбио» [67].
По сравнению с препаратами плазмы крови, применение которых имеет ряд существенных ограничений, использование нейтрализующих моноклональных антител является более предпочтительным. Моноклональные антитела направлены против жизненно важного эпитопа SARS-CoV-2 — RBD S-белка.
В. Бамланивимаб/этесевимаб (bamlanivimab/etesevimab)
Препараты бамланивимаб и этесевимаб (bamlanivimab и etesevimab, не зарегистрированы в РФ), разработанные компанией Eli Lilly and Co (США), содержат моноклональные антитела к S-белку SARS-CoV-2 и применяются в сочетании друг с другом для лечения к COVID-19 легкой и средней тяжести [56]. Применение моноклональных антител в сочетании предназначено для предотвращения развития устойчивости к препарату в результате мутаций вируса [22].
Г. Казиривимаб/имдевимаб
Препарат казиривимаб/имдевимаб (REGN-COV2, ронапрев, не зарегистрирован в РФ) разработан компанией Regeneron Pharmaceuticals, США. Препарат представляет собой сочетание моноклональных антител REGN10933 и REGN10987, специфичных к S-белку SARS-CoV-2. Препарат предназначен для лечения пациентов с нетяжелым течением COVID-19, а при тяжелом течении заболевания — для лечения пациентов, у которых нет собственных антител [1]. В клинических исследованиях с участием пациентов с COVID-19 продемонстрировано, что применение этого препарата снижает смертность [77]. Сочетание антител предназначено для предотвращения развития устойчивости к препарату из-за мутации вируса [22]. 21 ноября 2020 г. FDA выдало разрешение на экстренное применение препарата с целью не допустить прогрессирования COVID-19 до тяжелой формы у амбулаторных пациентов, находящихся в группе риска развития серьезных осложнений с последующей госпитализацией. Минздрав России в упрощенном порядке одобрил применение данных моноклональных антител в условиях пандемии [3].
Д. Эвушельд (Evusheld, AZD7442, не зарегистрирован в РФ) — препарат терапевтических моноклональных антител для лечения пациентов с COVID-19. Он представляет собой комбинацию 2 моноклональных антител — тиксагевимаба (AZD8895) и силгавимаба (AZD1061), продуцируемых В-клетками, полученными от доноров, выздоровевших после SARS-CoV-2-инфекции. Эти моноклональные антитела связываются с различными участками S-белка SARS-CoV-2 [39]. Они были модифицированы для увеличения времени полужизни и снижением связывания Fc-рецептора и C1q-компонента комплемента. Продление периода полужизни более чем в 3 раза увеличивает продолжительность его действия по сравнению с обычными антителами и может обеспечить защиту от COVID-19 до 12 мес после однократного введения [38, 58, 93]. По данным клинических испытаний III фазы, защита длится не менее шести месяцев [21]. Пониженное связывание c Fc-рецептором направлено на минимизацию риска антителозависимого усиления инфекции [112]. Эвушельд вводится внутримышечно в дозе 150 мг тиксагевимаба и 150 мг цилгавимаба (2 отдельные последовательные инъекции). Клинические исследования показали, что Эвушельд статистически значимо снижает риска развития симптоматического COVID-19. Шестимесячная эффективность составила 83%. Эвушельд также изучается в качестве потенциального средства для лечения госпитализированных пациентов с COVID-19.
Е. BRII-196/BRII-198
Комбинированный терапевтический препарат против COVID-19 на основе нейтрализующих антител BRII-196 и BRII-198 (не зарегистрирован в РФ) одобрен к применению в КНР (разработчик — Tengsheng Huachuang Pharmaceutical Technology). В состав препарата входят моноклональные антитела человека, направленные против S-белка SARS-CoV-2. Инъекционный препарат предназначен для лечения взрослых и подростков 12–17 лет. Эффективность сочетанного применения моноклональных антител BRII-196 и BRII-198 составила 78% в предотвращении развития тяжелого течения COVID-19 [2].
Ж. ADG20
ADG20 — препарат на основе моноклонального антитела, распознающего высококонсервативный эпитоп в RBD S-белка SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов (разработчик — компания Adagio Therapeutics, США, не зарегистрирован в РФ). Антитело ADG20 было дополнительно модифицировано для обеспечения продолжительного времени полужизни белка. Препарат предназначен для длительной, на срок до одного года, защиты от COVID-19. Препарат вводится путем однократной внутримышечной инъекции. В доклинических исследованиях продемонстрирована мощная широконейтрализующая активность моноклонального антитела ADG20 в отношении исходного вируса SARS-CoV-2 и других эпидемически значимых вариантов SARS-CoV-2, в том числе штамма омикрон, а также ряда других SARS-CoV-2-подобных сарбековирусов [17]. Препарат ADG20 проходит глобальные клинические исследования в качестве средства профилактики и лечения SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 [46, 47,77]. Результаты клинических испытаний ожидаются в начале 2023 г.
З. Новые разработки
Широконейтрализующее моноклональное антитело, обозначенное SARS2-38 , направленное против консервативного участка RBD S-белка SARS-CoV-2, обнаружено исследователями Вашингтонского университета (Washington University School of Medicine, США). Моноклональное антитело было способно нейтрализовать in vitro штаммы SARS-CoV-2 альфа, бета, гамма, дельта, каппа, йота, а также варианты с редкими мутациями [28].
Препарат против COVID-19 на основе набора моноклональных антител разработан в НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России. В лабораторных исследованиях показана его эффективность против штамма омикрон. Клинические испытания препарата запланированы на начало 2022 г.
В Институте биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН ведутся разработки терапевтических средств против COVID-19 на основе рекомбинантных антител. Рекомбинантное антитело HFB30132A (препарат разработан в сотрудничестве со специалистами Нанькайского и Шанхайского технических университетов (КНР), а также компаний «Фармсинтез» и HiFiBio Therapeutics) проходит лабораторные исследования на оригинальных моделях. Ожидаются результаты клинических испытаний.
Белок слияния ACE2- IgG4- Fc для блокирования связывания вируса SARS-CoV-2 с рецептором АСЕ2 разработан исследователями ряда университетов Мюнхена и компанией Formycon AG (Германия). В молекуле, которая получила обозначение FYB207, соединены эктодомен АСЕ2, связывающийся с RBD S-белка вируса, и Fc-фрагмент IgG4 человека, в который были введены аминокислотные замены для повышения стабильности. Оптимизированный белок слияния ACE2-IgG4-Fc не вызывает активации Fc-рецептора, а домен АСЕ2 в его составе обладает естественной ферментативной активностью, что может обеспечить дополнительную защиту от угрозы отказа органов легких, сердца и почек. ACE2-IgG4-Fc в пикомолярных концентрациях нейтрализует SARS-CoV и эпидемически значимые штаммы SARS-CoV-2 (альфа, бета, дельта) [96, 105]. Исследуется активность ACE2-IgG4-Fc против штамма омикрон. Запланированы клинические испытания белка ACE2-IgG4-Fc (FYB207).
Интерфероны
Интерфероны (ИФН) представляют собой группу сигнальных гликопротеинов, которые связываются с рецепторами на клеточной поверхности и инициируют сигнальные каскады, опосредованные киназами JAK-STAT. Эти сигналы в итоге приводят к так называемому «антивирусному состоянию клетки», при котором внутри клеток активируются РНКазы и протеазы, осуществляющие ускоренную деградацию молекул РНК и белков вируса. ИФН нашли свое применение при лечении вирусов гепатита В и С.
Из-за неспецифического противовирусного действия ИФН часто рассматривают (обычно в сочетании с другими препаратами) в качестве первого средства против возникающих вирусных инфекций до того, как будет разработано специфическое лечение. Разработаны специальные методы лечения из-за их неспецифического противовирусного действия. В начале марта 2020 г. Lokugamage с коллегами [84] в экспериментах in vitro продемонстрировали, что SARS-CoV-2 чувствителен к предварительному введению ИФН. В другом исследовании in vitro , проведенном O’Brien с коллегами [88], выявлена пониженная экспрессия ИФН типа I, II и III в клетках легких, инфицированных SARS-CoV-2. Учитывая этот факт, авторы предположили, что экзогенный ИФН-λ может стимулировать противовирусный иммунитет. По данным ClinicalTrials.gov, проводится более 30 клинических исследований эффективность различных ИФН для терапии COVID-19.
9.3. МИР 19® — первый в мире инновационный препарат для специфической терапии COVID-19
Все вышеупомянутые препараты изначально создавались для терапии других вирусных инфекций, а их применение для лечения COVID-19 стало результатом репозиционирования их основного биологического эффекта, что скорее всего объясняет ограниченную клиническую эффективность этих препаратов в отношении SARS-CoV-2. Расшифровка генома SARS-CoV-2 и детальное изучение биологии этого вируса на молекулярном уровне открыли новые возможности в создании лекарственных средств, специфичных к этому возбудителю. Первым в мире препаратом, разработанным специально для терапии COVID-19, является МИР 19® .
9.3.1. Механизм действия
Препарат действует специфично на геномную РНК вируса, а также на мРНК-транскрипты вируса, кодирующие жизненно важный фермент репликации RdRp. Препарат оказывает свой антивирусный эффект по механизму интерференции РНК, а главным действующим веществом в его составе являются синтетические молекулы малых интерферирующих РНК (миРНК). Под интерференцией РНК понимают механизм негативной регуляции экспрессии генов на посттранскрипционном уровне с участием молекул миРНК [35, 51]. Данная технология является альтернативой использованию моноклональных антител. В отличие от моноклональных антител, которые подавляют экспрессию гена на белковом уровне, миРНК осуществляют «выключение» гена на уровне мРНК. Это многообещающей подход, так как на матрице одной молекулы мРНК синтезируется несколько копий белка, и, следовательно, подавление трансляции мРНК, а не блокирование белкового продукта, более эффективно.
Согласно современным представлениям, молекулярный механизм РНК-интерференции включает проникновение молекул миРНК (размером 21–22 пар нуклеотидов) в цитоплазму клетки и соединение их с белковым комплексом RISC (RNA-induced silencing complex — сайленсинговый комплекс, индуцируемый молекулами РНК). Этот комплекс расплетает двойную спираль миРНК, при этом направляющая (антисмысловая) цепь остается в комплексе. В результате комплекс RISC приобретает активную форму, и благодаря находящейся в его составе антисмысловой цепи связывается с мРНК-мишенью (геномной РНК вируса или мРНК-транскриптами) по принципу комплементарности, после чего разрезает ее [43]. После деградации мРНК-мишени активированный комплекс RISC способен связываться и разрушать новые копии мРНК, что в итоге приводит к устойчивому подавлению гена-мишени (рис. 9-2 А).

К преимуществам препаратов на основе миРНК можно отнести высокую специфичность (подавляется только выбранный ген-мишень), низкую токсичность (молекулы миРНК являются биосовместимыми) и относительную простоту дизайна кандидатного препарата. Таким образом, введение в зараженные клетки искусственных миРНК необходимого размера и с необходимой последовательностью позволяет осуществлять специфическое подавление экспрессии гена-мишени вируса, при этом экспрессия генов клетки-хозяина остается неизменной.
9.3.2. Биологическая активность и безопасность
Как было упомянуто выше, вирусный геном SARS-CoV-2 представляет собой одноцепочечную РНК положительной полярности размером почти 30 000 нуклеотидов, кодирующую не менее 6 открытых рамок считывания (ORF). Первые 2 (ORF1a и ORF1b) занимают около 70% всего генома и кодируют 16 неструктурных белков (nsp1-16), включая жизненно важный фермент репликации RdRp [70, 111]. Это фрагмент генома является привлекательной биологической мишенью для разработки терапевтических средств, так как он не только жизненно важен для вируса, но и консервативен. При разработке препарата МИР 19® был экспериментально основан выбор именно данного гена-мишени (рис. 9-2 Б). В своем исследовании Хаитов М.Р. с коллегами [73] провели скрининг панели миРНК, специфичных к разным участкам генома SARS-CoV-2, на предмет их способности подавлять репродукцию вируса. Затем наиболее активный вариант миРНК был модифицирован путем замены 5 РНК-нуклеотидов на LNA-нуклеотиды, что существенно (в 3,7 раза) повысило устойчивость миРНК к ферментам деградации без потери антивирусной активности [73], что согласуется с работами других авторов [31, 99, 104].
Несмотря на очевидные преимущества, технология РНК-интерференции имеет свои ограничения, главное из которых — транспортировка молекул миРНК к месту действия, в цитоплазму инфицированных клеток. Для преодоления этого ограничения молекулы миРНК комплексируют или ковалентно связывают с так называемыми векторами — химическими веществами, обладающими транспортными свойствами; в качестве векторов для доставки миРНК в цитоплазму применяют катионные пептиды, липосомы, полимеры и наночастицы [40, 42, 76]. Учитывая сказанное, в состав препарата МИР 19® был введен новый нетоксичный пептидный разветвленный (дендримерный) KK-46, который выполняет роль носителя миРНК [73].
Далее препарат МИР 19® (комплекс молекул миРНК и пептида) был изучен на моделях инфекции SARS-CoV-2 in vitro и in vivo . В исследованиях in vitro на культуре клеток препарат МИР 19® обеспечивал подавления вирусной репликации до 10 000 раз. В модели инфекции SARS-CoV-2 сирийских хомячков ингаляционное введение препарата вот дозах 0,7–5,6 мг/кг приводило к уменьшению вируса нагрузки в легких до 200 раз. Более того, снижение репликации вируса в легких приводило к улучшению их состояния, что выражалось в уменьшении уровня перибронхальной инфильтрации провоспалительных клеток и толщины стенок бронхов. Таким образом, препарат МИР 19® не только снижает вирусную нагрузку в легких, но и уменьшает вирус-индуцированное воспаление [73]. В ходе доклинических исследований безопасности установлено, что препарат МИР 19® относится к классу малотоксичных соединений, и даже в 20-кратной передозировке не оказывает повреждающего действия на жизненно важные органы и системы органов.
9.3.3. Безопасность и клиническая эффективность
Проведены клинические исследования безопасности препарата МИР 19® при ингаляционном пути введения с участием 15 здоровых добровольцев (фаза I), в котором была подтверждена безопасность препарата. Курсовое ингаляционное применение препарата длительностью 14 дней в дозе 22,2 мг/сут, шестикратно превышающей терапевтическую, не выявлено нежелательных явлений. Таким образом, препарат обладает хорошим профилем безопасности.
Клинические исследования фазы II (NCT05184127) с участием пациентов с COVID-19 проведены в условиях стационара. Пациенты группы сравнения получали стандартную терапию согласно клиническим рекомендациям Министерства здравоохранения РФ, включавшую в том числе и известные противовирусные препараты. Отдельная группа пациентов получала препарат МИР 19® ингаляционно в дозе 3,7 мг в сутки, при этом эти пациенты не получали никакой другой этиотропной терапии. В результате исследований с высокой степенью достоверности было показано, что у пациентов, получавших МИР 19® , среднее время выздоровления наступало достоверно раньше, чем у пациентов из группы стандартной терапии [48]. В декабре 2021 г. препарат был зарегистрирован и включен в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов. В феврале 2022 г. стартовала III фаза клинических исследований препарата «МИР 19® » [11].
Список литературы
-
В арсенале борьбы с COVID-19 появилось новое лекарство. Новости ООН (24 сентября 2021). URL: https://news.un.org/ru/story/2021/09/1410602
-
В КНР одобрили первое средство для лечения COVID-19 (msn.com). URL: https://www.msn.com/ru-ru/news/featured
-
В России зарегистрируют швейцарский препарат для лечения COVID-19. URL: https://rg.ru/2021/08/22/v-rossii-zaregistriruiut-shvejcarskij-preparat-dlia-lecheniia-covid-19.html
-
В России уже есть лекарство для борьбы со штаммом «ОМИКРОН». URL: https://chemrar.ru/v-rossii-uzhe-est-lekarstvo-dlya-borby-so-shtammom-omikron/
-
В Центре Гамалеи рассказали о разработке лекарств от коронавируса. РИА Новости. 21.11.2021. URL: www.ria.ru
-
Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 14 (27.12.2021)» (утв. Минздравом России). Москва, 2021. 233 с.
-
Государственный реестр лекарственных средств. URL: www.grls.rosminzdrav.ru
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Каркищенко В.Н., Скворцова В.И., Гасанов М.Т., Фокин Ю.В., Нестеров М.С., Петрова Н.В. и др. Гексапептид Лейтрагин: новый подход к лечению цитокинового шторма при COVID-19. Полипептидная терапия: новые возможности для России. сборник материалов II Международного междисциплинарного форума. Москва, 2021. С. 46–47.
-
Новые возможности в диагностике COVID-19. Преимущества тест-систем АмплиТест. URL: https://amplitest.ru/
-
Открытое многоцентровое клиническое исследование эффективности и безопасности препарата МИР 19® при ингаляционном пути введения в терапии инфекции, вызванной вирусом SARS-CoV-2 (COVID-19) (фазы II/III) (04-SiCoV/KK46-01/22). Разрешение на проведение клинических исследований № 63 от 02.02.2022. URL: https://grls.rosminzdrav.ru/CIPermission
-
Роспотребнадзор. URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/about/info/news/news_details.php?ELEMENT_ID=16860
-
Скворцова В.И. Изучение молекулярно-генетических механизмов влияния вируса SARS-CoV-2 на человека для разработки средств диагностики и защиты. Доклад на Общем собрании РАН, 14–15 декабря 2021 г., Москва. URL: https://fmba.gov.ru/upload/medialibrary/90f/2ylt93hxqqz2yn4ai0ud8fopk2owj24a/Prezentatsiya-V.I.-Skvortsovoy.pdf
-
Старшинова А.А., Кушнарева Е.А., Малкова А.М., Довгалюк И.Ф., Кудлай Д.А. Новая коронавирусная инфекция: особенности клинического течения, возможности диагностики, лечения и профилактики инфекции у взрослых и детей. Вопросы современной педиатрии. 2020. Т. 19, № 2. С. 123–131. DOI: https://doi.org/10.15690/vsp.v19i2.2105
-
Хаитов М.Р., Шиловский И.П. Антицитокиновая терапия аллергических заболеваний: молекулярно-иммунологические механизмы и клинические основы. Москва : Медиа Сфера, 2021. 328 с.
-
«ЭБМ-SARS-CoV-2-ИФА-IgG». Набор реагентов для анализа сыворотки или плазмы крови человека на наличие специфических иммуноглобулинов класса G к нуклеокапсиду вируса SARS-CoV-2 методом иммуноферментного анализа. URL: https://covid.epidbiomed-d.ru/nabor-reagentov-ebm-sars-cov-2-ifa-igg.php
-
Adagio Therapeutics résume l’activité neutralisante de l’ADG20 contre les variants du SARS-CoV-2 et décrit ses initiatives visant à contrer Omicron. URL: https://www.globenewswire.com/en/news-release/2022/01/14/2366960/0/fr/Adagio-Therapeutics-résume-l-activité-neutralisante-de-l-ADG20-contre-les-variants-du-SARS-CoV-2-et-décrit-ses-initiatives-visant-à-contrer-Omicron.html
-
Aiello A., Farzaneh F., Candore G., Caruso C., Davinelli S., Gambino C.M. et al. Immunosenescence and its hallmarks: how to oppose aging strategically? A review of potential options for therapeutic intervention. Front. Immunol. 2019. Vol. 10. P. 2247. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2019.02247
-
Alhazzani W., Moller M.H., Arabi Y.M. et al. Surviving Sepsis Campaign: guidelines on the management of critically ill adults with coronavirus disease 2019 (COVID-19). Intensive Care Med. 2020. Vol. 46, N 5. P. 854–887. DOI: https://doi.org/10.1007/s00134-020-06022-5
-
Alzghari S.K., Acuña V.S. Supportive treatment with tocilizumab for COVID-19: a systematic review. J. Clin. Virol. 2020. Vol. 127. Article ID 104380. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104380
-
AstraZeneca news release. New analyses of two AZD7442 COVID-19 trials in high-risk populations confirm robust efficacy and long-term prevention. URL: https://www.astrazeneca.com/media-centre/press-releases/2021/new-analyses-of-two-azd7442-covid-19-phase-iii-trials-in-high-risk-populations-confirm-robust-efficacy-and-long-term-prevention.html
-
Baum A., Fulton B.O., Wloga E., Copin R., Pascal K.E., Russo V. et al. Anti cocktail to SARS-CoV-2 spike protein prevents rapid mutational escape seen with individual antibodies. Science. 2020. Vol. 369, N 6506. P. 1014–1018. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abd0831
-
Beigel J.H., Tomashek K.M., Dodd L.E. et al. Remdesivir for the treatment of COVID-19: preliminary report. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 383, N 19. P. 1813–1826. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2007764
-
Bernheim A., Mei X., Huang M. et al. Chest CT findings in coronavirus disease-19 (COVID-19): relationship to duration of infection. Radiology. 2020. Vol. 295, N 3. Article ID 200463. DOI: https://doi.org/10.1148/radiol.2020200463
-
Bond K., Nicholson S., Hoang T., Catton M., Howden B., Williamson D. Post-Market Validation of Three Serological Assays for COVID-19. Office of Health Protection, Commonwealth Government of Australia, 2020.
-
Borah P., Deb P.K., Deka S., Venugopala K.N., Singh V., Mailavaram R.P. et al. Current scenario and future prospect in the management of COVID-19. Curr. Med. Chem. 2020. Vol. 28, N 2. P. 284–307. DOI: https://doi.org/10.2174/0929867327666200908113642
-
Brouwer P.J.M., Caniels T.G., van der Straten K. et al. Potent neutralizing antibodies from COVID-19 patients define multiple targets of vulnerability. Science. 2020. Vol. 369, N 6504. P. 643–650. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abc5902
-
Cameroni E., Bowen J.E., Rosen L.E., Saliba C., Zepeda S.K., Culap K. et al. Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift. Nature. 2022. Vol. 602, N 7898. P. 664–670. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04386-2
-
Cao B., Wang Y., Wen D., Liu W., Wang J., Fan G. et al. A trial of lopinavir-ritonavir in adults hospitalized with severe COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382, N 19. P. 1787–1799. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001282
-
Chen N., Zhou M., Dong X. et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020. Vol. 395, N 10 223. P. 507–513. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30211-7
-
Choung S., Kim Y.J., Kim S., Park H.O., Choi Y.C. Chemical modification of siRNAs to improve serum stability without loss of efficacy. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. Vol. 342, N 3. P. 919–927. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2006.02.049
-
Choy K.T., Wong A.Y., Kaewpreedee P., Sia S.F., Chen D., Hui K.P.Y. et al. Remdesivir, lopinavir, emetine, and homoharringtonine inhibit SARS-CoV-2 replication in vitro. Antiviral Res. 2020. Vol. 178. Article ID 104786. DOI: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2020.104786
-
Varona J.F., Landete P., Lopez-Martin J.A. et al. Preclinical and randomized phase I studies of plitidepsin in adults hospitalized with COVID-19. Life Sci. Alliance. 2022. Vol. 5, N 4. Article ID e202101200; DOI: https://doi.org/10.26508/lsa.202101200
-
Coronavirus COVID-19. Natl Inst. Health NIH. 2020. URL: https://www.nih.gov/coronavirus (date of access September 29, 2020)
-
Dana H., Chalbatani G.M., Mahmoodzadeh H., Karimloo R., Rezaiean O., Moradzadeh A. et al. Molecular Mechanisms and Biological Functions of siRNA. Int. J. Biomed. Sci. 2017. Vol. 13, N 2. P. 48–57.
-
Dhama K., Sharun K., Tiwari R., Dadar M., Malik Y.S., Singh K.P. et al. COVID-19, an emerging coronavirus infection: advances and prospects in designing and developing vaccines, immunotherapeutics, and therapeutics. Hum. Vaccines Immunother. 2020. Vol. 16. P. 1232–1238. DOI: https://doi.org/10.1080/21645515.2020.1735227
-
Docherty A.B., Harrison E.M., Green C.A. et al.; ISARIC4C investigators. Features of 20 133 UK patients in hospital with COVID-19 using the ISARIC WHO Clinical Characterisation Protocol: prospective observational cohort study. BMJ. 2020. Vol. 369. P. m1985. DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.m1985
-
Domachowske J.B. et al. Safety, tolerability and pharmacokinetics of MEDI8897, an extended half-life single-dose respiratory syncytial virus prefusion F-targeting monoclonal anti administered as a single dose to healthy preterm infants. Pediatr. Infect. Dis. J. 2018. Vol. 37, N 9. P. 886–892.
-
Dong J., Zost S.J., Greaney A.J., Starr T.N., Dingens A.S., Chen E.C. et al. Genetic and structural basis for SARS-CoV-2 variant neutralization by a two-anti cocktail. Nat. Microbiol. 2021. Vol. 6, N 10. P. 1233–1244. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-021-00972-2
-
Durymanov M., Reineke J. Non-viral delivery of nucleic acids: insight into mechanisms of overcoming intracellular barriers. Front. Pharmacol. 2018. Vol. 9. P. 971. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2018.00971
-
Efficacy and Safety of Molnupiravir (MK-4482) in Non-Hospitalized Adult Participants With COVID-19 (MK-4482-002). Clinical Trial NCT04575597.
-
Eguchi A., Dowdy S.F. siRNA delivery using peptide transduction domains. Trends Pharmacol. Sci. 2009. Vol. 30, N 7. P. 341–345. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tips.2009.04.009
-
Elbashir S.M., Lendeckel W., Tuschl T. RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs. Genes Dev. 2001. Vol. 15, N 2. P. 188–200. DOI: https://doi.org/10.1101/gad.862301
-
Elfiky A.A. Ribavirin, Remdesivir, Sofosbuvir, Galidesivir, and Tenofovir against SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp): a molecular docking study. Life Sci. 2020. Vol. 253. Article ID 117592. DOI: https://doi.org/10.1016/j.lfs.2020.117592
-
EPIC-HR: Study of Oral PF-07321332/Ritonavir Compared With Placebo in Nonhospitalized High Risk Adults With COVID-19. ClinicalTrials.gov. Identifier: NCT04960202
-
Evaluation of ADG20 for the Prevention of COVID-19 (EVADE). ClinicalTrials.gov. Identifier: NCT04859517.
-
Evaluation of ADG20 for the Treatment of Mild or Moderate COVID-19 (STAMP). ClinicalTrials.gov. Identifier: NCT04805671.
-
Evaluation of Safety & Efficacy of MIR 19® Inhalation Solution in Patients With Moderate COVID-19. ClinicalTrials.gov. Identifier: NCT05184127.
-
Evaluation of the Safety of CD24-Exosomes in Patients with COVID-19 Infection. URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT04747574
-
Furuta Y., Komeno T., Nakamura T. Favipiravir (T-705), a broad spectrum inhibitor of viral RNA polymerase. Proc. Jpn. Acad. Ser. B Phys. Biol. Sci. 2017. Vol. 93, N 7. P. 449–463. DOI: https://doi.org/10.2183/pjab.93.027
-
Gavrilov K., Saltzman W.M. Therapeutic siRNA: principles, challenges, and strategies. Yale J. Biol. Med. 2012. Vol. 85, N 2. P. 187–200.
-
Geleris J., Sun Y., Platt J. et al. Observational study of hydroxychloroquine in hospitalized patients with COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382, N 25. P. 2411–2418. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2012410
-
Goldman J.D., Lye D.C.B., Hui D.S. et al. Remdesivir for 5 or 10 days in patients with severe COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 383, N 19. P. 1827–1837. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2015301
-
Goncharova E.A., Dedkov V.G., Dolgova A.S., Kassirov I.S., Safonova M.V., Voytsekhovskaya Y. et al. One-step quantitative RT-PCR assay with armored RNA controls for detection of SARS-CoV-2. J. Med. Virol. 2021. Vol. 93, N 3. P. 1694–1701. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.26540
-
Gordon C.J., Tchesnokov E.P., Schinazi R.F., Götte M. Molnupiravir promotes SARS-CoV-2 mutagenesis via the RNA template. J. Biol. Chem. 2021. Vol. 297, N 1. Article ID 100770. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2021.100770
-
Gottlieb R.L., Nirula A., Chen P., Boscia J., Heller B., Morris J. et al. Effect of bamlanivimab as monotherapy or in combination with etesevimab on viral load in patients with mild to moderate COVID-19: a randomized clinical trial. JAMA. 2021. Vol. 325, N 7. P. 632–644. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2021.0202
-
Grein J., Ohmagari N., Shin D., Diaz G., Asperges E., Castagna A. et al. Compassionate use of remdesivir for patients with severe COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382, N 24. P. 2327–2336. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2007016
-
Griffin M.P. et al. Safety, tolerability, and pharmacokinetics of MEDI8897, the respiratory syncytial virus prefusion F-targeting monoclonal anti with an extended half-life, in healthy adults. Antimicrob. Agents Chemother. 2017. Vol. 61, N 3. Article ID e01714-16.
-
Guan W.J., Ni Z.Y., Hu Y. et al.; China Medical Treatment Expert Group for COVID-19. Clinical characteristics of coronavirus disease 2019 in China. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382, N 18. P. 1708–1720. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2002032
-
Guo L., Ren L., Yang S. et al. Profiling early humoral response to diagnose novel coronavirus disease (COVID-19). Clin. Infect. Dis. 2020. Vol. 71, N 15. P. 7778–7785. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa310
-
Hillaker E., Belfer J.J., Bondici A., Murad H., Dumkow L.E. Delayed initiation of remdesivir in a COVID-19-positive patient. Pharmacotherapy. 2020. Vol. 40, N 6. P. 592–598. DOI: https://doi.org/10.1002/phar.2403
-
Holshue M.L., DeBolt C., Lindquist S., Lofy K.H., Wiesman J., Bruce H. et al.; Washington State 2019-nCoV Case Investigation Team. First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 382, N 10. P. 929–936. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001191
-
Horby P., Lim W.S., Emberson J., Mafham M., Bell J. et al. Effect of dexamethasone in hospitalized patients with COVID-19: preliminary report. medRxiv. June 22, 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.06.22.20137273:24
-
URL: https://mosgorzdrav.ru/ru-RU/news/default/card/5489.html
-
URL: https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-additional-oral-antiviral-treatment-covid-19-certain
-
URL: https://www.rbc.ru/rbcfreenews/61cd417d9a7947549b8ac587
-
Huang C., Wang Y., Li X. et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020. Vol. 395, N 10 223. P. 497–506. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5
-
Hung I.F., Hung I.F., Lung K.C., Tso E.Y., Liu R., Chung T.W. et al. Triple combination of interferon beta-1b, lopinavir-ritonavir, and ribavirin in the treatment of patients admitted to hospital with COVID-19: an open-label, randomised, phase 2 trial. Lancet. 2020. Vol. 395, N 10 238. P. 1695–1704. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31042-4
-
Kadam S.B., Sukhramani G.S., Bishnoi P., Pable A.A., Barvkar V.T. SARS-CoV-2, the pandemic coronavirus: molecular and structural insights. J. Basic Microbiol. 2021. Vol. 61, N 3. P. 180–202. DOI: https://doi.org/10.1002/jobm.202000537
-
Karkischenko V.N., Skvortsova V.I., Gasanov M.T., Fokin Y.V., Nesterov M.S., Petrova N.V. et al. Inhaled [D-Ala2]-dynorphin 1-6 prevents hyperacetylation and release of high mobility group box 1 in a mouse model of acute lung injury. J. Immunol. Res. 2021. Vol. 2021. Article ID 4414544. DOI: https://doi.org/10.1155/2021/4414544
-
Kausar S., Said Khan F., Ishaq Mujeeb Ur Rehman M. et al. A review: Mechanism of action of antiviral drugs. Int. J. Immunopathol. Pharmacol. 2021. Vol. 35. Article ID 20587384211002621. DOI: https://doi.org/10.1177/20587384211002621
-
Khaitov M., Nikonova A., Shilovskiy I., Kozhikhova K., Kofiadi I., Vishnyakova L. et al. Silencing of SARS-CoV-2 with modified siRNA-peptide dendrimer formulation. Allergy. 2021. Vol. 76, N 9. P. 2840–2854. DOI: https://doi.org/10.1111/all.14850
-
Khalili J.S., Zhu H., Mak N.S.A., Yan Y., Zhu Y. Novel coronavirus treatment with ribavirin: Groundwork for an evaluation concerning COVID-19. J. Med. Virol. 2020. Vol. 92, N 7. P. 740–746. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.25798
-
Knezevic I., Mattiuzzo G., Page M., Minor P., Griffiths E., Nuebling M. et al. WHO International Standard for evaluation of the anti response to COVID-19 vaccines: call for urgent action by the scientific community. Lancet Microbe. 2022. Vol. 3, N 3. P. e235–e240. DOI: https://doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00266-4
-
Koloskova O.O., Nosova A.S., Ilyukhina A.A., Shilovskiy I.P., Sebyakin Yu.L., Khaitov M.R. Liposomal siRNA delivery systems (review). Russ. J. Biopharm. 2017. Vol. 9. P. 3–10.
-
Kreuzberger N., Hirsch C., Chai K.L., Tomlinson E., Khosravi Z., Popp M. et al. SARS-CoV-2-neutralising monoclonal antibodies for treatment of COVID-19. Cochrane Database Syst. Rev. 2021. Vol. 9, N 9. CD013825. DOI: https://doi.org/10.1002/14651858.CD013825.pub2
-
Kristiansen P.A., Page M., Bernasconi V., Mattiuzzo G., Dull P., Makar K. et al. WHO International Standard for anti-SARS-CoV-2 immunoglobulin. Lancet. 2021. Vol. 397, N 10 282. P. 1347–1348. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)00527-4
-
Kucirka L.M., Lauer S.A., Laeyendecker O., Boon D., Lessler J. Variation in false-negative rate of reverse transcriptase polymerase chain reaction-based SARS-CoV-2 tests by time since exposure. Ann. Intern. Med. 2020. Vol. 173, N 4. P. 262–267. DOI: https://doi.org/10.7326/M20-1495
-
Lauer S.A., Grantz K.H., Bi Q. et al. The incubation period of coronavirus disease 2019 (COVID-19) from publicly reported confirmed cases: estimation and application. Ann. Intern. Med. 2020. Vol. 172, N 9. P. 577–582. DOI: https://doi.org/10.7326/M20-0504
-
Levi M., Thachil J., Iba T., Levy J.H. Coagulation abnormalities and thrombosis in patients with COVID-19. Lancet Haematol. 2020. Vol. 7, N 6. P. e438–e440. DOI: https://doi.org/10.1016/S2352-3026(20)30145-9
-
Li L., Zhang W., Hu Y. et al. Effect of convalescent plasma therapy on time to clinical improvement in patients with severe and life-threatening COVID-19: a randomized clinical trial. JAMA. 2020. Vol. 324, N 5. P. 460–470. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.10044
-
Libster R., Pérez Marc G., Wappner D., Coviello S., Bianchi A., Braem V. et al.; Fundación INFANT–COVID-19 Group. Early high-titer plasma therapy to prevent severe COVID-19 in older adults. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 384, N 7. P. 610–618. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2033700
-
Lokugamage K.G., Hage A., de Vries M., Valero-Jimenez A.M., Schindewolf C., Dittmann M. et al. Type I interferon susceptibility distinguishes SARS-CoV-2 from SARS-CoV. bioRxiv 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.07.982264
-
Magagnoli J., Narendran S., Pereira F. et al. Outcomes of hydroxychloroquine usage in United States veterans hospitalized with COVID-19. medRxiv. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.04.16.20065920
-
Mahévas M., Tran V.T., Roumier M. et al. Clinical efficacy of hydroxychloroquine in patients with COVID-19 pneumonia who require oxygen: observational comparative study using routine care data. BMJ. 2020. Vol. 369. P. m1844. DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.m1844
-
Martinez M.A. Clinical trials of repurposed antivirals for SARS-CoV-2. Antimicrob. Agents Chemother. 2020. Vol. 64, N 9. Article ID e01101-20. DOI: https://doi.org/10.1128/AAC.01101-20
-
O’Brien T.R., Thomas D.L., Jackson S.S., Prokunina-Olsson L., Donnelly R.P., Hartmann R. Weak induction of interferon expression by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 supports clinical trials of interferon-λ to treat early coronavirus disease 2019. Clin. Infect. Dis. 2020. Vol. 71, N 6. P. 1410–1412. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa453
-
Pfizer: Pfizer’s Novel COVID-19 Oral Antiviral Treatment Candidate Reduced Risk of Hospitalization or Death By 89% in Interim Analysis of Phase 2/3 EPIC-HR Study.
-
Piechotta V., Chai K.L., Valk S.J., Doree C., Monsef I., Wood E.M. et al. Convalescent plasma or hyperimmune immunoglobulin for people with COVID-19: a living systematic review. Cochrane Database Syst. Rev. 2020. Vol. 7, N 7. CD013600. DOI: https://doi.org/10.1002/14651858.CD013600.pub2
-
Pilkington V., Pepperrell T., Hill A. A review of the safety of favipiravir — a potential treatment in the COVID-19 pandemic. J. Virus Erad. 2020. Vol. 6, N 2. P. 45–51. DOI: https://doi.org/10.1016/S2055-6640(20)30016-9
-
Richardson S., Hirsch J.S., Narasimhan M. et al.; the Northwell COVID-19 Research Consortium. Presenting characteristics, comorbidities, and outcomes among 5700 patients hospitalized with COVID-19 in the New York City area. JAMA. 2020. Vol. 323, N 20. P. 2052–2059. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775
-
Robbie G.J. et al. A novel investigational Fc-modified humanized monoclonal anti, motavizumab-YTE, has an extended half-life in healthy adults. Antimicrob. Agents Chemother. 2013. Vol. 57, N 12. P. 6147–6153.
-
Rodriguez-Morales A.J., Cardona-Ospina J.A., Gutiérrez-Ocampo E. et al.; Latin American Network of Coronavirus Disease 2019-COVID-19 Research (LANCOVID-19). Clinical, laboratory and imaging features of COVID-19: a systematic review and meta-analysis. Travel Med. Infect. Dis. 2020. Vol. 34. Article ID 101623. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tmaid.2020.101623
-
Rosenberg E.S., Dufort E.M., Udo T. et al. Association of treatment with hydroxychloroquine or azithromycin with in-hospital mortality in patients with COVID-19 in New York State. JAMA. 2020. Vol. 323, N 24. P. 2493–2502. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.8630
-
Sabbah D.A., Hajjo R., Bardaweel S.K., Zhong H.A. An updated review on betacoronavirus viral entry inhibitors: learning from past discoveries to advance COVID-19 drug discovery. Curr. Top. Med. Chem. 2021. Vol. 21, N 7. P. 571–596. DOI: https://doi.org/10.2174/1568026621666210119111409
-
Sanders J., Monogue M.L., Jodlowski T.Z., Cutrell J.B. Pharmacologic treatments for coronavirus disease 2019 (COVID-19). JAMA. 2020. Vol. 323, N 18. P. 1824–1836. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.6019
-
Scavone C., Brusco S., Bertini M. et al. Current pharmacological treatments for COVID-19: what’s next. Br. J. Pharmacol. 2020. Vol. 177, N 21. P. 4813–4824. DOI: https://doi.org/10.1111/bph.15072
-
Selvam C., Mutisya D., Prakash S., Ranganna K., Thilagavathi R. Therapeutic potential of chemically modified siRNA: recent trends. Chem. Biol. Drug Des. 2017. Vol. 90, N 5. P. 665–678. DOI: https://doi.org/10.1111/cbdd.12993
-
Sethuraman N., Jeremiah S.S., Ryo A. Interpreting diagnostic tests for SARS-CoV-2. JAMA. 2020. Vol. 323, N 22. P. 2249–2251. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.8259
-
Shen C., Wang Z., Zhao F. et al. Treatment of 5 critically ill patients with COVID-19 with convalescent plasma. JAMA. 2020. Vol. 323, N 16. P. 1582–1589. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.4783
-
Shi H., Han X., Jiang N. et al. Radiological findings from 81 patients with COVID-19 pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet Infect. Dis. 2020. Vol. 20, N 4. P. 425–434. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30086-4
-
Shrestha D.B., Budhathoki P., Khadka S., Shah P.B., Pokharel N., Rashmi P. Favipiravir versus other antiviral or standard of care for COVID-19 treatment: a rapid systematic review and meta-analysis. Virol. J. 2020. Vol. 17, N 1. P. 141. DOI: https://doi.org/10.1186/s12985-020-01412-z
-
Shukla S., Sumaria C.S., Pradeepkumar P.I. Exploring chemical modifications for siRNA therapeutics: a structural and functional outlook. Chem. Med. Chem. 2010. Vol. 5, N 3. P. 328–349. DOI: https://doi.org/10.1002/cmdc.200900444
-
Svilenov H.L., Sacherl J., Reiter A., Wolff L.S., Cheng C.C., Stern M. et al. Picomolar inhibition of SARS-CoV-2 variants of concern by an engineered ACE2-IgG4-Fc fusion protein. Antiviral Res. 2021. Vol. 196. Article ID 105197. DOI: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105197
-
Sweiti H., Ekwunife O., Jaschinski T., Lhachimi S.K. Repurposed therapeutic agents targeting the Ebola virus: a systematic review. Curr. Ther. Res. Clin. Exp. 2017. Vol. 84. P. 10–21. DOI: https://doi.org/10.1016/j.curtheres.2017.01.007
-
Tang N., Li D., Wang X., Sun Z. Abnormal coagulation parameters are associated with poor prognosis in patients with novel coronavirus pneumonia. J. Thromb. Haemost. 2020. Vol. 18, N 4. P. 844–847. DOI: https://doi.org/10.1111/jth.14768
-
Tang W., Cao Z., Han M. et al. Hydroxychloroquine in patients with mainly mild to moderate coronavirus disease 2019: open label, randomised controlled trial. BMJ. 2020. Vol. 369. P. m1849. DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.m1849
-
Thachil J., Tang N., Gando S. et al. ISTH interim guidance on recognition and management of coagulopathy in COVID-19. J. Thromb. Haemost. 2020. Vol. 18, N 5. P. 1023–1026. DOI: https://doi.org/10.1111/jth.14810
-
The epidemiological characteristics of an outbreak of 2019 novel coronavirus diseases (COVID-19) – China, 2020. China CDC Weekly. 2020. Vol. 2. P. 10.
-
V’kovski P., Kratzel A., Steiner S., Stalder H., Thiel V. Coronavirus biology and replication: implications for SARS-CoV-2. Nat. Rev. Microbiol. 2021. Vol. 19, N 3. P. 155–170. DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-020-00468-6
-
van Erp E.A. et al. Fc-mediated anti effector functions during respiratory syncytial virus infection and disease. Front. Immunol. 2019. Vol. 10. P. 548.
-
Wang W., Xu Y., Gao R. et al. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020. Vol. 323, N 18. P. 1843–1844. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.3786
-
Wang C., Li W., Drabek D. et al. A human monoclonal anti blocking SARS-CoV-2 infection. Nat. Commun. 2020. Vol. 11, N 1. P. 2251. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-020-16256-y
-
Wang M., Cao R., Zhang L., Yang X., Liu J., Xu M. et al. Remdesivir and chloroquine effectively inhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro. Cell Res. 2020. Vol. 30, N 3. P. 269–271. DOI: https://doi.org/10.1038/s41422-020-0282-0
-
White K.M., Rosales R., Yildiz S., Kehrer T., Miorin L., Moreno E. et al. Plitidepsin has potent preclinical efficacy against SARS-CoV-2 by targeting the host protein eEF1A. Science. 2021. Vol. 371, N 6532. P. 926–931. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abf4058
-
WHO International Standard First WHO International Standard for anti-SARS-CoV-2 immunoglobulin (human) NIBSC code: 20/136.
-
WHO. Clinical management of COVID-19. 2020. URL: https://www.who.int/publications-detail-redirect/clinical-management-of-covid-19
-
Williams E., Bond K., Zhang B., Putland M., Williamson D.A. Saliva as a non-invasive specimen for detection of SARS-CoV-2. J. Clin. Microbiol. 2020. Vol. 58, N 8. Article ID e00776-20. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.00776-20
-
Williamson B.N., Feldmann F., Schwarz B., Meade-White K., Porter D.P., Schulz J. et al. Clinical benefit of remdesivir in rhesus macaques infected with SARS-CoV-2. Nature. 2020. Vol. 585, N 7824. P. 273–276. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2423-5
-
Wilson K.C., Chotirmall S.H., Bai C., Rello J.; International Task Force on COVID-19. COVID-19: Interim Guidance on Management Pending Empirical Evidence. American Thoracic Society; 2020. URL: https://www.thoracic.org/covid/covid-19-guidance.pdf (date of access July 7, 2020)
-
Wu C., Chen X., Cai Y. et al. Risk factors associated with acute respiratory distress syndrome and death in patients with coronavirus disease 2019 pneumonia in Wuhan, China. JAMA Intern. Med. 2020. Vol. 180, N 7. P. 934–943. DOI: https://doi.org/10.1001/jamainternmed.2020.0994
-
Ye X.T., Luo Y.L., Xia S.C., Sun Q.F., Ding J.G., Zhou Y. et al. Clinical efficacy of lopinavir/ritonavir in the treatment of Coronavirus disease 2019. Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 2020. Vol. 24, N 6. P. 3390–3396. DOI: https://doi.org/10.26355/eurrev_202003_20706
-
Zhao J., Yuan Q., Wang H. et al. Anti responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019. Clin. Infect. Dis. 2020. Vol. 71, N 16. P. 2027–2034. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa344
-
Zhu Z., Lu Z., Xu T., Chen C., Yang G., Zha T. et al. Arbidol monotherapy is superior to lopinavir/ritonavir in treating COVID-19. J. Infect. 2020. Vol. 81, N 1. P. e21–e23. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.03.060
-
Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 генетических вариантов Omicron и Delta на основе определения характерных для них мутаций в S гене методом полимеразной цепной реакции. РУ №РЗН 2022/16669 от 16 марта 2022 г.
-
Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 генетических вариантов Omicron (с дифференциации линии BA.2) и Delta на основе определения характерных для них мутаций в S гене методом полимеразной цепной реакции. РУ №РЗН 2022/16307 от 11 января 2022 г.
-
Шуряева А.К., Малова Т.В., Давыдова Е.Е., Савочкина Ю.А., Богословская Е.В., Минтаев Р.Р. и др. Разработка тест-системы для диагностики COVID-19 в формате ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Медицина экстремальных ситуаций. 2020. № 3. С. 48–54.
-
Шипулин Г.А., Савочкина Ю.А., Шуряева А.К., Шивлягина Е.Е., Носова А.О., Давыдова Е.Е. и др. Разработка ПЦР-теста для выявления генетических вариантов альфа, бета, гамма, дельта вируса SARS-CoV-2. Медицина экстремальных ситуаций. 2022. № 1. С. 5–12.
Глава 10. Вакцины против COVID-19
Вакцинация является наиболее эффективной стратегией противодействия распространению инфекционных заболеваний, в том числе вирусных инфекций. Поэтому разработка эффективных вакцин против заболеваний, вызываемых высокопатогенными коронавирусами, имеет важное значение, особенно в условиях пандемии.
Иммунопрофилактике принадлежит важнейшая роль в предотвращении COVID-19. Ответом научного и медицинского сообщества на глобальное распространение инфекции SARS-CoV-2 стали интенсивные исследования по разработке вакцинных препаратов. Общемировая потребность в вакцинах от COVID-19 по оценкам экспертов составляет не менее 5 млрд доз, что в денежном эквиваленте соответствует 50–90 млрд долларов США [280]. За расшифровкой последовательности генома SARS-CoV-2 последовали интенсивные международные научные исследования с использованием генной инженерии, рекомбинантных технологий и методов биоинформатики, что привело к достаточно быстрой разработке нескольких вариантов вакцин против COVID-19 [74, 178, 280, 289]. Развернулась настоящая мировая «гонка вакцин», в которую включились Россия, Китай, США, Германия, Великобритания, Индия и ряд других стран.
Спектр разрабатываемых препаратов достаточно широк и включает все современные технологические вакцинные платформы: вакцины на основе вирусных векторов, ДНК- и РНК-вакцины, субъединичные вакцины, вакцины на основе инактивированного или аттенуированного вируса, вакцины на основе вирусоподобных частиц, комбинированные вакцины [46, 75, 79, 82, 89, 125, 266] (табл. 10-1). По данным ВОЗ, в клинических испытаниях исследуется более 150 кандидатных вакцин, основанных на различных технологиях и платформах и около 200 кандидатных вакцин находятся на этапе доклинической оценки [280]. Некоторые вакцины уже зарегистрированы, внедрены в клиническую практику и используются для массовой вакцинации населения.
России удалось занять лидирующие позиции в создании эффективной вакцины против COVID-19. Первой в мире официально зарегистрированной вакциной против COVID-19 стала отечественная вакцина «Спутник V» («Гам-КОВИД-Вак»), разработанная в Национальном исследовательском центре эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи Министерства здравоохранения Российской Федерации (дата регистрации — 11 августа 2020 г.).
В связи с острой необходимостью разработки вакцины против SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 ВОЗ выпустила документ R&D Blueprint, целью которого является сокращение процесса исследования и разработки кандидатных вакцин, улучшение координации научных и медицинских исследований, а также включение новых норм и стандартов, основанных на изучении опыта глобального ответа на предыдущие вспышки опасных заболеваний [284].
После расшифровки полной последовательности генома SARS-CoV-2 в январе 2020 г. в короткий срок были разработаны несколько вариантов кандидатных векторных вакцин [«Спутник V» (ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» МЗ РФ), AZD1222 (Astra Zeneka, Великобритания) Ad26CoVS1 (Johnson & Johnson, США/Бельгия)], РНК-вакцин [mRNA-1273 (Moderna, США), BNT162b2 (Pfizer, США)] и ДНК-вакцин [INO-4800 (Inovio Pharmaceuticals, США)] [283]. Большинство из них основано на последовательности, кодирующей поверхностный антиген SARS-CoV-2 — S-белок. Участок RBD, входящий в состав S1-субъединицы, способен распознавать рецепторы АСЕ-2 на клетке-мишени [167]. Последовательность и структура S-белков SARS-CoV-2 и SARS-CoV имеют значительное сходство. Сходство с S-белком MERS-CoV значительно меньше, хотя общая конформация шипа этих вирусов похожа [247]. Несмотря на сильную структурную гомологию между участками RBD SARS-CoV и SARS-CoV-2, обнаружена ограниченная перекрестная реактивность между моноклональными антителами, специфическими к RBD соответствующего вируса [203, 285]. Таким образом, вакцина, направленная против RBD, может привести к ингибированию связывания и слияния вируса с клеткой-мишенью.
Критически важным свойством вакцин против коронавирусной инфекции является индукция выраженного гуморального и клеточного иммунного ответа. Предварительные исследования показали, что уровень сывороточных нейтрализующих антител обратно коррелирует с содержанием вируса в ткани легких, что существенно повышает выживаемость реципиента вакцины [58, 84, 139.]. Высокие уровни нейтрализующих антител способны блокировать репликацию MERS-CoV в ткани легких вакцинированных мышей, что подтверждает важность нейтрализующих антител в противодействии вирусной инфекции [84]. Важность Т-клеточного иммунного ответа против коронавирусной инфекции также подчеркивается во многих исследованиях [251, 294, 298, 299]. Например, удаление у мышей CD4- и CD8-Т-клеток до заражения SARS-CoV-2 приводило к снижению уровня выживаемости до 35 и 45% соответственно [298]. Вирус-специфические Т-клетки памяти, но не нейтрализующие антитела, были обнаружены у переболевших SARS через 6 лет после заболевания, что свидетельствует о способности Т-клеточного ответа обеспечить широкореактивную долговременную иммунную защиту против SARS-CoV-инфекции [251]. В целом в современных стратегиях разработки вакцин против коронавирусной инфекции следует рассматривать необходимость индукции и высоких уровней нейтрализующих антител, и выраженного Т-клеточного иммунного ответа.
В этой главе будет рассмотрена разработка вакцин против коронавирусной инфекции, а также адъювантов для повышения эффективности вакцинных препаратов.
10.1. Вакцины на основе вирусных векторов
Векторные вакцины представляют собой систему, которая помогает генетической конструкции (плазмиде), кодирующей целевой вакцинный антиген, попасть в клетку и обеспечить синтез антигена. Эта технология является одной из основных платформ для разработки вакцин против коронавирусной инфекции.
Вирусные векторы расцениваются как эффективное средство для доставки вакцинной конструкции в клетку хозяина для выработки антигенов, которые могут индуцировать сильный иммунный ответ [59, 61, 62, 254].
Векторные вакцины предназначены для индукции сильного иммунного ответа против патогена путем введения в организм человека соответствующих антигенов наряду с поддерживающим воспалительным ответом, который вызывает средство доставки. При создании векторных вакцин используют рекомбинантные вирусные векторы в качестве платформы для экспрессии иммуногена [111]. Вирусные векторы получают путем замены генома вируса генетической конструкцией, кодирующей антигены целевого возбудителя. После введения вакцины эта генетическая конструкция переносится в клетки хозяина, что приводит к экспрессии соответствующего антигена и развитию иммунного ответа против него [61, 224]. Важным достоинством вакцин на основе вирусных векторов является то, что в большинстве случаев одной дозы вакцины достаточно для индукции профилактического иммунного ответа благодаря экспрессии эндогенных антигенов, которые стимулируют как гуморальный, так и клеточный иммунитет [264]. Еще одним преимуществом векторных вакцин является высокоспецифичная адресная доставка генетических конструкций, высокая эффективность трансдукции, высокая безопасность и эффективность, а также относительная простота крупномасштабного производства [66, 88].
В качестве основы для векторных вакцин используется широкий спектр вирусов. В основном используются аденовирусы (Ad), вирусы оспы, аденоассоциированные вирусы (AAV), парвовирусы, лентивирусы, тогавирусы, вирусы кори и т.д. [215]. Вирусные векторы могут быть либо реплицирующимися (часто ослабленными), либо нереплицирующимися (с нарушением репликации) [223]. Реплицирующиеся вакцинные векторы проникают в клетки хозяина, которые после этого синтезируют вакцинные антигены. Нереплицирующиеся векторы способны проникать в клетки хозяина и активировать продукцию вакцинных антигенов, но не способны продуцировать новые вирусные частицы [264].
Кандидатные векторные вакцины, кодирующие S-белок SARS-CoV и MERS-CoV, хорошо изучены в доклинических исследованиях. В настоящее время в качестве вакцинных векторов используются рекомбинантные аденовирусы (Ad), модифицированный вирус осповакцины штамм Ankara (MVA), ослабленный вирус парагриппа (BHPIV3) и ряд других [64, 113, 131, 152, 268]. Показано, что при иммунизации африканских зеленых мартышек кандидатной векторной вакциной BHPIV3/SARS-S наблюдалась индукция S-специфических нейтрализующих антител и мукозального иммунного ответа, которые обеспечивали защиту обезьян от SARS-CoV-инфекции [64]. Описано, что однократное введение животным кандидатной вакцины на основе модифицированного вируса бешенства (RV), экспрессирующего S-белок SARS-CoV, способно вызывать образование высоких титров вирус-нейтрализующих антител [113]. Специфические к S-белку MERS-CoV нейтрализующие антитела и специфический Т-клеточный ответ обнаружен у мышей после иммунизации векторами на основе аденовируса человека или MVA [131, 268]. По сравнению с Ad5-векторами, кодирующими полноразмерный S-белок MERS-CoV, Ad5-векторы, кодирующие S1-субъединицу, могли индуцировать у животных более высокие уровни нейтрализующих антител [152]. Иммунизация вектором rAd5-S1/F/CD40L, экспрессирующим S1-пептид слияния (лиганд CD40), позволяла достичь полной защиты лабораторных животных против заражения летальной дозой MERS-CoV и предотвратить тяжелую периваскулярную легочную геморрагию [115].
В клинических испытаниях показана безопасность и иммуногенность векторов на основе аденовируса шимпанзе (ChAdOx1) и MVA, экспрессирующих S-белок MERS-CoV [115, 154].
В целом вирусные векторы, экспрессирующие S-белок, способны при иммунизации in vivo индуцировать вирус-нейтрализующие антитела и, таким образом, представляют собой перспективную платформу для разработки эффективной вакцины против SARS-CoV-2. Следует, однако, обратить внимание на то, что эффективность некоторых вакцинных вирусных векторов, например определенных серотипов аденовирусов, может быть ограничена из-за наличия предсуществующего иммунитета к ним в популяции [163]. Такую возможность следует учитывать при разработке вакцин против коронавирусной инфекции, в том числе против COVID-19.
После успешной ликвидации оспы [263], одобрения вакцин против лихорадки Эбола [69, 98] и других перспективных кандидатных вакцин против различных инфекционных заболеваний, вирусные векторы представляются перспективной платформой для разработки вакцин против COVID-19. Опыт разработки векторных вакцин против MERS и SARS также способствовал быстрой разработке вакцины против COVID-19. При разработке вакцин против COVID-19 используются векторы на основе аденовирусов (Ad), MVA, вируса Сендай, вирусы Ньюкасла, вирусов парагриппа, бешенства, гриппа. Предпочтительным способом введения для большинства векторных вакцин является внутримышечная инъекция. 4 вакцины на основе аденовирусных векторов разрешены к широкому клиническому применению: «Спутник V» («Гам-КОВИД-Вак», rAd26-S + rAd5-S, Россия), AZD1222 (ChAdOx1-S, Оксфорд, AstraZeneca, Великобритания), AD5-nCOV (Convidecia, вектор Ad5, CanSino Biological Inc., Beijing Institute of Biotechnology, Китай), Ad26CoVS1 (Johnson & Johnson/Janssen-Cilag, США/Бельгия) [280]. Вакцина «Спутник V» стала первой в мире зарегистрированной вакциной против SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19. Эта вакцина обладает высокой профилактической эффективностью (96–99%) в отношении уханьского варианта вируса SARS-CoV-2 и полностью защищает от тяжелого течения заболевания.
10.1.1. Векторная вакцина «Спутник V»
Векторная вакцина «Спутник V» (Гам-КОВИД-Вак) разработана в ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Министерства здравоохранения Российской Федерации. НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России имеет обширный опыт разработки векторных вакцин [14]. Предыдущей успешной разработкой является вакцина против лихорадки Эбола, которая широко применяется в Африке [98]. Эти наработки были использованы при создании вакцины «Спутник V».
«Спутник V» представляет собой двухкомпонентную векторную вакцину. Первым вектором является рекомбинантный аденовирус типа 26 (rAd26), вторым — рекомбинантный аденовирус типа 5 (rAD5). Векторы несут ген, кодирующий полноразмерный S-белок шипа SARS-CoV-2, обеспечивающий его связывание с клеткой-мишенью. При вакцинации вначале вводится первый вектор (rAd26-S). Вектор вместе с геном S-белка проникает в клетки, клетки начинают синтезировать белок-антиген, против которого развивается специфический иммунный ответ. Важно отметить, что структура антигенного S-белка соответствует природной. Через 21 день проводится вакцинация вторым вектором (rAd5-S), которая усиливает иммунный ответ против S-белка SARS-CoV-2 и обеспечивает его продолжительность. Следует отметить, что применение в составе «Спутника V» разных векторов, экспрессирующих один и тот же антиген, позволяет, с одной стороны, усилить иммунный ответ на целевой антиген, а с другой — существенно снизить негативное влияние на эффективность вакцины иммунного ответа против носителя или предсуществующего в популяции иммунитета против этих серотипов аденовируса. Таким образом удалось преодолеть одну из серьезных проблем, связанных с разработкой и применением векторных вакцин [163]. Эта технология является уникальной разработкой НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи и отличает вакцину «Спутник V» от других разрабатываемых в мире вакцин на основе аденовирусных векторов.
Вакцина «Спутник V» успешно прошла все этапы клинических исследований. Безопасность и иммуногенность вакцины «Спутник V» была установлена в клинических исследованиях I/II фазы. После «прайм-буст»-вакцинации (внутримышечное введение) вакцина вызывала сильный клеточный и гуморальный вирус-специфический иммунный ответ. Титры антител у вакцинированных индивидуумов были выше, чем в плазме крови людей, переболевших COVID-19. Титр вирус-специфических антител существенно увеличивался на 14–21-й день после иммунизации, пик гуморального и клеточного иммунитета достигался на 28-й день после введения второй дозы вакцины. Вакцина не вызывала серьезных побочных реакций [175]. Высокая эффективность вакцины «Спутник V» была установлена в клинических испытаниях III фазы (двойное слепое рандомизированное плацебо-контролируемое исследование, Российская Федерация) с участием 40 000 взрослых добровольцев (30 000 — реципиенты вакцины, 10 000 — реципиенты плацебо). По результатам III фазы клинических испытаний, опубликованным в журнале The Lancet, эффективность вакцины «Спутник V» составила 91,6%, а в предотвращении тяжелого течения COVID-19 — 100%. Вакцина имеет высокий профиль безопасности, серьезных побочных явлений после ее применения не отмечено [176]. В редакционном предисловии, составленном известными зарубежными учеными, и ряде научных публикаций отмечается успешность и мировой приоритет российской вакцины [65, 182]. Успешные клинические испытания эффективности были также проведены в Белоруссии, ОАЭ и Венесуэле [32, 216]. 11 августа 2020 г. вакцина «Спутник V» была зарегистрирована Министерством здравоохранения Российской Федерации и стала 1-й в мире зарегистрированной вакциной против COVID-19, разрешенной к широкому медицинскому применению. Массовая вакцинация населения «Спутником V» стартовала в России в декабре 2020 г. [4]. Установлено, что вакцина «Спутник V» обеспечивает эффективную защиту для лиц старше 60 лет и даже старше 80 лет [143]. По результатам анализа данных о вакцинации 3,8 млн россиян эффективность вакцины «Спутник V» составила 97,6%, что делает ее наиболее эффективной вакциной от COVID-19 в мире [30, 143] (см. табл. 10.1). В России развернуто широкое производство вакцины «Спутник V». Эта вакцина экспортируется в ряд зарубежных стран, в том числе — Белоруссию, Узбекистан, Сербию, Индию, Аргентину, Бразилию, Мексику, Непал, Египет, Южную Корею, Китай. Получено разрешение на применение вакцины «Спутник V» в Белоруссии, Аргентине, Боливии, Сербии, Алжире, Палестине, Венесуэле, Парагвае, Туркменистане, Венгрии, ОАЭ, Иране, Республике Гвинее, Тунисе, Армении, Мексике, Никарагуа, Ливане, Мьянме, Пакистане, Монголии, Бахрейне, Черногории, Сент-Винсенте и Гренадинах, Казахстане, Узбекистане, Габоне, Сан-Марино, Гане, Сирии, Киргизии, Гайане, Египте, Гондурасе, Гватемале, Молдове, Словакии, Анголе, Джибути, Республике Конго, Шри-Ланке, Лаосе, Ираке, Северной Македонии, Кении, Марокко, Иордании, Камеруне, Филиппинах, Маврикии, и этот список постоянно растет. Ведутся регистрационные исследования в ряде других стран. В целом на момент публикации количество стран, где зарегистрирована вакцина «Спутник V», достигло 80. На территории этих стран проживает более 3 млрд человек. По этому показателю «Спутник V» прочно занимает лидирующие позиции в мире (вместе с препаратами AZD1222 компании AstraZeneca и BNT162b2 компании Pfizer/BioNTech). Рассматривается вопрос о регистрации вакцины «Спутник V» в Евросоюзе. При этом отдельным странам, входящим в Евросоюз, разрешено самостоятельно закупать вакцину «Спутник V». Разворачивается зарубежное производство вакцины, в 2021 г. планировалось выпустить 1 млрд доз. ВОЗ рассматривает вопрос об одобрении (преквалификации) вакцины «Спутник V». Стратегическим инвестором в разработке, производстве и продвижении вакцины «Спутник V» выступил Российский фонд прямых инвестиций (РФПИ).
Данные об эффективности вакцины «Спутник V», в том числе и для лиц старше 60 лет, подтверждены результатами вакцинации в других странах. По данным мониторинга применения вакцины Спутник V в России, Венгрии, Аргентине, Бразилии [30, 198], ее эффективность достигла 99,7–99,9%. Кроме того, по данным разработчиков [132] и независимых исследований [146], «Спутник V» эффективен против мутантных форм SARS-CoV-2, в том числе против вариантов «дельта» и «омикрон» [132, 146]. Важно отметить, что вакцина «Спутник V» является наиболее безопасной среди широко применяемых вакцин против COVID-19 [206] (табл. 10.2). В феврале 2022 г. вакцина «Спутник V» получила постоянную регистрацию в России [2].
Кроме вакцины «Спутник V», к медицинскому применению разрешена однокомпонентная вакцина «Спутник Лайт», которая представляет собой первый компонент «Спутника V». По данным исследований, эффективность «Спутника Лайт» составляет 79,4 % [260]. Этот препарат широко используется для ревакцинации, которая в сложной эпидемической обстановке рекомендована через 6 месяцев после предыдущей вакцинации. Вакцина «Спутник Лайт» также рассматривается как перспективное средство усиления иммунного ответа против SARS-CoV-2 при сочетании с другими вакцинными препаратами [155].
Вакцина «Спутник М» создана на платформе вакцины Гам-КОВИД-Вак (Спутник V) для вакцинации подростков. Новая вакцина успешно прошла исследования по изучению безопасности и эффективности и 24 ноября 2021 г. была зарегистрирована в соответствии с действующим законодательством.
1 апреля 2022 г. Минздрав России зарегистрировал вакцину «Спутник Н», которая стала первой в мире назальной вакциной от COVID-19. Основой этой вакцины является 2-й компонент вакцины «Спутник V» в форме спрея.
10.1.2. AZD1222
AZD1222 (ChAdOx1-S, ChAdOx1 nCov-19) — векторная вакцина против COVID-19 на основе модифицированного нереплицирующегося аденовируса шимпанзе ChAdOx1 (изолят Y25) (разработчик — Оксфордский университет в сотрудничестве с компанией AstraZeneca). Вектор содержит кодон-оптимизированную генетическую конструкцию, которая включает последовательность, кодирующую полноразмерный S-белок SARS-CoV-2, и ведущую последовательность тканевого активатора плазминогена (tPA) [165]. Клинические испытания вакцины AZD1222 проведены в США, Великобритании, Индии, Бразилии, ЮАР с участием более 18 000 добровольцев. Отмечена эффективность AZD1222 против симптоматических проявлений SARS-CoV-2-инфекции [269]. В зависимости от вводимой дозы эффективность составила 62–70% [55]. Важно отметить, что компания-производитель заранее сняла с себя ответственность за неблагоприятные эффекты, связанные с вакцинацией. В конце 2020 г. вакцина AZD1222 была одобрена для экстренного применения в Великобритании и Аргентине. В 2021 г. планировалась поставка 1 млрд доз вакцины в страны с низким уровнем доходов, включая Индию, а также 300 млн доз в США и 5,3 млн доз в Швейцарию [59]. При этом Австралия отказалась от закупки вакцины AZD122 из-за низкой эффективности. Некоторые страны Европы (ФРГ, Франция, Италия, Испания, Австрия, Нидерланды, Эстония, Латвия, Литва, Люксембург, Дания, Норвегия, Исландия, Словения, Кипр и др.), а также Таиланд, Индонезия и Демократическая Республика Конго в экстренном порядке остановили вакцинацию препаратом AZD1222 и заблокировали поставки этого препарата в связи с зарегистрированными неблагоприятными эффектами, в том числе смертельными случаями.
Ad26.COV2.S (Ad26COVS1/JNJ-78436735), векторная вакцина для профилактики SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19, разработанная компаниями Johnson & Johnson и Janssen-Cilag International N.V., зарегистрирована в конце февраля 2021 г. (США/Бельгия). Вакцина основана на нереплицирующемся генетически модифицированном аденовирусе Ad26, кодирующем полноразмерный стабилизированный S-белок SARS-CoV-2. Предусматривается однократное внутримышечное введение вакцины. В вакцине использован аденовирусный вектор Ad26, несущий ген S-белка SARS-CoV-2. Однократное введение вакцины лабораторным животным (хомяки, обезьяны) стимулировало выраженное образование антител, что позволило предотвратить инфекцию верхних и нижних дыхательных путей [187, 257]. Безопасность, переносимость и иммуногенность вакцины Ad26.COV2-S при иммунизации взрослых добровольцев были подтверждены в клинических исследованиях I/II фазы [33, 225]. Для оценки безопасности и эффективности вакцины было проведено клиническое мультицентровое исследование с привлечением около 60 000 участников [34]. Показано, что однократная иммунизация взрослых вакциной Ad26.COV2-S безопасна и вызывает иммунный ответ против SARS-CoV-2. По результатам клинического исследования III фазы эффективность этого препарата в США составила 72%. При этом его эффективность в ЮАР оказалась существенно ниже — 57%. Предположительно это обусловлено распространенностью на момент проведения исследования в южноафриканском регионе SARS-CoV-2 варианта 501.V2, который отличается от исходного уханьского варианта [60]. Этот вариант содержит несколько мутаций S-белка, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека N501Y, K417N и E484K и ускользать от иммунного ответа хозяина. Мутации E484K и N501Y находятся в рецептор-связывающем мотиве (RBM) рецептор-связывающего домена (RBD) S-белка.
10.1.3. AD5-nCOV (Convidecia)
AD5-nCOV (Convidecia) — вакцина, разработанная CanSino Biological Inc. в сотрудничестве с Пекинским институтом биотехнологии (Китай), представляет собой нереплицирующийся вектор на основе Ad5, экспрессирующий полноразмерный S-белок of SARS-CoV-2 [213]. Предусматривается однократное введение вакцины против COVID-19. С конца 2020 г. препарат проходит III фазу клинических испытаний в Чили [313], Мексике, Пакистане, России и Саудовской Аравии с общим количеством участников 40 000. По данным клинических исследований эффективность AD5-nCOV в предотвращении умеренных симптомов COVID-19 составила 65,7%, а в предотвращении тяжелого заболевания — 91%. По эффективности она аналогична вакцине Ad26.COV2.S (JNJ-78436735, Johnson & Johnson и Janssen-Cilag International N.V.), которая при одноразовом введении показала эффективностью 66%. Режим однократной дозы и возможность хранения в холодильнике делают вакцину Ad5-NCov подходящей для многих стран. Вакцина Ad5-NCov одобрена для использования в некоторых странах Азии, Европы и Латинской Америки. В 2021 г. объем выпуска вакцины Ad5-NCov достиг 500 млн доз. Препарат выпускается в Китае [307], Малайзии [311], Мексике [309] и Пакистане [312].
10.2. Инактивированные цельновирионные вакцины
Вакцины на основе инактивированных или аттенуированных вирионов основаны на традиционной технологии изготовления вакцинных препаратов. Эта технология успешно применяется уже более сотни лет во многих хорошо известных вакцинах против различных инфекционных заболеваний, включая грипп, полиомиелит, бешенство, гепатит [49, 62, 121, 193, 265]. Инактивированные с помощью физического (ультрафиолет, радиация) или химического воздействия (метанол, β-пропиолактон, формалин) вирионы SARS-CoV или MERS-CoV индуцировали у экспериментальных животных протективный иммунный ответ, в том числе высокие уровни нейтрализующих антител [94, 135, 229]. Однако эозинофильная инфильтрация ткани легких, которая наблюдалась у экспериментальных животных, иммунизированных инактивированными вакцинами против SARS-CoV- или MERS-CoV-инфекции, свидетельствует о возможных проблемах с безопасностью и защитной эффективностью вакцин такого типа [39, 259]. При двойной инактивации SARS-CoV (формалином и ультрафиолетовым излучением) вакцина индуцировала слабую защиту против летальной инфекции у старых животных в модели гетерологичного заражения [238]. Предполагается, что это было связано с наблюдающейся у старых мышей пониженной миграцией дендритных клеток из ткани легких в дренирующие лимфатические узлы, что приводит к снижению вирус-специфического CD8-Т-клеточного иммунного ответа в легких и более тяжелому течению заболевания у инфицированных животных [116, 297]. Таким образом, вакцины против новой коронавирусной инфекции должны обеспечивать высокую эффективность защиты у пожилых людей. Живая аттенуированная кандидатная вакцина на основе рекомбинантного SARS-CoV, лишенного белка E (rSARS-CoV-E), индуцировала в доклинических исследованиях образование значимых титров нейтрализующих антител и вирус-специфический Т-клеточный ответ [114, 197]. В результате мутации системы регуляции транскрипции был получен живой аттенуированный SARS-CoV с существенно ограниченной вирулентностью. Вакцина на его основе эффективно защищала мышей от заражения [127]. Хотя кандидатные вакцины на основе живых аттенуированных коронавирусов имеют потенциал индукции высокоэффективного иммунного ответа и защиты от заражения, они могут иметь проблемы с биобезопасностью, связанные с восстановлением вирулентности [114]. В настоящее время различных научных центрах разрабатывается 16 вакцин против COVID-19 на основе инактивированного SARS-CoV-2 [280].
На начало 2022 года зарегистрировано и введено в клиническую практику 5 цельновирионных вакцин против COVID-19, основанных на инактивированном вирусе SARS-CoV-2: «КовиВак» (ФНЦ ИРИБП им. М.П. Чумакова РАН, Россия), BBIBP-CorV (Sinopharm, Китай), WIBP-CorV (Sinopharm, Китай), CoronaVac (Sinovac, Китай), Covaxin (BBV152) (Bharat Biotech, Индия).
10.2.1. «КовиВак»
«КовиВак» — цельновирионная российская вакцина против COVID-19 создана в Федеральном научном центре исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова РАН. Эта вакцина содержит инактивированный SARS-CoV-2, который неспособен вызывать заболевание [157]. Вакцина успешно прошла клинические испытания на базе медицинских учреждений Кирова, Санкт-Петербурга и Новосибирска [147]. 20 февраля 2021 г. вакцина зарегистрирована Минздравом России [16]. Создана технологическая линия, которая способна произвести около 10 млн доз вакцины в год. В марте 2021 г. начат промышленный выпуск вакцины «КовиВак», она включена в процесс массовой вакцинации населения нашей страны. Поданы документы в ВОЗ для прохождения процедуры преквалификации вакцины. Окончание III фазы клинических испытаний вакцины «КовиВак» планируется в конце 2022 г. [20].
10.2.2. BBIBP-CorV
Работы по созданию вакцины против COVID-19 активно ведутся в Китае. BBIBP-CorV представляет собой цельновирионную вакцину против COVID-19 на основе химически инактивированного вируса. Разработчик вакцины — компания China National Biotec Group (CNBG) (входит в состав крупнейшей китайской фармацевтической корпорации Sinopharm) в сотрудничестве с «Пекинским институтом биологических продуктов» [36]. Протокол вакцинации предусматривает 2 внутримышечные инъекции с интервалом 4 нед. Вакцина хранится при температуре 2–8 °C. Вакцина прошла III фазу клинических исследований в Аргентине, Бахрейне, Египте, Марокко, Пакистане, Перу и Объединенных Арабских Эмиратах (ОАЭ), в исследовании участвовало более 60 000 человек [239, 308]. Эффективность вакцины BBIBP-CorV против SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 составляет 79,34–86% [83, 119]. Отмечено, что по окончании вакцинации появление специфических антител наблюдается у 100% вакцинированных лиц. Зарегистрированные побочные эффекты имели среднюю степень выраженности. В конце 2020 г. Национальная комиссия по здравоохранению КНР одобрила вакцину BBIBP-CorV для широкого использования как первую вакцину от коронавируса собственного производства. Вакцина BBIBP-CorV одобрена к применению в порядке экстренной вакцинации в Китае, Бахрейне, ОАЭ, Украине, ведутся исследования в Аргентине, Перу, Иордании, Марокко. Компания CNBG планирует производство 1 млрд доз в год. Клинические исследования показали, что при вакцинации индивидуумов в возрасте старше 60 лет эффективность против смерти от COVID-19 составляет 61,6% для 1-й дозы вакцины BBIBP-CorV и 84,0% после полного двухдозового курса вакцинации. В тех же условиях вакцина AZD1222 (AstraZeneca) показала эффективность 79,5% и 88,8%, вакцина «Спутник V» — 74,9 % и 93,3% [188].
10.2.3. WIBP-CorV
WIBP-CorV (WIBP COVID-19) (разработчик — компания Sinopharm в сотрудничестве с «Уханьским Институтом биологических продуктов», Китай) — цельновирионная вакцина против COVID-19 на основе химически инактивированного вируса SARS-CoV-2. Результаты клинических исследований показали, что эффективность вакцины WIBP-CorV составляет 72,5% против симптоматических случаев и 100% против тяжелого течения COVID-19 [41]. Протоколом вакцинации предусмотрено внутримышечное введение 2 доз вакцины с интервалом 3 нед [262]. Вакцина разрешена для применения в КНР, зарегистрирована также в ОАЭ, Перу, Венесуэле, Северной Македонии, Филиппинах для экстренного применения [87, 91, 279].
10.2.4. CoronaVac
CoronaVac — цельновирионная вакцина против COVID-19 на основе химически инактивированного вируса (разработчик — компания Sinovac Biotech, Китай). В состав вакцины входит адъювант — Al(OH)3 . Протокол вакцинации предусматривает введение 2 доз с интервалом 28 дней [286]. В 2021 г. вакцина одобрена ВОЗ для экстренного применения [278]. Вакцина проходила клинические испытания в Китае, Бразилии, Чили, Венгрии, Индонезии. Общее количество вакцинированных в процессе клинических исследований III фазы превысило 6 млн человек [78]. Вакцина CoronaVac на 51–67% эффективна в предотвращении COVID-19 и на 87,8–100% эффективна в предотвращении тяжелого течения заболевания и смерти [267, 278]. По данным ВОЗ к концу 2021 г. в 49 странах мира было использовано более 180 млн доз инактивированных вакцин китайского производства [314].
10.2.5. Covaxin (BBV152)
Covaxin (BBV152) — цельновирионная вакцина против COVID-19 на основе инактивированного вируса, разработанная компанией Bharat Biotech, Индия, в сотрудничестве с Индийским советом медицинских исследований. Кроме инактивированных вирионов SARS-CoV-2, в состав вакцины входит IMDG (производное имидазохинолина, агонист TLR7 и TLR8), адсорбированный на Al(OH)3 (Algel) [35]. В ноябре 2020 г. получено разрешение на проведение III фазы клинических испытаний Коваксина (мультицентровое рандомизированное двойное слепое плацебо-контролируемое исследование с участием добровольцев в возрасте 18 лет и старше, около 26 000 участников) [48, 120]. В начале 2021 г. вакцина была одобрена в Индии для экстренного применения [310]. В настоящее время продолжается расширенное клиническое исследование этого препарата [48].
Вакцина против COVID-19 на основе модифицированного вируса осповакцины штамм Ankara (MVA), экспрессирующего S-белок SARS-CoV-2, разрабатывается в Японии. Разработчики опираются на другую успешную вакцину — против оспы. Ожидается, что однократное введение кандидатной вакцины на основе MVA не только вызовет образование высоких титров нейтрализующих антител, но и индуцирует сильный клеточный иммунитет, обеспечивающий долгосрочную защиту. Разработчики предполагают, что индуцированная вакциной защита может быть пожизненной. Кроме того, вакцину можно будет хранить и транспортировать при комнатной температуре, что существенно расширит охват вакцинацией [145].
10.3. Вакцины на основе нуклеиновых кислот
Эти вакцины созданы на основе плазмидной ДНК («голая ДНК») или мРНК, которые кодируют соответствующие антигены. После введения вакцины в клетках организма происходит синтез антигена, против которого развивается иммунный ответ [217, 221]. Существенным преимуществом вакцин на основе нуклеиновых кислот является возможность масштабирования производства и относительно низкая стоимость [158]. Однако их применение ограничено нестабильностью и неэффективностью доставки нуклеиновых кислот (и ДНК, и РНК) in vivo [124, 140]. Для защиты от разрушения и облегчения входа ДНК- и РНК-вакцин в клетки-мишени используются различные системы доставки, в том числе наночастицы, векторы, липосомы.
Основу ДНК-вакцин составляют высокостабильные плазмидные ДНК, которые можно легко размножить в бактериях, так как плазмидная ДНК обычно содержит ген, кодирующий целевой белок (антиген), и экспрессионные промоторы [158]. Применение ДНК-вакцин имеет ряд ограничений, связанных с низкой иммуногенностью и необходимостью для молекулы ДНК проникать через ядерную мембрану, чтобы обеспечить процесс трансляции. Последнее требует использования сложных систем доставки, например, электропорации [99, 158]. В дополнение — внесение мутаций и нарушение регуляции экспрессии генов в результате потенциальной стабильной интеграции трансфецируемой ДНК в геном соматических или зародышевых клеток также представляет собой серьезную проблему [95] и требует специальных подходов и соответствующих исследований по долговременному отслеживанию эффектов вакцинации [140, 183, 275, 282].
Эффективность ДНК-вакцин против SARS-CoV и MERS-CoV хорошо изучена в доклинических и клинических исследованиях. В клинических исследованиях I фазы показано, что здоровых взрослых реципиентов ДНК-вакцина индуцирует SARS-специфический клеточный иммунный ответ и нейтрализующие антитела [184]. ДНК-вакцина, кодирующая S-белок MERS-CoV, индуцировала образование нейтрализующих антител и вирус-специфических CD8+ - и CD4+ -Т-клеток при иммунизации мышей, верблюдов и обезьян [81, 184, 194]. Первой в клинические испытания вакцин против MERS была включена кандидатная ДНК-вакцина GLS-5300, кодирующая S-белок вируса. Эта вакцина индуцировала продолжительный иммунный ответ — у большинства реципиентов вакцины S1-специфические антитела и Т-клетки обнаруживались спустя 1 год после заключительной иммунизации [189]. При сравнительном исследовании иммуногенности ДНК-вакцин против MERS обнаружено, что иммунизация лабораторных животных плазмидами, кодирующими S1-субъединицу, может индуцировать более высокий уровень синтеза ИФН-γ, чем иммунизация плазмидами, кодирующими полноразмерный S-белок. При это наблюдалась индукция Th1/Th2-сбалансированного иммунного ответа, что свидетельствует о возможности избежать неблагоприятных эффектов, ассоциированных с Th2-ответом [42].
В качестве перспективного подхода к усилению индуцируемого ДНК-вакциной иммунного ответа на SARS-CoV-2 рассматривается сочетание ДНК-вакцины и цельновирионной вакцины на основе убитого вируса [291].
РНК-вакцины содержат мРНК, кодирующие соответствующие антигены, для синтеза которых используется трансляционный аппарат клетки хозяина. Клетки хозяина продуцируют вакцинный белок-антиген, который стимулирует иммунный ответ. В качестве средства доставки обычно используются липидные наночастицы, которые защищают мРНК от ферментативной деградации и облегчают эндоцитоз и уход от действия лизосом [218, 250]. Хотя мРНК-вакцины разработаны против многих заболеваний, в том числе против гриппа, лихорадки Зика, бешенства, эта вакцинная платформа рассматривается как относительно новая [204]. Исследования in vitro показали, что вакцинные препараты на основе мРНК обладают потенциалом быстрого, сравнительно недорогого и масштабируемого производства, что существенно сокращает время разработки и позволяет быстро ответить на эпидемические вызовы [158, 204, 273, 274]. В отличие от ДНК-вакцин, РНК-вакцинам не требуется проникновение через дополнительную мембрану (ядерную мембрану). Таким образом, нет проблем с безопасностью, связанных со встраиванием в геном хозяина [204]. Благодаря указанным преимуществам РНК-вакцины могли бы стать многообещающей альтернативой традиционным вакцинам и значимым средством противодействия инфекционным заболеваниям, в том числе коронавирусной инфекции. Физико-химические свойства мРНК, которые могут влиять на ее распределение в клетках и тканях, вызывают вопросы, связанные с безопасностью и эффективностью применения таких вакцин у человека. Они не индуцируют мукозальный иммунный ответ, так как вводятся внутримышечно. Кроме того, имеются проблемы, связанные с широкомасштабным производством, хранением и стабильностью мРНК вакцин [99, 158, 218]. К настоящему времени 28 ДНК-вакцин и 18 мРНК-вакцин против COVID-19 находятся в процессе клинических исследований, 24 мРНК-вакцины проходят доклинические исследования [281].
10.3.1. BNT162b2 (Comirnaty)
В ноябре 2020 г. было объявлено о завершении клинических испытаний вакцины BNT162b2 (Comirnaty), разработанной компаниями BioNTech (разработчик вакцинной композиции, Германия) и Pfizer (компания-производитель, США). Эта вакцина представляет собой липидные наночастицы, содержащие нуклеозид-модифицированную РНК, которая кодирует полноразмерный S-белок SARS-CoV-2 [212]. Протоколом вакцинации предусматривается двукратное введение препарата с интервалом 3 нед. Эффективность препарата составила 94–95% [236]. Через 4 мес эффективность вакцины BNT162b2 падала до 57–67%.
Вакцина была зарегистрирована в США [261], получено разрешение ВОЗ на ее экстренное применение [281]. Однако в ходе клинических испытаний и последующего достаточно широкого применения этого препарата были зарегистрированы многочисленные случаи неблагоприятных побочных эффектов, в том числе — смертельных исходов. 29 случаев смерти среди вакцинированных препаратом BNT162b2 зарегистрировано в Норвегии, 20 — в Германии, 6 — во Франции, более 40 — в Австрии. В Израиле у некоторых вакцинированных наблюдался паралич лицевого нерва. Также было зарегистрировано более 1000 случаев миокардита, связанного с вакцинацией BNT162b2. Европейское агентство лекарственных средств (EMA) рекомендовало внести миокардит и перикардит в список побочных эффектов вакцины [109]. В августе 2021 г. получено разрешение ВОЗ на широкое применение вакцины BNT162b2 для профилактики SARS-CoV-2 у взрослых. Эта вакцина стала самой используемой в мире. Она зарегистрирована в 42 странах, ее выпуск к апрелю 2022 г. превысил 1,2 млрд доз [301, 302].
10.3.2. mRNA-1273 (Spikevax)
Вакцина mRNA-1273 (Spikevax) на основе нуклеозид-модифицированной мРНК, кодирующей S-белок SARS-CoV-2, разработана в США компанией Moderna. Протоколом вакцинации предусматривается двукратное введение препарата. По данным анализа результатов III фазы клинических испытаний эффективность вакцины составляет 94% [53]. В качестве побочных эффектов отмечены боль в месте инъекции, усталость, боль в мышцах, головная боль. Клинические испытания будут продолжены до конца 2022 г. При этом Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) дало разрешение на экстренное применение вакцины mRNA-1273 для предупреждения COVID-19 у лиц старше 18 лет. Вакцина зарегистрирована в 36 странах, количество примененных доз превысило 400 млн [303, 304].
Несмотря на многообещающие перспективы, основные проблемы, связанные с мРНК-вакцинами, обусловлены их недостаточной изученностью и неопределенностью потенциальных долгосрочных побочных эффектов. Вакцины BNT162b2 (BioNTech/Pfizer) и mRNA-1273 (Moderna) являются единственными препаратами этого типа, одобренными к медицинскому применению [86]. Еще одной проблемой является эффективность этих вакцин против недавно появившихся вариантов SARS-CoV-2 с мутациями в S-белке, основной мишени вакцин против COVID-19 [288]. Сообщается, что вакцина BNT162b2 (Pfizer/BioNTech) защищает от 4 вариантов SARS-CoV-2 — включая альфа, бета, гамма и дельта [37, 73, 210, 288], но эффективность защиты падает. Эффективность двух доз вакцины mRNA-1273 составила 92% против альфа-штамма, 77% — эффективность одной дозы против бета- и гамма-штаммов, 72% — эффективность одной дозы против дельта-штамма [233]. По предварительным данным, эффективность двух доз вакцины сократилась до 76% из-за распространения дельта-штамма [214].
10.3.3. ZyCoV-D
ZyCoV-D (Zydus Cadila, Индия) — ДНК-вакцина, разработанная фармацевтической компанией Cadila Healthcare при поддержке Совета по содействию исследованиям в биотехнологической промышленности Индии. Вакцина содержит плазмиду, несущую ген S-белка вируса SARS-CoV-2, его промотор, а также неметилированные CpG-мотивы для усиления иммуностимулирующих свойств [95]. Вакцина вводится путем внутрикожной инъекции. По результатам III фазы клинических испытаний, в которых приняли участие более 28 000 человек, профилактическая эффективность препарата составляет 67%. Вакцина полностью предотвращала развитие COVID-19 среднего и тяжелого течения [31]. Вакцина ZyCoV-D разрешена к экстренному применению в Индии.
10.4. Вакцины на основе вирусоподобных частиц
Вирусоподобные частицы (ВПЧ) представляют собой комплексные структуры, которые имитируют организацию и конформацию нативных вирусов. Вакцины на основе вирусоподобных частиц включают только вирусные белки, но не содержат генетического материала вируса [99, 117]. ВПЧ безопасны, благодаря квазикристаллической регулярной структуре они вызывают мощный иммунный ответ [117]. Существуют вакцины на основе ВПЧ против многих вирусов, включая вирус гепатита В, вирус папилломы человека, вирус гриппа А [63, 67, 117, 133].
ВПЧ являются потенциальной основой (носителем) для разработки безопасных и эффективных вакцин против коронавирусной инфекции, которые стимулировали бы врожденный и адаптивный иммунный ответ. Для получения ВПЧ широко используются экспрессионные системы на основе бактерий, клеток насекомых, дрожжей, клеток млекопитающих. Показано, что химерные ВПЧ, коэкспрессирующие S-белок SARS-CoV и белки E, M, N вируса гепатита мышей, при иммунизации животных вызывали эффективную продукцию нейтрализующих антител, которые подавляли репликацию SARS-CoV в ткани легких [177]. Химерные ВПЧ, экспрессирующие S-белок SARS-CoV и М1-белок вируса гриппа, были способны индуцировать образование нейтрализующих антител и защищать мышей от заражения смертельной дозой коронавируса [172]. Аналогичным образом ВПЧ, экспрессирующие белки MERS-CoV, индуцировали у иммунизированных животных протективный антиген-специфический клеточный иммунный ответ [271]. Также были разработаны ВПЧ-вакцины против MERS-CoV-инфекции и SARS-CoV-инфекции. В некоторых случаях после заражения вирусом выявляется эозинофильная иммунопатология легких [168, 177, 259]. В настоящее время 5 кандидатных ВПЧ-вакцин против COVID-19 находятся на разных этапах клинических испытаний [281]. Вакцины на основе ВПЧ рассматриваются как важный инструмент противодействия новым пандемическим патогенам, в том числе SARS-CoV-2. При этом нужно принимать во внимание, что мутации могут позволить патогенному вирусу уходить от действия нейтрализующих антител [77].
10.4.1. Бетувакс
Бетувакс — кандидатная вакцина на основе вирусоподобных частиц, разработанная дочерним предприятием Института стволовых клеток человека (Сколково, Россия) [141]. Препарат представляет собой сферические вирусоподобные частицы, несущие фрагменты RBD-домена S-белка SARS-CoV-2. В состав препарата входит адъювант растительного происхождения бетулин. В конце сентября 2021 г. начаты клинические испытания I и II фазы (разрешение Минздрава России от 27.09.2021 г.).
10.5. Субъединичные и пептидные вакцины
Субъединичные вакцины состоят из высокоочищенных антигенов, которые для индукции протективного иммунитета часто представляют только часть исходного патогена. Субъединичные вакцины характеризуются высоким профилем безопасности, контролируемым составом, их производство считается относительно несложным и легко масштабируемым. В отличие от полноразмерного S-белка, RBD содержит несколько критически важных нейтрализующих эпитопов и не содержит ненейтрализующих эпитопов, которые могут быть индукторами неблагоприятных побочных реакций. Таким образом, субъединичные вакцины на основе RBD способны не только индуцировать образование вирус-нейтрализующих антител, но и избежать развития нежелательного иммунного ответа на потенциально конкурирующие антигены. Благодаря безопасности и ожидаемой эффективности иммуногены на основе RBD представляются перспективной платформой для разработки вакцин против коронавирусной инфекции, в том числе SARS-CoV-2/COVID-19. Субъединичные вакцины могут в качестве антигенов содержать как полноразмерные белки-антигены, так их фрагменты (например, S1-субъединицу S-белка SARS-CoV). Развитием технологии субъединичных вакцин являются вакцины на основе пептидов, которые воспроизводят актуальные антигены или отдельные эпитопы целевых белков возбудителя [44].
Со времени вспышки атипичной пневмонии и ближневосточного респираторного синдрома субъединичные вакцины на основе RBD SARS-CoV и MERS-CoV интенсивно исследуются. В различных моделях на животных показана их эффективность в защите от коронавирусной инфекции [101, 103, 159, 179, 180]. Например, белок слияния RBD-Fc (RBD-фрагмент, слитый с Fc-фрагментом IgG1 человека) вызывали долговременный гуморальный иммунный ответ с образованием нейтрализующих антител, которые защищали иммунизированных мышей от заражения SARS-CoV [103]. Введение мышам RBD-фрагмента приводило к индукции выраженного SARS-CoV-специфического протективного Т-клеточного иммунного ответа и образование частично нейтрализующих антител [101]. Показано, что белок слияния S377-588-Fc (соединение 377–588 аминокислотных остатков RBD и Fc-фрагмента IgG1 человека) индуцировал у мышей высокие титры нейтрализующих IgG-антител против всех эпитопов RBD [180]. Исследование показало, интраназальная иммунизация мышей RBD MERS-CoV, слитым с Fc-фрагментом IgG человека, индуцировала гуморальный и клеточный иммунный ответ, сравнимый по уровню с таковым, индуцируемым подкожной иммунизацией. Однако при интраназальной иммунизации наблюдался более сильный системный клеточный иммунный ответ и более высокий уровень локального иммунного ответа в ткани легких экспериментальных животных [179]. Введение обезьянам пептидной вакцины на основе рекомбинантного RBD (rRBD) также приводило к развитию продолжительного выраженного вирус-специфического иммунного ответа [159]. Подобные исследования дали основания предположить, что вакцины на основе RBD CoV имеют потенциал для предотвращения респираторной коронавирусной инфекции, в том числе вызываемой новыми вариантами коронавируса. Следует, однако, отметить, что высокоочищенные белки и пептиды обычно не обладают высокой иммуногенностью и в состав вакцин на их основе часто требуется включение адъювантов [169]. В целом эффективная вакцина против коронавирусной инфекции должна индуцировать выраженный гуморальный и клеточный иммунный ответ. На различных этапах клинических испытаний находятся 33 кандидатные вакцины против COVID-19 на основе S-белка или RBD-фрагмента SARS-CoV-2 [136, 281].
10.5.1. «ЭпиВакКорона»
Представителем пептидных вакцин против COVID-19 является «ЭпиВакКорона» — препарат, разработанный в Государственном научном центре вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора. «ЭпиВакКорона» представляет собой эпитопную вакцину на основе пептидных антигенов, собранных на белке-носителе. Вакцина содержит синтетические пептиды, которые повторяют последовательности ряда антигенов S-белка SARS-CoV-2. Эти пептиды химически присоединены к носителю — рекомбинантному белку MBP-6xHis-N nCoV-2019, который включает N-белок коронавируса SARS-CoV-2 и бактериальный мальтоза-связывающий белок (МВР). Пептиды представляют В-клеточные эпитопы, белок-носитель — Т-клеточные эпитопы. В качестве адъюванта использована гидроокись алюминия [21, 22]. «ЭпиВакКорона» стала еще одной зарегистрированной отечественной вакциной против COVID-19. Первоначально протокол вакцинации предусматривал 2 внутримышечные инъекции препарата. Однако в процессе клинических испытаний было высказано предложение о дополнительной 3-й инъекции вакцины для усиления противовирусного иммунного ответа. В апреле 2021 г. начались клинические испытания новой версии вакцины «ЭпиВакКорона» — «ЭпиВакКорона-Н» (торговое название «Aurora-CoV») [19]. По данным разработчика, новая версия отличается от предыдущей технологическими особенностями производства. Вакцина «ЭпиВакКорона-Н» содержит те же действующие вещества, что и «ЭпиВакКорона», однако 2 из 3 пептидов соединены в один, поскольку это облегчает их синтез. В новой версии вакцины действующими веществами являются: 1-й пептид — 454CRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS477 — такой же, как в предыдущей версии «ЭпиВакКороны» ; 2-й пептид — 1181CKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK1211 — соответствует участку S-белка, в котором соединены неперекрывающиеся части пептидов 2 и 3 вакцины «ЭпиВакКорона». Протокол вакцинации предусматривает 3 внутримышечных инъекции с интервалами 21 и 60 дней. В августе 2021 г. вакцина «ЭпиВакКорона-Н» была зарегистрирована Минздравом России [8]. III фаза клинических испытаний вакцины «ЭпиВакКорона-Н» продолжается. Результаты ожидаются в 2022 г.
10.5.2. NVX-CoV2373 (Novavax, Covovax)
NVX-CoV2373 (Novavax, Covovax) — вакцина против COVID-19 на основе белковых субъединиц (разработчик — компания Novavax, США). Вакцина NVX-CoV2373, которая содержит S-белок SARS-CoV-2 в форме наночастиц, стабилизатор PS80 и адъювант Matrix-M® (соединение на основе сапонина), предназначенный для усиления иммунного ответа на вакцину [45]. Протокол вакцинации предусматривает 2 инъекции препарата с интервалом 21 день. Novavax (NVX-CoV2373) прошел III фазу клинических исследований, к которым привлечено 30 000 участников [136]. Промежуточный анализ показал, что при протоколе двукратного введения вакцина NVX-CoV2373 продемонстрировала 89,7% эффективность против инфекции SARS-CoV-2. Вакцина оказалась эффективной против вариантов альфа, бета и других [136, 185]. Исследования показали, что Novavax также эффективен против варианта омикрон, особенно в виде бустерной вакцинации [199]. В декабре 2021 г. было объявлено, что компания Novavax готовит версию вакцины против варианта омикрон, начало производства которой запланировано на январь 2022 г. Производитель утверждает, что вакцина стабильна при температурах от 2 до 8 °С, что существенно упрощает ее хранение, транспортировку и применение. В начале ноября 2021 г. применение вакцины NVX-CoV2373 под наименованием Covovax одобрено в Индонезии. Всего к настоящему времени применение вакцины одобрено в 5 странах. В конце декабря 2021 г. вакцина NVX-CoV2373 была официально одобрена Европейским агентством лекарственных средств (EMA). При этом данная вакцина не рекомендована в качестве бустера [305].
10.5.3. «Конвасэл®»
«Конвасэл® » — инновационная вакцина для профилактики COVID-19, разработанная Санкт-Петербургским НИИ вакцин и сывороток Федерального медико-биологического агентства. Регистрационное удостоверение получено 18 марта 2022 г. (№ ЛП-007967).
Субъединичная рекомбинантная вакцина против COVID-19 «Конвасэл® » является первой в мире вакциной, основанной на применении рекомбинантных крупных трехмерных фрагментов нуклеокапсидного N-белка вируса SARS-CoV-2, а не компонентов поверхностного S-белка. Нуклеокапсидный белок N вируса SARS-CoV-2 обладает самой высокой иммуногенностью в отношении клеточного и гуморального иммунитета, начиная с ранних стадий инфицирования, и отличается высокой консервативностью, имея не только высокую идентичность между штаммами SARS-CoV-2, но и более 90% гомологии с другими β-коронавирусами [129]. Вакцина отличается высокой иммуногенностью и защитными свойствами, независимо от мутаций в поверхностных белках вируса, включая S-белок шипа, практически являясь универсальной. Она лишена аллергенности и хорошо переносится человеком.
В июне 2021 г. были успешно завершены доклинические исследования вакцинного препарата, в ходе которых были доказаны безопасность, иммуногенность и защитный потенциал вакцины. В июле 2021 г. начались клинические исследования I/II фазы вакцины «Конвасэл® ». Установлена безопасность вакцины, выявлены высокие титры специфических IgG-антител против N-белка у 100% вакцинированных, специфический Т-клеточный иммунитет, поляризованный по безопасному для человека Th1-профилю, формирование специфических лимфоцитов «центральной памяти», а также развитие выраженной антителозависимой цитотоксичности НК-клеток. Иммунитет, формируемый после вакцинации препаратом Конвасэл® , препятствует развитию коронавирусной инфекции [5, 25].
В ходе проведенных клинических исследований показано, что двукратное введение вакцины Конвасэл приводит к формированию стойкого гуморального и клеточного иммунного ответа, сохраняющегося на протяжении не менее чем 6 мес (период наблюдения). Основным клеточным механизмом, обеспечивающим протективное действие вакцины, является антитело-опосредованная активация НК-клеток, приводящая к уничтожению иммунной системой первично зараженных вирусом SARS-CoV-2 клеток человека. В связи с тем, что вакцина Конвасэл® показала эффективность против различных штаммов вируса SARS-CoV-2, она может рассматриваться в качестве потенциальной панкоронавирусной вакцины.
10.5.4. Soberana-02
Кубинскими специалистами разработано 5 кандидатных вакцин против COVID-19. В марте 2021 г. началась III фаза клинических испытаний вакцины Soberana-02 (FINLAY-FR-2) [280]. Этот препарат представляет собой конъюгированную вакцину, в которой рецептор-связывающий домен S-белка SARS-CoV-2 химически соединен со столбнячным анатоксином. Схема вакцинации предусматривает двукратное введение препарата с интервалом 28 дней. В ноябре 2021 г. по результатам III фазы клинических исследований 2 доз вакцина SOBERANA 02 была признана безопасной, а ее эффективность достигла 71% у взрослого населения в возрасте 19–80 лет. Добавление 3-й дозы (SOBERANA Plus) повысило эффективность от 71% до 92,4% [306].
Вакцины против SARS-CoV-2-инфекции/COVID-19 разрабатываются в НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева Минздрава России (Санкт-Петербург) и Центра персонализированной медицины ФГБНУ «Институт экспериментальной медицины» (Санкт-Петербург) [9]. Результаты их испытаний ожидаются к концу 2022 г.
10.6. Комплексные вакцинные препараты
В качестве примера комплексных (комбинированных) вакцин можно привести использование в курсе вакцинации 2 различных вакцинных препаратов. НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России и компанией AstraZeneca начаты совместные клинические исследования сочетанного применения компонентов вакцины AZD1222 и 1-го компонента вакцины «Гам-КОВИД-Вак» Ad26-S («Спутник Лайт») для повышения эффективности вакцинации [242].
10.7. Эффективность вакцин против новых вариантов SARS-CoV-2
Естественная эволюция SARS-CoV-2 сопровождается мутациями в вирусном геноме, что приводит к появлению вариантов, некоторые из которых обладают повышенной вирулентностью и патогенностью и, таким образом имеют эпидемическую значимость [60, 208, 211]. Мутации в гене белка S [128, 277, 293] вызывают особое внимание, поскольку, с одной стороны, он играет ведущую роль в проникновении вируса в клетки хозяина, а с другой стороны — большинство вакцин против COVID-19 основаны на экспрессии S-белка или его антигенов. Таким образом, существует риск ухода вируса от действия индуцированного вакциной иммунного ответа и снижения эффективности вакцинации. Новые штаммы SARS-CoV-2, которые характеризовались повышенной передачей от человека к человеку, были выявлены в Великобритании (B.1.1.7, альфа), Южной Африке (B.1.351, бета), Бразилии (P.1, гамма), Индии (B.1.617.2, дельта). В ноябре 2021 года был обнаружен новый штамм SARS-CoV-2, обладающий повышенной инфекционностью (омикрон). Отмечено его интенсивное распространение в разных странах и регионах [43].
Тип вакцины | Название, дата регистрации | Разработчик/производитель, страна | Характеристика вакцины | Эффективность,% |
---|---|---|---|---|
Векторные вакцины |
Спутник V (Гам-КОВИД-Вак), 11.08.2020 г. |
НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России, Россия |
Нереплицирующийся вектор на основе аденовирусов Ad26 и Ad5 человека |
97,6 против тяжелых проявлений — 100 |
AZD1222 (ChAdOx1 nCoV-19), 30.12.2020 |
AstraZeneca, Швеция, Великобритания |
Нереплицирующийся вектор на основе аденовируса шимпанзе |
70 |
|
Ad26.COV2.S, 27.02.21 |
Johnson & Jonhson/Janssen-Cilag International N.V. США, Бельгия |
Нереплицирующийся вектор на основе аденовируса Ad26 человека |
57–72 |
|
Спутник Лайт, 06.05.2021 |
НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России, Россия |
Нереплицирующийся вектор на основе аденовируса Ad26 человека |
79,4 |
|
Субъединичные и пептидные вакцины |
ЭпиВакКорона, 14.10.2020 ЭпиВакКорона-Н, 26.08.2021 |
ГНЦВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Россия |
Рекомбинантная белковая, пептидная |
Клинические испытания продолжаются |
Конвасэл® , 18.03.2022 |
Санкт-Петербургский НИИ ВС ФМБА России, Россия |
Рекомбинантная белковая |
Клинические испытания продолжаются |
|
NVX-CoV2373 (Novavax, Covovax) |
Novavax, США |
Рекомбинантная белковая |
Клинические испытания продолжаются |
|
РНК-вакцины |
BNT162b2, 02.12.2020 |
BioNTech/Pfizer, Германия/США |
РНК-вакцина, инкапсулированная в липосомы |
95 |
mRNA-1273, 18.12.2020 |
Moderna, NIAID, США |
РНК-вакцина, инкапсулированная в липосомы |
94 |
|
Вакцины на основе инактивированного вируса |
BBIBP-CorV, 31.12.2020 |
Sinopharm, Китай |
Инактивированная вакцина |
86 |
CoronaVac, 06.02.2021 |
Sinovac Biotech, Китай |
Инактивированная вакцина, адъювант — Al(OH)3 |
65,3–91,25 |
|
Covaxin (BBV152), 31.12.2020 |
Bharat Biotech, Индия |
Инактивированная вакцина |
Клинические испытания продолжаются |
|
КовиВак, 20.02.2021 |
ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова, Россия |
Инактивированная вакцина |
Клинические испытания продолжаются |
Штамм B.1.1.7 (альфа, Великобритания) содержал 10 мутаций в S-белке (7 аминокислотных замен — N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1119H, и 3 делеции аминокислот в позициях 69, 70 и 144) [161, 235] и обладал на 60% более высокой способностью к трансмиссии по сравнению с исходным вариантом SARS-CoV-2 [270]. В исследованиях in vitro наблюдалось либо умеренное снижение нейтрализующей активности сывороток реципиентов вакцин AZD1222 (ChAdOx1 nCoV-19) и BNT162b2 против штамма B.1.1.7 [244], либо нейтрализующая активность оставалась неизменной [174]. Кроме того, рандомизированное контролируемое исследование показало, что эффективность вакцины AZD1222 (ChAdOx1 nCoV-19) против штамма В.1.1.7 составила 70%, а эффективность вакцины BNT162b2 — 87% [174]. Вакцинация препаратом мРНК-1273 индуцировала тот же уровень B.1.1.7-нейтрализующих антител, что обнаружен при инфекции штаммом B.1.1.7 [106]. Таким образом, вакцины в целом обеспечивают защиту от инфекции штаммом SARS-CoV-2 B.1.1.7 (альфа), несмотря на некоторое снижение уровня нейтрализации.
Вариант B.1.351 (бета, Южная Африка) включает 9 мутаций в S-белке — 8 аминокислотных замен (D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V) и делеция аминокислотных остатков 241–243 [253]. Сообщалось, что эти мутации привели к увеличению передачи вируса [195]. Обнаружена высокая устойчивость штамма B.1.351 SARS-CoV-2 к нейтрализации in vitro антителами, индуцированными вакциной AZD1222 (ChAdOx1 nCoV-19). Эффективность этой вакцины против инфекции штаммом B.1.351составила всего 21% [181]. Напротив, эффективность вакцины Ad26.COV2.S в профилактике тяжелого COVID-19, вызванного штаммом B.1.351, составила 82% [226], вакцин BNT162b2 — 72% [37]. Аналогичные результаты были получены и для вакцины mRNA-1273, несмотря на снижение титров нейтрализующих антител [287]. Вакцинация препаратом BNT162b2 в 2 раза снижала число случаев COVID-19, вызванного инфекцией штаммом B.1.351 [54].
Штамм P.1 (гамма, Бразилия) включает 11 аминокислотных замен в S-белке: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I [90, 192]. Сыворотки реципиентов вакцины BNT162b2 in vitro одинаково нейтрализовали SARS-CoV-2 дикого типа и рекомбинантный SARS-CoV-2, экспрессирующий S-белок с мутациями штамма P.1 [173]. Обнаружено умеренное снижение нейтрализующей активности сывороток реципиентов вакцин ChAdOx1 nCoV-19 и BNT162b2 против штамма P.1 показали in vitro [93]. При этом другое исследование показало, что сыворотки, полученные от людей, естественно инфицированных штаммом P.1, проявляли меньшую нейтрализующую активность in vitro против этого варианта SARS-CoV-2, чем сыворотки, полученные от реципиентов вакцин BNT162b2 или mRNA-1273 [274]. Это указывает на маловероятный уход этого штамма вируса от вакцинации.
Штамм B.1.617 (дельта, Индия) имеет в S-белке замены аминокислот T19R, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N и делецию аминокислотных остатков 157–158 [235]. Эти мутации приводят к более высокой контагиозности возбудителя, его интенсивной репликации и высокой вирусной нагрузке. В середине июня 2021 г. был обнаружен мутировавший вариант B.1.617.2 (AY.1, дельта-плюс), S-белок которого имеет дополнительную аминокислотную замену K417N, которую связывают c усиленной способностью связываться с рецепторами клеток легких, со снижением нейтрализующей активности антител у переболевших и вакцинированных людей и потенциальной устойчивостью к терапии моноклональными антителами. В октябре 2021 г. обнаружен новый штамм AY.4.2, в S-белке которого имеются дополнительные мутации Y145H и A222V. Вариант AY.4.2 на 10–15% заразнее штамма дельта [227]. Штамм дельта довольно быстро стал доминирующим вариантом SARS-CoV-2 [43]. Обнаружено существенное, в 2–5 раз, снижение эффективности ряда вакцин против инфекции, вызываемой штаммом дельта [246]. Так, эффективность вакцины BNT162b2 против штамма дельта составила 53% (то есть снизилась на 40% по сравнению с эффективностью против исходного штамма SARS-CoV-2. Эффективность вакцины «Спутник V» против штамма дельта изменилась незначительно и составляет 82% [132, 146]. Как показали исследования, эффективность вакцины «Спутник V» против штамма дельта существенно превысила эффективность вакцин AZD1222 и Sinofarm [24].
В ноябре 2021 г. в Ботсване и Южно-Африканской Республике обнаружен новый штамм SARS-CoV-2 — B.1.1.529 (омикрон). Этот штамм характеризуется большим количеством мутаций. В S-белке обнаружено 30 аминокислотных замен (A67V, T95I, G142D, L212I, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F), 3 делеции аминокислотных остатков (69–70, 143–145, 211), вставку (214EPE). Также выявлены мутации в неструктурных белках (в NSP3 — K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; в NSP4 — T492I; в NSP5 — P132H; в NSP6 — Δ105-107, A189V; в NSP12 — P323L; в NSP14 — I42V), в белке E (T9I), в белке M (D3G, Q19E, A63T), в белке N (P13L, Δ31-33, R203K, G204R), в белке ORF1b — T2163I [52]. Дельта-штамм быстро вытесняется штаммом омикрон, который уже обнаружен более чем в 100 странах мира. В конце декабря 2022 г. заражения штаммом омикрон зарегистрированы в России. По данным на апрель 2022 г., вариант омикрон вируса SARS-CoV-2 является доминирующим во всем мире.
Отмечается, что штаммом омикрон могут быть заражены лица, ранее переболевшие COVID-19 или вакцинированные [171]. Вакцинированные индивидуумы менее восприимчивы к инфекции новым штаммом, чем невакцинированные [15]. По предварительным данным, антитела против штамма омикрон способны эффективно нейтрализовать и дельта-штамм [171]. По данным клинических исследований (исследовано около 70 000 случаев инфекции штаммом Омикрон и около 140 000 случаев инфекции штаммом дельта у реципиентов вакцин AstraZeneca, BioNTech/Pfizer или Moderna), эффективность вакцин AstraZeneca, BioNTech/Pfizer и Moderna через 1 мес после ревакцинации составила составляла 60–70%, через 2 мес снизилась до 35–45%, а через 5–6 мес — практически до нуля [92, 201]. Как уже упоминалось выше, эффективность российской вакцины «Спутник V» против штамма дельта снизилась незначительно, поэтому специалисты считают, что вакцина будет обеспечивать защиту против инфекции новым штаммом вируса и нет необходимости в экстренной модификации вакцины [97]. В НИЦЭМ имени Н.Ф. Гамалеи разработана тест-система для определения вирус-нейтрализующих антител к штамму SARS-CoV-2 омикрон [144]. Эффективность вакцины «Спутник V» против этого штамма составила 75% [162].
02.02.2022 г. Минздрав России выпустил обновленную инструкцию к вакцине «Спутник V». Документ опубликован на сайте Государственного реестра лекарственных средств Минздрава России. В документе отмечается, что эффективность вакцины «Спутник V» в отношении среднетяжелых, тяжелых и крайне тяжелых случаев COVID-19 превысила 88% в течение полугодового периода наблюдений.
По данным III фазы клинических испытаний, эффективность вакцины «Спутник V» в отношении предотвращения тяжелого течения и летального исхода COVID-19 составляет 91% для базового штамма и 70,5% в условиях доминирования дельта-штамма через полгода после вакцинации. Таким образом, иммунизация достоверно снижает вероятность заболевания [8].
Массовая вакцинация препятствует распространению SARS-CoV-2 и снижает заболеваемость COVID-19. Новые варианты SARS-CoV-2 появляются в странах с высокой заболеваемостью COVID-19 и недостаточными противоинфекционными мерами, в том числе — недостаточным уровнем вакцинации и ее медленными темпами. Чтобы затормозить появление и распространение «escape»-вариантов SARS-CoV-2, вакцинацию следует ускорить [80, 156, 276].
Ожидается, что страны, где имеется массовый доступ к вакцинам и обеспечен высокий уровень вакцинации и, соответственно, коллективного иммунитета, станут регионами, свободными от COVID-19. В противном случае вирус будет иметь возможность распространяться, свободно эволюционировать и образовывать «escape»-варианты, способные уходить от иммунного ответа, в том числе индуцированного вакцинами, и действия терапевтических моноклональных антител. Следует отметить, что производители всех существующих вакцин на фоне текущей эпидемической ситуации (доминирование штамма омикрон) заявляют об их эффективности в отношении снижения рисков тяжелого течения и летальных исходов инфекции COVID-19, но не «полевой» профилактической эффективности.
Для противодействия заболеваемости COVID-19 рассматривается усиление эффективности вакцинации путем использования дополнительной (усиливающей) дозы вакцины. Дополнительное 3-е введение впервые предложено для вакцины BNT162b2. 3-я иммунизация включена в протокол введения вакцины «ЭпиВакКорона-Н». После вакцинации «Спутником V» в условиях неблагоприятной эпидемической обстановки рекомендована ревакцинация через 6 мес (используется вакцина «Спутник Лайт»). Кроме того, при необходимости вакцины могут быть за короткий срок модифицированы в соответствии с характеристиками актуального штамма SARS-CoV-2 [29, 44]. В частности, разработана модификация вакцины «Спутник V», которая учитывает особенности штамма омикрон [29]. Кроме того, в НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи ведутся разработки вакцины, способной защитить как от известных штаммов SARS-CoV-2, так и от его будущих вариантов, которые могут возникнуть в результате эволюции вируса [28].
Отдельным важным направлением создания профилактических препаратов против новой коронавирусной инфекции является разработка панкоронавирусных вакцин, способных эффективно действовать в условиях постоянно изменяющегося ландшафта циркулирующих линий вируса SARS-CoV-2. На этом фоне перспективными кандидатами на панкоронавирусную вакцину являются вакцины на основе N-белка, такие как «Конвасэл® », что связано с высокой консервативностью нуклеокапсидного белка среди β-коронавирусов.
10.8. Адъюванты для повышения иммуногенности субъединичных вакцин против коронавирусной инфекции
Высокоочищенные белки, входящие в состав субъединичных вакцин, обычно не являются высокоиммуногенными. Однако эффективная вакцинация, в том числе против коронавирусной инфекции, должна приводить к активации мощного гуморального и клеточного иммунитета, который обеспечил бы противовирусную защиту и элиминацию вируса из организма. Таким образом, в состав субъединичных вакцин необходимо включать адъюванты, которые бы усиливали иммуногенность слабых антигенов и способствовали развитию необходимого антиген-специфического иммунного ответа, тем самым повышали общую эффективность вакцин, содержащих низкоиммуногенные белковые компоненты. Разработка и применение высокоэффективных адъювантов является важным аспектом повышения эффективности вакцин против COVID-19. Рассмотрим адъюванты, обычно входящие в состав вакцин против коронавирусной инфекции.
10.8.1. Алюминий-содержащие адъюванты
Адъюванты на основе соединений алюминия (аморфный сульфат гидроксифосфат алюминия (AAHS), гидроокись алюминия, фосфат алюминия, алюмокалиевые (квасцы) — общее обозначение «Alum» — давно и наиболее часто применяемым в составе лицензированных вакцин. Alum имеет хороший профиль безопасности. Alum является Th2-адъювантом, который способствует развитию сильного гуморального иммунного ответа, в том числе — образованию нейтрализующих антител [134]. Этот адъювант входит в состав различных вакцин против вирусных инфекций (в том числе против папилломавируса человека, вируса бешенства, вируса гепатита В, пневмококка и др.), когда для защиты требуется индукция нейтрализующих антител против вирусных антигенов [57]. Также Alum широко используется при разработке вакцин против коронавирусной инфекции. В ряде доклинических исследований показано, что субъединичные вакцины на основе RBD, содержащие в качестве адъюванта гидроокись алюминия, индуцировали образование вирус-специфических нейтрализующих антител, которые обеспечивали необходимую степень защиты от экспериментального заражения [153]. Однако для эффективного противодействия коронавирусной инфекции вакцинный препарат должен индуцировать и гуморальный, и клеточный иммунный ответ. Вирус-специфические Т-клетки секретируют ИФН-γ и способствуют удалению вируса из организма хозяина. Эффекторные Т-клетки впоследствии дифференцируются в Т-клетки памяти, которые обеспечивают быстрый и эффективный ответ на повторную коронавирусную инфекцию [191, 249]. Хотя Alum успешно способствует развитию антитело-опосредованного защитного иммунитета, его способность усиливать развитие клеточного иммунного ответа ограничена. Для преодоления этого ограничения в состав вакцины могут быть включены другие адъюванты, которые усиливают клеточный иммунный ответ.
10.8.2. Эмульсии
Другим видом адъювантов, долгое время применяемых в составе вакцин, являются эмульсионные адъюванты. Водно-масляную эмульсию представляет собой широкоизвестный адъювант Фрейнда [применяется полный (CFA) и неполный (IFA) адъювант Фрейнда]. Полный адъювант Фрейнда является сильным стимулятором Th1-иммунного ответа, способствует выработке Th1-цитокинов и усиливает клеточный и гуморальный иммунный ответ. Неполный адъювант Фрейнда в основном способствует образованию Th2-цитокинов [50, 149, 241]. У мышей, иммунизированных RBD SARS-CoV с адъювантом Фрейнда, наблюдалось образование средних титров нейтрализующих антител, но формировался относительно высокий уровень CD8-Т-клеточного иммунного ответа [105.]. Адъювант Фрейнда способствует развитию Th1/Th2-сбалансированного иммунного ответа, что обеспечивает необходимую защиту от коронавирусной инфекции. Из-за токсичности полный адъювант Фрейнда не разрешен для использования в составе вакцин, предназначенных для введения человеку [243]. Однако препарат Montanide ISA-51, соответствующий неполному адъюванту Фрейнда, был разрешен для медицинского применения в 2012 г [51, 231]. Как и в случае классического адъюванта Фрейнда, добавление Montanide ISA-51 к экспериментальным вакцинам на основе RBD приводило к развитию сильного гуморального иммунного ответа с образованием коронавирус-нейтрализующих антител [104, 180].
Токсичность адъюванта Фрейнда связывают с недеградируемыми масляными компонентами. Для избежания проблем с токсичностью были разработаны масляно-водные эмульсии на основе биосовместимых компонентов, в частности, сквалена (SAS, MF59) [123, 200, 228]. SAS (Sigma adjuvant system) представляет собой стабильную масляно-водную эмульсию, содержащую монофосфорил-липид А, который используется в экспериментах на животных. Показано, что экспериментальная вакцина на основе rRBD, содержащая SAS, обеспечивала защиту иммунизированных мышей от заражения летальной дозой SARS-CoV за счет образования высоких уровней нейтрализующих антител. S1-белок MERS-CoV в сочетании с SAS при введении мышам вызывал образование высоких титров нейтрализующих антител против различных штаммов вируса [102].
MF59, еще одна масляно-водная эмульсия на основе сквалена, была лицензирована в Европе в качестве адъюванта в составе вакцин против гриппа. Обнаружено, что иммунизация тримерным RBD MERS-CoV в сочетании с MF59 вызывает образование высокоэффективных вирус-специфических IgG1- и IgG2-антител, а также нейтрализующих антитела против псевдотипированных и живых MERS-CoV, что обеспечивало защиту более 80% мышей от летального заражения MERS-CoV [248]. Аналогичным образом после иммунизации мышей RBD-Fc в сочетании с MF59 наблюдалась активация образования IgG-антител и выработка нейтрализующих антител, приводящая к полной защите от инфекции MERS-CoV [272]. В дополнение MF59 способствовал развитию усиленного и более широкого гуморального IgG-ответа, чем некоторые другие адъюванты, в том числе адъювант Фрейнда, гидроокись алюминия, монофосфорил-липид А, Montanide ISA-51 [292]. Благодаря безопасности и эффективности, MF59 рассматривается как потенциальный адъювант для субъединичных вакцин против коронавирусной инфекции.
10.8.3. Агонисты Толл-подобных рецепторов
Врожденная иммунная система распознает патоген-ассоциированные молекулярные паттерны (образы, PAMPs) с помощью паттерн-распознающих рецепторов (PRRs). К числу наиболее изученных PRRs относятся Толл-подобные рецепторы (TLRs). Они широко представлены на антиген-презентирующих клетках и играют важную роль в запуске врожденного иммунитета и развитии адаптивного иммунного ответа [10, 17, 18, 27, 150]. Некоторые агонисты TLRs исследованы в качестве адъювантов для противовирусных вакцин с целью обеспечения индукции сильного и продолжительного иммунного ответа [56, 166].
TLRs являются ключевыми компонентами распознавания РНК-вирусов и противовирусного иммунитета. Полиинозиновая кислота-полицитидиловая кислота (PolyI:C) представляет собой синтетический аналог двуцепочечной РНК (дцРНК), который действует как агонист TLR3 и через TRIF-зависимый механизм индуцирует продукцию ИФН 1-го типа и провоспалительных цитокинов [17, 18, 27, 202]. Обнаружено, что мыши, дефицитные по TLR3-опосредованному сигнальному пути, имеют чрезвычайно высокую чувствительность к SARS-CoV-инфекции, сопровождающейся выраженной патологией легких и повышенной вирусной нагрузкой [258]. Интраназальное введение PolyI:C индуцировало и врожденный, и адаптивный противовирусный иммунный ответ, который обеспечивал защиту старых животных от инфекции IAV или SARS-CoV, а также способствовал ускорению элиминации вируса [296]. Более того, введение S-белка MERS-CoV в сочетании с PolyI:C эффективно стимулировало развитие CD8-Т-клеточного иммунного ответа, что приводило к быстрому удалению вируса без неблагоприятных явлений [295]. Таким образом, PolyI:C, как эффективный индуктор ИФН 1-го типа, может считаться перспективным адъювантом для субъединичных вакцин против коронавирусной инфекции.
TLR4 в основном распознает липополисахарид (ЛПС) клеточной стенки грам-отрицательных бактерий. Агонисты TLR4 опосредуют продукцию провоспалительных цитокинов и ИФН 1-го типа и через TRIF-зависимый, и через MyD88-зависимый сигнальные пути [27, 252]. Показано, что предобработка лигандами TLR4 способствует развитию протективного иммунитета против SARS-CoV-инфекции [296]. TLR4-агонист монофосфорил-липид А представляет собой ослабленный вариант ЛПС. Он безопасен, эффективено используется в составе лицензированных вакцин (в том числе вакцин против гриппа, папилломавируса и вируса гепатита В) [96, 122]. Включение монофосфорил-липида А в состав вакцины против гриппа способствовало индукции мукозального и системного Th1-иммунного ответа после вакцинации через дыхательные пути [10, 207]. В модели на мышах S-белок SARS-CoV в сочетании с агонистами TLR3 и TLR4 эффективно индуцировал образование высоких титров нейтрализующих антител без эозинофильной инфильтрации ткани легких, а также усиливал образование Th1/Th17-цитокинов в ткани легких после заражения SARS-CoV [230]. В совокупности данные исследований свидетельствуют, что агонист TLR4, являясь усилителем Th1-иммунного ответа, способен эффективно повысить иммуногенность субъединичных вакцин против коронавирусной инфекции и снизить вероятность развития неблагоприятной Th2-зависимой эозинофильной инфильтрации легочной ткани.
TLR9 распознает CpG-мотив, присутствующий в бактериальной и вирусной ДНК, способствует образованию ИФН 1-го типа и опосредует противовирусный ответ через TLR9-MyD88-зависимый сигнальный путь [23, 27, 164]. В клиническом исследовании показано, что использование CpG-содержащей олигодезоксинуклеотидной последовательности (CpG-ODN) 1018 в качестве адъюванта при иммунизации против вируса гепатита В способствовало значительному повышению титров нейтрализующих антител [110, 237]. Применение CpG-ODN BW001 вызывало эффективную активацию В- и НК-клеток и стимулировало образование высоких уровней ИФН-α и ИФН-γ, что приводило к сильной анти-SARS-CoV-активности [55]. CpG оказался более эффективным, чем другие TLR-агонисты, в стимулировании секреции провоспалительных цитокинов и активации CD8-Т-клеток, специфических к S-пептидам SARS-CoV [300]. В связи с высокой способностью CpG-мотивов индуцировать клеточный иммунитет, они часто используются как дополнение к адъювантам на основе соединений алюминия. При иммунизации мышей пептидом S318-510 (фрагмент S-белка SARS-CoV, содержащий аминокислотные остатки 318-510) в сочетании с Alum и CpG ODN наблюдался более высокий уровень гуморального и клеточного иммунного ответа, чем при иммунизации пептидом с Alum [160, 290]. Таким образом, CpG может быть использован как сильный адъювант для вакцин против коронавирусной инфекции.
Амфифильный вакцинный адъювант AMP-CpG (диацил-липид-модифицированный CpG). При введении мышам, иммунизированным рецептор-связывающим доменом S-белка SARS-CoV-2, AMP-CpG в 25 раз усиливал индукцию антиген-специфических Th1-клеток, способствовал образованию Th1-изотипов антител IgG2c и IgG3, титры которых в 265 раз превышали таковые, наблюдаемые у пациентов, переболевших COVID-19. Эффект сохранялся при снижении дозы антигена в 10 раз. Планируются клинические испытания AMP-CpG [240]. Уже упомянутый адъювант Matrix-M в составе вакцины NVX-CoV2373 стимулирует миграцию антиген-презентирующих клеток к месту инъекции вакцины, стимулирует презентацию антигена в локальных лимфоузлах и способствует усилению иммунного ответа [45, 219]. В состав цельновирионной вакцины BBV152 включен адъювант IMDG, активирующий Толл-подобные рецепторы TLR7 и TLR8, которые играют ключевую роль в противовирусном иммунном ответе [18, 27, 107]. IMDG — имидазолхинолин-подобный агонист TLR7/ TLR8, сорбированный на геле гидроокиси алюминия (Algel-IMDG) [151]. TLR7 и TLR8 распознают одноцепочечную вирусную РНК. Они также распознают имидазохинолины резиквимод и имиквимод — аналоги ДНК-или РНК-олигонуклеотидов. Эти агонисты стимулируют продукцию ИФН-α, ИЛ-6, ИЛ-8 и ИЛ-12 дендритными клетками и макрофагами, что приводит к индукции клеточно-опосредованного Th1-иммунного ответа [17, 256].
В качестве адъюванта используется агонист TLR 1/2 XS15 (производное бактериального липопептида Pam3 Cys-Ser-Ser), эмульгированный в Montanide ISA51 VG. XS15 активирует АПК и способствует их созреванию [137].
10.8.4. Агонисты стимулятора генов интерферона
Стимулятор генов интерферона (STING) является центральным компонентом врожденного иммунного ответа и играет важную роль в защите против вирусных и внутриклеточных бактериальных инфекций. STING представляет собой трансмембранный белок, локализованный в эндоплазматическом ретикулуме. После стимуляции цитозольными циклическими динуклеотидами (CDNs) STING претерпевает конформационные изменения, после чего запускается сигнальный каскад, включающий активацию NF-κB-опосредованного сигнального пути и продукцию ИФН 1-го типа [40]. Агонисты STING являются сильными адъювантами, способными стимулировать у экспериментальных животных развитие выраженного гуморального и CD8-Т-клеточного иммунного ответа на ранней фазе вирусной инфекции без излишнего воспалительного процесса [170]. Иммунизация животных рекомбинантными RBD-антигенами MERS-CoV в сочетании с циклическим диаденилат-монофосфатом (цдЦМФ) (классический агонист STING) вызывала эффективное усиление образования нейтрализующих антител и развития антиген-специфического Т-клеточного иммунного ответа [170]. В целом важно отметить, что применение адъюванта в составе вакцин требует тщательного изучения и понимания механизмов его влияния адъювантов на иммунный ответ. В дополнение к безопасности, при разработке и применении адъюванта следует обращать внимание на способность селективно индуцировать и регулировать определенные типы иммунного ответа для эффективного усиления гуморального и клеточного иммунитета против коронавирусной инфекции. Сочетание хорошо изученных и зарекомендовавших себя адъювантов с новыми иммуностимуляторами (например, агонистами TLRs) для увеличения широты и интенсивности иммунного ответа является одной из значимых стратегий повышения эффективности применения адъювантов.
10.9. Безопасность вакцин против COVID-19 и возможные побочные эффекты
Связь зарегистрированных в ходе клинических исследований побочных эффектов с вакцинацией может быть установлена путем использования специальных лабораторных тестов. Однако в большинстве случаев констатируются только совпадения побочного эффекта и вакцинации по времени: вводится вакцина и через какое-то время после этого может наблюдаться побочный эффект. Это делает особенно сложным установление причинно-следственной связи между побочным эффектом и вакцинацией, особенно когда этот эффект возникает в среднесрочном или долгосрочном периоде после вакцинации [220]. Для установления причинно-следственной связи побочных эффектов, наблюдаемых после иммунизации, EMA, FDA и ВОЗ проводят исследования вероятности возникновения нежелательных явлений после введения вакцины по сравнению с вероятностью возникновения таких же побочных эффектов у людей, которые не получали вакцину. Также необходимо определить механизм, который мог бы вызвать реакцию [220].
Вакцины против COVID-19, которые в настоящее время применяются для массовой вакцинации, были тщательно проанализированы в ходе клинических испытаний с участием тысяч добровольцев. Только после этого международные организации и правительства дали разрешение на их использование по всему миру. Наряду с определением эффективности вакцины, в клинических испытаниях проводится оценка частоты наиболее распространенных побочных эффектов [176, 186, 261] (табл. 10-2), к которым относятся боль в месте инъекции, повышение температуры, тошнота, усталость, головная боль мышечная боль, озноб. Важно подчеркнуть, что все разрешенные к применению вакцины против COVID-19 безопасны и эффективны для населения в целом и помогут контролировать пандемию. Данные, приведенные в табл. 10-2, свидетельствуют, что вакцина «Спутник V» является наиболее безопасной из широко применяемых вакцин против COVID-19.
Вакцина |
Побочный эффект |
||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Лихорадка |
Боль в месте инъекции |
Усталость |
Головная боль |
Мышечная боль |
Тошнота |
Озноб |
|
Спутник V (НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи) |
2,2 |
5 |
2,5 |
2,9 |
0,9 |
0,7 |
0,4 |
BNT162b2 (Pfizer/BioNTech) |
10,9 |
66,1 |
50,5 |
39 |
28,7 |
0,7 |
22,7 |
mRNA-1273 (Moderna) |
91,6 |
62,8 |
67,6 |
62,8 |
6,1 |
21,3 |
48,3 |
AZD1222 (University of Oxford/AstraZeneca) |
8,2 |
71 |
21,1 |
22,8 |
7 |
5,7 |
14,7 |
Ad26CoVS (Johnson & Johnson/Janssen-Cilag) |
12,8 |
58,6 |
43,8 |
44,4 |
39,1 |
15,5 |
7 |
Однако в клинических испытаниях далеко не всегда есть возможность выявления крайне редких побочных эффектов, которые могут возникать менее чем в 1 случае на 10 000 прививок. В результате об очень редких явлениях, таких как тяжелые аллергические реакции или тромбоэмболии, может быть неизвестно до тех пор, пока сотни миллионов людей не будут вакцинированы [71, 220]. Основная цель мониторинга применения вакцин состоит в том, чтобы выяснить, какие из этих побочных эффектов связаны с вакцинацией.
Анафилактическая реакция после иммунизации против COVID-19 является очень редким побочным явлением, в соответствии с отчетами Европейского агентства лекарственных средств (EMA) ее частота составляет примерно 2,5 случая на миллион [71, 108].
После опубликования отчетов о случаях тромбоза после иммунизации вакциной AZD1222 (AstraZeneca), несколько из которых — со смертельным исходом [112], вакцинация этим препаратом в ряде европейских стран была временно приостановлена для проведения клинического расследования [148]. Фактически при введении 8 млн доз по состоянию на апрель 2021 г. было зарегистрировано только 15 подтвержденных случаев тромбоза с синдромом тромбоцитопении (7 случаев на миллион у людей в возрасте 18–49 лет и 0,9 случая на миллион у людей старше 50 лет) [70, 100]. Тем не менее риск тромбоза был внесен в перечень возможных побочных эффектов вакцины AZD1222.
Проведенное в Великобритании исследование, в котором участвовали 32 млн. вакцинированных взрослых, выяснилось, что вакцины BioNTech/Pfizer и Oxford/AstraZeneca вызывают ряд редких неврологических осложнений. После первой дозы Oxford/AstraZeneca было выявлено 38 случаев возникновения синдрома Гийена–Барре. При данном синдроме иммунная система поражает периферические нервы, следствием чего является мышечная слабость, боли или онемение, паралич. В течение 28 дней после вакцинации препаратом BioNTech/Pfizer эксперты зафиксировали 60 случаев геморрагического инсульта [6].
Антитело-зависимое усиление инфекции (АЗУИ) также рассматривалось как возможный неблагоприятный эффект вакцинации против COVID-19. В контексте безопасности вакцин против COVID-19 теоретически потенциальный риск АЗУИ представляют вакцины на основе инактивированных вирусов, которые содержат ненейтрализующие антигены-мишени [126]. На сегодняшний день никаких признаков АЗУИ не было описано ни во время доклинических исследований на животных, ни во время клинических испытаний, ни в процессе массовой вакцинации по всему миру, где уже введено более 3 млрд доз различных разрешенных вакцин против COVID-19 [206].
Миокардит и перикардит включены CDC в перечень рисков вакцинации мРНК-вакцинами [196, 234]. Фактическая частота миокардита/перикардита, наблюдаемых после вакцинации, составила 22 случая на 100 000 человек [126]. Во время клинических испытаний мРНК-вакцин CDC и FDA зарегистрировали 699 случаев миокардита/перикардита. У всех вакцинированных пациентов был подтвержден диагноз миокардита без инфекционной, ишемической или аутоиммунной этиологии [68]. В процессе клинических испытаний вакцины BNT162b2 (Pfizer/BioNTech) <0,1% реципиентов вакцины сообщали о неблагоприятных последствиях для сердца, однако эти показатели были аналогичны соответствующим величинам в группе реципиентов плацебо [209].
10.10. Поствакцинальный и постинфекционный гуморальный иммунный ответ на SARS-CoV-2-инфекцию
Важным направлением исследований в области вакцинопрофилактики и иммунотерапии COVID-19 является анализ силы и продолжительности иммунного ответа на вакцинацию в сравнении с характеристиками иммунного ответа на инфекцию SARS-CoV-2.
Как известно, плазма крови индивидуумов, переболевших COVID-19, применяется для лечения пациентов с тяжелой формой этого заболевания. Применение плазмы крови реконвалесцентов в терапии COVID-19 регламентируется нормативными документами, принятыми в различных странах, в том чиcле и в России [7, 85]. Используется как сама плазма крови, так и полученные из нее иммуноглобулины (например, лечебный препарат «КОВИД-глобулин»). Исследования динамики образования антител против SARS-CoV-2 и продолжительности их циркуляции важно для оценки продолжительности защитного постинфекционного иммунитета и для отбора потенциальных доноров плазмы крови. Как показали серологические исследования, примерно через 2 нед после появления симптомов заболевания выявляются SARS-CoV-2-специфические IgG-антитела, в том числе IgG против S- и N-белков [3, 7, 9, 11, 118, 130, 232]. У большинства переболевших индивидуумов (> 90%) в течение 9 мес после выздоровления в сыворотке крови обнаруживаются S-специфические IgG-антитела. Высокий уровень этих антител наблюдается в среднем у 20% реконвалесцентов (рис. 10-1, 10-2) [3, 11]. N-специфические IgG-антитела были обнаружены в сыворотках крови переболевших индивидуумов в течение 9 мес после выздоровления. В течение 3 мес высокий уровень IgG против N-белка наблюдался в среднем у 30% реконвалесцентов. В дальнейшем выявлялись в основном низкие уровни N-специфических антител (рис. 10-3) [3].
SARS-CoV-2-специфические антитела циркулируют у индивидуумов, переболевших COVID-19, в течение достаточно продолжительного времени. Следует отметить, что в течение 6–9 мес после выздоровления потенциальными донорами плазмы крови могли бы стать реконвалесценты, у которых сохраняется высокий уровень антител к S-белку.
Длительности поддержания уровня антител против S-белка уделяется особое внимание [3, 7, 118, 130, 132, 176] при анализе поствакцинального иммунитета. Как показали международные клинические исследования, применение вакцины «Спутник V», которая широко используется для вакцинации населения в России и зарубежных странах, обеспечивает наличие в течение 6 мес антител, специфических к S-белку и обладающих вирус-нейтрализующей активностью [97, 146]. После этого срока на фоне неблагоприятной эпидемической обстановки вакцинированным лицам в соответствии с нормативными документами рекомендуется провести ревакцинацию [7]. Это относится и к переболевшим COVID-19. У всех реконвалесцентов, которые через 6 мес после перенесенного заболевания были иммунизированы 1-м компонентом вакцины «Спутник V», наблюдался высокий уровень S-специфических антител (рис. 10-4). Возрастание уровня антител регистрировалось уже на 7 день после иммунизации. После завершения курса вакцинации высокий уровень антител к S-белку сохранялся не менее 6 мес [3]. Высокий уровень антител против S-белка наблюдался у индивидуумов, ревакцинированных препаратом «Спутник Лайт» через 6 мес после вакцинации препаратом «Спутник V». В этом случае также наблюдалось продолжительное поддержание высоких уровней защитных антител у всех обследованных ревакцинированных индивидуумов [3]. Таким образом, вакцина «Спутник Лайт» эффективно стимулирует вторичный иммунный ответ, сформированный как в результате вакцинации, так и в результате SARS-CoV-2-инфекции [3, 97, 146].
Важно отметить, что высокий уровень антител против S-белка обнаружен у реципиентов вакцины «Спутник V», которые впоследствии перенесли COVID-19. В этом случае активатором индуцированного вакциной иммунитета стала коронавирусная инфекция.
Результаты изучения гуморального иммунного ответа на инфекцию SARS-CoV-2 и на вакцинацию против COVID-19 позволяют сделать заключение об обоснованности вакцинации после перенесенного заболевания, а также ревакцинации вакцинированных лиц. Вакцинация приводит к индукции сильного и продолжительного противовирусного иммунитета. Следует отметить длительное сохранение эффективности вакцины «Спутник V» в отношении различных штаммов SARS-CoV-2 [171], в том числе — штамма омикрон. Эффективность вакцины «Спутник V» против этого штамма составила 75% [97, 162]. При этом, как показали широкомасштабные клинические исследования, эффективность вакцин AstraZeneca, BioNTech/Pfizer и Moderna через 1–2 мес после вакцинации составляла 60–95% (в зависимости от штамма вируса), через 2–4 мес снижалась до 35–67%, а через 5–6 мес — падала практически до нуля [92, 201, 236]. Однако к ревакцинации необходимо относится с осторожностью не только из-за низкой эффективности вакцин в отношении защиты от инфицирования омикрон-вариантами SARS-CoV-2, но и вследствие возможности вызвать бустерными дозами вакцин антигенный импринтинг (антигенный «грех»), свойственный высокоизменчивым патогенам, — явление, при котором предсуществующая иммунная память мешает выработке эффективного иммунного ответа к новым вариантам патогена.




10.11. Итоги и перспективы
Быстрое распространение SARS-CoV-2 и вызываемого им COVID-19 потребовало быстрой разработки и внедрения эффективной вакцины для противодействия инфекции. Разработки ведутся по нескольким направлениям — цельновирионные вакцины, субъединичные вакцины, вакцины на основе нуклеиновых кислот, вакцины на основе ВПЧ, векторные вакцины. Ряд вакцин против COVID-19 уже зарегистрирован и широко применяется для вакцинации населения. Тем не менее интенсивные исследования вакцин продолжаются.
В качестве перспективного пути повышения эффективности вакцинации рассматривается интраназальная иммунизация. Этот способ вакцинации против SARS-CoV-2-инфекции в настоящее время интенсивно изучается. Все разрешенные к применению вакцины против коронавирусной инфекции вводятся внутримышечно, а такой способ вакцинации приводит к образованию циркулирующих вирус-специфических IgG. Противодействие проникновению возбудителя через верхние дыхательные пути существенно затруднено, что в значительной мере связано с отсутствием индуцированной вакциной мукозального противовирусного иммунитета. В случае интраназальной иммунизации, когда вакцина наносится на слизистую оболочку носовой полости, происходит индукция как системного, так и мукозального иммунного ответа [72, 205, 255]. Ожидается, что индуцированный вакциной местный (мукозальный) иммунитет, в частности — вирус-специфические IgA, которые содержатся в назальной слизи, позволит затормозить проникновение SARS-CoV-2 через дыхательные пути в нижележащие ткани и блокировать инфекцию в районе входных ворот или, по крайней мере, существенно замедлить ее. Вирус-специфические IgA совместно с циркулирующими IgG смогут значительно эффективнее противостоять развитию COVID-19. Кандидатные назальные вакцины показали хорошую эффективность в доклинических исследованиях. Более 10 кандидатных препаратов проходят клинические исследования [47]. Среди них — вакцины, которые уже разрешены к применению для внутримышечного введения. В их числе: Ad5-nCoV (CanSino), AZD1222 (ChAdOx1, AstraZeneca), BBV154 (Bharat Biotech Int.), COVI-VAC (Codagene Inc.) и ряд других. В нашей стране проходят клинические испытания назальной вакцины «Спутник Н», которая представляет собой 2-й компонент вакцины «Спутник V» в форме спрея.
Важная роль в достижении эффективной иммунной противовирусной защиты принадлежит адъювантам, которые способны безопасно усиливать противовирусный иммунный ответ. Многие адъюванты разрешены к медицинскому применению (соединения алюминия, MF59, CpG и др.) и могут входить в состав субъединичных вакцин против коронавирусной инфекции, ряд потенциальных адъювантов интенсивно изучается. Сочетанное применение адъювантов способно улучшить иммуногенность субъединичных вакцин благодаря комплексной активации гуморального и клеточного иммунного ответа. Поиск сочетаний адъювантов, которые обеспечили бы Th1/Th2-сбалансированное усиление противовирусного иммунного ответа, является важным направлением разработки и совершенствования вакцин против коронавирусной инфекции.
В нашей стране создана серьезная основа для формирования коллективного иммунитета против COVID-19, причем с индивидуальным подходом к вакцинации различных групп населения. Как показали сравнительные исследования, вакцина «Спутник V» индуцирует образование антител, которые способны нейтрализовать новые мутантные эпидемически значимые формы SARS-CoV-2, в том числе — штаммы дельта и омикрон. 24 ноября 2020 г. председатель Правительства России М. Мишустин подписал распоряжение о включении вакцин от коронавирусной инфекции в перечень жизненно важных препаратов. В январе 2021 г. Минздравом России стандартизованы правила проведения вакцинации от COVID-19 [142]. Вакцинация от COVID-19 включена в национальный календарь прививок. По данным на середину апреля 2022 г., в нашей стране более 80,1 млн человек привито хотя бы одним компонентом вакцины, из них более 73,1 млн человек (50,8% населения) прошли полный курс вакцинации (получили 2 дозы вакцины) [1, 13]. Отдельной задачей российской и мировой систем здравоохранения является необходимость превентивного создания панкоронавирусных вакцинных препаратов, эффективных в том числе и против вариантов SARS-CoV-2, которые могут появиться в будущем в ходе эволюции патогена в человеческой популяции [1, 13].
Список литературы
-
Актуальная эпидемическая ситуация в России и мире. Информация Роспотребнадзора. URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/region/korono_virus/epid.php
-
«Спутник V» получил постоянную регистрацию. URL: https://ria.ru/20220204/sputnik-1771028369.html?utm_source=yxnews&utm_medium=desktop
-
Андреев И.В., Нечай К.О., Андреев А.И., Зубарёва А.П., Есаулова Д.Р., Аленова А.М. и др. Поствакцинальный и постинфекционный гуморальный иммунный ответ на инфекцию SARS-CoV-2. Иммунология. 2022. Т. 43, № 1. С. 18-32. DOI: https://doi.org/10.33029/0206-4952-2022-43-1-18-32
-
В Москве стартует вакцинация первоочередников от коронавируса. URL: https://ria.ru/20201205/vaktsinatsiya-1587769643.html
-
В России зарегистрировали вакцину от коронавируса «Конвасэл». URL: https://www.kp.ru/online/news/4671151/
-
Вакцины Pfizer и AstraZeneca вызывают 7 неврологических осложнений (fbm.ru). URL: https://fbm.ru/covid-19/vakciny-pfizer-i-astrazeneca-vyzyvajut-7-nevrologicheskih-oslozhnenij.html?utm_source=yxnews&utm_medium=desktop
-
Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 15 (22.02.2022)» (утв. Минздравом России). Москва, 2022. 245 с.
-
Государственный реестр лекарственных средств. URL: www.grls.rosminzdrav.ru
-
Гудима Г.О., Хаитов Р.М., Кудлай Д.А., Хаитов М.Р. Молекулярно-иммунологические аспекты диагностики, профилактики и лечения коронавирусной инфекции. Иммунология. 2021. Т. 42, № 3. С. 198–210. DOI: https://doi.org/10.33029/0206-4952-2021-42-3-198-210
-
Гурьянова С.В., Хаитов Р.М. Глюкозаминилмурамилдипептид — ГМДП: воздействие на мукозальный иммунитет (к вопросу иммунотерапии и иммунопрофилактики). Иммунология. 2020. Т. 41, № 2. С. 74–83.
-
Закурская В.Я., Сизякина Л.П., Харитонова М.В., Шлык С.В. Динамика специфического гуморального ответа у пациентов, перенесших COVID-19. Иммунология. 2022. Т. 43, № 1. С. 71–77. DOI: https://doi.org/10.33029/0206-4952-2022-43-1-0-0
-
Кармишин А.М., Борисевич И.В., Скворцова В.И., Горяев А.А., Юдин С.М. Вероятность возникновения инфекционного заболевания человека при эпидемии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021. Т. 23, № 1. С. 5–11.
-
Коронавирус: статистика. John Hopkins University Coronavirus Resource Center. URL: https://coronavirus.jhu.edu
-
Логунов Д.Ю., Народицкий Б.С., Гинцбург А.Л., Воробьев А.А. Генетические вакцины. Вестник Российской академии медицинских наук. 2005. № 1. С. 14–19. PMID: 15715149.
-
Минздрав Австрии: привитые в два раза лучше защищены от омикрон-штамма, чем непривитые. ТАСС. 2021. 30 ноября. URL: https://tass.ru/obschestvo/13066735
-
Минздрав России зарегистрировал третью российскую вакцину от COVID-19. URL: https://minzdrav.gov.ru/news/2021/02/20/16138-minzdrav-rossii-zaregistriroval-tretyu-rossiyskuyu-vaktsinu-ot-covid-19
-
Пащенков М.В., Хаитов М.Р. Иммунный ответ против эпидемических коронавирусов. Иммунология. 2020. Т. 41, № 1. С. 5–19.
-
Пинегин Б.В., Пащенков М.В., Пинегин В.Б., Хаитов Р.М. Эпителиальные клетки слизистых оболочек и новые подходы к иммунопрофилактике и иммунотерапии инфекционных заболеваний. Иммунология. 2020. Т. 41, № 6. С. 486–500.
-
Разрешение на проведение клинических испытаний № 197 от 08.04.2021 (препарат «ЭпиВакКорона-Н»). URL: www.grls.rosminzdrav.ru
-
Реестр разрешений на проведение клинических исследований лекарственных средств. URL: www.grls.rosminzdrav.ru
-
Рыжиков А.Б., Рыжиков Е.А., Богрянцева М.П., Гаврилова Е.В. и др. Пептидные иммуногены и вакцинная композиция против коронавирусной инфекции COVID-19 с использованием пептидных иммуногенов. Патент РФ RU2738081, заявка 2020133915 от 14.10.2020, дата регистрации 07.12.2020, опубл. 07.12.2020, Бюл. № 34-2020, 28.11.2020–10.12.2020.
-
Рыжиков А.Б., Рыжиков Е.А., Богрянцева М.П., Усова С.В. и др. Простое слепое плацебо-контролируемое рандомизированное исследование безопасности, реактогенности и иммуногенности вакцины «ЭпиВакКорона» для профилактики COVID-19 на добровольцах в возрасте 18–60 лет (фаза I–II). Инфекция и иммунитет. 2021. Т. 11, № 2. С. 283–296. URL: https://doi.org/10.15789/2220-7619-ASB-1699
-
Скворцова В.И. Изучение молекулярно-генетических механизмов влияния вируса SARS-CoV-2 на человека для разработки средств диагностики и защиты. Доклад на Общем собрании РАН, 14–15 декабря 2021 г., Москва. URL: https://fmba.gov.ru/upload/medialibrary/90f/2ylt93hxqqz2yn4ai0ud8fopk2owj24a/Prezentatsiya-V.I.-Skvortsovoy.pdf
-
Ученые доказали высокую эффективность «Спутника V» против дельта-штамма. РИА новости. 17.09.2021. URL: www.ria.ru
-
ФМБА России подало заявление в Минздрав России на государственную регистрацию вакцины Конвасэл® – Федеральное медико-биологическое агентство ФМБА России. URL: www.fmba.gov.ru
-
Хаитов Р.М. Иммуномодуляторы: мифы и реальность. Иммунология. 2020. Т. 41, № 2. С. 1–6.
-
Хаитов Р.М., Пинегин Б.В., Пащенков М.В. Эпителиальные клетки дыхательных путей как равноправные участники врожденного иммунитета и потенциальные мишени для иммунотропных средств. Иммунология. 2020. Т. 41, № 2. С. 7–13.
-
Центр им. Гамалеи может создать вакцину от ковида на основе сразу нескольких штаммов. URL: https://news.mail.ru/society/49624048/?frommail=1
-
Центр имени Гамалеи создал модификацию «Спутника V» под омикрон-штамм. Коммерсантъ. 14 декабря 2021. URL: https://www.kommersant.ru/doc/5129762
-
Эффективность вакцины «Спутник V» составила 97,6% по результатам анализа данных 3,8 млн вакцинированных россиян, что делает ее наиболее эффективной вакциной от коронавируса в мире. Sputnikvaccine.com. 19.04.2021. URL: https://rdif.ru/fullNews/6721/
-
A phase III, randomized, multi-centre, double blind, placebo controlled, study to evaluate efficacy, safety and immunogenicity of Novel Corona Virus -2019-nCov vaccine candidate of M/s Cadila Healthcare Limited (ctri.nic.in). Clinical Trials Registry India. 1 June 2021. CTRI/2021/01/030416.
-
A phase III, randomized, double-blind, placebo controlled trial to evaluate immunogenicity and safety of the gam-COVID-vac-combined vector vaccine in prophylactic treatment for SARS-SoV-2 infection in the United Arab Emirates. Clinicaltrials.gov. 2020. URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04656613
-
A randomized, double-blind, placebo controlled phase 1/2a study to evaluate the safety, reactogenicity, and immunogenicity of Ad26COVS1 in adults aged 18 to 55 years inclusive and adults aged 65 years and older. Clinicaltrials.gov. 2020. URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04436276
-
A randomized, double-blind, placebo controlled phase 3 study to assess the efficacy and safety of Ad26.COV2.S for the prevention of SARS-CoV-2-mediated COVID-19 in adults aged 18 years and older. Clinicaltrials.gov. 2020. URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04505722
-
A Study of Ad26.COV2.S for the Prevention of SARS-CoV-2-Mediated COVID-19 in Adult Participants (ENSEMBLE) (NCT04505722). URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04505722
-
A Study to Evaluate The Efficacy, Safety and Immunogenicity of Inactivated SARS-CoV-2 Vaccines (Vero Cell) in Healthy Population Aged 18 Years Old and Above (COVID-19). URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04510207
-
Abu-Raddad L.J., Chemaitelly H., Butt A.A.; National Study Group for COVID-19 Vaccination. Effectiveness of the BNT162b2 COVID-19 vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 variants. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 385, N 2. P. 187–189. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMc2104974
-
Accorsi E.K., Britton A., Fleming-Dutra K.E., Smith Z.R., Shang N., Derado G. et al. Association between 3 doses of mRNA COVID-19 vaccine and symptomatic infection caused by the SARS-CoV-2 omicron and delta variants. JAMA. 2022. Vol. 327, N 7. P. 639–651. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2022.0470
-
Agrawal A.S., Tao X., Algaissi A., Garron T., Narayanan K., Peng B.H. et al. Immunization with inactivated Middle East Respiratory Syndrome coronavirus vaccine leads to lung immunopathology on challenge with live virus. Hum. Vaccines Immunother. 2016. Vol. 12. P. 2351–2356.
-
Ahn J., Barber G.N. STING signaling and host defense against microbial infection. Exp. Mol. Med. 2019. Vol. 51. P. 1–10.
-
Al Kaabi N., Zhang Y., Xia S., Yang Y., Al Qahtani M.M., Abdulrazzaq N. et al. Effect of 2 inactivated SARS-CoV-2 vaccines on symptomatic COVID-19 infection in adults: a randomized clinical trial. JAMA. 2021. Vol. 326, N 1. P. 35–45. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2021.8565
-
Al-Amri S.S., Abbas A.T., Siddiq L.A., Alghamdi A., Sanki M.A., Al-Muhanna M.K. et al. Immunogenicity of candidate MERS-CoV DNA vaccines based on the spike protein. Sci. Rep. 2017. Vol. 7. Article ID 44875.
-
Aleem A., Akbar Samad A.B., Slenker A.K. Emerging Variants of SARS-CoV-2 And Novel Therapeutics Against Coronavirus (COVID-19). StatPearls [Internet]. Treasure Island, FL : StatPearls Publishing, 2022 Jan. PMID: 34033342.
-
Al-Jighefee H.T., Najjar H., Ahmed M.N., Qush A., Awwad S., Kamareddine L. COVID-19 vaccine platforms: challenges and safety contemplations. Vaccines. 2021. Vol. 9, N 10. P. 1196. DOI: https://doi.org/10.3390/vaccines9101196
-
Alter G., Gorman M., Patel N., Guebre-Xabier M., Zhu A., Atyeo C. et al. Collaboration between the Fab and Fc contribute to maximal protection against SARS-CoV-2 following NVX-CoV2373 subunit vaccine with Matrix-M™ vaccination. Res. Sq. 2021. Feb 15. Article ID rs.3.rs-200342. DOI: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-200342/v1
-
Altimmune Completes First Development Milestone Toward A Single-Dose Intranasal COVID-19. Vaccine. 2020. URL: https://ir.altimmune.com/news-releases/news-release-details/altimmunecompletes-first-development-milestone-toward-single
-
Alu A., Chen L., Lei H., Wei Y., Tian X., Wei X. Intranasal COVID-19 vaccines: From bench to bed. EBioMedicine. 2022. Vol. 76. Article ID 103841. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.103841
-
An Efficacy and Safety Clinical Trial of an Investigational COVID-19 Vaccine (BBV152) in Adult Volunteers. (NCT04641481). URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04641481
-
André F., Van Damme P., Safary A., Banatvala J. Inactivated hepatitis A vaccine: Immunogenicity, efficacy, safety and review of official recommendations for use. Expert Rev. Vaccines. 2002. Vol. 1. P. 9–23.
-
Aucouturier J., Dupuis L., Ganne V. Adjuvants designed for veterinary and human vaccines. Vaccine. 2001. Vol. 19. P. 2666–2672.
-
Aucouturier J., Dupuis L., Deville S., Ascarateil S., Ganne V. Montanide ISA 720 and 51: a new generation of water in oil emulsions as adjuvants for human vaccines. Expert Rev. Vaccines. 2002. Vol. 1, N 1. P. 111–118. DOI: https://doi.org/10.1586/14760584.1.1.111
-
B.1.1 decendant associated with Southern Africa with high number of Spike mutations # 343. URL: www.cov-lineages/pango-designation
-
Baden L.R., El Sahly H.M., Essink B., Kotloff K., Frey S., Novak, R. et al. Efficacy and safety of the mRNA-1273 SARS-CoV-2 vaccine. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 384. P. 403–416.
-
Bailly B., Guilpain L., Bouiller K. et al. BNT162b2 mRNA vaccination did not prevent an outbreak of SARS COV-2 variant 501Y.V2 in an elderly nursing home but reduced transmission and disease severity. Clin. Infect. Dis. 2022. Vol. 74, N 3. P. 517–520. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciab446
-
Bao M., Zhang Y., Wan M., Dai L., Hu X., Wu X. et al. Anti-SARS-CoV immunity induced by a novel CpG oligodeoxynucleotide. Clin. Immunol. 2006. Vol. 118. P. 180–187.
-
Baum A., Garcia-Sastre A. Induction of type I interferon by RNA viruses: cellular receptors and their substrates. Amino Acids. 2010. Vol. 38. P. 1283–1299.
-
Baylor N.W., Egan W., Richman P. Aluminum salts in vaccines. US perspective. Vaccine. 2002. Vol. 20. P. S18–S23.
-
Berry J.D., Hay K., Rini J.M., Yu M., Wang L., Plummer F.A. et al. Neutralizing epitopes of the SARS-CoV S-protein cluster independent of repertoire, antigen structure or mAb technology. mAbs. 2010. Vol. 2. P. 53–66.
-
Bezbaruah R., Borah P., Kakoti B.B., Al-Shar’I N.A., Chandrasekaran B., Jaradat D.M.M. et al. Developmental landscape of potential vaccine candidates based on viral vector for prophylaxis of COVID-19. Front. Mol. Biosci. 2021. Vol. 8. Article ID 635337. DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2021.635337
-
Boehm E., Kronig I., Neher R.A., Eckerle I., Vetter P., Kaiser L.; Geneva Centre for Emerging Viral Diseases. Novel SARS-CoV-2 variants: the pandemics within the pandemic. Clin. Microbiol. Infect. 2021. Vol. 27. P. 1109–1117.
-
Bouard D., Alazard-Dany D., Cosset F.L. Viral vectors: from virology to transgene expression. Br. J. Pharmacol. 2009. Vol. 157. P. 153–165. DOI: https://doi.org/10.1038/bjp.2008.349
-
Briggs D.J., Nagarajan T., Rupprecht C.E. Chapter 13 – rabies vaccines. Rabies. 3rd ed. / ed. A.C. Jackson. Boston, MA : Academic Press, 2013. P. 497–526.
-
Bright R.A., Carter D.M., Daniluk S., Toapanta F.R., Ahmad A., Gavrilov V. et al. Influenza virus-like particles elicit broader immune responses than whole virion inactivated influenza virus or recombinant hemagglutinin. Vaccine. 2007. Vol. 25. P. 3871–3878.
-
Bukreyev A., Lamirande E.W., Buchholz U.J., Vogel L.N., Elkins W.R., St Claire M. et al. Mucosal immunisation of African green monkeys (Cercopithecus aethiops) with an attenuated parainfluenza virus expressing the SARS coronavirus spike protein for the prevention of SARS. Lancet. 2004. Vol. 363. P. 2122–2127.
-
Burki T.K. The Russian vaccine for COVID-19. Lancet Respir. Med. 2020. Vol. 8, N 11. P. e85–e86. DOI: https://doi.org/10.1016/S2213-2600(20)30402-1
-
Cai X., Bai H., Zhang X. Vaccines and advanced vaccines: a landscape for advanced vaccine technology against infectious disease. COVID-19. Tumor. 2020. Vol. 12. P. 39. DOI: https://doi.org/10.31219/osf.io/ypgx4
-
Cai X., Zheng W., Pan S., Zhang S., Xie Y., Guo H. et al. A virus-like particle of the hepatitis B virus preS antigen elicits robust neutralizing antibodies and T cell responses in mice. Antiviral Res. 2018. Vol. 149. P. 48–57.
-
CDC Report — Myocarditis and Pericarditis Following mRNA COVID-19 Vaccination. URL: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/vaccines/safety/myocarditis.html
-
CDC. Prevention and vaccine Ebola (Ebola virus disease). CDC. 2020. URL: https://www.cdc.gov/vhf/ebola/prevention/index.html
-
Center for Disease Control and Prevention. URL: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#vaccinations
-
Centers For Disease Control and Prevention. URL: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/vaccines/safety/adverse-events.htm
-
Chavda V.P., Vora L.K., Pandya A.K., Patravale V.B. Intranasal vaccines for SARS-CoV-2: from challenges to potential in COVID-19 management. Drug Discov. Today. 2021. Vol. 26, N 11. P. 2619–2636.
-
Chemaitelly H., Yassine H.M., Benslimane F.M., Al Khatib H.A., Tang P., Hasan M.R. et al. mRNA-1273 COVID-19 vaccine effectiveness against the B.1.1.7 and B.1.351 variants and severe COVID-19 disease in Qatar. Nat. Med. 2021. Vol. 27. P. 1614–1621.
-
Chen W.-H., Strych U., Hotez P.J., Bottazzi M.E. The SARS-CoV-2 vaccine pipeline: an overview. Curr. Trop. Med. Rep. 2020. Vol. 7. P. 61–64. DOI: https://doi.org/10.1007/s40475-020-00201-6
-
Cheung E. China coronavirus: Hong Kong Researchers Have Already Developed Vaccine but Need Time to Test it, Expert Reveals: South China Morning Post. 2020. URL: https://www.scmp.com/news/hong-kong/healthenvironment/article/3047956/china-coronavirus-hong-kong-researchershave
-
China National Biotec Group Company Limited (29 October 2020). Multicenter, Randomized, Double Blind, Parallel Placebo Controlled, Phase III Clinical Trial to Evaluate the Protective Efficacy, Safety and Immunogenicity of Inactivated SARS-CoV-2 Vaccines (Vero Cell) in Healthy Population Aged 18 Years Old and Above.
-
Chunting H., Ming Q., Xun S. Highly pathogenic coronaviruses: thrusting vaccine development in the spotlight. Acta Pharm. Sin. B. 2020. Vol. 10, N 7. P. 1175–1191. DOI: https://doi.org/10.1016/j.apsb.2020.05.009
-
Clinical Trial of Efficacy and Safety of Sinovac’s Adsorbed COVID-19 (Inactivated) Vaccine in Healthcare Professionals — NCT04456595. ClinicalTrials.gov.
-
Clover Biopharmaceuticals. Clover Initiates Development of Recombinant Subunit-Trimer Vaccine for Wuhan Coronavirus (2019-ncov). 2020. URL: http://www.cloverbiopharma.com/index.php
-
Cobey S., Larremore D.B., Grad Y.H., Lipsitch M. Concerns about SARS-CoV-2 evolution should not hold back efforts to expand vaccination. Nat. Rev. Immunol. 2021. Vol. 21. P. 330–335.
-
Cockrell A.S., Baric R.S. An effective DNA vaccine platform for Middle East respiratory syndrome coronavirus. Ann. Transl. Med. 2016. Vol. 4. P. 499.
-
Codagenix. Codagenix and Serum Institute of India Initiate Co-Development of a Scalable, Live-Attenuated Vaccine Against the 2019 Novel Coronavirus, COVID-19. 2020. URL: https://www.prnewswire.com/newsreleases/codagenix-and-serum-institute-of-india-initiate-co-developmentof-a-scalable-live-attenuated-vaccine-against-the-2019-novel-coronavirus-covid-19-301004654.html
-
Cohen J. China’s vaccine gambit. Science. 2020. Vol. 370, N 6522. P. 1263–1267.
-
Coleman C.M., Venkataraman T., Liu Y.V., Glenn G.M., Smith G.E., Flyer D.C. et al. MERS-CoV spike nanoparticles protect mice from MERS-CoV infection. Vaccine. 2017. Vol. 35. P. 1586–1589.
-
Convalescent Plasma EUA Letter of Authorization 06032021. URL: https://www.fda.gov/media/141477/download
-
Conversation. 4 Things about mRNA COVID Vaccines Researchers Still Want to Find out. 2021. URL: https://theconversation.com/4-things-about-mrna-covid-vaccines-researchers-still-want-to-find-out-154160
-
Coronavirus Vaccine Tracker. The New York Times. URL: https://www.nytimes.com/interactive/2020/science/coronavirus-vaccine-tracker.html
-
Creative Biolabs. Viral vector vaccine design — creative biolabs. 2021. URL: https://www.creative-biolabs.com/vaccine/viral-vector-vaccine-design.htm
-
CureVac. About CureVac’s Activities Regarding an mRNA Based Vaccine Against COVID-19. 2020. URL: https://www.curevac.com/covid-19
-
De Siqueira I.C., Camelier A.A., Maciel E.A.P., Nonaka C.K.V., Neves M., Macedo Y.S.F. et al. Early detection of P.1 variant of SARS-CoV-2 in a cluster of cases in Salvador, Brazil. Int. J. Infect. Dis. 2021. Vol. 108. P. 252–255.
-
De Vera A. FDA grants EUA to COVID-19 vaccine Sinopharm manufactured by Wuhan affiliate. Manila Bulletin. August 25, 2021. URL: https://mb.com.ph/2021/08/25/fda-grants-eua-to-covid-19-vaccine-sinopharm-manufactured-by-wuhan-affiliate/
-
Dejnirattisai W., Shaw R.H., Supasa P., Liu C., Stuart A.S., Pollard A.J. et al.; Com-COV2 study Group. Reduced neutralisation of SARS-CoV-2 omicron B.1.1.529 variant by post-immunisation serum. Lancet. 2021. Vol. 399, N 10 321. P. 234–236. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02844-0
-
Dejnirattisai W., Zhou D., Supasa P., Liu C., Mentzer A.J., Ginn H.M., et al. Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2. Cell. 2021. Vol. 184. P. 2939–2954.
-
Deng Y., Lan J., Bao L., Huang B., Ye F., Chen Y. et al. Enhanced protection in mice induced by immunization with inactivated whole viruses compare to spike protein of middle east respiratory syndrome coronavirus. Emerg. Microb. Infect. 2018. Vol. 7. P. 60.
-
Dey A., Chozhavel Rajanathan T.M., Chandra H., Pericherla H.P., Kumar S., Choonia H.S. et al. Immunogenic potential of DNA vaccine candidate, ZyCoV-D against SARS-CoV-2 in animal models. Vaccine. 2021. Vol. 39, N 30. P. 4108–4116. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2021.05.098
-
Didier Laurent A.M., Morel S., Lockman L., Giannini S.L., Bisteau M., Carlsen H. et al. AS04, an aluminum salt- and TLR4 agonist-based adjuvant system, induces a transient localized innate immune response leading to enhanced adaptive immunity. J. Immunol. 2009. Vol. 183. P. 6186–6197.
-
Dolzhikova I.V., Iliukhina A.A., Kovyrshina A.V., Kuzina A.V., Gushchin V.A., Siniavin A.E. et al. Sputnik Light booster after Sputnik V vaccination induces robust neutralizing antibody response to B.1.1.529 (Omicron) SARS-CoV-2 variant. medRxiv. 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.12.17.21267976
-
Dolzhikova I.V., Tokarskaya E.A., Dzharullaeva A.S., Tukhvatulin A.I., Shcheblyakov D.V., Voronina O.L. et al. Virus-Vectored Ebola Vaccines. Acta Naturae. 2017. Vol. 9, N 3. P. 4–11. PMID: 29104771; PMCID: PMC5662269.
-
Dong Y., Dai T., Wei Y., Zhang L., Zheng M., Zhou F. A systematic review of SARS-CoV-2 vaccine candidates. Signal Transduct. Target Ther. 2020. Vol. 5. P. 237.
-
Dotan A., Shoenfeld Y. Perspectives on vaccine induced thrombotic thrombocytopenia. J. Autoimmun. 2021. Vol. 121. Article ID 102663.
-
Du L., Zhao G., Chan C.C., Li L., He Y., Zhou Y. et al. A 219-mer CHOexpressing receptor-binding domain of SARS-CoV S protein induces potent immune responses and protective immunity. Viral Immunol. 2010. Vol. 23. P. 211–219.
-
Du L., Zhao G., Chan C.C., Sun S., Chen M., Liu Z. et al. Recombinant receptor-binding domain of SARS-CoV spike protein expressed in mammalian, insect and E. coli cells elicits potent neutralizing antibody and protective immunity. Virology. 2009. Vol. 393. P. 144–150.
-
Du L., Zhao G., He Y., Guo Y., Zheng B.J., Jiang S. et al. Receptorbinding domain of SARS-CoV spike protein induces long-term protective immunity in an animal model. Vaccine. 2007. Vol. 25. P. 2832–2838.
-
Du L., Zhao G., Kou Z., Ma C., Sun S., Poon V.K. et al. Identification of a receptor-binding domain in the S protein of the novel human coronavirus Middle East respiratory syndrome coronavirus as an essential target for vaccine development. J. Virol. 2013. Vol. 87. P. 9939–9942.
-
Du L., Zhao G., Li L., He Y., Zhou Y., Zheng B.J. et al. Antigenicity and immunogenicity of SARS-CoV S protein receptor-binding domain stably expressed in CHO cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009. Vol. 384. P. 486–490.
-
Edara V.V., Floyd K., Lai L., Gardner M., Hudson W., Piantadosi A. et al. Infection and mRNA-1273 vaccine antibodies neutralize SARS-CoV-2 UK variant. medRxiv. 2021.
-
Ella R., Vadrevu K.M., Jogdand H., Prasad S., Reddy S., Sarangi V. et al. Safety and immunogenicity of an inactivated SARS-CoV-2 vaccine, BBV152: a double-blind, randomised, phase 1 trial. Lancet Infect. Dis. 2021. Vol. 21, N 5. P. 637–646. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30942-7
-
EMA Data. URL: https://www.ema.europa.eu/en/documents/covid-19-vaccine-safety-update/covid-19-vaccinesafety-update-spikevax-previously-covid-19-vaccine-moderna-5-february-2021_en.pdf
-
EMA рекомендовала включить миокардит и перикардит в список побочных эффектов двух вакцин. ТАСС. 10 июля 2021.
-
Eng N.F., Bhardwaj N., Mulligan R., Diaz-Mitoma F. The potential of 1018 ISS adjuvant in hepatitis B vaccines: HEPLISAV™ review. Hum. Vaccines Immunother. 2013. Vol. 9. P. 1661–1672.
-
Ertl H.C. Viral vectors as vaccine carriers. Curr. Opin. Virol. 2016. Vol. 21. P. 1–8. DOI: https://doi.org/10.1016/j.coviro.2016.06.001
-
European Medicines Agency. URL: https://www.ema.europa.eu/en/news/covid-19-vaccine-astrazeneca-pracpreliminary-view-suggests-no-specific-issue-batch-used-austria
-
Faber M., Lamirande E.W., Roberts A., Rice A.B., Koprowski H., Dietzschold B. et al. A single immunization with a rhabdovirusbased vector expressing severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) S protein results in the production of high levels of SARS-CoV-neutralizing antibodies. J. Gen. Virol. 2005. Vol. 86. P. 1435–1440.
-
Fett C., DeDiego M.L., Regla-Nava J.A., Enjuanes L., Perlman S. Complete protection against severe acute respiratory syndrome coronavirus-mediated lethal respiratory disease in aged mice by immunization with a mouse-adapted virus lacking E protein. J. Virol. 2013. Vol. 87. P. 6551–6559.
-
Folegatti P.M., Bittaye M., Flaxman A., Lopez F.R., Bellamy D., Kupke A. et al. Safety and immunogenicity of a candidate Middle East respiratory syndrome coronavirus viral-vectored vaccine: a dose-escalation, open-label, non-randomised, uncontrolled, phase 1 trial. Lancet Infect. Dis. 2020. Vol. 20, N 7. P. 816–826. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30160-2
-
Frieman M., Yount B., Agnihothram S., Page C., Donaldson E., Roberts A. et al. Molecular determinants of severe acute respiratory syndrome coronavirus pathogenesis and virulence in young and aged mouse models of human disease. J. Virol. 2012. Vol. 86. P. 884–897.
-
Fuenmayor J., Gòdia F., Cervera L. Production of virus-like particles for vaccines. New Biotechnol. 2017. Vol. 39, pt B. P. 174–180.
-
Gaebler C., Wang Z., Lorenzi J.C.C., Muecksch F., Finkin S., Tokuyama M. et al. Evolution of antibody immunity to SARS-CoV-2. Nature. 2021. Vol. 591, N 7851. P. 639–644. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03207-w
-
Gan N. China approves Sinopharm Covid-19 vaccine, promises free shots for all citizens. CNN. 31.12.2020. URL: https://edition.cnn.com/2020/12/30/asia/china-sinopharm-vaccine-efficacy-intl-hnk/index.html
-
Ganneru B., Jogdand H., Daram V.K., Das D., Molugu N.R., Prasad S.D. et al. Th1 skewed immune response of whole virion inactivated SARS CoV 2 vaccine and its safety evaluation. iScience. 2021. Vol. 24, N 4. Article ID 102298. DOI: https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.102298
-
Gao Q., Bao L., Mao H., Wang L., Xu K., Yang M. et al. Development of an inactivated vaccine candidate for SARS-CoV-2. Science. 2020. Vol. 369. P. 77–81.
-
Garcon N., Chomez P., Van Mechelen M. GlaxoSmithKline adjuvant systems in vaccines: concepts, achievements and perspectives. Expert Rev. Vaccines. 2007. Vol. 6. P. 723–739.
-
Gavin A.L., Hoebe K., Duong B., Ota T., Martin C. et al. Adjuvant-enhanced antibody responses in the absence of Toll-like receptor signaling. Science. 2006. Vol. 314. P. 1936–1938.
-
Geall A.J., Mandl C.W., Ulmer J.B. RNA: the new revolution in nucleic acid vaccines. Semin. Immunol. 2013. Vol. 25. P. 152–159.
-
Geovax and Bravovax (Wuhan, China) to Collaborate on Development of Coronavirus Vaccine. 2020. URL: https://www.geovax.com/news/geovax-and-bravovax-wuhan-china-to-collaborateon-development-of-coronavirus-vaccine
-
Global Burden of Disease Study 2013 Collaborators. Global, regional, and national incidence, prevalence, and years lived with disability for 301 acute and chronic diseases and injuries in 188 countries, 1990–2013: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2013. Lancet. 2015. Vol. 386. P. 743–800.
-
Graham R.L., Deming D.J., Deming M.E., Yount B.L., Baric R.S. Evaluation of a recombination-resistant coronavirus as a broadly applicable, rapidly implementable vaccine platform. Commun. Biol. 2018. Vol. 1. P. 179.
-
Greaney A.J., Loes A.N., Crawford K.H.D., Starr T.N., Malone K.D., Chu H.Y. et al. Comprehensive mapping of mutations in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human plasma antibodies. Cell Host Microbe. 2021. Vol. 29. P. 463–476.
-
Grifoni A., Sidney J., Zhang Y., Scheuermann R.H., Peters B., Sette A. A sequence homology and bioinformatic approach can predict candidate targets for immune responses to SARS-CoV-2. Cell Host Microbe. 2020. Vol. 27, N 4. P. 671–680.e2. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.03.002
-
Guo L., Ren L., Yang S., Xiao M., Chang D., Yang F. et al. Profiling early humoral response to diagnose novel coronavirus disease (COVID-19). Clin. Infect. Dis. 2020. Vol. 71, N 15. P. 778–785. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa310
-
Guo X., Deng Y., Chen H., Lan J., Wang W., Zou X. et al. Systemic and mucosal immunity in mice elicited by a single immunization with human adenovirus type 5 or 41 vector-based vaccines carrying the spike protein of Middle East respiratory syndrome coronavirus. Immunology. 2015. Vol. 145. P. 476–484.
-
Gushchin V.A., Dolzhikova I.V., Shchetinin A.M., Odintsova A.S., Siniavin A.E., Nikiforova M.A. et al. Neutralizing Activity of Sera from Sputnik V-Vaccinated People against Variants of Concern (VOC: B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.617.2, B.1.617.3) and Moscow Endemic SARS-CoV-2 Variants. Vaccines. 2021. Vol. 9. P. 779. DOI: https://doi.org/10.3390/vaccines9070779
-
Harper D.M., Franco E.L., Wheeler C., Ferris D.G., Jenkins D., Schuind A. et al. Efficacy of a bivalent L1 virus-like particle vaccine in prevention of infection with human papillomavirus types 16 and 18 in young women: a randomised controlled trial. Lancet. 2004. Vol. 364. P. 1757–1765.
-
He P., Zou Y., Hu Z. Advances in aluminum hydroxide-based adjuvant research and its mechanism. Hum. Vaccines Immunother. 2015. Vol. 11. P. 477–488.
-
He Y., Zhou Y., Siddiqui P., Jiang S. Inactivated SARS-CoV vaccine elicits high titers of spike protein-specific antibodies that block receptor binding and virus entry. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004. Vol. 325. P. 445–452.
-
Heath P.T., Galiza E.P., Baxter D.N., Boffito M., Browne D., Burns F., et al. Safety and Efficacy of NVX-CoV2373 COVID-19 vaccine. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 385. P. 1172–1183.
-
Heitmann J.S., Bilich T., Tandler C., Nelde A., Maringer Y., Marconato M. et al. A COVID-19 peptide vaccine for the induction of SARS-CoV-2 T cell immunity. Nature. 2022. Vol. 601, N 7894. P. 617–622. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04232-5
-
Helle F., Moyet J., Demey B., François C., Duverlie G., Castelain S. et al. Humoral anti-SARS-CoV-2 immune response after two doses of Comirnaty vaccine in nursing home residents by previous infection status. Vaccine. 2022. Vol. 40, N 3. P. 531–535. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2021.11.086
-
Ho M.S., Chen W.J., Chen H.Y., Lin S.F., Wang M.C., Di J. et al. Neutralizing antibody response and SARS severity. Emerg. Infect. Dis. 2005. Vol. 11. P. 1730–1737.
-
Hobernik D., Bros M. DNA vaccines-how far from clinical use? Int. J. Mol. Sci. 2018. Vol. 19. P. 3605.
-
URL: https://covid19.rosminzdrav.ru/wp-content/uploads/2021/01/1-i-1-155-1.pdf
-
URL: https://rg.ru/2021/03/13/gincburg-sputnik-v-pokazal-effektivnost-dlia-pozhilyh-liudej.html
-
URL: https://rg.ru/2022/01/18/centr-gamalei-razrabotal-test-na-virusnejtralizuiushchie-antitela-k-omikronu.html?utm_source=yxnews&utm_medium=desktop
-
URL: https://www.japantimes.co.jp/news/2021/12/29/national/science-health/one-shot-lifetime-covid-vaccine
-
Ikegame S., Siddiquey M., Hung C.T., Haas G., Brambilla L., Oguntuyo K.Y. et al. Neutralizing activity of Sputnik V vaccine sera against SARS-CoV-2 variants. Nat. Commun. 2021. Vol. 12, N 1. P. 4598. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-24909-9
-
Ishmukhametov A.A., Siniugina A.A., Yagovkina N.V., Kuzubov V.I., Zakharov K.A., Volok V.P. et al. Safety and immunogenicity of inactivated whole virion vaccine CoviVac against COVID-19: a multicenter, randomized, double-blind, placebo-controlled phase I/II clinical trial. medRxiv. 2022. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.02.08.22270658
-
URL: https://www.itv.com/news/2021-04-07/astrazeneca-vaccine-timeline-of-whats-happened-sinceeuropean-countries-suspended-use-of-covid-jab
-
Jensen F.C., Savary J.R., Diveley J.P., Chang J.C. Adjuvant activity of incomplete Freund’s adjuvant. Adv. Drug Deliv. Rev. 1998. Vol. 32. P. 173–186.
-
Kawai T., Akira S. Toll-like receptors and their crosstalk with other innate receptors in infection and immunity. Immunity. 2011. Vol. 34. P. 637–650.
-
Keshavarz-Fathi M., Rezaei N. Vaccines, adjuvants, and delivery systems. Vaccines for Cancer Immunotherapy. Elsevier, 2018. DOI: https://doi.org/10.1016/C2017-0-01055-8
-
Kim E., Okada K., Kenniston T., Raj V.S., AlHajri M.M., Farag E.A. et al. Immunogenicity of an adenoviral-based Middle East respiratory syndrome coronavirus vaccine in BALB/c mice. Vaccine. 2014. Vol. 32. P. 5975–5982.
-
Kim Y.S., Son A., Kim J., Kwon S.B., Kim M.H., Kim P. et al. Chapernamediated assembly of ferritin-based Middle East respiratory syndrome-coronavirus nanoparticles. Front. Immunol. 2018. Vol. 9. P. 1093.
-
Koch T., Dahlke C., Fathi A., Kupke A., Krähling V., Okba N.M.A. et al. Safety and immunogenicity of a modified vaccinia virus Ankara vector vaccine candidate for Middle East respiratory syndrome: an open-label, phase 1 trial. Lancet Infect. Dis. 2020. Vol. 20, N 7. P. 827–838. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30248-6
-
Komissarov A.A., Dolzhikova I.V., Efimov G.A., Logunov D.Y., Mityaeva O., Molodtsov I.A. et al. Boosting of the SARS-CoV-2-specific immune response after vaccination with single-dose sputnik light vaccine. J. Immunol. 2022. Vol. 208, N 5. P. 1139–1145. DOI: https://doi.org/10.4049/jimmunol.2101052
-
Koyama T., Weeraratne D., Snowdon J.L., Parida L. Emergence of drift variants that may affect COVID-19 vaccine development and antibody treatment. Pathogens. 2020. Vol. 9. P. 324.
-
Kozlovskaya L.I., Piniaeva A.N., Ignatyev G.M., Gordeychuk I.V., Volok V.P., Rogova Y.V. et al. Long-term humoral immunogenicity, safety and protective efficacy of inactivated vaccine against COVID-19 (CoviVac) in preclinical studies. Emerg. Microbes Infect. 2021. Vol. 10, N 1. P. 1790–1806. DOI: https://doi.org/10.1080/22221751.2021.1971569
-
Krammer F. SARS-CoV-2 vaccines in development. Nature. 2020. Vol. 586. P. 516–527.
-
Lan J., Yao Y., Deng Y., Chen H., Lu G., Wang W. et al. Recombinant receptor binding domain protein induces partial protective immunity in Rhesus macaques against Middle East respiratory syndrome coronavirus challenge. EBioMedicine. 2015. Vol. 2. P. 1438–1446.
-
Lan J., Deng Y., Chen H., Lu G., Wang W., Guo X. et al. Tailoring subunit vaccine immunity with adjuvant combinations and delivery routes using the Middle East respiratory coronavirus (MERS-CoV) receptor-binding domain as an antigen. PLoS One. 2014. Vol. 9. Article ID e112602.
-
Lan J., Ge J., Yu J., Shan S., Zhou H., Fan S. et al. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. 2020. Vol. 581. P. 215–220.
-
Lapa D., Grousova D.M., Matusali G., Meschi S., Colavita F., Bettini A. et al. Retention of neutralizing response against SARS-CoV-2 Omicron variant in Sputnik V vaccinated individuals. medRxiv. 2022. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.01.15.22269335
-
Lasaro M.O., Ertl H.C. New insights on adenovirus as vaccine vectors. Mol. Ther. 2009. Vol. 17. P. 1333–1339.
-
Latz E., Verma A., Visintin A., Gong M., Sirois C.M., Klein D.C. et al. Ligand-induced conformational changes allosterically activate Toll-like receptor 9. Nat. Immunol. 2007. Vol. 8. P. 772–779.
-
Ledford H. Oxford COVID-vaccine paper highlights lingering unknowns about results. Nature. 2020. Vol. 588. P. 378–379. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-020-03504-w
-
Lester S.N., Li K. Toll-like receptors in antiviral innate immunity. J. Mol. Biol. 2014. Vol. 426. P. 1246–1264.
-
Li F. Structure, function, and evolution of coronavirus spike proteins. Ann. Rev. Virol. 2016. Vol. 3. P. 237–261. DOI: https://doi.org/10.1146/annurev-virology-110615-042301
-
Li Y.-D., Chi W.-Y., Su J.-H., Ferrall L., Hung C.-F., Wu T.C. Coronavirus vaccine development: From SARS and MERS to COVID-19. J. Biomed. Sci. 2020. Vol. 27. P. 104.
-
Lidder P., Sonnino A. Chapter 1 – Biotechnologies for the management of genetic resources for food and agriculture. Advances in Genetics / eds S.F. Goodwin, T. Friedmann, J.C. Dunlap. Cambridge, MA, USA : Academic Press, 2012. Vol. 78. P. 1–167.
-
Lin L.C., Huang C.Y., Yao B.Y., Lin J.C., Agrawal A., Algaissi A. et al. Viromimetic STING agonist-loaded hollow polymeric nanoparticles for safe and effective vaccination against Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. Adv. Funct. Mater. 2019. Vol. 29. Article ID 1807616.
-
Liu L., Iketani S., Guo Y., Chan J.F., Wang M., Liu L. et al. Striking antibody evasion manifested by the omicron variant of SARS-CoV-2. Nature. 2022. Vol. 602, N 7898. P. 676–681. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04388-0
-
Liu Y.V., Massare M.J., Barnard D.L., Kort T., Nathan M., Wang L. et al. Chimeric severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARSCoV) S glycoprotein and influenza matrix 1 efficiently form virus-like particles (VLPs) that protect mice against challenge with SARS-CoV. Vaccine. 2011. Vol. 29. P. 6606–6613.
-
Liu Y., Liu J., Xia H., Zhang X., Fontes-Garfias C.R., Swanson K.A. et al. Neutralizing activity of BNT162b2-elicited serum. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 384. P. 1466–1468.
-
Liu Y., Liu J., Xia H., Zhang X., Zou J., Fontes-Garfias C.R. et al. BNT162b2-elicited neutralization against New SARS-CoV-2 spike variants. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 385. P. 472–474.
-
Logunov D.Y., Dolzhikova I.V., Zubkova O.V., Tukhvatulin A.I., Shcheblyakov D.V., Dzharullaeva A.S. et al. Safety and immunogenicity of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous primeboost COVID-19 vaccine in two formulations: two open, non-randomised phase 1/2 studies from Russia. Lancet. 2020. Vol. 396, N 10 255. P. 887–897. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31866-3
-
Logunov D.Y., Dolzhikova I.V., Shcheblyakov D.V., Tukhvatulin A.I., Zubkova O.V., Dzharullaeva A.S. et al.; Gam-COVID-Vac Vaccine Trial Group. Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia. Lancet. 2021. Vol. 397, N 10 275. P. 671–681. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)00234-8
-
Lokugamage K.G., Yoshikawa-Iwata N., Ito N., Watts D.M., Wyde P.R., Wang N. et al. Chimeric coronavirus-like particles carrying severe acute respiratory syndrome coronavirus (SCoV) S protein protect mice against challenge with SCoV. Vaccine. 2008. Vol. 26. P. 797–808.
-
Lundstrom K. Coronavirus pandemic-therapy and vaccines. Biomedicines. 2020. Vol. 8. P. 109. DOI: https://doi.org/10.3390/biomedicines8050109
-
Ma C., Li Y., Wang L., Zhao G., Tao X., Tseng C.T. et al. Intranasal vaccination with recombinant receptor-binding domain of MERSCoV spike protein induces much stronger local mucosal immune responses than subcutaneous immunization: implication for designing novel mucosal MERS vaccines. Vaccine. 2014. Vol. 32. P. 2100–2108.
-
Ma C., Wang L., Tao X., Zhang N., Yang Y., Tseng C.K. et al. Searching for an ideal vaccine candidate among different MERS coronavirus receptor-binding fragments — the importance of immunofocusing in subunit vaccine design. Vaccine. 2014. Vol. 32. P. 6170–6176.
-
Madhi S.A., Baillie V., Cutland C.L., Voysey M., Koen A.L., Fairlie L. et al. Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 COVID-19 vaccine against the B.1.351 variant. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 384. P. 1885–1898.
-
Mahase E. COVID-19: Russian vaccine efficacy is 91.6%, show phase III trial results. BMJ. (Clin. Res. Ed.). 2021. Vol. 372. P. n309. DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.n309
-
Manam S., Ledwith B.J., Barnum A.B., Troilo P.J., Pauley C.J., Harper L.B. et al. Plasmid DNA vaccines: Tissue distribution and effects of DNA sequence, adjuvants and delivery method on integration into host DNA. Intervirology. 2000. Vol. 43. P. 273–281.
-
Martin J.E., Louder M.K., Holman L.A., Gordon I.J., Enama M.E., Larkin B.D. et al. A SARS DNA vaccine induces neutralizing antibody and cellular immune responses in healthy adults in a Phase I clinical trial. Vaccine. 2008. Vol. 26. P. 6338–6343.
-
Medicine Nebraska. Novavax Vaccine Results: How Effective is it against Variants? 2021. URL: https://www.nebraskamed.com/COVID/novavax-vaccine-results-how-effective-is-it-against-variants
-
Menni C., Klaser K., May A., Polidori L., Capdevila J., Louca P. et al. Vaccine side-effects and SARS-CoV-2 infection after vaccination in users of the COVID Symptom Study app in the UK: a prospective observational study. Lancet Infect Dis. 2021. Vol. 21, N 7. P. 939–949. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00224-3
-
Mercado N.B., Zahn R., Wegmann F., Loos C., Chandrashekar A., Yu J. et al. Single-shot Ad26 vaccine protects against SARS-CoV-2 in rhesus macaques. Nature. 2020. Vol. 586. P. 583–588. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2607-z
-
Ministros de Salud de todo el país consensuaron redoblar esfuerzos para completar los esquemas de vacunación en mayores de 40 años. — Ministerio de Salud. 01 de julio de 2021. URL: www.argentina.gob.ar/noticias/ministros-de-salud-de-todo-el-pais-consensuaron-redoblar-esfuerzos-para-completar-los
-
Modjarrad K., Roberts C.C., Mills K.T., Castellano A.R., Paolino K., Muthumani K. et al. Safety and immunogenicity of an anti-Middle East respiratory syndrome coronavirus DNA vaccine: a phase 1, open-label, single-arm, dose-escalation trial. Lancet Infect. Dis. 2019. Vol. 19. P. 1013–1022.
-
Molodtsov I.A., Kegeles E., Mitin A.N., Mityaeva O., Musatova O.E., Panova A.E. et al. SARS-CoV-2 specific T cells and antibodies in COVID-19 protection: a prospective study. medRxiv. 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.08.19.21262278
-
Mubarak A., Alturaiki W., Hemida M.G. Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV): infection, immunological response, and vaccine development. J. Immunol. Res. 2019. Vol. 2019. Article ID 6491738.
-
Munoz M., Patino L.H., Ballesteros N., Paniz-Mondolfi A., Ramirez J.D. Characterizing SARS-CoV-2 genome diversity circulating in South American countries: signatures of potentially emergent lineages? Int. J. Infect. Dis. 2021. Vol. 105. P. 329–332.
-
Murdin A.D., Barreto L., Plotkin S. Inactivated poliovirus vaccine: past and present experience. Vaccine. 1996. Vol. 14. P. 735–746.
-
Muthumani K., Falzarano D., Reuschel E.L., Tingey C., Flingai S., Villarreal D.O. et al. A synthetic consensus anti-spike protein DNA vaccine induces protective immunity against Middle East respiratory syndrome coronavirus in nonhuman primates. Sci. Transl. Med. 2015. Vol. 7. P. 301ra132.
-
Mwenda M., Saasa N., Sinyange N., Busby G., Chipimo P.J., Hendry J. et al. Detection of B.1.351 SARS-CoV-2 variant strain — Zambia, December 2020. MMWR Morb. Mortal. Wkly. Rep. 2021. Vol. 70. P. 280–282.
-
Nassar M., Nso N., Gonzalez C., Lakhdar S., Alshamam M., Elshafey M. et al. COVID-19 vaccine-induced myocarditis: case report with literature review. Diabetes Metab. Syndr. 2021. Vol. 15, N 5. Article ID 102205. DOI: https://doi.org/10.1016/j.dsx.2021.102205
-
Netland J., DeDiego M.L., Zhao J., Fett C., Alvarez E., Nieto-Torres J.L. et al. Immunization with an attenuated severe acute respiratory syndrome coronavirus deleted in E protein protects against lethal respiratory disease. Virology. 2010. Vol. 399. P. 120–128.
-
Nogrady B. Mounting evidence suggests Sputnik COVID vaccine is safe and effective. Nature. 2021. Vol. 595, N 7867. P. 339–340. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-01813-2
-
Novavax says COVID vaccine triggers immune response to Omicron variant. URL: https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/novavax-says-covid-vaccine-boosts-response-omicron-variant-2021-12-22/
-
O’Hagan D.T., Ott G.S., De Gregorio E., Seubert A. The mechanism of action of MF59dan innately attractive adjuvant formulation. Vaccine. 2012. Vol. 30. P. 4341–4348.
-
Omicron: severity and VE Imperial College COVID-19 Response Team. 2022. URL: https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1046479/S1479_Imperial_Severity.pdf
-
Oshiumi H., Matsumoto M., Funami K., Akazawa T., Seya T. TICAM-1, an adaptor molecule that participates in Toll-like receptor 3-mediated interferon-beta induction. Nat. Immunol. 2003. Vol. 4. P. 161–167.
-
Ou X., Liu Y., Lei X., Li P., Mi D., Ren L. et al. Characterization of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 on virus entry and its immune cross-reactivity with SARS-CoV. Nat. Commun. 2020. Vol. 11. P. 1620. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-020-15562-9
-
Pardi N., Hogan M.J., Porter F.W., Weissman D. mRNA vaccines — a new era in vaccinology. Nat. Rev. Drug Discov. 2018. Vol. 17. P. 261–279.
-
Park J.H., Lee H.K. Delivery routes for COVID-19 vaccines. Vaccines. 2021. Vol. 9, N 5. P. 524.
-
Pascual-Iglesias A., Canton J., Ortega-Prieto A.M., Jimenez-Guardeño J.M., Regla-Nava J.A. An overview of vaccines against SARS-CoV-2 in the COVID-19 pandemic era. Pathogens. 2021. Vol. 10, N 8. P. 1030. DOI: https://doi.org/10.3390/pathogens10081030
-
Patil H.P., Murugappan S., ter Veer W., Meijerhof T., de Haan A., Frijlink H.W. et al. Evaluation of monophosphoryl lipid A as adjuvant for pulmonary delivered influenza vaccine. J. Contr. Release. 2014. Vol. 174. P. 51–62.
-
Peacock T.P., Penrice-Randal R., Hiscox J.A., Barclay W.S. SARS-CoV-2 one year on: Evidence for ongoing viral adaptation. J. Gen. Virol. 2021. Vol. 102. Article ID 001584.
-
Pfizer-BioNTech COVID-19 vaccine (BNT162, PF-07302048). URL: https://www.fda.gov/media/144246/download
-
PHE. Effectiveness of COVID-19 Vaccines against Hospital Admission with the Delta (B.1.617.2) Variant. URL: https://khub.net/web/phe-national/public-library/-/document_library/v2WsRK3ZlEig/view_file/479607329?_com_liferay_document_library_web_portlet_DLPortlet_INSTANCE_v2WsRK3ZlEig_redirect=https
-
Plante J.A., Mitchell B.M., Plante K.S., Debbink K., Weaver S.C., Menachery V.D. The variant gambit: COVID-19’s next move. Cell Host Microbe. 2021. Vol. 29. P. 508–515.
-
Polack F.P., Thomas S.J., Kitchin N., Absalon J. et al. Safety and efficacy of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine. N. Engl. J. Med. 2020. Vol. 383, N 27. P. 2603–2615. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2034577
-
Precision vaccination. Ad5-nCoV COVID-19 vaccine. 2020. URL: https://www.precisionvaccinations.com/vaccines/ad5-ncov-covid-19-vaccine
-
Puranik A., Lenehan P.J., Silvert E., Niesen M., Corchado-Garcia J., O’Horo J.C. et al. Comparison of two highly-effective mRNA vaccines for COVID-19 during periods of Alpha and Delta variant prevalence. medRxiv. 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.08.06.21261707
-
Ramezanpour B., Haan I., Osterhaus A., Claassen E. Vector-based genetically modified vaccines: exploiting Jenner’s legacy. Vaccine. 2016. Vol. 34. P. 6436–6448. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.06.059
-
Randomized, double-blind, placebo controlled, clinical trial of the immunogenicity, safety, and efficacy of the gam-COVID-vac combined vector vaccine in prophylactic treatment for SARS-SoV-2 infection. 2020. URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04642339
-
Rauch S., Jasny E., Schmidt K.E., Petsch B. New vaccine technologies to combat outbreak situations. Front. Immunol. 2018. Vol. 9. P. 1963. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01963
-
Reichmuth A.M., Oberli M.A., Jaklenec A., Langer R., Blankschtein D. mRNA vaccine delivery using lipid nanoparticles. Ther. Deliv. 2016. Vol. 7. P. 319–334.
-
Reimer J.M., Karlsson K.H., Lövgren-Bengtsson K., Magnusson S.E., Fuentes A., Stertman L. Matrix-M™ adjuvant induces local recruitment, activation and maturation of central immune cells in absence of antigen. PLoS One. 2012. Vol. 7, N 7. Article ID e41451. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041451
-
Remmel A. Why is it so hard to investigate the rare side effects of COVID vaccines? Nature. 2021. Apr 1. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-00880-9
-
Restifo N.P., Ying H., Hwang L., Leitner W.W. The promise of nucleic acid vaccines. Gene Ther. 2000. Vol. 7. P. 89–92.
-
Robbiani D.F., Gaebler C., Muecksch F., Lorenzi J.C.C., Wang Z., Cho A. et al. Convergent antibody responses to SARS-CoV-2 in convalescent individuals. Nature. 2020. Vol. 584, N 7821. P. 437–442. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2456-9
-
Robert-Guroff M. Replicating and non-replicating viral vectors for vaccine development. Curr. Opin. Biotechnol. 2007. Vol. 18. P. 546–556. DOI: https://doi.org/10.1016/j.copbio.2007. 10.010
-
Rogers S., Lowenthal A., Terheggen H.G., Columbo J.P. Induction of arginase activity with the Shope papilloma virus in tissue culture cells from an argininemic patient. J. Exp. Med. 1973. Vol. 137. P. 1091. DOI: https://doi.org/10.1084/jem.137.4.1091
-
Sadoff J., Le Gars M., Shukarev G., Heerwegh D., Truyers C., de Groot A. M. et al. Interim Results of a Phase 1-2a Trial of Ad26.COV2.S Covid-19 Vaccine. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 384, N 19. P. 1824–1835. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa203420
-
Sadoff J., Gray G., Vandebosch A., Cardenas V., Shukarev G., Grinsztejn B. et al. Safety and Efficacy of single-dose Ad26.COV2.S vaccine against COVID-19. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 384. P. 2187–2201.
-
SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. UK Health Security Agency. Technical Briefing 31. 10 December 2021.URL: www.ukhsa.gov.uk, https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1042367/technical_briefing-31-10-december-2021.pdf
-
Sastry M., Zhang B., Chen M., Joyce M.G., Kong W.P., Chuang G.Y. et al. Adjuvants and the vaccine response to the DS-Cav1-stabilized fusion glycoprotein of respiratory syncytial virus. PLoS One. 2017. Vol. 12. Article ID e0186854.
-
See R.H., Petric M., Lawrence D.J., Mok C.P.Y., Rowe T., Zitzow L.A. et al. Severe acute respiratory syndrome vaccine efficacy in ferrets: whole killed virus and adenovirus-vectored vaccines. J. Gen. Virol. 2008. Vol. 89. P. 2136–2146.
-
Sekimukai H., Iwata-Yoshikawa N., Fukushi S., Tani H., Kataoka M., Suzuki T. et al. Gold nanoparticle-adjuvanted S protein induces a strong antigen-specific IgG response against severe acute respiratory syndrome-related coronavirus infection, but fails to induce protective antibodies and limit eosinophilic infiltration in lungs. Microbiol. Immunol. 2020. Vol. 64. P. 33–51.
-
Sesardic D., Dobbelaer R. European Union regulatory developments for new vaccine adjuvants and delivery systems. Vaccine. 2004. Vol. 22. P. 2452–2456.
-
Sethuraman N., Jeremiah S.S., Ryo A. Interpreting diagnostic tests for SARS-CoV-2. JAMA. 2020. Vol. 323, N 22. P. 2249–2251. DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.8259
-
Sharifa Nasreen, Hannah Chung, Siyi He, Kevin A. Brown, Jonathan B. Gubbay. Effectiveness of COVID-19 vaccines against variants of concern in Ontario, Canada. medRxiv. 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.06.28.21259420
-
Shay D.K., Shimabukuro T.T., DeStefano F. Myocarditis occurring after immunization with mRNA-Based COVID-19 vaccines. JAMA Cardiol. 2021. Vol. 6, N 10. P. 1115–1117. DOI: https://doi.org/10.1001/jamacardio.2021.2821 PMID: 34185047.
-
Singh D.D., Parveen A., Yadav D.K. SARS-CoV-2: emergence of new variants and effectiveness of vaccines. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2021. Vol. 11. Article ID 777212. DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.777212
-
Skowronski D.M., De Serres G. Safety and efficacy of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine. N. Engl. J. Med. 2021. Vol. 384. P. 1576–1577. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMc2036242
-
Splawn L.M., Bailey C.A., Medina J.P., Cho J.C. Heplisav-B vaccination for the prevention of hepatitis B virus infection in adults in the United States. Drugs Today (Barc.). 2018. Vol. 54. P. 399–405.
-
Spruth M., Kistner O., Savidis-Dacho H., Hitter E., Crowe B., Gerencer M. et al. A double-inactivated whole virus candidate SARS coronavirus vaccine stimulates neutralising and protective antibody responses. Vaccine. 2006. Vol. 24. P. 652–661.
-
Staff Reuters. China Sinopharm’s coronavirus vaccine taken by about a million people in emergency use. Reuters (November 19, 2020). URL: https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-vaccine-sinopharm-idUSKBN27Z0PY
-
Steinbuck M.P., Seenappa L.M., Jakubowski A., McNeil L.K., Haqq C.M., DeMuth P.C. A lymph node-targeted Amphiphile vaccine induces potent cellular and humoral immunity to SARS-CoV-2. Sci. Adv. 2021. Vol. 7, N 6. Article ID eabe5819. DOI: https://doi.org/10.1126/sciadv.abe5819
-
Stills H.F. Jr. Adjuvants and antibody production: dispelling the myths associated with Freund’s complete and other adjuvants. ILAR J. 2005. Vol. 46. P. 280–293.
-
Study in Adults to Determine the Safety and Immunogenicity of AZD1222, a Non-replicating ChAdOx1 Vector Vaccine, Given in Combination With rAd26-S, Recombinant Adenovirus Type 26 Component of Gam-COVID-Vac Vaccine, for the Prevention of COVID-19. ClinicalTrials.gov. NCT04686773.
-
Stuewart-Tull D.E., Shimono T., Kotani S., Knights B.A. Immunosuppressive effect in mycobacterial adjuvant emulsions of mineral oils containing low molecular weight hydrocarbons. Int. Arch. Allergy Appl. Immunol. 1976. Vol. 52. P. 118–128.
-
Supasa P., Zhou D., Dejnirattisai W., Liu C., Mentzer A.J., Ginn H.M. et al. Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera. Cell. 2021. Vol. 184. P. 2201–2211.e2207.
-
Suthar M.S., Zimmerman M., Kauffman R., Mantus G., Linderman S., Vanderheiden A. et al. Rapid generation of neutralizing antibody responses in COVID-19 patients. Cell Rep. Med. 2020. Vol. 1, N 3. Article ID 100040. DOI: https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2020.100040
-
Tada T., Zhou H., Dcosta B.M., Samanovic M.I., Mulligan M.J., Landau N.R. The Spike Proteins of SARS-CoV-2 B.1.617 and B.1.618 Variants Identified in India Provide Partial Resistance to Vaccine-elicited and Therapeutic Monoclonal Antibodies. bioRxiv. 2021.
-
Tai W., He L., Zhang X., Pu J., Voronin D., Jiang S. et al. Characterization of the receptor-binding domain (RBD) of 2019 novel coronavirus: implication for development of RBD protein as a viral attachment inhibitor and vaccine. Cell. Mol. Immunol. 2020. Vol. 17. P. 613–620. DOI: https://doi.org/10.1038/s41423-020-0400-4
-
Tai W., Zhao G., Sun S., Guo Y., Wang Y., Tao X. et al. A recombinant receptor-binding domain of MERS-CoV in trimeric form protects human dipeptidyl peptidase 4 (hDPP4) transgenic mice from MERSCoV infection. Virology. 2016. Vol. 499. P. 375–382.
-
Takamura S. Persistence in temporary lung niches: a survival strategy of lung resident memory CD8+ T cells. Viral Immunol. 2017. Vol. 30. P. 438–450.
-
Tan L., Sun X. Recent advances in mRNAvaccine delivery. Nano Res. 2018. Vol. 11. P. 5338–5354.
-
Tang F., Quan Y., Xin Z.T., Wrammert J., Ma M.J., Lv H. et al. Lack of peripheral memory B cell responses in recovered patients with severe acute respiratory syndrome: a six-year follow-up study. J. Immunol. 2011. Vol. 186. P. 7264–7268.
-
Tanimura N., Saitoh S., Matsumoto F., Akashi-Takamura S., Miyake K. Roles for LPS-dependent interaction and relocation of TLR4 and TRAM in TRIF-signaling. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008. Vol. 368. P. 94–99.
-
Tegally H., Wilkinson E., Giovanetti M., Iranzadeh A., Fonseca V., Giandhari J. et al. Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv. 2020.
-
The Scientist. Vector-based vaccines come to the fore in the COVID-19 pandemic. Sci. Mag. 2020. URL: https://www.the-scientist.com/news-opinion/vector-based-vaccines-come-to-the-fore-in-the-covid-19-pandemic-67915
-
Tiboni M., Casettari L., Illum L. Nasal vaccination against SARS CoV-2: synergistic or alternative to intramuscular vaccines? Int. J. Pharm. 2021. Vol. 603. Article ID 120686.
-
Tomai M.A., Vasilakos J.P. Toll-like receptor 7 and 8 agonists for vaccine adjuvant use. Immunopotentiators in Modern Vaccines. 2nd ed. / ed. V.E.J.C. Schijns, D.T. O’Hagan. Elsevier, 2017.
-
Tostanoski L.H., Wegmann F., Martinot A.J., Loos C., McMahan K., Mercado N.B. et al. Ad26 vaccine protects against SARS-CoV-2 severe clinical disease in hamsters. Nat. Med. 2020. Vol. 26. P. 1694–1697. DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-020-1070-6
-
Totura A.L., Whitmore A., Agnihothram S., Schafer A., Katze M.G., Heise M.T. et al. Toll-like receptor 3 signaling via TRIF contributes to a protective innate immune response to severe acute respiratory syndrome coronavirus infection. mBio. 2015. Vol. 6. Article ID e00638e15.
-
Tseng C.T., Sbrana E., Iwata-Yoshikawa N., Newman P.C., Garron T., Atmar R.L. et al. Immunization with SARS coronavirus vaccines leads to pulmonary immunopathology on challenge with the SARS virus. PLoS One. 2012. Vol. 7. Article ID e35421.
-
Tukhvatulin A.I., Dolzhikova I.V., Shcheblyakov D.V., Zubkova O.V., Dzharullaeva A.S., Kovyrshina A.V. et al. An open, non-randomised, phase 1/2 trial on the safety, tolerability, and immunogenicity of single-dose vaccine «Sputnik Light» for prevention of coronavirus infection in healthy adults. Lancet Reg. Health Eur. 2021. Vol. 11. Article ID 100241. DOI: https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2021.100241
-
U.S. Food and Drug Administration. Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine. URL: https://www.fda.gov/emergencypreparedness-and-response/coronavirus-disease-2019-covid-19/pfizer-biontech-covid-19-vaccine
-
Universidad Peruana Cayetano Heredia (3 November 2020). Efficacy, Safety and Immunogenicity of Inactivated SARS-CoV-2 Vaccines (Vero Cell) to Prevent COVID-19 in Healthy Adult Population In Peru Healthy Adult Population In Peru (COVID-Peru). NCT04612972.
-
Ura T., Okuda K., Shimada M. Developments in viral vector-based vaccines. Vaccines (Basel). 2014. Vol. 2. P. 624–641. DOI: https://doi.org/10.3390/vaccines2030624
-
van Riel D., de Wit E. Next-generation vaccine platforms for COVID-19. Nat. Mater. 2020. Vol. 19. P. 810–812. DOI: https://doi.org/10.1038/s41563-020-0746-0
-
Vellozzi C., Burwen D.R., Dobardzic A., Ball R., Walton K., Haber P. Safety of trivalent inactivated influenza vaccines in adults: Background for pandemic influenza vaccine safety monitoring. Vaccine. 2009. Vol. 27. P. 2114–2120.
-
Viroclinics Xplore. International Partnership Progresses UQ COVID-19 Vaccine Project. 2020. URL: https://www.uq.edu.au/news/article/2020/04/international-partnership-progresses-uq-covid-19-vaccineproject
-
Vokó Z., Kiss Z., Surján G., Surján O., Barcza Z., Pályi B. et al. Nationwide effectiveness of five SARS-CoV-2 vaccines in Hungary — the HUN-VE study. Clin. Microbiol. Infect. 2022. Vol. 28, N 3. P. 398–404. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cmi.2021.11.011
-
Volz A., Kupke A., Song F., Jany S., Fux R., Shams-Eldin H. et al. Protective efficacy of recombinant modified vaccinia virus Ankara delivering Middle East Respiratory Syndrome coronavirus spike glycoprotein. J. Virol. 2015. Vol. 89. P. 8651–9656.
-
Voysey M., Clemens S.A.C., Madhi S.A., Weckx L.Y., Folegatti P.M., Aley P.K. et al. Safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 vaccine (AZD1222) against SARS-CoV-2: an interim analysis of four randomized controlled trials in Brazil, South Africa, and the UK. Lancet. 2021. Vol. 397. P. 99–111. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)32661-1
-
Walker A.S., Vihta K.-D., Gethings O., Pritchard E., Jones J., House T. et al. Increased infections, but not viral burden, with a new SARS-CoV-2 variant. medRxiv. 2021.
-
Wang C., Zheng X., Gai W., Wong G., Wang H., Jin H. et al. Novel chimeric virus-like particles vaccine displaying MERS-CoV receptor-binding domain induce specific humoral and cellular immune response in mice. Antiviral Res. 2017. Vol. 140. P. 55–61.
-
Wang Y., Tai W., Yang J., Zhao G., Sun S., Tseng C.K. et al. Receptor-binding domain of MERS-CoV with optimal immunogen dosage and immunization interval protects human transgenic mice from MERS-CoV infection. Hum. Vaccines Immunother. 2017. Vol. 13. P. 1615–1624.
-
Wang F., Kream R.M., Stefano G.B. An evidence based perspective on mRNA-SARS-CoV-2 vaccine development. Med. Sci. Monit. 2020. Vol. 26. Article ID e924700.
-
Wang P., Nair M.S., Liu L., Iketani S., Luo Y., Guo Y. et al. Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variants B. 1.351 and B.1.1.7 to Antibody Neutralization. bioRxiv. 2021.
-
Wang Z., Troilo P., Wang X., Griffiths T., Pacchione S., Barnum A. et al. Detection of integration of plasmid DNA into host genomic DNA following intramuscular injection and electroporation. Gene Ther. 2004. Vol. 11. P. 711–721.
-
Weisblum Y., Schmidt F., Zhang F., DaSilva J., Poston D., Lorenzi J.C.C. et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. bioRxiv. 2020.
-
Weissman D., Alameh M.G., de Silva T., Collini P., Hornsby H., Brown R. et al. D614G spike mutation increases SARS CoV-2 susceptibility to neutralization. Cell Host Microbe. 2021. Vol. 29. P. 23–31.e24.
-
WHO Approval of Chinese CoronaVac COVID Vaccine Will Be Crucial to Curbing Pandemic. URL: https://www.nature.com/articles/d41586-021-01497-8
-
WHO Coronavirus (COVID-19) Dashboard. URL: www.covid19.who.int
-
WHO Draft Landscape and Tracker of COVID-19 Candidate Vaccines. 2021. URL: https://www.who.int/publications/m/item/draft-landscape-of-covid-19-candidate-vaccines
-
WHO. Draft Landscape of COVID-19 Candidate Vaccines. 2020. URL: https://www.who.int/publications/m/item/draft-landscape-of-covid-19-candidate-vaccines
-
Wolff J.A., Ludtke J.J., Acsadi G., Williams P., Jani A. Long-term persistence of plasmid DNA and foreign gone expression in mouse muscle. Hum. Mol. Genet. 1992. Vol. 1. P. 363–369.
-
World Health Organization. Novel Coronavirus — China. 2020. URL: https://www.who.int/csr/don/12-january-2020-novel-coronaviruschina/en/
-
World Health Organization. R&D Blueprint and COVID-19. 2020. URL: https://www.who.int/teams/blueprint/covid-19
-
Wrapp D., Wang N., Corbett K.S., Goldsmith J.A., Hsieh C.L., Abiona O. et al. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science. 2020. Vol. 367. P. 1260–1263. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abb2507
-
Wu Z., Hu Y., Xu M., Chen Z., Yang W., Jiang Z. et al. Safety, tolerability, and immunogenicity of an inactivated SARS-CoV-2 vaccine (CoronaVac) in healthy adults aged 60 years and older: a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 1/2 clinical trial. Lancet Infect. Dis. 2021. Vol. 21, N 6. P. 803–812. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30987-7
-
Wu K., Werner A.P., Moliva J.I., Koch M., Choi A., Stewart-Jones G. et al. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. bioRxiv. 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.01.25.427948
-
Xie X., Liu Y., Liu J., Zhang X., Zou J., Fontes-Garfias C.R. et al. Neutralization of SARS-CoV-2 spike 69/70 deletion, E484K and N501Y variants by BNT162b2 vaccine-elicited sera. Nat. Med. 2021. Vol. 27. P. 620–621.
-
Yadav T., Srivastava N., Mishra G., Dhama K., Kumar S., Puri B. et al. Recombinant vaccines for COVID-19. Hum. Vaccines Immunother. 2020. Vol. 16. P. 2905–2912. DOI: https://doi.org/10.1080/21645515.2020.1820808
-
Zakhartchouk A.N., Sharon C., Satkunarajah M., Auperin T., Viswanathan S., Mutwiri G. et al. Immunogenicity of a receptorbinding domain of SARS coronavirus spike protein in mice: implications for a subunit vaccine. Vaccine. 2007. Vol. 25. P. 136–143.
-
Zakhartchouk A.N., Liu Q., Petric M., Babiuk L.A. Augmentation of immune responses to SARS coronavirus by a combination of DNA and whole killed virus vaccines. Vaccine. 2005. Vol. 23. P. 4385–4391.
-
Zhang N., Channappanavar R., Ma C., Wang L., Tang J., Garron T. et al. Identification of an ideal adjuvant for receptor-binding domain-based subunit vaccines against Middle East respiratory syndrome coronavirus. Cell. Mol. Immunol. 2016. Vol. 13. P. 180–190.
-
Zhang L., Jackson C.B., Mou H., Ojha A., Peng H., Quinlan B.D. et al. SARS-CoV-2 spike-protein D614G mutation increases virion spike density and infectivity. Nat. Commun. 2020. Vol. 11. P. 6013.
-
Zhao J., Alshukairi A.N., Baharoon S.A., Ahmed W.A., Bokhari A.A., Nehdi A.M. et al. Recovery from the Middle East respiratory syndrome is associated with antibody and T-cell responses. Sci. Immunol. 2017. Vol. 2. Article ID eaan5393.
-
Zhao J., Li K., Wohlford-Lenane C., Agnihothram S.S., Fett C., Zhao J. et al. Rapid generation of a mouse model for Middle East respiratory syndrome. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2014. Vol. 111. P. 4970–4975.
-
Zhao J., Wohlford-Lenane C., Zhao J., Fleming E., Lane T.E., McCray P.B. Jr et al. Intranasal treatment with poly(I:C) protects aged mice from lethal respiratory virus infections. J. Virol. 2012. Vol. 86. P. 11 416–11 424.
-
Zhao J., Zhao J., Legge K., Perlman S. Age-related increases in PGD(2) expression impair respiratory DC migration, resulting in diminished T cell responses upon respiratory virus infection in mice. J. Clin. Invest. 2011. Vol. 121. P. 4921–4930.
-
Zhao J., Zhao J., Mangalam A.K., Channappanavar R., Fett C., Meyerholz D.K. et al. Airway memory CD4 T cells mediate protective immunity against emerging respiratory coronaviruses. Immunity. 2016. Vol. 44. P. 1379–1391.
-
Zhao J., Zhao J., Van Rooijen N., Perlman S. Evasion by stealth: inefficient immune activation underlies poor T cell response and severe disease in SARS-CoV-infected mice. PLoS Pathog. 2009. Vol. 5. Article ID e1000636.
-
Zhao K., Wang H., Wu C. The immune responses of HLA-A*0201 restricted SARS-CoV S peptide-specific CD8⁺ T cells are augmented in varying degrees by CpG ODN, PolyI: C and R848. Vaccine. 2011. Vol. 29. P. 6670–668.
-
URL: www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/vaccines/different-vaccines/Pfizer-BioNTech.html
-
URL: www.fda.gov/emergency-preparedness-and-response/coronavirus-disease-2019-covid-19/comirnaty-and-pfizer-biontech-covid-19-vaccine
-
URL: www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/vaccines/different-vaccines/Moderna.html.
-
URL: www.fda.gov/emergency-preparedness-and-response/coronavirus-disease-2019-covid-19/spikevax-and-moderna-covid-19-vaccine
-
URL: www.government.nl/topics/coronavirus-covid-19/dutch-vaccination-programme/safety-and-development-of-vaccines/novavax
-
Reardon S. Cuba’s bet on home-grown COVID vaccines is paying off. Nature. 2021. Vol. 600, N 7887. P. 15–16. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03470-x
-
China can hit 500-mln-dose annual capacity of CanSinoBIO COVID-19 vaccine this year-state media. Reuters, February 27, 2021. URL: https://finance.yahoo.com/news/china-hit-500-mln-dose-103509138.html
-
China Sinopharm’s coronavirus vaccine taken by about a million people in emergency use. Reuters. November 19, 2020. URL: https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-vaccine-sinopharm-idUSKBN27Z0PY
-
China’s CanSino says first vaccines packaged in Mexico will be ready in March. Reuters. February 28, 2021. URL: https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-mexico-vaccine-idUSKCN2AS0P0
-
Coronavirus. After SII, Bharat Biotech seeks DCGI approval for Covaxin. URL: https://www.thehindu.com/sci-tech/health/coronavirus-serum-institute-seeks-emergency-use-approval-for-covishield-in-india/article33265921.ece
-
Malaysia to receive CanSino vaccine this month. The Malaysian Insight, 1 Apr. 2021.URL: https://www.themalaysianinsight.com/s/308349
-
Pakistan develops homemade anti-Covid vaccine «PakVac». The Express Tribune, May 24, 2021. URL: https://tribune.com.pk/story/2301333/pakistan-develops-homemade-anti-covid-vaccine-pakvac
-
Science Minister: «We work with maximum rigor so that science and technology benefit people’s health». Gob.cl. Nov. 17, 2020. URL: https://www.gob.cl/en/news/science-minister-we-work-with-maximum-rigor-so-that-science-and-technology-benefit-peoples-health/
-
WHO. COVID-19 — Virtual Press conference, 6 January 2022. URL: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/transcripts/media_briefing_in_on_covid-19_06_jan_22_.pdf
Список сокращений
АЗУИ — антителозависимое усиление инфекции
ВИЧ — вирус иммунодефицита человека
ВОЗ — Всемирная организация здравоохранения
ВПЧ — вирусоподобные частицы
ДК — дендритные клетки
ДНК — дезоксирибонуклеиновая кислота
ЕКК — естественные клетки-киллеры
ИЛ — интерлейкин
ИФА — иммуноферментный анализ
ИФН — интерфероновый статус
КМ — костный мозг
КСК — кроветворные стволовые клетки
КТ — компьютерная томография
НК — натуральные киллеры
ОР — относительный риск
ПЦР — полимеразная цепная реакция
РНК — рибонуклеиновая кислота
СД — сахарный диабет
СКВ — системная красная волчанка
СКЛ — смешанная культура лимфоцитов
СПИД — синдром приобретенного иммунодефицита
ФНО — фактор некроза опухоли
ACE — ангиотензин-превращающий фермент человека
ATM — Ataxia Telangiectasia Mutated — серин/треониновая протеинкиназа
BAU — «binding antibody units» — «единицы связывающих антител»
CARD — домен, рекрутирующий каспазу
CDC — Центр по контролю и профилактике заболеваний
COVID-19 — CoronaVirus Disease-19 — заболевание, вызываемое коронавирусом SARS-CoV-2
FDA — Food and Drug Administration — Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов
HLA — human leucocyte antigens — антигены тканевой совместимости
KIR — иммуноглобулиноподобные рецепторы клеток-киллеров
MERS-CoV — возбудитель ближневосточного респираторного синдрома
MHC — major histocompatibility complex — главный комплекс гистосовместимости
MVA — модифицированный вирус осповакцины штамм Ankara
NLRs — NOD-подобные рецепторы
NSP — неструктурные белки
OAS — олигоаденилатсинтаза
PAMPs — патоген-ассоциированные молекулярные паттерны
PF — Preventive Fraction — превентивная фракция
PRRs — паттерн-распознающие рецепторы
RBD — рецептор-связывающий домен
SARS-CoV-2 — коронавирус, вызывающий COVID-19
SNP — Single Nucleotide Polymorphism — единичные нуклеотидные замены
TCR — Т-клеточный рецептор
TLRs — Toll-подобные рецепторы
TMPRSS — трансмембранная сериновая протеаза
VOCs — variants of concern — варианты, вызывающие обеспокоенность
VOIs — variants of interest — варианты, вызывающие интерес